src/jalview/appletgui/SeqPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.appletgui;
  22
  23 import jalview.api.AlignViewportI;
  24 import jalview.commands.EditCommand;
  25 import jalview.commands.EditCommand.Action;
  26 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  27 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  28 import jalview.datamodel.SearchResults;
  29 import jalview.datamodel.SearchResults.Match;
  30 import jalview.datamodel.Sequence;
  31 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  32 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  33 import jalview.datamodel.SequenceI;
  34 import jalview.schemes.ResidueProperties;
  35 import jalview.structure.SelectionListener;
  36 import jalview.structure.SelectionSource;
  37 import jalview.structure.SequenceListener;
  38 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  39 import jalview.structure.VamsasSource;
  40 import jalview.util.MappingUtils;
  41 import jalview.util.MessageManager;
  42 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  43
  44 import java.awt.BorderLayout;
  45 import java.awt.Font;
  46 import java.awt.FontMetrics;
  47 import java.awt.Panel;
  48 import java.awt.Point;
  49 import java.awt.event.InputEvent;
  50 import java.awt.event.MouseEvent;
  51 import java.awt.event.MouseListener;
  52 import java.awt.event.MouseMotionListener;
  53 import java.util.Vector;
  54
  55 public class SeqPanel extends Panel implements MouseMotionListener,
  56         MouseListener, SequenceListener, SelectionListener
  57 {
  58
  59   public SeqCanvas seqCanvas;
  60
  61   public AlignmentPanel ap;
  62
  63   protected int lastres;
  64
  65   protected int startseq;
  66
  67   protected AlignViewport av;
  68
  69   // if character is inserted or deleted, we will need to recalculate the
  70   // conservation
  71   boolean seqEditOccurred = false;
  72
  73   ScrollThread scrollThread = null;
  74
  75   boolean mouseDragging = false;
  76
  77   boolean editingSeqs = false;
  78
  79   boolean groupEditing = false;
  80
  81   int oldSeq = -1;
  82
  83   boolean changeEndSeq = false;
  84
  85   boolean changeStartSeq = false;
  86
  87   boolean changeEndRes = false;
  88
  89   boolean changeStartRes = false;
  90
  91   SequenceGroup stretchGroup = null;
  92
  93   StringBuffer keyboardNo1;
  94
  95   StringBuffer keyboardNo2;
  96
  97   boolean mouseWheelPressed = false;
  98
  99   Point lastMousePress;
 100
 101   EditCommand editCommand;
 102
 103   StructureSelectionManager ssm;
 104
 105   public SeqPanel(AlignViewport avp, AlignmentPanel p)
 106   {
 107     this.av = avp;
 108
 109     seqCanvas = new SeqCanvas(avp);
 110     setLayout(new BorderLayout());
 111     add(seqCanvas);
 112
 113     ap = p;
 114
 115     seqCanvas.addMouseMotionListener(this);
 116     seqCanvas.addMouseListener(this);
 117     ssm = StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager(av.applet);
 118     ssm.addStructureViewerListener(this);
 119     ssm.addSelectionListener(this);
 120
 121     seqCanvas.repaint();
 122   }
 123
 124   void endEditing()
 125   {
 126     if (editCommand != null && editCommand.getSize() > 0)
 127     {
 128       ap.alignFrame.addHistoryItem(editCommand);
 129       av.firePropertyChange("alignment", null, av.getAlignment()
 130               .getSequences());
 131     }
 132
 133     startseq = -1;
 134     lastres = -1;
 135     editingSeqs = false;
 136     groupEditing = false;
 137     keyboardNo1 = null;
 138     keyboardNo2 = null;
 139     editCommand = null;
 140   }
 141
 142   void setCursorRow()
 143   {
 144     seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo1() - 1;
 145     scrollToVisible();
 146   }
 147
 148   void setCursorColumn()
 149   {
 150     seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo1() - 1;
 151     scrollToVisible();
 152   }
 153
 154   void setCursorRowAndColumn()
 155   {
 156     if (keyboardNo2 == null)
 157     {
 158       keyboardNo2 = new StringBuffer();
 159     }
 160     else
 161     {
 162       seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo1() - 1;
 163       seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo2() - 1;
 164       scrollToVisible();
 165     }
 166   }
 167
 168   void setCursorPosition()
 169   {
 170     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY);
 171
 172     seqCanvas.cursorX = sequence.findIndex(getKeyboardNo1()) - 1;
 173     scrollToVisible();
 174   }
 175
 176   void moveCursor(int dx, int dy)
 177   {
 178     seqCanvas.cursorX += dx;
 179     seqCanvas.cursorY += dy;
 180     if (av.hasHiddenColumns()
 181             && !av.getColumnSelection().isVisible(seqCanvas.cursorX))
 182     {
 183       int original = seqCanvas.cursorX - dx;
 184       int maxWidth = av.getAlignment().getWidth();
 185
 186       while (!av.getColumnSelection().isVisible(seqCanvas.cursorX)
 187               && seqCanvas.cursorX < maxWidth && seqCanvas.cursorX > 0)
 188       {
 189         seqCanvas.cursorX += dx;
 190       }
 191
 192       if (seqCanvas.cursorX >= maxWidth
 193               || !av.getColumnSelection().isVisible(seqCanvas.cursorX))
 194       {
 195         seqCanvas.cursorX = original;
 196       }
 197     }
 198     scrollToVisible();
 199   }
 200
 201   void scrollToVisible()
 202   {
 203     if (seqCanvas.cursorX < 0)
 204     {
 205       seqCanvas.cursorX = 0;
 206     }
 207     else if (seqCanvas.cursorX > av.getAlignment().getWidth() - 1)
 208     {
 209       seqCanvas.cursorX = av.getAlignment().getWidth() - 1;
 210     }
 211
 212     if (seqCanvas.cursorY < 0)
 213     {
 214       seqCanvas.cursorY = 0;
 215     }
 216     else if (seqCanvas.cursorY > av.getAlignment().getHeight() - 1)
 217     {
 218       seqCanvas.cursorY = av.getAlignment().getHeight() - 1;
 219     }
 220
 221     endEditing();
 222     if (av.getWrapAlignment())
 223     {
 224       ap.scrollToWrappedVisible(seqCanvas.cursorX);
 225     }
 226     else
 227     {
 228       while (seqCanvas.cursorY < av.startSeq)
 229       {
 230         ap.scrollUp(true);
 231       }
 232       while (seqCanvas.cursorY + 1 > av.endSeq)
 233       {
 234         ap.scrollUp(false);
 235       }
 236       while (seqCanvas.cursorX < av.getColumnSelection()
 237               .adjustForHiddenColumns(av.startRes))
 238       {
 239
 240         if (!ap.scrollRight(false))
 241         {
 242           break;
 243         }
 244       }
 245       while (seqCanvas.cursorX > av.getColumnSelection()
 246               .adjustForHiddenColumns(av.endRes))
 247       {
 248         if (!ap.scrollRight(true))
 249         {
 250           break;
 251         }
 252       }
 253     }
 254     setStatusMessage(av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY),
 255             seqCanvas.cursorX, seqCanvas.cursorY);
 256
 257     seqCanvas.repaint();
 258   }
 259
 260   void setSelectionAreaAtCursor(boolean topLeft)
 261   {
 262     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY);
 263
 264     if (av.getSelectionGroup() != null)
 265     {
 266       SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();
 267       // Find the top and bottom of this group
 268       int min = av.getAlignment().getHeight(), max = 0;
 269       for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)
 270       {
 271         int index = av.getAlignment().findIndex(sg.getSequenceAt(i));
 272         if (index > max)
 273         {
 274           max = index;
 275         }
 276         if (index < min)
 277         {
 278           min = index;
 279         }
 280       }
 281
 282       max++;
 283
 284       if (topLeft)
 285       {
 286         sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);
 287         if (sg.getEndRes() < seqCanvas.cursorX)
 288         {
 289           sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);
 290         }
 291
 292         min = seqCanvas.cursorY;
 293       }
 294       else
 295       {
 296         sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);
 297         if (sg.getStartRes() > seqCanvas.cursorX)
 298         {
 299           sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);
 300         }
 301
 302         max = seqCanvas.cursorY + 1;
 303       }
 304
 305       if (min > max)
 306       {
 307         // Only the user can do this
 308         av.setSelectionGroup(null);
 309       }
 310       else
 311       {
 312         // Now add any sequences between min and max
 313         sg.clear();
 314         for (int i = min; i < max; i++)
 315         {
 316           sg.addSequence(av.getAlignment().getSequenceAt(i), false);
 317         }
 318       }
 319     }
 320
 321     if (av.getSelectionGroup() == null)
 322     {
 323       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 324       sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);
 325       sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);
 326       sg.addSequence(sequence, false);
 327       av.setSelectionGroup(sg);
 328     }
 329     ap.paintAlignment(false);
 330     av.sendSelection();
 331   }
 332
 333   void insertGapAtCursor(boolean group)
 334   {
 335     groupEditing = group;
 336     startseq = seqCanvas.cursorY;
 337     lastres = seqCanvas.cursorX;
 338     editSequence(true, seqCanvas.cursorX + getKeyboardNo1());
 339     endEditing();
 340   }
 341
 342   void deleteGapAtCursor(boolean group)
 343   {
 344     groupEditing = group;
 345     startseq = seqCanvas.cursorY;
 346     lastres = seqCanvas.cursorX + getKeyboardNo1();
 347     editSequence(false, seqCanvas.cursorX);
 348     endEditing();
 349   }
 350
 351   void numberPressed(char value)
 352   {
 353     if (keyboardNo1 == null)
 354     {
 355       keyboardNo1 = new StringBuffer();
 356     }
 357
 358     if (keyboardNo2 != null)
 359     {
 360       keyboardNo2.append(value);
 361     }
 362     else
 363     {
 364       keyboardNo1.append(value);
 365     }
 366   }
 367
 368   int getKeyboardNo1()
 369   {
 370     try
 371     {
 372       if (keyboardNo1 != null)
 373       {
 374         int value = Integer.parseInt(keyboardNo1.toString());
 375         keyboardNo1 = null;
 376         return value;
 377       }
 378     } catch (Exception x)
 379     {
 380     }
 381     keyboardNo1 = null;
 382     return 1;
 383   }
 384
 385   int getKeyboardNo2()
 386   {
 387     try
 388     {
 389       if (keyboardNo2 != null)
 390       {
 391         int value = Integer.parseInt(keyboardNo2.toString());
 392         keyboardNo2 = null;
 393         return value;
 394       }
 395     } catch (Exception x)
 396     {
 397     }
 398     keyboardNo2 = null;
 399     return 1;
 400   }
 401
 402   /**
 403    * Set status message in alignment panel
 404    *
 405    * @param sequence
 406    *          aligned sequence object
 407    * @param res
 408    *          alignment column
 409    * @param seq
 410    *          index of sequence in alignment
 411    * @return position of res in sequence
 412    */
 413   void setStatusMessage(SequenceI sequence, int res, int seq)
 414   {
 415     // TODO remove duplication of identical gui method
 416     StringBuilder text = new StringBuilder(32);
 417     String seqno = seq == -1 ? "" : " " + (seq + 1);
 418     text.append("Sequence" + seqno + " ID: " + sequence.getName());
 419
 420     String residue = null;
 421     /*
 422      * Try to translate the display character to residue name (null for gap).
 423      */
 424     final String displayChar = String.valueOf(sequence.getCharAt(res));
 425     if (av.getAlignment().isNucleotide())
 426     {
 427       residue = ResidueProperties.nucleotideName.get(displayChar);
 428       if (residue != null)
 429       {
 430         text.append(" Nucleotide: ").append(residue);
 431       }
 432     }
 433     else
 434     {
 435       residue = "X".equalsIgnoreCase(displayChar) ? "X" : ("*"
 436               .equals(displayChar) ? "STOP" : ResidueProperties.aa2Triplet
 437               .get(displayChar));
 438       if (residue != null)
 439       {
 440         text.append(" Residue: ").append(residue);
 441       }
 442     }
 443
 444     int pos = -1;
 445     if (residue != null)
 446     {
 447       pos = sequence.findPosition(res);
 448       text.append(" (").append(Integer.toString(pos)).append(")");
 449     }
 450
 451     ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());
 452   }
 453
 454   /**
 455    * Set the status bar message to highlight the first matched position in
 456    * search results.
 457    *
 458    * @param results
 459    * @return true if results were matched, false if not
 460    */
 461   private boolean setStatusMessage(SearchResults results)
 462   {
 463     AlignmentI al = this.av.getAlignment();
 464     int sequenceIndex = al.findIndex(results);
 465     if (sequenceIndex == -1)
 466     {
 467       return false;
 468     }
 469     SequenceI ds = al.getSequenceAt(sequenceIndex).getDatasetSequence();
 470     for (Match m : results.getResults())
 471     {
 472       SequenceI seq = m.getSequence();
 473       if (seq.getDatasetSequence() != null)
 474       {
 475         seq = seq.getDatasetSequence();
 476       }
 477
 478       if (seq == ds)
 479       {
 480         /*
 481          * Convert position in sequence (base 1) to sequence character array
 482          * index (base 0)
 483          */
 484         int start = m.getStart() - m.getSequence().getStart();
 485         setStatusMessage(seq, start, sequenceIndex);
 486         return true;
 487       }
 488     }
 489     return false;
 490   }
 491
 492   @Override
 493   public void mousePressed(MouseEvent evt)
 494   {
 495     lastMousePress = evt.getPoint();
 496
 497     // For now, ignore the mouseWheel font resizing on Macs
 498     // As the Button2_mask always seems to be true
 499     if ((evt.getModifiers() & InputEvent.BUTTON2_MASK) == InputEvent.BUTTON2_MASK
 500             && !av.MAC)
 501     {
 502       mouseWheelPressed = true;
 503       return;
 504     }
 505
 506     if (evt.isShiftDown() || evt.isControlDown() || evt.isAltDown())
 507     {
 508       if (evt.isControlDown() || evt.isAltDown())
 509       {
 510         groupEditing = true;
 511       }
 512       editingSeqs = true;
 513     }
 514     else
 515     {
 516       doMousePressedDefineMode(evt);
 517       return;
 518     }
 519
 520     int seq = findSeq(evt);
 521     int res = findRes(evt);
 522
 523     if (seq < 0 || res < 0)
 524     {
 525       return;
 526     }
 527
 528     if ((seq < av.getAlignment().getHeight())
 529             && (res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength()))
 530     {
 531       startseq = seq;
 532       lastres = res;
 533     }
 534     else
 535     {
 536       startseq = -1;
 537       lastres = -1;
 538     }
 539
 540     return;
 541   }
 542
 543   @Override
 544   public void mouseClicked(MouseEvent evt)
 545   {
 546     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(findSeq(evt));
 547     if (evt.getClickCount() > 1)
 548     {
 549       if (av.getSelectionGroup() != null
 550               && av.getSelectionGroup().getSize() == 1
 551               && av.getSelectionGroup().getEndRes()
 552                       - av.getSelectionGroup().getStartRes() < 2)
 553       {
 554         av.setSelectionGroup(null);
 555       }
 556
 557       SequenceFeature[] features = findFeaturesAtRes(sequence,
 558               sequence.findPosition(findRes(evt)));
 559
 560       if (features != null && features.length > 0)
 561       {
 562         SearchResults highlight = new SearchResults();
 563         highlight.addResult(sequence, features[0].getBegin(),
 564                 features[0].getEnd());
 565         seqCanvas.highlightSearchResults(highlight);
 566       }
 567       if (features != null && features.length > 0)
 568       {
 569         seqCanvas.getFeatureRenderer().amendFeatures(
 570                 new SequenceI[] { sequence }, features, false, ap);
 571
 572         seqCanvas.highlightSearchResults(null);
 573       }
 574     }
 575   }
 576
 577   @Override
 578   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 579   {
 580     mouseDragging = false;
 581     mouseWheelPressed = false;
 582     ap.paintAlignment(true);
 583
 584     if (!editingSeqs)
 585     {
 586       doMouseReleasedDefineMode(evt);
 587       return;
 588     }
 589
 590     endEditing();
 591
 592   }
 593
 594   int startWrapBlock = -1;
 595
 596   int wrappedBlock = -1;
 597
 598   int findRes(MouseEvent evt)
 599   {
 600     int res = 0;
 601     int x = evt.getX();
 602
 603     if (av.getWrapAlignment())
 604     {
 605
 606       int hgap = av.getCharHeight();
 607       if (av.getScaleAboveWrapped())
 608       {
 609         hgap += av.getCharHeight();
 610       }
 611
 612       int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.getCharHeight()
 613               + hgap + seqCanvas.getAnnotationHeight();
 614
 615       int y = evt.getY();
 616       y -= hgap;
 617       x -= seqCanvas.LABEL_WEST;
 618
 619       int cwidth = seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(getSize().width);
 620       if (cwidth < 1)
 621       {
 622         return 0;
 623       }
 624
 625       wrappedBlock = y / cHeight;
 626       wrappedBlock += av.getStartRes() / cwidth;
 627
 628       res = wrappedBlock * cwidth + x / av.getCharWidth();
 629
 630     }
 631     else
 632     {
 633       res = (x / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();
 634     }
 635
 636     if (av.hasHiddenColumns())
 637     {
 638       res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);
 639     }
 640
 641     return res;
 642
 643   }
 644
 645   int findSeq(MouseEvent evt)
 646   {
 647     final int sqnum = findAlRow(evt);
 648     return (sqnum < 0) ? 0 : sqnum;
 649   }
 650
 651   /**
 652    *
 653    * @param evt
 654    * @return row in alignment that was selected (or -1 for column selection)
 655    */
 656   private int findAlRow(MouseEvent evt)
 657   {
 658     int seq = 0;
 659     int y = evt.getY();
 660
 661     if (av.getWrapAlignment())
 662     {
 663       int hgap = av.getCharHeight();
 664       if (av.getScaleAboveWrapped())
 665       {
 666         hgap += av.getCharHeight();
 667       }
 668
 669       int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.getCharHeight()
 670               + hgap + seqCanvas.getAnnotationHeight();
 671
 672       y -= hgap;
 673
 674       seq = Math.min((y % cHeight) / av.getCharHeight(), av.getAlignment()
 675               .getHeight() - 1);
 676       if (seq < 0)
 677       {
 678         seq = -1;
 679       }
 680     }
 681     else
 682     {
 683       seq = Math.min((y / av.getCharHeight()) + av.getStartSeq(), av
 684               .getAlignment().getHeight() - 1);
 685       if (seq < 0)
 686       {
 687         seq = -1;
 688       }
 689     }
 690
 691     return seq;
 692   }
 693
 694   public void doMousePressed(MouseEvent evt)
 695   {
 696
 697     int seq = findSeq(evt);
 698     int res = findRes(evt);
 699
 700     if (seq < av.getAlignment().getHeight()
 701             && res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength())
 702     {
 703       // char resstr = align.getSequenceAt(seq).getSequence().charAt(res);
 704       // Find the residue's position in the sequence (res is the position
 705       // in the alignment
 706
 707       startseq = seq;
 708       lastres = res;
 709     }
 710     else
 711     {
 712       startseq = -1;
 713       lastres = -1;
 714     }
 715
 716     return;
 717   }
 718
 719   String lastMessage;
 720
 721   @Override
 722   public void mouseOverSequence(SequenceI sequence, int index, int pos)
 723   {
 724     String tmp = sequence.hashCode() + index + "";
 725     if (lastMessage == null || !lastMessage.equals(tmp))
 726     {
 727       ssm.mouseOverSequence(sequence, index, pos, av);
 728     }
 729
 730     lastMessage = tmp;
 731   }
 732
 733   @Override
 734   public void highlightSequence(SearchResults results)
 735   {
 736     if (av.isFollowHighlight())
 737     {
 738       if (ap.scrollToPosition(results, true))
 739       {
 740         ap.alignFrame.repaint();
 741       }
 742     }
 743     setStatusMessage(results);
 744     seqCanvas.highlightSearchResults(results);
 745
 746   }
 747
 748   @Override
 749   public VamsasSource getVamsasSource()
 750   {
 751     return this.ap == null ? null : this.ap.av;
 752   }
 753
 754   @Override
 755   public void updateColours(SequenceI seq, int index)
 756   {
 757     System.out.println("update the seqPanel colours");
 758     // repaint();
 759   }
 760
 761   @Override
 762   public void mouseMoved(MouseEvent evt)
 763   {
 764     int res = findRes(evt);
 765     int seq = findSeq(evt);
 766
 767     if (seq >= av.getAlignment().getHeight() || seq < 0 || res < 0)
 768     {
 769       if (tooltip != null)
 770       {
 771         tooltip.setTip("");
 772       }
 773       return;
 774     }
 775
 776     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);
 777     if (res > sequence.getLength())
 778     {
 779       if (tooltip != null)
 780       {
 781         tooltip.setTip("");
 782       }
 783       return;
 784     }
 785
 786     int respos = sequence.findPosition(res);
 787     if (ssm != null)
 788     {
 789       mouseOverSequence(sequence, res, respos);
 790     }
 791
 792     StringBuilder text = new StringBuilder();
 793     text.append("Sequence ").append(Integer.toString(seq + 1))
 794             .append(" ID: ").append(sequence.getName());
 795
 796     String obj = null;
 797     final String ch = String.valueOf(sequence.getCharAt(res));
 798     if (av.getAlignment().isNucleotide())
 799     {
 800       obj = ResidueProperties.nucleotideName.get(ch);
 801       if (obj != null)
 802       {
 803         text.append(" Nucleotide: ").append(obj);
 804       }
 805     }
 806     else
 807     {
 808       obj = "X".equalsIgnoreCase(ch) ? "X" : ResidueProperties.aa2Triplet
 809               .get(ch);
 810       if (obj != null)
 811       {
 812         text.append(" Residue: ").append(obj);
 813       }
 814     }
 815
 816     if (obj != null)
 817     {
 818       text.append(" (").append(Integer.toString(respos)).append(")");
 819     }
 820
 821     ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());
 822
 823     StringBuilder tooltipText = new StringBuilder();
 824     SequenceGroup[] groups = av.getAlignment().findAllGroups(sequence);
 825     if (groups != null)
 826     {
 827       for (int g = 0; g < groups.length; g++)
 828       {
 829         if (groups[g].getStartRes() <= res && groups[g].getEndRes() >= res)
 830         {
 831           if (!groups[g].getName().startsWith("JTreeGroup")
 832                   && !groups[g].getName().startsWith("JGroup"))
 833           {
 834             tooltipText.append(groups[g].getName()).append(" ");
 835           }
 836           if (groups[g].getDescription() != null)
 837           {
 838             tooltipText.append(groups[g].getDescription());
 839           }
 840           tooltipText.append("\n");
 841         }
 842       }
 843     }
 844
 845     // use aa to see if the mouse pointer is on a
 846     SequenceFeature[] allFeatures = findFeaturesAtRes(sequence,
 847             sequence.findPosition(res));
 848
 849     int index = 0;
 850     while (index < allFeatures.length)
 851     {
 852       SequenceFeature sf = allFeatures[index];
 853
 854       tooltipText.append(sf.getType() + " " + sf.begin + ":" + sf.end);
 855
 856       if (sf.getDescription() != null)
 857       {
 858         tooltipText.append(" " + sf.getDescription());
 859       }
 860
 861       if (sf.getValue("status") != null)
 862       {
 863         String status = sf.getValue("status").toString();
 864         if (status.length() > 0)
 865         {
 866           tooltipText.append(" (" + sf.getValue("status") + ")");
 867         }
 868       }
 869       tooltipText.append("\n");
 870
 871       index++;
 872     }
 873
 874     if (tooltip == null)
 875     {
 876       tooltip = new Tooltip(tooltipText.toString(), seqCanvas);
 877     }
 878     else
 879     {
 880       tooltip.setTip(tooltipText.toString());
 881     }
 882   }
 883
 884   SequenceFeature[] findFeaturesAtRes(SequenceI sequence, int res)
 885   {
 886     Vector tmp = new Vector();
 887     SequenceFeature[] features = sequence.getSequenceFeatures();
 888     if (features != null)
 889     {
 890       for (int i = 0; i < features.length; i++)
 891       {
 892         if (av.getFeaturesDisplayed() == null
 893                 || !av.getFeaturesDisplayed().isVisible(
 894                         features[i].getType()))
 895         {
 896           continue;
 897         }
 898
 899         if (features[i].featureGroup != null
 900                 && !seqCanvas.fr.checkGroupVisibility(
 901                         features[i].featureGroup, false))
 902         {
 903           continue;
 904         }
 905
 906         if ((features[i].getBegin() <= res)
 907                 && (features[i].getEnd() >= res))
 908         {
 909           tmp.addElement(features[i]);
 910         }
 911       }
 912     }
 913
 914     features = new SequenceFeature[tmp.size()];
 915     tmp.copyInto(features);
 916
 917     return features;
 918   }
 919
 920   Tooltip tooltip;
 921
 922   /**
 923    * set when the current UI interaction has resulted in a change that requires
 924    * overview shading to be recalculated. this could be changed to something
 925    * more expressive that indicates what actually has changed, so selective
 926    * redraws can be applied
 927    */
 928   private boolean needOverviewUpdate; // TODO: refactor to avcontroller
 929
 930   /**
 931    * set if av.getSelectionGroup() refers to a group that is defined on the
 932    * alignment view, rather than a transient selection
 933    */
 934   private boolean editingDefinedGroup = false; // TODO: refactor to avcontroller
 935                                                // or viewModel
 936
 937   @Override
 938   public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 939   {
 940     if (mouseWheelPressed)
 941     {
 942       int oldWidth = av.getCharWidth();
 943
 944       // Which is bigger, left-right or up-down?
 945       if (Math.abs(evt.getY() - lastMousePress.y) > Math.abs(evt.getX()
 946               - lastMousePress.x))
 947       {
 948         int fontSize = av.font.getSize();
 949
 950         if (evt.getY() < lastMousePress.y && av.getCharHeight() > 1)
 951         {
 952           fontSize--;
 953         }
 954         else if (evt.getY() > lastMousePress.y)
 955         {
 956           fontSize++;
 957         }
 958
 959         if (fontSize < 1)
 960         {
 961           fontSize = 1;
 962         }
 963
 964         av.setFont(new Font(av.font.getName(), av.font.getStyle(), fontSize));
 965         av.setCharWidth(oldWidth);
 966       }
 967       else
 968       {
 969         if (evt.getX() < lastMousePress.x && av.getCharWidth() > 1)
 970         {
 971           av.setCharWidth(av.getCharWidth() - 1);
 972         }
 973         else if (evt.getX() > lastMousePress.x)
 974         {
 975           av.setCharWidth(av.getCharWidth() + 1);
 976         }
 977
 978         if (av.getCharWidth() < 1)
 979         {
 980           av.setCharWidth(1);
 981         }
 982       }
 983
 984       ap.fontChanged();
 985
 986       FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 987       av.validCharWidth = fm.charWidth('M') <= av.getCharWidth();
 988
 989       lastMousePress = evt.getPoint();
 990
 991       ap.paintAlignment(false);
 992       ap.annotationPanel.image = null;
 993       return;
 994     }
 995
 996     if (!editingSeqs)
 997     {
 998       doMouseDraggedDefineMode(evt);
 999       return;
1000     }
1001
1002     int res = findRes(evt);
1003
1004     if (res < 0)
1005     {
1006       res = 0;
1007     }
1008
1009     if ((lastres == -1) || (lastres == res))
1010     {
1011       return;
1012     }
1013
1014     if ((res < av.getAlignment().getWidth()) && (res < lastres))
1015     {
1016       // dragLeft, delete gap
1017       editSequence(false, res);
1018     }
1019     else
1020     {
1021       editSequence(true, res);
1022     }
1023
1024     mouseDragging = true;
1025     if (scrollThread != null)
1026     {
1027       scrollThread.setEvent(evt);
1028     }
1029
1030   }
1031
1032   synchronized void editSequence(boolean insertGap, int startres)
1033   {
1034     int fixedLeft = -1;
1035     int fixedRight = -1;
1036     boolean fixedColumns = false;
1037     SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();
1038
1039     SequenceI seq = av.getAlignment().getSequenceAt(startseq);
1040
1041     if (!groupEditing && av.hasHiddenRows())
1042     {
1043       if (av.isHiddenRepSequence(seq))
1044       {
1045         sg = av.getRepresentedSequences(seq);
1046         groupEditing = true;
1047       }
1048     }
1049
1050     StringBuffer message = new StringBuffer();
1051     if (groupEditing)
1052     {
1053       message.append(MessageManager.getString("action.edit_group")).append(
1054               ":");
1055       if (editCommand == null)
1056       {
1057         editCommand = new EditCommand(
1058                 MessageManager.getString("action.edit_group"));
1059       }
1060     }
1061     else
1062     {
1063       message.append(MessageManager.getString("label.edit_sequence"))
1064               .append(" " + seq.getName());
1065       String label = seq.getName();
1066       if (label.length() > 10)
1067       {
1068         label = label.substring(0, 10);
1069       }
1070       if (editCommand == null)
1071       {
1072         editCommand = new EditCommand(MessageManager.formatMessage(
1073                 "label.edit_params", new String[] { label }));
1074       }
1075     }
1076
1077     if (insertGap)
1078     {
1079       message.append(" insert ");
1080     }
1081     else
1082     {
1083       message.append(" delete ");
1084     }
1085
1086     message.append(Math.abs(startres - lastres) + " gaps.");
1087     ap.alignFrame.statusBar.setText(message.toString());
1088
1089     // Are we editing within a selection group?
1090     if (groupEditing
1091             || (sg != null && sg.getSequences(av.getHiddenRepSequences())
1092                     .contains(seq)))
1093     {
1094       fixedColumns = true;
1095
1096       // sg might be null as the user may only see 1 sequence,
1097       // but the sequence represents a group
1098       if (sg == null)
1099       {
1100         if (!av.isHiddenRepSequence(seq))
1101         {
1102           endEditing();
1103           return;
1104         }
1105
1106         sg = av.getRepresentedSequences(seq);
1107       }
1108
1109       fixedLeft = sg.getStartRes();
1110       fixedRight = sg.getEndRes();
1111
1112       if ((startres < fixedLeft && lastres >= fixedLeft)
1113               || (startres >= fixedLeft && lastres < fixedLeft)
1114               || (startres > fixedRight && lastres <= fixedRight)
1115               || (startres <= fixedRight && lastres > fixedRight))
1116       {
1117         endEditing();
1118         return;
1119       }
1120
1121       if (fixedLeft > startres)
1122       {
1123         fixedRight = fixedLeft - 1;
1124         fixedLeft = 0;
1125       }
1126       else if (fixedRight < startres)
1127       {
1128         fixedLeft = fixedRight;
1129         fixedRight = -1;
1130       }
1131     }
1132
1133     if (av.hasHiddenColumns())
1134     {
1135       fixedColumns = true;
1136       int y1 = av.getColumnSelection().getHiddenBoundaryLeft(startres);
1137       int y2 = av.getColumnSelection().getHiddenBoundaryRight(startres);
1138
1139       if ((insertGap && startres > y1 && lastres < y1)
1140               || (!insertGap && startres < y2 && lastres > y2))
1141       {
1142         endEditing();
1143         return;
1144       }
1145
1146       // System.out.print(y1+" "+y2+" "+fixedLeft+" "+fixedRight+"~~");
1147       // Selection spans a hidden region
1148       if (fixedLeft < y1 && (fixedRight > y2 || fixedRight == -1))
1149       {
1150         if (startres >= y2)
1151         {
1152           fixedLeft = y2;
1153         }
1154         else
1155         {
1156           fixedRight = y2 - 1;
1157         }
1158       }
1159     }
1160
1161     if (groupEditing)
1162     {
1163       SequenceI[] groupSeqs = sg.getSequences(av.getHiddenRepSequences())
1164               .toArray(new SequenceI[0]);
1165
1166       // drag to right
1167       if (insertGap)
1168       {
1169         // If the user has selected the whole sequence, and is dragging to
1170         // the right, we can still extend the alignment and selectionGroup
1171         if (sg.getStartRes() == 0 && sg.getEndRes() == fixedRight
1172                 && sg.getEndRes() == av.getAlignment().getWidth() - 1)
1173         {
1174           sg.setEndRes(av.getAlignment().getWidth() + startres - lastres);
1175           fixedRight = sg.getEndRes();
1176         }
1177
1178         // Is it valid with fixed columns??
1179         // Find the next gap before the end
1180         // of the visible region boundary
1181         boolean blank = false;
1182         for (fixedRight = fixedRight; fixedRight > lastres; fixedRight--)
1183         {
1184           blank = true;
1185
1186           for (SequenceI gs : groupSeqs)
1187           {
1188             for (int j = 0; j < startres - lastres; j++)
1189             {
1190               if (!jalview.util.Comparison.isGap(gs.getCharAt(fixedRight
1191                       - j)))
1192               {
1193                 blank = false;
1194                 break;
1195               }
1196             }
1197           }
1198           if (blank)
1199           {
1200             break;
1201           }
1202         }
1203
1204         if (!blank)
1205         {
1206           if (sg.getSize() == av.getAlignment().getHeight())
1207           {
1208             if ((av.hasHiddenColumns() && startres < av
1209                     .getColumnSelection().getHiddenBoundaryRight(startres)))
1210             {
1211               endEditing();
1212               return;
1213             }
1214
1215             int alWidth = av.getAlignment().getWidth();
1216             if (av.hasHiddenRows())
1217             {
1218               int hwidth = av.getAlignment().getHiddenSequences()
1219                       .getWidth();
1220               if (hwidth > alWidth)
1221               {
1222                 alWidth = hwidth;
1223               }
1224             }
1225             // We can still insert gaps if the selectionGroup
1226             // contains all the sequences
1227             sg.setEndRes(sg.getEndRes() + startres - lastres);
1228             fixedRight = alWidth + startres - lastres;
1229           }
1230           else
1231           {
1232             endEditing();
1233             return;
1234           }
1235         }
1236       }
1237
1238       // drag to left
1239       else if (!insertGap)
1240       {
1241         // / Are we able to delete?
1242         // ie are all columns blank?
1243
1244         for (SequenceI gs : groupSeqs)
1245         {
1246           for (int j = startres; j < lastres; j++)
1247           {
1248             if (gs.getLength() <= j)
1249             {
1250               continue;
1251             }
1252
1253             if (!jalview.util.Comparison.isGap(gs.getCharAt(j)))
1254             {
1255               // Not a gap, block edit not valid
1256               endEditing();
1257               return;
1258             }
1259           }
1260         }
1261       }
1262
1263       if (insertGap)
1264       {
1265         // dragging to the right
1266         if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1267         {
1268           for (int j = lastres; j < startres; j++)
1269           {
1270             insertChar(j, groupSeqs, fixedRight);
1271           }
1272         }
1273         else
1274         {
1275           editCommand.appendEdit(Action.INSERT_GAP, groupSeqs, startres,
1276                   startres - lastres, av.getAlignment(), true);
1277         }
1278       }
1279       else
1280       {
1281         // dragging to the left
1282         if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1283         {
1284           for (int j = lastres; j > startres; j--)
1285           {
1286             deleteChar(startres, groupSeqs, fixedRight);
1287           }
1288         }
1289         else
1290         {
1291           editCommand.appendEdit(Action.DELETE_GAP, groupSeqs, startres,
1292                   lastres - startres, av.getAlignment(), true);
1293         }
1294
1295       }
1296     }
1297     else
1298     // ///Editing a single sequence///////////
1299     {
1300       if (insertGap)
1301       {
1302         // dragging to the right
1303         if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1304         {
1305           for (int j = lastres; j < startres; j++)
1306           {
1307             insertChar(j, new SequenceI[] { seq }, fixedRight);
1308           }
1309         }
1310         else
1311         {
1312           editCommand.appendEdit(Action.INSERT_GAP,
1313                   new SequenceI[] { seq }, lastres, startres - lastres,
1314                   av.getAlignment(), true);
1315         }
1316       }
1317       else
1318       {
1319         // dragging to the left
1320         if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1321         {
1322           for (int j = lastres; j > startres; j--)
1323           {
1324             if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(startres)))
1325             {
1326               endEditing();
1327               break;
1328             }
1329             deleteChar(startres, new SequenceI[] { seq }, fixedRight);
1330           }
1331         }
1332         else
1333         {
1334           // could be a keyboard edit trying to delete none gaps
1335           int max = 0;
1336           for (int m = startres; m < lastres; m++)
1337           {
1338             if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(m)))
1339             {
1340               break;
1341             }
1342             max++;
1343           }
1344
1345           if (max > 0)
1346           {
1347             editCommand.appendEdit(Action.DELETE_GAP,
1348                     new SequenceI[] { seq }, startres, max,
1349                     av.getAlignment(), true);
1350           }
1351         }
1352       }
1353     }
1354
1355     lastres = startres;
1356     seqCanvas.repaint();
1357   }
1358
1359   void insertChar(int j, SequenceI[] seq, int fixedColumn)
1360   {
1361     int blankColumn = fixedColumn;
1362     for (int s = 0; s < seq.length; s++)
1363     {
1364       // Find the next gap before the end of the visible region boundary
1365       // If lastCol > j, theres a boundary after the gap insertion
1366
1367       for (blankColumn = fixedColumn; blankColumn > j; blankColumn--)
1368       {
1369         if (jalview.util.Comparison.isGap(seq[s].getCharAt(blankColumn)))
1370         {
1371           // Theres a space, so break and insert the gap
1372           break;
1373         }
1374       }
1375
1376       if (blankColumn <= j)
1377       {
1378         blankColumn = fixedColumn;
1379         endEditing();
1380         return;
1381       }
1382     }
1383
1384     editCommand.appendEdit(Action.DELETE_GAP, seq, blankColumn, 1,
1385             av.getAlignment(), true);
1386
1387     editCommand.appendEdit(Action.INSERT_GAP, seq, j, 1, av.getAlignment(),
1388             true);
1389
1390   }
1391
1392   void deleteChar(int j, SequenceI[] seq, int fixedColumn)
1393   {
1394
1395     editCommand.appendEdit(Action.DELETE_GAP, seq, j, 1, av.getAlignment(),
1396             true);
1397
1398     editCommand.appendEdit(Action.INSERT_GAP, seq, fixedColumn, 1,
1399             av.getAlignment(), true);
1400   }
1401
1402   // ////////////////////////////////////////
1403   // ///Everything below this is for defining the boundary of the rubberband
1404   // ////////////////////////////////////////
1405   public void doMousePressedDefineMode(MouseEvent evt)
1406   {
1407     if (scrollThread != null)
1408     {
1409       scrollThread.running = false;
1410       scrollThread = null;
1411     }
1412
1413     int res = findRes(evt);
1414     int seq = findSeq(evt);
1415     oldSeq = seq;
1416     startWrapBlock = wrappedBlock;
1417
1418     if (seq == -1)
1419     {
1420       return;
1421     }
1422
1423     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);
1424
1425     if (sequence == null || res > sequence.getLength())
1426     {
1427       return;
1428     }
1429
1430     stretchGroup = av.getSelectionGroup();
1431
1432     if (stretchGroup == null)
1433     {
1434       stretchGroup = av.getAlignment().findGroup(sequence);
1435       if (stretchGroup != null && res > stretchGroup.getStartRes()
1436               && res < stretchGroup.getEndRes())
1437       {
1438         av.setSelectionGroup(stretchGroup);
1439         editingDefinedGroup = true;
1440       }
1441       else
1442       {
1443         stretchGroup = null;
1444         editingDefinedGroup = false;
1445       }
1446     }
1447
1448     else if (!stretchGroup.getSequences(null).contains(sequence)
1449             || stretchGroup.getStartRes() > res
1450             || stretchGroup.getEndRes() < res)
1451     {
1452       stretchGroup = null;
1453
1454       SequenceGroup[] allGroups = av.getAlignment().findAllGroups(sequence);
1455
1456       if (allGroups != null)
1457       {
1458         for (int i = 0; i < allGroups.length; i++)
1459         {
1460           if (allGroups[i].getStartRes() <= res
1461                   && allGroups[i].getEndRes() >= res)
1462           {
1463             stretchGroup = allGroups[i];
1464             editingDefinedGroup = true;
1465             break;
1466           }
1467         }
1468       }
1469       av.setSelectionGroup(stretchGroup);
1470     }
1471
1472     // DETECT RIGHT MOUSE BUTTON IN AWT
1473     if ((evt.getModifiers() & InputEvent.BUTTON3_MASK) == InputEvent.BUTTON3_MASK)
1474     {
1475       SequenceFeature[] allFeatures = findFeaturesAtRes(sequence,
1476               sequence.findPosition(res));
1477
1478       Vector<String> links = null;
1479       if (allFeatures != null)
1480       {
1481         for (int i = 0; i < allFeatures.length; i++)
1482         {
1483           if (allFeatures[i].links != null)
1484           {
1485             if (links == null)
1486             {
1487               links = new Vector<String>();
1488             }
1489             for (int j = 0; j < allFeatures[i].links.size(); j++)
1490             {
1491               links.addElement(allFeatures[i].links.elementAt(j));
1492             }
1493           }
1494         }
1495       }
1496       APopupMenu popup = new APopupMenu(ap, null, links);
1497       this.add(popup);
1498       popup.show(this, evt.getX(), evt.getY());
1499       return;
1500     }
1501
1502     if (av.cursorMode)
1503     {
1504       seqCanvas.cursorX = findRes(evt);
1505       seqCanvas.cursorY = findSeq(evt);
1506       seqCanvas.repaint();
1507       return;
1508     }
1509
1510     // Only if left mouse button do we want to change group sizes
1511
1512     if (stretchGroup == null)
1513     {
1514       // define a new group here
1515       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
1516       sg.setStartRes(res);
1517       sg.setEndRes(res);
1518       sg.addSequence(sequence, false);
1519       av.setSelectionGroup(sg);
1520       editingDefinedGroup = false;
1521       stretchGroup = sg;
1522
1523       if (av.getConservationSelected())
1524       {
1525         SliderPanel.setConservationSlider(ap, av.getGlobalColourScheme(),
1526                 "Background");
1527       }
1528       if (av.getAbovePIDThreshold())
1529       {
1530         SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, av.getGlobalColourScheme(),
1531                 "Background");
1532       }
1533
1534     }
1535   }
1536
1537   public void doMouseReleasedDefineMode(MouseEvent evt)
1538   {
1539     if (stretchGroup == null)
1540     {
1541       return;
1542     }
1543     // always do this - annotation has own state
1544     // but defer colourscheme update until hidden sequences are passed in
1545     boolean vischange = stretchGroup.recalcConservation(true);
1546     needOverviewUpdate |= vischange && editingDefinedGroup;
1547     if (stretchGroup.cs != null)
1548     {
1549       stretchGroup.cs.alignmentChanged(stretchGroup,
1550               av.getHiddenRepSequences());
1551
1552       if (stretchGroup.cs.conservationApplied())
1553       {
1554         SliderPanel.setConservationSlider(ap, stretchGroup.cs,
1555                 stretchGroup.getName());
1556       }
1557       else
1558       {
1559         SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, stretchGroup.cs,
1560                 stretchGroup.getName());
1561       }
1562     }
1563     PaintRefresher.Refresh(ap, av.getSequenceSetId());
1564     ap.paintAlignment(needOverviewUpdate);
1565     needOverviewUpdate =false;
1566     editingDefinedGroup = false;
1567     changeEndRes = false;
1568     changeStartRes = false;
1569     stretchGroup = null;
1570     av.sendSelection();
1571   }
1572
1573   public void doMouseDraggedDefineMode(MouseEvent evt)
1574   {
1575     int res = findRes(evt);
1576     int y = findSeq(evt);
1577
1578     if (wrappedBlock != startWrapBlock)
1579     {
1580       return;
1581     }
1582
1583     if (stretchGroup == null)
1584     {
1585       return;
1586     }
1587
1588     mouseDragging = true;
1589
1590     if (y > av.getAlignment().getHeight())
1591     {
1592       y = av.getAlignment().getHeight() - 1;
1593     }
1594
1595     if (res >= av.getAlignment().getWidth())
1596     {
1597       res = av.getAlignment().getWidth() - 1;
1598     }
1599
1600     if (stretchGroup.getEndRes() == res)
1601     {
1602       // Edit end res position of selected group
1603       changeEndRes = true;
1604     }
1605     else if (stretchGroup.getStartRes() == res)
1606     {
1607       // Edit start res position of selected group
1608       changeStartRes = true;
1609     }
1610
1611     if (res < 0)
1612     {
1613       res = 0;
1614     }
1615
1616     if (changeEndRes)
1617     {
1618       if (res > (stretchGroup.getStartRes() - 1))
1619       {
1620         stretchGroup.setEndRes(res);
1621         needOverviewUpdate |= editingDefinedGroup;
1622       }
1623     }
1624     else if (changeStartRes)
1625     {
1626       if (res < (stretchGroup.getEndRes() + 1))
1627       {
1628         stretchGroup.setStartRes(res);
1629         needOverviewUpdate |= editingDefinedGroup;
1630       }
1631     }
1632
1633     int dragDirection = 0;
1634
1635     if (y > oldSeq)
1636     {
1637       dragDirection = 1;
1638     }
1639     else if (y < oldSeq)
1640     {
1641       dragDirection = -1;
1642     }
1643
1644     while ((y != oldSeq) && (oldSeq > -1)
1645             && (y < av.getAlignment().getHeight()))
1646     {
1647       // This routine ensures we don't skip any sequences, as the
1648       // selection is quite slow.
1649       Sequence seq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);
1650
1651       oldSeq += dragDirection;
1652
1653       if (oldSeq < 0)
1654       {
1655         break;
1656       }
1657
1658       Sequence nextSeq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);
1659
1660       if (stretchGroup.getSequences(null).contains(nextSeq))
1661       {
1662         stretchGroup.deleteSequence(seq, false);
1663         needOverviewUpdate |= editingDefinedGroup;
1664       }
1665       else
1666       {
1667         if (seq != null)
1668         {
1669           stretchGroup.addSequence(seq, false);
1670         }
1671
1672         stretchGroup.addSequence(nextSeq, false);
1673         needOverviewUpdate |= editingDefinedGroup;
1674       }
1675     }
1676
1677     if (oldSeq < 0)
1678     {
1679       oldSeq = -1;
1680     }
1681
1682     if (res > av.endRes || res < av.startRes || y < av.startSeq
1683             || y > av.endSeq)
1684     {
1685       mouseExited(evt);
1686     }
1687
1688     if (scrollThread != null)
1689     {
1690       scrollThread.setEvent(evt);
1691     }
1692
1693     seqCanvas.repaint();
1694   }
1695
1696   @Override
1697   public void mouseEntered(MouseEvent e)
1698   {
1699     if (oldSeq < 0)
1700     {
1701       oldSeq = 0;
1702     }
1703
1704     if (scrollThread != null)
1705     {
1706       scrollThread.running = false;
1707       scrollThread = null;
1708     }
1709   }
1710
1711   @Override
1712   public void mouseExited(MouseEvent e)
1713   {
1714     if (av.getWrapAlignment())
1715     {
1716       return;
1717     }
1718
1719     if (mouseDragging && scrollThread == null)
1720     {
1721       scrollThread = new ScrollThread();
1722     }
1723   }
1724
1725   void scrollCanvas(MouseEvent evt)
1726   {
1727     if (evt == null)
1728     {
1729       if (scrollThread != null)
1730       {
1731         scrollThread.running = false;
1732         scrollThread = null;
1733       }
1734       mouseDragging = false;
1735     }
1736     else
1737     {
1738       if (scrollThread == null)
1739       {
1740         scrollThread = new ScrollThread();
1741       }
1742
1743       mouseDragging = true;
1744       scrollThread.setEvent(evt);
1745     }
1746
1747   }
1748
1749   // this class allows scrolling off the bottom of the visible alignment
1750   class ScrollThread extends Thread
1751   {
1752     MouseEvent evt;
1753
1754     boolean running = false;
1755
1756     public ScrollThread()
1757     {
1758       start();
1759     }
1760
1761     public void setEvent(MouseEvent e)
1762     {
1763       evt = e;
1764     }
1765
1766     public void stopScrolling()
1767     {
1768       running = false;
1769     }
1770
1771     @Override
1772     public void run()
1773     {
1774       running = true;
1775       while (running)
1776       {
1777
1778         if (evt != null)
1779         {
1780
1781           if (mouseDragging && evt.getY() < 0 && av.getStartSeq() > 0)
1782           {
1783             running = ap.scrollUp(true);
1784           }
1785
1786           if (mouseDragging && evt.getY() >= getSize().height
1787                   && av.getAlignment().getHeight() > av.getEndSeq())
1788           {
1789             running = ap.scrollUp(false);
1790           }
1791
1792           if (mouseDragging && evt.getX() < 0)
1793           {
1794             running = ap.scrollRight(false);
1795           }
1796
1797           else if (mouseDragging && evt.getX() >= getSize().width)
1798           {
1799             running = ap.scrollRight(true);
1800           }
1801         }
1802
1803         try
1804         {
1805           Thread.sleep(75);
1806         } catch (Exception ex)
1807         {
1808         }
1809       }
1810     }
1811   }
1812
1813   /**
1814    * modify current selection according to a received message.
1815    */
1816   @Override
1817   public void selection(SequenceGroup seqsel, ColumnSelection colsel,
1818           SelectionSource source)
1819   {
1820     // TODO: fix this hack - source of messages is align viewport, but SeqPanel
1821     // handles selection messages...
1822     // TODO: extend config options to allow user to control if selections may be
1823     // shared between viewports.
1824     if (av != null
1825             && (av == source || !av.followSelection || (source instanceof AlignViewport && ((AlignmentViewport) source)
1826                     .getSequenceSetId().equals(av.getSequenceSetId()))))
1827     {
1828       return;
1829     }
1830
1831     /*
1832      * Check for selection in a view of which this one is a dna/protein
1833      * complement.
1834      */
1835     if (selectionFromTranslation(seqsel, colsel, source))
1836     {
1837       return;
1838     }
1839
1840     // do we want to thread this ? (contention with seqsel and colsel locks, I
1841     // suspect)
1842     /*
1843      * only copy colsel if there is a real intersection between
1844      * sequence selection and this panel's alignment
1845      */
1846     boolean repaint = false;
1847     boolean copycolsel = false;
1848     if (av.getSelectionGroup() == null || !av.isSelectionGroupChanged(true))
1849     {
1850       SequenceGroup sgroup = null;
1851       if (seqsel != null && seqsel.getSize() > 0)
1852       {
1853         if (av.getAlignment() == null)
1854         {
1855           System.out
1856                   .println("Selection message: alignviewport av SeqSetId="
1857                           + av.getSequenceSetId() + " ViewId="
1858                           + av.getViewId()
1859                           + " 's alignment is NULL! returning immediatly.");
1860           return;
1861         }
1862         sgroup = seqsel.intersect(av.getAlignment(),
1863                 (av.hasHiddenRows()) ? av.getHiddenRepSequences() : null);
1864         if ((sgroup != null && sgroup.getSize() > 0))
1865         {
1866           copycolsel = true;
1867         }
1868       }
1869       if (sgroup != null && sgroup.getSize() > 0)
1870       {
1871         av.setSelectionGroup(sgroup);
1872       }
1873       else
1874       {
1875         av.setSelectionGroup(null);
1876       }
1877       repaint = av.isSelectionGroupChanged(true);
1878     }
1879     if (copycolsel
1880             && (av.getColumnSelection() == null || !av
1881                     .isColSelChanged(true)))
1882     {
1883       // the current selection is unset or from a previous message
1884       // so import the new colsel.
1885       if (colsel == null || colsel.isEmpty())
1886       {
1887         if (av.getColumnSelection() != null)
1888         {
1889           av.getColumnSelection().clear();
1890         }
1891       }
1892       else
1893       {
1894         // TODO: shift colSel according to the intersecting sequences
1895         if (av.getColumnSelection() == null)
1896         {
1897           av.setColumnSelection(new ColumnSelection(colsel));
1898         }
1899         else
1900         {
1901           av.getColumnSelection().setElementsFrom(colsel);
1902         }
1903       }
1904       repaint |= av.isColSelChanged(true);
1905     }
1906     if (copycolsel
1907             && av.hasHiddenColumns()
1908             && (av.getColumnSelection() == null || av.getColumnSelection()
1909                     .getHiddenColumns() == null))
1910     {
1911       System.err.println("Bad things");
1912     }
1913     if (repaint)
1914     {
1915       ap.scalePanelHolder.repaint();
1916       ap.repaint();
1917     }
1918   }
1919
1920   /**
1921    * scroll to the given row/column - or nearest visible location
1922    *
1923    * @param row
1924    * @param column
1925    */
1926   public void scrollTo(int row, int column)
1927   {
1928
1929     row = row < 0 ? ap.av.startSeq : row;
1930     column = column < 0 ? ap.av.startRes : column;
1931     ap.scrollTo(column, column, row, true, true);
1932   }
1933
1934   /**
1935    * scroll to the given row - or nearest visible location
1936    *
1937    * @param row
1938    */
1939   public void scrollToRow(int row)
1940   {
1941
1942     row = row < 0 ? ap.av.startSeq : row;
1943     ap.scrollTo(ap.av.startRes, ap.av.startRes, row, true, true);
1944   }
1945
1946   /**
1947    * scroll to the given column - or nearest visible location
1948    *
1949    * @param column
1950    */
1951   public void scrollToColumn(int column)
1952   {
1953
1954     column = column < 0 ? ap.av.startRes : column;
1955     ap.scrollTo(column, column, ap.av.startSeq, true, true);
1956   }
1957
1958   /**
1959    * If this panel is a cdna/protein translation view of the selection source,
1960    * tries to map the source selection to a local one, and returns true. Else
1961    * returns false.
1962    *
1963    * @param seqsel
1964    * @param colsel
1965    * @param source
1966    */
1967   protected boolean selectionFromTranslation(SequenceGroup seqsel,
1968           ColumnSelection colsel, SelectionSource source)
1969   {
1970     if (!(source instanceof AlignViewportI))
1971     {
1972       return false;
1973     }
1974     final AlignViewportI sourceAv = (AlignViewportI) source;
1975     if (sourceAv.getCodingComplement() != av
1976             && av.getCodingComplement() != sourceAv)
1977     {
1978       return false;
1979     }
1980
1981     /*
1982      * Map sequence selection
1983      */
1984     SequenceGroup sg = MappingUtils.mapSequenceGroup(seqsel, sourceAv, av);
1985     av.setSelectionGroup(sg);
1986     av.isSelectionGroupChanged(true);
1987
1988     /*
1989      * Map column selection
1990      */
1991     ColumnSelection cs = MappingUtils.mapColumnSelection(colsel, sourceAv,
1992             av);
1993     av.setColumnSelection(cs);
1994
1995     ap.scalePanelHolder.repaint();
1996     ap.repaint();
1997
1998     return true;
1999   }
2000
2001 }