src/jalview/appletgui/SeqPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.appletgui;
  22
  23 import jalview.commands.EditCommand;
  24 import jalview.commands.EditCommand.Action;
  25 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  26 import jalview.datamodel.SearchResults;
  27 import jalview.datamodel.Sequence;
  28 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  29 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  30 import jalview.datamodel.SequenceI;
  31 import jalview.schemes.ResidueProperties;
  32 import jalview.structure.SelectionSource;
  33 import jalview.structure.SequenceListener;
  34 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  35 import jalview.util.MessageManager;
  36
  37 import java.awt.BorderLayout;
  38 import java.awt.Font;
  39 import java.awt.FontMetrics;
  40 import java.awt.Panel;
  41 import java.awt.Point;
  42 import java.awt.event.InputEvent;
  43 import java.awt.event.MouseEvent;
  44 import java.awt.event.MouseListener;
  45 import java.awt.event.MouseMotionListener;
  46 import java.util.Vector;
  47
  48 public class SeqPanel extends Panel implements MouseMotionListener,
  49         MouseListener, SequenceListener
  50 {
  51
  52   public SeqCanvas seqCanvas;
  53
  54   public AlignmentPanel ap;
  55
  56   protected int lastres;
  57
  58   protected int startseq;
  59
  60   protected AlignViewport av;
  61
  62   // if character is inserted or deleted, we will need to recalculate the
  63   // conservation
  64   boolean seqEditOccurred = false;
  65
  66   ScrollThread scrollThread = null;
  67
  68   boolean mouseDragging = false;
  69
  70   boolean editingSeqs = false;
  71
  72   boolean groupEditing = false;
  73
  74   int oldSeq = -1;
  75
  76   boolean changeEndSeq = false;
  77
  78   boolean changeStartSeq = false;
  79
  80   boolean changeEndRes = false;
  81
  82   boolean changeStartRes = false;
  83
  84   SequenceGroup stretchGroup = null;
  85
  86   StringBuffer keyboardNo1;
  87
  88   StringBuffer keyboardNo2;
  89
  90   boolean mouseWheelPressed = false;
  91
  92   Point lastMousePress;
  93
  94   EditCommand editCommand;
  95
  96   StructureSelectionManager ssm;
  97
  98   public SeqPanel(AlignViewport avp, AlignmentPanel p)
  99   {
 100     this.av = avp;
 101
 102     seqCanvas = new SeqCanvas(avp);
 103     setLayout(new BorderLayout());
 104     add(seqCanvas);
 105
 106     ap = p;
 107
 108     seqCanvas.addMouseMotionListener(this);
 109     seqCanvas.addMouseListener(this);
 110     ssm = StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager(av.applet);
 111     ssm.addStructureViewerListener(this);
 112
 113     seqCanvas.repaint();
 114   }
 115
 116   void endEditing()
 117   {
 118     if (editCommand != null && editCommand.getSize() > 0)
 119     {
 120       ap.alignFrame.addHistoryItem(editCommand);
 121       av.firePropertyChange("alignment", null, av.getAlignment()
 122               .getSequences());
 123     }
 124
 125     startseq = -1;
 126     lastres = -1;
 127     editingSeqs = false;
 128     groupEditing = false;
 129     keyboardNo1 = null;
 130     keyboardNo2 = null;
 131     editCommand = null;
 132   }
 133
 134   void setCursorRow()
 135   {
 136     seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo1() - 1;
 137     scrollToVisible();
 138   }
 139
 140   void setCursorColumn()
 141   {
 142     seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo1() - 1;
 143     scrollToVisible();
 144   }
 145
 146   void setCursorRowAndColumn()
 147   {
 148     if (keyboardNo2 == null)
 149     {
 150       keyboardNo2 = new StringBuffer();
 151     }
 152     else
 153     {
 154       seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo1() - 1;
 155       seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo2() - 1;
 156       scrollToVisible();
 157     }
 158   }
 159
 160   void setCursorPosition()
 161   {
 162     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(
 163             seqCanvas.cursorY);
 164
 165     seqCanvas.cursorX = sequence.findIndex(getKeyboardNo1()) - 1;
 166     scrollToVisible();
 167   }
 168
 169   void moveCursor(int dx, int dy)
 170   {
 171     seqCanvas.cursorX += dx;
 172     seqCanvas.cursorY += dy;
 173     if (av.hasHiddenColumns()
 174             && !av.getColumnSelection().isVisible(seqCanvas.cursorX))
 175     {
 176       int original = seqCanvas.cursorX - dx;
 177       int maxWidth = av.getAlignment().getWidth();
 178
 179       while (!av.getColumnSelection().isVisible(seqCanvas.cursorX)
 180               && seqCanvas.cursorX < maxWidth && seqCanvas.cursorX > 0)
 181       {
 182         seqCanvas.cursorX += dx;
 183       }
 184
 185       if (seqCanvas.cursorX >= maxWidth
 186               || !av.getColumnSelection().isVisible(seqCanvas.cursorX))
 187       {
 188         seqCanvas.cursorX = original;
 189       }
 190     }
 191     scrollToVisible();
 192   }
 193
 194   void scrollToVisible()
 195   {
 196     if (seqCanvas.cursorX < 0)
 197     {
 198       seqCanvas.cursorX = 0;
 199     }
 200     else if (seqCanvas.cursorX > av.getAlignment().getWidth() - 1)
 201     {
 202       seqCanvas.cursorX = av.getAlignment().getWidth() - 1;
 203     }
 204
 205     if (seqCanvas.cursorY < 0)
 206     {
 207       seqCanvas.cursorY = 0;
 208     }
 209     else if (seqCanvas.cursorY > av.getAlignment().getHeight() - 1)
 210     {
 211       seqCanvas.cursorY = av.getAlignment().getHeight() - 1;
 212     }
 213
 214     endEditing();
 215     if (av.wrapAlignment)
 216     {
 217       ap.scrollToWrappedVisible(seqCanvas.cursorX);
 218     }
 219     else
 220     {
 221       while (seqCanvas.cursorY < av.startSeq)
 222       {
 223         ap.scrollUp(true);
 224       }
 225       while (seqCanvas.cursorY + 1 > av.endSeq)
 226       {
 227         ap.scrollUp(false);
 228       }
 229       while (seqCanvas.cursorX < av.getColumnSelection()
 230               .adjustForHiddenColumns(av.startRes))
 231       {
 232
 233         if (!ap.scrollRight(false))
 234         {
 235           break;
 236         }
 237       }
 238       while (seqCanvas.cursorX > av.getColumnSelection()
 239               .adjustForHiddenColumns(av.endRes))
 240       {
 241         if (!ap.scrollRight(true))
 242         {
 243           break;
 244         }
 245       }
 246     }
 247     setStatusMessage(av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY),
 248             seqCanvas.cursorX, seqCanvas.cursorY);
 249
 250     seqCanvas.repaint();
 251   }
 252
 253   void setSelectionAreaAtCursor(boolean topLeft)
 254   {
 255     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(
 256             seqCanvas.cursorY);
 257
 258     if (av.getSelectionGroup() != null)
 259     {
 260       SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();
 261       // Find the top and bottom of this group
 262       int min = av.getAlignment().getHeight(), max = 0;
 263       for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)
 264       {
 265         int index = av.getAlignment().findIndex(sg.getSequenceAt(i));
 266         if (index > max)
 267         {
 268           max = index;
 269         }
 270         if (index < min)
 271         {
 272           min = index;
 273         }
 274       }
 275
 276       max++;
 277
 278       if (topLeft)
 279       {
 280         sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);
 281         if (sg.getEndRes() < seqCanvas.cursorX)
 282         {
 283           sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);
 284         }
 285
 286         min = seqCanvas.cursorY;
 287       }
 288       else
 289       {
 290         sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);
 291         if (sg.getStartRes() > seqCanvas.cursorX)
 292         {
 293           sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);
 294         }
 295
 296         max = seqCanvas.cursorY + 1;
 297       }
 298
 299       if (min > max)
 300       {
 301         // Only the user can do this
 302         av.setSelectionGroup(null);
 303       }
 304       else
 305       {
 306         // Now add any sequences between min and max
 307         sg.clear();
 308         for (int i = min; i < max; i++)
 309         {
 310           sg.addSequence(av.getAlignment().getSequenceAt(i), false);
 311         }
 312       }
 313     }
 314
 315     if (av.getSelectionGroup() == null)
 316     {
 317       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 318       sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);
 319       sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);
 320       sg.addSequence(sequence, false);
 321       av.setSelectionGroup(sg);
 322     }
 323     ap.paintAlignment(false);
 324     av.sendSelection();
 325   }
 326
 327   void insertGapAtCursor(boolean group)
 328   {
 329     groupEditing = group;
 330     startseq = seqCanvas.cursorY;
 331     lastres = seqCanvas.cursorX;
 332     editSequence(true, seqCanvas.cursorX + getKeyboardNo1());
 333     endEditing();
 334   }
 335
 336   void deleteGapAtCursor(boolean group)
 337   {
 338     groupEditing = group;
 339     startseq = seqCanvas.cursorY;
 340     lastres = seqCanvas.cursorX + getKeyboardNo1();
 341     editSequence(false, seqCanvas.cursorX);
 342     endEditing();
 343   }
 344
 345   void numberPressed(char value)
 346   {
 347     if (keyboardNo1 == null)
 348     {
 349       keyboardNo1 = new StringBuffer();
 350     }
 351
 352     if (keyboardNo2 != null)
 353     {
 354       keyboardNo2.append(value);
 355     }
 356     else
 357     {
 358       keyboardNo1.append(value);
 359     }
 360   }
 361
 362   int getKeyboardNo1()
 363   {
 364     try
 365     {
 366       if (keyboardNo1 != null)
 367       {
 368         int value = Integer.parseInt(keyboardNo1.toString());
 369         keyboardNo1 = null;
 370         return value;
 371       }
 372     } catch (Exception x)
 373     {
 374     }
 375     keyboardNo1 = null;
 376     return 1;
 377   }
 378
 379   int getKeyboardNo2()
 380   {
 381     try
 382     {
 383       if (keyboardNo2 != null)
 384       {
 385         int value = Integer.parseInt(keyboardNo2.toString());
 386         keyboardNo2 = null;
 387         return value;
 388       }
 389     } catch (Exception x)
 390     {
 391     }
 392     keyboardNo2 = null;
 393     return 1;
 394   }
 395
 396   void setStatusMessage(SequenceI sequence, int res, int seq)
 397   {
 398     StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence " + (seq + 1) + " ID: "
 399             + sequence.getName());
 400
 401     Object obj = null;
 402     if (av.getAlignment().isNucleotide())
 403     {
 404       obj = ResidueProperties.nucleotideName.get(sequence.getCharAt(res)
 405               + "");
 406       if (obj != null)
 407       {
 408         text.append(" Nucleotide: ");
 409       }
 410     }
 411     else
 412     {
 413       obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get(sequence.getCharAt(res) + "");
 414       if (obj != null)
 415       {
 416         text.append("  Residue: ");
 417       }
 418     }
 419
 420     if (obj != null)
 421     {
 422
 423       if (obj != "")
 424       {
 425         text.append(obj + " (" + sequence.findPosition(res) + ")");
 426       }
 427     }
 428
 429     ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());
 430
 431   }
 432
 433   public void mousePressed(MouseEvent evt)
 434   {
 435     lastMousePress = evt.getPoint();
 436
 437     // For now, ignore the mouseWheel font resizing on Macs
 438     // As the Button2_mask always seems to be true
 439     if ((evt.getModifiers() & InputEvent.BUTTON2_MASK) == InputEvent.BUTTON2_MASK
 440             && !av.MAC)
 441     {
 442       mouseWheelPressed = true;
 443       return;
 444     }
 445
 446     if (evt.isShiftDown() || evt.isControlDown() || evt.isAltDown())
 447     {
 448       if (evt.isControlDown() || evt.isAltDown())
 449       {
 450         groupEditing = true;
 451       }
 452       editingSeqs = true;
 453     }
 454     else
 455     {
 456       doMousePressedDefineMode(evt);
 457       return;
 458     }
 459
 460     int seq = findSeq(evt);
 461     int res = findRes(evt);
 462
 463     if (seq < 0 || res < 0)
 464     {
 465       return;
 466     }
 467
 468     if ((seq < av.getAlignment().getHeight())
 469             && (res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength()))
 470     {
 471       startseq = seq;
 472       lastres = res;
 473     }
 474     else
 475     {
 476       startseq = -1;
 477       lastres = -1;
 478     }
 479
 480     return;
 481   }
 482
 483   public void mouseClicked(MouseEvent evt)
 484   {
 485     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(findSeq(evt));
 486     if (evt.getClickCount() > 1)
 487     {
 488       if (av.getSelectionGroup() != null
 489               && av.getSelectionGroup().getSize() == 1
 490               && av.getSelectionGroup().getEndRes()
 491                       - av.getSelectionGroup().getStartRes() < 2)
 492       {
 493         av.setSelectionGroup(null);
 494       }
 495
 496       SequenceFeature[] features = findFeaturesAtRes(sequence,
 497               sequence.findPosition(findRes(evt)));
 498
 499       if (features != null && features.length > 0)
 500       {
 501         SearchResults highlight = new SearchResults();
 502         highlight.addResult(sequence, features[0].getBegin(),
 503                 features[0].getEnd());
 504         seqCanvas.highlightSearchResults(highlight);
 505       }
 506       if (features != null && features.length > 0)
 507       {
 508         seqCanvas.getFeatureRenderer().amendFeatures(new SequenceI[]
 509         { sequence }, features, false, ap);
 510
 511         seqCanvas.highlightSearchResults(null);
 512       }
 513     }
 514   }
 515
 516   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 517   {
 518     mouseDragging = false;
 519     mouseWheelPressed = false;
 520     ap.paintAlignment(true);
 521
 522     if (!editingSeqs)
 523     {
 524       doMouseReleasedDefineMode(evt);
 525       return;
 526     }
 527
 528     endEditing();
 529
 530   }
 531
 532   int startWrapBlock = -1;
 533
 534   int wrappedBlock = -1;
 535
 536   int findRes(MouseEvent evt)
 537   {
 538     int res = 0;
 539     int x = evt.getX();
 540
 541     if (av.wrapAlignment)
 542     {
 543
 544       int hgap = av.charHeight;
 545       if (av.scaleAboveWrapped)
 546       {
 547         hgap += av.charHeight;
 548       }
 549
 550       int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight + hgap
 551               + seqCanvas.getAnnotationHeight();
 552
 553       int y = evt.getY();
 554       y -= hgap;
 555       x -= seqCanvas.LABEL_WEST;
 556
 557       int cwidth = seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(getSize().width);
 558       if (cwidth < 1)
 559       {
 560         return 0;
 561       }
 562
 563       wrappedBlock = y / cHeight;
 564       wrappedBlock += av.getStartRes() / cwidth;
 565
 566       res = wrappedBlock * cwidth + x / av.getCharWidth();
 567
 568     }
 569     else
 570     {
 571       res = (x / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();
 572     }
 573
 574     if (av.hasHiddenColumns())
 575     {
 576       res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);
 577     }
 578
 579     return res;
 580
 581   }
 582
 583   int findSeq(MouseEvent evt)
 584   {
 585     final int sqnum = findAlRow(evt);
 586     return (sqnum < 0) ? 0 : sqnum;
 587   }
 588
 589   /**
 590    *
 591    * @param evt
 592    * @return row in alignment that was selected (or -1 for column selection)
 593    */
 594   private int findAlRow(MouseEvent evt)
 595   {
 596     int seq = 0;
 597     int y = evt.getY();
 598
 599     if (av.wrapAlignment)
 600     {
 601       int hgap = av.charHeight;
 602       if (av.scaleAboveWrapped)
 603       {
 604         hgap += av.charHeight;
 605       }
 606
 607       int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight + hgap
 608               + seqCanvas.getAnnotationHeight();
 609
 610       y -= hgap;
 611
 612       seq = Math.min((y % cHeight) / av.getCharHeight(), av.getAlignment()
 613               .getHeight() - 1);
 614       if (seq < 0)
 615       {
 616         seq = -1;
 617       }
 618     }
 619     else
 620     {
 621       seq = Math.min((y / av.getCharHeight()) + av.getStartSeq(), av
 622               .getAlignment().getHeight() - 1);
 623       if (seq < 0)
 624       {
 625         seq = -1;
 626       }
 627     }
 628
 629     return seq;
 630   }
 631
 632   public void doMousePressed(MouseEvent evt)
 633   {
 634
 635     int seq = findSeq(evt);
 636     int res = findRes(evt);
 637
 638     if (seq < av.getAlignment().getHeight()
 639             && res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength())
 640     {
 641       // char resstr = align.getSequenceAt(seq).getSequence().charAt(res);
 642       // Find the residue's position in the sequence (res is the position
 643       // in the alignment
 644
 645       startseq = seq;
 646       lastres = res;
 647     }
 648     else
 649     {
 650       startseq = -1;
 651       lastres = -1;
 652     }
 653
 654     return;
 655   }
 656
 657   String lastMessage;
 658
 659   public void mouseOverSequence(SequenceI sequence, int index, int pos)
 660   {
 661     String tmp = sequence.hashCode() + index + "";
 662     if (lastMessage == null || !lastMessage.equals(tmp))
 663     {
 664       ssm.mouseOverSequence(sequence, index, pos, av);
 665     }
 666
 667     lastMessage = tmp;
 668   }
 669
 670   public void highlightSequence(SearchResults results)
 671   {
 672     if (av.followHighlight)
 673     {
 674       if (ap.scrollToPosition(results, true))
 675       {
 676         ap.alignFrame.repaint();
 677       }
 678     }
 679     seqCanvas.highlightSearchResults(results);
 680
 681   }
 682
 683   public void updateColours(SequenceI seq, int index)
 684   {
 685     System.out.println("update the seqPanel colours");
 686     // repaint();
 687   }
 688
 689   public void mouseMoved(MouseEvent evt)
 690   {
 691     int res = findRes(evt);
 692     int seq = findSeq(evt);
 693
 694     if (seq >= av.getAlignment().getHeight() || seq < 0 || res < 0)
 695     {
 696       if (tooltip != null)
 697       {
 698         tooltip.setTip("");
 699       }
 700       return;
 701     }
 702
 703     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);
 704     if (res > sequence.getLength())
 705     {
 706       if (tooltip != null)
 707       {
 708         tooltip.setTip("");
 709       }
 710       return;
 711     }
 712
 713     int respos = sequence.findPosition(res);
 714     if (ssm != null)
 715     {
 716       mouseOverSequence(sequence, res, respos);
 717     }
 718
 719     StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence " + (seq + 1) + " ID: "
 720             + sequence.getName());
 721
 722     Object obj = null;
 723     if (av.getAlignment().isNucleotide())
 724     {
 725       obj = ResidueProperties.nucleotideName.get(sequence.getCharAt(res)
 726               + "");
 727       if (obj != null)
 728       {
 729         text.append(" Nucleotide: ");
 730       }
 731     }
 732     else
 733     {
 734       obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get(sequence.getCharAt(res) + "");
 735       if (obj != null)
 736       {
 737         text.append("  Residue: ");
 738       }
 739     }
 740
 741     if (obj != null)
 742     {
 743       if (obj != "")
 744       {
 745         text.append(obj + " (" + respos + ")");
 746       }
 747     }
 748
 749     ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());
 750
 751     StringBuffer tooltipText = new StringBuffer();
 752     SequenceGroup[] groups = av.getAlignment().findAllGroups(sequence);
 753     if (groups != null)
 754     {
 755       for (int g = 0; g < groups.length; g++)
 756       {
 757         if (groups[g].getStartRes() <= res && groups[g].getEndRes() >= res)
 758         {
 759           if (!groups[g].getName().startsWith("JTreeGroup")
 760                   && !groups[g].getName().startsWith("JGroup"))
 761           {
 762             tooltipText.append(groups[g].getName() + " ");
 763           }
 764           if (groups[g].getDescription() != null)
 765           {
 766             tooltipText.append(groups[g].getDescription());
 767           }
 768           tooltipText.append("\n");
 769         }
 770       }
 771     }
 772
 773     // use aa to see if the mouse pointer is on a
 774     SequenceFeature[] allFeatures = findFeaturesAtRes(sequence,
 775             sequence.findPosition(res));
 776
 777     int index = 0;
 778     while (index < allFeatures.length)
 779     {
 780       SequenceFeature sf = allFeatures[index];
 781
 782       tooltipText.append(sf.getType() + " " + sf.begin + ":" + sf.end);
 783
 784       if (sf.getDescription() != null)
 785       {
 786         tooltipText.append(" " + sf.getDescription());
 787       }
 788
 789       if (sf.getValue("status") != null)
 790       {
 791         String status = sf.getValue("status").toString();
 792         if (status.length() > 0)
 793         {
 794           tooltipText.append(" (" + sf.getValue("status") + ")");
 795         }
 796       }
 797       tooltipText.append("\n");
 798
 799       index++;
 800     }
 801
 802     if (tooltip == null)
 803     {
 804       tooltip = new Tooltip(tooltipText.toString(), seqCanvas);
 805     }
 806     else
 807     {
 808       tooltip.setTip(tooltipText.toString());
 809     }
 810   }
 811
 812   SequenceFeature[] findFeaturesAtRes(SequenceI sequence, int res)
 813   {
 814     Vector tmp = new Vector();
 815     SequenceFeature[] features = sequence.getSequenceFeatures();
 816     if (features != null)
 817     {
 818       for (int i = 0; i < features.length; i++)
 819       {
 820         if (av.getFeaturesDisplayed() == null
 821                 || !av.getFeaturesDisplayed().isVisible(features[i].getType()))
 822         {
 823           continue;
 824         }
 825
 826         if (features[i].featureGroup != null
 827                 && !seqCanvas.fr.checkGroupVisibility(features[i].featureGroup,false))
 828         {
 829           continue;
 830         }
 831
 832         if ((features[i].getBegin() <= res)
 833                 && (features[i].getEnd() >= res))
 834         {
 835           tmp.addElement(features[i]);
 836         }
 837       }
 838     }
 839
 840     features = new SequenceFeature[tmp.size()];
 841     tmp.copyInto(features);
 842
 843     return features;
 844   }
 845
 846   Tooltip tooltip;
 847
 848   public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 849   {
 850     if (mouseWheelPressed)
 851     {
 852       int oldWidth = av.charWidth;
 853
 854       // Which is bigger, left-right or up-down?
 855       if (Math.abs(evt.getY() - lastMousePress.y) > Math.abs(evt.getX()
 856               - lastMousePress.x))
 857       {
 858         int fontSize = av.font.getSize();
 859
 860         if (evt.getY() < lastMousePress.y && av.charHeight > 1)
 861         {
 862           fontSize--;
 863         }
 864         else if (evt.getY() > lastMousePress.y)
 865         {
 866           fontSize++;
 867         }
 868
 869         if (fontSize < 1)
 870         {
 871           fontSize = 1;
 872         }
 873
 874         av.setFont(new Font(av.font.getName(), av.font.getStyle(), fontSize));
 875         av.charWidth = oldWidth;
 876       }
 877       else
 878       {
 879         if (evt.getX() < lastMousePress.x && av.charWidth > 1)
 880         {
 881           av.charWidth--;
 882         }
 883         else if (evt.getX() > lastMousePress.x)
 884         {
 885           av.charWidth++;
 886         }
 887
 888         if (av.charWidth < 1)
 889         {
 890           av.charWidth = 1;
 891         }
 892       }
 893
 894       ap.fontChanged();
 895
 896       FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 897       av.validCharWidth = fm.charWidth('M') <= av.charWidth;
 898
 899       lastMousePress = evt.getPoint();
 900
 901       ap.paintAlignment(false);
 902       ap.annotationPanel.image = null;
 903       return;
 904     }
 905
 906     if (!editingSeqs)
 907     {
 908       doMouseDraggedDefineMode(evt);
 909       return;
 910     }
 911
 912     int res = findRes(evt);
 913
 914     if (res < 0)
 915     {
 916       res = 0;
 917     }
 918
 919     if ((lastres == -1) || (lastres == res))
 920     {
 921       return;
 922     }
 923
 924     if ((res < av.getAlignment().getWidth()) && (res < lastres))
 925     {
 926       // dragLeft, delete gap
 927       editSequence(false, res);
 928     }
 929     else
 930     {
 931       editSequence(true, res);
 932     }
 933
 934     mouseDragging = true;
 935     if (scrollThread != null)
 936     {
 937       scrollThread.setEvent(evt);
 938     }
 939
 940   }
 941
 942   synchronized void editSequence(boolean insertGap, int startres)
 943   {
 944     int fixedLeft = -1;
 945     int fixedRight = -1;
 946     boolean fixedColumns = false;
 947     SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();
 948
 949     SequenceI seq = av.getAlignment().getSequenceAt(startseq);
 950
 951     if (!groupEditing && av.hasHiddenRows())
 952     {
 953       if (av.isHiddenRepSequence(seq))
 954       {
 955         sg = av.getRepresentedSequences(seq);
 956         groupEditing = true;
 957       }
 958     }
 959
 960     StringBuffer message = new StringBuffer();
 961     if (groupEditing)
 962     {
 963       message.append(MessageManager.getString("action.edit_group")).append(":");
 964       if (editCommand == null)
 965       {
 966         editCommand = new EditCommand(MessageManager.getString("action.edit_group"));
 967       }
 968     }
 969     else
 970     {
 971       message.append(MessageManager.getString("label.edit_sequence")).append(" " + seq.getName());
 972       String label = seq.getName();
 973       if (label.length() > 10)
 974       {
 975         label = label.substring(0, 10);
 976       }
 977       if (editCommand == null)
 978       {
 979         editCommand = new EditCommand(MessageManager.formatMessage("label.edit_params", new String[]{label}));
 980       }
 981     }
 982
 983     if (insertGap)
 984     {
 985       message.append(" insert ");
 986     }
 987     else
 988     {
 989       message.append(" delete ");
 990     }
 991
 992     message.append(Math.abs(startres - lastres) + " gaps.");
 993     ap.alignFrame.statusBar.setText(message.toString());
 994
 995     // Are we editing within a selection group?
 996     if (groupEditing
 997             || (sg != null && sg.getSequences(av.getHiddenRepSequences())
 998                     .contains(seq)))
 999     {
1000       fixedColumns = true;
1001
1002       // sg might be null as the user may only see 1 sequence,
1003       // but the sequence represents a group
1004       if (sg == null)
1005       {
1006         if (!av.isHiddenRepSequence(seq))
1007         {
1008           endEditing();
1009           return;
1010         }
1011
1012         sg = av.getRepresentedSequences(seq);
1013       }
1014
1015       fixedLeft = sg.getStartRes();
1016       fixedRight = sg.getEndRes();
1017
1018       if ((startres < fixedLeft && lastres >= fixedLeft)
1019               || (startres >= fixedLeft && lastres < fixedLeft)
1020               || (startres > fixedRight && lastres <= fixedRight)
1021               || (startres <= fixedRight && lastres > fixedRight))
1022       {
1023         endEditing();
1024         return;
1025       }
1026
1027       if (fixedLeft > startres)
1028       {
1029         fixedRight = fixedLeft - 1;
1030         fixedLeft = 0;
1031       }
1032       else if (fixedRight < startres)
1033       {
1034         fixedLeft = fixedRight;
1035         fixedRight = -1;
1036       }
1037     }
1038
1039     if (av.hasHiddenColumns())
1040     {
1041       fixedColumns = true;
1042       int y1 = av.getColumnSelection().getHiddenBoundaryLeft(startres);
1043       int y2 = av.getColumnSelection().getHiddenBoundaryRight(startres);
1044
1045       if ((insertGap && startres > y1 && lastres < y1)
1046               || (!insertGap && startres < y2 && lastres > y2))
1047       {
1048         endEditing();
1049         return;
1050       }
1051
1052       // System.out.print(y1+" "+y2+" "+fixedLeft+" "+fixedRight+"~~");
1053       // Selection spans a hidden region
1054       if (fixedLeft < y1 && (fixedRight > y2 || fixedRight == -1))
1055       {
1056         if (startres >= y2)
1057         {
1058           fixedLeft = y2;
1059         }
1060         else
1061         {
1062           fixedRight = y2 - 1;
1063         }
1064       }
1065     }
1066
1067     if (groupEditing)
1068     {
1069       SequenceI[] groupSeqs = sg.getSequences(av.getHiddenRepSequences())
1070               .toArray(new SequenceI[0]);
1071
1072       // drag to right
1073       if (insertGap)
1074       {
1075         // If the user has selected the whole sequence, and is dragging to
1076         // the right, we can still extend the alignment and selectionGroup
1077         if (sg.getStartRes() == 0 && sg.getEndRes() == fixedRight
1078                 && sg.getEndRes() == av.getAlignment().getWidth() - 1)
1079         {
1080           sg.setEndRes(av.getAlignment().getWidth() + startres - lastres);
1081           fixedRight = sg.getEndRes();
1082         }
1083
1084         // Is it valid with fixed columns??
1085         // Find the next gap before the end
1086         // of the visible region boundary
1087         boolean blank = false;
1088         for (fixedRight = fixedRight; fixedRight > lastres; fixedRight--)
1089         {
1090           blank = true;
1091
1092           for (SequenceI gs : groupSeqs)
1093           {
1094             for (int j = 0; j < startres - lastres; j++)
1095             {
1096               if (!jalview.util.Comparison.isGap(gs.getCharAt(fixedRight
1097                       - j)))
1098               {
1099                 blank = false;
1100                 break;
1101               }
1102             }
1103           }
1104           if (blank)
1105           {
1106             break;
1107           }
1108         }
1109
1110         if (!blank)
1111         {
1112           if (sg.getSize() == av.getAlignment().getHeight())
1113           {
1114             if ((av.hasHiddenColumns() && startres < av
1115                     .getColumnSelection().getHiddenBoundaryRight(startres)))
1116             {
1117               endEditing();
1118               return;
1119             }
1120
1121             int alWidth = av.getAlignment().getWidth();
1122             if (av.hasHiddenRows())
1123             {
1124               int hwidth = av.getAlignment().getHiddenSequences()
1125                       .getWidth();
1126               if (hwidth > alWidth)
1127               {
1128                 alWidth = hwidth;
1129               }
1130             }
1131             // We can still insert gaps if the selectionGroup
1132             // contains all the sequences
1133             sg.setEndRes(sg.getEndRes() + startres - lastres);
1134             fixedRight = alWidth + startres - lastres;
1135           }
1136           else
1137           {
1138             endEditing();
1139             return;
1140           }
1141         }
1142       }
1143
1144       // drag to left
1145       else if (!insertGap)
1146       {
1147         // / Are we able to delete?
1148         // ie are all columns blank?
1149
1150         for (SequenceI gs : groupSeqs)
1151         {
1152           for (int j = startres; j < lastres; j++)
1153           {
1154             if (gs.getLength() <= j)
1155             {
1156               continue;
1157             }
1158
1159             if (!jalview.util.Comparison.isGap(gs.getCharAt(j)))
1160             {
1161               // Not a gap, block edit not valid
1162               endEditing();
1163               return;
1164             }
1165           }
1166         }
1167       }
1168
1169       if (insertGap)
1170       {
1171         // dragging to the right
1172         if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1173         {
1174           for (int j = lastres; j < startres; j++)
1175           {
1176             insertChar(j, groupSeqs, fixedRight);
1177           }
1178         }
1179         else
1180         {
1181           editCommand.appendEdit(Action.INSERT_GAP, groupSeqs,
1182                   startres, startres - lastres, av.getAlignment(), true);
1183         }
1184       }
1185       else
1186       {
1187         // dragging to the left
1188         if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1189         {
1190           for (int j = lastres; j > startres; j--)
1191           {
1192             deleteChar(startres, groupSeqs, fixedRight);
1193           }
1194         }
1195         else
1196         {
1197           editCommand.appendEdit(Action.DELETE_GAP, groupSeqs,
1198                   startres, lastres - startres, av.getAlignment(), true);
1199         }
1200
1201       }
1202     }
1203     else
1204     // ///Editing a single sequence///////////
1205     {
1206       if (insertGap)
1207       {
1208         // dragging to the right
1209         if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1210         {
1211           for (int j = lastres; j < startres; j++)
1212           {
1213             insertChar(j, new SequenceI[]
1214             { seq }, fixedRight);
1215           }
1216         }
1217         else
1218         {
1219           editCommand.appendEdit(Action.INSERT_GAP, new SequenceI[]
1220           { seq }, lastres, startres - lastres, av.getAlignment(), true);
1221         }
1222       }
1223       else
1224       {
1225         // dragging to the left
1226         if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1227         {
1228           for (int j = lastres; j > startres; j--)
1229           {
1230             if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(startres)))
1231             {
1232               endEditing();
1233               break;
1234             }
1235             deleteChar(startres, new SequenceI[]
1236             { seq }, fixedRight);
1237           }
1238         }
1239         else
1240         {
1241           // could be a keyboard edit trying to delete none gaps
1242           int max = 0;
1243           for (int m = startres; m < lastres; m++)
1244           {
1245             if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(m)))
1246             {
1247               break;
1248             }
1249             max++;
1250           }
1251
1252           if (max > 0)
1253           {
1254             editCommand.appendEdit(Action.DELETE_GAP, new SequenceI[]
1255             { seq }, startres, max, av.getAlignment(), true);
1256           }
1257         }
1258       }
1259     }
1260
1261     lastres = startres;
1262     seqCanvas.repaint();
1263   }
1264
1265   void insertChar(int j, SequenceI[] seq, int fixedColumn)
1266   {
1267     int blankColumn = fixedColumn;
1268     for (int s = 0; s < seq.length; s++)
1269     {
1270       // Find the next gap before the end of the visible region boundary
1271       // If lastCol > j, theres a boundary after the gap insertion
1272
1273       for (blankColumn = fixedColumn; blankColumn > j; blankColumn--)
1274       {
1275         if (jalview.util.Comparison.isGap(seq[s].getCharAt(blankColumn)))
1276         {
1277           // Theres a space, so break and insert the gap
1278           break;
1279         }
1280       }
1281
1282       if (blankColumn <= j)
1283       {
1284         blankColumn = fixedColumn;
1285         endEditing();
1286         return;
1287       }
1288     }
1289
1290     editCommand.appendEdit(Action.DELETE_GAP, seq, blankColumn, 1,
1291             av.getAlignment(), true);
1292
1293     editCommand.appendEdit(Action.INSERT_GAP, seq, j, 1,
1294             av.getAlignment(), true);
1295
1296   }
1297
1298   void deleteChar(int j, SequenceI[] seq, int fixedColumn)
1299   {
1300
1301     editCommand.appendEdit(Action.DELETE_GAP, seq, j, 1,
1302             av.getAlignment(), true);
1303
1304     editCommand.appendEdit(Action.INSERT_GAP, seq, fixedColumn, 1,
1305             av.getAlignment(), true);
1306   }
1307
1308   // ////////////////////////////////////////
1309   // ///Everything below this is for defining the boundary of the rubberband
1310   // ////////////////////////////////////////
1311   public void doMousePressedDefineMode(MouseEvent evt)
1312   {
1313     if (scrollThread != null)
1314     {
1315       scrollThread.running = false;
1316       scrollThread = null;
1317     }
1318
1319     int res = findRes(evt);
1320     int seq = findSeq(evt);
1321     oldSeq = seq;
1322     startWrapBlock = wrappedBlock;
1323
1324     if (seq == -1)
1325     {
1326       return;
1327     }
1328
1329     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);
1330
1331     if (sequence == null || res > sequence.getLength())
1332     {
1333       return;
1334     }
1335
1336     stretchGroup = av.getSelectionGroup();
1337
1338     if (stretchGroup == null)
1339     {
1340       stretchGroup = av.getAlignment().findGroup(sequence);
1341       if (stretchGroup != null && res > stretchGroup.getStartRes()
1342               && res < stretchGroup.getEndRes())
1343       {
1344         av.setSelectionGroup(stretchGroup);
1345       }
1346       else
1347       {
1348         stretchGroup = null;
1349       }
1350     }
1351
1352     else if (!stretchGroup.getSequences(null).contains(sequence)
1353             || stretchGroup.getStartRes() > res
1354             || stretchGroup.getEndRes() < res)
1355     {
1356       stretchGroup = null;
1357
1358       SequenceGroup[] allGroups = av.getAlignment().findAllGroups(sequence);
1359
1360       if (allGroups != null)
1361       {
1362         for (int i = 0; i < allGroups.length; i++)
1363         {
1364           if (allGroups[i].getStartRes() <= res
1365                   && allGroups[i].getEndRes() >= res)
1366           {
1367             stretchGroup = allGroups[i];
1368             break;
1369           }
1370         }
1371       }
1372       av.setSelectionGroup(stretchGroup);
1373     }
1374
1375     // DETECT RIGHT MOUSE BUTTON IN AWT
1376     if ((evt.getModifiers() & InputEvent.BUTTON3_MASK) == InputEvent.BUTTON3_MASK)
1377     {
1378       SequenceFeature[] allFeatures = findFeaturesAtRes(sequence,
1379               sequence.findPosition(res));
1380
1381       Vector links = null;
1382       if (allFeatures != null)
1383       {
1384         for (int i = 0; i < allFeatures.length; i++)
1385         {
1386           if (allFeatures[i].links != null)
1387           {
1388             if (links == null)
1389             {
1390               links = new Vector();
1391             }
1392             for (int j = 0; j < allFeatures[i].links.size(); j++)
1393             {
1394               links.addElement(allFeatures[i].links.elementAt(j));
1395             }
1396           }
1397         }
1398       }
1399       APopupMenu popup = new APopupMenu(ap, null, links);
1400       this.add(popup);
1401       popup.show(this, evt.getX(), evt.getY());
1402       return;
1403     }
1404
1405     if (av.cursorMode)
1406     {
1407       seqCanvas.cursorX = findRes(evt);
1408       seqCanvas.cursorY = findSeq(evt);
1409       seqCanvas.repaint();
1410       return;
1411     }
1412
1413     // Only if left mouse button do we want to change group sizes
1414
1415     if (stretchGroup == null)
1416     {
1417       // define a new group here
1418       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
1419       sg.setStartRes(res);
1420       sg.setEndRes(res);
1421       sg.addSequence(sequence, false);
1422       av.setSelectionGroup(sg);
1423       stretchGroup = sg;
1424
1425       if (av.getConservationSelected())
1426       {
1427         SliderPanel.setConservationSlider(ap, av.getGlobalColourScheme(),
1428                 "Background");
1429       }
1430       if (av.getAbovePIDThreshold())
1431       {
1432         SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, av.getGlobalColourScheme(),
1433                 "Background");
1434       }
1435
1436     }
1437   }
1438
1439   public void doMouseReleasedDefineMode(MouseEvent evt)
1440   {
1441     if (stretchGroup == null)
1442     {
1443       return;
1444     }
1445
1446     stretchGroup.recalcConservation(); // always do this - annotation has own
1447                                        // state
1448     if (stretchGroup.cs != null)
1449     {
1450       stretchGroup.cs.alignmentChanged(stretchGroup,
1451               av.getHiddenRepSequences());
1452
1453       if (stretchGroup.cs.conservationApplied())
1454       {
1455         SliderPanel.setConservationSlider(ap, stretchGroup.cs,
1456                 stretchGroup.getName());
1457       }
1458       else
1459       {
1460         SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, stretchGroup.cs,
1461                 stretchGroup.getName());
1462       }
1463     }
1464     changeEndRes = false;
1465     changeStartRes = false;
1466     stretchGroup = null;
1467     PaintRefresher.Refresh(ap, av.getSequenceSetId());
1468     ap.paintAlignment(true);
1469     av.sendSelection();
1470   }
1471
1472   public void doMouseDraggedDefineMode(MouseEvent evt)
1473   {
1474     int res = findRes(evt);
1475     int y = findSeq(evt);
1476
1477     if (wrappedBlock != startWrapBlock)
1478     {
1479       return;
1480     }
1481
1482     if (stretchGroup == null)
1483     {
1484       return;
1485     }
1486
1487     mouseDragging = true;
1488
1489     if (y > av.getAlignment().getHeight())
1490     {
1491       y = av.getAlignment().getHeight() - 1;
1492     }
1493
1494     if (res >= av.getAlignment().getWidth())
1495     {
1496       res = av.getAlignment().getWidth() - 1;
1497     }
1498
1499     if (stretchGroup.getEndRes() == res)
1500     {
1501       // Edit end res position of selected group
1502       changeEndRes = true;
1503     }
1504     else if (stretchGroup.getStartRes() == res)
1505     {
1506       // Edit start res position of selected group
1507       changeStartRes = true;
1508     }
1509
1510     if (res < 0)
1511     {
1512       res = 0;
1513     }
1514
1515     if (changeEndRes)
1516     {
1517       if (res > (stretchGroup.getStartRes() - 1))
1518       {
1519         stretchGroup.setEndRes(res);
1520       }
1521     }
1522     else if (changeStartRes)
1523     {
1524       if (res < (stretchGroup.getEndRes() + 1))
1525       {
1526         stretchGroup.setStartRes(res);
1527       }
1528     }
1529
1530     int dragDirection = 0;
1531
1532     if (y > oldSeq)
1533     {
1534       dragDirection = 1;
1535     }
1536     else if (y < oldSeq)
1537     {
1538       dragDirection = -1;
1539     }
1540
1541     while ((y != oldSeq) && (oldSeq > -1)
1542             && (y < av.getAlignment().getHeight()))
1543     {
1544       // This routine ensures we don't skip any sequences, as the
1545       // selection is quite slow.
1546       Sequence seq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);
1547
1548       oldSeq += dragDirection;
1549
1550       if (oldSeq < 0)
1551       {
1552         break;
1553       }
1554
1555       Sequence nextSeq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);
1556
1557       if (stretchGroup.getSequences(null).contains(nextSeq))
1558       {
1559         stretchGroup.deleteSequence(seq, false);
1560       }
1561       else
1562       {
1563         if (seq != null)
1564         {
1565           stretchGroup.addSequence(seq, false);
1566         }
1567
1568         stretchGroup.addSequence(nextSeq, false);
1569       }
1570     }
1571
1572     if (oldSeq < 0)
1573     {
1574       oldSeq = -1;
1575     }
1576
1577     if (res > av.endRes || res < av.startRes || y < av.startSeq
1578             || y > av.endSeq)
1579     {
1580       mouseExited(evt);
1581     }
1582
1583     if (scrollThread != null)
1584     {
1585       scrollThread.setEvent(evt);
1586     }
1587
1588     seqCanvas.repaint();
1589   }
1590
1591   public void mouseEntered(MouseEvent e)
1592   {
1593     if (oldSeq < 0)
1594     {
1595       oldSeq = 0;
1596     }
1597
1598     if (scrollThread != null)
1599     {
1600       scrollThread.running = false;
1601       scrollThread = null;
1602     }
1603   }
1604
1605   public void mouseExited(MouseEvent e)
1606   {
1607     if (av.getWrapAlignment())
1608     {
1609       return;
1610     }
1611
1612     if (mouseDragging && scrollThread == null)
1613     {
1614       scrollThread = new ScrollThread();
1615     }
1616   }
1617
1618   void scrollCanvas(MouseEvent evt)
1619   {
1620     if (evt == null)
1621     {
1622       if (scrollThread != null)
1623       {
1624         scrollThread.running = false;
1625         scrollThread = null;
1626       }
1627       mouseDragging = false;
1628     }
1629     else
1630     {
1631       if (scrollThread == null)
1632       {
1633         scrollThread = new ScrollThread();
1634       }
1635
1636       mouseDragging = true;
1637       scrollThread.setEvent(evt);
1638     }
1639
1640   }
1641
1642   // this class allows scrolling off the bottom of the visible alignment
1643   class ScrollThread extends Thread
1644   {
1645     MouseEvent evt;
1646
1647     boolean running = false;
1648
1649     public ScrollThread()
1650     {
1651       start();
1652     }
1653
1654     public void setEvent(MouseEvent e)
1655     {
1656       evt = e;
1657     }
1658
1659     public void stopScrolling()
1660     {
1661       running = false;
1662     }
1663
1664     public void run()
1665     {
1666       running = true;
1667       while (running)
1668       {
1669
1670         if (evt != null)
1671         {
1672
1673           if (mouseDragging && evt.getY() < 0 && av.getStartSeq() > 0)
1674           {
1675             running = ap.scrollUp(true);
1676           }
1677
1678           if (mouseDragging && evt.getY() >= getSize().height
1679                   && av.getAlignment().getHeight() > av.getEndSeq())
1680           {
1681             running = ap.scrollUp(false);
1682           }
1683
1684           if (mouseDragging && evt.getX() < 0)
1685           {
1686             running = ap.scrollRight(false);
1687           }
1688
1689           else if (mouseDragging && evt.getX() >= getSize().width)
1690           {
1691             running = ap.scrollRight(true);
1692           }
1693         }
1694
1695         try
1696         {
1697           Thread.sleep(75);
1698         } catch (Exception ex)
1699         {
1700         }
1701       }
1702     }
1703   }
1704
1705   /**
1706    * modify current selection according to a received message.
1707    */
1708   public void selection(SequenceGroup seqsel, ColumnSelection colsel,
1709           SelectionSource source)
1710   {
1711     // TODO: fix this hack - source of messages is align viewport, but SeqPanel
1712     // handles selection messages...
1713     // TODO: extend config options to allow user to control if selections may be
1714     // shared between viewports.
1715     if (av != null
1716             && (av == source || !av.followSelection || (source instanceof AlignViewport && ((AlignViewport) source)
1717                     .getSequenceSetId().equals(av.getSequenceSetId()))))
1718     {
1719       return;
1720     }
1721     // do we want to thread this ? (contention with seqsel and colsel locks, I
1722     // suspect)
1723     // rules are: colsel is copied if there is a real intersection between
1724     // sequence selection
1725     boolean repaint = false, copycolsel = true;
1726     if (av.getSelectionGroup() == null || !av.isSelectionGroupChanged(true))
1727     {
1728       SequenceGroup sgroup = null;
1729       if (seqsel != null && seqsel.getSize() > 0)
1730       {
1731         if (av.getAlignment() == null)
1732         {
1733           System.out
1734                   .println("Selection message: alignviewport av SeqSetId="
1735                           + av.getSequenceSetId() + " ViewId="
1736                           + av.getViewId()
1737                           + " 's alignment is NULL! returning immediatly.");
1738           return;
1739         }
1740         sgroup = seqsel.intersect(av.getAlignment(),
1741                 (av.hasHiddenRows()) ? av.getHiddenRepSequences() : null);
1742         if ((sgroup == null || sgroup.getSize() == 0)
1743                 && (colsel == null || colsel.size() == 0))
1744         {
1745           // don't copy columns if the region didn't intersect.
1746           copycolsel = false;
1747         }
1748       }
1749       if (sgroup != null && sgroup.getSize() > 0)
1750       {
1751         av.setSelectionGroup(sgroup);
1752       }
1753       else
1754       {
1755         av.setSelectionGroup(null);
1756       }
1757       repaint = av.isSelectionGroupChanged(true);
1758     }
1759     if (copycolsel
1760             && (av.getColumnSelection() == null || !av
1761                     .isColSelChanged(true)))
1762     {
1763       // the current selection is unset or from a previous message
1764       // so import the new colsel.
1765       if (colsel == null || colsel.size() == 0)
1766       {
1767         if (av.getColumnSelection() != null)
1768         {
1769           av.getColumnSelection().clear();
1770         }
1771       }
1772       else
1773       {
1774         // TODO: shift colSel according to the intersecting sequences
1775         if (av.getColumnSelection() == null)
1776         {
1777           av.setColumnSelection(new ColumnSelection(colsel));
1778         }
1779         else
1780         {
1781           av.getColumnSelection().setElementsFrom(colsel);
1782         }
1783       }
1784       repaint |= av.isColSelChanged(true);
1785     }
1786     if (copycolsel
1787             && av.hasHiddenColumns()
1788             && (av.getColumnSelection() == null || av.getColumnSelection()
1789                     .getHiddenColumns() == null))
1790     {
1791       System.err.println("Bad things");
1792     }
1793     if (repaint)
1794     {
1795       ap.scalePanelHolder.repaint();
1796       ap.repaint();
1797     }
1798   }
1799
1800   /**
1801    * scroll to the given row/column - or nearest visible location
1802    *
1803    * @param row
1804    * @param column
1805    */
1806   public void scrollTo(int row, int column)
1807   {
1808
1809     row = row < 0 ? ap.av.startSeq : row;
1810     column = column < 0 ? ap.av.startRes : column;
1811     ap.scrollTo(column, column, row, true, true);
1812   }
1813
1814   /**
1815    * scroll to the given row - or nearest visible location
1816    *
1817    * @param row
1818    */
1819   public void scrollToRow(int row)
1820   {
1821
1822     row = row < 0 ? ap.av.startSeq : row;
1823     ap.scrollTo(ap.av.startRes, ap.av.startRes, row, true, true);
1824   }
1825
1826   /**
1827    * scroll to the given column - or nearest visible location
1828    *
1829    * @param column
1830    */
1831   public void scrollToColumn(int column)
1832   {
1833
1834     column = column < 0 ? ap.av.startRes : column;
1835     ap.scrollTo(column, column, ap.av.startSeq, true, true);
1836   }
1837
1838 }