src/jalview/appletgui/SeqPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.awt.*;\r
  23 import java.awt.event.*;\r
  24 \r
  25 import jalview.datamodel.*;\r
  26 import jalview.schemes.*;\r
  27 import jalview.commands.*;\r
  28 \r
  29 import java.util.Vector;\r
  30 \r
  31 public class SeqPanel\r
  32     extends Panel implements MouseMotionListener, MouseListener\r
  33 {\r
  34 \r
  35   public SeqCanvas seqCanvas;\r
  36   public AlignmentPanel ap;\r
  37 \r
  38   protected int lastres;\r
  39   protected int startseq;\r
  40 \r
  41   protected AlignViewport av;\r
  42 \r
  43   // if character is inserted or deleted, we will need to recalculate the conservation\r
  44   boolean seqEditOccurred = false;\r
  45 \r
  46   ScrollThread scrollThread = null;\r
  47   boolean mouseDragging = false;\r
  48   boolean editingSeqs = false;\r
  49   boolean groupEditing = false;\r
  50 \r
  51   int oldSeq = -1;\r
  52   boolean changeEndSeq = false;\r
  53   boolean changeStartSeq = false;\r
  54   boolean changeEndRes = false;\r
  55   boolean changeStartRes = false;\r
  56   SequenceGroup stretchGroup = null;\r
  57 \r
  58   StringBuffer keyboardNo1;\r
  59   StringBuffer keyboardNo2;\r
  60 \r
  61   boolean mouseWheelPressed = false;\r
  62   Point lastMousePress;\r
  63 \r
  64   EditCommand editCommand;\r
  65 \r
  66   public SeqPanel(AlignViewport avp, AlignmentPanel p)\r
  67   {\r
  68     this.av = avp;\r
  69 \r
  70     seqCanvas = new SeqCanvas(avp);\r
  71     setLayout(new BorderLayout());\r
  72     add(seqCanvas);\r
  73 \r
  74     ap = p;\r
  75 \r
  76     seqCanvas.addMouseMotionListener(this);\r
  77     seqCanvas.addMouseListener(this);\r
  78 \r
  79     seqCanvas.repaint();\r
  80   }\r
  81 \r
  82   void endEditing()\r
  83   {\r
  84     if (editCommand!=null && editCommand.getSize() > 0)\r
  85     {\r
  86       ap.alignFrame.addHistoryItem(editCommand);\r
  87       av.firePropertyChange("alignment", null,\r
  88                             av.getAlignment().getSequences());\r
  89     }\r
  90 \r
  91     startseq = -1;\r
  92     lastres = -1;\r
  93     editingSeqs = false;\r
  94     groupEditing = false;\r
  95     keyboardNo1 = null;\r
  96     keyboardNo2 = null;\r
  97      editCommand = null;\r
  98    }\r
  99 \r
 100    void setCursorRow()\r
 101    {\r
 102      seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo(keyboardNo1)-1;\r
 103      scrollToVisible();\r
 104    }\r
 105 \r
 106    void setCursorColumn()\r
 107    {\r
 108      seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo(keyboardNo1)-1;\r
 109      scrollToVisible();\r
 110    }\r
 111 \r
 112    void setCursorRowAndColumn()\r
 113    {\r
 114      if(keyboardNo2==null)\r
 115      {\r
 116        keyboardNo2 = new StringBuffer();\r
 117      }\r
 118      else\r
 119      {\r
 120        seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo(keyboardNo1) - 1;\r
 121        seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo(keyboardNo2) - 1;\r
 122        scrollToVisible();\r
 123      }\r
 124    }\r
 125 \r
 126    void setCursorPosition()\r
 127    {\r
 128      SequenceI sequence =\r
 129          (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY);\r
 130 \r
 131      seqCanvas.cursorX = sequence.findIndex(\r
 132          getKeyboardNo(keyboardNo1)-1\r
 133          );\r
 134      scrollToVisible();\r
 135    }\r
 136 \r
 137    void moveCursor(int dx, int dy)\r
 138    {\r
 139      seqCanvas.cursorX += dx;\r
 140      seqCanvas.cursorY += dy;\r
 141      if (av.hasHiddenColumns && !av.colSel.isVisible(seqCanvas.cursorX))\r
 142      {\r
 143        int original = seqCanvas.cursorX - dx;\r
 144        int maxWidth = av.alignment.getWidth();\r
 145 \r
 146        while(!av.colSel.isVisible(seqCanvas.cursorX)\r
 147              && seqCanvas.cursorX<maxWidth\r
 148              && seqCanvas.cursorX>0)\r
 149        {\r
 150          seqCanvas.cursorX += dx;\r
 151        }\r
 152 \r
 153        if(seqCanvas.cursorX>=maxWidth\r
 154           || !av.colSel.isVisible(seqCanvas.cursorX) )\r
 155        {\r
 156          seqCanvas.cursorX = original;\r
 157        }\r
 158       }\r
 159      scrollToVisible();\r
 160    }\r
 161 \r
 162    void scrollToVisible()\r
 163    {\r
 164      if (seqCanvas.cursorX < 0)\r
 165        seqCanvas.cursorX = 0;\r
 166      else if (seqCanvas.cursorX > av.alignment.getWidth() - 1)\r
 167        seqCanvas.cursorX = av.alignment.getWidth() - 1;\r
 168 \r
 169      if (seqCanvas.cursorY < 0)\r
 170        seqCanvas.cursorY = 0;\r
 171      else if (seqCanvas.cursorY > av.alignment.getHeight() - 1)\r
 172        seqCanvas.cursorY = av.alignment.getHeight() - 1;\r
 173 \r
 174 \r
 175      endEditing();\r
 176      if (av.wrapAlignment)\r
 177      {\r
 178        ap.scrollToWrappedVisible(seqCanvas.cursorX);\r
 179      }\r
 180      else\r
 181      {\r
 182        while (seqCanvas.cursorY < av.startSeq)\r
 183        {\r
 184          ap.scrollUp(true);\r
 185        }\r
 186        while (seqCanvas.cursorY + 1 > av.endSeq)\r
 187        {\r
 188          ap.scrollUp(false);\r
 189        }\r
 190        while (seqCanvas.cursorX < av.colSel.adjustForHiddenColumns(av.startRes))\r
 191        {\r
 192 \r
 193          if (!ap.scrollRight(false))\r
 194            break;\r
 195        }\r
 196        while (seqCanvas.cursorX > av.colSel.adjustForHiddenColumns(av.endRes))\r
 197        {\r
 198          if (!ap.scrollRight(true))\r
 199            break;\r
 200        }\r
 201      }\r
 202      setStatusMessage(av.alignment.getSequenceAt(seqCanvas.cursorY),\r
 203                       seqCanvas.cursorX, seqCanvas.cursorY);\r
 204 \r
 205      seqCanvas.repaint();\r
 206    }\r
 207 \r
 208    void setSelectionAreaAtCursor(boolean topLeft)\r
 209    {\r
 210      SequenceI sequence =\r
 211          (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY);\r
 212 \r
 213      if(av.getSelectionGroup()!=null)\r
 214      {\r
 215        SequenceGroup sg = av.selectionGroup;\r
 216        //Find the top and bottom of this group\r
 217        int min = av.alignment.getHeight(), max = 0;\r
 218        for(int i=0; i<sg.getSize(); i++)\r
 219        {\r
 220          int index = av.alignment.findIndex( sg.getSequenceAt(i) );\r
 221          if(index > max)\r
 222            max = index;\r
 223          if(index < min)\r
 224            min = index;\r
 225        }\r
 226 \r
 227        max ++;\r
 228 \r
 229        if(topLeft)\r
 230        {\r
 231          sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);\r
 232          if(sg.getEndRes()<seqCanvas.cursorX)\r
 233            sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);\r
 234 \r
 235          min = seqCanvas.cursorY;\r
 236        }\r
 237        else\r
 238        {\r
 239          sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);\r
 240          if(sg.getStartRes()>seqCanvas.cursorX)\r
 241            sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);\r
 242 \r
 243          max = seqCanvas.cursorY+1;\r
 244        }\r
 245 \r
 246        if(min>max)\r
 247        {\r
 248          // Only the user can do this\r
 249          av.setSelectionGroup(null);\r
 250        }\r
 251        else\r
 252        {\r
 253          // Now add any sequences between min and max\r
 254          sg.getSequences(null).removeAllElements();\r
 255          for (int i = min; i < max; i++)\r
 256          {\r
 257            sg.addSequence(av.alignment.getSequenceAt(i), false);\r
 258          }\r
 259        }\r
 260      }\r
 261 \r
 262      if (av.getSelectionGroup() == null)\r
 263      {\r
 264        SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
 265        sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);\r
 266        sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);\r
 267        sg.addSequence(sequence, false);\r
 268        av.setSelectionGroup(sg);\r
 269      }\r
 270 \r
 271 \r
 272      ap.repaint();\r
 273    }\r
 274 \r
 275    void insertGapAtCursor(boolean group)\r
 276    {\r
 277      groupEditing = group;\r
 278      startseq = seqCanvas.cursorY;\r
 279      lastres = seqCanvas.cursorX;\r
 280      editSequence(true, seqCanvas.cursorX+getKeyboardNo(keyboardNo1));\r
 281      endEditing();\r
 282    }\r
 283 \r
 284    void deleteGapAtCursor(boolean group)\r
 285    {\r
 286      groupEditing = group;\r
 287      startseq = seqCanvas.cursorY;\r
 288      lastres = seqCanvas.cursorX+getKeyboardNo(keyboardNo1);\r
 289      editSequence(false, seqCanvas.cursorX);\r
 290      endEditing();\r
 291    }\r
 292 \r
 293    void numberPressed(char value)\r
 294    {\r
 295      if(keyboardNo1==null)\r
 296        keyboardNo1 = new StringBuffer();\r
 297 \r
 298      if(keyboardNo2!=null)\r
 299        keyboardNo2.append(value);\r
 300      else\r
 301        keyboardNo1.append(value);\r
 302    }\r
 303 \r
 304    int getKeyboardNo(StringBuffer kb)\r
 305    {\r
 306      if(kb==null)\r
 307        return 1;\r
 308      else\r
 309        return Integer.parseInt(kb.toString());\r
 310    }\r
 311 \r
 312    void setStatusMessage(SequenceI sequence, int res, int seq)\r
 313    {\r
 314      StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence " + (seq + 1) + " ID: " +\r
 315                                           sequence.getName());\r
 316 \r
 317      Object obj = null;\r
 318      if (av.alignment.isNucleotide())\r
 319      {\r
 320        obj = ResidueProperties.nucleotideName.get(sequence.getCharAt(res) +\r
 321                                                   "");\r
 322        if (obj != null)\r
 323          text.append(" Nucleotide: ");\r
 324      }\r
 325      else\r
 326      {\r
 327        obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get(sequence.getCharAt(res) + "");\r
 328        if (obj != null)\r
 329          text.append("  Residue: ");\r
 330      }\r
 331 \r
 332      if (obj != null)\r
 333      {\r
 334 \r
 335        if (obj != "")\r
 336        {\r
 337          text.append(obj + " (" + sequence.findPosition(res) +\r
 338                      ")");\r
 339        }\r
 340      }\r
 341 \r
 342      ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());\r
 343 \r
 344     }\r
 345      public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
 346      {\r
 347        lastMousePress = evt.getPoint();\r
 348 \r
 349        //For now, ignore the mouseWheel font resizing on Macs\r
 350        //As the Button2_mask always seems to be true\r
 351        if ( (evt.getModifiers() & InputEvent.BUTTON2_MASK) ==\r
 352          InputEvent.BUTTON2_MASK && !av.MAC)\r
 353        {\r
 354          mouseWheelPressed = true;\r
 355          return;\r
 356        }\r
 357 \r
 358        if (evt.isShiftDown()\r
 359            || evt.isControlDown()\r
 360            || evt.isAltDown())\r
 361        {\r
 362          if (evt.isControlDown() || evt.isAltDown())\r
 363          {\r
 364            groupEditing = true;\r
 365          }\r
 366          editingSeqs = true;\r
 367        }\r
 368        else\r
 369        {\r
 370          doMousePressedDefineMode(evt);\r
 371          return;\r
 372        }\r
 373 \r
 374 \r
 375        int seq = findSeq(evt);\r
 376        int res = findRes(evt);\r
 377 \r
 378        if(seq<0 || res<0)\r
 379          return;\r
 380 \r
 381 \r
 382          if ((seq < av.getAlignment().getHeight()) &&\r
 383                  (res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength()))\r
 384          {\r
 385              startseq = seq;\r
 386              lastres = res;\r
 387          }\r
 388          else\r
 389          {\r
 390              startseq = -1;\r
 391              lastres = -1;\r
 392          }\r
 393 \r
 394         return;\r
 395      }\r
 396 \r
 397      public void mouseClicked(MouseEvent evt){}\r
 398 \r
 399 \r
 400   public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
 401   {\r
 402     mouseDragging = false;\r
 403     mouseWheelPressed = false;\r
 404 \r
 405     if (!editingSeqs)\r
 406     {\r
 407        doMouseReleasedDefineMode(evt);\r
 408        return;\r
 409     }\r
 410 \r
 411      endEditing();\r
 412      ap.repaint();\r
 413   }\r
 414 \r
 415   int startWrapBlock=-1;\r
 416   int wrappedBlock=-1;\r
 417   int findRes(MouseEvent evt)\r
 418  {\r
 419    int res = 0;\r
 420    int x = evt.getX();\r
 421 \r
 422   if (av.wrapAlignment)\r
 423   {\r
 424 \r
 425     int hgap = av.charHeight;\r
 426     if (av.scaleAboveWrapped)\r
 427       hgap += av.charHeight;\r
 428 \r
 429     int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
 430         + hgap + seqCanvas.getAnnotationHeight();\r
 431 \r
 432       int y = evt.getY();\r
 433       y -= hgap;\r
 434       x -= seqCanvas.LABEL_WEST;\r
 435 \r
 436 \r
 437       int cwidth = seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(getSize().width);\r
 438       if(cwidth<1)\r
 439         return 0;\r
 440 \r
 441       wrappedBlock = y / cHeight;\r
 442       wrappedBlock += av.getStartRes() / cwidth;\r
 443 \r
 444       res = wrappedBlock * cwidth + x / av.getCharWidth();\r
 445 \r
 446   }\r
 447   else\r
 448   {\r
 449       res = (x / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
 450   }\r
 451 \r
 452   if(av.hasHiddenColumns)\r
 453           res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);\r
 454 \r
 455   return res;\r
 456 \r
 457  }\r
 458 \r
 459  int findSeq(MouseEvent evt)\r
 460  {\r
 461 \r
 462    int seq = 0;\r
 463    int y = evt.getY();\r
 464 \r
 465    if (av.wrapAlignment)\r
 466    {\r
 467      int hgap = av.charHeight;\r
 468      if (av.scaleAboveWrapped)\r
 469        hgap += av.charHeight;\r
 470 \r
 471      int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
 472          + hgap + seqCanvas.getAnnotationHeight();\r
 473 \r
 474        y -= hgap;\r
 475 \r
 476      seq = Math.min( (y % cHeight) / av.getCharHeight(),\r
 477                      av.alignment.getHeight() -1);\r
 478      if(seq<0)\r
 479        seq = 0;\r
 480    }\r
 481    else\r
 482    {\r
 483      seq = Math.min( (y / av.getCharHeight()) + av.getStartSeq(),\r
 484                      av.alignment.getHeight() -1);\r
 485      if(seq<0)\r
 486        seq = 0;\r
 487    }\r
 488 \r
 489    return seq;\r
 490  }\r
 491 \r
 492 \r
 493   public void doMousePressed(MouseEvent evt)\r
 494   {\r
 495 \r
 496     int seq = findSeq(evt);\r
 497     int res = findRes(evt);\r
 498 \r
 499     if (seq < av.getAlignment().getHeight() &&\r
 500         res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength())\r
 501     {\r
 502       //char resstr = align.getSequenceAt(seq).getSequence().charAt(res);\r
 503       // Find the residue's position in the sequence (res is the position\r
 504       // in the alignment\r
 505 \r
 506       startseq = seq;\r
 507       lastres = res;\r
 508     }\r
 509     else\r
 510     {\r
 511       startseq = -1;\r
 512       lastres = -1;\r
 513     }\r
 514 \r
 515     return;\r
 516   }\r
 517 \r
 518   public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
 519   {\r
 520     int res = findRes(evt);\r
 521     int seq = findSeq(evt);\r
 522 \r
 523     if (seq >= av.getAlignment().getHeight() || seq<0 || res<0)\r
 524     {\r
 525       return;\r
 526     }\r
 527 \r
 528     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
 529     if (res > sequence.getLength())\r
 530     {\r
 531       return;\r
 532     }\r
 533 \r
 534     StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence " + (seq + 1) + " ID: " +\r
 535             sequence.getName());\r
 536 \r
 537     Object obj = null;\r
 538     if (av.alignment.isNucleotide())\r
 539     {\r
 540       obj = ResidueProperties.nucleotideName.get(sequence.getCharAt(res) +\r
 541           "");\r
 542       if(obj!=null)\r
 543         text.append(" Nucleotide: ");\r
 544     }\r
 545     else\r
 546     {\r
 547       obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get(sequence.getCharAt(res) + "");\r
 548       if(obj!=null)\r
 549         text.append("  Residue: ");\r
 550     }\r
 551 \r
 552     if (obj != null)\r
 553     {\r
 554       if (obj != "")\r
 555       {\r
 556         text.append(obj + " (" + sequence.findPosition(res) + ")");\r
 557       }\r
 558     }\r
 559 \r
 560     if(seqCanvas.pdbCanvas!=null && sequence==seqCanvas.pdbCanvas.sequence)\r
 561     {\r
 562       seqCanvas.pdbCanvas.highlightRes(sequence.findPosition(res));\r
 563     }\r
 564 \r
 565     ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());\r
 566 \r
 567 \r
 568     // use aa to see if the mouse pointer is on a\r
 569     if (av.showSequenceFeatures\r
 570         && sequence.getSequenceFeatures()!=null\r
 571         && av.featuresDisplayed!=null)\r
 572     {\r
 573       StringBuffer featureText = new StringBuffer();\r
 574       Vector allFeatures = getAllFeaturesAtRes(sequence, sequence.findPosition(res));\r
 575 \r
 576       int index = 0;\r
 577       while (index < allFeatures.size())\r
 578       {\r
 579         SequenceFeature sf = (SequenceFeature) allFeatures.elementAt(index);\r
 580 \r
 581         featureText.append(sf.getType()+" "+sf.begin+":"+sf.end);\r
 582 \r
 583         if (sf.getDescription() != null)\r
 584           featureText.append(" " + sf.getDescription());\r
 585 \r
 586         if (sf.getValue("status") != null )\r
 587         {\r
 588           String status = sf.getValue("status").toString();\r
 589           if(status.length()>0)\r
 590             featureText.append(" (" + sf.getValue("status") + ")");\r
 591         }\r
 592         featureText.append("\n");\r
 593 \r
 594         index++;\r
 595       }\r
 596 \r
 597 \r
 598         if (tooltip == null)\r
 599           tooltip = new Tooltip(featureText.toString(), seqCanvas);\r
 600         else\r
 601           tooltip.setTip(featureText.toString());\r
 602 \r
 603         tooltip.repaint();\r
 604 \r
 605     }\r
 606     else if (tooltip != null)\r
 607      {\r
 608        tooltip.setTip("");\r
 609      }\r
 610   }\r
 611 \r
 612   Vector getAllFeaturesAtRes(SequenceI seq, int res)\r
 613   {\r
 614     Vector allFeatures = new Vector();\r
 615     int index = 0;\r
 616     if(seq.getSequenceFeatures()!=null)\r
 617     {\r
 618       while (index < seq.getSequenceFeatures().length)\r
 619       {\r
 620         SequenceFeature sf = seq.getSequenceFeatures()[index];\r
 621         if (sf.getBegin() <= res &&\r
 622             sf.getEnd() >= res)\r
 623         {\r
 624           if (av.featuresDisplayed.containsKey(sf.getType()))\r
 625           {\r
 626             allFeatures.addElement(sf);\r
 627           }\r
 628         }\r
 629         index++;\r
 630       }\r
 631     }\r
 632     return allFeatures;\r
 633   }\r
 634 \r
 635   Tooltip tooltip;\r
 636 \r
 637   public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
 638   {\r
 639     if (mouseWheelPressed)\r
 640     {\r
 641       int oldWidth = av.charWidth;\r
 642 \r
 643       //Which is bigger, left-right or up-down?\r
 644       if (Math.abs(evt.getY() - lastMousePress.y)\r
 645           > Math.abs(evt.getX() - lastMousePress.x))\r
 646       {\r
 647         int fontSize = av.font.getSize();\r
 648 \r
 649         if (evt.getY() < lastMousePress.y && av.charHeight > 1)\r
 650         {\r
 651           fontSize--;\r
 652         }\r
 653         else if (evt.getY() > lastMousePress.y)\r
 654         {\r
 655           fontSize++;\r
 656         }\r
 657 \r
 658 \r
 659         if(fontSize<1)\r
 660           fontSize = 1;\r
 661 \r
 662         av.setFont(new Font(av.font.getName(), av.font.getStyle(), fontSize));\r
 663         av.charWidth = oldWidth;\r
 664       }\r
 665       else\r
 666       {\r
 667         if (evt.getX() < lastMousePress.x && av.charWidth > 1)\r
 668         {\r
 669           av.charWidth--;\r
 670         }\r
 671         else if (evt.getX() > lastMousePress.x)\r
 672         {\r
 673           av.charWidth++;\r
 674         }\r
 675 \r
 676         if(av.charWidth<1)\r
 677         {\r
 678           av.charWidth = 1;\r
 679         }\r
 680       }\r
 681 \r
 682       ap.fontChanged();\r
 683 \r
 684       FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 685       av.validCharWidth = fm.charWidth('M') <= av.charWidth;\r
 686 \r
 687       lastMousePress = evt.getPoint();\r
 688 \r
 689       ap.repaint();\r
 690       ap.annotationPanel.image = null;\r
 691       return;\r
 692       }\r
 693 \r
 694       if (!editingSeqs)\r
 695       {\r
 696         doMouseDraggedDefineMode(evt);\r
 697         return;\r
 698       }\r
 699 \r
 700   int res = findRes(evt);\r
 701 \r
 702   if (res < 0)\r
 703   {\r
 704       res = 0;\r
 705   }\r
 706 \r
 707   if ((lastres == -1) || (lastres == res))\r
 708   {\r
 709       return;\r
 710   }\r
 711 \r
 712   if ( (res < av.getAlignment().getWidth()) && (res < lastres))\r
 713   {\r
 714     // dragLeft, delete gap\r
 715     editSequence(false, res);\r
 716   }\r
 717   else\r
 718     editSequence(true, res);\r
 719 \r
 720   mouseDragging = true;\r
 721   if(scrollThread!=null)\r
 722     scrollThread.setEvent(evt);\r
 723 \r
 724   }\r
 725 \r
 726   synchronized void editSequence(boolean insertGap, int startres)\r
 727   {\r
 728     int fixedLeft = -1;\r
 729     int fixedRight = -1;\r
 730     boolean fixedColumns = false;\r
 731     SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();\r
 732 \r
 733     SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(startseq);\r
 734 \r
 735       if (!groupEditing && av.hasHiddenRows)\r
 736       {\r
 737         if (av.hiddenRepSequences!=null\r
 738             && av.hiddenRepSequences.containsKey(seq))\r
 739         {\r
 740           sg = (SequenceGroup)av.hiddenRepSequences.get(seq);\r
 741           groupEditing = true;\r
 742           }\r
 743       }\r
 744 \r
 745       StringBuffer message = new StringBuffer();\r
 746       if (groupEditing)\r
 747       {\r
 748         message.append("Edit group:");\r
 749         if (editCommand == null)\r
 750           editCommand = new EditCommand("Edit Group");\r
 751       }\r
 752       else\r
 753        {\r
 754          message.append("Edit sequence: " + seq.getName());\r
 755          String label = seq.getName();\r
 756          if(label.length()>10)\r
 757            label = label.substring(0,10);\r
 758          if(editCommand==null)\r
 759            editCommand = new EditCommand("Edit "+label);\r
 760        }\r
 761 \r
 762      if(insertGap)\r
 763        message.append(" insert ");\r
 764      else\r
 765        message.append(" delete ");\r
 766 \r
 767      message.append(Math.abs(startres-lastres)+" gaps.");\r
 768      ap.alignFrame.statusBar.setText(message.toString());\r
 769 \r
 770 \r
 771       //Are we editing within a selection group?\r
 772       if (groupEditing\r
 773           || (sg != null && sg.getSequences(av.hiddenRepSequences).contains(seq)))\r
 774       {\r
 775         fixedColumns = true;\r
 776 \r
 777         //sg might be null as the user may only see 1 sequence,\r
 778         //but the sequence represents a group\r
 779         if (sg == null)\r
 780         {\r
 781           sg = (SequenceGroup) av.hiddenRepSequences.get(seq);\r
 782         }\r
 783 \r
 784         fixedLeft = sg.getStartRes();\r
 785         fixedRight = sg.getEndRes();\r
 786 \r
 787         if (   (startres < fixedLeft && lastres >= fixedLeft)\r
 788             || (startres >= fixedLeft && lastres < fixedLeft)\r
 789             || (startres > fixedRight && lastres <=fixedRight)\r
 790             || (startres <= fixedRight && lastres > fixedRight))\r
 791         {\r
 792           endEditing();\r
 793           return;\r
 794         }\r
 795 \r
 796         if (fixedLeft > startres)\r
 797         {\r
 798           fixedRight = fixedLeft - 1;\r
 799           fixedLeft = 0;\r
 800         }\r
 801         else if (fixedRight < startres)\r
 802         {\r
 803           fixedLeft = fixedRight;\r
 804           fixedRight = -1;\r
 805         }\r
 806       }\r
 807 \r
 808 \r
 809       if(av.hasHiddenColumns )\r
 810       {\r
 811           fixedColumns = true;\r
 812           int y1 = av.getColumnSelection().getHiddenBoundaryLeft(startres);\r
 813           int y2 = av.getColumnSelection().getHiddenBoundaryRight(startres);\r
 814 \r
 815           if ( (insertGap && startres > y1 && lastres < y1)\r
 816               || (!insertGap && startres < y2 && lastres > y2))\r
 817           {\r
 818             endEditing();\r
 819             return;\r
 820           }\r
 821 \r
 822           //System.out.print(y1+" "+y2+" "+fixedLeft+" "+fixedRight+"~~");\r
 823           //Selection spans a hidden region\r
 824           if(fixedLeft<y1 && (fixedRight>y2 || fixedRight==-1))\r
 825           {\r
 826             if(startres>=y2)\r
 827             {\r
 828               fixedLeft = y2;\r
 829             }\r
 830             else\r
 831             {\r
 832              fixedRight = y2 - 1;\r
 833            }\r
 834           }\r
 835       }\r
 836 \r
 837 \r
 838       if (groupEditing)\r
 839       {\r
 840         Vector vseqs = sg.getSequences(av.hiddenRepSequences);\r
 841         int g, groupSize = vseqs.size();\r
 842         SequenceI[] groupSeqs = new SequenceI[groupSize];\r
 843         for (g = 0; g < groupSeqs.length; g++)\r
 844           groupSeqs[g] = (SequenceI) vseqs.elementAt(g);\r
 845 \r
 846         // drag to right\r
 847         if (insertGap)\r
 848         {\r
 849             //If the user has selected the whole sequence, and is dragging to\r
 850             // the right, we can still extend the alignment and selectionGroup\r
 851             if(   sg.getStartRes() == 0\r
 852                   && sg.getEndRes() == fixedRight\r
 853                   && sg.getEndRes() == av.alignment.getWidth()-1\r
 854                )\r
 855             {\r
 856               sg.setEndRes(av.alignment.getWidth() + startres - lastres);\r
 857               fixedRight = sg.getEndRes();\r
 858             }\r
 859 \r
 860           // Is it valid with fixed columns??\r
 861           // Find the next gap before the end\r
 862           // of the visible region boundary\r
 863           boolean blank = false;\r
 864           for (fixedRight = fixedRight;\r
 865                fixedRight > lastres;\r
 866                fixedRight--)\r
 867           {\r
 868             blank = true;\r
 869 \r
 870             for (g = 0; g < groupSize; g++)\r
 871             {\r
 872               for (int j = 0; j < startres - lastres; j++)\r
 873               {\r
 874                 if (!jalview.util.Comparison.isGap(\r
 875                     groupSeqs[g].getCharAt(fixedRight - j)))\r
 876                 {\r
 877                   blank = false;\r
 878                   break;\r
 879                 }\r
 880               }\r
 881             }\r
 882             if (blank)\r
 883               break;\r
 884           }\r
 885 \r
 886           if (!blank)\r
 887           {\r
 888             if(sg.getSize() == av.alignment.getHeight()  )\r
 889             {\r
 890               if((av.hasHiddenColumns\r
 891                   && startres<av.getColumnSelection().getHiddenBoundaryRight(startres)))\r
 892               {\r
 893                 endEditing();\r
 894                 return;\r
 895               }\r
 896 \r
 897               int alWidth = av.alignment.getWidth();\r
 898               if(av.hasHiddenRows)\r
 899               {\r
 900                 int hwidth = av.alignment.getHiddenSequences().getWidth();\r
 901                 if(hwidth>alWidth)\r
 902                   alWidth = hwidth;\r
 903               }\r
 904               //We can still insert gaps if the selectionGroup\r
 905               //contains all the sequences\r
 906               sg.setEndRes(sg.getEndRes()+startres-lastres);\r
 907               fixedRight = alWidth+startres-lastres;\r
 908             }\r
 909             else\r
 910             {\r
 911               endEditing();\r
 912               return;\r
 913             }\r
 914           }\r
 915         }\r
 916 \r
 917 \r
 918         // drag to left\r
 919         else if(!insertGap)\r
 920         {\r
 921           /// Are we able to delete?\r
 922           // ie are all columns blank?\r
 923 \r
 924           for (g = 0; g < groupSize; g++)\r
 925           {\r
 926             for (int j = startres; j < lastres; j++)\r
 927             {\r
 928               if (groupSeqs[g].getLength() <= j)\r
 929               {\r
 930                 continue;\r
 931               }\r
 932 \r
 933               if (!jalview.util.Comparison.isGap(\r
 934                   groupSeqs[g].getCharAt(j)))\r
 935               {\r
 936                 // Not a gap, block edit not valid\r
 937                 endEditing();\r
 938                 return;\r
 939               }\r
 940             }\r
 941           }\r
 942         }\r
 943 \r
 944           if (insertGap)\r
 945           {\r
 946             // dragging to the right\r
 947             if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
 948             {\r
 949               for (int j = lastres; j < startres; j++)\r
 950               {\r
 951                   insertChar(j, groupSeqs, fixedRight);\r
 952               }\r
 953             }\r
 954             else\r
 955             {\r
 956               editCommand.appendEdit(EditCommand.INSERT_GAP,\r
 957                                      groupSeqs,\r
 958                                      startres, startres-lastres,\r
 959                                      av.getGapCharacter(),\r
 960                                      true);\r
 961             }\r
 962           }\r
 963           else\r
 964           {\r
 965             // dragging to the left\r
 966             if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
 967             {\r
 968               for (int j = lastres; j > startres; j--)\r
 969               {\r
 970                 deleteChar(startres, groupSeqs, fixedRight);\r
 971               }\r
 972             }\r
 973             else\r
 974               editCommand.appendEdit(EditCommand.DELETE_GAP,\r
 975                                      groupSeqs,\r
 976                                      startres, lastres - startres,\r
 977                                      av.getGapCharacter(),\r
 978                                      true);\r
 979 \r
 980           }\r
 981       }\r
 982       else /////Editing a single sequence///////////\r
 983       {\r
 984         if (insertGap)\r
 985         {\r
 986           // dragging to the right\r
 987           if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
 988           {\r
 989             for (int j = lastres; j < startres; j++)\r
 990             {\r
 991               insertChar(j, new SequenceI[]{seq}, fixedRight);\r
 992             }\r
 993           }\r
 994           else\r
 995           {\r
 996             editCommand.appendEdit(EditCommand.INSERT_GAP,\r
 997                                    new SequenceI[]\r
 998                                    {seq},\r
 999                                    lastres, startres-lastres,\r
1000                                    av.getGapCharacter(),\r
1001                                    true);\r
1002           }\r
1003         }\r
1004         else\r
1005         {\r
1006           // dragging to the left\r
1007           if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
1008           {\r
1009             for (int j = lastres; j > startres; j--)\r
1010             {\r
1011               if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(startres)))\r
1012               {\r
1013                 endEditing();\r
1014                 break;\r
1015               }\r
1016               deleteChar(startres, new SequenceI[]{seq}, fixedRight);\r
1017             }\r
1018           }\r
1019           else\r
1020           {\r
1021             //could be a keyboard edit trying to delete none gaps\r
1022             int max=0;\r
1023             for(int m = startres; m<lastres; m++)\r
1024             {\r
1025               if(!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(m)))\r
1026                 break;\r
1027               max++;\r
1028             }\r
1029 \r
1030             if (max>0)\r
1031             {\r
1032               editCommand.appendEdit(EditCommand.DELETE_GAP,\r
1033                                      new SequenceI[]\r
1034                                      {seq},\r
1035                                      startres, max,\r
1036                                      av.getGapCharacter(),\r
1037                                      true);\r
1038             }\r
1039           }\r
1040         }\r
1041       }\r
1042 \r
1043       lastres = startres;\r
1044       seqCanvas.repaint();\r
1045   }\r
1046 \r
1047 \r
1048 \r
1049   void insertChar(int j, SequenceI [] seq, int fixedColumn)\r
1050   {\r
1051     int blankColumn = fixedColumn;\r
1052     for(int s=0; s<seq.length; s++)\r
1053     {\r
1054       //Find the next gap before the end of the visible region boundary\r
1055       //If lastCol > j, theres a boundary after the gap insertion\r
1056 \r
1057       for (blankColumn = fixedColumn; blankColumn > j; blankColumn--)\r
1058       {\r
1059         if (jalview.util.Comparison.isGap(seq[s].getCharAt(blankColumn)))\r
1060         {\r
1061           //Theres a space, so break and insert the gap\r
1062           break;\r
1063         }\r
1064       }\r
1065 \r
1066       if (blankColumn <= j)\r
1067       {\r
1068         blankColumn = fixedColumn;\r
1069         endEditing();\r
1070         return;\r
1071       }\r
1072     }\r
1073 \r
1074     editCommand.appendEdit(EditCommand.DELETE_GAP,\r
1075                            seq,\r
1076                            blankColumn, 1, av.getGapCharacter(), true);\r
1077 \r
1078     editCommand.appendEdit(EditCommand.INSERT_GAP,\r
1079                            seq,\r
1080                            j, 1, av.getGapCharacter(),\r
1081                            true);\r
1082 \r
1083   }\r
1084 \r
1085   void deleteChar(int j, SequenceI [] seq, int fixedColumn)\r
1086   {\r
1087 \r
1088     editCommand.appendEdit(EditCommand.DELETE_GAP,\r
1089                            seq,\r
1090                            j, 1, av.getGapCharacter(), true);\r
1091 \r
1092     editCommand.appendEdit(EditCommand.INSERT_GAP,\r
1093                            seq,\r
1094                            fixedColumn, 1, av.getGapCharacter(), true);\r
1095   }\r
1096 \r
1097 \r
1098 //////////////////////////////////////////\r
1099 /////Everything below this is for defining the boundary of the rubberband\r
1100 //////////////////////////////////////////\r
1101   public void doMousePressedDefineMode(MouseEvent evt)\r
1102   {\r
1103     if (scrollThread != null)\r
1104     {\r
1105       scrollThread.running = false;\r
1106       scrollThread = null;\r
1107     }\r
1108 \r
1109     int res = findRes(evt);\r
1110     int seq = findSeq(evt);\r
1111     oldSeq = seq;\r
1112     startWrapBlock=wrappedBlock;\r
1113 \r
1114     if(seq==-1)\r
1115       return;\r
1116 \r
1117     SequenceI sequence = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
1118 \r
1119     if (sequence == null || res > sequence.getLength())\r
1120     {\r
1121       return;\r
1122     }\r
1123 \r
1124     stretchGroup = av.getSelectionGroup();\r
1125 \r
1126     if (stretchGroup == null)\r
1127     {\r
1128       stretchGroup = av.alignment.findGroup(sequence);\r
1129       if (stretchGroup != null && res > stretchGroup.getStartRes() &&\r
1130           res < stretchGroup.getEndRes())\r
1131       {\r
1132         av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
1133       }\r
1134       else\r
1135       {\r
1136         stretchGroup = null;\r
1137       }\r
1138     }\r
1139 \r
1140     else if (!stretchGroup.getSequences(null).contains(sequence)\r
1141              || stretchGroup.getStartRes() > res\r
1142              || stretchGroup.getEndRes() < res)\r
1143     {\r
1144       stretchGroup = null;\r
1145 \r
1146       SequenceGroup[] allGroups = av.alignment.findAllGroups(sequence);\r
1147 \r
1148       if (allGroups != null)\r
1149       {\r
1150         for (int i = 0; i < allGroups.length; i++)\r
1151         {\r
1152           if (allGroups[i].getStartRes() <= res &&\r
1153               allGroups[i].getEndRes() >= res)\r
1154           {\r
1155             stretchGroup = allGroups[i];\r
1156             break;\r
1157           }\r
1158         }\r
1159       }\r
1160       av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
1161     }\r
1162 \r
1163 \r
1164     // DETECT RIGHT MOUSE BUTTON IN AWT\r
1165     if ( (evt.getModifiers() & InputEvent.BUTTON3_MASK) ==\r
1166              InputEvent.BUTTON3_MASK)\r
1167     {\r
1168       Vector allFeatures = getAllFeaturesAtRes(sequence,\r
1169                                                sequence.findPosition(res));\r
1170 \r
1171       Vector links = null;\r
1172       if(allFeatures!=null)\r
1173       {\r
1174         for (int i = 0; i < allFeatures.size(); i++)\r
1175         {\r
1176           SequenceFeature sf = (SequenceFeature) allFeatures.elementAt(i);\r
1177           if (sf.links != null)\r
1178           {\r
1179             links = new Vector();\r
1180             for (int j = 0; j < sf.links.size(); j++)\r
1181             {\r
1182               links.addElement(sf.links.elementAt(j));\r
1183             }\r
1184           }\r
1185         }\r
1186       }\r
1187       APopupMenu popup = new APopupMenu(ap, null, links);\r
1188       this.add(popup);\r
1189       popup.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
1190       ap.repaint();\r
1191       return;\r
1192     }\r
1193 \r
1194     if (av.cursorMode)\r
1195     {\r
1196       seqCanvas.cursorX = findRes(evt);\r
1197       seqCanvas.cursorY = findSeq(evt);\r
1198       seqCanvas.repaint();\r
1199       return;\r
1200     }\r
1201 \r
1202       //Only if left mouse button do we want to change group sizes\r
1203 \r
1204       if (stretchGroup == null)\r
1205       {\r
1206         // define a new group here\r
1207         SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
1208         sg.setStartRes(res);\r
1209         sg.setEndRes(res);\r
1210         sg.addSequence(sequence, false);\r
1211         av.setSelectionGroup(sg);\r
1212         stretchGroup = sg;\r
1213 \r
1214         if (av.getConservationSelected())\r
1215         {\r
1216           SliderPanel.setConservationSlider(ap, av.getGlobalColourScheme(),\r
1217                                             "Background");\r
1218         }\r
1219         if (av.getAbovePIDThreshold())\r
1220         {\r
1221           SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, av.getGlobalColourScheme(),\r
1222                                          "Background");\r
1223         }\r
1224 \r
1225       }\r
1226   }\r
1227 \r
1228   public void doMouseReleasedDefineMode(MouseEvent evt)\r
1229   {\r
1230     if (stretchGroup == null)\r
1231     {\r
1232         return;\r
1233     }\r
1234 \r
1235     if(stretchGroup.cs!=null)\r
1236     {\r
1237       if (stretchGroup.cs instanceof ClustalxColourScheme)\r
1238       {\r
1239         ( (ClustalxColourScheme) stretchGroup.cs).resetClustalX(\r
1240             stretchGroup.getSequences(av.hiddenRepSequences),\r
1241             stretchGroup.getWidth());\r
1242       }\r
1243 \r
1244       if (stretchGroup.cs instanceof Blosum62ColourScheme\r
1245           || stretchGroup.cs instanceof PIDColourScheme\r
1246           || stretchGroup.cs.conservationApplied()\r
1247           || stretchGroup.cs.getThreshold() > 0)\r
1248         stretchGroup.recalcConservation();\r
1249 \r
1250 \r
1251       if (stretchGroup.cs.conservationApplied())\r
1252       {\r
1253         SliderPanel.setConservationSlider(ap, stretchGroup.cs,\r
1254                                           stretchGroup.getName());\r
1255         stretchGroup.recalcConservation();\r
1256       }\r
1257       else\r
1258       {\r
1259         SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, stretchGroup.cs,\r
1260                                        stretchGroup.getName());\r
1261       }\r
1262     }\r
1263     changeEndRes = false;\r
1264     changeStartRes = false;\r
1265     stretchGroup = null;\r
1266     PaintRefresher.Refresh(ap, av.getSequenceSetId());\r
1267     ap.repaint();\r
1268   }\r
1269 \r
1270   public void doMouseDraggedDefineMode(MouseEvent evt)\r
1271   {\r
1272     int res = findRes(evt);\r
1273     int y = findSeq(evt);\r
1274 \r
1275     if(wrappedBlock!=startWrapBlock)\r
1276       return;\r
1277 \r
1278      if (stretchGroup == null)\r
1279      {\r
1280           return;\r
1281      }\r
1282 \r
1283      mouseDragging = true;\r
1284 \r
1285 \r
1286       if(y > av.alignment.getHeight())\r
1287       {\r
1288         y = av.alignment.getHeight() -1;\r
1289       }\r
1290 \r
1291       if(res>=av.alignment.getWidth())\r
1292         res = av.alignment.getWidth()-1;\r
1293 \r
1294       if (stretchGroup.getEndRes() == res)\r
1295       {\r
1296           // Edit end res position of selected group\r
1297           changeEndRes = true;\r
1298       }\r
1299       else if (stretchGroup.getStartRes() == res)\r
1300       {\r
1301           // Edit start res position of selected group\r
1302           changeStartRes = true;\r
1303       }\r
1304 \r
1305       if (res < 0)\r
1306       {\r
1307           res = 0;\r
1308       }\r
1309 \r
1310       if (changeEndRes)\r
1311       {\r
1312           if (res > (stretchGroup.getStartRes() - 1))\r
1313           {\r
1314               stretchGroup.setEndRes(res);\r
1315           }\r
1316       }\r
1317       else if (changeStartRes)\r
1318       {\r
1319           if (res < (stretchGroup.getEndRes() + 1))\r
1320           {\r
1321               stretchGroup.setStartRes(res);\r
1322           }\r
1323       }\r
1324 \r
1325       int dragDirection = 0;\r
1326 \r
1327       if (y > oldSeq)\r
1328       {\r
1329           dragDirection = 1;\r
1330       }\r
1331       else if (y < oldSeq)\r
1332       {\r
1333           dragDirection = -1;\r
1334       }\r
1335 \r
1336 \r
1337       while ((y != oldSeq) && (oldSeq > -1) && (y < av.alignment.getHeight()))\r
1338       {\r
1339           // This routine ensures we don't skip any sequences, as the\r
1340           // selection is quite slow.\r
1341           Sequence seq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
1342 \r
1343           oldSeq += dragDirection;\r
1344 \r
1345           if(oldSeq<0)\r
1346             break;\r
1347 \r
1348           Sequence nextSeq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
1349 \r
1350           if (stretchGroup.getSequences(null).contains(nextSeq))\r
1351           {\r
1352               stretchGroup.deleteSequence(seq, false);\r
1353           }\r
1354           else\r
1355           {\r
1356               if (seq != null)\r
1357               {\r
1358                   stretchGroup.addSequence(seq, false);\r
1359               }\r
1360 \r
1361               stretchGroup.addSequence(nextSeq, false);\r
1362           }\r
1363       }\r
1364 \r
1365       if(oldSeq < 0)\r
1366         oldSeq = -1;\r
1367 \r
1368 \r
1369       if(res>av.endRes || res<av.startRes\r
1370           || y<av.startSeq || y>av.endSeq)\r
1371       {\r
1372         mouseExited(evt);\r
1373       }\r
1374 \r
1375       if (scrollThread != null)\r
1376       {\r
1377         scrollThread.setEvent(evt);\r
1378       }\r
1379 \r
1380       seqCanvas.repaint();\r
1381     }\r
1382 \r
1383     public void mouseEntered(MouseEvent e)\r
1384     {\r
1385       if (oldSeq < 0)\r
1386         oldSeq = 0;\r
1387 \r
1388       if (scrollThread != null)\r
1389       {\r
1390         scrollThread.running = false;\r
1391         scrollThread = null;\r
1392       }\r
1393     }\r
1394 \r
1395   public void mouseExited(MouseEvent e)\r
1396   {\r
1397     if (av.getWrapAlignment())\r
1398     {\r
1399       return;\r
1400     }\r
1401 \r
1402     if (mouseDragging && scrollThread==null)\r
1403     {\r
1404       scrollThread = new ScrollThread();\r
1405     }\r
1406   }\r
1407 \r
1408   void scrollCanvas(MouseEvent evt)\r
1409   {\r
1410     if(evt==null)\r
1411     {\r
1412       if(scrollThread!=null)\r
1413       {\r
1414         scrollThread.running = false;\r
1415         scrollThread = null;\r
1416       }\r
1417       mouseDragging = false;\r
1418     }\r
1419     else\r
1420     {\r
1421       if (scrollThread == null)\r
1422         scrollThread = new ScrollThread();\r
1423 \r
1424       mouseDragging = true;\r
1425       scrollThread.setEvent(evt);\r
1426     }\r
1427 \r
1428     }\r
1429 \r
1430   // this class allows scrolling off the bottom of the visible alignment\r
1431   class ScrollThread\r
1432       extends Thread\r
1433   {\r
1434     MouseEvent evt;\r
1435     boolean running = false;\r
1436     public ScrollThread()\r
1437     {\r
1438       start();\r
1439     }\r
1440 \r
1441     public void setEvent(MouseEvent e)\r
1442     {\r
1443       evt = e;\r
1444     }\r
1445 \r
1446     public void stopScrolling()\r
1447     {\r
1448       running = false;\r
1449     }\r
1450 \r
1451     public void run()\r
1452     {\r
1453       running = true;\r
1454       while (running)\r
1455       {\r
1456 \r
1457         if (evt != null)\r
1458         {\r
1459 \r
1460           if (mouseDragging && evt.getY() < 0 && av.getStartSeq() > 0)\r
1461           {\r
1462             running = ap.scrollUp(true);\r
1463           }\r
1464 \r
1465           if (mouseDragging && evt.getY() >= getSize().height &&\r
1466               av.alignment.getHeight() > av.getEndSeq())\r
1467           {\r
1468             running = ap.scrollUp(false);\r
1469           }\r
1470 \r
1471           if (mouseDragging && evt.getX() < 0)\r
1472           {\r
1473             running = ap.scrollRight(false);\r
1474           }\r
1475 \r
1476           else if (mouseDragging && evt.getX() >= getSize().width)\r
1477           {\r
1478             running = ap.scrollRight(true);\r
1479           }\r
1480         }\r
1481 \r
1482         try\r
1483         {\r
1484           Thread.sleep(75);\r
1485         }\r
1486         catch (Exception ex)\r
1487         {}\r
1488       }\r
1489     }\r
1490   }\r
1491 \r
1492 }\r