src/jalview/appletgui/SequenceRenderer.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.awt.*;\r
  23 \r
  24 import jalview.datamodel.*;\r
  25 import jalview.schemes.*;\r
  26 \r
  27 public class SequenceRenderer\r
  28 {\r
  29   AlignViewport av;\r
  30   FontMetrics fm;\r
  31   boolean renderGaps = true;\r
  32   SequenceGroup currentSequenceGroup = null;\r
  33   SequenceGroup[] allGroups = null;\r
  34   Color resBoxColour;\r
  35   Graphics graphics;\r
  36 \r
  37   public SequenceRenderer(AlignViewport av)\r
  38   {\r
  39     this.av = av;\r
  40   }\r
  41 \r
  42   public void renderGaps(boolean b)\r
  43   {\r
  44     renderGaps = b;\r
  45   }\r
  46 \r
  47   public Color getResidueBoxColour(ColourSchemeI cs, SequenceI seq, int i)\r
  48   {\r
  49     getBoxColour(cs, seq, i);\r
  50     return resBoxColour;\r
  51   }\r
  52 \r
  53   void getBoxColour(ColourSchemeI cs, SequenceI seq, int i)\r
  54   {\r
  55     if (cs != null)\r
  56     {\r
  57       resBoxColour = cs.findColour(seq.getSequence(i, i + 1), i);\r
  58     }\r
  59     else\r
  60     {\r
  61       resBoxColour = Color.white;\r
  62     }\r
  63   }\r
  64 \r
  65   public void drawSequence(Graphics g, SequenceI seq, SequenceGroup[] sg,\r
  66                            int start, int end, int x1, int y1, int width,\r
  67                            int height)\r
  68   {\r
  69     allGroups = sg;\r
  70 \r
  71     graphics = g;\r
  72 \r
  73     drawBoxes(seq, start, end, x1, y1, (int) width, height);\r
  74 \r
  75     fm = g.getFontMetrics();\r
  76     drawText(seq, start, end, x1, y1, (int) width, height);\r
  77 \r
  78   }\r
  79 \r
  80   public void drawBoxes(SequenceI seq, int start, int end, int x1, int y1,\r
  81                         int width, int height)\r
  82   {\r
  83     int i = start;\r
  84     int length = seq.getLength();\r
  85 \r
  86     int curStart = -1;\r
  87     int curWidth = width;\r
  88 \r
  89     Color tempColour = null;\r
  90     while (i <= end)\r
  91     {\r
  92       resBoxColour = Color.white;\r
  93       if(i < length)\r
  94       {\r
  95         if (inCurrentSequenceGroup(i))\r
  96         {\r
  97           if (currentSequenceGroup.getDisplayBoxes())\r
  98           {\r
  99             getBoxColour(currentSequenceGroup.cs, seq, i);\r
 100           }\r
 101         }\r
 102         else if (av.getShowBoxes())\r
 103         {\r
 104           getBoxColour(av.getGlobalColourScheme(), seq, i);\r
 105         }\r
 106       }\r
 107 \r
 108 \r
 109       if (resBoxColour != tempColour)\r
 110       {\r
 111         if (tempColour != null)\r
 112         {\r
 113           graphics.fillRect(x1 + width * (curStart - start), y1, curWidth,\r
 114                             height);\r
 115         }\r
 116         graphics.setColor(resBoxColour);\r
 117 \r
 118         curStart = i;\r
 119         curWidth = width;\r
 120         tempColour = resBoxColour;\r
 121 \r
 122       }\r
 123       else\r
 124       {\r
 125         curWidth += width;\r
 126       }\r
 127 \r
 128       i++;\r
 129     }\r
 130 \r
 131     graphics.fillRect(x1 + width * (curStart - start), y1, curWidth, height);\r
 132   }\r
 133 \r
 134   public void drawText(SequenceI seq, int start, int end, int x1, int y1,\r
 135                        int width, int height)\r
 136   {\r
 137     int pady = height / 5;\r
 138     int charOffset = 0;\r
 139     char s=' ';\r
 140     // Need to find the sequence position here.\r
 141 \r
 142     String sequence = seq.getSequence();\r
 143 \r
 144     if(end+1>=seq.getLength())\r
 145           end = seq.getLength()-1;\r
 146 \r
 147     for (int i = start; i <= end; i++)\r
 148     {\r
 149       graphics.setColor(Color.black);\r
 150 \r
 151       s = sequence.charAt(i);\r
 152 \r
 153       if (!renderGaps && jalview.util.Comparison.isGap(s))\r
 154       {\r
 155         continue;\r
 156       }\r
 157 \r
 158       if (inCurrentSequenceGroup(i))\r
 159       {\r
 160         if (!currentSequenceGroup.getDisplayText())\r
 161         {\r
 162           continue;\r
 163         }\r
 164 \r
 165         if (currentSequenceGroup.getColourText())\r
 166         {\r
 167           getBoxColour(currentSequenceGroup.cs, seq, i);\r
 168           graphics.setColor(resBoxColour.darker());\r
 169         }\r
 170       }\r
 171       else\r
 172       {\r
 173         if (!av.getShowText())\r
 174         {\r
 175           continue;\r
 176         }\r
 177 \r
 178         if (av.getColourText())\r
 179         {\r
 180           getBoxColour(av.getGlobalColourScheme(), seq, i);\r
 181           if (av.getShowBoxes())\r
 182           {\r
 183             graphics.setColor(resBoxColour.darker());\r
 184           }\r
 185           else\r
 186           {\r
 187             graphics.setColor(resBoxColour);\r
 188           }\r
 189         }\r
 190       }\r
 191 \r
 192       charOffset = (width - fm.charWidth(s)) / 2;\r
 193       graphics.drawString(String.valueOf(s),\r
 194                           charOffset + x1 + width * (i - start),\r
 195                           y1 + height - pady);\r
 196     }\r
 197 \r
 198   }\r
 199 \r
 200   boolean inCurrentSequenceGroup(int res)\r
 201   {\r
 202     if (allGroups == null)\r
 203     {\r
 204       return false;\r
 205     }\r
 206 \r
 207     for (int i = 0; i < allGroups.length; i++)\r
 208     {\r
 209       if (allGroups[i].getStartRes() <= res && allGroups[i].getEndRes() >= res)\r
 210       {\r
 211         currentSequenceGroup = allGroups[i];\r
 212         return true;\r
 213       }\r
 214     }\r
 215 \r
 216     return false;\r
 217   }\r
 218 \r
 219   public void drawHighlightedText(SequenceI seq, int start, int end, int x1,\r
 220                                   int y1, int width, int height)\r
 221   {\r
 222     int pady = height / 5;\r
 223     int charOffset = 0;\r
 224     graphics.setColor(Color.black);\r
 225     graphics.fillRect(x1, y1, width * (end - start + 1), height);\r
 226     graphics.setColor(Color.white);\r
 227 \r
 228     char s = '~';\r
 229     // Need to find the sequence position here.\r
 230     for (int i = start; i <= end; i++)\r
 231     {\r
 232       if (i < seq.getLength())\r
 233       {\r
 234         s = seq.getSequence().charAt(i);\r
 235       }\r
 236 \r
 237       charOffset = (width - fm.charWidth(s)) / 2;\r
 238       graphics.drawString(String.valueOf(s),\r
 239                           charOffset + x1 + width * (i - start),\r
 240                           y1 + height - pady);\r
 241     }\r
 242   }\r
 243 \r
 244 }\r