src/jalview/appletgui/SeqPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.appletgui;
  22
  23 import jalview.api.AlignViewportI;
  24 import jalview.commands.EditCommand;
  25 import jalview.commands.EditCommand.Action;
  26 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  27 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  28 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
  29 import jalview.datamodel.SearchResultMatchI;
  30 import jalview.datamodel.SearchResults;
  31 import jalview.datamodel.SearchResultsI;
  32 import jalview.datamodel.Sequence;
  33 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  34 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  35 import jalview.datamodel.SequenceI;
  36 import jalview.schemes.ResidueProperties;
  37 import jalview.structure.SelectionListener;
  38 import jalview.structure.SelectionSource;
  39 import jalview.structure.SequenceListener;
  40 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  41 import jalview.structure.VamsasSource;
  42 import jalview.util.Comparison;
  43 import jalview.util.MappingUtils;
  44 import jalview.util.MessageManager;
  45 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  46 import jalview.viewmodel.ViewportRanges;
  47
  48 import java.awt.BorderLayout;
  49 import java.awt.Font;
  50 import java.awt.FontMetrics;
  51 import java.awt.Panel;
  52 import java.awt.Point;
  53 import java.awt.event.InputEvent;
  54 import java.awt.event.MouseEvent;
  55 import java.awt.event.MouseListener;
  56 import java.awt.event.MouseMotionListener;
  57 import java.util.ArrayList;
  58 import java.util.Collections;
  59 import java.util.List;
  60 import java.util.ListIterator;
  61 import java.util.Vector;
  62
  63 public class SeqPanel extends Panel implements MouseMotionListener,
  64         MouseListener, SequenceListener, SelectionListener
  65 {
  66
  67   public SeqCanvas seqCanvas;
  68
  69   public AlignmentPanel ap;
  70
  71   protected int lastres;
  72
  73   protected int startseq;
  74
  75   protected AlignViewport av;
  76
  77   // if character is inserted or deleted, we will need to recalculate the
  78   // conservation
  79   boolean seqEditOccurred = false;
  80
  81   ScrollThread scrollThread = null;
  82
  83   boolean mouseDragging = false;
  84
  85   boolean editingSeqs = false;
  86
  87   boolean groupEditing = false;
  88
  89   int oldSeq = -1;
  90
  91   boolean changeEndSeq = false;
  92
  93   boolean changeStartSeq = false;
  94
  95   boolean changeEndRes = false;
  96
  97   boolean changeStartRes = false;
  98
  99   SequenceGroup stretchGroup = null;
 100
 101   StringBuffer keyboardNo1;
 102
 103   StringBuffer keyboardNo2;
 104
 105   boolean mouseWheelPressed = false;
 106
 107   Point lastMousePress;
 108
 109   EditCommand editCommand;
 110
 111   StructureSelectionManager ssm;
 112
 113   public SeqPanel(AlignViewport avp, AlignmentPanel p)
 114   {
 115     this.av = avp;
 116
 117     seqCanvas = new SeqCanvas(avp);
 118     setLayout(new BorderLayout());
 119     add(seqCanvas);
 120
 121     ap = p;
 122
 123     seqCanvas.addMouseMotionListener(this);
 124     seqCanvas.addMouseListener(this);
 125     ssm = StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager(av.applet);
 126     ssm.addStructureViewerListener(this);
 127     ssm.addSelectionListener(this);
 128
 129     seqCanvas.repaint();
 130   }
 131
 132   void endEditing()
 133   {
 134     if (editCommand != null && editCommand.getSize() > 0)
 135     {
 136       ap.alignFrame.addHistoryItem(editCommand);
 137       av.firePropertyChange("alignment", null,
 138               av.getAlignment().getSequences());
 139     }
 140
 141     startseq = -1;
 142     lastres = -1;
 143     editingSeqs = false;
 144     groupEditing = false;
 145     keyboardNo1 = null;
 146     keyboardNo2 = null;
 147     editCommand = null;
 148   }
 149
 150   void setCursorRow()
 151   {
 152     seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo1() - 1;
 153     scrollToVisible();
 154   }
 155
 156   void setCursorColumn()
 157   {
 158     seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo1() - 1;
 159     scrollToVisible();
 160   }
 161
 162   void setCursorRowAndColumn()
 163   {
 164     if (keyboardNo2 == null)
 165     {
 166       keyboardNo2 = new StringBuffer();
 167     }
 168     else
 169     {
 170       seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo1() - 1;
 171       seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo2() - 1;
 172       scrollToVisible();
 173     }
 174   }
 175
 176   void setCursorPosition()
 177   {
 178     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY);
 179
 180     seqCanvas.cursorX = sequence.findIndex(getKeyboardNo1()) - 1;
 181     scrollToVisible();
 182   }
 183
 184   void moveCursor(int dx, int dy)
 185   {
 186     seqCanvas.cursorX += dx;
 187     seqCanvas.cursorY += dy;
 188     if (av.hasHiddenColumns() && !av.getAlignment().getHiddenColumns()
 189             .isVisible(seqCanvas.cursorX))
 190     {
 191       int original = seqCanvas.cursorX - dx;
 192       int maxWidth = av.getAlignment().getWidth();
 193
 194       while (!av.getAlignment().getHiddenColumns()
 195               .isVisible(seqCanvas.cursorX) && seqCanvas.cursorX < maxWidth
 196               && seqCanvas.cursorX > 0)
 197       {
 198         seqCanvas.cursorX += dx;
 199       }
 200
 201       if (seqCanvas.cursorX >= maxWidth || !av.getAlignment()
 202               .getHiddenColumns().isVisible(seqCanvas.cursorX))
 203       {
 204         seqCanvas.cursorX = original;
 205       }
 206     }
 207     scrollToVisible();
 208   }
 209
 210   void scrollToVisible()
 211   {
 212     if (seqCanvas.cursorX < 0)
 213     {
 214       seqCanvas.cursorX = 0;
 215     }
 216     else if (seqCanvas.cursorX > av.getAlignment().getWidth() - 1)
 217     {
 218       seqCanvas.cursorX = av.getAlignment().getWidth() - 1;
 219     }
 220
 221     if (seqCanvas.cursorY < 0)
 222     {
 223       seqCanvas.cursorY = 0;
 224     }
 225     else if (seqCanvas.cursorY > av.getAlignment().getHeight() - 1)
 226     {
 227       seqCanvas.cursorY = av.getAlignment().getHeight() - 1;
 228     }
 229
 230     endEditing();
 231     if (av.getWrapAlignment())
 232     {
 233       av.getRanges().scrollToWrappedVisible(seqCanvas.cursorX);
 234     }
 235     else
 236     {
 237       ViewportRanges ranges = av.getRanges();
 238       HiddenColumns hidden = av.getAlignment().getHiddenColumns();
 239       while (seqCanvas.cursorY < ranges.getStartSeq())
 240       {
 241         ranges.scrollUp(true);
 242       }
 243       while (seqCanvas.cursorY > ranges.getEndSeq())
 244       {
 245         ranges.scrollUp(false);
 246       }
 247       while (seqCanvas.cursorX < hidden
 248               .adjustForHiddenColumns(ranges.getStartRes()))
 249       {
 250
 251         if (!ranges.scrollRight(false))
 252         {
 253           break;
 254         }
 255       }
 256       while (seqCanvas.cursorX > hidden
 257               .adjustForHiddenColumns(ranges.getEndRes()))
 258       {
 259         if (!ranges.scrollRight(true))
 260         {
 261           break;
 262         }
 263       }
 264     }
 265     setStatusMessage(av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY),
 266             seqCanvas.cursorX, seqCanvas.cursorY);
 267
 268     seqCanvas.repaint();
 269   }
 270
 271   void setSelectionAreaAtCursor(boolean topLeft)
 272   {
 273     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY);
 274
 275     if (av.getSelectionGroup() != null)
 276     {
 277       SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();
 278       // Find the top and bottom of this group
 279       int min = av.getAlignment().getHeight(), max = 0;
 280       for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)
 281       {
 282         int index = av.getAlignment().findIndex(sg.getSequenceAt(i));
 283         if (index > max)
 284         {
 285           max = index;
 286         }
 287         if (index < min)
 288         {
 289           min = index;
 290         }
 291       }
 292
 293       max++;
 294
 295       if (topLeft)
 296       {
 297         sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);
 298         if (sg.getEndRes() < seqCanvas.cursorX)
 299         {
 300           sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);
 301         }
 302
 303         min = seqCanvas.cursorY;
 304       }
 305       else
 306       {
 307         sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);
 308         if (sg.getStartRes() > seqCanvas.cursorX)
 309         {
 310           sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);
 311         }
 312
 313         max = seqCanvas.cursorY + 1;
 314       }
 315
 316       if (min > max)
 317       {
 318         // Only the user can do this
 319         av.setSelectionGroup(null);
 320       }
 321       else
 322       {
 323         // Now add any sequences between min and max
 324         sg.clear();
 325         for (int i = min; i < max; i++)
 326         {
 327           sg.addSequence(av.getAlignment().getSequenceAt(i), false);
 328         }
 329       }
 330     }
 331
 332     if (av.getSelectionGroup() == null)
 333     {
 334       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 335       sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);
 336       sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);
 337       sg.addSequence(sequence, false);
 338       av.setSelectionGroup(sg);
 339     }
 340     ap.paintAlignment(false);
 341     av.sendSelection();
 342   }
 343
 344   void insertGapAtCursor(boolean group)
 345   {
 346     groupEditing = group;
 347     startseq = seqCanvas.cursorY;
 348     lastres = seqCanvas.cursorX;
 349     editSequence(true, seqCanvas.cursorX + getKeyboardNo1());
 350     endEditing();
 351   }
 352
 353   void deleteGapAtCursor(boolean group)
 354   {
 355     groupEditing = group;
 356     startseq = seqCanvas.cursorY;
 357     lastres = seqCanvas.cursorX + getKeyboardNo1();
 358     editSequence(false, seqCanvas.cursorX);
 359     endEditing();
 360   }
 361
 362   void numberPressed(char value)
 363   {
 364     if (keyboardNo1 == null)
 365     {
 366       keyboardNo1 = new StringBuffer();
 367     }
 368
 369     if (keyboardNo2 != null)
 370     {
 371       keyboardNo2.append(value);
 372     }
 373     else
 374     {
 375       keyboardNo1.append(value);
 376     }
 377   }
 378
 379   int getKeyboardNo1()
 380   {
 381     try
 382     {
 383       if (keyboardNo1 != null)
 384       {
 385         int value = Integer.parseInt(keyboardNo1.toString());
 386         keyboardNo1 = null;
 387         return value;
 388       }
 389     } catch (Exception x)
 390     {
 391     }
 392     keyboardNo1 = null;
 393     return 1;
 394   }
 395
 396   int getKeyboardNo2()
 397   {
 398     try
 399     {
 400       if (keyboardNo2 != null)
 401       {
 402         int value = Integer.parseInt(keyboardNo2.toString());
 403         keyboardNo2 = null;
 404         return value;
 405       }
 406     } catch (Exception x)
 407     {
 408     }
 409     keyboardNo2 = null;
 410     return 1;
 411   }
 412
 413   /**
 414    * Set status message in alignment panel
 415    *
 416    * @param sequence
 417    *          aligned sequence object
 418    * @param column
 419    *          alignment column
 420    * @param seq
 421    *          index of sequence in alignment
 422    * @return position of column in sequence or -1 if at gap
 423    */
 424   void setStatusMessage(SequenceI sequence, int column, int seq)
 425   {
 426     // TODO remove duplication of identical gui method
 427     StringBuilder text = new StringBuilder(32);
 428     String seqno = seq == -1 ? "" : " " + (seq + 1);
 429     text.append("Sequence" + seqno + " ID: " + sequence.getName());
 430
 431     String residue = null;
 432     /*
 433      * Try to translate the display character to residue name (null for gap).
 434      */
 435     final String displayChar = String.valueOf(sequence.getCharAt(column));
 436     if (av.getAlignment().isNucleotide())
 437     {
 438       residue = ResidueProperties.nucleotideName.get(displayChar);
 439       if (residue != null)
 440       {
 441         text.append(" Nucleotide: ").append(residue);
 442       }
 443     }
 444     else
 445     {
 446       residue = "X".equalsIgnoreCase(displayChar) ? "X"
 447               : ("*".equals(displayChar) ? "STOP"
 448                       : ResidueProperties.aa2Triplet.get(displayChar));
 449       if (residue != null)
 450       {
 451         text.append(" Residue: ").append(residue);
 452       }
 453     }
 454
 455     int pos = -1;
 456     if (residue != null)
 457     {
 458       pos = sequence.findPosition(column);
 459       text.append(" (").append(Integer.toString(pos)).append(")");
 460     }
 461
 462     ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());
 463   }
 464
 465   /**
 466    * Set the status bar message to highlight the first matched position in
 467    * search results.
 468    *
 469    * @param results
 470    * @return true if results were matched, false if not
 471    */
 472   private boolean setStatusMessage(SearchResultsI results)
 473   {
 474     AlignmentI al = this.av.getAlignment();
 475     int sequenceIndex = al.findIndex(results);
 476     if (sequenceIndex == -1)
 477     {
 478       return false;
 479     }
 480     SequenceI ds = al.getSequenceAt(sequenceIndex).getDatasetSequence();
 481     for (SearchResultMatchI m : results.getResults())
 482     {
 483       SequenceI seq = m.getSequence();
 484       if (seq.getDatasetSequence() != null)
 485       {
 486         seq = seq.getDatasetSequence();
 487       }
 488
 489       if (seq == ds)
 490       {
 491         /*
 492          * Convert position in sequence (base 1) to sequence character array
 493          * index (base 0)
 494          */
 495         int start = m.getStart() - m.getSequence().getStart();
 496         setStatusMessage(seq, start, sequenceIndex);
 497         return true;
 498       }
 499     }
 500     return false;
 501   }
 502
 503   @Override
 504   public void mousePressed(MouseEvent evt)
 505   {
 506     lastMousePress = evt.getPoint();
 507
 508     // For now, ignore the mouseWheel font resizing on Macs
 509     // As the Button2_mask always seems to be true
 510     if ((evt.getModifiers()
 511             & InputEvent.BUTTON2_MASK) == InputEvent.BUTTON2_MASK
 512             && !av.MAC)
 513     {
 514       mouseWheelPressed = true;
 515       return;
 516     }
 517
 518     if (evt.isShiftDown() || evt.isControlDown() || evt.isAltDown())
 519     {
 520       if (evt.isControlDown() || evt.isAltDown())
 521       {
 522         groupEditing = true;
 523       }
 524       editingSeqs = true;
 525     }
 526     else
 527     {
 528       doMousePressedDefineMode(evt);
 529       return;
 530     }
 531
 532     int seq = findSeq(evt);
 533     int res = findRes(evt);
 534
 535     if (seq < 0 || res < 0)
 536     {
 537       return;
 538     }
 539
 540     if ((seq < av.getAlignment().getHeight())
 541             && (res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength()))
 542     {
 543       startseq = seq;
 544       lastres = res;
 545     }
 546     else
 547     {
 548       startseq = -1;
 549       lastres = -1;
 550     }
 551
 552     return;
 553   }
 554
 555   @Override
 556   public void mouseClicked(MouseEvent evt)
 557   {
 558     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(findSeq(evt));
 559     if (evt.getClickCount() > 1)
 560     {
 561       if (av.getSelectionGroup() != null
 562               && av.getSelectionGroup().getSize() == 1
 563               && av.getSelectionGroup().getEndRes()
 564                       - av.getSelectionGroup().getStartRes() < 2)
 565       {
 566         av.setSelectionGroup(null);
 567       }
 568
 569       int column = findRes(evt);
 570       boolean isGapped = Comparison.isGap(sequence.getCharAt(column));
 571       List<SequenceFeature> features = findFeaturesAtRes(sequence,
 572               sequence.findPosition(column));
 573       if (isGapped)
 574       {
 575         removeAdjacentFeatures(features, column + 1, sequence);
 576       }
 577
 578       if (!features.isEmpty())
 579       {
 580         SearchResultsI highlight = new SearchResults();
 581         highlight.addResult(sequence, features.get(0).getBegin(),
 582                 features.get(0).getEnd());
 583         seqCanvas.highlightSearchResults(highlight);
 584         seqCanvas.getFeatureRenderer().amendFeatures(
 585                 Collections.singletonList(sequence), features, false, ap);
 586
 587         seqCanvas.highlightSearchResults(null);
 588       }
 589     }
 590   }
 591
 592   @Override
 593   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 594   {
 595     boolean didDrag = mouseDragging; // did we come here after a drag
 596     mouseDragging = false;
 597     mouseWheelPressed = false;
 598
 599     if (!editingSeqs)
 600     {
 601       doMouseReleasedDefineMode(evt, didDrag);
 602       return;
 603     }
 604
 605     endEditing();
 606
 607   }
 608
 609   int startWrapBlock = -1;
 610
 611   int wrappedBlock = -1;
 612
 613   int findRes(MouseEvent evt)
 614   {
 615     int res = 0;
 616     int x = evt.getX();
 617
 618     int startRes = av.getRanges().getStartRes();
 619     if (av.getWrapAlignment())
 620     {
 621
 622       int hgap = av.getCharHeight();
 623       if (av.getScaleAboveWrapped())
 624       {
 625         hgap += av.getCharHeight();
 626       }
 627
 628       int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.getCharHeight()
 629               + hgap + seqCanvas.getAnnotationHeight();
 630
 631       int y = evt.getY();
 632       y -= hgap;
 633       x = Math.max(0, x - seqCanvas.LABEL_WEST);
 634
 635       int cwidth = seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(getSize().width);
 636       if (cwidth < 1)
 637       {
 638         return 0;
 639       }
 640
 641       wrappedBlock = y / cHeight;
 642       wrappedBlock += startRes / cwidth;
 643       int startOffset = startRes % cwidth; // in case start is scrolled right
 644                                            // from 0
 645       res = wrappedBlock * cwidth + startOffset
 646               + +Math.min(cwidth - 1, x / av.getCharWidth());
 647     }
 648     else
 649     {
 650       res = (x / av.getCharWidth()) + startRes;
 651     }
 652
 653     if (av.hasHiddenColumns())
 654     {
 655       res = av.getAlignment().getHiddenColumns()
 656               .adjustForHiddenColumns(res);
 657     }
 658
 659     return res;
 660
 661   }
 662
 663   int findSeq(MouseEvent evt)
 664   {
 665     final int sqnum = findAlRow(evt);
 666     return (sqnum < 0) ? 0 : sqnum;
 667   }
 668
 669   /**
 670    *
 671    * @param evt
 672    * @return row in alignment that was selected (or -1 for column selection)
 673    */
 674   private int findAlRow(MouseEvent evt)
 675   {
 676     int seq = 0;
 677     int y = evt.getY();
 678
 679     if (av.getWrapAlignment())
 680     {
 681       int hgap = av.getCharHeight();
 682       if (av.getScaleAboveWrapped())
 683       {
 684         hgap += av.getCharHeight();
 685       }
 686
 687       int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.getCharHeight()
 688               + hgap + seqCanvas.getAnnotationHeight();
 689
 690       y -= hgap;
 691
 692       seq = Math.min((y % cHeight) / av.getCharHeight(),
 693               av.getAlignment().getHeight() - 1);
 694       if (seq < 0)
 695       {
 696         seq = -1;
 697       }
 698     }
 699     else
 700     {
 701       seq = Math.min(
 702               (y / av.getCharHeight()) + av.getRanges().getStartSeq(),
 703               av.getAlignment().getHeight() - 1);
 704       if (seq < 0)
 705       {
 706         seq = -1;
 707       }
 708     }
 709
 710     return seq;
 711   }
 712
 713   public void doMousePressed(MouseEvent evt)
 714   {
 715
 716     int seq = findSeq(evt);
 717     int res = findRes(evt);
 718
 719     if (seq < av.getAlignment().getHeight()
 720             && res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength())
 721     {
 722       // char resstr = align.getSequenceAt(seq).getSequence().charAt(res);
 723       // Find the residue's position in the sequence (res is the position
 724       // in the alignment
 725
 726       startseq = seq;
 727       lastres = res;
 728     }
 729     else
 730     {
 731       startseq = -1;
 732       lastres = -1;
 733     }
 734
 735     return;
 736   }
 737
 738   String lastMessage;
 739
 740   @Override
 741   public void mouseOverSequence(SequenceI sequence, int index, int pos)
 742   {
 743     String tmp = sequence.hashCode() + index + "";
 744     if (lastMessage == null || !lastMessage.equals(tmp))
 745     {
 746       ssm.mouseOverSequence(sequence, index, pos, av);
 747     }
 748
 749     lastMessage = tmp;
 750   }
 751
 752   @Override
 753   public void highlightSequence(SearchResultsI results)
 754   {
 755     if (av.isFollowHighlight())
 756     {
 757       // don't allow highlight of protein/cDNA to also scroll a complementary
 758       // panel,as this sets up a feedback loop (scrolling panel 1 causes moused
 759       // over residue to change abruptly, causing highlighted residue in panel 2
 760       // to change, causing a scroll in panel 1 etc)
 761       ap.setToScrollComplementPanel(false);
 762       if (ap.scrollToPosition(results, true))
 763       {
 764         ap.alignFrame.repaint();
 765       }
 766       ap.setToScrollComplementPanel(true);
 767     }
 768     setStatusMessage(results);
 769     seqCanvas.highlightSearchResults(results);
 770
 771   }
 772
 773   @Override
 774   public VamsasSource getVamsasSource()
 775   {
 776     return this.ap == null ? null : this.ap.av;
 777   }
 778
 779   @Override
 780   public void updateColours(SequenceI seq, int index)
 781   {
 782     System.out.println("update the seqPanel colours");
 783     // repaint();
 784   }
 785
 786   @Override
 787   public void mouseMoved(MouseEvent evt)
 788   {
 789     final int column = findRes(evt);
 790     int seq = findSeq(evt);
 791
 792     if (seq >= av.getAlignment().getHeight() || seq < 0 || column < 0)
 793     {
 794       if (tooltip != null)
 795       {
 796         tooltip.setTip("");
 797       }
 798       return;
 799     }
 800
 801     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);
 802     if (column > sequence.getLength())
 803     {
 804       if (tooltip != null)
 805       {
 806         tooltip.setTip("");
 807       }
 808       return;
 809     }
 810
 811     final char ch = sequence.getCharAt(column);
 812     boolean isGapped = Comparison.isGap(ch);
 813     // find residue at column (or nearest if at a gap)
 814     int respos = sequence.findPosition(column);
 815
 816     if (ssm != null && !isGapped)
 817     {
 818       mouseOverSequence(sequence, column, respos);
 819     }
 820
 821     StringBuilder text = new StringBuilder();
 822     text.append("Sequence ").append(Integer.toString(seq + 1))
 823             .append(" ID: ").append(sequence.getName());
 824
 825     if (!isGapped)
 826     {
 827       if (av.getAlignment().isNucleotide())
 828       {
 829         String base = ResidueProperties.nucleotideName.get(ch);
 830         text.append(" Nucleotide: ").append(base == null ? ch : base);
 831       }
 832       else
 833       {
 834         String residue = (ch == 'x' || ch == 'X') ? "X"
 835                 : ResidueProperties.aa2Triplet.get(String.valueOf(ch));
 836         text.append(" Residue: ").append(residue == null ? ch : residue);
 837       }
 838       text.append(" (").append(Integer.toString(respos)).append(")");
 839     }
 840
 841     ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());
 842
 843     StringBuilder tooltipText = new StringBuilder();
 844     SequenceGroup[] groups = av.getAlignment().findAllGroups(sequence);
 845     if (groups != null)
 846     {
 847       for (int g = 0; g < groups.length; g++)
 848       {
 849         if (groups[g].getStartRes() <= column
 850                 && groups[g].getEndRes() >= column)
 851         {
 852           if (!groups[g].getName().startsWith("JTreeGroup")
 853                   && !groups[g].getName().startsWith("JGroup"))
 854           {
 855             tooltipText.append(groups[g].getName()).append(" ");
 856           }
 857           if (groups[g].getDescription() != null)
 858           {
 859             tooltipText.append(groups[g].getDescription());
 860           }
 861           tooltipText.append("\n");
 862         }
 863       }
 864     }
 865
 866     /*
 867      * add feature details to tooltip, including any that straddle
 868      * a gapped position
 869      */
 870     if (av.isShowSequenceFeatures())
 871     {
 872       List<SequenceFeature> allFeatures = findFeaturesAtRes(sequence,
 873               sequence.findPosition(column));
 874       if (isGapped)
 875       {
 876         removeAdjacentFeatures(allFeatures, column + 1, sequence);
 877       }
 878       for (SequenceFeature sf : allFeatures)
 879       {
 880         tooltipText.append(sf.getType() + " " + sf.begin + ":" + sf.end);
 881
 882         if (sf.getDescription() != null)
 883         {
 884           tooltipText.append(" " + sf.getDescription());
 885         }
 886
 887         if (sf.getValue("status") != null)
 888         {
 889           String status = sf.getValue("status").toString();
 890           if (status.length() > 0)
 891           {
 892             tooltipText.append(" (" + sf.getValue("status") + ")");
 893           }
 894         }
 895         tooltipText.append("\n");
 896       }
 897     }
 898
 899     if (tooltip == null)
 900     {
 901       tooltip = new Tooltip(tooltipText.toString(), seqCanvas);
 902     }
 903     else
 904     {
 905       tooltip.setTip(tooltipText.toString());
 906     }
 907   }
 908
 909   /**
 910    * Removes from the list of features any that start after, or end before, the
 911    * given column position. This allows us to retain only those features
 912    * adjacent to a gapped position that straddle the position. Contact features
 913    * that 'straddle' the position are also removed, since they are not 'at' the
 914    * position.
 915    *
 916    * @param features
 917    * @param column
 918    *          alignment column (1..)
 919    * @param sequence
 920    */
 921   protected void removeAdjacentFeatures(List<SequenceFeature> features,
 922           int column, SequenceI sequence)
 923   {
 924     // TODO should this be an AlignViewController method (shared by gui)?
 925     ListIterator<SequenceFeature> it = features.listIterator();
 926     while (it.hasNext())
 927     {
 928       SequenceFeature sf = it.next();
 929       if (sf.isContactFeature()
 930               || sequence.findIndex(sf.getBegin()) > column
 931               || sequence.findIndex(sf.getEnd()) < column)
 932       {
 933         it.remove();
 934       }
 935     }
 936   }
 937
 938   List<SequenceFeature> findFeaturesAtRes(SequenceI sequence, int res)
 939   {
 940     List<SequenceFeature> result = new ArrayList<>();
 941     SequenceFeature[] features = sequence.getSequenceFeatures();
 942     if (features != null)
 943     {
 944       for (int i = 0; i < features.length; i++)
 945       {
 946         if (av.getFeaturesDisplayed() == null || !av.getFeaturesDisplayed()
 947                 .isVisible(features[i].getType()))
 948         {
 949           continue;
 950         }
 951
 952         if (features[i].featureGroup != null && !seqCanvas.fr
 953                 .checkGroupVisibility(features[i].featureGroup, false))
 954         {
 955           continue;
 956         }
 957
 958         if ((features[i].getBegin() <= res)
 959                 && (features[i].getEnd() >= res))
 960         {
 961           result.add(features[i]);
 962         }
 963       }
 964     }
 965
 966     return result;
 967   }
 968
 969   Tooltip tooltip;
 970
 971   /**
 972    * set when the current UI interaction has resulted in a change that requires
 973    * overview shading to be recalculated. this could be changed to something
 974    * more expressive that indicates what actually has changed, so selective
 975    * redraws can be applied
 976    */
 977   private boolean needOverviewUpdate; // TODO: refactor to avcontroller
 978
 979   @Override
 980   public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 981   {
 982     if (mouseWheelPressed)
 983     {
 984       int oldWidth = av.getCharWidth();
 985
 986       // Which is bigger, left-right or up-down?
 987       if (Math.abs(evt.getY() - lastMousePress.y) > Math
 988               .abs(evt.getX() - lastMousePress.x))
 989       {
 990         int fontSize = av.font.getSize();
 991
 992         if (evt.getY() < lastMousePress.y && av.getCharHeight() > 1)
 993         {
 994           fontSize--;
 995         }
 996         else if (evt.getY() > lastMousePress.y)
 997         {
 998           fontSize++;
 999         }
1000
1001         if (fontSize < 1)
1002         {
1003           fontSize = 1;
1004         }
1005
1006         av.setFont(
1007                 new Font(av.font.getName(), av.font.getStyle(), fontSize),
1008                 true);
1009         av.setCharWidth(oldWidth);
1010       }
1011       else
1012       {
1013         if (evt.getX() < lastMousePress.x && av.getCharWidth() > 1)
1014         {
1015           av.setCharWidth(av.getCharWidth() - 1);
1016         }
1017         else if (evt.getX() > lastMousePress.x)
1018         {
1019           av.setCharWidth(av.getCharWidth() + 1);
1020         }
1021
1022         if (av.getCharWidth() < 1)
1023         {
1024           av.setCharWidth(1);
1025         }
1026       }
1027
1028       ap.fontChanged();
1029
1030       FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
1031       av.validCharWidth = fm.charWidth('M') <= av.getCharWidth();
1032
1033       lastMousePress = evt.getPoint();
1034
1035       ap.paintAlignment(false);
1036       ap.annotationPanel.image = null;
1037       return;
1038     }
1039
1040     if (!editingSeqs)
1041     {
1042       doMouseDraggedDefineMode(evt);
1043       return;
1044     }
1045
1046     int res = findRes(evt);
1047
1048     if (res < 0)
1049     {
1050       res = 0;
1051     }
1052
1053     if ((lastres == -1) || (lastres == res))
1054     {
1055       return;
1056     }
1057
1058     if ((res < av.getAlignment().getWidth()) && (res < lastres))
1059     {
1060       // dragLeft, delete gap
1061       editSequence(false, res);
1062     }
1063     else
1064     {
1065       editSequence(true, res);
1066     }
1067
1068     mouseDragging = true;
1069     if (scrollThread != null)
1070     {
1071       scrollThread.setEvent(evt);
1072     }
1073
1074   }
1075
1076   synchronized void editSequence(boolean insertGap, int startres)
1077   {
1078     int fixedLeft = -1;
1079     int fixedRight = -1;
1080     boolean fixedColumns = false;
1081     SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();
1082
1083     SequenceI seq = av.getAlignment().getSequenceAt(startseq);
1084
1085     if (!groupEditing && av.hasHiddenRows())
1086     {
1087       if (av.isHiddenRepSequence(seq))
1088       {
1089         sg = av.getRepresentedSequences(seq);
1090         groupEditing = true;
1091       }
1092     }
1093
1094     StringBuffer message = new StringBuffer();
1095     if (groupEditing)
1096     {
1097       message.append(MessageManager.getString("action.edit_group"))
1098               .append(":");
1099       if (editCommand == null)
1100       {
1101         editCommand = new EditCommand(
1102                 MessageManager.getString("action.edit_group"));
1103       }
1104     }
1105     else
1106     {
1107       message.append(MessageManager.getString("label.edit_sequence"))
1108               .append(" " + seq.getName());
1109       String label = seq.getName();
1110       if (label.length() > 10)
1111       {
1112         label = label.substring(0, 10);
1113       }
1114       if (editCommand == null)
1115       {
1116         editCommand = new EditCommand(MessageManager
1117                 .formatMessage("label.edit_params", new String[]
1118                 { label }));
1119       }
1120     }
1121
1122     if (insertGap)
1123     {
1124       message.append(" insert ");
1125     }
1126     else
1127     {
1128       message.append(" delete ");
1129     }
1130
1131     message.append(Math.abs(startres - lastres) + " gaps.");
1132     ap.alignFrame.statusBar.setText(message.toString());
1133
1134     // Are we editing within a selection group?
1135     if (groupEditing || (sg != null
1136             && sg.getSequences(av.getHiddenRepSequences()).contains(seq)))
1137     {
1138       fixedColumns = true;
1139
1140       // sg might be null as the user may only see 1 sequence,
1141       // but the sequence represents a group
1142       if (sg == null)
1143       {
1144         if (!av.isHiddenRepSequence(seq))
1145         {
1146           endEditing();
1147           return;
1148         }
1149
1150         sg = av.getRepresentedSequences(seq);
1151       }
1152
1153       fixedLeft = sg.getStartRes();
1154       fixedRight = sg.getEndRes();
1155
1156       if ((startres < fixedLeft && lastres >= fixedLeft)
1157               || (startres >= fixedLeft && lastres < fixedLeft)
1158               || (startres > fixedRight && lastres <= fixedRight)
1159               || (startres <= fixedRight && lastres > fixedRight))
1160       {
1161         endEditing();
1162         return;
1163       }
1164
1165       if (fixedLeft > startres)
1166       {
1167         fixedRight = fixedLeft - 1;
1168         fixedLeft = 0;
1169       }
1170       else if (fixedRight < startres)
1171       {
1172         fixedLeft = fixedRight;
1173         fixedRight = -1;
1174       }
1175     }
1176
1177     if (av.hasHiddenColumns())
1178     {
1179       fixedColumns = true;
1180       int y1 = av.getAlignment().getHiddenColumns()
1181               .getHiddenBoundaryLeft(startres);
1182       int y2 = av.getAlignment().getHiddenColumns()
1183               .getHiddenBoundaryRight(startres);
1184
1185       if ((insertGap && startres > y1 && lastres < y1)
1186               || (!insertGap && startres < y2 && lastres > y2))
1187       {
1188         endEditing();
1189         return;
1190       }
1191
1192       // System.out.print(y1+" "+y2+" "+fixedLeft+" "+fixedRight+"~~");
1193       // Selection spans a hidden region
1194       if (fixedLeft < y1 && (fixedRight > y2 || fixedRight == -1))
1195       {
1196         if (startres >= y2)
1197         {
1198           fixedLeft = y2;
1199         }
1200         else
1201         {
1202           fixedRight = y2 - 1;
1203         }
1204       }
1205     }
1206
1207     if (groupEditing)
1208     {
1209       SequenceI[] groupSeqs = sg.getSequences(av.getHiddenRepSequences())
1210               .toArray(new SequenceI[0]);
1211
1212       // drag to right
1213       if (insertGap)
1214       {
1215         // If the user has selected the whole sequence, and is dragging to
1216         // the right, we can still extend the alignment and selectionGroup
1217         if (sg.getStartRes() == 0 && sg.getEndRes() == fixedRight
1218                 && sg.getEndRes() == av.getAlignment().getWidth() - 1)
1219         {
1220           sg.setEndRes(av.getAlignment().getWidth() + startres - lastres);
1221           fixedRight = sg.getEndRes();
1222         }
1223
1224         // Is it valid with fixed columns??
1225         // Find the next gap before the end
1226         // of the visible region boundary
1227         boolean blank = false;
1228         for (fixedRight = fixedRight; fixedRight > lastres; fixedRight--)
1229         {
1230           blank = true;
1231
1232           for (SequenceI gs : groupSeqs)
1233           {
1234             for (int j = 0; j < startres - lastres; j++)
1235             {
1236               if (!jalview.util.Comparison
1237                       .isGap(gs.getCharAt(fixedRight - j)))
1238               {
1239                 blank = false;
1240                 break;
1241               }
1242             }
1243           }
1244           if (blank)
1245           {
1246             break;
1247           }
1248         }
1249
1250         if (!blank)
1251         {
1252           if (sg.getSize() == av.getAlignment().getHeight())
1253           {
1254             if ((av.hasHiddenColumns() && startres < av.getAlignment()
1255                     .getHiddenColumns().getHiddenBoundaryRight(startres)))
1256             {
1257               endEditing();
1258               return;
1259             }
1260
1261             int alWidth = av.getAlignment().getWidth();
1262             if (av.hasHiddenRows())
1263             {
1264               int hwidth = av.getAlignment().getHiddenSequences()
1265                       .getWidth();
1266               if (hwidth > alWidth)
1267               {
1268                 alWidth = hwidth;
1269               }
1270             }
1271             // We can still insert gaps if the selectionGroup
1272             // contains all the sequences
1273             sg.setEndRes(sg.getEndRes() + startres - lastres);
1274             fixedRight = alWidth + startres - lastres;
1275           }
1276           else
1277           {
1278             endEditing();
1279             return;
1280           }
1281         }
1282       }
1283
1284       // drag to left
1285       else if (!insertGap)
1286       {
1287         // / Are we able to delete?
1288         // ie are all columns blank?
1289
1290         for (SequenceI gs : groupSeqs)
1291         {
1292           for (int j = startres; j < lastres; j++)
1293           {
1294             if (gs.getLength() <= j)
1295             {
1296               continue;
1297             }
1298
1299             if (!jalview.util.Comparison.isGap(gs.getCharAt(j)))
1300             {
1301               // Not a gap, block edit not valid
1302               endEditing();
1303               return;
1304             }
1305           }
1306         }
1307       }
1308
1309       if (insertGap)
1310       {
1311         // dragging to the right
1312         if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1313         {
1314           for (int j = lastres; j < startres; j++)
1315           {
1316             insertChar(j, groupSeqs, fixedRight);
1317           }
1318         }
1319         else
1320         {
1321           editCommand.appendEdit(Action.INSERT_GAP, groupSeqs, startres,
1322                   startres - lastres, av.getAlignment(), true);
1323         }
1324       }
1325       else
1326       {
1327         // dragging to the left
1328         if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1329         {
1330           for (int j = lastres; j > startres; j--)
1331           {
1332             deleteChar(startres, groupSeqs, fixedRight);
1333           }
1334         }
1335         else
1336         {
1337           editCommand.appendEdit(Action.DELETE_GAP, groupSeqs, startres,
1338                   lastres - startres, av.getAlignment(), true);
1339         }
1340
1341       }
1342     }
1343     else
1344     // ///Editing a single sequence///////////
1345     {
1346       if (insertGap)
1347       {
1348         // dragging to the right
1349         if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1350         {
1351           for (int j = lastres; j < startres; j++)
1352           {
1353             insertChar(j, new SequenceI[] { seq }, fixedRight);
1354           }
1355         }
1356         else
1357         {
1358           editCommand.appendEdit(Action.INSERT_GAP, new SequenceI[] { seq },
1359                   lastres, startres - lastres, av.getAlignment(), true);
1360         }
1361       }
1362       else
1363       {
1364         // dragging to the left
1365         if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1366         {
1367           for (int j = lastres; j > startres; j--)
1368           {
1369             if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(startres)))
1370             {
1371               endEditing();
1372               break;
1373             }
1374             deleteChar(startres, new SequenceI[] { seq }, fixedRight);
1375           }
1376         }
1377         else
1378         {
1379           // could be a keyboard edit trying to delete none gaps
1380           int max = 0;
1381           for (int m = startres; m < lastres; m++)
1382           {
1383             if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(m)))
1384             {
1385               break;
1386             }
1387             max++;
1388           }
1389
1390           if (max > 0)
1391           {
1392             editCommand.appendEdit(Action.DELETE_GAP,
1393                     new SequenceI[]
1394                     { seq }, startres, max, av.getAlignment(), true);
1395           }
1396         }
1397       }
1398     }
1399
1400     lastres = startres;
1401     seqCanvas.repaint();
1402   }
1403
1404   void insertChar(int j, SequenceI[] seq, int fixedColumn)
1405   {
1406     int blankColumn = fixedColumn;
1407     for (int s = 0; s < seq.length; s++)
1408     {
1409       // Find the next gap before the end of the visible region boundary
1410       // If lastCol > j, theres a boundary after the gap insertion
1411
1412       for (blankColumn = fixedColumn; blankColumn > j; blankColumn--)
1413       {
1414         if (jalview.util.Comparison.isGap(seq[s].getCharAt(blankColumn)))
1415         {
1416           // Theres a space, so break and insert the gap
1417           break;
1418         }
1419       }
1420
1421       if (blankColumn <= j)
1422       {
1423         blankColumn = fixedColumn;
1424         endEditing();
1425         return;
1426       }
1427     }
1428
1429     editCommand.appendEdit(Action.DELETE_GAP, seq, blankColumn, 1,
1430             av.getAlignment(), true);
1431
1432     editCommand.appendEdit(Action.INSERT_GAP, seq, j, 1, av.getAlignment(),
1433             true);
1434
1435   }
1436
1437   void deleteChar(int j, SequenceI[] seq, int fixedColumn)
1438   {
1439
1440     editCommand.appendEdit(Action.DELETE_GAP, seq, j, 1, av.getAlignment(),
1441             true);
1442
1443     editCommand.appendEdit(Action.INSERT_GAP, seq, fixedColumn, 1,
1444             av.getAlignment(), true);
1445   }
1446
1447   // ////////////////////////////////////////
1448   // ///Everything below this is for defining the boundary of the rubberband
1449   // ////////////////////////////////////////
1450   public void doMousePressedDefineMode(MouseEvent evt)
1451   {
1452     if (scrollThread != null)
1453     {
1454       scrollThread.running = false;
1455       scrollThread = null;
1456     }
1457
1458     int res = findRes(evt);
1459     int seq = findSeq(evt);
1460     oldSeq = seq;
1461     startWrapBlock = wrappedBlock;
1462
1463     if (seq == -1)
1464     {
1465       return;
1466     }
1467
1468     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);
1469
1470     if (sequence == null || res > sequence.getLength())
1471     {
1472       return;
1473     }
1474
1475     stretchGroup = av.getSelectionGroup();
1476
1477     if (stretchGroup == null || !stretchGroup.contains(sequence, res))
1478     {
1479       stretchGroup = av.getAlignment().findGroup(sequence, res);
1480       if (stretchGroup != null)
1481       {
1482         // only update the current selection if the popup menu has a group to
1483         // focus on
1484         av.setSelectionGroup(stretchGroup);
1485       }
1486     }
1487
1488     // DETECT RIGHT MOUSE BUTTON IN AWT
1489     if ((evt.getModifiers()
1490             & InputEvent.BUTTON3_MASK) == InputEvent.BUTTON3_MASK)
1491     {
1492       List<SequenceFeature> allFeatures = findFeaturesAtRes(sequence,
1493               sequence.findPosition(res));
1494
1495       Vector<String> links = null;
1496       for (SequenceFeature sf : allFeatures)
1497       {
1498         if (sf.links != null)
1499         {
1500           if (links == null)
1501           {
1502             links = new Vector<>();
1503           }
1504           for (int j = 0; j < sf.links.size(); j++)
1505           {
1506             links.addElement(sf.links.elementAt(j));
1507           }
1508         }
1509       }
1510       APopupMenu popup = new APopupMenu(ap, null, links);
1511       this.add(popup);
1512       popup.show(this, evt.getX(), evt.getY());
1513       return;
1514     }
1515
1516     if (av.cursorMode)
1517     {
1518       seqCanvas.cursorX = findRes(evt);
1519       seqCanvas.cursorY = findSeq(evt);
1520       seqCanvas.repaint();
1521       return;
1522     }
1523
1524     // Only if left mouse button do we want to change group sizes
1525
1526     if (stretchGroup == null)
1527     {
1528       // define a new group here
1529       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
1530       sg.setStartRes(res);
1531       sg.setEndRes(res);
1532       sg.addSequence(sequence, false);
1533       av.setSelectionGroup(sg);
1534       stretchGroup = sg;
1535
1536       if (av.getConservationSelected())
1537       {
1538         SliderPanel.setConservationSlider(ap, av.getResidueShading(),
1539                 ap.getViewName());
1540       }
1541       if (av.getAbovePIDThreshold())
1542       {
1543         SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, av.getResidueShading(),
1544                 ap.getViewName());
1545       }
1546
1547     }
1548   }
1549
1550   public void doMouseReleasedDefineMode(MouseEvent evt, boolean afterDrag)
1551   {
1552     if (stretchGroup == null)
1553     {
1554       return;
1555     }
1556     // always do this - annotation has own state
1557     // but defer colourscheme update until hidden sequences are passed in
1558     boolean vischange = stretchGroup.recalcConservation(true);
1559     // here we rely on stretchGroup == av.getSelection()
1560     needOverviewUpdate |= vischange && av.isSelectionDefinedGroup()
1561             && afterDrag;
1562     if (stretchGroup.cs != null)
1563     {
1564       stretchGroup.cs.alignmentChanged(stretchGroup,
1565               av.getHiddenRepSequences());
1566
1567       if (stretchGroup.cs.conservationApplied())
1568       {
1569         SliderPanel.setConservationSlider(ap, stretchGroup.cs,
1570                 stretchGroup.getName());
1571       }
1572       if (stretchGroup.cs.getThreshold() > 0)
1573       {
1574         SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, stretchGroup.cs,
1575                 stretchGroup.getName());
1576       }
1577     }
1578     PaintRefresher.Refresh(ap, av.getSequenceSetId());
1579     ap.paintAlignment(needOverviewUpdate);
1580     needOverviewUpdate = false;
1581     changeEndRes = false;
1582     changeStartRes = false;
1583     stretchGroup = null;
1584     av.sendSelection();
1585   }
1586
1587   public void doMouseDraggedDefineMode(MouseEvent evt)
1588   {
1589     int res = findRes(evt);
1590     int y = findSeq(evt);
1591
1592     if (wrappedBlock != startWrapBlock)
1593     {
1594       return;
1595     }
1596
1597     if (stretchGroup == null)
1598     {
1599       return;
1600     }
1601
1602     mouseDragging = true;
1603
1604     if (y > av.getAlignment().getHeight())
1605     {
1606       y = av.getAlignment().getHeight() - 1;
1607     }
1608
1609     if (res >= av.getAlignment().getWidth())
1610     {
1611       res = av.getAlignment().getWidth() - 1;
1612     }
1613
1614     if (stretchGroup.getEndRes() == res)
1615     {
1616       // Edit end res position of selected group
1617       changeEndRes = true;
1618     }
1619     else if (stretchGroup.getStartRes() == res)
1620     {
1621       // Edit start res position of selected group
1622       changeStartRes = true;
1623     }
1624
1625     if (res < 0)
1626     {
1627       res = 0;
1628     }
1629
1630     if (changeEndRes)
1631     {
1632       if (res > (stretchGroup.getStartRes() - 1))
1633       {
1634         stretchGroup.setEndRes(res);
1635         needOverviewUpdate |= av.isSelectionDefinedGroup();
1636       }
1637     }
1638     else if (changeStartRes)
1639     {
1640       if (res < (stretchGroup.getEndRes() + 1))
1641       {
1642         stretchGroup.setStartRes(res);
1643         needOverviewUpdate |= av.isSelectionDefinedGroup();
1644       }
1645     }
1646
1647     int dragDirection = 0;
1648
1649     if (y > oldSeq)
1650     {
1651       dragDirection = 1;
1652     }
1653     else if (y < oldSeq)
1654     {
1655       dragDirection = -1;
1656     }
1657
1658     while ((y != oldSeq) && (oldSeq > -1)
1659             && (y < av.getAlignment().getHeight()))
1660     {
1661       // This routine ensures we don't skip any sequences, as the
1662       // selection is quite slow.
1663       Sequence seq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);
1664
1665       oldSeq += dragDirection;
1666
1667       if (oldSeq < 0)
1668       {
1669         break;
1670       }
1671
1672       Sequence nextSeq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);
1673
1674       if (stretchGroup.getSequences(null).contains(nextSeq))
1675       {
1676         stretchGroup.deleteSequence(seq, false);
1677         needOverviewUpdate |= av.isSelectionDefinedGroup();
1678       }
1679       else
1680       {
1681         if (seq != null)
1682         {
1683           stretchGroup.addSequence(seq, false);
1684         }
1685
1686         stretchGroup.addSequence(nextSeq, false);
1687         needOverviewUpdate |= av.isSelectionDefinedGroup();
1688       }
1689     }
1690
1691     if (oldSeq < 0)
1692     {
1693       oldSeq = -1;
1694     }
1695
1696     if (res > av.getRanges().getEndRes()
1697             || res < av.getRanges().getStartRes()
1698             || y < av.getRanges().getStartSeq()
1699             || y > av.getRanges().getEndSeq())
1700     {
1701       mouseExited(evt);
1702     }
1703
1704     if (scrollThread != null)
1705     {
1706       scrollThread.setEvent(evt);
1707     }
1708
1709     seqCanvas.repaint();
1710   }
1711
1712   @Override
1713   public void mouseEntered(MouseEvent e)
1714   {
1715     if (oldSeq < 0)
1716     {
1717       oldSeq = 0;
1718     }
1719
1720     if (scrollThread != null)
1721     {
1722       scrollThread.running = false;
1723       scrollThread = null;
1724     }
1725   }
1726
1727   @Override
1728   public void mouseExited(MouseEvent e)
1729   {
1730     if (av.getWrapAlignment())
1731     {
1732       return;
1733     }
1734
1735     if (mouseDragging && scrollThread == null)
1736     {
1737       scrollThread = new ScrollThread();
1738     }
1739   }
1740
1741   void scrollCanvas(MouseEvent evt)
1742   {
1743     if (evt == null)
1744     {
1745       if (scrollThread != null)
1746       {
1747         scrollThread.running = false;
1748         scrollThread = null;
1749       }
1750       mouseDragging = false;
1751     }
1752     else
1753     {
1754       if (scrollThread == null)
1755       {
1756         scrollThread = new ScrollThread();
1757       }
1758
1759       mouseDragging = true;
1760       scrollThread.setEvent(evt);
1761     }
1762
1763   }
1764
1765   // this class allows scrolling off the bottom of the visible alignment
1766   class ScrollThread extends Thread
1767   {
1768     MouseEvent evt;
1769
1770     boolean running = false;
1771
1772     public ScrollThread()
1773     {
1774       start();
1775     }
1776
1777     public void setEvent(MouseEvent e)
1778     {
1779       evt = e;
1780     }
1781
1782     public void stopScrolling()
1783     {
1784       running = false;
1785     }
1786
1787     @Override
1788     public void run()
1789     {
1790       running = true;
1791       while (running)
1792       {
1793
1794         if (evt != null)
1795         {
1796
1797           if (mouseDragging && evt.getY() < 0
1798                   && av.getRanges().getStartSeq() > 0)
1799           {
1800             running = av.getRanges().scrollUp(true);
1801           }
1802
1803           if (mouseDragging && evt.getY() >= getSize().height && av
1804                   .getAlignment().getHeight() > av.getRanges().getEndSeq())
1805           {
1806             running = av.getRanges().scrollUp(false);
1807           }
1808
1809           if (mouseDragging && evt.getX() < 0)
1810           {
1811             running = av.getRanges().scrollRight(false);
1812           }
1813
1814           else if (mouseDragging && evt.getX() >= getSize().width)
1815           {
1816             running = av.getRanges().scrollRight(true);
1817           }
1818         }
1819
1820         try
1821         {
1822           Thread.sleep(75);
1823         } catch (Exception ex)
1824         {
1825         }
1826       }
1827     }
1828   }
1829
1830   /**
1831    * modify current selection according to a received message.
1832    */
1833   @Override
1834   public void selection(SequenceGroup seqsel, ColumnSelection colsel,
1835           HiddenColumns hidden, SelectionSource source)
1836   {
1837     // TODO: fix this hack - source of messages is align viewport, but SeqPanel
1838     // handles selection messages...
1839     // TODO: extend config options to allow user to control if selections may be
1840     // shared between viewports.
1841     if (av != null && (av == source || !av.followSelection
1842             || (source instanceof AlignViewport
1843                     && ((AlignmentViewport) source).getSequenceSetId()
1844                             .equals(av.getSequenceSetId()))))
1845     {
1846       return;
1847     }
1848
1849     /*
1850      * Check for selection in a view of which this one is a dna/protein
1851      * complement.
1852      */
1853     if (selectionFromTranslation(seqsel, colsel, hidden, source))
1854     {
1855       return;
1856     }
1857
1858     // do we want to thread this ? (contention with seqsel and colsel locks, I
1859     // suspect)
1860     /*
1861      * only copy colsel if there is a real intersection between
1862      * sequence selection and this panel's alignment
1863      */
1864     boolean repaint = false;
1865     boolean copycolsel = false;
1866     if (av.getSelectionGroup() == null || !av.isSelectionGroupChanged(true))
1867     {
1868       SequenceGroup sgroup = null;
1869       if (seqsel != null && seqsel.getSize() > 0)
1870       {
1871         if (av.getAlignment() == null)
1872         {
1873           System.out.println("Selection message: alignviewport av SeqSetId="
1874                   + av.getSequenceSetId() + " ViewId=" + av.getViewId()
1875                   + " 's alignment is NULL! returning immediatly.");
1876           return;
1877         }
1878         sgroup = seqsel.intersect(av.getAlignment(),
1879                 (av.hasHiddenRows()) ? av.getHiddenRepSequences() : null);
1880         if ((sgroup != null && sgroup.getSize() > 0))
1881         {
1882           copycolsel = true;
1883         }
1884       }
1885       if (sgroup != null && sgroup.getSize() > 0)
1886       {
1887         av.setSelectionGroup(sgroup);
1888       }
1889       else
1890       {
1891         av.setSelectionGroup(null);
1892       }
1893       repaint = av.isSelectionGroupChanged(true);
1894     }
1895     if (copycolsel && (av.getColumnSelection() == null
1896             || !av.isColSelChanged(true)))
1897     {
1898       // the current selection is unset or from a previous message
1899       // so import the new colsel.
1900       if (colsel == null || colsel.isEmpty())
1901       {
1902         if (av.getColumnSelection() != null)
1903         {
1904           av.getColumnSelection().clear();
1905         }
1906       }
1907       else
1908       {
1909         // TODO: shift colSel according to the intersecting sequences
1910         if (av.getColumnSelection() == null)
1911         {
1912           av.setColumnSelection(new ColumnSelection(colsel));
1913         }
1914         else
1915         {
1916           av.getColumnSelection().setElementsFrom(colsel,
1917                   av.getAlignment().getHiddenColumns());
1918         }
1919       }
1920       repaint |= av.isColSelChanged(true);
1921     }
1922     if (copycolsel && av.hasHiddenColumns()
1923             && (av.getColumnSelection() == null))
1924     {
1925       System.err.println("Bad things");
1926     }
1927     if (repaint)
1928     {
1929       ap.scalePanelHolder.repaint();
1930       ap.repaint();
1931     }
1932   }
1933
1934   /**
1935    * scroll to the given row/column - or nearest visible location
1936    *
1937    * @param row
1938    * @param column
1939    */
1940   public void scrollTo(int row, int column)
1941   {
1942
1943     row = row < 0 ? ap.av.getRanges().getStartSeq() : row;
1944     column = column < 0 ? ap.av.getRanges().getStartRes() : column;
1945     ap.scrollTo(column, column, row, true, true);
1946   }
1947
1948   /**
1949    * scroll to the given row - or nearest visible location
1950    *
1951    * @param row
1952    */
1953   public void scrollToRow(int row)
1954   {
1955
1956     row = row < 0 ? ap.av.getRanges().getStartSeq() : row;
1957     ap.scrollTo(ap.av.getRanges().getStartRes(),
1958             ap.av.getRanges().getStartRes(), row, true, true);
1959   }
1960
1961   /**
1962    * scroll to the given column - or nearest visible location
1963    *
1964    * @param column
1965    */
1966   public void scrollToColumn(int column)
1967   {
1968
1969     column = column < 0 ? ap.av.getRanges().getStartRes() : column;
1970     ap.scrollTo(column, column, ap.av.getRanges().getStartSeq(), true,
1971             true);
1972   }
1973
1974   /**
1975    * If this panel is a cdna/protein translation view of the selection source,
1976    * tries to map the source selection to a local one, and returns true. Else
1977    * returns false.
1978    *
1979    * @param seqsel
1980    * @param colsel
1981    * @param source
1982    */
1983   protected boolean selectionFromTranslation(SequenceGroup seqsel,
1984           ColumnSelection colsel, HiddenColumns hidden,
1985           SelectionSource source)
1986   {
1987     if (!(source instanceof AlignViewportI))
1988     {
1989       return false;
1990     }
1991     final AlignViewportI sourceAv = (AlignViewportI) source;
1992     if (sourceAv.getCodingComplement() != av
1993             && av.getCodingComplement() != sourceAv)
1994     {
1995       return false;
1996     }
1997
1998     /*
1999      * Map sequence selection
2000      */
2001     SequenceGroup sg = MappingUtils.mapSequenceGroup(seqsel, sourceAv, av);
2002     av.setSelectionGroup(sg);
2003     av.isSelectionGroupChanged(true);
2004
2005     /*
2006      * Map column selection
2007      */
2008     // ColumnSelection cs = MappingUtils.mapColumnSelection(colsel, sourceAv,
2009     // av);
2010     ColumnSelection cs = new ColumnSelection();
2011     HiddenColumns hs = new HiddenColumns();
2012     MappingUtils.mapColumnSelection(colsel, hidden, sourceAv, av, cs, hs);
2013     av.setColumnSelection(cs);
2014     av.getAlignment().setHiddenColumns(hs);
2015
2016     ap.scalePanelHolder.repaint();
2017     ap.repaint();
2018
2019     return true;
2020   }
2021
2022 }