src/jalview/appletgui/SeqPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.util.*;\r
  23 \r
  24 import java.awt.*;\r
  25 import java.awt.event.*;\r
  26 \r
  27 import jalview.datamodel.*;\r
  28 import jalview.schemes.*;\r
  29 \r
  30 public class SeqPanel\r
  31     extends Panel\r
  32 {\r
  33 \r
  34   public SeqCanvas seqCanvas;\r
  35   public AlignmentPanel ap;\r
  36 \r
  37   protected int lastres;\r
  38   protected int startseq;\r
  39   int startEdit = -1;\r
  40   int endEdit = -1;\r
  41 \r
  42   protected AlignViewport av;\r
  43 \r
  44   // if character is inserted or deleted, we will need to recalculate the conservation\r
  45   int seqEditOccurred = -1;\r
  46 \r
  47   ScrollThread scrollThread = null;\r
  48   boolean mouseDragging = false;\r
  49 \r
  50   boolean editingSeqs = false;\r
  51   boolean groupEditing = false;\r
  52 \r
  53   public SeqPanel(AlignViewport avp, AlignmentPanel p)\r
  54   {\r
  55     this.av = avp;\r
  56 \r
  57     seqCanvas = new SeqCanvas(avp);\r
  58     setLayout(new BorderLayout());\r
  59     add(seqCanvas);\r
  60 \r
  61     ap = p;\r
  62 \r
  63     seqCanvas.addMouseMotionListener(new MouseMotionAdapter()\r
  64     {\r
  65       public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
  66       {\r
  67         doMouseMoved(evt);\r
  68       }\r
  69 \r
  70       public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
  71       {\r
  72         if (editingSeqs)\r
  73         {\r
  74           doMouseDragged(evt);\r
  75         }\r
  76         else\r
  77         {\r
  78           doMouseDraggedDefineMode(evt);\r
  79         }\r
  80       }\r
  81     });\r
  82 \r
  83     seqCanvas.addMouseListener(new MouseAdapter()\r
  84     {\r
  85       public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
  86       {\r
  87         if (editingSeqs)\r
  88         {\r
  89           doMouseReleased(evt);\r
  90         }\r
  91         else\r
  92         {\r
  93           doMouseReleasedDefineMode(evt);\r
  94         }\r
  95 \r
  96       }\r
  97 \r
  98       public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
  99       {\r
 100         if (evt.isShiftDown() || evt.isAltDown() || evt.isControlDown())\r
 101         {\r
 102           if (evt.isAltDown() || evt.isControlDown())\r
 103           {\r
 104             groupEditing = true;\r
 105           }\r
 106 \r
 107           editingSeqs = true;\r
 108           doMousePressed(evt);\r
 109         }\r
 110         else\r
 111         {\r
 112           doMousePressedDefineMode(evt);\r
 113         }\r
 114       }\r
 115 \r
 116       public void mouseExited(MouseEvent evt)\r
 117       {\r
 118         if (editingSeqs)\r
 119         {\r
 120           return;\r
 121         }\r
 122         doMouseExitedDefineMode(evt);\r
 123 \r
 124       }\r
 125 \r
 126       public void mouseEntered(MouseEvent evt)\r
 127       {\r
 128         if (editingSeqs)\r
 129         {\r
 130           return;\r
 131         }\r
 132         doMouseEnteredDefineMode(evt);\r
 133       }\r
 134 \r
 135     });\r
 136     seqCanvas.repaint();\r
 137   }\r
 138 \r
 139   public void doMouseReleased(MouseEvent evt)\r
 140   {\r
 141 \r
 142     if (seqEditOccurred > -1)\r
 143     {\r
 144       editOccurred(seqEditOccurred);\r
 145     }\r
 146 \r
 147     startseq = -1;\r
 148     lastres = -1;\r
 149     seqEditOccurred = -1;\r
 150     editingSeqs = false;\r
 151     groupEditing = false;\r
 152     ap.repaint();\r
 153   }\r
 154 \r
 155   int startWrapBlock=-1;\r
 156   int wrappedBlock=-1;\r
 157   int findRes(MouseEvent evt)\r
 158  {\r
 159    int res = 0;\r
 160    int x = evt.getX();\r
 161 \r
 162   if (av.wrapAlignment)\r
 163   {\r
 164 \r
 165     int hgap = av.charHeight;\r
 166     if (av.scaleAboveWrapped)\r
 167       hgap += av.charHeight;\r
 168 \r
 169     int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
 170         + hgap + seqCanvas.getAnnotationHeight();\r
 171 \r
 172       int y = evt.getY();\r
 173       y -= hgap;\r
 174       x -= seqCanvas.LABEL_WEST;\r
 175 \r
 176 \r
 177       int cwidth = seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(getSize().width);\r
 178 \r
 179       wrappedBlock = y / cHeight;\r
 180       wrappedBlock += av.getStartRes() / cwidth;\r
 181 \r
 182       res = wrappedBlock * cwidth + x / av.getCharWidth();\r
 183 \r
 184   }\r
 185   else\r
 186   {\r
 187       res = (x / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
 188   }\r
 189 \r
 190   return res;\r
 191 \r
 192  }\r
 193 \r
 194  int findSeq(MouseEvent evt)\r
 195  {\r
 196 \r
 197    int seq = 0;\r
 198    int y = evt.getY();\r
 199 \r
 200    if (av.wrapAlignment)\r
 201    {\r
 202      int hgap = av.charHeight;\r
 203      if (av.scaleAboveWrapped)\r
 204        hgap += av.charHeight;\r
 205 \r
 206      int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
 207          + hgap + seqCanvas.getAnnotationHeight();\r
 208 \r
 209        y -= hgap;\r
 210 \r
 211      seq = ( (y % cHeight) / av.getCharHeight());\r
 212    }\r
 213    else\r
 214    {\r
 215      seq = (y / av.getCharHeight()) + av.getStartSeq();\r
 216    }\r
 217 \r
 218    return seq;\r
 219  }\r
 220 \r
 221 \r
 222   public void doMousePressed(MouseEvent evt)\r
 223   {\r
 224     ap.alignFrame.addHistoryItem(new HistoryItem(\r
 225         "Edit Sequence", av.alignment, HistoryItem.EDIT));\r
 226 \r
 227     int seq = findSeq(evt);\r
 228     int res = findRes(evt);\r
 229 \r
 230     if (seq < av.getAlignment().getHeight() &&\r
 231         res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength())\r
 232     {\r
 233       //char resstr = align.getSequenceAt(seq).getSequence().charAt(res);\r
 234       // Find the residue's position in the sequence (res is the position\r
 235       // in the alignment\r
 236 \r
 237       startseq = seq;\r
 238       lastres = res;\r
 239     }\r
 240     else\r
 241     {\r
 242       startseq = -1;\r
 243       lastres = -1;\r
 244     }\r
 245 \r
 246     return;\r
 247   }\r
 248 \r
 249   public void doMouseMoved(MouseEvent evt)\r
 250   {\r
 251     int res = findRes(evt);\r
 252     int seq = findSeq(evt);\r
 253 \r
 254     if (seq >= av.getAlignment().getHeight() || seq<0 || res<0)\r
 255     {\r
 256       return;\r
 257     }\r
 258 \r
 259     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
 260     if (res > sequence.getLength())\r
 261     {\r
 262       return;\r
 263     }\r
 264 \r
 265     StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence " + (seq + 1) + " ID: " +\r
 266             sequence.getName());\r
 267 \r
 268     Object obj = null;\r
 269     if (av.alignment.isNucleotide())\r
 270     {\r
 271       obj = ResidueProperties.nucleotideName.get(sequence.getCharAt(res) +\r
 272           "");\r
 273       if(obj!=null)\r
 274         text.append(" Nucleotide: ");\r
 275     }\r
 276     else\r
 277     {\r
 278       obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get(sequence.getCharAt(res) + "");\r
 279       if(obj!=null)\r
 280         text.append("  Residue: ");\r
 281     }\r
 282 \r
 283     if (obj != null)\r
 284     {\r
 285 \r
 286       if (obj != "")\r
 287       {\r
 288         text.append(obj + " (" +\r
 289                     av.getAlignment().getSequenceAt(seq).findPosition(res) + ")");\r
 290       }\r
 291     }\r
 292 \r
 293     ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());\r
 294 \r
 295     // use aa to see if the mouse pointer is on a\r
 296     if (av.showSequenceFeatures)\r
 297     {\r
 298       Vector features = sequence.getSequenceFeatures();\r
 299       Enumeration e = features.elements();\r
 300       StringBuffer sbuffer = new StringBuffer();\r
 301 \r
 302       while (e.hasMoreElements())\r
 303       {\r
 304         SequenceFeature sf = (SequenceFeature) e.nextElement();\r
 305         if (sf.getStart() <= sequence.findPosition(res) &&\r
 306             sf.getEnd() >= sequence.findPosition(res))\r
 307         {\r
 308           if (sbuffer.length() > 0)\r
 309           {\r
 310             sbuffer.append("; ");\r
 311           }\r
 312           sbuffer.append(sf.getType() + " " + sf.getDescription());\r
 313           if (sf.getStatus().length() > 0)\r
 314           {\r
 315             sbuffer.append(" (" + sf.getStatus() + ")");\r
 316           }\r
 317         }\r
 318 \r
 319       }\r
 320     }\r
 321 \r
 322   }\r
 323 \r
 324   public void doMouseDragged(MouseEvent evt)\r
 325   {\r
 326 \r
 327     // If we're dragging we're editing\r
 328     int res = findRes(evt);\r
 329     if (res < 0)\r
 330     {\r
 331       res = 0;\r
 332     }\r
 333 \r
 334     if (lastres == -1 || lastres == res)\r
 335     {\r
 336       return;\r
 337     }\r
 338 \r
 339     boolean dragRight = true;\r
 340     if (res < av.getAlignment().getWidth() && res < lastres)\r
 341     {\r
 342       dragRight = false;\r
 343     }\r
 344 \r
 345     if (res != lastres)\r
 346     {\r
 347       // Group editing\r
 348       if (groupEditing)\r
 349       {\r
 350         SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();\r
 351         if (sg == null)\r
 352         {\r
 353           lastres = -1;\r
 354           return;\r
 355         }\r
 356 \r
 357         // drag to right\r
 358         if (dragRight)\r
 359         {\r
 360           sg.setEndRes(sg.getEndRes() + (res - lastres));\r
 361         }\r
 362 \r
 363         // drag to left\r
 364         else\r
 365         {\r
 366           /// Are we able to delete?\r
 367           // ie are all columns blank?\r
 368           boolean deleteAllowed = false;\r
 369           for (int s = 0; s < sg.getSize(); s++)\r
 370           {\r
 371             SequenceI seq = sg.getSequenceAt(s);\r
 372             for (int j = res; j < lastres; j++)\r
 373             {\r
 374               if (seq.getSequence().length() <= j)\r
 375               {\r
 376                 continue;\r
 377               }\r
 378 \r
 379               if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getSequence().charAt(j)))\r
 380               {\r
 381                 // Not a gap, block edit not valid\r
 382                 res = j + 1;\r
 383                 deleteAllowed = false;\r
 384                 continue;\r
 385               }\r
 386               deleteAllowed = true;\r
 387             }\r
 388           }\r
 389 \r
 390           if (!deleteAllowed)\r
 391           {\r
 392             lastres = -1;\r
 393             return;\r
 394           }\r
 395 \r
 396           sg.setEndRes(sg.getEndRes() - (lastres - res));\r
 397         }\r
 398 \r
 399         for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
 400         {\r
 401           SequenceI s = sg.getSequenceAt(i);\r
 402           int k = av.alignment.findIndex(s);\r
 403 \r
 404           // drag to right\r
 405           if (dragRight)\r
 406           {\r
 407             for (int j = lastres; j < res; j++)\r
 408             {\r
 409               insertChar(j, k);\r
 410             }\r
 411           }\r
 412 \r
 413           // drag to left\r
 414           else\r
 415           {\r
 416             for (int j = res; j < lastres; j++)\r
 417             {\r
 418               if (s.getLength() > j)\r
 419               {\r
 420                 deleteChar(res, k);\r
 421               }\r
 422             }\r
 423           }\r
 424         }\r
 425       }\r
 426       else /////Editing a single sequence///////////\r
 427       {\r
 428         if (res < av.getAlignment().getWidth() && res > lastres)\r
 429         {\r
 430           // dragging to the right\r
 431           for (int j = lastres; j < res; j++)\r
 432           {\r
 433             insertChar(j, startseq);\r
 434           }\r
 435         }\r
 436         else if (res < av.getAlignment().getWidth() && res < lastres)\r
 437         {\r
 438           // dragging to the left\r
 439           for (int j = lastres; j > res; j--)\r
 440           {\r
 441             if (jalview.util.Comparison.isGap(\r
 442                 av.alignment.getSequenceAt(startseq).getSequence().charAt(res)))\r
 443             {\r
 444 \r
 445               deleteChar(res, startseq);\r
 446             }\r
 447             else\r
 448             {\r
 449 \r
 450               break;\r
 451             }\r
 452           }\r
 453         }\r
 454 \r
 455       }\r
 456     }\r
 457 \r
 458     endEdit = res;\r
 459     lastres = res;\r
 460     seqCanvas.repaint();\r
 461   }\r
 462 \r
 463   public void drawChars(int seqstart, int seqend, int start)\r
 464   {\r
 465     seqCanvas.drawPanel(seqCanvas.gg, start, av.getEndRes(), seqstart, seqend,\r
 466                         av.getStartRes(), av.getStartSeq(), 0);\r
 467     seqCanvas.repaint();\r
 468   }\r
 469 \r
 470   public void insertChar(int j, int seq)\r
 471   {\r
 472     av.alignment.getSequenceAt(seq).insertCharAt(j, av.getGapCharacter());\r
 473     seqEditOccurred = seq;\r
 474   }\r
 475 \r
 476   public void deleteChar(int j, int seq)\r
 477   {\r
 478 \r
 479     av.alignment.getSequenceAt(seq).deleteCharAt(j);\r
 480     seqEditOccurred = seq;\r
 481     av.alignment.getWidth();\r
 482     repaint();\r
 483   }\r
 484 \r
 485   void editOccurred(int i)\r
 486   {\r
 487     if (endEdit == startEdit)\r
 488     {\r
 489         ap.alignFrame.historyList.pop();\r
 490         ap.alignFrame.updateEditMenuBar();\r
 491     }\r
 492 \r
 493     av.firePropertyChange("alignment", null,av.getAlignment().getSequences());\r
 494   }\r
 495 \r
 496 //////////////////////////////////////////\r
 497 /////Everything below this is for defining the boundary of the rubberband\r
 498 //////////////////////////////////////////\r
 499   int oldSeq = -1;\r
 500   public void doMousePressedDefineMode(MouseEvent evt)\r
 501   {\r
 502     int res = findRes(evt);\r
 503     int seq = findSeq(evt);\r
 504     oldSeq = seq;\r
 505     startWrapBlock=wrappedBlock;\r
 506 \r
 507     SequenceI sequence = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
 508 \r
 509     if (sequence == null || res > sequence.getLength())\r
 510     {\r
 511       return;\r
 512     }\r
 513 \r
 514     stretchGroup = av.getSelectionGroup();\r
 515 \r
 516     if (stretchGroup == null)\r
 517     {\r
 518       stretchGroup = av.alignment.findGroup(sequence);\r
 519       if (stretchGroup != null && res > stretchGroup.getStartRes() &&\r
 520           res < stretchGroup.getEndRes())\r
 521       {\r
 522         av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
 523       }\r
 524       else\r
 525       {\r
 526         stretchGroup = null;\r
 527       }\r
 528     }\r
 529 \r
 530     else if (!stretchGroup.sequences.contains(sequence)\r
 531              || stretchGroup.getStartRes() > res\r
 532              || stretchGroup.getEndRes() < res)\r
 533     {\r
 534       stretchGroup = null;\r
 535 \r
 536       SequenceGroup[] allGroups = av.alignment.findAllGroups(sequence);\r
 537 \r
 538       if (allGroups != null)\r
 539       {\r
 540         for (int i = 0; i < allGroups.length; i++)\r
 541         {\r
 542           if (allGroups[i].getStartRes() <= res &&\r
 543               allGroups[i].getEndRes() >= res)\r
 544           {\r
 545             stretchGroup = allGroups[i];\r
 546             av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
 547             break;\r
 548           }\r
 549         }\r
 550       }\r
 551     }\r
 552 \r
 553     if (stretchGroup == null)\r
 554     {\r
 555       // define a new group here\r
 556       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
 557       sg.setStartRes(res);\r
 558       sg.setEndRes(res);\r
 559       sg.addSequence(sequence, false);\r
 560       av.setSelectionGroup(sg);\r
 561       stretchGroup = sg;\r
 562 \r
 563       if (av.getConservationSelected())\r
 564       {\r
 565         SliderPanel.setConservationSlider(ap, av.getGlobalColourScheme(),\r
 566                                           "Background");\r
 567       }\r
 568       if (av.getAbovePIDThreshold())\r
 569       {\r
 570         SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, av.getGlobalColourScheme(),\r
 571                                        "Background");\r
 572       }\r
 573 \r
 574     }\r
 575 \r
 576     // DETECT RIGHT MOUSE BUTTON IN AWT\r
 577     else if ( (evt.getModifiers() & InputEvent.BUTTON3_MASK) ==\r
 578              InputEvent.BUTTON3_MASK)\r
 579     {\r
 580       APopupMenu popup = new APopupMenu(ap, null, null);\r
 581       this.add(popup);\r
 582       popup.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
 583     }\r
 584 \r
 585     if (stretchGroup != null && stretchGroup.getEndRes() == res)\r
 586     {\r
 587       // Edit end res position of selected group\r
 588       changeEndRes = true;\r
 589     }\r
 590 \r
 591     else if (stretchGroup != null && stretchGroup.getStartRes() == res)\r
 592     {\r
 593       // Edit end res position of selected group\r
 594       changeStartRes = true;\r
 595     }\r
 596 \r
 597   }\r
 598 \r
 599   boolean changeEndSeq = false;\r
 600   boolean changeStartSeq = false;\r
 601   boolean changeEndRes = false;\r
 602   boolean changeStartRes = false;\r
 603   SequenceGroup stretchGroup = null;\r
 604 \r
 605   public void doMouseReleasedDefineMode(MouseEvent evt)\r
 606   {\r
 607     if(mouseDragging)\r
 608      {\r
 609        stretchGroup.recalcConservation();\r
 610        mouseDragging = false;\r
 611      }\r
 612 \r
 613     if (stretchGroup == null)\r
 614     {\r
 615       return;\r
 616     }\r
 617 \r
 618     if(stretchGroup.cs!=null)\r
 619     {\r
 620       if (stretchGroup.cs.conservationApplied())\r
 621       {\r
 622         SliderPanel.setConservationSlider(ap, stretchGroup.cs,\r
 623                                           stretchGroup.getName());\r
 624       }\r
 625       else\r
 626       {\r
 627         SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, stretchGroup.cs,\r
 628                                        stretchGroup.getName());\r
 629       }\r
 630     }\r
 631     changeEndRes = false;\r
 632     changeStartRes = false;\r
 633     stretchGroup = null;\r
 634     seqCanvas.repaint();\r
 635     ap.repaint();\r
 636   }\r
 637 \r
 638   boolean remove = false;\r
 639   public void doMouseDraggedDefineMode(MouseEvent evt)\r
 640   {\r
 641     int res = findRes(evt);\r
 642     int y = findSeq(evt);\r
 643 \r
 644     if(wrappedBlock!=startWrapBlock)\r
 645         return;\r
 646 \r
 647     if(y>=av.alignment.getHeight())\r
 648       y = av.alignment.getHeight()-1;\r
 649 \r
 650     if (stretchGroup == null)\r
 651     {\r
 652       return;\r
 653     }\r
 654 \r
 655     if (res > av.alignment.getWidth())\r
 656     {\r
 657       res = av.alignment.getWidth() - 1;\r
 658     }\r
 659 \r
 660     if (stretchGroup.getEndRes() == res)\r
 661     {\r
 662       // Edit end res position of selected group\r
 663       changeEndRes = true;\r
 664     }\r
 665 \r
 666     else if (stretchGroup.getStartRes() == res)\r
 667     {\r
 668       // Edit start res position of selected group\r
 669       changeStartRes = true;\r
 670     }\r
 671 \r
 672     if (res < av.getStartRes())\r
 673     {\r
 674       res = av.getStartRes();\r
 675     }\r
 676     else if (res > av.getEndRes() && !av.getWrapAlignment())\r
 677     {\r
 678       res = av.getEndRes();\r
 679     }\r
 680 \r
 681     if (changeEndRes)\r
 682     {\r
 683       if (res > stretchGroup.getStartRes() - 1)\r
 684       {\r
 685         stretchGroup.setEndRes(res);\r
 686       }\r
 687     }\r
 688     else if (changeStartRes)\r
 689     {\r
 690       if (res < stretchGroup.getEndRes() + 1)\r
 691       {\r
 692         stretchGroup.setStartRes(res);\r
 693       }\r
 694     }\r
 695 \r
 696     int dragDirection = 0;\r
 697     if (y > oldSeq)\r
 698     {\r
 699       dragDirection = 1;\r
 700     }\r
 701     else if (y < oldSeq)\r
 702     {\r
 703       dragDirection = -1;\r
 704     }\r
 705 \r
 706     while (y != oldSeq && oldSeq > 0 && y < av.alignment.getHeight())\r
 707     {\r
 708       // This routine ensures we don't skip any sequences, as the\r
 709       // selection is quite slow.\r
 710       Sequence seq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
 711 \r
 712       oldSeq += dragDirection;\r
 713       Sequence nextSeq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
 714 \r
 715       if (stretchGroup.sequences.contains(nextSeq))\r
 716       {\r
 717         stretchGroup.deleteSequence(seq, false);\r
 718       }\r
 719       else\r
 720       {\r
 721         if (seq != null)\r
 722         {\r
 723           stretchGroup.addSequence(seq, false);\r
 724         }\r
 725         stretchGroup.addSequence(nextSeq, false);\r
 726       }\r
 727     }\r
 728     oldSeq = y;\r
 729     mouseDragging = true;\r
 730     if (scrollThread != null)\r
 731     {\r
 732       scrollThread.setEvent(evt);\r
 733     }\r
 734 \r
 735     seqCanvas.repaint();\r
 736   }\r
 737 \r
 738   public void doMouseEnteredDefineMode(MouseEvent e)\r
 739   {\r
 740     if (scrollThread != null)\r
 741     {\r
 742       scrollThread.running = false;\r
 743     }\r
 744   }\r
 745 \r
 746   public void doMouseExitedDefineMode(MouseEvent e)\r
 747   {\r
 748     if (mouseDragging)\r
 749     {\r
 750       scrollThread = new ScrollThread();\r
 751     }\r
 752   }\r
 753 \r
 754   // this class allows scrolling off the bottom of the visible alignment\r
 755   class ScrollThread\r
 756       extends Thread\r
 757   {\r
 758     MouseEvent evt;\r
 759     boolean running = false;\r
 760     public ScrollThread()\r
 761     {\r
 762       start();\r
 763     }\r
 764 \r
 765     public void setEvent(MouseEvent e)\r
 766     {\r
 767       evt = e;\r
 768     }\r
 769 \r
 770     public void stopScrolling()\r
 771     {\r
 772       running = false;\r
 773     }\r
 774 \r
 775     public void run()\r
 776     {\r
 777       running = true;\r
 778       while (running)\r
 779       {\r
 780         if (evt != null)\r
 781         {\r
 782 \r
 783           if (mouseDragging && evt.getY() < 0 && av.getStartSeq() > 0)\r
 784           {\r
 785             running = ap.scrollUp(true);\r
 786           }\r
 787 \r
 788           if (mouseDragging && evt.getY() >= getSize().height &&\r
 789               av.alignment.getHeight() > av.getEndSeq())\r
 790           {\r
 791             running = ap.scrollUp(false);\r
 792           }\r
 793 \r
 794           if (mouseDragging && evt.getX() < 0)\r
 795           {\r
 796             running = ap.scrollRight(true);\r
 797           }\r
 798 \r
 799           else if (mouseDragging && evt.getX() >= getSize().width)\r
 800           {\r
 801             running = ap.scrollRight(false);\r
 802           }\r
 803         }\r
 804 \r
 805         try\r
 806         {\r
 807           Thread.sleep(75);\r
 808         }\r
 809         catch (Exception ex)\r
 810         {}\r
 811       }\r
 812     }\r
 813   }\r
 814 \r
 815 }\r