src/jalview/appletgui/SequenceRenderer.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
   3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.appletgui;
  19
  20 import java.awt.*;
  21
  22 import jalview.datamodel.*;
  23 import jalview.schemes.*;
  24
  25 public class SequenceRenderer implements jalview.api.SequenceRenderer
  26 {
  27   AlignViewport av;
  28
  29   FontMetrics fm;
  30
  31   boolean renderGaps = true;
  32
  33   SequenceGroup currentSequenceGroup = null;
  34
  35   SequenceGroup[] allGroups = null;
  36
  37   Color resBoxColour;
  38
  39   Graphics graphics;
  40
  41   boolean forOverview = false;
  42
  43   public SequenceRenderer(AlignViewport av)
  44   {
  45     this.av = av;
  46   }
  47
  48   /**
  49    * DOCUMENT ME!
  50    *
  51    * @param b
  52    *          DOCUMENT ME!
  53    */
  54   public void prepare(Graphics g, boolean renderGaps)
  55   {
  56     graphics = g;
  57     fm = g.getFontMetrics();
  58
  59     this.renderGaps = renderGaps;
  60   }
  61
  62   public Color getResidueBoxColour(SequenceI seq, int i)
  63   {
  64     allGroups = av.alignment.findAllGroups(seq);
  65
  66     if (inCurrentSequenceGroup(i))
  67     {
  68       if (currentSequenceGroup.getDisplayBoxes())
  69       {
  70         getBoxColour(currentSequenceGroup.cs, seq, i);
  71       }
  72     }
  73     else if (av.getShowBoxes())
  74     {
  75       getBoxColour(av.globalColourScheme, seq, i);
  76     }
  77
  78     return resBoxColour;
  79   }
  80
  81   void getBoxColour(ColourSchemeI cs, SequenceI seq, int i)
  82   {
  83     if (cs != null)
  84     {
  85       resBoxColour = cs.findColour(seq.getCharAt(i), i);
  86     }
  87     else if (forOverview
  88             && !jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(i)))
  89     {
  90       resBoxColour = Color.lightGray;
  91     }
  92     else
  93     {
  94       resBoxColour = Color.white;
  95     }
  96
  97   }
  98
  99   public Color findSequenceColour(SequenceI seq, int i)
 100   {
 101     allGroups = av.alignment.findAllGroups(seq);
 102     drawBoxes(seq, i, i, 0);
 103     return resBoxColour;
 104   }
 105
 106   public void drawSequence(SequenceI seq, SequenceGroup[] sg, int start,
 107           int end, int y1)
 108   {
 109     if (seq == null)
 110     {
 111       return;
 112     }
 113
 114     allGroups = sg;
 115
 116     drawBoxes(seq, start, end, y1);
 117
 118     if (av.validCharWidth)
 119     {
 120       drawText(seq, start, end, y1);
 121     }
 122   }
 123
 124   public void drawBoxes(SequenceI seq, int start, int end, int y1)
 125   {
 126     int i = start;
 127     int length = seq.getLength();
 128
 129     int curStart = -1;
 130     int curWidth = av.charWidth;
 131
 132     Color tempColour = null;
 133     while (i <= end)
 134     {
 135       resBoxColour = Color.white;
 136       if (i < length)
 137       {
 138         if (inCurrentSequenceGroup(i))
 139         {
 140           if (currentSequenceGroup.getDisplayBoxes())
 141           {
 142             getBoxColour(currentSequenceGroup.cs, seq, i);
 143           }
 144         }
 145         else if (av.getShowBoxes())
 146         {
 147           getBoxColour(av.getGlobalColourScheme(), seq, i);
 148         }
 149       }
 150
 151       if (resBoxColour != tempColour)
 152       {
 153         if (tempColour != null)
 154         {
 155           graphics.fillRect(av.charWidth * (curStart - start), y1,
 156                   curWidth, av.charHeight);
 157         }
 158         graphics.setColor(resBoxColour);
 159
 160         curStart = i;
 161         curWidth = av.charWidth;
 162         tempColour = resBoxColour;
 163
 164       }
 165       else
 166       {
 167         curWidth += av.charWidth;
 168       }
 169
 170       i++;
 171     }
 172
 173     graphics.fillRect(av.charWidth * (curStart - start), y1, curWidth,
 174             av.charHeight);
 175   }
 176
 177   public void drawText(SequenceI seq, int start, int end, int y1)
 178   {
 179     Font boldFont = null;
 180     boolean bold = false;
 181     if (av.upperCasebold)
 182     {
 183       boldFont = new Font(av.getFont().getName(), Font.BOLD, av.charHeight);
 184
 185       graphics.setFont(av.getFont());
 186     }
 187
 188     y1 += av.charHeight - av.charHeight / 5; // height/5 replaces pady
 189
 190     int charOffset = 0;
 191
 192     // Need to find the sequence position here.
 193     if (end + 1 >= seq.getLength())
 194     {
 195       end = seq.getLength() - 1;
 196     }
 197
 198     char s = ' ';
 199
 200     for (int i = start; i <= end; i++)
 201     {
 202       graphics.setColor(Color.black);
 203
 204       s = seq.getCharAt(i);
 205       if (!renderGaps && jalview.util.Comparison.isGap(s))
 206       {
 207         continue;
 208       }
 209
 210       if (inCurrentSequenceGroup(i))
 211       {
 212         if (!currentSequenceGroup.getDisplayText())
 213         {
 214           continue;
 215         }
 216
 217         if (currentSequenceGroup.getColourText())
 218         {
 219           getBoxColour(currentSequenceGroup.cs, seq, i);
 220           graphics.setColor(resBoxColour.darker());
 221         }
 222         if (currentSequenceGroup.getShowNonconserved())
 223         {
 224           // cheat - use this if we have a consensus for each group: s =
 225           // getDisplayChar(currentSequenceGroup.getConsensus(), i, s, '.');
 226           s = getDisplayChar(av.consensus, i, s, '.');
 227         }
 228       }
 229       else
 230       {
 231         if (!av.getShowText())
 232         {
 233           continue;
 234         }
 235
 236         if (av.getColourText())
 237         {
 238           getBoxColour(av.getGlobalColourScheme(), seq, i);
 239           if (av.getShowBoxes())
 240           {
 241             graphics.setColor(resBoxColour.darker());
 242           }
 243           else
 244           {
 245             graphics.setColor(resBoxColour);
 246           }
 247         }
 248         if (av.getShowunconserved())
 249         {
 250           s = getDisplayChar(av.consensus, i, s, '.');
 251
 252         }
 253       }
 254
 255       if (av.upperCasebold)
 256       {
 257         fm = graphics.getFontMetrics();
 258         if ('A' <= s && s <= 'Z')
 259         {
 260           if (!bold)
 261           {
 262
 263             graphics.setFont(boldFont);
 264           }
 265           bold = true;
 266         }
 267         else if (bold)
 268         {
 269           graphics.setFont(av.font);
 270           bold = false;
 271         }
 272
 273       }
 274
 275       charOffset = (av.charWidth - fm.charWidth(s)) / 2;
 276       graphics.drawString(String.valueOf(s), charOffset + av.charWidth
 277               * (i - start), y1);
 278     }
 279
 280   }
 281
 282   private char getDisplayChar(AlignmentAnnotation consensus, int position,
 283           char s, char c)
 284   {
 285     char conschar = consensus.annotations[position].displayCharacter
 286             .charAt(0);
 287     if (conschar != '-' && s == conschar)
 288     {
 289       s = c;
 290     }
 291     return s;
 292   }
 293
 294   boolean inCurrentSequenceGroup(int res)
 295   {
 296     if (allGroups == null)
 297     {
 298       return false;
 299     }
 300
 301     for (int i = 0; i < allGroups.length; i++)
 302     {
 303       if (allGroups[i].getStartRes() <= res
 304               && allGroups[i].getEndRes() >= res)
 305       {
 306         currentSequenceGroup = allGroups[i];
 307         return true;
 308       }
 309     }
 310
 311     return false;
 312   }
 313
 314   public void drawHighlightedText(SequenceI seq, int start, int end,
 315           int x1, int y1)
 316   {
 317     int pady = av.charHeight / 5;
 318     int charOffset = 0;
 319     graphics.setColor(Color.black);
 320     graphics.fillRect(x1, y1, av.charWidth * (end - start + 1),
 321             av.charHeight);
 322     graphics.setColor(Color.white);
 323
 324     char s = '~';
 325     // Need to find the sequence position here.
 326     if (av.validCharWidth)
 327     {
 328       for (int i = start; i <= end; i++)
 329       {
 330         if (i < seq.getLength())
 331         {
 332           s = seq.getCharAt(i);
 333         }
 334
 335         charOffset = (av.charWidth - fm.charWidth(s)) / 2;
 336         graphics.drawString(String.valueOf(s), charOffset + x1
 337                 + av.charWidth * (i - start), y1 + av.charHeight - pady);
 338       }
 339     }
 340   }
 341
 342   public void drawCursor(SequenceI seq, int res, int x1, int y1)
 343   {
 344     int pady = av.charHeight / 5;
 345     int charOffset = 0;
 346     graphics.setColor(Color.black);
 347     graphics.fillRect(x1, y1, av.charWidth, av.charHeight);
 348     graphics.setColor(Color.white);
 349
 350     graphics.setColor(Color.white);
 351
 352     char s = seq.getCharAt(res);
 353     if (av.validCharWidth)
 354     {
 355
 356       charOffset = (av.charWidth - fm.charWidth(s)) / 2;
 357       graphics.drawString(String.valueOf(s), charOffset + x1,
 358               (y1 + av.charHeight) - pady);
 359     }
 360   }
 361
 362 }