src/jalview/appletgui/SeqPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.appletgui;
  22
  23 import jalview.api.AlignViewportI;
  24 import jalview.commands.EditCommand;
  25 import jalview.commands.EditCommand.Action;
  26 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  27 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  28 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
  29 import jalview.datamodel.SearchResultMatchI;
  30 import jalview.datamodel.SearchResults;
  31 import jalview.datamodel.SearchResultsI;
  32 import jalview.datamodel.Sequence;
  33 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  34 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  35 import jalview.datamodel.SequenceI;
  36 import jalview.schemes.ResidueProperties;
  37 import jalview.structure.SelectionListener;
  38 import jalview.structure.SelectionSource;
  39 import jalview.structure.SequenceListener;
  40 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  41 import jalview.structure.VamsasSource;
  42 import jalview.util.MappingUtils;
  43 import jalview.util.MessageManager;
  44 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  45 import jalview.viewmodel.ViewportRanges;
  46
  47 import java.awt.BorderLayout;
  48 import java.awt.Font;
  49 import java.awt.FontMetrics;
  50 import java.awt.Panel;
  51 import java.awt.Point;
  52 import java.awt.event.InputEvent;
  53 import java.awt.event.MouseEvent;
  54 import java.awt.event.MouseListener;
  55 import java.awt.event.MouseMotionListener;
  56 import java.util.Vector;
  57
  58 public class SeqPanel extends Panel implements MouseMotionListener,
  59         MouseListener, SequenceListener, SelectionListener
  60 {
  61
  62   public SeqCanvas seqCanvas;
  63
  64   public AlignmentPanel ap;
  65
  66   protected int lastres;
  67
  68   protected int startseq;
  69
  70   protected AlignViewport av;
  71
  72   // if character is inserted or deleted, we will need to recalculate the
  73   // conservation
  74   boolean seqEditOccurred = false;
  75
  76   ScrollThread scrollThread = null;
  77
  78   boolean mouseDragging = false;
  79
  80   boolean editingSeqs = false;
  81
  82   boolean groupEditing = false;
  83
  84   int oldSeq = -1;
  85
  86   boolean changeEndSeq = false;
  87
  88   boolean changeStartSeq = false;
  89
  90   boolean changeEndRes = false;
  91
  92   boolean changeStartRes = false;
  93
  94   SequenceGroup stretchGroup = null;
  95
  96   StringBuffer keyboardNo1;
  97
  98   StringBuffer keyboardNo2;
  99
 100   boolean mouseWheelPressed = false;
 101
 102   Point lastMousePress;
 103
 104   EditCommand editCommand;
 105
 106   StructureSelectionManager ssm;
 107
 108   public SeqPanel(AlignViewport avp, AlignmentPanel p)
 109   {
 110     this.av = avp;
 111
 112     seqCanvas = new SeqCanvas(avp);
 113     setLayout(new BorderLayout());
 114     add(seqCanvas);
 115
 116     ap = p;
 117
 118     seqCanvas.addMouseMotionListener(this);
 119     seqCanvas.addMouseListener(this);
 120     ssm = StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager(av.applet);
 121     ssm.addStructureViewerListener(this);
 122     ssm.addSelectionListener(this);
 123
 124     seqCanvas.repaint();
 125   }
 126
 127   void endEditing()
 128   {
 129     if (editCommand != null && editCommand.getSize() > 0)
 130     {
 131       ap.alignFrame.addHistoryItem(editCommand);
 132       av.firePropertyChange("alignment", null, av.getAlignment()
 133               .getSequences());
 134     }
 135
 136     startseq = -1;
 137     lastres = -1;
 138     editingSeqs = false;
 139     groupEditing = false;
 140     keyboardNo1 = null;
 141     keyboardNo2 = null;
 142     editCommand = null;
 143   }
 144
 145   void setCursorRow()
 146   {
 147     seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo1() - 1;
 148     scrollToVisible();
 149   }
 150
 151   void setCursorColumn()
 152   {
 153     seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo1() - 1;
 154     scrollToVisible();
 155   }
 156
 157   void setCursorRowAndColumn()
 158   {
 159     if (keyboardNo2 == null)
 160     {
 161       keyboardNo2 = new StringBuffer();
 162     }
 163     else
 164     {
 165       seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo1() - 1;
 166       seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo2() - 1;
 167       scrollToVisible();
 168     }
 169   }
 170
 171   void setCursorPosition()
 172   {
 173     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY);
 174
 175     seqCanvas.cursorX = sequence.findIndex(getKeyboardNo1()) - 1;
 176     scrollToVisible();
 177   }
 178
 179   void moveCursor(int dx, int dy)
 180   {
 181     seqCanvas.cursorX += dx;
 182     seqCanvas.cursorY += dy;
 183     if (av.hasHiddenColumns()
 184             && !av.getAlignment().getHiddenColumns()
 185                     .isVisible(seqCanvas.cursorX))
 186     {
 187       int original = seqCanvas.cursorX - dx;
 188       int maxWidth = av.getAlignment().getWidth();
 189
 190       while (!av.getAlignment().getHiddenColumns()
 191               .isVisible(seqCanvas.cursorX)
 192               && seqCanvas.cursorX < maxWidth && seqCanvas.cursorX > 0)
 193       {
 194         seqCanvas.cursorX += dx;
 195       }
 196
 197       if (seqCanvas.cursorX >= maxWidth
 198               || !av.getAlignment().getHiddenColumns()
 199                       .isVisible(seqCanvas.cursorX))
 200       {
 201         seqCanvas.cursorX = original;
 202       }
 203     }
 204     scrollToVisible();
 205   }
 206
 207   void scrollToVisible()
 208   {
 209     if (seqCanvas.cursorX < 0)
 210     {
 211       seqCanvas.cursorX = 0;
 212     }
 213     else if (seqCanvas.cursorX > av.getAlignment().getWidth() - 1)
 214     {
 215       seqCanvas.cursorX = av.getAlignment().getWidth() - 1;
 216     }
 217
 218     if (seqCanvas.cursorY < 0)
 219     {
 220       seqCanvas.cursorY = 0;
 221     }
 222     else if (seqCanvas.cursorY > av.getAlignment().getHeight() - 1)
 223     {
 224       seqCanvas.cursorY = av.getAlignment().getHeight() - 1;
 225     }
 226
 227     endEditing();
 228     if (av.getWrapAlignment())
 229     {
 230       ap.scrollToWrappedVisible(seqCanvas.cursorX);
 231     }
 232     else
 233     {
 234       ViewportRanges ranges = av.getRanges();
 235       HiddenColumns hidden = av.getAlignment().getHiddenColumns();
 236       while (seqCanvas.cursorY < ranges.getStartSeq())
 237       {
 238         ap.scrollUp(true);
 239       }
 240       while (seqCanvas.cursorY + 1 > ranges.getEndSeq())
 241       {
 242         ap.scrollUp(false);
 243       }
 244       while (seqCanvas.cursorX < hidden.adjustForHiddenColumns(ranges
 245               .getStartRes()))
 246       {
 247
 248         if (!ap.scrollRight(false))
 249         {
 250           break;
 251         }
 252       }
 253       while (seqCanvas.cursorX > hidden.adjustForHiddenColumns(ranges
 254               .getEndRes()))
 255       {
 256         if (!ap.scrollRight(true))
 257         {
 258           break;
 259         }
 260       }
 261     }
 262     setStatusMessage(av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY),
 263             seqCanvas.cursorX, seqCanvas.cursorY);
 264
 265     seqCanvas.repaint();
 266   }
 267
 268   void setSelectionAreaAtCursor(boolean topLeft)
 269   {
 270     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY);
 271
 272     if (av.getSelectionGroup() != null)
 273     {
 274       SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();
 275       // Find the top and bottom of this group
 276       int min = av.getAlignment().getHeight(), max = 0;
 277       for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)
 278       {
 279         int index = av.getAlignment().findIndex(sg.getSequenceAt(i));
 280         if (index > max)
 281         {
 282           max = index;
 283         }
 284         if (index < min)
 285         {
 286           min = index;
 287         }
 288       }
 289
 290       max++;
 291
 292       if (topLeft)
 293       {
 294         sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);
 295         if (sg.getEndRes() < seqCanvas.cursorX)
 296         {
 297           sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);
 298         }
 299
 300         min = seqCanvas.cursorY;
 301       }
 302       else
 303       {
 304         sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);
 305         if (sg.getStartRes() > seqCanvas.cursorX)
 306         {
 307           sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);
 308         }
 309
 310         max = seqCanvas.cursorY + 1;
 311       }
 312
 313       if (min > max)
 314       {
 315         // Only the user can do this
 316         av.setSelectionGroup(null);
 317       }
 318       else
 319       {
 320         // Now add any sequences between min and max
 321         sg.clear();
 322         for (int i = min; i < max; i++)
 323         {
 324           sg.addSequence(av.getAlignment().getSequenceAt(i), false);
 325         }
 326       }
 327     }
 328
 329     if (av.getSelectionGroup() == null)
 330     {
 331       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 332       sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);
 333       sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);
 334       sg.addSequence(sequence, false);
 335       av.setSelectionGroup(sg);
 336     }
 337     ap.paintAlignment(false);
 338     av.sendSelection();
 339   }
 340
 341   void insertGapAtCursor(boolean group)
 342   {
 343     groupEditing = group;
 344     startseq = seqCanvas.cursorY;
 345     lastres = seqCanvas.cursorX;
 346     editSequence(true, seqCanvas.cursorX + getKeyboardNo1());
 347     endEditing();
 348   }
 349
 350   void deleteGapAtCursor(boolean group)
 351   {
 352     groupEditing = group;
 353     startseq = seqCanvas.cursorY;
 354     lastres = seqCanvas.cursorX + getKeyboardNo1();
 355     editSequence(false, seqCanvas.cursorX);
 356     endEditing();
 357   }
 358
 359   void numberPressed(char value)
 360   {
 361     if (keyboardNo1 == null)
 362     {
 363       keyboardNo1 = new StringBuffer();
 364     }
 365
 366     if (keyboardNo2 != null)
 367     {
 368       keyboardNo2.append(value);
 369     }
 370     else
 371     {
 372       keyboardNo1.append(value);
 373     }
 374   }
 375
 376   int getKeyboardNo1()
 377   {
 378     try
 379     {
 380       if (keyboardNo1 != null)
 381       {
 382         int value = Integer.parseInt(keyboardNo1.toString());
 383         keyboardNo1 = null;
 384         return value;
 385       }
 386     } catch (Exception x)
 387     {
 388     }
 389     keyboardNo1 = null;
 390     return 1;
 391   }
 392
 393   int getKeyboardNo2()
 394   {
 395     try
 396     {
 397       if (keyboardNo2 != null)
 398       {
 399         int value = Integer.parseInt(keyboardNo2.toString());
 400         keyboardNo2 = null;
 401         return value;
 402       }
 403     } catch (Exception x)
 404     {
 405     }
 406     keyboardNo2 = null;
 407     return 1;
 408   }
 409
 410   /**
 411    * Set status message in alignment panel
 412    *
 413    * @param sequence
 414    *          aligned sequence object
 415    * @param res
 416    *          alignment column
 417    * @param seq
 418    *          index of sequence in alignment
 419    * @return position of res in sequence
 420    */
 421   void setStatusMessage(SequenceI sequence, int res, int seq)
 422   {
 423     // TODO remove duplication of identical gui method
 424     StringBuilder text = new StringBuilder(32);
 425     String seqno = seq == -1 ? "" : " " + (seq + 1);
 426     text.append("Sequence" + seqno + " ID: " + sequence.getName());
 427
 428     String residue = null;
 429     /*
 430      * Try to translate the display character to residue name (null for gap).
 431      */
 432     final String displayChar = String.valueOf(sequence.getCharAt(res));
 433     if (av.getAlignment().isNucleotide())
 434     {
 435       residue = ResidueProperties.nucleotideName.get(displayChar);
 436       if (residue != null)
 437       {
 438         text.append(" Nucleotide: ").append(residue);
 439       }
 440     }
 441     else
 442     {
 443       residue = "X".equalsIgnoreCase(displayChar) ? "X" : ("*"
 444               .equals(displayChar) ? "STOP" : ResidueProperties.aa2Triplet
 445               .get(displayChar));
 446       if (residue != null)
 447       {
 448         text.append(" Residue: ").append(residue);
 449       }
 450     }
 451
 452     int pos = -1;
 453     if (residue != null)
 454     {
 455       pos = sequence.findPosition(res);
 456       text.append(" (").append(Integer.toString(pos)).append(")");
 457     }
 458
 459     ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());
 460   }
 461
 462   /**
 463    * Set the status bar message to highlight the first matched position in
 464    * search results.
 465    *
 466    * @param results
 467    * @return true if results were matched, false if not
 468    */
 469   private boolean setStatusMessage(SearchResultsI results)
 470   {
 471     AlignmentI al = this.av.getAlignment();
 472     int sequenceIndex = al.findIndex(results);
 473     if (sequenceIndex == -1)
 474     {
 475       return false;
 476     }
 477     SequenceI ds = al.getSequenceAt(sequenceIndex).getDatasetSequence();
 478     for (SearchResultMatchI m : results.getResults())
 479     {
 480       SequenceI seq = m.getSequence();
 481       if (seq.getDatasetSequence() != null)
 482       {
 483         seq = seq.getDatasetSequence();
 484       }
 485
 486       if (seq == ds)
 487       {
 488         /*
 489          * Convert position in sequence (base 1) to sequence character array
 490          * index (base 0)
 491          */
 492         int start = m.getStart() - m.getSequence().getStart();
 493         setStatusMessage(seq, start, sequenceIndex);
 494         return true;
 495       }
 496     }
 497     return false;
 498   }
 499
 500   @Override
 501   public void mousePressed(MouseEvent evt)
 502   {
 503     lastMousePress = evt.getPoint();
 504
 505     // For now, ignore the mouseWheel font resizing on Macs
 506     // As the Button2_mask always seems to be true
 507     if ((evt.getModifiers() & InputEvent.BUTTON2_MASK) == InputEvent.BUTTON2_MASK
 508             && !av.MAC)
 509     {
 510       mouseWheelPressed = true;
 511       return;
 512     }
 513
 514     if (evt.isShiftDown() || evt.isControlDown() || evt.isAltDown())
 515     {
 516       if (evt.isControlDown() || evt.isAltDown())
 517       {
 518         groupEditing = true;
 519       }
 520       editingSeqs = true;
 521     }
 522     else
 523     {
 524       doMousePressedDefineMode(evt);
 525       return;
 526     }
 527
 528     int seq = findSeq(evt);
 529     int res = findRes(evt);
 530
 531     if (seq < 0 || res < 0)
 532     {
 533       return;
 534     }
 535
 536     if ((seq < av.getAlignment().getHeight())
 537             && (res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength()))
 538     {
 539       startseq = seq;
 540       lastres = res;
 541     }
 542     else
 543     {
 544       startseq = -1;
 545       lastres = -1;
 546     }
 547
 548     return;
 549   }
 550
 551   @Override
 552   public void mouseClicked(MouseEvent evt)
 553   {
 554     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(findSeq(evt));
 555     if (evt.getClickCount() > 1)
 556     {
 557       if (av.getSelectionGroup() != null
 558               && av.getSelectionGroup().getSize() == 1
 559               && av.getSelectionGroup().getEndRes()
 560                       - av.getSelectionGroup().getStartRes() < 2)
 561       {
 562         av.setSelectionGroup(null);
 563       }
 564
 565       SequenceFeature[] features = findFeaturesAtRes(sequence,
 566               sequence.findPosition(findRes(evt)));
 567
 568       if (features != null && features.length > 0)
 569       {
 570         SearchResultsI highlight = new SearchResults();
 571         highlight.addResult(sequence, features[0].getBegin(),
 572                 features[0].getEnd());
 573         seqCanvas.highlightSearchResults(highlight);
 574       }
 575       if (features != null && features.length > 0)
 576       {
 577         seqCanvas.getFeatureRenderer().amendFeatures(
 578                 new SequenceI[] { sequence }, features, false, ap, null);
 579
 580         seqCanvas.highlightSearchResults(null);
 581       }
 582     }
 583   }
 584
 585   @Override
 586   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 587   {
 588     mouseDragging = false;
 589     mouseWheelPressed = false;
 590     ap.paintAlignment(true);
 591
 592     if (!editingSeqs)
 593     {
 594       doMouseReleasedDefineMode(evt);
 595       return;
 596     }
 597
 598     endEditing();
 599
 600   }
 601
 602   int startWrapBlock = -1;
 603
 604   int wrappedBlock = -1;
 605
 606   int findRes(MouseEvent evt)
 607   {
 608     int res = 0;
 609     int x = evt.getX();
 610
 611     if (av.getWrapAlignment())
 612     {
 613
 614       int hgap = av.getCharHeight();
 615       if (av.getScaleAboveWrapped())
 616       {
 617         hgap += av.getCharHeight();
 618       }
 619
 620       int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.getCharHeight()
 621               + hgap + seqCanvas.getAnnotationHeight();
 622
 623       int y = evt.getY();
 624       y -= hgap;
 625       x -= seqCanvas.LABEL_WEST;
 626
 627       int cwidth = seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(getSize().width);
 628       if (cwidth < 1)
 629       {
 630         return 0;
 631       }
 632
 633       wrappedBlock = y / cHeight;
 634       wrappedBlock += av.getRanges().getStartRes() / cwidth;
 635
 636       res = wrappedBlock * cwidth + x / av.getCharWidth();
 637
 638     }
 639     else
 640     {
 641       res = (x / av.getCharWidth()) + av.getRanges().getStartRes();
 642     }
 643
 644     if (av.hasHiddenColumns())
 645     {
 646       res = av.getAlignment().getHiddenColumns()
 647               .adjustForHiddenColumns(res);
 648     }
 649
 650     return res;
 651
 652   }
 653
 654   int findSeq(MouseEvent evt)
 655   {
 656     final int sqnum = findAlRow(evt);
 657     return (sqnum < 0) ? 0 : sqnum;
 658   }
 659
 660   /**
 661    *
 662    * @param evt
 663    * @return row in alignment that was selected (or -1 for column selection)
 664    */
 665   private int findAlRow(MouseEvent evt)
 666   {
 667     int seq = 0;
 668     int y = evt.getY();
 669
 670     if (av.getWrapAlignment())
 671     {
 672       int hgap = av.getCharHeight();
 673       if (av.getScaleAboveWrapped())
 674       {
 675         hgap += av.getCharHeight();
 676       }
 677
 678       int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.getCharHeight()
 679               + hgap + seqCanvas.getAnnotationHeight();
 680
 681       y -= hgap;
 682
 683       seq = Math.min((y % cHeight) / av.getCharHeight(), av.getAlignment()
 684               .getHeight() - 1);
 685       if (seq < 0)
 686       {
 687         seq = -1;
 688       }
 689     }
 690     else
 691     {
 692       seq = Math.min((y / av.getCharHeight())
 693               + av.getRanges().getStartSeq(),
 694               av
 695               .getAlignment().getHeight() - 1);
 696       if (seq < 0)
 697       {
 698         seq = -1;
 699       }
 700     }
 701
 702     return seq;
 703   }
 704
 705   public void doMousePressed(MouseEvent evt)
 706   {
 707
 708     int seq = findSeq(evt);
 709     int res = findRes(evt);
 710
 711     if (seq < av.getAlignment().getHeight()
 712             && res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength())
 713     {
 714       // char resstr = align.getSequenceAt(seq).getSequence().charAt(res);
 715       // Find the residue's position in the sequence (res is the position
 716       // in the alignment
 717
 718       startseq = seq;
 719       lastres = res;
 720     }
 721     else
 722     {
 723       startseq = -1;
 724       lastres = -1;
 725     }
 726
 727     return;
 728   }
 729
 730   String lastMessage;
 731
 732   @Override
 733   public void mouseOverSequence(SequenceI sequence, int index, int pos)
 734   {
 735     String tmp = sequence.hashCode() + index + "";
 736     if (lastMessage == null || !lastMessage.equals(tmp))
 737     {
 738       ssm.mouseOverSequence(sequence, index, pos, av);
 739     }
 740
 741     lastMessage = tmp;
 742   }
 743
 744   @Override
 745   public void highlightSequence(SearchResultsI results)
 746   {
 747     if (av.isFollowHighlight())
 748     {
 749       if (ap.scrollToPosition(results, true))
 750       {
 751         ap.alignFrame.repaint();
 752       }
 753     }
 754     setStatusMessage(results);
 755     seqCanvas.highlightSearchResults(results);
 756
 757   }
 758
 759   @Override
 760   public VamsasSource getVamsasSource()
 761   {
 762     return this.ap == null ? null : this.ap.av;
 763   }
 764
 765   @Override
 766   public void updateColours(SequenceI seq, int index)
 767   {
 768     System.out.println("update the seqPanel colours");
 769     // repaint();
 770   }
 771
 772   @Override
 773   public void mouseMoved(MouseEvent evt)
 774   {
 775     int res = findRes(evt);
 776     int seq = findSeq(evt);
 777
 778     if (seq >= av.getAlignment().getHeight() || seq < 0 || res < 0)
 779     {
 780       if (tooltip != null)
 781       {
 782         tooltip.setTip("");
 783       }
 784       return;
 785     }
 786
 787     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);
 788     if (res > sequence.getLength())
 789     {
 790       if (tooltip != null)
 791       {
 792         tooltip.setTip("");
 793       }
 794       return;
 795     }
 796
 797     int respos = sequence.findPosition(res);
 798     if (ssm != null)
 799     {
 800       mouseOverSequence(sequence, res, respos);
 801     }
 802
 803     StringBuilder text = new StringBuilder();
 804     text.append("Sequence ").append(Integer.toString(seq + 1))
 805             .append(" ID: ").append(sequence.getName());
 806
 807     String obj = null;
 808     final String ch = String.valueOf(sequence.getCharAt(res));
 809     if (av.getAlignment().isNucleotide())
 810     {
 811       obj = ResidueProperties.nucleotideName.get(ch);
 812       if (obj != null)
 813       {
 814         text.append(" Nucleotide: ").append(obj);
 815       }
 816     }
 817     else
 818     {
 819       obj = "X".equalsIgnoreCase(ch) ? "X" : ResidueProperties.aa2Triplet
 820               .get(ch);
 821       if (obj != null)
 822       {
 823         text.append(" Residue: ").append(obj);
 824       }
 825     }
 826
 827     if (obj != null)
 828     {
 829       text.append(" (").append(Integer.toString(respos)).append(")");
 830     }
 831
 832     ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());
 833
 834     StringBuilder tooltipText = new StringBuilder();
 835     SequenceGroup[] groups = av.getAlignment().findAllGroups(sequence);
 836     if (groups != null)
 837     {
 838       for (int g = 0; g < groups.length; g++)
 839       {
 840         if (groups[g].getStartRes() <= res && groups[g].getEndRes() >= res)
 841         {
 842           if (!groups[g].getName().startsWith("JTreeGroup")
 843                   && !groups[g].getName().startsWith("JGroup"))
 844           {
 845             tooltipText.append(groups[g].getName()).append(" ");
 846           }
 847           if (groups[g].getDescription() != null)
 848           {
 849             tooltipText.append(groups[g].getDescription());
 850           }
 851           tooltipText.append("\n");
 852         }
 853       }
 854     }
 855
 856     // use aa to see if the mouse pointer is on a
 857     SequenceFeature[] allFeatures = findFeaturesAtRes(sequence,
 858             sequence.findPosition(res));
 859
 860     int index = 0;
 861     while (index < allFeatures.length)
 862     {
 863       SequenceFeature sf = allFeatures[index];
 864
 865       tooltipText.append(sf.getType() + " " + sf.begin + ":" + sf.end);
 866
 867       if (sf.getDescription() != null)
 868       {
 869         tooltipText.append(" " + sf.getDescription());
 870       }
 871
 872       if (sf.getValue("status") != null)
 873       {
 874         String status = sf.getValue("status").toString();
 875         if (status.length() > 0)
 876         {
 877           tooltipText.append(" (" + sf.getValue("status") + ")");
 878         }
 879       }
 880       tooltipText.append("\n");
 881
 882       index++;
 883     }
 884
 885     if (tooltip == null)
 886     {
 887       tooltip = new Tooltip(tooltipText.toString(), seqCanvas);
 888     }
 889     else
 890     {
 891       tooltip.setTip(tooltipText.toString());
 892     }
 893   }
 894
 895   SequenceFeature[] findFeaturesAtRes(SequenceI sequence, int res)
 896   {
 897     Vector tmp = new Vector();
 898     SequenceFeature[] features = sequence.getSequenceFeatures();
 899     if (features != null)
 900     {
 901       for (int i = 0; i < features.length; i++)
 902       {
 903         if (av.getFeaturesDisplayed() == null
 904                 || !av.getFeaturesDisplayed().isVisible(
 905                         features[i].getType()))
 906         {
 907           continue;
 908         }
 909
 910         if (features[i].featureGroup != null
 911                 && !seqCanvas.fr.checkGroupVisibility(
 912                         features[i].featureGroup, false))
 913         {
 914           continue;
 915         }
 916
 917         if ((features[i].getBegin() <= res)
 918                 && (features[i].getEnd() >= res))
 919         {
 920           tmp.addElement(features[i]);
 921         }
 922       }
 923     }
 924
 925     features = new SequenceFeature[tmp.size()];
 926     tmp.copyInto(features);
 927
 928     return features;
 929   }
 930
 931   Tooltip tooltip;
 932
 933   /**
 934    * set when the current UI interaction has resulted in a change that requires
 935    * overview shading to be recalculated. this could be changed to something
 936    * more expressive that indicates what actually has changed, so selective
 937    * redraws can be applied
 938    */
 939   private boolean needOverviewUpdate; // TODO: refactor to avcontroller
 940
 941   @Override
 942   public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 943   {
 944     if (mouseWheelPressed)
 945     {
 946       int oldWidth = av.getCharWidth();
 947
 948       // Which is bigger, left-right or up-down?
 949       if (Math.abs(evt.getY() - lastMousePress.y) > Math.abs(evt.getX()
 950               - lastMousePress.x))
 951       {
 952         int fontSize = av.font.getSize();
 953
 954         if (evt.getY() < lastMousePress.y && av.getCharHeight() > 1)
 955         {
 956           fontSize--;
 957         }
 958         else if (evt.getY() > lastMousePress.y)
 959         {
 960           fontSize++;
 961         }
 962
 963         if (fontSize < 1)
 964         {
 965           fontSize = 1;
 966         }
 967
 968         av.setFont(new Font(av.font.getName(), av.font.getStyle(), fontSize));
 969         av.setCharWidth(oldWidth);
 970       }
 971       else
 972       {
 973         if (evt.getX() < lastMousePress.x && av.getCharWidth() > 1)
 974         {
 975           av.setCharWidth(av.getCharWidth() - 1);
 976         }
 977         else if (evt.getX() > lastMousePress.x)
 978         {
 979           av.setCharWidth(av.getCharWidth() + 1);
 980         }
 981
 982         if (av.getCharWidth() < 1)
 983         {
 984           av.setCharWidth(1);
 985         }
 986       }
 987
 988       ap.fontChanged();
 989
 990       FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 991       av.validCharWidth = fm.charWidth('M') <= av.getCharWidth();
 992
 993       lastMousePress = evt.getPoint();
 994
 995       ap.paintAlignment(false);
 996       ap.annotationPanel.image = null;
 997       return;
 998     }
 999
1000     if (!editingSeqs)
1001     {
1002       doMouseDraggedDefineMode(evt);
1003       return;
1004     }
1005
1006     int res = findRes(evt);
1007
1008     if (res < 0)
1009     {
1010       res = 0;
1011     }
1012
1013     if ((lastres == -1) || (lastres == res))
1014     {
1015       return;
1016     }
1017
1018     if ((res < av.getAlignment().getWidth()) && (res < lastres))
1019     {
1020       // dragLeft, delete gap
1021       editSequence(false, res);
1022     }
1023     else
1024     {
1025       editSequence(true, res);
1026     }
1027
1028     mouseDragging = true;
1029     if (scrollThread != null)
1030     {
1031       scrollThread.setEvent(evt);
1032     }
1033
1034   }
1035
1036   synchronized void editSequence(boolean insertGap, int startres)
1037   {
1038     int fixedLeft = -1;
1039     int fixedRight = -1;
1040     boolean fixedColumns = false;
1041     SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();
1042
1043     SequenceI seq = av.getAlignment().getSequenceAt(startseq);
1044
1045     if (!groupEditing && av.hasHiddenRows())
1046     {
1047       if (av.isHiddenRepSequence(seq))
1048       {
1049         sg = av.getRepresentedSequences(seq);
1050         groupEditing = true;
1051       }
1052     }
1053
1054     StringBuffer message = new StringBuffer();
1055     if (groupEditing)
1056     {
1057       message.append(MessageManager.getString("action.edit_group")).append(
1058               ":");
1059       if (editCommand == null)
1060       {
1061         editCommand = new EditCommand(
1062                 MessageManager.getString("action.edit_group"));
1063       }
1064     }
1065     else
1066     {
1067       message.append(MessageManager.getString("label.edit_sequence"))
1068               .append(" " + seq.getName());
1069       String label = seq.getName();
1070       if (label.length() > 10)
1071       {
1072         label = label.substring(0, 10);
1073       }
1074       if (editCommand == null)
1075       {
1076         editCommand = new EditCommand(MessageManager.formatMessage(
1077                 "label.edit_params", new String[] { label }));
1078       }
1079     }
1080
1081     if (insertGap)
1082     {
1083       message.append(" insert ");
1084     }
1085     else
1086     {
1087       message.append(" delete ");
1088     }
1089
1090     message.append(Math.abs(startres - lastres) + " gaps.");
1091     ap.alignFrame.statusBar.setText(message.toString());
1092
1093     // Are we editing within a selection group?
1094     if (groupEditing
1095             || (sg != null && sg.getSequences(av.getHiddenRepSequences())
1096                     .contains(seq)))
1097     {
1098       fixedColumns = true;
1099
1100       // sg might be null as the user may only see 1 sequence,
1101       // but the sequence represents a group
1102       if (sg == null)
1103       {
1104         if (!av.isHiddenRepSequence(seq))
1105         {
1106           endEditing();
1107           return;
1108         }
1109
1110         sg = av.getRepresentedSequences(seq);
1111       }
1112
1113       fixedLeft = sg.getStartRes();
1114       fixedRight = sg.getEndRes();
1115
1116       if ((startres < fixedLeft && lastres >= fixedLeft)
1117               || (startres >= fixedLeft && lastres < fixedLeft)
1118               || (startres > fixedRight && lastres <= fixedRight)
1119               || (startres <= fixedRight && lastres > fixedRight))
1120       {
1121         endEditing();
1122         return;
1123       }
1124
1125       if (fixedLeft > startres)
1126       {
1127         fixedRight = fixedLeft - 1;
1128         fixedLeft = 0;
1129       }
1130       else if (fixedRight < startres)
1131       {
1132         fixedLeft = fixedRight;
1133         fixedRight = -1;
1134       }
1135     }
1136
1137     if (av.hasHiddenColumns())
1138     {
1139       fixedColumns = true;
1140       int y1 = av.getAlignment().getHiddenColumns()
1141               .getHiddenBoundaryLeft(startres);
1142       int y2 = av.getAlignment().getHiddenColumns()
1143               .getHiddenBoundaryRight(startres);
1144
1145       if ((insertGap && startres > y1 && lastres < y1)
1146               || (!insertGap && startres < y2 && lastres > y2))
1147       {
1148         endEditing();
1149         return;
1150       }
1151
1152       // System.out.print(y1+" "+y2+" "+fixedLeft+" "+fixedRight+"~~");
1153       // Selection spans a hidden region
1154       if (fixedLeft < y1 && (fixedRight > y2 || fixedRight == -1))
1155       {
1156         if (startres >= y2)
1157         {
1158           fixedLeft = y2;
1159         }
1160         else
1161         {
1162           fixedRight = y2 - 1;
1163         }
1164       }
1165     }
1166
1167     if (groupEditing)
1168     {
1169       SequenceI[] groupSeqs = sg.getSequences(av.getHiddenRepSequences())
1170               .toArray(new SequenceI[0]);
1171
1172       // drag to right
1173       if (insertGap)
1174       {
1175         // If the user has selected the whole sequence, and is dragging to
1176         // the right, we can still extend the alignment and selectionGroup
1177         if (sg.getStartRes() == 0 && sg.getEndRes() == fixedRight
1178                 && sg.getEndRes() == av.getAlignment().getWidth() - 1)
1179         {
1180           sg.setEndRes(av.getAlignment().getWidth() + startres - lastres);
1181           fixedRight = sg.getEndRes();
1182         }
1183
1184         // Is it valid with fixed columns??
1185         // Find the next gap before the end
1186         // of the visible region boundary
1187         boolean blank = false;
1188         for (fixedRight = fixedRight; fixedRight > lastres; fixedRight--)
1189         {
1190           blank = true;
1191
1192           for (SequenceI gs : groupSeqs)
1193           {
1194             for (int j = 0; j < startres - lastres; j++)
1195             {
1196               if (!jalview.util.Comparison.isGap(gs.getCharAt(fixedRight
1197                       - j)))
1198               {
1199                 blank = false;
1200                 break;
1201               }
1202             }
1203           }
1204           if (blank)
1205           {
1206             break;
1207           }
1208         }
1209
1210         if (!blank)
1211         {
1212           if (sg.getSize() == av.getAlignment().getHeight())
1213           {
1214             if ((av.hasHiddenColumns() && startres < av.getAlignment()
1215                     .getHiddenColumns().getHiddenBoundaryRight(startres)))
1216             {
1217               endEditing();
1218               return;
1219             }
1220
1221             int alWidth = av.getAlignment().getWidth();
1222             if (av.hasHiddenRows())
1223             {
1224               int hwidth = av.getAlignment().getHiddenSequences()
1225                       .getWidth();
1226               if (hwidth > alWidth)
1227               {
1228                 alWidth = hwidth;
1229               }
1230             }
1231             // We can still insert gaps if the selectionGroup
1232             // contains all the sequences
1233             sg.setEndRes(sg.getEndRes() + startres - lastres);
1234             fixedRight = alWidth + startres - lastres;
1235           }
1236           else
1237           {
1238             endEditing();
1239             return;
1240           }
1241         }
1242       }
1243
1244       // drag to left
1245       else if (!insertGap)
1246       {
1247         // / Are we able to delete?
1248         // ie are all columns blank?
1249
1250         for (SequenceI gs : groupSeqs)
1251         {
1252           for (int j = startres; j < lastres; j++)
1253           {
1254             if (gs.getLength() <= j)
1255             {
1256               continue;
1257             }
1258
1259             if (!jalview.util.Comparison.isGap(gs.getCharAt(j)))
1260             {
1261               // Not a gap, block edit not valid
1262               endEditing();
1263               return;
1264             }
1265           }
1266         }
1267       }
1268
1269       if (insertGap)
1270       {
1271         // dragging to the right
1272         if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1273         {
1274           for (int j = lastres; j < startres; j++)
1275           {
1276             insertChar(j, groupSeqs, fixedRight);
1277           }
1278         }
1279         else
1280         {
1281           editCommand.appendEdit(Action.INSERT_GAP, groupSeqs, startres,
1282                   startres - lastres, av.getAlignment(), true);
1283         }
1284       }
1285       else
1286       {
1287         // dragging to the left
1288         if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1289         {
1290           for (int j = lastres; j > startres; j--)
1291           {
1292             deleteChar(startres, groupSeqs, fixedRight);
1293           }
1294         }
1295         else
1296         {
1297           editCommand.appendEdit(Action.DELETE_GAP, groupSeqs, startres,
1298                   lastres - startres, av.getAlignment(), true);
1299         }
1300
1301       }
1302     }
1303     else
1304     // ///Editing a single sequence///////////
1305     {
1306       if (insertGap)
1307       {
1308         // dragging to the right
1309         if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1310         {
1311           for (int j = lastres; j < startres; j++)
1312           {
1313             insertChar(j, new SequenceI[] { seq }, fixedRight);
1314           }
1315         }
1316         else
1317         {
1318           editCommand.appendEdit(Action.INSERT_GAP,
1319                   new SequenceI[] { seq }, lastres, startres - lastres,
1320                   av.getAlignment(), true);
1321         }
1322       }
1323       else
1324       {
1325         // dragging to the left
1326         if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1327         {
1328           for (int j = lastres; j > startres; j--)
1329           {
1330             if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(startres)))
1331             {
1332               endEditing();
1333               break;
1334             }
1335             deleteChar(startres, new SequenceI[] { seq }, fixedRight);
1336           }
1337         }
1338         else
1339         {
1340           // could be a keyboard edit trying to delete none gaps
1341           int max = 0;
1342           for (int m = startres; m < lastres; m++)
1343           {
1344             if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(m)))
1345             {
1346               break;
1347             }
1348             max++;
1349           }
1350
1351           if (max > 0)
1352           {
1353             editCommand.appendEdit(Action.DELETE_GAP,
1354                     new SequenceI[] { seq }, startres, max,
1355                     av.getAlignment(), true);
1356           }
1357         }
1358       }
1359     }
1360
1361     lastres = startres;
1362     seqCanvas.repaint();
1363   }
1364
1365   void insertChar(int j, SequenceI[] seq, int fixedColumn)
1366   {
1367     int blankColumn = fixedColumn;
1368     for (int s = 0; s < seq.length; s++)
1369     {
1370       // Find the next gap before the end of the visible region boundary
1371       // If lastCol > j, theres a boundary after the gap insertion
1372
1373       for (blankColumn = fixedColumn; blankColumn > j; blankColumn--)
1374       {
1375         if (jalview.util.Comparison.isGap(seq[s].getCharAt(blankColumn)))
1376         {
1377           // Theres a space, so break and insert the gap
1378           break;
1379         }
1380       }
1381
1382       if (blankColumn <= j)
1383       {
1384         blankColumn = fixedColumn;
1385         endEditing();
1386         return;
1387       }
1388     }
1389
1390     editCommand.appendEdit(Action.DELETE_GAP, seq, blankColumn, 1,
1391             av.getAlignment(), true);
1392
1393     editCommand.appendEdit(Action.INSERT_GAP, seq, j, 1, av.getAlignment(),
1394             true);
1395
1396   }
1397
1398   void deleteChar(int j, SequenceI[] seq, int fixedColumn)
1399   {
1400
1401     editCommand.appendEdit(Action.DELETE_GAP, seq, j, 1, av.getAlignment(),
1402             true);
1403
1404     editCommand.appendEdit(Action.INSERT_GAP, seq, fixedColumn, 1,
1405             av.getAlignment(), true);
1406   }
1407
1408   // ////////////////////////////////////////
1409   // ///Everything below this is for defining the boundary of the rubberband
1410   // ////////////////////////////////////////
1411   public void doMousePressedDefineMode(MouseEvent evt)
1412   {
1413     if (scrollThread != null)
1414     {
1415       scrollThread.running = false;
1416       scrollThread = null;
1417     }
1418
1419     int res = findRes(evt);
1420     int seq = findSeq(evt);
1421     oldSeq = seq;
1422     startWrapBlock = wrappedBlock;
1423
1424     if (seq == -1)
1425     {
1426       return;
1427     }
1428
1429     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);
1430
1431     if (sequence == null || res > sequence.getLength())
1432     {
1433       return;
1434     }
1435
1436     stretchGroup = av.getSelectionGroup();
1437
1438     if (stretchGroup == null || !stretchGroup.contains(sequence, res))
1439     {
1440       stretchGroup = av.getAlignment().findGroup(sequence, res);
1441       if (stretchGroup != null)
1442       {
1443         // only update the current selection if the popup menu has a group to
1444         // focus on
1445         av.setSelectionGroup(stretchGroup);
1446       }
1447     }
1448
1449     // DETECT RIGHT MOUSE BUTTON IN AWT
1450     if ((evt.getModifiers() & InputEvent.BUTTON3_MASK) == InputEvent.BUTTON3_MASK)
1451     {
1452       SequenceFeature[] allFeatures = findFeaturesAtRes(sequence,
1453               sequence.findPosition(res));
1454
1455       Vector<String> links = null;
1456       if (allFeatures != null)
1457       {
1458         for (int i = 0; i < allFeatures.length; i++)
1459         {
1460           if (allFeatures[i].links != null)
1461           {
1462             if (links == null)
1463             {
1464               links = new Vector<String>();
1465             }
1466             for (int j = 0; j < allFeatures[i].links.size(); j++)
1467             {
1468               links.addElement(allFeatures[i].links.elementAt(j));
1469             }
1470           }
1471         }
1472       }
1473       APopupMenu popup = new APopupMenu(ap, null, links);
1474       this.add(popup);
1475       popup.show(this, evt.getX(), evt.getY());
1476       return;
1477     }
1478
1479     if (av.cursorMode)
1480     {
1481       seqCanvas.cursorX = findRes(evt);
1482       seqCanvas.cursorY = findSeq(evt);
1483       seqCanvas.repaint();
1484       return;
1485     }
1486
1487     // Only if left mouse button do we want to change group sizes
1488
1489     if (stretchGroup == null)
1490     {
1491       // define a new group here
1492       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
1493       sg.setStartRes(res);
1494       sg.setEndRes(res);
1495       sg.addSequence(sequence, false);
1496       av.setSelectionGroup(sg);
1497       stretchGroup = sg;
1498
1499       if (av.getConservationSelected())
1500       {
1501         SliderPanel.setConservationSlider(ap, av.getResidueShading(),
1502                 ap.getViewName());
1503       }
1504       if (av.getAbovePIDThreshold())
1505       {
1506         SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, av.getResidueShading(),
1507                 ap.getViewName());
1508       }
1509
1510     }
1511   }
1512
1513   public void doMouseReleasedDefineMode(MouseEvent evt)
1514   {
1515     if (stretchGroup == null)
1516     {
1517       return;
1518     }
1519     // always do this - annotation has own state
1520     // but defer colourscheme update until hidden sequences are passed in
1521     boolean vischange = stretchGroup.recalcConservation(true);
1522     // here we rely on stretchGroup == av.getSelection()
1523     needOverviewUpdate |= vischange && av.isSelectionDefinedGroup();
1524     if (stretchGroup.cs != null)
1525     {
1526       stretchGroup.cs.alignmentChanged(stretchGroup,
1527               av.getHiddenRepSequences());
1528
1529       if (stretchGroup.cs.conservationApplied())
1530       {
1531         SliderPanel.setConservationSlider(ap, stretchGroup.cs,
1532                 stretchGroup.getName());
1533       }
1534       if (stretchGroup.cs.getThreshold() > 0)
1535       {
1536         SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, stretchGroup.cs,
1537                 stretchGroup.getName());
1538       }
1539     }
1540     PaintRefresher.Refresh(ap, av.getSequenceSetId());
1541     ap.paintAlignment(needOverviewUpdate);
1542     needOverviewUpdate = false;
1543     changeEndRes = false;
1544     changeStartRes = false;
1545     stretchGroup = null;
1546     av.sendSelection();
1547   }
1548
1549   public void doMouseDraggedDefineMode(MouseEvent evt)
1550   {
1551     int res = findRes(evt);
1552     int y = findSeq(evt);
1553
1554     if (wrappedBlock != startWrapBlock)
1555     {
1556       return;
1557     }
1558
1559     if (stretchGroup == null)
1560     {
1561       return;
1562     }
1563
1564     mouseDragging = true;
1565
1566     if (y > av.getAlignment().getHeight())
1567     {
1568       y = av.getAlignment().getHeight() - 1;
1569     }
1570
1571     if (res >= av.getAlignment().getWidth())
1572     {
1573       res = av.getAlignment().getWidth() - 1;
1574     }
1575
1576     if (stretchGroup.getEndRes() == res)
1577     {
1578       // Edit end res position of selected group
1579       changeEndRes = true;
1580     }
1581     else if (stretchGroup.getStartRes() == res)
1582     {
1583       // Edit start res position of selected group
1584       changeStartRes = true;
1585     }
1586
1587     if (res < 0)
1588     {
1589       res = 0;
1590     }
1591
1592     if (changeEndRes)
1593     {
1594       if (res > (stretchGroup.getStartRes() - 1))
1595       {
1596         stretchGroup.setEndRes(res);
1597         needOverviewUpdate |= av.isSelectionDefinedGroup();
1598       }
1599     }
1600     else if (changeStartRes)
1601     {
1602       if (res < (stretchGroup.getEndRes() + 1))
1603       {
1604         stretchGroup.setStartRes(res);
1605         needOverviewUpdate |= av.isSelectionDefinedGroup();
1606       }
1607     }
1608
1609     int dragDirection = 0;
1610
1611     if (y > oldSeq)
1612     {
1613       dragDirection = 1;
1614     }
1615     else if (y < oldSeq)
1616     {
1617       dragDirection = -1;
1618     }
1619
1620     while ((y != oldSeq) && (oldSeq > -1)
1621             && (y < av.getAlignment().getHeight()))
1622     {
1623       // This routine ensures we don't skip any sequences, as the
1624       // selection is quite slow.
1625       Sequence seq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);
1626
1627       oldSeq += dragDirection;
1628
1629       if (oldSeq < 0)
1630       {
1631         break;
1632       }
1633
1634       Sequence nextSeq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);
1635
1636       if (stretchGroup.getSequences(null).contains(nextSeq))
1637       {
1638         stretchGroup.deleteSequence(seq, false);
1639         needOverviewUpdate |= av.isSelectionDefinedGroup();
1640       }
1641       else
1642       {
1643         if (seq != null)
1644         {
1645           stretchGroup.addSequence(seq, false);
1646         }
1647
1648         stretchGroup.addSequence(nextSeq, false);
1649         needOverviewUpdate |= av.isSelectionDefinedGroup();
1650       }
1651     }
1652
1653     if (oldSeq < 0)
1654     {
1655       oldSeq = -1;
1656     }
1657
1658     if (res > av.getRanges().getEndRes()
1659             || res < av.getRanges().getStartRes()
1660             || y < av.getRanges().getStartSeq()
1661             || y > av.getRanges().getEndSeq())
1662     {
1663       mouseExited(evt);
1664     }
1665
1666     if (scrollThread != null)
1667     {
1668       scrollThread.setEvent(evt);
1669     }
1670
1671     seqCanvas.repaint();
1672   }
1673
1674   @Override
1675   public void mouseEntered(MouseEvent e)
1676   {
1677     if (oldSeq < 0)
1678     {
1679       oldSeq = 0;
1680     }
1681
1682     if (scrollThread != null)
1683     {
1684       scrollThread.running = false;
1685       scrollThread = null;
1686     }
1687   }
1688
1689   @Override
1690   public void mouseExited(MouseEvent e)
1691   {
1692     if (av.getWrapAlignment())
1693     {
1694       return;
1695     }
1696
1697     if (mouseDragging && scrollThread == null)
1698     {
1699       scrollThread = new ScrollThread();
1700     }
1701   }
1702
1703   void scrollCanvas(MouseEvent evt)
1704   {
1705     if (evt == null)
1706     {
1707       if (scrollThread != null)
1708       {
1709         scrollThread.running = false;
1710         scrollThread = null;
1711       }
1712       mouseDragging = false;
1713     }
1714     else
1715     {
1716       if (scrollThread == null)
1717       {
1718         scrollThread = new ScrollThread();
1719       }
1720
1721       mouseDragging = true;
1722       scrollThread.setEvent(evt);
1723     }
1724
1725   }
1726
1727   // this class allows scrolling off the bottom of the visible alignment
1728   class ScrollThread extends Thread
1729   {
1730     MouseEvent evt;
1731
1732     boolean running = false;
1733
1734     public ScrollThread()
1735     {
1736       start();
1737     }
1738
1739     public void setEvent(MouseEvent e)
1740     {
1741       evt = e;
1742     }
1743
1744     public void stopScrolling()
1745     {
1746       running = false;
1747     }
1748
1749     @Override
1750     public void run()
1751     {
1752       running = true;
1753       while (running)
1754       {
1755
1756         if (evt != null)
1757         {
1758
1759           if (mouseDragging && evt.getY() < 0
1760                   && av.getRanges().getStartSeq() > 0)
1761           {
1762             running = ap.scrollUp(true);
1763           }
1764
1765           if (mouseDragging && evt.getY() >= getSize().height
1766                   && av.getAlignment().getHeight() > av.getRanges()
1767                           .getEndSeq())
1768           {
1769             running = ap.scrollUp(false);
1770           }
1771
1772           if (mouseDragging && evt.getX() < 0)
1773           {
1774             running = ap.scrollRight(false);
1775           }
1776
1777           else if (mouseDragging && evt.getX() >= getSize().width)
1778           {
1779             running = ap.scrollRight(true);
1780           }
1781         }
1782
1783         try
1784         {
1785           Thread.sleep(75);
1786         } catch (Exception ex)
1787         {
1788         }
1789       }
1790     }
1791   }
1792
1793   /**
1794    * modify current selection according to a received message.
1795    */
1796   @Override
1797   public void selection(SequenceGroup seqsel, ColumnSelection colsel,
1798           HiddenColumns hidden, SelectionSource source)
1799   {
1800     // TODO: fix this hack - source of messages is align viewport, but SeqPanel
1801     // handles selection messages...
1802     // TODO: extend config options to allow user to control if selections may be
1803     // shared between viewports.
1804     if (av != null
1805             && (av == source || !av.followSelection || (source instanceof AlignViewport && ((AlignmentViewport) source)
1806                     .getSequenceSetId().equals(av.getSequenceSetId()))))
1807     {
1808       return;
1809     }
1810
1811     /*
1812      * Check for selection in a view of which this one is a dna/protein
1813      * complement.
1814      */
1815     if (selectionFromTranslation(seqsel, colsel, hidden, source))
1816     {
1817       return;
1818     }
1819
1820     // do we want to thread this ? (contention with seqsel and colsel locks, I
1821     // suspect)
1822     /*
1823      * only copy colsel if there is a real intersection between
1824      * sequence selection and this panel's alignment
1825      */
1826     boolean repaint = false;
1827     boolean copycolsel = false;
1828     if (av.getSelectionGroup() == null || !av.isSelectionGroupChanged(true))
1829     {
1830       SequenceGroup sgroup = null;
1831       if (seqsel != null && seqsel.getSize() > 0)
1832       {
1833         if (av.getAlignment() == null)
1834         {
1835           System.out
1836                   .println("Selection message: alignviewport av SeqSetId="
1837                           + av.getSequenceSetId() + " ViewId="
1838                           + av.getViewId()
1839                           + " 's alignment is NULL! returning immediatly.");
1840           return;
1841         }
1842         sgroup = seqsel.intersect(av.getAlignment(),
1843                 (av.hasHiddenRows()) ? av.getHiddenRepSequences() : null);
1844         if ((sgroup != null && sgroup.getSize() > 0))
1845         {
1846           copycolsel = true;
1847         }
1848       }
1849       if (sgroup != null && sgroup.getSize() > 0)
1850       {
1851         av.setSelectionGroup(sgroup);
1852       }
1853       else
1854       {
1855         av.setSelectionGroup(null);
1856       }
1857       repaint = av.isSelectionGroupChanged(true);
1858     }
1859     if (copycolsel
1860             && (av.getColumnSelection() == null || !av
1861                     .isColSelChanged(true)))
1862     {
1863       // the current selection is unset or from a previous message
1864       // so import the new colsel.
1865       if (colsel == null || colsel.isEmpty())
1866       {
1867         if (av.getColumnSelection() != null)
1868         {
1869           av.getColumnSelection().clear();
1870         }
1871       }
1872       else
1873       {
1874         // TODO: shift colSel according to the intersecting sequences
1875         if (av.getColumnSelection() == null)
1876         {
1877           av.setColumnSelection(new ColumnSelection(colsel));
1878         }
1879         else
1880         {
1881           av.getColumnSelection().setElementsFrom(colsel,
1882                   av.getAlignment().getHiddenColumns());
1883         }
1884       }
1885       repaint |= av.isColSelChanged(true);
1886     }
1887     if (copycolsel
1888             && av.hasHiddenColumns()
1889             && (av.getColumnSelection() == null || av.getAlignment()
1890                     .getHiddenColumns().getHiddenRegions() == null))
1891     {
1892       System.err.println("Bad things");
1893     }
1894     if (repaint)
1895     {
1896       ap.scalePanelHolder.repaint();
1897       ap.repaint();
1898     }
1899   }
1900
1901   /**
1902    * scroll to the given row/column - or nearest visible location
1903    *
1904    * @param row
1905    * @param column
1906    */
1907   public void scrollTo(int row, int column)
1908   {
1909
1910     row = row < 0 ? ap.av.getRanges().getStartSeq() : row;
1911     column = column < 0 ? ap.av.getRanges().getStartRes() : column;
1912     ap.scrollTo(column, column, row, true, true);
1913   }
1914
1915   /**
1916    * scroll to the given row - or nearest visible location
1917    *
1918    * @param row
1919    */
1920   public void scrollToRow(int row)
1921   {
1922
1923     row = row < 0 ? ap.av.getRanges().getStartSeq() : row;
1924     ap.scrollTo(ap.av.getRanges().getStartRes(), ap.av.getRanges()
1925             .getStartRes(), row, true, true);
1926   }
1927
1928   /**
1929    * scroll to the given column - or nearest visible location
1930    *
1931    * @param column
1932    */
1933   public void scrollToColumn(int column)
1934   {
1935
1936     column = column < 0 ? ap.av.getRanges().getStartRes() : column;
1937     ap.scrollTo(column, column, ap.av.getRanges().getStartSeq(), true, true);
1938   }
1939
1940   /**
1941    * If this panel is a cdna/protein translation view of the selection source,
1942    * tries to map the source selection to a local one, and returns true. Else
1943    * returns false.
1944    *
1945    * @param seqsel
1946    * @param colsel
1947    * @param source
1948    */
1949   protected boolean selectionFromTranslation(SequenceGroup seqsel,
1950           ColumnSelection colsel, HiddenColumns hidden,
1951           SelectionSource source)
1952   {
1953     if (!(source instanceof AlignViewportI))
1954     {
1955       return false;
1956     }
1957     final AlignViewportI sourceAv = (AlignViewportI) source;
1958     if (sourceAv.getCodingComplement() != av
1959             && av.getCodingComplement() != sourceAv)
1960     {
1961       return false;
1962     }
1963
1964     /*
1965      * Map sequence selection
1966      */
1967     SequenceGroup sg = MappingUtils.mapSequenceGroup(seqsel, sourceAv, av);
1968     av.setSelectionGroup(sg);
1969     av.isSelectionGroupChanged(true);
1970
1971     /*
1972      * Map column selection
1973      */
1974     // ColumnSelection cs = MappingUtils.mapColumnSelection(colsel, sourceAv,
1975     // av);
1976     ColumnSelection cs = new ColumnSelection();
1977     HiddenColumns hs = new HiddenColumns();
1978     MappingUtils.mapColumnSelection(colsel, hidden, sourceAv, av, cs, hs);
1979     av.setColumnSelection(cs);
1980     av.getAlignment().setHiddenColumns(hs);
1981
1982     ap.scalePanelHolder.repaint();
1983     ap.repaint();
1984
1985     return true;
1986   }
1987
1988 }