src/jalview/appletgui/SeqPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.awt.*;\r
  23 import java.awt.event.*;\r
  24 \r
  25 import jalview.datamodel.*;\r
  26 import jalview.schemes.*;\r
  27 \r
  28 import java.util.Vector;\r
  29 \r
  30 public class SeqPanel\r
  31     extends Panel implements MouseMotionListener, MouseListener\r
  32 {\r
  33 \r
  34   public SeqCanvas seqCanvas;\r
  35   public AlignmentPanel ap;\r
  36 \r
  37   protected int lastres;\r
  38   protected int startseq;\r
  39 \r
  40   protected AlignViewport av;\r
  41 \r
  42   // if character is inserted or deleted, we will need to recalculate the conservation\r
  43   boolean seqEditOccurred = false;\r
  44 \r
  45   ScrollThread scrollThread = null;\r
  46   boolean mouseDragging = false;\r
  47   boolean editingSeqs = false;\r
  48   boolean groupEditing = false;\r
  49 \r
  50   int oldSeq = -1;\r
  51   boolean changeEndSeq = false;\r
  52   boolean changeStartSeq = false;\r
  53   boolean changeEndRes = false;\r
  54   boolean changeStartRes = false;\r
  55   SequenceGroup stretchGroup = null;\r
  56 \r
  57   StringBuffer keyboardNo1;\r
  58   StringBuffer keyboardNo2;\r
  59 \r
  60   boolean mouseWheelPressed = false;\r
  61   Point lastMousePress;\r
  62 \r
  63   public SeqPanel(AlignViewport avp, AlignmentPanel p)\r
  64   {\r
  65     this.av = avp;\r
  66 \r
  67     seqCanvas = new SeqCanvas(avp);\r
  68     setLayout(new BorderLayout());\r
  69     add(seqCanvas);\r
  70 \r
  71     ap = p;\r
  72 \r
  73     seqCanvas.addMouseMotionListener(this);\r
  74     seqCanvas.addMouseListener(this);\r
  75 \r
  76     seqCanvas.repaint();\r
  77   }\r
  78 \r
  79   void endEditing()\r
  80   {\r
  81     startseq = -1;\r
  82     lastres = -1;\r
  83     seqEditOccurred = false;\r
  84     editingSeqs = false;\r
  85     groupEditing = false;\r
  86     keyboardNo1 = null;\r
  87     keyboardNo2 = null;\r
  88    }\r
  89 \r
  90    void setCursorRow()\r
  91    {\r
  92      seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo(keyboardNo1)-1;\r
  93      scrollToVisible();\r
  94    }\r
  95 \r
  96    void setCursorColumn()\r
  97    {\r
  98      seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo(keyboardNo1)-1;\r
  99      scrollToVisible();\r
 100    }\r
 101 \r
 102    void setCursorRowAndColumn()\r
 103    {\r
 104      if(keyboardNo2==null)\r
 105      {\r
 106        keyboardNo2 = new StringBuffer();\r
 107      }\r
 108      else\r
 109      {\r
 110        seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo(keyboardNo1) - 1;\r
 111        seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo(keyboardNo2) - 1;\r
 112        scrollToVisible();\r
 113      }\r
 114    }\r
 115 \r
 116    void setCursorPosition()\r
 117    {\r
 118      SequenceI sequence =\r
 119          (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY);\r
 120 \r
 121      seqCanvas.cursorX = sequence.findIndex(\r
 122          getKeyboardNo(keyboardNo1)-1\r
 123          );\r
 124      scrollToVisible();\r
 125    }\r
 126 \r
 127    void moveCursor(int dx, int dy)\r
 128    {\r
 129      seqCanvas.cursorX += dx;\r
 130      seqCanvas.cursorY += dy;\r
 131      scrollToVisible();\r
 132    }\r
 133 \r
 134    void scrollToVisible()\r
 135    {\r
 136      if (seqCanvas.cursorX < 0)\r
 137        seqCanvas.cursorX = 0;\r
 138      else if (seqCanvas.cursorX > av.alignment.getWidth() - 1)\r
 139        seqCanvas.cursorX = av.alignment.getWidth() - 1;\r
 140 \r
 141      if (seqCanvas.cursorY < 0)\r
 142        seqCanvas.cursorY = 0;\r
 143      else if (seqCanvas.cursorY > av.alignment.getHeight() - 1)\r
 144        seqCanvas.cursorY = av.alignment.getHeight() - 1;\r
 145 \r
 146 \r
 147      endEditing();\r
 148      if (av.wrapAlignment)\r
 149      {\r
 150        ap.scrollToWrappedVisible(seqCanvas.cursorX);\r
 151      }\r
 152      else\r
 153      {\r
 154        while (seqCanvas.cursorY < av.startSeq)\r
 155        {\r
 156          ap.scrollUp(true);\r
 157        }\r
 158        while (seqCanvas.cursorY + 1 > av.endSeq)\r
 159        {\r
 160          ap.scrollUp(false);\r
 161        }\r
 162        while (seqCanvas.cursorX < av.startRes)\r
 163        {\r
 164 \r
 165          if (!ap.scrollRight(false))\r
 166            break;\r
 167        }\r
 168        while (seqCanvas.cursorX > av.endRes)\r
 169        {\r
 170          if (!ap.scrollRight(true))\r
 171            break;\r
 172        }\r
 173      }\r
 174      setStatusMessage(av.alignment.getSequenceAt(seqCanvas.cursorY),\r
 175                       seqCanvas.cursorX, seqCanvas.cursorY);\r
 176 \r
 177      seqCanvas.repaint();\r
 178    }\r
 179 \r
 180    void setSelectionAreaAtCursor(boolean topLeft)\r
 181    {\r
 182      SequenceI sequence =\r
 183          (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY);\r
 184 \r
 185      if(av.getSelectionGroup()!=null)\r
 186      {\r
 187        SequenceGroup sg = av.selectionGroup;\r
 188        //Find the top and bottom of this group\r
 189        int min = av.alignment.getHeight(), max = 0;\r
 190        for(int i=0; i<sg.getSize(false); i++)\r
 191        {\r
 192          int index = av.alignment.findIndex( sg.getSequenceAt(i) );\r
 193          if(index > max)\r
 194            max = index;\r
 195          if(index < min)\r
 196            min = index;\r
 197        }\r
 198 \r
 199        max ++;\r
 200 \r
 201        if(topLeft)\r
 202        {\r
 203          sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);\r
 204          if(sg.getEndRes()<seqCanvas.cursorX)\r
 205            sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);\r
 206 \r
 207          min = seqCanvas.cursorY;\r
 208        }\r
 209        else\r
 210        {\r
 211          sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);\r
 212          if(sg.getStartRes()>seqCanvas.cursorX)\r
 213            sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);\r
 214 \r
 215          max = seqCanvas.cursorY+1;\r
 216        }\r
 217 \r
 218        if(min>max)\r
 219        {\r
 220          // Only the user can do this\r
 221          av.setSelectionGroup(null);\r
 222        }\r
 223        else\r
 224        {\r
 225          // Now add any sequences between min and max\r
 226          sg.getSequences(false).removeAllElements();\r
 227          for (int i = min; i < max; i++)\r
 228          {\r
 229            sg.addSequence(av.alignment.getSequenceAt(i), false);\r
 230          }\r
 231        }\r
 232      }\r
 233 \r
 234      if (av.getSelectionGroup() == null)\r
 235      {\r
 236        SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
 237        sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);\r
 238        sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);\r
 239        sg.addSequence(sequence, false);\r
 240        av.setSelectionGroup(sg);\r
 241      }\r
 242 \r
 243 \r
 244      ap.repaint();\r
 245    }\r
 246 \r
 247    void insertGapAtCursor(boolean group)\r
 248    {\r
 249      ap.alignFrame.addHistoryItem(new HistoryItem("Edit Sequence",\r
 250                                                   av.alignment, HistoryItem.EDIT));\r
 251      groupEditing = group;\r
 252      startseq = seqCanvas.cursorY;\r
 253      lastres = seqCanvas.cursorX;\r
 254      editSequence(true, seqCanvas.cursorX+getKeyboardNo(keyboardNo1));\r
 255      editOccurred();\r
 256    }\r
 257 \r
 258    void deleteGapAtCursor(boolean group)\r
 259    {\r
 260      ap.alignFrame.addHistoryItem(new HistoryItem("Edit Sequence",\r
 261                                                   av.alignment, HistoryItem.EDIT));\r
 262      groupEditing = group;\r
 263      startseq = seqCanvas.cursorY;\r
 264      lastres = seqCanvas.cursorX+getKeyboardNo(keyboardNo1);\r
 265      editSequence(false, seqCanvas.cursorX);\r
 266      editOccurred();\r
 267    }\r
 268 \r
 269    void numberPressed(char value)\r
 270    {\r
 271      if(keyboardNo1==null)\r
 272        keyboardNo1 = new StringBuffer();\r
 273 \r
 274      if(keyboardNo2!=null)\r
 275        keyboardNo2.append(value);\r
 276      else\r
 277        keyboardNo1.append(value);\r
 278    }\r
 279 \r
 280    int getKeyboardNo(StringBuffer kb)\r
 281    {\r
 282      if(kb==null)\r
 283        return 1;\r
 284      else\r
 285        return Integer.parseInt(kb.toString());\r
 286    }\r
 287 \r
 288    void setStatusMessage(SequenceI sequence, int res, int seq)\r
 289    {\r
 290      StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence " + (seq + 1) + " ID: " +\r
 291                                           sequence.getName());\r
 292 \r
 293      Object obj = null;\r
 294      if (av.alignment.isNucleotide())\r
 295      {\r
 296        obj = ResidueProperties.nucleotideName.get(sequence.getCharAt(res) +\r
 297                                                   "");\r
 298        if (obj != null)\r
 299          text.append(" Nucleotide: ");\r
 300      }\r
 301      else\r
 302      {\r
 303        obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get(sequence.getCharAt(res) + "");\r
 304        if (obj != null)\r
 305          text.append("  Residue: ");\r
 306      }\r
 307 \r
 308      if (obj != null)\r
 309      {\r
 310 \r
 311        if (obj != "")\r
 312        {\r
 313          text.append(obj + " (" + sequence.findPosition(res) +\r
 314                      ")");\r
 315        }\r
 316      }\r
 317 \r
 318      ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());\r
 319 \r
 320     }\r
 321      public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
 322      {\r
 323        lastMousePress = evt.getPoint();\r
 324 \r
 325        //For now, ignore the mouseWheel font resizing on Macs\r
 326        //As the Button2_mask always seems to be true\r
 327        if ( (evt.getModifiers() & InputEvent.BUTTON2_MASK) ==\r
 328          InputEvent.BUTTON2_MASK && !av.MAC)\r
 329        {\r
 330          mouseWheelPressed = true;\r
 331          return;\r
 332        }\r
 333 \r
 334        if (evt.isShiftDown()\r
 335            || evt.isControlDown()\r
 336            || evt.isAltDown())\r
 337        {\r
 338          if (evt.isControlDown() || evt.isAltDown())\r
 339          {\r
 340            groupEditing = true;\r
 341          }\r
 342          editingSeqs = true;\r
 343        }\r
 344        else\r
 345        {\r
 346          doMousePressedDefineMode(evt);\r
 347          return;\r
 348        }\r
 349 \r
 350 \r
 351        int seq = findSeq(evt);\r
 352        int res = findRes(evt);\r
 353 \r
 354        if(seq<0 || res<0)\r
 355          return;\r
 356 \r
 357        ap.alignFrame.addHistoryItem(new HistoryItem("Edit Sequence",\r
 358                                                           av.alignment, HistoryItem.EDIT));\r
 359 \r
 360          if ((seq < av.getAlignment().getHeight()) &&\r
 361                  (res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength()))\r
 362          {\r
 363              startseq = seq;\r
 364              lastres = res;\r
 365          }\r
 366          else\r
 367          {\r
 368              startseq = -1;\r
 369              lastres = -1;\r
 370          }\r
 371 \r
 372         return;\r
 373      }\r
 374 \r
 375      public void mouseClicked(MouseEvent evt){}\r
 376 \r
 377 \r
 378   public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
 379   {\r
 380     mouseDragging = false;\r
 381     mouseWheelPressed = false;\r
 382 \r
 383     if (!editingSeqs)\r
 384     {\r
 385        doMouseReleasedDefineMode(evt);\r
 386        return;\r
 387     }\r
 388 \r
 389      editOccurred();\r
 390 \r
 391      endEditing();\r
 392      ap.repaint();\r
 393   }\r
 394 \r
 395   int startWrapBlock=-1;\r
 396   int wrappedBlock=-1;\r
 397   int findRes(MouseEvent evt)\r
 398  {\r
 399    int res = 0;\r
 400    int x = evt.getX();\r
 401 \r
 402   if (av.wrapAlignment)\r
 403   {\r
 404 \r
 405     int hgap = av.charHeight;\r
 406     if (av.scaleAboveWrapped)\r
 407       hgap += av.charHeight;\r
 408 \r
 409     int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
 410         + hgap + seqCanvas.getAnnotationHeight();\r
 411 \r
 412       int y = evt.getY();\r
 413       y -= hgap;\r
 414       x -= seqCanvas.LABEL_WEST;\r
 415 \r
 416 \r
 417       int cwidth = seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(getSize().width);\r
 418       if(cwidth<1)\r
 419         return 0;\r
 420 \r
 421       wrappedBlock = y / cHeight;\r
 422       wrappedBlock += av.getStartRes() / cwidth;\r
 423 \r
 424       res = wrappedBlock * cwidth + x / av.getCharWidth();\r
 425 \r
 426   }\r
 427   else\r
 428   {\r
 429       res = (x / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
 430   }\r
 431 \r
 432   if(av.hasHiddenColumns)\r
 433           res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);\r
 434 \r
 435   return res;\r
 436 \r
 437  }\r
 438 \r
 439  int findSeq(MouseEvent evt)\r
 440  {\r
 441 \r
 442    int seq = 0;\r
 443    int y = evt.getY();\r
 444 \r
 445    if (av.wrapAlignment)\r
 446    {\r
 447      int hgap = av.charHeight;\r
 448      if (av.scaleAboveWrapped)\r
 449        hgap += av.charHeight;\r
 450 \r
 451      int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
 452          + hgap + seqCanvas.getAnnotationHeight();\r
 453 \r
 454        y -= hgap;\r
 455 \r
 456      seq = Math.min( (y % cHeight) / av.getCharHeight(),\r
 457                      av.alignment.getHeight() -1);\r
 458      if(seq<0)\r
 459        seq = 0;\r
 460    }\r
 461    else\r
 462    {\r
 463      seq = Math.min( (y / av.getCharHeight()) + av.getStartSeq(),\r
 464                      av.alignment.getHeight() -1);\r
 465      if(seq<0)\r
 466        seq = 0;\r
 467    }\r
 468 \r
 469    return seq;\r
 470  }\r
 471 \r
 472 \r
 473   public void doMousePressed(MouseEvent evt)\r
 474   {\r
 475     ap.alignFrame.addHistoryItem(new HistoryItem(\r
 476         "Edit Sequence", av.alignment, HistoryItem.EDIT));\r
 477 \r
 478     int seq = findSeq(evt);\r
 479     int res = findRes(evt);\r
 480 \r
 481     if (seq < av.getAlignment().getHeight() &&\r
 482         res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength())\r
 483     {\r
 484       //char resstr = align.getSequenceAt(seq).getSequence().charAt(res);\r
 485       // Find the residue's position in the sequence (res is the position\r
 486       // in the alignment\r
 487 \r
 488       startseq = seq;\r
 489       lastres = res;\r
 490     }\r
 491     else\r
 492     {\r
 493       startseq = -1;\r
 494       lastres = -1;\r
 495     }\r
 496 \r
 497     return;\r
 498   }\r
 499 \r
 500   public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
 501   {\r
 502     int res = findRes(evt);\r
 503     int seq = findSeq(evt);\r
 504 \r
 505     if (seq >= av.getAlignment().getHeight() || seq<0 || res<0)\r
 506     {\r
 507       return;\r
 508     }\r
 509 \r
 510     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
 511     if (res > sequence.getLength())\r
 512     {\r
 513       return;\r
 514     }\r
 515 \r
 516     StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence " + (seq + 1) + " ID: " +\r
 517             sequence.getName());\r
 518 \r
 519     Object obj = null;\r
 520     if (av.alignment.isNucleotide())\r
 521     {\r
 522       obj = ResidueProperties.nucleotideName.get(sequence.getCharAt(res) +\r
 523           "");\r
 524       if(obj!=null)\r
 525         text.append(" Nucleotide: ");\r
 526     }\r
 527     else\r
 528     {\r
 529       obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get(sequence.getCharAt(res) + "");\r
 530       if(obj!=null)\r
 531         text.append("  Residue: ");\r
 532     }\r
 533 \r
 534     if (obj != null)\r
 535     {\r
 536       if (obj != "")\r
 537       {\r
 538         text.append(obj + " (" + sequence.findPosition(res) + ")");\r
 539       }\r
 540     }\r
 541 \r
 542     if(seqCanvas.pdbCanvas!=null && sequence==seqCanvas.pdbCanvas.sequence)\r
 543     {\r
 544       seqCanvas.pdbCanvas.highlightRes(sequence.findPosition(res));\r
 545     }\r
 546 \r
 547     ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());\r
 548 \r
 549 \r
 550     // use aa to see if the mouse pointer is on a\r
 551     if (av.showSequenceFeatures\r
 552         && sequence.getSequenceFeatures()!=null\r
 553         && av.featuresDisplayed!=null)\r
 554     {\r
 555       StringBuffer featureText = new StringBuffer();\r
 556       Vector allFeatures = getAllFeaturesAtRes(sequence, sequence.findPosition(res));\r
 557 \r
 558       int index = 0;\r
 559       while (index < allFeatures.size())\r
 560       {\r
 561         SequenceFeature sf = (SequenceFeature) allFeatures.elementAt(index);\r
 562 \r
 563         featureText.append(sf.getType()+" "+sf.begin+":"+sf.end);\r
 564 \r
 565         if (sf.getDescription() != null)\r
 566           featureText.append(" " + sf.getDescription());\r
 567 \r
 568         if (sf.getValue("status") != null )\r
 569         {\r
 570           String status = sf.getValue("status").toString();\r
 571           if(status.length()>0)\r
 572             featureText.append(" (" + sf.getValue("status") + ")");\r
 573         }\r
 574         featureText.append("\n");\r
 575 \r
 576         index++;\r
 577       }\r
 578 \r
 579 \r
 580         if (tooltip == null)\r
 581           tooltip = new Tooltip(featureText.toString(), seqCanvas);\r
 582         else\r
 583           tooltip.setTip(featureText.toString());\r
 584 \r
 585         tooltip.repaint();\r
 586 \r
 587     }\r
 588   }\r
 589 \r
 590   Vector getAllFeaturesAtRes(SequenceI seq, int res)\r
 591   {\r
 592     Vector allFeatures = new Vector();\r
 593     int index = 0;\r
 594     if(seq.getSequenceFeatures()!=null)\r
 595     {\r
 596       while (index < seq.getSequenceFeatures().length)\r
 597       {\r
 598         SequenceFeature sf = seq.getSequenceFeatures()[index];\r
 599         if (sf.getBegin() <= res &&\r
 600             sf.getEnd() >= res)\r
 601         {\r
 602           if (av.featuresDisplayed.containsKey(sf.getType()))\r
 603           {\r
 604             allFeatures.addElement(sf);\r
 605           }\r
 606         }\r
 607         index++;\r
 608       }\r
 609     }\r
 610     return allFeatures;\r
 611   }\r
 612 \r
 613   Tooltip tooltip;\r
 614 \r
 615   public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
 616   {\r
 617     if (mouseWheelPressed)\r
 618     {\r
 619       int oldWidth = av.charWidth;\r
 620 \r
 621       //Which is bigger, left-right or up-down?\r
 622       if (Math.abs(evt.getY() - lastMousePress.y)\r
 623           > Math.abs(evt.getX() - lastMousePress.x))\r
 624       {\r
 625         int fontSize = av.font.getSize();\r
 626 \r
 627         if (evt.getY() < lastMousePress.y && av.charHeight > 1)\r
 628         {\r
 629           fontSize--;\r
 630         }\r
 631         else if (evt.getY() > lastMousePress.y)\r
 632         {\r
 633           fontSize++;\r
 634         }\r
 635 \r
 636 \r
 637         if(fontSize<1)\r
 638           fontSize = 1;\r
 639 \r
 640         av.setFont(new Font(av.font.getName(), av.font.getStyle(), fontSize));\r
 641         av.charWidth = oldWidth;\r
 642       }\r
 643       else\r
 644       {\r
 645         if (evt.getX() < lastMousePress.x && av.charWidth > 1)\r
 646         {\r
 647           av.charWidth--;\r
 648         }\r
 649         else if (evt.getX() > lastMousePress.x)\r
 650         {\r
 651           av.charWidth++;\r
 652         }\r
 653 \r
 654         if(av.charWidth<1)\r
 655         {\r
 656           av.charWidth = 1;\r
 657         }\r
 658       }\r
 659 \r
 660       ap.fontChanged();\r
 661 \r
 662       FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 663       av.validCharWidth = fm.charWidth('M') <= av.charWidth;\r
 664 \r
 665       lastMousePress = evt.getPoint();\r
 666 \r
 667       ap.repaint();\r
 668       ap.annotationPanel.image = null;\r
 669       return;\r
 670       }\r
 671 \r
 672       if (!editingSeqs)\r
 673       {\r
 674         doMouseDraggedDefineMode(evt);\r
 675         return;\r
 676       }\r
 677 \r
 678   int res = findRes(evt);\r
 679 \r
 680   if (res < 0)\r
 681   {\r
 682       res = 0;\r
 683   }\r
 684 \r
 685   if ((lastres == -1) || (lastres == res))\r
 686   {\r
 687       return;\r
 688   }\r
 689 \r
 690   if ( (res < av.getAlignment().getWidth()) && (res < lastres))\r
 691   {\r
 692     // dragLeft, delete gap\r
 693     editSequence(false, res);\r
 694   }\r
 695   else\r
 696     editSequence(true, res);\r
 697 \r
 698   mouseDragging = true;\r
 699   if(scrollThread!=null)\r
 700     scrollThread.setEvent(evt);\r
 701 \r
 702   }\r
 703 \r
 704   synchronized void editSequence(boolean insertGap, int startres)\r
 705   {\r
 706     int fixedLeft = -1;\r
 707     int fixedRight = -1;\r
 708     boolean fixedColumns = false;\r
 709     SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();\r
 710 \r
 711 \r
 712       if (!groupEditing && av.hasHiddenRows)\r
 713       {\r
 714         if (av.alignment.getSequenceAt(startseq).getHiddenSequences() != null)\r
 715         {\r
 716           groupEditing = true;\r
 717         }\r
 718       }\r
 719 \r
 720       //No group, but the sequence may represent a group\r
 721       if (groupEditing\r
 722           && sg == null\r
 723           && av.alignment.getSequenceAt(startseq).getHiddenSequences() == null)\r
 724       {\r
 725         groupEditing = false;\r
 726       }\r
 727 \r
 728       SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(startseq);\r
 729       StringBuffer message = new StringBuffer();\r
 730       if (groupEditing)\r
 731          message.append("Edit group:");\r
 732       else\r
 733          message.append("Edit sequence: "+seq.getName());\r
 734 \r
 735      if(insertGap)\r
 736        message.append(" insert ");\r
 737      else\r
 738        message.append(" delete ");\r
 739 \r
 740      message.append(Math.abs(startres-lastres)+" gaps.");\r
 741      ap.alignFrame.statusBar.setText(message.toString());\r
 742 \r
 743 \r
 744       //Are we editing within a selection group?\r
 745       if (groupEditing\r
 746           || (sg != null && sg.getSequences(true).contains(seq)))\r
 747       {\r
 748         fixedColumns = true;\r
 749 \r
 750         //sg might be null as the user may only see 1 sequence,\r
 751         //but the sequence represents a group\r
 752         if (sg == null)\r
 753         {\r
 754           sg = new SequenceGroup(null, null, false, false, false, 0,\r
 755                                  av.alignment.getWidth()-1);\r
 756           sg.addSequence(av.alignment.getSequenceAt(startseq), false);\r
 757         }\r
 758 \r
 759         fixedLeft = sg.getStartRes();\r
 760         fixedRight = sg.getEndRes();\r
 761 \r
 762         if (   (startres < fixedLeft && lastres >= fixedLeft)\r
 763             || (startres >= fixedLeft && lastres < fixedLeft)\r
 764             || (startres > fixedRight && lastres <=fixedRight)\r
 765             || (startres <= fixedRight && lastres > fixedRight))\r
 766         {\r
 767           endEditing();\r
 768           return;\r
 769         }\r
 770 \r
 771         if (fixedLeft > startres)\r
 772         {\r
 773           fixedRight = fixedLeft - 1;\r
 774           fixedLeft = 0;\r
 775         }\r
 776         else if (fixedRight < startres)\r
 777         {\r
 778           fixedLeft = fixedRight;\r
 779           fixedRight = -1;\r
 780         }\r
 781       }\r
 782 \r
 783 \r
 784       if(av.hasHiddenColumns )\r
 785       {\r
 786           fixedColumns = true;\r
 787           int y1 = av.getColumnSelection().getHiddenBoundaryLeft(startres);\r
 788           int y2 = av.getColumnSelection().getHiddenBoundaryRight(startres);\r
 789 \r
 790           if ( (insertGap && startres > y1 && lastres < y1)\r
 791               || (!insertGap && startres < y2 && lastres > y2))\r
 792           {\r
 793             endEditing();\r
 794             return;\r
 795           }\r
 796 \r
 797           //System.out.print(y1+" "+y2+" "+fixedLeft+" "+fixedRight+"~~");\r
 798           //Selection spans a hidden region\r
 799           if(fixedLeft<y1 && (fixedRight>y2 || fixedRight==-1))\r
 800           {\r
 801             if(startres>=y2)\r
 802             {\r
 803               fixedLeft = y2;\r
 804             }\r
 805             else\r
 806             {\r
 807              fixedRight = y2 - 1;\r
 808            }\r
 809           }\r
 810       }\r
 811 \r
 812 \r
 813       if (groupEditing)\r
 814       {\r
 815         // drag to right\r
 816         if (insertGap)\r
 817         {\r
 818             //If the user has selected the whole sequence, and is dragging to\r
 819             // the right, we can still extend the alignment and selectionGroup\r
 820             if(   sg.getStartRes() == 0\r
 821                   && sg.getEndRes() == fixedRight\r
 822                   && sg.getEndRes() == av.alignment.getWidth()-1\r
 823                )\r
 824             {\r
 825               sg.setEndRes(av.alignment.getWidth() + startres - lastres);\r
 826               fixedRight = sg.getEndRes();\r
 827             }\r
 828 \r
 829           // Is it valid with fixed columns??\r
 830           // Find the next gap before the end\r
 831           // of the visible region boundary\r
 832           boolean blank = false;\r
 833           for (fixedRight = fixedRight;\r
 834                fixedRight > lastres;\r
 835                fixedRight--)\r
 836           {\r
 837             blank = true;\r
 838             for (int s = 0; s < sg.getSize(true); s++)\r
 839             {\r
 840               seq = (SequenceI)sg.getSequences(true).elementAt(s);\r
 841               for (int j = 0; j < startres - lastres; j++)\r
 842               {\r
 843                 if (!jalview.util.Comparison.isGap(\r
 844                     seq.getCharAt(fixedRight - j)))\r
 845                 {\r
 846                   blank = false;\r
 847                   break;\r
 848                 }\r
 849               }\r
 850             }\r
 851             if (blank)\r
 852               break;\r
 853           }\r
 854 \r
 855           if (!blank)\r
 856           {\r
 857             if(sg.getSize(false) == av.alignment.getHeight()  )\r
 858             {\r
 859               if((av.hasHiddenColumns\r
 860                   && startres<av.getColumnSelection().getHiddenBoundaryRight(startres)))\r
 861               {\r
 862                 endEditing();\r
 863                 return;\r
 864               }\r
 865 \r
 866               int alWidth = av.alignment.getWidth();\r
 867               if(av.hasHiddenRows)\r
 868               {\r
 869                 int hwidth = av.alignment.getHiddenSequences().getWidth();\r
 870                 if(hwidth>alWidth)\r
 871                   alWidth = hwidth;\r
 872               }\r
 873               //We can still insert gaps if the selectionGroup\r
 874               //contains all the sequences\r
 875               sg.setEndRes(sg.getEndRes()+startres-lastres);\r
 876               fixedRight = alWidth+startres-lastres;\r
 877             }\r
 878             else\r
 879             {\r
 880               endEditing();\r
 881               return;\r
 882             }\r
 883           }\r
 884         }\r
 885 \r
 886 \r
 887         // drag to left\r
 888         else if(!insertGap)\r
 889         {\r
 890           /// Are we able to delete?\r
 891           // ie are all columns blank?\r
 892 \r
 893           for (int s = 0; s < sg.getSize(true); s++)\r
 894           {\r
 895             seq = (SequenceI)sg.getSequences(true).elementAt(s);\r
 896 \r
 897             for (int j = startres; j < lastres; j++)\r
 898             {\r
 899               if (seq.getSequence().length() <= j)\r
 900               {\r
 901                 continue;\r
 902               }\r
 903 \r
 904               if (!jalview.util.Comparison.isGap(\r
 905                   seq.getSequence().charAt(j)))\r
 906               {\r
 907                 // Not a gap, block edit not valid\r
 908                 endEditing();\r
 909                 return;\r
 910               }\r
 911             }\r
 912           }\r
 913         }\r
 914 \r
 915 \r
 916         for (int i = 0; i < sg.getSize(true); i++)\r
 917         {\r
 918           seq = (SequenceI) sg.getSequences(true).elementAt(i);\r
 919 \r
 920           if (insertGap)\r
 921           {\r
 922             // dragging to the right\r
 923             for (int j = lastres; j < startres; j++)\r
 924             {\r
 925               if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
 926               {\r
 927                 insertChar(j, seq, fixedRight);\r
 928               }\r
 929               else\r
 930                 insertChar(j, seq);\r
 931             }\r
 932           }\r
 933           else\r
 934           {\r
 935             // dragging to the left\r
 936             for (int j = lastres; j > startres; j--)\r
 937             {\r
 938               if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
 939               {\r
 940                 deleteChar(startres, seq, fixedRight);\r
 941               }\r
 942               else\r
 943               {\r
 944                 deleteChar(startres, seq);\r
 945               }\r
 946             }\r
 947           }\r
 948         }\r
 949       }\r
 950       else /////Editing a single sequence///////////\r
 951       {\r
 952         if (insertGap)\r
 953         {\r
 954           // dragging to the right\r
 955           for (int j = lastres; j < startres; j++)\r
 956           {\r
 957             if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
 958             {\r
 959                 insertChar(j, seq, fixedRight);\r
 960             }\r
 961             else\r
 962               insertChar(j, seq);\r
 963           }\r
 964         }\r
 965         else\r
 966         {\r
 967           // dragging to the left\r
 968           for (int j = lastres; j > startres; j--)\r
 969           {\r
 970             if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
 971             {\r
 972               deleteChar(startres, seq, fixedRight);\r
 973             }\r
 974             else\r
 975             {\r
 976               deleteChar(startres, seq);\r
 977             }\r
 978           }\r
 979         }\r
 980       }\r
 981 \r
 982       lastres = startres;\r
 983       seqCanvas.repaint();\r
 984   }\r
 985 \r
 986 \r
 987     /**\r
 988      * DOCUMENT ME!\r
 989      *\r
 990      * @param j DOCUMENT ME!\r
 991      * @param seq DOCUMENT ME!\r
 992      */\r
 993     void insertChar(int j, SequenceI seq)\r
 994     {\r
 995         seq.insertCharAt(j, av.getGapCharacter());\r
 996         seqEditOccurred = true;\r
 997    }\r
 998 \r
 999     void insertChar(int j, SequenceI seq, int fixedColumn)\r
1000     {\r
1001       //Find the next gap before the end of the visible region boundary\r
1002       //If lastCol > j, theres a boundary after the gap insertion\r
1003       int blankColumn = fixedColumn;\r
1004       for (blankColumn = fixedColumn; blankColumn > j; blankColumn--)\r
1005       {\r
1006         if (jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(blankColumn)))\r
1007         {\r
1008           //Theres a space, so break and insert the gap\r
1009           break;\r
1010         }\r
1011       }\r
1012 \r
1013       if (blankColumn <= j)\r
1014       {\r
1015         endEditing();\r
1016         return;\r
1017       }\r
1018 \r
1019       if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(blankColumn)))\r
1020       {\r
1021         //Just Checking\r
1022         System.out.println("Tried removing residue (INSERT)"+seq.getCharAt(fixedColumn));\r
1023         return;\r
1024       }\r
1025 \r
1026       seq.deleteCharAt(blankColumn);\r
1027       seq.insertCharAt(j, av.getGapCharacter());\r
1028       seqEditOccurred = true;\r
1029     }\r
1030 \r
1031     void deleteChar(int j, SequenceI seq, int fixedColumn)\r
1032     {\r
1033       if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(j)))\r
1034       {\r
1035         ap.alignFrame.statusBar.setText(\r
1036             "End editing: Tried removing residue " + seq.getCharAt(j));\r
1037         return;\r
1038       }\r
1039       seq.deleteCharAt(j);\r
1040       seq.insertCharAt(fixedColumn, av.getGapCharacter());\r
1041       seqEditOccurred = true;\r
1042     }\r
1043 \r
1044     /**\r
1045      * DOCUMENT ME!\r
1046      *\r
1047      * @param j DOCUMENT ME!\r
1048      * @param seq DOCUMENT ME!\r
1049      */\r
1050     void deleteChar(int j, SequenceI seq)\r
1051     {\r
1052       if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(j)))\r
1053       {\r
1054         ap.alignFrame.statusBar.setText(\r
1055             "End editing: Tried removing residue " + seq.getCharAt(j));\r
1056         return;\r
1057       }\r
1058 \r
1059         seq.deleteCharAt(j);\r
1060         seqEditOccurred = true;\r
1061         seqCanvas.repaint();\r
1062     }\r
1063 \r
1064     /**\r
1065      * DOCUMENT ME!\r
1066      *\r
1067      * @param i DOCUMENT ME!\r
1068      */\r
1069     void editOccurred()\r
1070     {\r
1071       if (!seqEditOccurred)\r
1072       {\r
1073         ap.alignFrame.historyList.pop();\r
1074         ap.alignFrame.updateEditMenuBar();\r
1075       }\r
1076 \r
1077       endEditing();\r
1078 \r
1079       av.firePropertyChange("alignment", null,av.getAlignment().getSequences());\r
1080 \r
1081     }\r
1082 \r
1083 //////////////////////////////////////////\r
1084 /////Everything below this is for defining the boundary of the rubberband\r
1085 //////////////////////////////////////////\r
1086   public void doMousePressedDefineMode(MouseEvent evt)\r
1087   {\r
1088 \r
1089 \r
1090     if (scrollThread != null)\r
1091     {\r
1092       scrollThread.running = false;\r
1093       scrollThread = null;\r
1094     }\r
1095 \r
1096     int res = findRes(evt);\r
1097     int seq = findSeq(evt);\r
1098     oldSeq = seq;\r
1099     startWrapBlock=wrappedBlock;\r
1100 \r
1101     if(seq==-1)\r
1102       return;\r
1103 \r
1104     SequenceI sequence = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
1105 \r
1106     if (sequence == null || res > sequence.getLength())\r
1107     {\r
1108       return;\r
1109     }\r
1110 \r
1111     stretchGroup = av.getSelectionGroup();\r
1112 \r
1113     if (stretchGroup == null)\r
1114     {\r
1115       stretchGroup = av.alignment.findGroup(sequence);\r
1116       if (stretchGroup != null && res > stretchGroup.getStartRes() &&\r
1117           res < stretchGroup.getEndRes())\r
1118       {\r
1119         av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
1120       }\r
1121       else\r
1122       {\r
1123         stretchGroup = null;\r
1124       }\r
1125     }\r
1126 \r
1127     else if (!stretchGroup.getSequences(false).contains(sequence)\r
1128              || stretchGroup.getStartRes() > res\r
1129              || stretchGroup.getEndRes() < res)\r
1130     {\r
1131       stretchGroup = null;\r
1132 \r
1133       SequenceGroup[] allGroups = av.alignment.findAllGroups(sequence);\r
1134 \r
1135       if (allGroups != null)\r
1136       {\r
1137         for (int i = 0; i < allGroups.length; i++)\r
1138         {\r
1139           if (allGroups[i].getStartRes() <= res &&\r
1140               allGroups[i].getEndRes() >= res)\r
1141           {\r
1142             stretchGroup = allGroups[i];\r
1143             break;\r
1144           }\r
1145         }\r
1146       }\r
1147       av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
1148     }\r
1149 \r
1150 \r
1151     // DETECT RIGHT MOUSE BUTTON IN AWT\r
1152     if ( (evt.getModifiers() & InputEvent.BUTTON3_MASK) ==\r
1153              InputEvent.BUTTON3_MASK)\r
1154     {\r
1155       Vector allFeatures = getAllFeaturesAtRes(sequence,\r
1156                                                sequence.findPosition(res));\r
1157 \r
1158       Vector links = null;\r
1159       if(allFeatures!=null)\r
1160       {\r
1161         for (int i = 0; i < allFeatures.size(); i++)\r
1162         {\r
1163           SequenceFeature sf = (SequenceFeature) allFeatures.elementAt(i);\r
1164           if (sf.links != null)\r
1165           {\r
1166             links = new Vector();\r
1167             for (int j = 0; j < sf.links.size(); j++)\r
1168             {\r
1169               links.addElement(sf.links.elementAt(j));\r
1170             }\r
1171           }\r
1172         }\r
1173       }\r
1174       APopupMenu popup = new APopupMenu(ap, null, links);\r
1175       this.add(popup);\r
1176       popup.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
1177       ap.repaint();\r
1178       return;\r
1179     }\r
1180 \r
1181     if (av.cursorMode)\r
1182     {\r
1183       seqCanvas.cursorX = findRes(evt);\r
1184       seqCanvas.cursorY = findSeq(evt);\r
1185       seqCanvas.repaint();\r
1186       return;\r
1187     }\r
1188 \r
1189       //Only if left mouse button do we want to change group sizes\r
1190 \r
1191       if (stretchGroup == null)\r
1192       {\r
1193         // define a new group here\r
1194         SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
1195         sg.setStartRes(res);\r
1196         sg.setEndRes(res);\r
1197         sg.addSequence(sequence, false);\r
1198         av.setSelectionGroup(sg);\r
1199         stretchGroup = sg;\r
1200 \r
1201         if (av.getConservationSelected())\r
1202         {\r
1203           SliderPanel.setConservationSlider(ap, av.getGlobalColourScheme(),\r
1204                                             "Background");\r
1205         }\r
1206         if (av.getAbovePIDThreshold())\r
1207         {\r
1208           SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, av.getGlobalColourScheme(),\r
1209                                          "Background");\r
1210         }\r
1211 \r
1212       }\r
1213   }\r
1214 \r
1215   public void doMouseReleasedDefineMode(MouseEvent evt)\r
1216   {\r
1217     if (stretchGroup == null)\r
1218     {\r
1219         return;\r
1220     }\r
1221 \r
1222     if(stretchGroup.cs!=null)\r
1223     {\r
1224       if (stretchGroup.cs instanceof ClustalxColourScheme)\r
1225       {\r
1226         ( (ClustalxColourScheme) stretchGroup.cs).resetClustalX(\r
1227             stretchGroup.getSequences(true),\r
1228             stretchGroup.getWidth());\r
1229       }\r
1230 \r
1231       if (stretchGroup.cs.conservationApplied())\r
1232       {\r
1233         SliderPanel.setConservationSlider(ap, stretchGroup.cs,\r
1234                                           stretchGroup.getName());\r
1235         stretchGroup.recalcConservation();\r
1236       }\r
1237       else\r
1238       {\r
1239         SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, stretchGroup.cs,\r
1240                                        stretchGroup.getName());\r
1241       }\r
1242     }\r
1243     changeEndRes = false;\r
1244     changeStartRes = false;\r
1245     stretchGroup = null;\r
1246     PaintRefresher.Refresh(av.alignment);\r
1247     ap.repaint();\r
1248   }\r
1249 \r
1250   public void doMouseDraggedDefineMode(MouseEvent evt)\r
1251   {\r
1252     int res = findRes(evt);\r
1253     int y = findSeq(evt);\r
1254 \r
1255     if(wrappedBlock!=startWrapBlock)\r
1256       return;\r
1257 \r
1258      if (stretchGroup == null)\r
1259      {\r
1260           return;\r
1261      }\r
1262 \r
1263      mouseDragging = true;\r
1264 \r
1265 \r
1266       if(y > av.alignment.getHeight())\r
1267       {\r
1268         y = av.alignment.getHeight() -1;\r
1269       }\r
1270 \r
1271       if(res>av.alignment.getWidth())\r
1272         res = av.alignment.getWidth()-1;\r
1273 \r
1274       if (stretchGroup.getEndRes() == res)\r
1275       {\r
1276           // Edit end res position of selected group\r
1277           changeEndRes = true;\r
1278       }\r
1279       else if (stretchGroup.getStartRes() == res)\r
1280       {\r
1281           // Edit start res position of selected group\r
1282           changeStartRes = true;\r
1283       }\r
1284 \r
1285       if (res < 0)\r
1286       {\r
1287           res = 0;\r
1288       }\r
1289 \r
1290       if (changeEndRes)\r
1291       {\r
1292           if (res > (stretchGroup.getStartRes() - 1))\r
1293           {\r
1294               stretchGroup.setEndRes(res);\r
1295           }\r
1296       }\r
1297       else if (changeStartRes)\r
1298       {\r
1299           if (res < (stretchGroup.getEndRes() + 1))\r
1300           {\r
1301               stretchGroup.setStartRes(res);\r
1302           }\r
1303       }\r
1304 \r
1305       int dragDirection = 0;\r
1306 \r
1307       if (y > oldSeq)\r
1308       {\r
1309           dragDirection = 1;\r
1310       }\r
1311       else if (y < oldSeq)\r
1312       {\r
1313           dragDirection = -1;\r
1314       }\r
1315 \r
1316 \r
1317       while ((y != oldSeq) && (oldSeq > -1) && (y < av.alignment.getHeight()))\r
1318       {\r
1319           // This routine ensures we don't skip any sequences, as the\r
1320           // selection is quite slow.\r
1321           Sequence seq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
1322 \r
1323           oldSeq += dragDirection;\r
1324 \r
1325           if(oldSeq<0)\r
1326             break;\r
1327 \r
1328           Sequence nextSeq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
1329 \r
1330           if (stretchGroup.getSequences(false).contains(nextSeq))\r
1331           {\r
1332               stretchGroup.deleteSequence(seq, false);\r
1333           }\r
1334           else\r
1335           {\r
1336               if (seq != null)\r
1337               {\r
1338                   stretchGroup.addSequence(seq, false);\r
1339               }\r
1340 \r
1341               stretchGroup.addSequence(nextSeq, false);\r
1342           }\r
1343       }\r
1344 \r
1345       if(oldSeq < 0)\r
1346         oldSeq = -1;\r
1347 \r
1348 \r
1349       if(res>av.endRes || res<av.startRes\r
1350           || y<av.startSeq || y>av.endSeq)\r
1351       {\r
1352         mouseExited(evt);\r
1353       }\r
1354 \r
1355       if (scrollThread != null)\r
1356       {\r
1357         scrollThread.setEvent(evt);\r
1358       }\r
1359 \r
1360       seqCanvas.repaint();\r
1361     }\r
1362 \r
1363     public void mouseEntered(MouseEvent e)\r
1364     {\r
1365       if (oldSeq < 0)\r
1366         oldSeq = 0;\r
1367 \r
1368       if (scrollThread != null)\r
1369       {\r
1370         scrollThread.running = false;\r
1371         scrollThread = null;\r
1372       }\r
1373     }\r
1374 \r
1375   public void mouseExited(MouseEvent e)\r
1376   {\r
1377     if (av.getWrapAlignment())\r
1378     {\r
1379       return;\r
1380     }\r
1381 \r
1382     if (mouseDragging && scrollThread==null)\r
1383     {\r
1384       scrollThread = new ScrollThread();\r
1385     }\r
1386   }\r
1387 \r
1388   void scrollCanvas(MouseEvent evt)\r
1389   {\r
1390     if(evt==null)\r
1391     {\r
1392       if(scrollThread!=null)\r
1393       {\r
1394         scrollThread.running = false;\r
1395         scrollThread = null;\r
1396       }\r
1397       mouseDragging = false;\r
1398     }\r
1399     else\r
1400     {\r
1401       if (scrollThread == null)\r
1402         scrollThread = new ScrollThread();\r
1403 \r
1404       mouseDragging = true;\r
1405       scrollThread.setEvent(evt);\r
1406     }\r
1407 \r
1408     }\r
1409 \r
1410   // this class allows scrolling off the bottom of the visible alignment\r
1411   class ScrollThread\r
1412       extends Thread\r
1413   {\r
1414     MouseEvent evt;\r
1415     boolean running = false;\r
1416     public ScrollThread()\r
1417     {\r
1418       start();\r
1419     }\r
1420 \r
1421     public void setEvent(MouseEvent e)\r
1422     {\r
1423       evt = e;\r
1424     }\r
1425 \r
1426     public void stopScrolling()\r
1427     {\r
1428       running = false;\r
1429     }\r
1430 \r
1431     public void run()\r
1432     {\r
1433       running = true;\r
1434       while (running)\r
1435       {\r
1436 \r
1437         if (evt != null)\r
1438         {\r
1439 \r
1440           if (mouseDragging && evt.getY() < 0 && av.getStartSeq() > 0)\r
1441           {\r
1442             running = ap.scrollUp(true);\r
1443           }\r
1444 \r
1445           if (mouseDragging && evt.getY() >= getSize().height &&\r
1446               av.alignment.getHeight() > av.getEndSeq())\r
1447           {\r
1448             running = ap.scrollUp(false);\r
1449           }\r
1450 \r
1451           if (mouseDragging && evt.getX() < 0)\r
1452           {\r
1453             running = ap.scrollRight(false);\r
1454           }\r
1455 \r
1456           else if (mouseDragging && evt.getX() >= getSize().width)\r
1457           {\r
1458             running = ap.scrollRight(true);\r
1459           }\r
1460         }\r
1461 \r
1462         try\r
1463         {\r
1464           Thread.sleep(75);\r
1465         }\r
1466         catch (Exception ex)\r
1467         {}\r
1468       }\r
1469     }\r
1470   }\r
1471 \r
1472 }\r