src/jalview/appletgui/SequenceRenderer.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.appletgui;
  22
  23 import jalview.api.FeatureRenderer;
  24 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  25 import jalview.datamodel.SequenceI;
  26 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  27
  28 import java.awt.Color;
  29 import java.awt.Font;
  30 import java.awt.FontMetrics;
  31 import java.awt.Graphics;
  32
  33 public class SequenceRenderer implements jalview.api.SequenceRenderer
  34 {
  35   final static int CHAR_TO_UPPER = 'A' - 'a';
  36
  37   AlignViewport av;
  38
  39   FontMetrics fm;
  40
  41   boolean renderGaps = true;
  42
  43   SequenceGroup currentSequenceGroup = null;
  44
  45   SequenceGroup[] allGroups = null;
  46
  47   Color resBoxColour;
  48
  49   Graphics graphics;
  50
  51   boolean forOverview = false;
  52
  53   public SequenceRenderer(AlignViewport av)
  54   {
  55     this.av = av;
  56   }
  57
  58   /**
  59    * DOCUMENT ME!
  60    *
  61    * @param b
  62    *          DOCUMENT ME!
  63    */
  64   public void prepare(Graphics g, boolean renderGaps)
  65   {
  66     graphics = g;
  67     fm = g.getFontMetrics();
  68
  69     this.renderGaps = renderGaps;
  70   }
  71
  72   @Override
  73   public Color getResidueBoxColour(SequenceI seq, int i)
  74   {
  75     allGroups = av.getAlignment().findAllGroups(seq);
  76
  77     if (inCurrentSequenceGroup(i))
  78     {
  79       if (currentSequenceGroup.getDisplayBoxes())
  80       {
  81         getBoxColour(currentSequenceGroup.cs, seq, i);
  82       }
  83     }
  84     else if (av.getShowBoxes())
  85     {
  86       getBoxColour(av.getGlobalColourScheme(), seq, i);
  87     }
  88
  89     return resBoxColour;
  90   }
  91
  92   /**
  93    * Get the residue colour at the given sequence position - as determined by
  94    * the sequence group colour (if any), else the colour scheme, possibly
  95    * overridden by a feature colour.
  96    *
  97    * @param seq
  98    * @param position
  99    * @param fr
 100    * @return
 101    */
 102   @Override
 103   public Color getResidueColour(final SequenceI seq, int position,
 104           FeatureRenderer fr)
 105   {
 106     // TODO replace 8 or so code duplications with calls to this method
 107     // (refactored as needed)
 108     Color col = getResidueBoxColour(seq, position);
 109
 110     if (fr != null)
 111     {
 112       col = fr.findFeatureColour(col, seq, position);
 113     }
 114     return col;
 115   }
 116
 117   void getBoxColour(ColourSchemeI cs, SequenceI seq, int i)
 118   {
 119     if (cs != null)
 120     {
 121       resBoxColour = cs.findColour(seq.getCharAt(i), i, seq);
 122     }
 123     else if (forOverview
 124             && !jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(i)))
 125     {
 126       resBoxColour = Color.lightGray;
 127     }
 128     else
 129     {
 130       resBoxColour = Color.white;
 131     }
 132
 133   }
 134
 135   public Color findSequenceColour(SequenceI seq, int i)
 136   {
 137     allGroups = av.getAlignment().findAllGroups(seq);
 138     drawBoxes(seq, i, i, 0);
 139     return resBoxColour;
 140   }
 141
 142   public void drawSequence(SequenceI seq, SequenceGroup[] sg, int start,
 143           int end, int y1)
 144   {
 145     if (seq == null)
 146     {
 147       return;
 148     }
 149
 150     allGroups = sg;
 151
 152     drawBoxes(seq, start, end, y1);
 153
 154     if (av.validCharWidth)
 155     {
 156       drawText(seq, start, end, y1);
 157     }
 158   }
 159
 160   public void drawBoxes(SequenceI seq, int start, int end, int y1)
 161   {
 162     int i = start;
 163     int length = seq.getLength();
 164
 165     int curStart = -1;
 166     int curWidth = av.getCharWidth(), avCharWidth = av.getCharWidth(), avCharHeight = av
 167             .getCharHeight();
 168
 169     Color tempColour = null;
 170     while (i <= end)
 171     {
 172       resBoxColour = Color.white;
 173       if (i < length)
 174       {
 175         if (inCurrentSequenceGroup(i))
 176         {
 177           if (currentSequenceGroup.getDisplayBoxes())
 178           {
 179             getBoxColour(currentSequenceGroup.cs, seq, i);
 180           }
 181         }
 182         else if (av.getShowBoxes())
 183         {
 184           getBoxColour(av.getGlobalColourScheme(), seq, i);
 185         }
 186       }
 187
 188       if (resBoxColour != tempColour)
 189       {
 190         if (tempColour != null)
 191         {
 192           graphics.fillRect(avCharWidth * (curStart - start), y1, curWidth,
 193                   avCharHeight);
 194         }
 195         graphics.setColor(resBoxColour);
 196
 197         curStart = i;
 198         curWidth = avCharWidth;
 199         tempColour = resBoxColour;
 200
 201       }
 202       else
 203       {
 204         curWidth += avCharWidth;
 205       }
 206
 207       i++;
 208     }
 209
 210     graphics.fillRect(avCharWidth * (curStart - start), y1, curWidth,
 211             avCharHeight);
 212   }
 213
 214   public void drawText(SequenceI seq, int start, int end, int y1)
 215   {
 216     int avCharWidth = av.getCharWidth(), avCharHeight = av.getCharHeight();
 217     Font boldFont = null;
 218     boolean bold = false;
 219     if (av.isUpperCasebold())
 220     {
 221       boldFont = new Font(av.getFont().getName(), Font.BOLD, avCharHeight);
 222
 223       graphics.setFont(av.getFont());
 224     }
 225
 226     y1 += avCharHeight - avCharHeight / 5; // height/5 replaces pady
 227
 228     int charOffset = 0;
 229
 230     // Need to find the sequence position here.
 231     if (end + 1 >= seq.getLength())
 232     {
 233       end = seq.getLength() - 1;
 234     }
 235
 236     char s = ' ';
 237     boolean srep = av.isDisplayReferenceSeq();
 238     for (int i = start; i <= end; i++)
 239     {
 240       graphics.setColor(Color.black);
 241
 242       s = seq.getCharAt(i);
 243       if (!renderGaps && jalview.util.Comparison.isGap(s))
 244       {
 245         continue;
 246       }
 247
 248       if (inCurrentSequenceGroup(i))
 249       {
 250         if (!currentSequenceGroup.getDisplayText())
 251         {
 252           continue;
 253         }
 254
 255         if (currentSequenceGroup.getColourText())
 256         {
 257           getBoxColour(currentSequenceGroup.cs, seq, i);
 258           graphics.setColor(resBoxColour.darker());
 259         }
 260         if (currentSequenceGroup.getShowNonconserved())
 261         {
 262           s = getDisplayChar(srep, i, s, '.', currentSequenceGroup);
 263         }
 264       }
 265       else
 266       {
 267         if (!av.getShowText())
 268         {
 269           continue;
 270         }
 271
 272         if (av.getColourText())
 273         {
 274           getBoxColour(av.getGlobalColourScheme(), seq, i);
 275           if (av.getShowBoxes())
 276           {
 277             graphics.setColor(resBoxColour.darker());
 278           }
 279           else
 280           {
 281             graphics.setColor(resBoxColour);
 282           }
 283         }
 284         if (av.getShowUnconserved())
 285         {
 286           s = getDisplayChar(srep, i, s, '.', null);
 287
 288         }
 289       }
 290
 291       if (av.isUpperCasebold())
 292       {
 293         fm = graphics.getFontMetrics();
 294         if ('A' <= s && s <= 'Z')
 295         {
 296           if (!bold)
 297           {
 298
 299             graphics.setFont(boldFont);
 300           }
 301           bold = true;
 302         }
 303         else if (bold)
 304         {
 305           graphics.setFont(av.font);
 306           bold = false;
 307         }
 308
 309       }
 310
 311       charOffset = (avCharWidth - fm.charWidth(s)) / 2;
 312       graphics.drawString(String.valueOf(s), charOffset + avCharWidth
 313               * (i - start), y1);
 314     }
 315
 316   }
 317
 318   /**
 319    * Returns 'conservedChar' to represent the given position if the sequence
 320    * character at that position is equal to the consensus (ignoring case), else
 321    * returns the sequence character
 322    *
 323    * @param usesrep
 324    * @param position
 325    * @param sequenceChar
 326    * @param conservedChar
 327    * @return
 328    */
 329   private char getDisplayChar(final boolean usesrep, int position,
 330           char sequenceChar, char conservedChar, SequenceGroup currentGroup)
 331   {
 332     // TODO - use currentSequenceGroup rather than alignment
 333     // currentSequenceGroup.getConsensus()
 334     char conschar = (usesrep) ? (currentGroup == null
 335             || position < currentGroup.getStartRes()
 336             || position > currentGroup.getEndRes() ? av.getAlignment()
 337             .getSeqrep().getCharAt(position)
 338             : (currentGroup.getSeqrep() != null ? currentGroup.getSeqrep()
 339                     .getCharAt(position) : av.getAlignment().getSeqrep()
 340                     .getCharAt(position)))
 341             : (currentGroup != null && currentGroup.getConsensus() != null
 342                     && position >= currentGroup.getStartRes()
 343                     && position <= currentGroup.getEndRes() && currentGroup
 344                     .getConsensus().annotations.length > position) ? currentGroup
 345                     .getConsensus().annotations[position].displayCharacter
 346                     .charAt(0)
 347                     : av.getAlignmentConsensusAnnotation().annotations[position].displayCharacter
 348                             .charAt(0);
 349     if (!jalview.util.Comparison.isGap(conschar)
 350             && (sequenceChar == conschar || sequenceChar + CHAR_TO_UPPER == conschar))
 351     {
 352       sequenceChar = conservedChar;
 353     }
 354     return sequenceChar;
 355   }
 356
 357   boolean inCurrentSequenceGroup(int res)
 358   {
 359     if (allGroups == null)
 360     {
 361       return false;
 362     }
 363
 364     for (int i = 0; i < allGroups.length; i++)
 365     {
 366       if (allGroups[i].getStartRes() <= res
 367               && allGroups[i].getEndRes() >= res)
 368       {
 369         currentSequenceGroup = allGroups[i];
 370         return true;
 371       }
 372     }
 373
 374     return false;
 375   }
 376
 377   public void drawHighlightedText(SequenceI seq, int start, int end,
 378           int x1, int y1)
 379   {
 380     int avCharWidth = av.getCharWidth(), avCharHeight = av.getCharHeight();
 381     int pady = avCharHeight / 5;
 382     int charOffset = 0;
 383     graphics.setColor(Color.black);
 384     graphics.fillRect(x1, y1, avCharWidth * (end - start + 1), avCharHeight);
 385     graphics.setColor(Color.white);
 386
 387     char s = '~';
 388     // Need to find the sequence position here.
 389     if (av.validCharWidth)
 390     {
 391       for (int i = start; i <= end; i++)
 392       {
 393         if (i < seq.getLength())
 394         {
 395           s = seq.getCharAt(i);
 396         }
 397
 398         charOffset = (avCharWidth - fm.charWidth(s)) / 2;
 399         graphics.drawString(String.valueOf(s), charOffset + x1
 400                 + avCharWidth * (i - start), y1 + avCharHeight - pady);
 401       }
 402     }
 403   }
 404
 405   public void drawCursor(SequenceI seq, int res, int x1, int y1)
 406   {
 407     int pady = av.getCharHeight() / 5;
 408     int charOffset = 0;
 409     graphics.setColor(Color.black);
 410     graphics.fillRect(x1, y1, av.getCharWidth(), av.getCharHeight());
 411     graphics.setColor(Color.white);
 412
 413     graphics.setColor(Color.white);
 414
 415     char s = seq.getCharAt(res);
 416     if (av.validCharWidth)
 417     {
 418
 419       charOffset = (av.getCharWidth() - fm.charWidth(s)) / 2;
 420       graphics.drawString(String.valueOf(s), charOffset + x1,
 421               (y1 + av.getCharHeight()) - pady);
 422     }
 423   }
 424
 425 }