src/jalview/appletgui/SeqPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.util.*;\r
  23 \r
  24 import java.awt.*;\r
  25 import java.awt.event.*;\r
  26 \r
  27 import jalview.datamodel.*;\r
  28 import jalview.schemes.*;\r
  29 \r
  30 public class SeqPanel\r
  31     extends Panel\r
  32 {\r
  33 \r
  34   public SeqCanvas seqCanvas;\r
  35   public AlignmentPanel ap;\r
  36 \r
  37   protected int lastres;\r
  38   protected int startseq;\r
  39   int startEdit = -1;\r
  40   int endEdit = -1;\r
  41 \r
  42   protected AlignViewport av;\r
  43 \r
  44   // if character is inserted or deleted, we will need to recalculate the conservation\r
  45   int seqEditOccurred = -1;\r
  46 \r
  47   ScrollThread scrollThread = null;\r
  48   boolean mouseDragging = false;\r
  49 \r
  50   boolean editingSeqs = false;\r
  51   boolean groupEditing = false;\r
  52 \r
  53   public SeqPanel(AlignViewport avp, AlignmentPanel p)\r
  54   {\r
  55     this.av = avp;\r
  56 \r
  57     seqCanvas = new SeqCanvas(avp);\r
  58     setLayout(new BorderLayout());\r
  59     add(seqCanvas);\r
  60 \r
  61     ap = p;\r
  62 \r
  63     seqCanvas.addMouseMotionListener(new MouseMotionAdapter()\r
  64     {\r
  65       public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
  66       {\r
  67         if (av.getWrapAlignment())\r
  68         {\r
  69           return;\r
  70         }\r
  71         doMouseMoved(evt);\r
  72       }\r
  73 \r
  74       public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
  75       {\r
  76         if (av.getWrapAlignment())\r
  77         {\r
  78           return;\r
  79         }\r
  80         if (editingSeqs)\r
  81         {\r
  82           doMouseDragged(evt);\r
  83         }\r
  84         else\r
  85         {\r
  86           doMouseDraggedDefineMode(evt);\r
  87         }\r
  88       }\r
  89     });\r
  90 \r
  91     seqCanvas.addMouseListener(new MouseAdapter()\r
  92     {\r
  93       public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
  94       {\r
  95         if (av.getWrapAlignment())\r
  96         {\r
  97           return;\r
  98         }\r
  99         if (editingSeqs)\r
 100         {\r
 101           doMouseReleased(evt);\r
 102         }\r
 103         else\r
 104         {\r
 105           doMouseReleasedDefineMode(evt);\r
 106         }\r
 107 \r
 108       }\r
 109 \r
 110       public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
 111       {\r
 112         if (av.getWrapAlignment())\r
 113         {\r
 114           return;\r
 115         }\r
 116         if (evt.isShiftDown() || evt.isAltDown() || evt.isControlDown())\r
 117         {\r
 118           if (evt.isAltDown() || evt.isControlDown())\r
 119           {\r
 120             groupEditing = true;\r
 121           }\r
 122 \r
 123           editingSeqs = true;\r
 124           doMousePressed(evt);\r
 125         }\r
 126         else\r
 127         {\r
 128           doMousePressedDefineMode(evt);\r
 129         }\r
 130       }\r
 131 \r
 132       public void mouseExited(MouseEvent evt)\r
 133       {\r
 134         if (av.getWrapAlignment() || editingSeqs)\r
 135         {\r
 136           return;\r
 137         }\r
 138         doMouseExitedDefineMode(evt);\r
 139 \r
 140       }\r
 141 \r
 142       public void mouseEntered(MouseEvent evt)\r
 143       {\r
 144         if (av.getWrapAlignment() || editingSeqs)\r
 145         {\r
 146           return;\r
 147         }\r
 148         doMouseEnteredDefineMode(evt);\r
 149       }\r
 150 \r
 151     });\r
 152     seqCanvas.repaint();\r
 153   }\r
 154 \r
 155   public void doMouseReleased(MouseEvent evt)\r
 156   {\r
 157 \r
 158     if (seqEditOccurred > -1)\r
 159     {\r
 160       editOccurred(seqEditOccurred);\r
 161     }\r
 162 \r
 163     startseq = -1;\r
 164     lastres = -1;\r
 165     seqEditOccurred = -1;\r
 166     editingSeqs = false;\r
 167     groupEditing = false;\r
 168     ap.repaint();\r
 169   }\r
 170 \r
 171   public void doMousePressed(MouseEvent evt)\r
 172   {\r
 173     ap.alignFrame.addHistoryItem(new HistoryItem(\r
 174         "Edit Sequence", av.alignment, HistoryItem.EDIT));\r
 175     int seq;\r
 176     int res;\r
 177 \r
 178     int x = evt.getX();\r
 179     int y = evt.getY();\r
 180 \r
 181     res = x / av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 182     seq = y / av.getCharHeight() + av.getStartSeq();\r
 183 \r
 184     if (seq < av.getAlignment().getHeight() &&\r
 185         res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength())\r
 186     {\r
 187       //char resstr = align.getSequenceAt(seq).getSequence().charAt(res);\r
 188       // Find the residue's position in the sequence (res is the position\r
 189       // in the alignment\r
 190 \r
 191       startseq = seq;\r
 192       lastres = res;\r
 193     }\r
 194     else\r
 195     {\r
 196       startseq = -1;\r
 197       lastres = -1;\r
 198     }\r
 199 \r
 200     return;\r
 201   }\r
 202 \r
 203   public void doMouseMoved(MouseEvent evt)\r
 204   {\r
 205     int res = 0, seq = 0;\r
 206     int x = evt.getX();\r
 207     int y = evt.getY();\r
 208     if (av.wrapAlignment)\r
 209     {\r
 210       y -= 2 * av.charHeight;\r
 211       int chunkHeight = (av.getAlignment().getHeight() + 2) * av.charHeight;\r
 212 \r
 213       res = (int) ( (y / chunkHeight) * (getSize().width / av.charWidth)) +\r
 214           x / av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 215 \r
 216       y %= chunkHeight;\r
 217       seq = y / av.getCharHeight() + av.getStartSeq();\r
 218 \r
 219     }\r
 220     else\r
 221     {\r
 222       res = x / av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 223       seq = y / av.getCharHeight() + av.getStartSeq();\r
 224     }\r
 225 \r
 226     if (seq >= av.getAlignment().getHeight())\r
 227     {\r
 228       return;\r
 229     }\r
 230 \r
 231     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
 232     if (res > sequence.getLength())\r
 233     {\r
 234       return;\r
 235     }\r
 236 \r
 237     Object obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get(sequence.getCharAt(res) + "");\r
 238     String aa = "";\r
 239     if (obj != null)\r
 240     {\r
 241       aa = obj.toString();\r
 242     }\r
 243 \r
 244     StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence " + (seq + 1) + " ID: " +\r
 245                                          sequence.getName());\r
 246     if (aa != "")\r
 247     {\r
 248       text.append("  Residue: " + aa + " (" +\r
 249                   av.getAlignment().getSequenceAt(seq).findPosition(res) + ")");\r
 250     }\r
 251 \r
 252     ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());\r
 253 \r
 254     // use aa to see if the mouse pointer is on a\r
 255     if (av.showSequenceFeatures)\r
 256     {\r
 257       Vector features = sequence.getSequenceFeatures();\r
 258       Enumeration e = features.elements();\r
 259       StringBuffer sbuffer = new StringBuffer();\r
 260 \r
 261       while (e.hasMoreElements())\r
 262       {\r
 263         SequenceFeature sf = (SequenceFeature) e.nextElement();\r
 264         if (sf.getStart() <= sequence.findPosition(res) &&\r
 265             sf.getEnd() >= sequence.findPosition(res))\r
 266         {\r
 267           if (sbuffer.length() > 0)\r
 268           {\r
 269             sbuffer.append("; ");\r
 270           }\r
 271           sbuffer.append(sf.getType() + " " + sf.getDescription());\r
 272           if (sf.getStatus().length() > 0)\r
 273           {\r
 274             sbuffer.append(" (" + sf.getStatus() + ")");\r
 275           }\r
 276         }\r
 277 \r
 278       }\r
 279     }\r
 280 \r
 281   }\r
 282 \r
 283   public void doMouseDragged(MouseEvent evt)\r
 284   {\r
 285 \r
 286     // If we're dragging we're editing\r
 287     int res = evt.getX() / av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 288     if (res < 0)\r
 289     {\r
 290       res = 0;\r
 291     }\r
 292 \r
 293     if (lastres == -1 || lastres == res)\r
 294     {\r
 295       return;\r
 296     }\r
 297 \r
 298     boolean dragRight = true;\r
 299     if (res < av.getAlignment().getWidth() && res < lastres)\r
 300     {\r
 301       dragRight = false;\r
 302     }\r
 303 \r
 304     if (res != lastres)\r
 305     {\r
 306       // Group editing\r
 307       if (groupEditing)\r
 308       {\r
 309         SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();\r
 310         if (sg == null)\r
 311         {\r
 312           lastres = -1;\r
 313           return;\r
 314         }\r
 315 \r
 316         // drag to right\r
 317         if (dragRight)\r
 318         {\r
 319           sg.setEndRes(sg.getEndRes() + (res - lastres));\r
 320         }\r
 321 \r
 322         // drag to left\r
 323         else\r
 324         {\r
 325           /// Are we able to delete?\r
 326           // ie are all columns blank?\r
 327           boolean deleteAllowed = false;\r
 328           for (int s = 0; s < sg.getSize(); s++)\r
 329           {\r
 330             SequenceI seq = sg.getSequenceAt(s);\r
 331             for (int j = res; j < lastres; j++)\r
 332             {\r
 333               if (seq.getSequence().length() <= j)\r
 334               {\r
 335                 continue;\r
 336               }\r
 337 \r
 338               if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getSequence().charAt(j)))\r
 339               {\r
 340                 // Not a gap, block edit not valid\r
 341                 res = j + 1;\r
 342                 deleteAllowed = false;\r
 343                 continue;\r
 344               }\r
 345               deleteAllowed = true;\r
 346             }\r
 347           }\r
 348 \r
 349           if (!deleteAllowed)\r
 350           {\r
 351             lastres = -1;\r
 352             return;\r
 353           }\r
 354 \r
 355           sg.setEndRes(sg.getEndRes() - (lastres - res));\r
 356         }\r
 357 \r
 358         for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
 359         {\r
 360           SequenceI s = sg.getSequenceAt(i);\r
 361           int k = av.alignment.findIndex(s);\r
 362 \r
 363           // drag to right\r
 364           if (dragRight)\r
 365           {\r
 366             for (int j = lastres; j < res; j++)\r
 367             {\r
 368               insertChar(j, k);\r
 369             }\r
 370           }\r
 371 \r
 372           // drag to left\r
 373           else\r
 374           {\r
 375             for (int j = res; j < lastres; j++)\r
 376             {\r
 377               if (s.getLength() > j)\r
 378               {\r
 379                 deleteChar(res, k);\r
 380               }\r
 381             }\r
 382           }\r
 383         }\r
 384       }\r
 385       else /////Editing a single sequence///////////\r
 386       {\r
 387         if (res < av.getAlignment().getWidth() && res > lastres)\r
 388         {\r
 389           // dragging to the right\r
 390           for (int j = lastres; j < res; j++)\r
 391           {\r
 392             insertChar(j, startseq);\r
 393           }\r
 394         }\r
 395         else if (res < av.getAlignment().getWidth() && res < lastres)\r
 396         {\r
 397           // dragging to the left\r
 398           for (int j = lastres; j > res; j--)\r
 399           {\r
 400             if (jalview.util.Comparison.isGap(\r
 401                 av.alignment.getSequenceAt(startseq).getSequence().charAt(res)))\r
 402             {\r
 403 \r
 404               deleteChar(res, startseq);\r
 405             }\r
 406             else\r
 407             {\r
 408 \r
 409               break;\r
 410             }\r
 411           }\r
 412         }\r
 413 \r
 414       }\r
 415     }\r
 416 \r
 417     endEdit = res;\r
 418     lastres = res;\r
 419     seqCanvas.repaint();\r
 420   }\r
 421 \r
 422   public void drawChars(int seqstart, int seqend, int start)\r
 423   {\r
 424     seqCanvas.drawPanel(seqCanvas.gg, start, av.getEndRes(), seqstart, seqend,\r
 425                         av.getStartRes(), av.getStartSeq(), 0);\r
 426     seqCanvas.repaint();\r
 427   }\r
 428 \r
 429   public void insertChar(int j, int seq)\r
 430   {\r
 431     av.alignment.getSequenceAt(seq).insertCharAt(j, av.getGapCharacter());\r
 432     seqEditOccurred = seq;\r
 433   }\r
 434 \r
 435   public void deleteChar(int j, int seq)\r
 436   {\r
 437 \r
 438     av.alignment.getSequenceAt(seq).deleteCharAt(j);\r
 439     seqEditOccurred = seq;\r
 440     av.alignment.getWidth();\r
 441     repaint();\r
 442   }\r
 443 \r
 444   void editOccurred(int i)\r
 445   {\r
 446     if (endEdit == startEdit)\r
 447     {\r
 448       ap.alignFrame.historyList.pop();\r
 449       ap.alignFrame.updateEditMenuBar();\r
 450     }\r
 451 \r
 452     av.updateConservation();\r
 453     av.updateConsensus();\r
 454 \r
 455     // Y O Y CLUSTALX\r
 456     ColourSchemeI cs = av.getGlobalColourScheme();\r
 457     if (cs.conservationApplied())\r
 458     {\r
 459       if (cs instanceof ClustalxColourScheme)\r
 460       {\r
 461         jalview.analysis.Conservation c = new jalview.analysis.Conservation\r
 462             ("All",\r
 463              ResidueProperties.propHash, 3,\r
 464              av.alignment.getSequences(), 0,\r
 465              av.alignment.getWidth() - 1);\r
 466         c.calculate();\r
 467         c.verdict(false, av.ConsPercGaps);\r
 468 \r
 469         ((ClustalxColourScheme)cs).resetClustalX(av.alignment.getSequences(), av.alignment.getWidth());\r
 470         cs.setConservation(c);\r
 471         av.setGlobalColourScheme(cs);\r
 472       }\r
 473     }\r
 474 \r
 475     if (cs instanceof ClustalxColourScheme)\r
 476     {\r
 477       ( (ClustalxColourScheme) cs).resetClustalX(av.alignment.getSequences(),\r
 478                                                  av.alignment.getWidth());\r
 479       av.setGlobalColourScheme(cs);\r
 480     }\r
 481 \r
 482   }\r
 483 \r
 484 //////////////////////////////////////////\r
 485 /////Everything below this is for defining the boundary of the rubberband\r
 486 //////////////////////////////////////////\r
 487   int oldSeq = -1;\r
 488   public void doMousePressedDefineMode(MouseEvent evt)\r
 489   {\r
 490     int res = evt.getX() / av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 491     int seq = evt.getY() / av.getCharHeight() + av.getStartSeq();\r
 492     oldSeq = seq;\r
 493 \r
 494     SequenceI sequence = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
 495 \r
 496     if (sequence == null || res > sequence.getLength())\r
 497     {\r
 498       return;\r
 499     }\r
 500 \r
 501     stretchGroup = av.getSelectionGroup();\r
 502 \r
 503     if (stretchGroup == null)\r
 504     {\r
 505       stretchGroup = av.alignment.findGroup(sequence);\r
 506       if (stretchGroup != null && res > stretchGroup.getStartRes() &&\r
 507           res < stretchGroup.getEndRes())\r
 508       {\r
 509         av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
 510       }\r
 511       else\r
 512       {\r
 513         stretchGroup = null;\r
 514       }\r
 515     }\r
 516 \r
 517     else if (!stretchGroup.sequences.contains(sequence)\r
 518              || stretchGroup.getStartRes() > res\r
 519              || stretchGroup.getEndRes() < res)\r
 520     {\r
 521       stretchGroup = null;\r
 522 \r
 523       SequenceGroup[] allGroups = av.alignment.findAllGroups(sequence);\r
 524 \r
 525       if (allGroups != null)\r
 526       {\r
 527         for (int i = 0; i < allGroups.length; i++)\r
 528         {\r
 529           if (allGroups[i].getStartRes() <= res &&\r
 530               allGroups[i].getEndRes() >= res)\r
 531           {\r
 532             stretchGroup = allGroups[i];\r
 533             av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
 534             break;\r
 535           }\r
 536         }\r
 537       }\r
 538     }\r
 539 \r
 540     if (stretchGroup == null)\r
 541     {\r
 542       // define a new group here\r
 543       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
 544       sg.setStartRes(res);\r
 545       sg.setEndRes(res);\r
 546       sg.addSequence(sequence, false);\r
 547       av.setSelectionGroup(sg);\r
 548       stretchGroup = sg;\r
 549 \r
 550       if (av.getConservationSelected())\r
 551       {\r
 552         SliderPanel.setConservationSlider(ap, av.getGlobalColourScheme(),\r
 553                                           "Background");\r
 554       }\r
 555       if (av.getAbovePIDThreshold())\r
 556       {\r
 557         SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, av.getGlobalColourScheme(),\r
 558                                        "Background");\r
 559       }\r
 560 \r
 561     }\r
 562 \r
 563     // DETECT RIGHT MOUSE BUTTON IN AWT\r
 564     else if ( (evt.getModifiers() & InputEvent.BUTTON3_MASK) ==\r
 565              InputEvent.BUTTON3_MASK)\r
 566     {\r
 567       APopupMenu popup = new APopupMenu(ap, null, null);\r
 568       this.add(popup);\r
 569       popup.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
 570     }\r
 571 \r
 572     if (stretchGroup != null && stretchGroup.getEndRes() == res)\r
 573     {\r
 574       // Edit end res position of selected group\r
 575       changeEndRes = true;\r
 576     }\r
 577 \r
 578     else if (stretchGroup != null && stretchGroup.getStartRes() == res)\r
 579     {\r
 580       // Edit end res position of selected group\r
 581       changeStartRes = true;\r
 582     }\r
 583 \r
 584   }\r
 585 \r
 586   boolean changeEndSeq = false;\r
 587   boolean changeStartSeq = false;\r
 588   boolean changeEndRes = false;\r
 589   boolean changeStartRes = false;\r
 590   SequenceGroup stretchGroup = null;\r
 591 \r
 592   public void doMouseReleasedDefineMode(MouseEvent evt)\r
 593   {\r
 594     if(mouseDragging)\r
 595      {\r
 596        stretchGroup.recalcConservation();\r
 597        mouseDragging = false;\r
 598      }\r
 599 \r
 600     if (stretchGroup == null)\r
 601     {\r
 602       return;\r
 603     }\r
 604 \r
 605     if(stretchGroup.cs!=null)\r
 606     {\r
 607       if (stretchGroup.cs.conservationApplied())\r
 608       {\r
 609         SliderPanel.setConservationSlider(ap, stretchGroup.cs,\r
 610                                           stretchGroup.getName());\r
 611       }\r
 612       else\r
 613       {\r
 614         SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, stretchGroup.cs,\r
 615                                        stretchGroup.getName());\r
 616       }\r
 617     }\r
 618     changeEndRes = false;\r
 619     changeStartRes = false;\r
 620     stretchGroup = null;\r
 621     seqCanvas.repaint();\r
 622     ap.repaint();\r
 623   }\r
 624 \r
 625   boolean remove = false;\r
 626   public void doMouseDraggedDefineMode(MouseEvent evt)\r
 627   {\r
 628     int res = evt.getX() / av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 629     int y = evt.getY() / av.getCharHeight() + av.getStartSeq();\r
 630 \r
 631     if (stretchGroup == null)\r
 632     {\r
 633       return;\r
 634     }\r
 635 \r
 636     if (res > av.alignment.getWidth())\r
 637     {\r
 638       res = av.alignment.getWidth() - 1;\r
 639     }\r
 640 \r
 641     if (stretchGroup.getEndRes() == res)\r
 642     {\r
 643       // Edit end res position of selected group\r
 644       changeEndRes = true;\r
 645     }\r
 646 \r
 647     else if (stretchGroup.getStartRes() == res)\r
 648     {\r
 649       // Edit start res position of selected group\r
 650       changeStartRes = true;\r
 651     }\r
 652 \r
 653     if (res < av.getStartRes())\r
 654     {\r
 655       res = av.getStartRes();\r
 656     }\r
 657     else if (res > av.getEndRes())\r
 658     {\r
 659       res = av.getEndRes();\r
 660     }\r
 661 \r
 662     if (changeEndRes)\r
 663     {\r
 664       if (res > stretchGroup.getStartRes() - 1)\r
 665       {\r
 666         stretchGroup.setEndRes(res);\r
 667       }\r
 668     }\r
 669     else if (changeStartRes)\r
 670     {\r
 671       if (res < stretchGroup.getEndRes() + 1)\r
 672       {\r
 673         stretchGroup.setStartRes(res);\r
 674       }\r
 675     }\r
 676 \r
 677     int dragDirection = 0;\r
 678     if (y > oldSeq)\r
 679     {\r
 680       dragDirection = 1;\r
 681     }\r
 682     else if (y < oldSeq)\r
 683     {\r
 684       dragDirection = -1;\r
 685     }\r
 686 \r
 687     while (y != oldSeq && oldSeq > 0 && y < av.alignment.getHeight())\r
 688     {\r
 689       // This routine ensures we don't skip any sequences, as the\r
 690       // selection is quite slow.\r
 691       Sequence seq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
 692 \r
 693       oldSeq += dragDirection;\r
 694       Sequence nextSeq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
 695 \r
 696       if (stretchGroup.sequences.contains(nextSeq))\r
 697       {\r
 698         stretchGroup.deleteSequence(seq, false);\r
 699       }\r
 700       else\r
 701       {\r
 702         if (seq != null)\r
 703         {\r
 704           stretchGroup.addSequence(seq, false);\r
 705         }\r
 706         stretchGroup.addSequence(nextSeq, false);\r
 707       }\r
 708     }\r
 709     oldSeq = y;\r
 710     mouseDragging = true;\r
 711     if (scrollThread != null)\r
 712     {\r
 713       scrollThread.setEvent(evt);\r
 714     }\r
 715 \r
 716     seqCanvas.repaint();\r
 717   }\r
 718 \r
 719   public void doMouseEnteredDefineMode(MouseEvent e)\r
 720   {\r
 721     if (scrollThread != null)\r
 722     {\r
 723       scrollThread.running = false;\r
 724     }\r
 725   }\r
 726 \r
 727   public void doMouseExitedDefineMode(MouseEvent e)\r
 728   {\r
 729     if (av.getWrapAlignment())\r
 730     {\r
 731       return;\r
 732     }\r
 733 \r
 734     if (mouseDragging)\r
 735     {\r
 736       scrollThread = new ScrollThread();\r
 737     }\r
 738 \r
 739   }\r
 740 \r
 741   // this class allows scrolling off the bottom of the visible alignment\r
 742   class ScrollThread\r
 743       extends Thread\r
 744   {\r
 745     MouseEvent evt;\r
 746     boolean running = false;\r
 747     public ScrollThread()\r
 748     {\r
 749       start();\r
 750     }\r
 751 \r
 752     public void setEvent(MouseEvent e)\r
 753     {\r
 754       evt = e;\r
 755     }\r
 756 \r
 757     public void stopScrolling()\r
 758     {\r
 759       running = false;\r
 760     }\r
 761 \r
 762     public void run()\r
 763     {\r
 764       running = true;\r
 765       while (running)\r
 766       {\r
 767         if (evt != null)\r
 768         {\r
 769 \r
 770           if (mouseDragging && evt.getY() < 0 && av.getStartSeq() > 0)\r
 771           {\r
 772             running = ap.scrollUp(true);\r
 773           }\r
 774 \r
 775           if (mouseDragging && evt.getY() >= getSize().height &&\r
 776               av.alignment.getHeight() > av.getEndSeq())\r
 777           {\r
 778             running = ap.scrollUp(false);\r
 779           }\r
 780 \r
 781           if (mouseDragging && evt.getX() < 0)\r
 782           {\r
 783             running = ap.scrollRight(true);\r
 784           }\r
 785 \r
 786           else if (mouseDragging && evt.getX() >= getSize().width)\r
 787           {\r
 788             running = ap.scrollRight(false);\r
 789           }\r
 790         }\r
 791 \r
 792         try\r
 793         {\r
 794           Thread.sleep(75);\r
 795         }\r
 796         catch (Exception ex)\r
 797         {}\r
 798       }\r
 799     }\r
 800   }\r
 801 \r
 802 }\r