src/jalview/appletgui/SeqPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.awt.*;\r
  23 import java.awt.event.*;\r
  24 \r
  25 import jalview.datamodel.*;\r
  26 import jalview.schemes.*;\r
  27 \r
  28 public class SeqPanel\r
  29     extends Panel implements MouseMotionListener, MouseListener\r
  30 {\r
  31 \r
  32   public SeqCanvas seqCanvas;\r
  33   public AlignmentPanel ap;\r
  34 \r
  35   protected int lastres;\r
  36   protected int startseq;\r
  37 \r
  38   protected AlignViewport av;\r
  39 \r
  40   // if character is inserted or deleted, we will need to recalculate the conservation\r
  41   boolean seqEditOccurred = false;\r
  42 \r
  43   ScrollThread scrollThread = null;\r
  44   boolean mouseDragging = false;\r
  45   boolean editingSeqs = false;\r
  46   boolean groupEditing = false;\r
  47 \r
  48   int oldSeq = -1;\r
  49   boolean changeEndSeq = false;\r
  50   boolean changeStartSeq = false;\r
  51   boolean changeEndRes = false;\r
  52   boolean changeStartRes = false;\r
  53   SequenceGroup stretchGroup = null;\r
  54 \r
  55   StringBuffer keyboardNo1;\r
  56   StringBuffer keyboardNo2;\r
  57 \r
  58   public SeqPanel(AlignViewport avp, AlignmentPanel p)\r
  59   {\r
  60     this.av = avp;\r
  61 \r
  62     seqCanvas = new SeqCanvas(avp);\r
  63     setLayout(new BorderLayout());\r
  64     add(seqCanvas);\r
  65 \r
  66     ap = p;\r
  67 \r
  68     seqCanvas.addMouseMotionListener(this);\r
  69     seqCanvas.addMouseListener(this);\r
  70 \r
  71     seqCanvas.repaint();\r
  72   }\r
  73 \r
  74   void endEditing()\r
  75   {\r
  76     startseq = -1;\r
  77     lastres = -1;\r
  78     seqEditOccurred = false;\r
  79     editingSeqs = false;\r
  80     groupEditing = false;\r
  81     keyboardNo1 = null;\r
  82     keyboardNo2 = null;\r
  83    }\r
  84 \r
  85    void setCursorRow()\r
  86    {\r
  87      seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo(keyboardNo1)-1;\r
  88      scrollToVisible();\r
  89    }\r
  90 \r
  91    void setCursorColumn()\r
  92    {\r
  93      seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo(keyboardNo1)-1;\r
  94      scrollToVisible();\r
  95    }\r
  96 \r
  97    void setCursorRowAndColumn()\r
  98    {\r
  99      if(keyboardNo2==null)\r
 100      {\r
 101        keyboardNo2 = new StringBuffer();\r
 102      }\r
 103      else\r
 104      {\r
 105        seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo(keyboardNo1) - 1;\r
 106        seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo(keyboardNo2) - 1;\r
 107        scrollToVisible();\r
 108      }\r
 109    }\r
 110 \r
 111    void setCursorPosition()\r
 112    {\r
 113      SequenceI sequence =\r
 114          (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY);\r
 115 \r
 116      seqCanvas.cursorX = sequence.findIndex(\r
 117          getKeyboardNo(keyboardNo1)-1\r
 118          );\r
 119      scrollToVisible();\r
 120    }\r
 121 \r
 122    void moveCursor(int dx, int dy)\r
 123    {\r
 124      seqCanvas.cursorX += dx;\r
 125      seqCanvas.cursorY += dy;\r
 126      scrollToVisible();\r
 127    }\r
 128 \r
 129    void scrollToVisible()\r
 130    {\r
 131      if (seqCanvas.cursorX < 0)\r
 132        seqCanvas.cursorX = 0;\r
 133      else if (seqCanvas.cursorX > av.alignment.getWidth() - 1)\r
 134        seqCanvas.cursorX = av.alignment.getWidth() - 1;\r
 135 \r
 136      if (seqCanvas.cursorY < 0)\r
 137        seqCanvas.cursorY = 0;\r
 138      else if (seqCanvas.cursorY > av.alignment.getHeight() - 1)\r
 139        seqCanvas.cursorY = av.alignment.getHeight() - 1;\r
 140 \r
 141 \r
 142      endEditing();\r
 143      if (av.wrapAlignment)\r
 144      {\r
 145        ap.scrollToWrappedVisible(seqCanvas.cursorX);\r
 146      }\r
 147      else\r
 148      {\r
 149        while (seqCanvas.cursorY < av.startSeq)\r
 150        {\r
 151          ap.scrollUp(true);\r
 152        }\r
 153        while (seqCanvas.cursorY + 1 > av.endSeq)\r
 154        {\r
 155          ap.scrollUp(false);\r
 156        }\r
 157        while (seqCanvas.cursorX < av.startRes)\r
 158        {\r
 159 \r
 160          if (!ap.scrollRight(false))\r
 161            break;\r
 162        }\r
 163        while (seqCanvas.cursorX > av.endRes)\r
 164        {\r
 165          if (!ap.scrollRight(true))\r
 166            break;\r
 167        }\r
 168      }\r
 169      setStatusMessage(av.alignment.getSequenceAt(seqCanvas.cursorY),\r
 170                       seqCanvas.cursorX, seqCanvas.cursorY);\r
 171 \r
 172      seqCanvas.repaint();\r
 173    }\r
 174 \r
 175    void setSelectionAreaAtCursor(boolean topLeft)\r
 176    {\r
 177      SequenceI sequence =\r
 178          (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY);\r
 179 \r
 180      if(av.getSelectionGroup()!=null)\r
 181      {\r
 182        SequenceGroup sg = av.selectionGroup;\r
 183        //Find the top and bottom of this group\r
 184        int min = av.alignment.getHeight(), max = 0;\r
 185        for(int i=0; i<sg.getSize(); i++)\r
 186        {\r
 187          int index = av.alignment.findIndex( sg.getSequenceAt(i) );\r
 188          if(index > max)\r
 189            max = index;\r
 190          if(index < min)\r
 191            min = index;\r
 192        }\r
 193 \r
 194        max ++;\r
 195 \r
 196        if(topLeft)\r
 197        {\r
 198          sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);\r
 199          if(sg.getEndRes()<seqCanvas.cursorX)\r
 200            sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);\r
 201 \r
 202          min = seqCanvas.cursorY;\r
 203        }\r
 204        else\r
 205        {\r
 206          sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);\r
 207          if(sg.getStartRes()>seqCanvas.cursorX)\r
 208            sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);\r
 209 \r
 210          max = seqCanvas.cursorY+1;\r
 211        }\r
 212 \r
 213        if(min>max)\r
 214        {\r
 215          // Only the user can do this\r
 216          av.setSelectionGroup(null);\r
 217        }\r
 218        else\r
 219        {\r
 220          // Now add any sequences between min and max\r
 221          sg.sequences.removeAllElements();\r
 222          for (int i = min; i < max; i++)\r
 223          {\r
 224            sg.addSequence(av.alignment.getSequenceAt(i), false);\r
 225          }\r
 226        }\r
 227      }\r
 228 \r
 229      if (av.getSelectionGroup() == null)\r
 230      {\r
 231        SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
 232        sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);\r
 233        sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);\r
 234        sg.addSequence(sequence, false);\r
 235        av.setSelectionGroup(sg);\r
 236      }\r
 237 \r
 238 \r
 239      ap.repaint();\r
 240    }\r
 241 \r
 242    void insertGapAtCursor(boolean group)\r
 243    {\r
 244      ap.alignFrame.addHistoryItem(new HistoryItem("Edit Sequence",\r
 245                                                   av.alignment, HistoryItem.EDIT));\r
 246      groupEditing = group;\r
 247      startseq = seqCanvas.cursorY;\r
 248      lastres = seqCanvas.cursorX;\r
 249      editSequence(true, seqCanvas.cursorX+getKeyboardNo(keyboardNo1));\r
 250      editOccurred();\r
 251    }\r
 252 \r
 253    void deleteGapAtCursor(boolean group)\r
 254    {\r
 255      ap.alignFrame.addHistoryItem(new HistoryItem("Edit Sequence",\r
 256                                                   av.alignment, HistoryItem.EDIT));\r
 257      groupEditing = group;\r
 258      startseq = seqCanvas.cursorY;\r
 259      lastres = seqCanvas.cursorX+getKeyboardNo(keyboardNo1);\r
 260      editSequence(false, seqCanvas.cursorX);\r
 261      editOccurred();\r
 262    }\r
 263 \r
 264    void numberPressed(char value)\r
 265    {\r
 266      if(keyboardNo1==null)\r
 267        keyboardNo1 = new StringBuffer();\r
 268 \r
 269      if(keyboardNo2!=null)\r
 270        keyboardNo2.append(value);\r
 271      else\r
 272        keyboardNo1.append(value);\r
 273    }\r
 274 \r
 275    int getKeyboardNo(StringBuffer kb)\r
 276    {\r
 277      if(kb==null)\r
 278        return 1;\r
 279      else\r
 280        return Integer.parseInt(kb.toString());\r
 281    }\r
 282 \r
 283    void setStatusMessage(SequenceI sequence, int res, int seq)\r
 284    {\r
 285      StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence " + (seq + 1) + " ID: " +\r
 286                                           sequence.getName());\r
 287 \r
 288      Object obj = null;\r
 289      if (av.alignment.isNucleotide())\r
 290      {\r
 291        obj = ResidueProperties.nucleotideName.get(sequence.getCharAt(res) +\r
 292                                                   "");\r
 293        if (obj != null)\r
 294          text.append(" Nucleotide: ");\r
 295      }\r
 296      else\r
 297      {\r
 298        obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get(sequence.getCharAt(res) + "");\r
 299        if (obj != null)\r
 300          text.append("  Residue: ");\r
 301      }\r
 302 \r
 303      if (obj != null)\r
 304      {\r
 305 \r
 306        if (obj != "")\r
 307        {\r
 308          text.append(obj + " (" + sequence.findPosition(res) +\r
 309                      ")");\r
 310        }\r
 311      }\r
 312      ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());\r
 313 \r
 314     }\r
 315      public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
 316      {\r
 317        if (evt.isShiftDown() || evt.isAltDown() ||\r
 318            evt.isControlDown())\r
 319        {\r
 320          if (evt.isAltDown() || evt.isControlDown())\r
 321          {\r
 322            groupEditing = true;\r
 323          }\r
 324          editingSeqs = true;\r
 325        }\r
 326        else\r
 327        {\r
 328          doMousePressedDefineMode(evt);\r
 329          return;\r
 330        }\r
 331 \r
 332 \r
 333        int seq = findSeq(evt);\r
 334        int res = findRes(evt);\r
 335 \r
 336        if(seq<0 || res<0)\r
 337          return;\r
 338 \r
 339        ap.alignFrame.addHistoryItem(new HistoryItem("Edit Sequence",\r
 340                                                           av.alignment, HistoryItem.EDIT));\r
 341 \r
 342          if ((seq < av.getAlignment().getHeight()) &&\r
 343                  (res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength()))\r
 344          {\r
 345              startseq = seq;\r
 346              lastres = res;\r
 347          }\r
 348          else\r
 349          {\r
 350              startseq = -1;\r
 351              lastres = -1;\r
 352          }\r
 353 \r
 354         return;\r
 355      }\r
 356 \r
 357      public void mouseClicked(MouseEvent evt){}\r
 358 \r
 359 \r
 360   public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
 361   {\r
 362     mouseDragging = false;\r
 363 \r
 364     if (!editingSeqs)\r
 365     {\r
 366        doMouseReleasedDefineMode(evt);\r
 367        return;\r
 368     }\r
 369 \r
 370      editOccurred();\r
 371 \r
 372      endEditing();\r
 373        ap.repaint();\r
 374   }\r
 375 \r
 376   int startWrapBlock=-1;\r
 377   int wrappedBlock=-1;\r
 378   int findRes(MouseEvent evt)\r
 379  {\r
 380    int res = 0;\r
 381    int x = evt.getX();\r
 382 \r
 383   if (av.wrapAlignment)\r
 384   {\r
 385 \r
 386     int hgap = av.charHeight;\r
 387     if (av.scaleAboveWrapped)\r
 388       hgap += av.charHeight;\r
 389 \r
 390     int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
 391         + hgap + seqCanvas.getAnnotationHeight();\r
 392 \r
 393       int y = evt.getY();\r
 394       y -= hgap;\r
 395       x -= seqCanvas.LABEL_WEST;\r
 396 \r
 397 \r
 398       int cwidth = seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(getSize().width);\r
 399 \r
 400       wrappedBlock = y / cHeight;\r
 401       wrappedBlock += av.getStartRes() / cwidth;\r
 402 \r
 403       res = wrappedBlock * cwidth + x / av.getCharWidth();\r
 404 \r
 405   }\r
 406   else\r
 407   {\r
 408       res = (x / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
 409   }\r
 410 \r
 411   return res;\r
 412 \r
 413  }\r
 414 \r
 415  int findSeq(MouseEvent evt)\r
 416  {\r
 417 \r
 418    int seq = 0;\r
 419    int y = evt.getY();\r
 420 \r
 421    if (av.wrapAlignment)\r
 422    {\r
 423      int hgap = av.charHeight;\r
 424      if (av.scaleAboveWrapped)\r
 425        hgap += av.charHeight;\r
 426 \r
 427      int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
 428          + hgap + seqCanvas.getAnnotationHeight();\r
 429 \r
 430        y -= hgap;\r
 431 \r
 432      seq = ( (y % cHeight) / av.getCharHeight());\r
 433    }\r
 434    else\r
 435    {\r
 436      seq = (y / av.getCharHeight()) + av.getStartSeq();\r
 437    }\r
 438 \r
 439    return seq;\r
 440  }\r
 441 \r
 442 \r
 443   public void doMousePressed(MouseEvent evt)\r
 444   {\r
 445     ap.alignFrame.addHistoryItem(new HistoryItem(\r
 446         "Edit Sequence", av.alignment, HistoryItem.EDIT));\r
 447 \r
 448     int seq = findSeq(evt);\r
 449     int res = findRes(evt);\r
 450 \r
 451     if (seq < av.getAlignment().getHeight() &&\r
 452         res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength())\r
 453     {\r
 454       //char resstr = align.getSequenceAt(seq).getSequence().charAt(res);\r
 455       // Find the residue's position in the sequence (res is the position\r
 456       // in the alignment\r
 457 \r
 458       startseq = seq;\r
 459       lastres = res;\r
 460     }\r
 461     else\r
 462     {\r
 463       startseq = -1;\r
 464       lastres = -1;\r
 465     }\r
 466 \r
 467     return;\r
 468   }\r
 469 \r
 470   public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
 471   {\r
 472     int res = findRes(evt);\r
 473     int seq = findSeq(evt);\r
 474 \r
 475     if (seq >= av.getAlignment().getHeight() || seq<0 || res<0)\r
 476     {\r
 477       return;\r
 478     }\r
 479 \r
 480     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
 481     if (res > sequence.getLength())\r
 482     {\r
 483       return;\r
 484     }\r
 485 \r
 486     StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence " + (seq + 1) + " ID: " +\r
 487             sequence.getName());\r
 488 \r
 489     Object obj = null;\r
 490     if (av.alignment.isNucleotide())\r
 491     {\r
 492       obj = ResidueProperties.nucleotideName.get(sequence.getCharAt(res) +\r
 493           "");\r
 494       if(obj!=null)\r
 495         text.append(" Nucleotide: ");\r
 496     }\r
 497     else\r
 498     {\r
 499       obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get(sequence.getCharAt(res) + "");\r
 500       if(obj!=null)\r
 501         text.append("  Residue: ");\r
 502     }\r
 503 \r
 504     if (obj != null)\r
 505     {\r
 506 \r
 507       if (obj != "")\r
 508       {\r
 509         text.append(obj + " (" +\r
 510                     av.getAlignment().getSequenceAt(seq).findPosition(res) + ")");\r
 511       }\r
 512     }\r
 513 \r
 514     if(seqCanvas.pdbCanvas!=null && sequence==seqCanvas.pdbCanvas.sequence)\r
 515     {\r
 516       seqCanvas.pdbCanvas.highlightRes(sequence.findPosition(res));\r
 517     }\r
 518 \r
 519 \r
 520     // use aa to see if the mouse pointer is on a\r
 521     if (av.showSequenceFeatures\r
 522         && sequence.getSequenceFeatures()!=null\r
 523         && av.featuresDisplayed!=null)\r
 524     {\r
 525       int index = 0;\r
 526       sequence.getSequenceFeatures();\r
 527       boolean first = true;\r
 528       while (index < sequence.getSequenceFeatures().length)\r
 529       {\r
 530         SequenceFeature sf = sequence.getSequenceFeatures()[index];\r
 531         if (sf.getBegin() <= sequence.findPosition(res) &&\r
 532             sf.getEnd() >= sequence.findPosition(res))\r
 533         {\r
 534           if(!av.featuresDisplayed.containsKey(sf.getType()))\r
 535            {\r
 536              index++;\r
 537              continue;\r
 538            }\r
 539 \r
 540           if(first)\r
 541           {\r
 542             text.append(" Sequence Feature:");\r
 543             first = false;\r
 544           }\r
 545 \r
 546           text.append(" "+sf.getType());\r
 547 \r
 548           if(sf.getDescription()!=null)\r
 549             text.append(" "+sf.getDescription());\r
 550 \r
 551           if (sf.getStatus()!=null && sf.getStatus().length() > 0)\r
 552           {\r
 553             text.append(" (" + sf.getStatus() + ")");\r
 554           }\r
 555           text.append("; ");\r
 556         }\r
 557 \r
 558         index++;\r
 559 \r
 560       }\r
 561     }\r
 562 \r
 563      ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());\r
 564 \r
 565   }\r
 566 \r
 567   public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
 568   {\r
 569     if (!editingSeqs)\r
 570 {\r
 571   doMouseDraggedDefineMode(evt);\r
 572   return;\r
 573 }\r
 574 \r
 575   int res = findRes(evt);\r
 576 \r
 577   if (res < 0)\r
 578   {\r
 579       res = 0;\r
 580   }\r
 581 \r
 582   if ((lastres == -1) || (lastres == res))\r
 583   {\r
 584       return;\r
 585   }\r
 586 \r
 587   if ( (res < av.getAlignment().getWidth()) && (res < lastres))\r
 588   {\r
 589     // dragLeft, delete gap\r
 590     editSequence(false, res);\r
 591   }\r
 592   else\r
 593     editSequence(true, res);\r
 594 \r
 595   mouseDragging = true;\r
 596   if(scrollThread!=null)\r
 597     scrollThread.setEvent(evt);\r
 598 \r
 599   }\r
 600 \r
 601   synchronized void editSequence(boolean insertGap, int startres)\r
 602     {\r
 603       int fixedLeft = -1;\r
 604       int fixedRight = -1;\r
 605       boolean fixedColumns = false;\r
 606       SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();\r
 607 \r
 608       if(groupEditing && sg==null)\r
 609         return;\r
 610 \r
 611         SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(startseq);\r
 612         StringBuffer message = new StringBuffer();\r
 613         if (groupEditing)\r
 614            message.append("Edit group:");\r
 615         else\r
 616             message.append("Edit sequence: "+seq.getName());\r
 617 \r
 618        if(insertGap)\r
 619          message.append(" insert ");\r
 620        else\r
 621          message.append(" delete ");\r
 622 \r
 623        message.append(Math.abs(startres-lastres)+" gaps.");\r
 624        ap.alignFrame.statusBar.setText(message.toString());\r
 625 \r
 626 \r
 627         //Are we editing within a selection group?\r
 628         if (groupEditing\r
 629             || (sg != null && sg.sequences.contains(seq)))\r
 630         {\r
 631           fixedColumns = true;\r
 632 \r
 633           fixedLeft = sg.getStartRes();\r
 634           fixedRight = sg.getEndRes();\r
 635 \r
 636           if (   (startres < fixedLeft && lastres >= fixedLeft)\r
 637               || (startres >= fixedLeft && lastres < fixedLeft)\r
 638               || (startres > fixedRight && lastres <=fixedRight)\r
 639               || (startres <= fixedRight && lastres > fixedRight))\r
 640           {\r
 641             endEditing();\r
 642             return;\r
 643           }\r
 644 \r
 645           if (fixedLeft > startres)\r
 646           {\r
 647             fixedRight = fixedLeft - 1;\r
 648             fixedLeft = 0;\r
 649           }\r
 650           else if (fixedRight < startres)\r
 651           {\r
 652             fixedLeft = fixedRight;\r
 653             fixedRight = -1;\r
 654           }\r
 655         }\r
 656 \r
 657 \r
 658         if (groupEditing)\r
 659         {\r
 660           // drag to right\r
 661           if (insertGap)\r
 662           {\r
 663               //If the user has selected the whole sequence, and is dragging to\r
 664               // the right, we can still extend the alignment and selectionGroup\r
 665               if(sg.getStartRes() == 0 && sg.getEndRes() + 1 == av.alignment.getWidth())\r
 666               {\r
 667                 sg.setEndRes(av.alignment.getWidth() + startres - lastres);\r
 668                 fixedRight = sg.getEndRes();\r
 669               }\r
 670 \r
 671             // Is it valid with fixed columns??\r
 672             // Find the next gap before the end\r
 673             // of the visible region boundary\r
 674             boolean blank = false;\r
 675             for (fixedRight = fixedRight;\r
 676                  fixedRight > lastres;\r
 677                  fixedRight--)\r
 678             {\r
 679               blank = true;\r
 680               for (int s = 0; s < sg.getSize(); s++)\r
 681               {\r
 682                 seq = sg.getSequenceAt(s);\r
 683                 for (int j = 0; j < startres - lastres; j++)\r
 684                 {\r
 685                   if (!jalview.util.Comparison.isGap(\r
 686                       seq.getCharAt(fixedRight - j)))\r
 687                   {\r
 688                     blank = false;\r
 689                     break;\r
 690                   }\r
 691                 }\r
 692               }\r
 693               if (blank)\r
 694                 break;\r
 695             }\r
 696 \r
 697             if (!blank)\r
 698             {\r
 699               if(sg.getSize() == av.alignment.getHeight())\r
 700               {\r
 701                 //We can still insert gaps if the selectionGroup\r
 702                 //contains all the sequences\r
 703                 sg.setEndRes(sg.getEndRes()+startres-lastres);\r
 704                 fixedRight = av.alignment.getWidth()+startres-lastres;\r
 705               }\r
 706               else\r
 707               {\r
 708                 endEditing();\r
 709                 return;\r
 710               }\r
 711             }\r
 712           }\r
 713 \r
 714 \r
 715           // drag to left\r
 716           else if(!insertGap)\r
 717           {\r
 718             /// Are we able to delete?\r
 719             // ie are all columns blank?\r
 720 \r
 721             for (int s = 0; s < sg.getSize(); s++)\r
 722             {\r
 723               seq = sg.getSequenceAt(s);\r
 724 \r
 725               for (int j = startres; j < lastres; j++)\r
 726               {\r
 727                 if (seq.getSequence().length() <= j)\r
 728                 {\r
 729                   continue;\r
 730                 }\r
 731 \r
 732                 if (!jalview.util.Comparison.isGap(\r
 733                     seq.getSequence().charAt(j)))\r
 734                 {\r
 735                   // Not a gap, block edit not valid\r
 736                   endEditing();\r
 737                   return;\r
 738                 }\r
 739               }\r
 740             }\r
 741           }\r
 742 \r
 743 \r
 744           for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
 745           {\r
 746             seq = sg.getSequenceAt(i);\r
 747 \r
 748             if (insertGap)\r
 749             {\r
 750               // dragging to the right\r
 751               for (int j = lastres; j < startres; j++)\r
 752               {\r
 753                 if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
 754                 {\r
 755                   insertChar(j, seq, fixedRight);\r
 756                 }\r
 757                 else\r
 758                   insertChar(j, seq);\r
 759               }\r
 760             }\r
 761             else\r
 762             {\r
 763               // dragging to the left\r
 764               for (int j = lastres; j > startres; j--)\r
 765               {\r
 766                 if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
 767                 {\r
 768                   deleteChar(startres, seq, fixedRight);\r
 769                 }\r
 770                 else\r
 771                 {\r
 772                   deleteChar(startres, seq);\r
 773                 }\r
 774               }\r
 775             }\r
 776           }\r
 777         }\r
 778         else /////Editing a single sequence///////////\r
 779         {\r
 780           if (insertGap)\r
 781           {\r
 782             // dragging to the right\r
 783             for (int j = lastres; j < startres; j++)\r
 784             {\r
 785               if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
 786               {\r
 787                 if (sg.getStartRes() == 0\r
 788                     && sg.getEndRes() + 1 == av.alignment.getWidth()\r
 789                     && !jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(fixedRight)))\r
 790                 {\r
 791                   //Single sequence edit, whole sequence selected,\r
 792                   //extend the selection group\r
 793                   sg.setEndRes(av.alignment.getWidth() -1 + startres - lastres);\r
 794                   fixedColumns = false;\r
 795                   insertChar(j, seq);\r
 796                 }\r
 797                 else\r
 798                   insertChar(j, seq, fixedRight);\r
 799               }\r
 800               else\r
 801                 insertChar(j, seq);\r
 802             }\r
 803           }\r
 804           else\r
 805           {\r
 806             // dragging to the left\r
 807             for (int j = lastres; j > startres; j--)\r
 808             {\r
 809               if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
 810               {\r
 811                 deleteChar(startres, seq, fixedRight);\r
 812               }\r
 813               else\r
 814               {\r
 815                 deleteChar(startres, seq);\r
 816               }\r
 817             }\r
 818           }\r
 819         }\r
 820 \r
 821         lastres = startres;\r
 822         seqCanvas.repaint();\r
 823     }\r
 824 \r
 825 \r
 826     /**\r
 827      * DOCUMENT ME!\r
 828      *\r
 829      * @param j DOCUMENT ME!\r
 830      * @param seq DOCUMENT ME!\r
 831      */\r
 832     void insertChar(int j, SequenceI seq)\r
 833     {\r
 834         seq.insertCharAt(j, av.getGapCharacter());\r
 835         seqEditOccurred = true;\r
 836     }\r
 837 \r
 838     void insertChar(int j, SequenceI seq, int fixedColumn)\r
 839     {\r
 840       //Find the next gap before the end of the visible region boundary\r
 841       //If lastCol > j, theres a boundary after the gap insertion\r
 842       int blankColumn = fixedColumn;\r
 843       for (blankColumn = fixedColumn; blankColumn > j; blankColumn--)\r
 844       {\r
 845         if (jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(blankColumn)))\r
 846         {\r
 847           //Theres a space, so break and insert the gap\r
 848           break;\r
 849         }\r
 850       }\r
 851 \r
 852       if (blankColumn <= j)\r
 853       {\r
 854         endEditing();\r
 855         return;\r
 856       }\r
 857 \r
 858       if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(blankColumn)))\r
 859       {\r
 860         //Just Checking\r
 861         System.out.println("Tried removing residue (INSERT)"+seq.getCharAt(fixedColumn));\r
 862         return;\r
 863       }\r
 864 \r
 865       seq.deleteCharAt(blankColumn);\r
 866       seq.insertCharAt(j, av.getGapCharacter());\r
 867       seqEditOccurred = true;\r
 868     }\r
 869 \r
 870     void deleteChar(int j, SequenceI seq, int fixedColumn)\r
 871     {\r
 872       if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(j)))\r
 873       {\r
 874         ap.alignFrame.statusBar.setText(\r
 875             "End editing: Tried removing residue " + seq.getCharAt(j));\r
 876         return;\r
 877       }\r
 878 \r
 879       seq.deleteCharAt(j);\r
 880       seq.insertCharAt(fixedColumn, av.getGapCharacter());\r
 881       seqEditOccurred = true;\r
 882     }\r
 883 \r
 884     /**\r
 885      * DOCUMENT ME!\r
 886      *\r
 887      * @param j DOCUMENT ME!\r
 888      * @param seq DOCUMENT ME!\r
 889      */\r
 890     void deleteChar(int j, SequenceI seq)\r
 891     {\r
 892       if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(j)))\r
 893       {\r
 894         ap.alignFrame.statusBar.setText(\r
 895             "End editing: Tried removing residue " + seq.getCharAt(j));\r
 896         return;\r
 897       }\r
 898 \r
 899         seq.deleteCharAt(j);\r
 900         seqEditOccurred = true;\r
 901         seqCanvas.repaint();\r
 902     }\r
 903 \r
 904     /**\r
 905      * DOCUMENT ME!\r
 906      *\r
 907      * @param i DOCUMENT ME!\r
 908      */\r
 909     void editOccurred()\r
 910     {\r
 911       if (!seqEditOccurred)\r
 912       {\r
 913         ap.alignFrame.historyList.pop();\r
 914         ap.alignFrame.updateEditMenuBar();\r
 915       }\r
 916 \r
 917       endEditing();\r
 918 \r
 919       av.firePropertyChange("alignment", null,av.getAlignment().getSequences());\r
 920 \r
 921     }\r
 922 \r
 923 //////////////////////////////////////////\r
 924 /////Everything below this is for defining the boundary of the rubberband\r
 925 //////////////////////////////////////////\r
 926   public void doMousePressedDefineMode(MouseEvent evt)\r
 927   {\r
 928     if (scrollThread != null)\r
 929     {\r
 930       scrollThread.running = false;\r
 931       scrollThread = null;\r
 932     }\r
 933 \r
 934     int res = findRes(evt);\r
 935     int seq = findSeq(evt);\r
 936     oldSeq = seq;\r
 937     startWrapBlock=wrappedBlock;\r
 938 \r
 939     if(seq==-1)\r
 940       return;\r
 941 \r
 942     SequenceI sequence = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
 943 \r
 944     if (sequence == null || res > sequence.getLength())\r
 945     {\r
 946       return;\r
 947     }\r
 948 \r
 949     stretchGroup = av.getSelectionGroup();\r
 950 \r
 951     if (stretchGroup == null)\r
 952     {\r
 953       stretchGroup = av.alignment.findGroup(sequence);\r
 954       if (stretchGroup != null && res > stretchGroup.getStartRes() &&\r
 955           res < stretchGroup.getEndRes())\r
 956       {\r
 957         av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
 958       }\r
 959       else\r
 960       {\r
 961         stretchGroup = null;\r
 962       }\r
 963     }\r
 964 \r
 965     else if (!stretchGroup.sequences.contains(sequence)\r
 966              || stretchGroup.getStartRes() > res\r
 967              || stretchGroup.getEndRes() < res)\r
 968     {\r
 969       stretchGroup = null;\r
 970 \r
 971       SequenceGroup[] allGroups = av.alignment.findAllGroups(sequence);\r
 972 \r
 973       if (allGroups != null)\r
 974       {\r
 975         for (int i = 0; i < allGroups.length; i++)\r
 976         {\r
 977           if (allGroups[i].getStartRes() <= res &&\r
 978               allGroups[i].getEndRes() >= res)\r
 979           {\r
 980             stretchGroup = allGroups[i];\r
 981             av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
 982             break;\r
 983           }\r
 984         }\r
 985       }\r
 986     }\r
 987 \r
 988     if (stretchGroup == null)\r
 989     {\r
 990       // define a new group here\r
 991       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
 992       sg.setStartRes(res);\r
 993       sg.setEndRes(res);\r
 994       sg.addSequence(sequence, false);\r
 995       av.setSelectionGroup(sg);\r
 996       stretchGroup = sg;\r
 997 \r
 998       if (av.getConservationSelected())\r
 999       {\r
1000         SliderPanel.setConservationSlider(ap, av.getGlobalColourScheme(),\r
1001                                           "Background");\r
1002       }\r
1003       if (av.getAbovePIDThreshold())\r
1004       {\r
1005         SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, av.getGlobalColourScheme(),\r
1006                                        "Background");\r
1007       }\r
1008 \r
1009     }\r
1010 \r
1011     // DETECT RIGHT MOUSE BUTTON IN AWT\r
1012     else if ( (evt.getModifiers() & InputEvent.BUTTON3_MASK) ==\r
1013              InputEvent.BUTTON3_MASK)\r
1014     {\r
1015       APopupMenu popup = new APopupMenu(ap, null, null);\r
1016       this.add(popup);\r
1017       popup.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
1018     }\r
1019 \r
1020     if (stretchGroup != null && stretchGroup.getEndRes() == res)\r
1021     {\r
1022       // Edit end res position of selected group\r
1023       changeEndRes = true;\r
1024     }\r
1025 \r
1026     else if (stretchGroup != null && stretchGroup.getStartRes() == res)\r
1027     {\r
1028       // Edit end res position of selected group\r
1029       changeStartRes = true;\r
1030     }\r
1031 \r
1032   }\r
1033 \r
1034   public void doMouseReleasedDefineMode(MouseEvent evt)\r
1035   {\r
1036     if (stretchGroup == null)\r
1037     {\r
1038         return;\r
1039     }\r
1040 \r
1041     if(stretchGroup.cs!=null)\r
1042     {\r
1043       if (stretchGroup.cs instanceof ClustalxColourScheme)\r
1044       {\r
1045         ( (ClustalxColourScheme) stretchGroup.cs).resetClustalX(stretchGroup.\r
1046             sequences,\r
1047             stretchGroup.getWidth());\r
1048       }\r
1049 \r
1050       if (stretchGroup.cs.conservationApplied())\r
1051       {\r
1052         SliderPanel.setConservationSlider(ap, stretchGroup.cs,\r
1053                                           stretchGroup.getName());\r
1054         stretchGroup.recalcConservation();\r
1055       }\r
1056       else\r
1057       {\r
1058         SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, stretchGroup.cs,\r
1059                                        stretchGroup.getName());\r
1060       }\r
1061     }\r
1062     changeEndRes = false;\r
1063     changeStartRes = false;\r
1064     stretchGroup = null;\r
1065     PaintRefresher.Refresh(av.alignment);\r
1066     ap.repaint();\r
1067   }\r
1068 \r
1069   public void doMouseDraggedDefineMode(MouseEvent evt)\r
1070   {\r
1071     int res = findRes(evt);\r
1072     int y = findSeq(evt);\r
1073 \r
1074     if(wrappedBlock!=startWrapBlock)\r
1075       return;\r
1076 \r
1077      if (stretchGroup == null)\r
1078      {\r
1079           return;\r
1080      }\r
1081 \r
1082      mouseDragging = true;\r
1083 \r
1084 \r
1085       if(y > av.alignment.getHeight())\r
1086       {\r
1087         y = av.alignment.getHeight() -1;\r
1088       }\r
1089 \r
1090       if(res>av.alignment.getWidth())\r
1091         res = av.alignment.getWidth()-1;\r
1092 \r
1093       if (stretchGroup.getEndRes() == res)\r
1094       {\r
1095           // Edit end res position of selected group\r
1096           changeEndRes = true;\r
1097       }\r
1098       else if (stretchGroup.getStartRes() == res)\r
1099       {\r
1100           // Edit start res position of selected group\r
1101           changeStartRes = true;\r
1102       }\r
1103 \r
1104       if (res < 0)\r
1105       {\r
1106           res = 0;\r
1107       }\r
1108 \r
1109       if (changeEndRes)\r
1110       {\r
1111           if (res > (stretchGroup.getStartRes() - 1))\r
1112           {\r
1113               stretchGroup.setEndRes(res);\r
1114           }\r
1115       }\r
1116       else if (changeStartRes)\r
1117       {\r
1118           if (res < (stretchGroup.getEndRes() + 1))\r
1119           {\r
1120               stretchGroup.setStartRes(res);\r
1121           }\r
1122       }\r
1123 \r
1124       int dragDirection = 0;\r
1125 \r
1126       if (y > oldSeq)\r
1127       {\r
1128           dragDirection = 1;\r
1129       }\r
1130       else if (y < oldSeq)\r
1131       {\r
1132           dragDirection = -1;\r
1133       }\r
1134 \r
1135 \r
1136       while ((y != oldSeq) && (oldSeq > -1) && (y < av.alignment.getHeight()))\r
1137       {\r
1138           // This routine ensures we don't skip any sequences, as the\r
1139           // selection is quite slow.\r
1140           Sequence seq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
1141 \r
1142           oldSeq += dragDirection;\r
1143 \r
1144           if(oldSeq<0)\r
1145             break;\r
1146 \r
1147           Sequence nextSeq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
1148 \r
1149           if (stretchGroup.sequences.contains(nextSeq))\r
1150           {\r
1151               stretchGroup.deleteSequence(seq, false);\r
1152           }\r
1153           else\r
1154           {\r
1155               if (seq != null)\r
1156               {\r
1157                   stretchGroup.addSequence(seq, false);\r
1158               }\r
1159 \r
1160               stretchGroup.addSequence(nextSeq, false);\r
1161           }\r
1162       }\r
1163 \r
1164       if(oldSeq < 0)\r
1165         oldSeq = -1;\r
1166 \r
1167 \r
1168       if(res>av.endRes || res<av.startRes\r
1169           || y<av.startSeq || y>av.endSeq)\r
1170       {\r
1171         mouseExited(evt);\r
1172       }\r
1173 \r
1174       if (scrollThread != null)\r
1175       {\r
1176         scrollThread.setEvent(evt);\r
1177       }\r
1178 \r
1179       seqCanvas.repaint();\r
1180     }\r
1181 \r
1182     public void mouseEntered(MouseEvent e)\r
1183     {\r
1184       if (oldSeq < 0)\r
1185         oldSeq = 0;\r
1186 \r
1187       if (scrollThread != null)\r
1188       {\r
1189         scrollThread.running = false;\r
1190         scrollThread = null;\r
1191       }\r
1192     }\r
1193 \r
1194   public void mouseExited(MouseEvent e)\r
1195   {\r
1196     if (av.getWrapAlignment())\r
1197     {\r
1198       return;\r
1199     }\r
1200 \r
1201     if (mouseDragging && scrollThread==null)\r
1202     {\r
1203       scrollThread = new ScrollThread();\r
1204     }\r
1205   }\r
1206 \r
1207   // this class allows scrolling off the bottom of the visible alignment\r
1208   class ScrollThread\r
1209       extends Thread\r
1210   {\r
1211     MouseEvent evt;\r
1212     boolean running = false;\r
1213     public ScrollThread()\r
1214     {\r
1215       start();\r
1216     }\r
1217 \r
1218     public void setEvent(MouseEvent e)\r
1219     {\r
1220       evt = e;\r
1221     }\r
1222 \r
1223     public void stopScrolling()\r
1224     {\r
1225       running = false;\r
1226     }\r
1227 \r
1228     public void run()\r
1229     {\r
1230       running = true;\r
1231       while (running)\r
1232       {\r
1233 \r
1234         if (evt != null)\r
1235         {\r
1236 \r
1237           if (mouseDragging && evt.getY() < 0 && av.getStartSeq() > 0)\r
1238           {\r
1239             running = ap.scrollUp(true);\r
1240           }\r
1241 \r
1242           if (mouseDragging && evt.getY() >= getSize().height &&\r
1243               av.alignment.getHeight() > av.getEndSeq())\r
1244           {\r
1245             running = ap.scrollUp(false);\r
1246           }\r
1247 \r
1248           if (mouseDragging && evt.getX() < 0)\r
1249           {\r
1250             running = ap.scrollRight(true);\r
1251           }\r
1252 \r
1253           else if (mouseDragging && evt.getX() >= getSize().width)\r
1254           {\r
1255             running = ap.scrollRight(false);\r
1256           }\r
1257         }\r
1258 \r
1259         try\r
1260         {\r
1261           Thread.sleep(75);\r
1262         }\r
1263         catch (Exception ex)\r
1264         {}\r
1265       }\r
1266     }\r
1267   }\r
1268 \r
1269 }\r