src/jalview/appletgui/SeqPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.util.*;\r
  23 \r
  24 import java.awt.*;\r
  25 import java.awt.event.*;\r
  26 \r
  27 import jalview.datamodel.*;\r
  28 import jalview.schemes.*;\r
  29 \r
  30 public class SeqPanel\r
  31     extends Panel\r
  32 {\r
  33 \r
  34   public SeqCanvas seqCanvas;\r
  35   public AlignmentPanel ap;\r
  36 \r
  37   protected int lastres;\r
  38   protected int startseq;\r
  39   int startEdit = -1;\r
  40   int endEdit = -1;\r
  41 \r
  42   protected AlignViewport av;\r
  43 \r
  44   // if character is inserted or deleted, we will need to recalculate the conservation\r
  45   int seqEditOccurred = -1;\r
  46 \r
  47   ScrollThread scrollThread = null;\r
  48   boolean mouseDragging = false;\r
  49 \r
  50   boolean editingSeqs = false;\r
  51   boolean groupEditing = false;\r
  52 \r
  53   public SeqPanel(AlignViewport avp, AlignmentPanel p)\r
  54   {\r
  55     this.av = avp;\r
  56 \r
  57     seqCanvas = new SeqCanvas(avp);\r
  58     setLayout(new BorderLayout());\r
  59     add(seqCanvas);\r
  60 \r
  61     ap = p;\r
  62 \r
  63     seqCanvas.addMouseMotionListener(new MouseMotionAdapter()\r
  64     {\r
  65       public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
  66       {\r
  67         doMouseMoved(evt);\r
  68       }\r
  69 \r
  70       public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
  71       {\r
  72         if (editingSeqs)\r
  73         {\r
  74           doMouseDragged(evt);\r
  75         }\r
  76         else\r
  77         {\r
  78           doMouseDraggedDefineMode(evt);\r
  79         }\r
  80       }\r
  81     });\r
  82 \r
  83     seqCanvas.addMouseListener(new MouseAdapter()\r
  84     {\r
  85       public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
  86       {\r
  87         if (editingSeqs)\r
  88         {\r
  89           doMouseReleased(evt);\r
  90         }\r
  91         else\r
  92         {\r
  93           doMouseReleasedDefineMode(evt);\r
  94         }\r
  95 \r
  96       }\r
  97 \r
  98       public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
  99       {\r
 100         if (evt.isShiftDown() || evt.isAltDown() || evt.isControlDown())\r
 101         {\r
 102           if (evt.isAltDown() || evt.isControlDown())\r
 103           {\r
 104             groupEditing = true;\r
 105           }\r
 106 \r
 107           editingSeqs = true;\r
 108           doMousePressed(evt);\r
 109         }\r
 110         else\r
 111         {\r
 112           doMousePressedDefineMode(evt);\r
 113         }\r
 114       }\r
 115 \r
 116       public void mouseExited(MouseEvent evt)\r
 117       {\r
 118         if (editingSeqs)\r
 119         {\r
 120           return;\r
 121         }\r
 122         doMouseExitedDefineMode(evt);\r
 123 \r
 124       }\r
 125 \r
 126       public void mouseEntered(MouseEvent evt)\r
 127       {\r
 128         if (editingSeqs)\r
 129         {\r
 130           return;\r
 131         }\r
 132         doMouseEnteredDefineMode(evt);\r
 133       }\r
 134 \r
 135     });\r
 136     seqCanvas.repaint();\r
 137   }\r
 138 \r
 139   public void doMouseReleased(MouseEvent evt)\r
 140   {\r
 141 \r
 142     if (seqEditOccurred > -1)\r
 143     {\r
 144       editOccurred(seqEditOccurred);\r
 145     }\r
 146 \r
 147     startseq = -1;\r
 148     lastres = -1;\r
 149     seqEditOccurred = -1;\r
 150     editingSeqs = false;\r
 151     groupEditing = false;\r
 152     ap.repaint();\r
 153   }\r
 154 \r
 155   int startWrapBlock=-1;\r
 156   int wrappedBlock=-1;\r
 157   int findRes(MouseEvent evt)\r
 158  {\r
 159    int res = 0;\r
 160    int x = evt.getX();\r
 161 \r
 162   if (av.wrapAlignment)\r
 163   {\r
 164       int y = evt.getY();\r
 165       y -= (2 * av.charHeight);\r
 166       x -= seqCanvas.LABEL_WEST;\r
 167 \r
 168       int chunkHeight = (av.getAlignment().getHeight() + 2) * av.charHeight;\r
 169       int cwidth = seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(this.getSize().width);\r
 170       wrappedBlock = y/chunkHeight;\r
 171       wrappedBlock += av.getStartRes()/cwidth;\r
 172 \r
 173       res = wrappedBlock*cwidth   +   x / av.getCharWidth();\r
 174   }\r
 175   else\r
 176   {\r
 177       res = (x / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
 178   }\r
 179 \r
 180   return res;\r
 181 \r
 182  }\r
 183 \r
 184  int findSeq(MouseEvent evt)\r
 185  {\r
 186    int seq = 0;\r
 187    int y = evt.getY();\r
 188 \r
 189    if (av.wrapAlignment)\r
 190    {\r
 191      y -= (2 * av.charHeight);\r
 192      int chunkHeight = (av.getAlignment().getHeight() + 2) * av.charHeight;\r
 193      seq = ( (y % chunkHeight) / av.getCharHeight());\r
 194    }\r
 195    else\r
 196    {\r
 197      seq = (y / av.getCharHeight()) + av.getStartSeq();\r
 198    }\r
 199 \r
 200    return seq;\r
 201  }\r
 202 \r
 203 \r
 204   public void doMousePressed(MouseEvent evt)\r
 205   {\r
 206     ap.alignFrame.addHistoryItem(new HistoryItem(\r
 207         "Edit Sequence", av.alignment, HistoryItem.EDIT));\r
 208 \r
 209     int seq = findSeq(evt);\r
 210     int res = findRes(evt);\r
 211 \r
 212     if (seq < av.getAlignment().getHeight() &&\r
 213         res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength())\r
 214     {\r
 215       //char resstr = align.getSequenceAt(seq).getSequence().charAt(res);\r
 216       // Find the residue's position in the sequence (res is the position\r
 217       // in the alignment\r
 218 \r
 219       startseq = seq;\r
 220       lastres = res;\r
 221     }\r
 222     else\r
 223     {\r
 224       startseq = -1;\r
 225       lastres = -1;\r
 226     }\r
 227 \r
 228     return;\r
 229   }\r
 230 \r
 231   public void doMouseMoved(MouseEvent evt)\r
 232   {\r
 233     int res = findRes(evt);\r
 234     int seq = findSeq(evt);\r
 235 \r
 236     if (seq >= av.getAlignment().getHeight() || seq<0 || res<0)\r
 237     {\r
 238       return;\r
 239     }\r
 240 \r
 241     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
 242     if (res > sequence.getLength())\r
 243     {\r
 244       return;\r
 245     }\r
 246 \r
 247     Object obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get(sequence.getCharAt(res) + "");\r
 248     String aa = "";\r
 249     if (obj != null)\r
 250     {\r
 251       aa = obj.toString();\r
 252     }\r
 253 \r
 254     StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence " + (seq + 1) + " ID: " +\r
 255                                          sequence.getName());\r
 256     if (aa != "")\r
 257     {\r
 258       text.append("  Residue: " + aa + " (" +\r
 259                   av.getAlignment().getSequenceAt(seq).findPosition(res) + ")");\r
 260     }\r
 261 \r
 262     ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());\r
 263 \r
 264     // use aa to see if the mouse pointer is on a\r
 265     if (av.showSequenceFeatures)\r
 266     {\r
 267       Vector features = sequence.getSequenceFeatures();\r
 268       Enumeration e = features.elements();\r
 269       StringBuffer sbuffer = new StringBuffer();\r
 270 \r
 271       while (e.hasMoreElements())\r
 272       {\r
 273         SequenceFeature sf = (SequenceFeature) e.nextElement();\r
 274         if (sf.getStart() <= sequence.findPosition(res) &&\r
 275             sf.getEnd() >= sequence.findPosition(res))\r
 276         {\r
 277           if (sbuffer.length() > 0)\r
 278           {\r
 279             sbuffer.append("; ");\r
 280           }\r
 281           sbuffer.append(sf.getType() + " " + sf.getDescription());\r
 282           if (sf.getStatus().length() > 0)\r
 283           {\r
 284             sbuffer.append(" (" + sf.getStatus() + ")");\r
 285           }\r
 286         }\r
 287 \r
 288       }\r
 289     }\r
 290 \r
 291   }\r
 292 \r
 293   public void doMouseDragged(MouseEvent evt)\r
 294   {\r
 295 \r
 296     // If we're dragging we're editing\r
 297     int res = findRes(evt);\r
 298     if (res < 0)\r
 299     {\r
 300       res = 0;\r
 301     }\r
 302 \r
 303     if (lastres == -1 || lastres == res)\r
 304     {\r
 305       return;\r
 306     }\r
 307 \r
 308     boolean dragRight = true;\r
 309     if (res < av.getAlignment().getWidth() && res < lastres)\r
 310     {\r
 311       dragRight = false;\r
 312     }\r
 313 \r
 314     if (res != lastres)\r
 315     {\r
 316       // Group editing\r
 317       if (groupEditing)\r
 318       {\r
 319         SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();\r
 320         if (sg == null)\r
 321         {\r
 322           lastres = -1;\r
 323           return;\r
 324         }\r
 325 \r
 326         // drag to right\r
 327         if (dragRight)\r
 328         {\r
 329           sg.setEndRes(sg.getEndRes() + (res - lastres));\r
 330         }\r
 331 \r
 332         // drag to left\r
 333         else\r
 334         {\r
 335           /// Are we able to delete?\r
 336           // ie are all columns blank?\r
 337           boolean deleteAllowed = false;\r
 338           for (int s = 0; s < sg.getSize(); s++)\r
 339           {\r
 340             SequenceI seq = sg.getSequenceAt(s);\r
 341             for (int j = res; j < lastres; j++)\r
 342             {\r
 343               if (seq.getSequence().length() <= j)\r
 344               {\r
 345                 continue;\r
 346               }\r
 347 \r
 348               if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getSequence().charAt(j)))\r
 349               {\r
 350                 // Not a gap, block edit not valid\r
 351                 res = j + 1;\r
 352                 deleteAllowed = false;\r
 353                 continue;\r
 354               }\r
 355               deleteAllowed = true;\r
 356             }\r
 357           }\r
 358 \r
 359           if (!deleteAllowed)\r
 360           {\r
 361             lastres = -1;\r
 362             return;\r
 363           }\r
 364 \r
 365           sg.setEndRes(sg.getEndRes() - (lastres - res));\r
 366         }\r
 367 \r
 368         for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
 369         {\r
 370           SequenceI s = sg.getSequenceAt(i);\r
 371           int k = av.alignment.findIndex(s);\r
 372 \r
 373           // drag to right\r
 374           if (dragRight)\r
 375           {\r
 376             for (int j = lastres; j < res; j++)\r
 377             {\r
 378               insertChar(j, k);\r
 379             }\r
 380           }\r
 381 \r
 382           // drag to left\r
 383           else\r
 384           {\r
 385             for (int j = res; j < lastres; j++)\r
 386             {\r
 387               if (s.getLength() > j)\r
 388               {\r
 389                 deleteChar(res, k);\r
 390               }\r
 391             }\r
 392           }\r
 393         }\r
 394       }\r
 395       else /////Editing a single sequence///////////\r
 396       {\r
 397         if (res < av.getAlignment().getWidth() && res > lastres)\r
 398         {\r
 399           // dragging to the right\r
 400           for (int j = lastres; j < res; j++)\r
 401           {\r
 402             insertChar(j, startseq);\r
 403           }\r
 404         }\r
 405         else if (res < av.getAlignment().getWidth() && res < lastres)\r
 406         {\r
 407           // dragging to the left\r
 408           for (int j = lastres; j > res; j--)\r
 409           {\r
 410             if (jalview.util.Comparison.isGap(\r
 411                 av.alignment.getSequenceAt(startseq).getSequence().charAt(res)))\r
 412             {\r
 413 \r
 414               deleteChar(res, startseq);\r
 415             }\r
 416             else\r
 417             {\r
 418 \r
 419               break;\r
 420             }\r
 421           }\r
 422         }\r
 423 \r
 424       }\r
 425     }\r
 426 \r
 427     endEdit = res;\r
 428     lastres = res;\r
 429     seqCanvas.repaint();\r
 430   }\r
 431 \r
 432   public void drawChars(int seqstart, int seqend, int start)\r
 433   {\r
 434     seqCanvas.drawPanel(seqCanvas.gg, start, av.getEndRes(), seqstart, seqend,\r
 435                         av.getStartRes(), av.getStartSeq(), 0);\r
 436     seqCanvas.repaint();\r
 437   }\r
 438 \r
 439   public void insertChar(int j, int seq)\r
 440   {\r
 441     av.alignment.getSequenceAt(seq).insertCharAt(j, av.getGapCharacter());\r
 442     seqEditOccurred = seq;\r
 443   }\r
 444 \r
 445   public void deleteChar(int j, int seq)\r
 446   {\r
 447 \r
 448     av.alignment.getSequenceAt(seq).deleteCharAt(j);\r
 449     seqEditOccurred = seq;\r
 450     av.alignment.getWidth();\r
 451     repaint();\r
 452   }\r
 453 \r
 454   void editOccurred(int i)\r
 455   {\r
 456     if (endEdit == startEdit)\r
 457     {\r
 458         ap.alignFrame.historyList.pop();\r
 459         ap.alignFrame.updateEditMenuBar();\r
 460     }\r
 461 \r
 462     av.updateConservation();\r
 463     av.updateConsensus();\r
 464 \r
 465 \r
 466     //Does the edit affect any groups?\r
 467     //////////////////////////////\r
 468     Vector groupsToUpdate = new Vector();\r
 469     SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();\r
 470 \r
 471     int s, g, gSize = av.alignment.getGroups().size();\r
 472     if (sg != null)\r
 473     {\r
 474       groupsToUpdate.addElement(av.getSelectionGroup());\r
 475       int sSize = sg.getSize();\r
 476       for (s = 0; s < sSize; s++)\r
 477       {\r
 478         SequenceI seq = sg.getSequenceAt(s);\r
 479 \r
 480         for (g = 0; g < gSize; g++)\r
 481         {\r
 482           SequenceGroup sg2 = (SequenceGroup) av.alignment.getGroups().\r
 483               elementAt(\r
 484                   g);\r
 485           if (sg2.sequences.contains(seq))\r
 486           {\r
 487             if (!groupsToUpdate.contains(sg2))\r
 488               groupsToUpdate.addElement(sg2);\r
 489             continue;\r
 490           }\r
 491         }\r
 492       }\r
 493     }\r
 494     else\r
 495     {\r
 496       SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(startseq);\r
 497       for (g = 0; g < gSize; g++)\r
 498       {\r
 499         SequenceGroup sg2 = (SequenceGroup) av.alignment.getGroups().elementAt(\r
 500             g);\r
 501         if (sg2.sequences.contains(seq))\r
 502         {\r
 503           if (!groupsToUpdate.contains(sg2))\r
 504             groupsToUpdate.addElement(sg2);\r
 505           continue;\r
 506         }\r
 507       }\r
 508     }\r
 509 \r
 510     gSize = groupsToUpdate.size();\r
 511     for (g = 0; g < gSize; g++)\r
 512     {\r
 513       ( (SequenceGroup) groupsToUpdate.elementAt(g)).recalcConservation();\r
 514     }\r
 515     ////End of updating groups\r
 516       //////////////////////////////////////////\r
 517 \r
 518 \r
 519     // Y O Y CLUSTALX\r
 520     ColourSchemeI cs = av.getGlobalColourScheme();\r
 521 \r
 522     if (av.getSelectionGroup() != null)\r
 523     {\r
 524         av.getSelectionGroup().recalcConservation();\r
 525     }\r
 526 \r
 527     if(cs!=null)\r
 528     {\r
 529       if (cs.conservationApplied())\r
 530       {\r
 531         jalview.analysis.Conservation c = new jalview.analysis.Conservation("All",\r
 532                                           ResidueProperties.propHash, 3,\r
 533                                           av.alignment.getSequences(),\r
 534                                           0, av.alignment.getWidth() - 1);\r
 535         c.calculate();\r
 536         c.verdict(false, av.ConsPercGaps);\r
 537 \r
 538         if (cs instanceof ClustalxColourScheme)\r
 539         {\r
 540           ((ClustalxColourScheme)cs).\r
 541               resetClustalX(av.alignment.getSequences(),\r
 542                                 av.alignment.getWidth());\r
 543           cs.setConservation(c);\r
 544           av.setGlobalColourScheme(cs);\r
 545         }\r
 546         else\r
 547         {\r
 548           cs.setConservation(c);\r
 549           av.setGlobalColourScheme(cs);\r
 550         }\r
 551 \r
 552       }\r
 553 \r
 554       if (cs instanceof ClustalxColourScheme)\r
 555       {\r
 556         ( (ClustalxColourScheme) cs).resetClustalX(av.alignment.getSequences(),\r
 557                                                    av.alignment.getWidth());\r
 558         av.setGlobalColourScheme(cs);\r
 559       }\r
 560         }\r
 561   }\r
 562 \r
 563 //////////////////////////////////////////\r
 564 /////Everything below this is for defining the boundary of the rubberband\r
 565 //////////////////////////////////////////\r
 566   int oldSeq = -1;\r
 567   public void doMousePressedDefineMode(MouseEvent evt)\r
 568   {\r
 569     int res = findRes(evt);\r
 570     int seq = findSeq(evt);\r
 571     oldSeq = seq;\r
 572     startWrapBlock=wrappedBlock;\r
 573 \r
 574     SequenceI sequence = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
 575 \r
 576     if (sequence == null || res > sequence.getLength())\r
 577     {\r
 578       return;\r
 579     }\r
 580 \r
 581     stretchGroup = av.getSelectionGroup();\r
 582 \r
 583     if (stretchGroup == null)\r
 584     {\r
 585       stretchGroup = av.alignment.findGroup(sequence);\r
 586       if (stretchGroup != null && res > stretchGroup.getStartRes() &&\r
 587           res < stretchGroup.getEndRes())\r
 588       {\r
 589         av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
 590       }\r
 591       else\r
 592       {\r
 593         stretchGroup = null;\r
 594       }\r
 595     }\r
 596 \r
 597     else if (!stretchGroup.sequences.contains(sequence)\r
 598              || stretchGroup.getStartRes() > res\r
 599              || stretchGroup.getEndRes() < res)\r
 600     {\r
 601       stretchGroup = null;\r
 602 \r
 603       SequenceGroup[] allGroups = av.alignment.findAllGroups(sequence);\r
 604 \r
 605       if (allGroups != null)\r
 606       {\r
 607         for (int i = 0; i < allGroups.length; i++)\r
 608         {\r
 609           if (allGroups[i].getStartRes() <= res &&\r
 610               allGroups[i].getEndRes() >= res)\r
 611           {\r
 612             stretchGroup = allGroups[i];\r
 613             av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
 614             break;\r
 615           }\r
 616         }\r
 617       }\r
 618     }\r
 619 \r
 620     if (stretchGroup == null)\r
 621     {\r
 622       // define a new group here\r
 623       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
 624       sg.setStartRes(res);\r
 625       sg.setEndRes(res);\r
 626       sg.addSequence(sequence, false);\r
 627       av.setSelectionGroup(sg);\r
 628       stretchGroup = sg;\r
 629 \r
 630       if (av.getConservationSelected())\r
 631       {\r
 632         SliderPanel.setConservationSlider(ap, av.getGlobalColourScheme(),\r
 633                                           "Background");\r
 634       }\r
 635       if (av.getAbovePIDThreshold())\r
 636       {\r
 637         SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, av.getGlobalColourScheme(),\r
 638                                        "Background");\r
 639       }\r
 640 \r
 641     }\r
 642 \r
 643     // DETECT RIGHT MOUSE BUTTON IN AWT\r
 644     else if ( (evt.getModifiers() & InputEvent.BUTTON3_MASK) ==\r
 645              InputEvent.BUTTON3_MASK)\r
 646     {\r
 647       APopupMenu popup = new APopupMenu(ap, null, null);\r
 648       this.add(popup);\r
 649       popup.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
 650     }\r
 651 \r
 652     if (stretchGroup != null && stretchGroup.getEndRes() == res)\r
 653     {\r
 654       // Edit end res position of selected group\r
 655       changeEndRes = true;\r
 656     }\r
 657 \r
 658     else if (stretchGroup != null && stretchGroup.getStartRes() == res)\r
 659     {\r
 660       // Edit end res position of selected group\r
 661       changeStartRes = true;\r
 662     }\r
 663 \r
 664   }\r
 665 \r
 666   boolean changeEndSeq = false;\r
 667   boolean changeStartSeq = false;\r
 668   boolean changeEndRes = false;\r
 669   boolean changeStartRes = false;\r
 670   SequenceGroup stretchGroup = null;\r
 671 \r
 672   public void doMouseReleasedDefineMode(MouseEvent evt)\r
 673   {\r
 674     if(mouseDragging)\r
 675      {\r
 676        stretchGroup.recalcConservation();\r
 677        mouseDragging = false;\r
 678      }\r
 679 \r
 680     if (stretchGroup == null)\r
 681     {\r
 682       return;\r
 683     }\r
 684 \r
 685     if(stretchGroup.cs!=null)\r
 686     {\r
 687       if (stretchGroup.cs.conservationApplied())\r
 688       {\r
 689         SliderPanel.setConservationSlider(ap, stretchGroup.cs,\r
 690                                           stretchGroup.getName());\r
 691       }\r
 692       else\r
 693       {\r
 694         SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, stretchGroup.cs,\r
 695                                        stretchGroup.getName());\r
 696       }\r
 697     }\r
 698     changeEndRes = false;\r
 699     changeStartRes = false;\r
 700     stretchGroup = null;\r
 701     seqCanvas.repaint();\r
 702     ap.repaint();\r
 703   }\r
 704 \r
 705   boolean remove = false;\r
 706   public void doMouseDraggedDefineMode(MouseEvent evt)\r
 707   {\r
 708     int res = findRes(evt);\r
 709     int y = findSeq(evt);\r
 710 \r
 711     if(wrappedBlock!=startWrapBlock)\r
 712         return;\r
 713 \r
 714     if(y>=av.alignment.getHeight())\r
 715       y = av.alignment.getHeight()-1;\r
 716 \r
 717     if (stretchGroup == null)\r
 718     {\r
 719       return;\r
 720     }\r
 721 \r
 722     if (res > av.alignment.getWidth())\r
 723     {\r
 724       res = av.alignment.getWidth() - 1;\r
 725     }\r
 726 \r
 727     if (stretchGroup.getEndRes() == res)\r
 728     {\r
 729       // Edit end res position of selected group\r
 730       changeEndRes = true;\r
 731     }\r
 732 \r
 733     else if (stretchGroup.getStartRes() == res)\r
 734     {\r
 735       // Edit start res position of selected group\r
 736       changeStartRes = true;\r
 737     }\r
 738 \r
 739     if (res < av.getStartRes())\r
 740     {\r
 741       res = av.getStartRes();\r
 742     }\r
 743     else if (res > av.getEndRes() && !av.getWrapAlignment())\r
 744     {\r
 745       res = av.getEndRes();\r
 746     }\r
 747 \r
 748     if (changeEndRes)\r
 749     {\r
 750       if (res > stretchGroup.getStartRes() - 1)\r
 751       {\r
 752         stretchGroup.setEndRes(res);\r
 753       }\r
 754     }\r
 755     else if (changeStartRes)\r
 756     {\r
 757       if (res < stretchGroup.getEndRes() + 1)\r
 758       {\r
 759         stretchGroup.setStartRes(res);\r
 760       }\r
 761     }\r
 762 \r
 763     int dragDirection = 0;\r
 764     if (y > oldSeq)\r
 765     {\r
 766       dragDirection = 1;\r
 767     }\r
 768     else if (y < oldSeq)\r
 769     {\r
 770       dragDirection = -1;\r
 771     }\r
 772 \r
 773     while (y != oldSeq && oldSeq > 0 && y < av.alignment.getHeight())\r
 774     {\r
 775       // This routine ensures we don't skip any sequences, as the\r
 776       // selection is quite slow.\r
 777       Sequence seq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
 778 \r
 779       oldSeq += dragDirection;\r
 780       Sequence nextSeq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
 781 \r
 782       if (stretchGroup.sequences.contains(nextSeq))\r
 783       {\r
 784         stretchGroup.deleteSequence(seq, false);\r
 785       }\r
 786       else\r
 787       {\r
 788         if (seq != null)\r
 789         {\r
 790           stretchGroup.addSequence(seq, false);\r
 791         }\r
 792         stretchGroup.addSequence(nextSeq, false);\r
 793       }\r
 794     }\r
 795     oldSeq = y;\r
 796     mouseDragging = true;\r
 797     if (scrollThread != null)\r
 798     {\r
 799       scrollThread.setEvent(evt);\r
 800     }\r
 801 \r
 802     seqCanvas.repaint();\r
 803   }\r
 804 \r
 805   public void doMouseEnteredDefineMode(MouseEvent e)\r
 806   {\r
 807     if (scrollThread != null)\r
 808     {\r
 809       scrollThread.running = false;\r
 810     }\r
 811   }\r
 812 \r
 813   public void doMouseExitedDefineMode(MouseEvent e)\r
 814   {\r
 815     if (mouseDragging)\r
 816     {\r
 817       scrollThread = new ScrollThread();\r
 818     }\r
 819   }\r
 820 \r
 821   // this class allows scrolling off the bottom of the visible alignment\r
 822   class ScrollThread\r
 823       extends Thread\r
 824   {\r
 825     MouseEvent evt;\r
 826     boolean running = false;\r
 827     public ScrollThread()\r
 828     {\r
 829       start();\r
 830     }\r
 831 \r
 832     public void setEvent(MouseEvent e)\r
 833     {\r
 834       evt = e;\r
 835     }\r
 836 \r
 837     public void stopScrolling()\r
 838     {\r
 839       running = false;\r
 840     }\r
 841 \r
 842     public void run()\r
 843     {\r
 844       running = true;\r
 845       while (running)\r
 846       {\r
 847         if (evt != null)\r
 848         {\r
 849 \r
 850           if (mouseDragging && evt.getY() < 0 && av.getStartSeq() > 0)\r
 851           {\r
 852             running = ap.scrollUp(true);\r
 853           }\r
 854 \r
 855           if (mouseDragging && evt.getY() >= getSize().height &&\r
 856               av.alignment.getHeight() > av.getEndSeq())\r
 857           {\r
 858             running = ap.scrollUp(false);\r
 859           }\r
 860 \r
 861           if (mouseDragging && evt.getX() < 0)\r
 862           {\r
 863             running = ap.scrollRight(true);\r
 864           }\r
 865 \r
 866           else if (mouseDragging && evt.getX() >= getSize().width)\r
 867           {\r
 868             running = ap.scrollRight(false);\r
 869           }\r
 870         }\r
 871 \r
 872         try\r
 873         {\r
 874           Thread.sleep(75);\r
 875         }\r
 876         catch (Exception ex)\r
 877         {}\r
 878       }\r
 879     }\r
 880   }\r
 881 \r
 882 }\r