src/jalview/appletgui/SeqPanel.java

   1 package jalview.appletgui;\r
   2 \r
   3 import java.awt.*;\r
   4 import java.awt.event.*;\r
   5 import jalview.datamodel.*;\r
   6 import java.util.*;\r
   7 import jalview.schemes.*;\r
   8 \r
   9 \r
  10 public class SeqPanel extends Panel\r
  11 {\r
  12 \r
  13   public    SeqCanvas         seqCanvas;\r
  14   public    AlignmentPanel    ap;\r
  15 \r
  16   protected int lastres;\r
  17   protected int startseq;\r
  18   int startEdit=-1;\r
  19   int endEdit=-1;\r
  20 \r
  21   protected AlignViewport av;\r
  22 \r
  23   // if character is inserted or deleted, we will need to recalculate the conservation\r
  24   int seqEditOccurred = -1;\r
  25 \r
  26   ScrollThread scrollThread = null;\r
  27   boolean mouseDragging = false;\r
  28 \r
  29   boolean editingSeqs = false;\r
  30   boolean groupEditing = false;\r
  31 \r
  32 \r
  33 \r
  34   public SeqPanel(AlignViewport avp, AlignmentPanel p) {\r
  35     this.av         = avp;\r
  36 \r
  37     seqCanvas  = new SeqCanvas(avp);\r
  38     setLayout(new BorderLayout());\r
  39     add(seqCanvas);\r
  40 \r
  41     ap = p;\r
  42 \r
  43     seqCanvas.addMouseMotionListener( new MouseMotionAdapter()\r
  44     {\r
  45       public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
  46       {\r
  47        if(av.getWrapAlignment())\r
  48          return;\r
  49         doMouseMoved(evt);    }\r
  50 \r
  51       public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
  52       {\r
  53         if(av.getWrapAlignment())\r
  54          return;\r
  55         if( editingSeqs )\r
  56           doMouseDragged(evt);\r
  57         else\r
  58           doMouseDraggedDefineMode(evt);\r
  59       }\r
  60     });\r
  61 \r
  62     seqCanvas.addMouseListener( new MouseAdapter()\r
  63     {\r
  64       public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
  65       {\r
  66         if(av.getWrapAlignment())\r
  67          return;\r
  68         if(editingSeqs)\r
  69           doMouseReleased(evt);\r
  70         else\r
  71           doMouseReleasedDefineMode(evt);\r
  72 \r
  73       }\r
  74       public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
  75       {\r
  76         if(av.getWrapAlignment())\r
  77          return;\r
  78        System.out.println("here");\r
  79         if(evt.isShiftDown() || evt.isAltDown() || evt.isControlDown())\r
  80         {\r
  81           if(evt.isAltDown() || evt.isControlDown())\r
  82             groupEditing = true;\r
  83 \r
  84           editingSeqs = true;\r
  85           doMousePressed(evt);\r
  86         }\r
  87         else\r
  88           doMousePressedDefineMode(evt);\r
  89       }\r
  90       public void mouseExited(MouseEvent evt)\r
  91       {\r
  92         if (av.getWrapAlignment() || editingSeqs)\r
  93                 return;\r
  94               doMouseExitedDefineMode(evt);\r
  95 \r
  96       }\r
  97       public void mouseEntered(MouseEvent evt)\r
  98       {\r
  99         if (av.getWrapAlignment() || editingSeqs)\r
 100           return;\r
 101         doMouseEnteredDefineMode(evt);\r
 102       }\r
 103 \r
 104     });\r
 105     seqCanvas.repaint();\r
 106   }\r
 107 \r
 108 \r
 109   public void doMouseReleased(MouseEvent evt) {\r
 110 \r
 111     if(seqEditOccurred>-1)\r
 112       editOccurred(seqEditOccurred);\r
 113 \r
 114     startseq = -1;\r
 115     lastres  = -1;\r
 116     seqEditOccurred = -1;\r
 117     editingSeqs  = false;\r
 118     groupEditing = false;\r
 119     ap.repaint();\r
 120   }\r
 121 \r
 122   public void doMousePressed(MouseEvent evt) {\r
 123     ap.alignFrame.addHistoryItem( new HistoryItem(\r
 124         "Edit Sequence",av.alignment, HistoryItem.EDIT));\r
 125     int seq;\r
 126     int res;\r
 127 \r
 128     int x = evt.getX();\r
 129     int y = evt.getY();\r
 130 \r
 131     res = x/av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 132     seq = y/av.getCharHeight() + av.getStartSeq();\r
 133 \r
 134     if (seq < av.getAlignment().getHeight() &&\r
 135         res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength())\r
 136     {\r
 137       //char resstr = align.getSequenceAt(seq).getSequence().charAt(res);\r
 138       // Find the residue's position in the sequence (res is the position\r
 139       // in the alignment\r
 140 \r
 141       startseq = seq;\r
 142       lastres = res;\r
 143     }\r
 144     else\r
 145     {\r
 146       startseq = -1;\r
 147       lastres = -1;\r
 148     }\r
 149 \r
 150     return;\r
 151   }\r
 152 \r
 153   public void doMouseMoved(MouseEvent evt)\r
 154   {\r
 155     int res=0, seq=0;\r
 156     int x = evt.getX();\r
 157     int y = evt.getY();\r
 158     if(av.wrapAlignment)\r
 159     {\r
 160       y -= 2*av.charHeight;\r
 161       int chunkHeight = (av.getAlignment().getHeight()+2)*av.charHeight;\r
 162 \r
 163 \r
 164       res =   (int)((y/chunkHeight)*(getSize().width/av.charWidth)) +  x/av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 165 \r
 166       y %= chunkHeight;\r
 167       seq =     y / av.getCharHeight() + av.getStartSeq();\r
 168 \r
 169     }\r
 170     else\r
 171     {\r
 172       res = x / av.getCharWidth()  + av.getStartRes();\r
 173       seq = y / av.getCharHeight() + av.getStartSeq();\r
 174     }\r
 175 \r
 176 \r
 177     if(seq>=av.getAlignment().getHeight())\r
 178       return;\r
 179 \r
 180     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
 181     if(res>sequence.getLength())\r
 182       return;\r
 183 \r
 184     Object obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get( sequence.getCharAt(res)+"" ) ;\r
 185     String aa = "";\r
 186     if(obj!=null)\r
 187          aa = obj.toString();\r
 188 \r
 189     StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence " +(seq+1)+" ID: "+sequence.getName());\r
 190     if(aa!="")\r
 191       text.append("  Residue: "+aa+" ("+  av.getAlignment().getSequenceAt(seq).findPosition(res)+")");\r
 192 \r
 193     ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());\r
 194 \r
 195     // use aa to see if the mouse pointer is on a\r
 196     if(  av.showSequenceFeatures)\r
 197     {\r
 198       Vector features = sequence.getSequenceFeatures();\r
 199       Enumeration e = features.elements();\r
 200       StringBuffer sbuffer = new StringBuffer();\r
 201 \r
 202 \r
 203       while (e.hasMoreElements())\r
 204       {\r
 205         SequenceFeature sf = (SequenceFeature) e.nextElement();\r
 206         if (sf.getStart() <= sequence.findPosition(res) &&\r
 207             sf.getEnd() >= sequence.findPosition(res))\r
 208         {\r
 209           if(sbuffer.length()>0)\r
 210             sbuffer.append("; ");\r
 211           sbuffer.append(sf.getType() + " " + sf.getDescription());\r
 212           if(sf.getStatus().length()>0)\r
 213             sbuffer.append(" ("+sf.getStatus()+")");\r
 214         }\r
 215 \r
 216       }\r
 217     }\r
 218 \r
 219 \r
 220   }\r
 221 \r
 222   public void doMouseDragged(MouseEvent evt) {\r
 223 \r
 224       // If we're dragging we're editing\r
 225       int res = evt.getX() / av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 226       if (res < 0)\r
 227         res = 0;\r
 228 \r
 229       if (lastres == -1 || lastres == res)\r
 230         return;\r
 231 \r
 232       boolean dragRight = true;\r
 233       if (res < av.getAlignment().getWidth() && res < lastres)\r
 234         dragRight = false;\r
 235 \r
 236 \r
 237       if (res != lastres)\r
 238      {\r
 239          // Group editing\r
 240          if (groupEditing)\r
 241          {\r
 242            SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();\r
 243            if(sg==null)\r
 244            {\r
 245              lastres=-1;\r
 246              return;\r
 247            }\r
 248 \r
 249              // drag to right\r
 250              if(dragRight)\r
 251                  sg.setEndRes(sg.getEndRes() + (res-lastres));\r
 252 \r
 253              // drag to left\r
 254              else\r
 255              {\r
 256                 /// Are we able to delete?\r
 257                 // ie are all columns blank?\r
 258                 boolean deleteAllowed = false;\r
 259                for (int s = 0; s < sg.getSize(); s++)\r
 260                {\r
 261                  SequenceI seq = sg.getSequenceAt(s);\r
 262                  for (int j=res; j<lastres; j++)\r
 263                  {\r
 264                    if(seq.getSequence().length()<=j)\r
 265                      continue;\r
 266 \r
 267                    if(!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getSequence().charAt(j)))\r
 268                    {\r
 269                      // Not a gap, block edit not valid\r
 270                      res=j+1;\r
 271                      deleteAllowed = false;\r
 272                      continue;\r
 273                    }\r
 274                    deleteAllowed = true;\r
 275                  }\r
 276                }\r
 277 \r
 278                if(!deleteAllowed)\r
 279                {\r
 280                  lastres = -1;\r
 281                  return;\r
 282                }\r
 283 \r
 284                sg.setEndRes(sg.getEndRes() - (lastres-res));\r
 285              }\r
 286 \r
 287 \r
 288              for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
 289              {\r
 290                SequenceI s = sg.getSequenceAt(i);\r
 291                int k = av.alignment.findIndex(s);\r
 292 \r
 293                // drag to right\r
 294                if (dragRight)\r
 295                  for (int j = lastres; j < res; j++)\r
 296                    insertChar(j, k);\r
 297 \r
 298                // drag to left\r
 299                else\r
 300                {\r
 301                  for (int j = res; j < lastres; j++)\r
 302                  {\r
 303                    if(s.getLength()>j)\r
 304                      deleteChar(res, k);\r
 305                  }\r
 306                }\r
 307              }\r
 308          }\r
 309          else /////Editing a single sequence///////////\r
 310          {\r
 311            if (res < av.getAlignment().getWidth() && res > lastres)\r
 312            {\r
 313              // dragging to the right\r
 314              for (int j = lastres; j < res; j++)\r
 315                insertChar(j, startseq);\r
 316            }\r
 317            else if (res < av.getAlignment().getWidth() && res < lastres)\r
 318            {\r
 319              // dragging to the left\r
 320              for (int j = lastres; j > res; j--)\r
 321              {\r
 322                if( jalview.util.Comparison.isGap(\r
 323                  av.alignment.getSequenceAt(startseq).getSequence().charAt(res)))\r
 324 \r
 325                deleteChar(res, startseq);\r
 326                else\r
 327                {\r
 328 \r
 329                  break;\r
 330                }\r
 331              }\r
 332            }\r
 333 \r
 334          }\r
 335      }\r
 336 \r
 337      endEdit = res;\r
 338      lastres = res;\r
 339       seqCanvas.repaint();\r
 340   }\r
 341 \r
 342   public void drawChars(int seqstart, int seqend, int start) {\r
 343     seqCanvas.drawPanel(seqCanvas.gg, start,av.getEndRes(),seqstart,seqend,av.getStartRes(),av.getStartSeq(),0);\r
 344     seqCanvas.repaint();\r
 345   }\r
 346 \r
 347   public void insertChar(int j, int seq)\r
 348   {\r
 349     av.alignment.getSequenceAt(seq).insertCharAt(j, av.getGapCharacter());\r
 350     seqEditOccurred=seq;\r
 351   }\r
 352 \r
 353   public void deleteChar(int j, int seq)\r
 354   {\r
 355 \r
 356     av.alignment.getSequenceAt(seq).deleteCharAt(j);\r
 357     seqEditOccurred=seq;\r
 358     av.alignment.getWidth();\r
 359     repaint();\r
 360   }\r
 361 \r
 362 \r
 363   void editOccurred(int i)\r
 364   {\r
 365     if(endEdit==startEdit)\r
 366     {\r
 367       ap.alignFrame.historyList.pop();\r
 368       ap.alignFrame.updateEditMenuBar();\r
 369     }\r
 370 \r
 371     av.updateConservation();\r
 372     av.updateConsensus();\r
 373 \r
 374     ColourSchemeI cs = av.getGlobalColourScheme();\r
 375     if(cs instanceof ConservationColourScheme)\r
 376       cs = ( (ConservationColourScheme) cs).cs;\r
 377 \r
 378     if(cs instanceof ClustalxColourScheme)\r
 379       cs = new ClustalxColourScheme(av.alignment.getSequences(), av.alignment.getWidth());\r
 380 \r
 381     ap.alignFrame.changeColour(cs);\r
 382 \r
 383   }\r
 384 \r
 385 //////////////////////////////////////////\r
 386 /////Everything below this is for defining the boundary of the rubberband\r
 387 //////////////////////////////////////////\r
 388   int oldSeq = -1;\r
 389   public void doMousePressedDefineMode(MouseEvent evt)\r
 390   {\r
 391     int res = evt.getX()/av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 392     int seq = evt.getY()/av.getCharHeight() + av.getStartSeq();\r
 393     oldSeq = seq;\r
 394 \r
 395     SequenceI sequence = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
 396 \r
 397     if(sequence==null || res>sequence.getLength())\r
 398       return;\r
 399 \r
 400     stretchGroup = av.getSelectionGroup();\r
 401 \r
 402     if(stretchGroup == null)\r
 403      {\r
 404        stretchGroup = av.alignment.findGroup( sequence );\r
 405        if(stretchGroup!=null && res>stretchGroup.getStartRes() && res<stretchGroup.getEndRes())\r
 406          av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
 407        else\r
 408          stretchGroup = null;\r
 409      }\r
 410 \r
 411     else if(!stretchGroup.sequences.contains(sequence)\r
 412             || stretchGroup.getStartRes()>res\r
 413             || stretchGroup.getEndRes()<res)\r
 414      {\r
 415        stretchGroup = null;\r
 416 \r
 417        SequenceGroup[] allGroups = av.alignment.findAllGroups( sequence );\r
 418 \r
 419        if (allGroups != null)\r
 420          for (int i = 0; i < allGroups.length; i++)\r
 421            if (allGroups[i].getStartRes() <= res &&\r
 422                allGroups[i].getEndRes() >= res)\r
 423            {\r
 424              stretchGroup = allGroups[i];\r
 425              av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
 426              break;\r
 427            }\r
 428      }\r
 429 \r
 430     if(stretchGroup==null)\r
 431     {\r
 432       // define a new group here\r
 433       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
 434       sg.setStartRes(res);\r
 435       sg.setEndRes(res);\r
 436       sg.addSequence( sequence );\r
 437       av.setSelectionGroup( sg );\r
 438       stretchGroup = sg;\r
 439 \r
 440       if(av.getConservationSelected())\r
 441         SliderPanel.setConservationSlider(ap, av.getGlobalColourScheme(), "Background");\r
 442       if(av.getAbovePIDThreshold())\r
 443         SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, av.getGlobalColourScheme(), "Background");\r
 444 \r
 445     }\r
 446 \r
 447     // DETECT RIGHT MOUSE BUTTON IN AWT\r
 448     else if( ( evt.getModifiers() & InputEvent .BUTTON3_MASK ) == InputEvent.BUTTON3_MASK )\r
 449     {\r
 450       APopupMenu popup = new APopupMenu(ap, null);\r
 451       this.add(popup);\r
 452       popup.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
 453     }\r
 454 \r
 455 \r
 456     if(stretchGroup!=null && stretchGroup.getEndRes()==res)\r
 457       // Edit end res position of selected group\r
 458       changeEndRes = true;\r
 459 \r
 460    else if(stretchGroup!=null && stretchGroup.getStartRes()==res)\r
 461       // Edit end res position of selected group\r
 462       changeStartRes = true;\r
 463 \r
 464   }\r
 465 \r
 466   boolean changeEndSeq = false;\r
 467   boolean changeStartSeq = false;\r
 468   boolean changeEndRes = false;\r
 469   boolean changeStartRes = false;\r
 470   SequenceGroup stretchGroup = null;\r
 471 \r
 472   public void doMouseReleasedDefineMode(MouseEvent evt)\r
 473   {\r
 474     mouseDragging = false;\r
 475 \r
 476     if(stretchGroup==null)\r
 477       return;\r
 478 \r
 479     if(stretchGroup.cs instanceof ClustalxColourScheme)\r
 480     {\r
 481       stretchGroup.cs = new ClustalxColourScheme(stretchGroup.sequences, av.alignment.getWidth());\r
 482       seqCanvas.repaint();\r
 483     }\r
 484 \r
 485     else if(stretchGroup.cs instanceof ConservationColourScheme)\r
 486     {\r
 487        ConservationColourScheme ccs = (ConservationColourScheme)stretchGroup.cs;\r
 488        stretchGroup.cs = ccs;\r
 489        SliderPanel.setConservationSlider(ap, stretchGroup.cs, stretchGroup.getName()) ;\r
 490 \r
 491        seqCanvas.repaint();\r
 492     }\r
 493     else\r
 494     {\r
 495       if(stretchGroup.cs !=null && stretchGroup.cs.canThreshold())\r
 496       {\r
 497         ResidueColourScheme rcs =  (ResidueColourScheme) stretchGroup.cs;\r
 498         SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, stretchGroup.cs, stretchGroup.getName());\r
 499       }\r
 500 \r
 501     }\r
 502 \r
 503 \r
 504     changeEndRes = false;\r
 505     changeStartRes = false;\r
 506     stretchGroup = null;\r
 507     ap.repaint();\r
 508   }\r
 509 \r
 510 \r
 511   boolean remove = false;\r
 512   public void doMouseDraggedDefineMode(MouseEvent evt)\r
 513   {\r
 514     int res = evt.getX()/av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 515     int y = evt.getY()/av.getCharHeight() + av.getStartSeq();\r
 516 \r
 517     if(stretchGroup==null)\r
 518       return;\r
 519 \r
 520     if(res>av.alignment.getWidth())\r
 521       res = av.alignment.getWidth()-1;\r
 522 \r
 523 \r
 524     if(stretchGroup.getEndRes()==res)\r
 525       // Edit end res position of selected group\r
 526       changeEndRes = true;\r
 527 \r
 528     else if(stretchGroup.getStartRes()==res)\r
 529       // Edit start res position of selected group\r
 530       changeStartRes = true;\r
 531 \r
 532 \r
 533     if(res<av.getStartRes())\r
 534       res = av.getStartRes();\r
 535     else if(res>av.getEndRes())\r
 536       res = av.getEndRes();\r
 537 \r
 538     if(changeEndRes)\r
 539     {\r
 540       if(res>stretchGroup.getStartRes()-1)\r
 541         stretchGroup.setEndRes( res );\r
 542     }\r
 543     else if(changeStartRes)\r
 544     {\r
 545       if(res<stretchGroup.getEndRes()+1)\r
 546         stretchGroup.setStartRes( res );\r
 547     }\r
 548 \r
 549     int dragDirection = 0;\r
 550     if (y > oldSeq)\r
 551       dragDirection = 1;\r
 552     else if (y < oldSeq)\r
 553       dragDirection = -1;\r
 554 \r
 555     while (y != oldSeq && oldSeq>0 && y<av.alignment.getHeight())\r
 556     {\r
 557       // This routine ensures we don't skip any sequences, as the\r
 558       // selection is quite slow.\r
 559       Sequence seq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
 560 \r
 561       oldSeq += dragDirection;\r
 562       Sequence nextSeq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
 563 \r
 564       if (stretchGroup.sequences.contains(nextSeq))\r
 565       {\r
 566         stretchGroup.deleteSequence(seq);\r
 567         stretchGroup.deleteSequence(nextSeq);\r
 568       }\r
 569       else\r
 570       {\r
 571        if(seq!=null)\r
 572         stretchGroup.addSequence(seq);\r
 573         stretchGroup.addSequence(nextSeq);\r
 574       }\r
 575     }\r
 576     oldSeq = y;\r
 577     mouseDragging = true;\r
 578     if(scrollThread!=null)\r
 579       scrollThread.setEvent(evt);\r
 580 \r
 581     seqCanvas.repaint();\r
 582   }\r
 583 \r
 584   public void doMouseEnteredDefineMode(MouseEvent e)\r
 585   {\r
 586     if (scrollThread != null)\r
 587       scrollThread.running = false;\r
 588   }\r
 589 \r
 590   public void doMouseExitedDefineMode(MouseEvent e)\r
 591   {\r
 592     if (av.getWrapAlignment())\r
 593       return;\r
 594 \r
 595     if(mouseDragging)\r
 596       scrollThread = new ScrollThread();\r
 597 \r
 598   }\r
 599   // this class allows scrolling off the bottom of the visible alignment\r
 600   class ScrollThread extends Thread\r
 601   {\r
 602     MouseEvent evt;\r
 603     boolean running = false;\r
 604     public ScrollThread()\r
 605     {\r
 606       start();\r
 607     }\r
 608 \r
 609     public void setEvent(MouseEvent e)\r
 610     {\r
 611       evt = e;\r
 612     }\r
 613 \r
 614     public void stopScrolling()\r
 615     {\r
 616       running = false;\r
 617     }\r
 618 \r
 619     public void run()\r
 620     {\r
 621       running = true;\r
 622       while (running)\r
 623       {\r
 624         if(evt!=null)\r
 625         {\r
 626 \r
 627           if (mouseDragging && evt.getY() < 0 && av.getStartSeq() > 0)\r
 628             running = ap.scrollUp(true);\r
 629 \r
 630           if (mouseDragging && evt.getY() >= getSize().height &&\r
 631               av.alignment.getHeight() > av.getEndSeq())\r
 632             running = ap.scrollUp(false);\r
 633 \r
 634           if (mouseDragging && evt.getX() < 0)\r
 635             running = ap.scrollRight(true);\r
 636 \r
 637           else if (mouseDragging && evt.getX() >= getSize().width)\r
 638             running = ap.scrollRight(false);\r
 639         }\r
 640 \r
 641         try\r
 642         {\r
 643           Thread.sleep(75);\r
 644         }\r
 645         catch (Exception ex)\r
 646         {}\r
 647       }\r
 648     }\r
 649 }\r
 650 \r
 651 \r
 652 \r
 653 }\r
 654 \r
 655 \r
 656 \r
 657 \r