src/jalview/appletgui/SliderPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.appletgui;
  22
  23 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  24 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  25 import jalview.util.MessageManager;
  26
  27 import java.awt.BorderLayout;
  28 import java.awt.Button;
  29 import java.awt.Checkbox;
  30 import java.awt.Color;
  31 import java.awt.FlowLayout;
  32 import java.awt.Frame;
  33 import java.awt.Label;
  34 import java.awt.Panel;
  35 import java.awt.Scrollbar;
  36 import java.awt.TextField;
  37 import java.awt.event.ActionEvent;
  38 import java.awt.event.ActionListener;
  39 import java.awt.event.AdjustmentEvent;
  40 import java.awt.event.AdjustmentListener;
  41 import java.awt.event.MouseEvent;
  42 import java.awt.event.MouseListener;
  43 import java.awt.event.WindowAdapter;
  44 import java.awt.event.WindowEvent;
  45 import java.util.Iterator;
  46
  47 public class SliderPanel extends Panel implements ActionListener,
  48         AdjustmentListener, MouseListener
  49 {
  50   AlignmentPanel ap;
  51
  52   boolean forConservation = true;
  53
  54   ColourSchemeI cs;
  55
  56   static Frame conservationSlider;
  57
  58   static Frame PIDSlider;
  59
  60   public static int setConservationSlider(AlignmentPanel ap,
  61           ColourSchemeI cs, String source)
  62   {
  63     SliderPanel sp = null;
  64
  65     if (conservationSlider == null)
  66     {
  67       sp = new SliderPanel(ap, cs.getConservationInc(), true, cs);
  68       conservationSlider = new Frame();
  69       conservationSlider.add(sp);
  70     }
  71     else
  72     {
  73       sp = (SliderPanel) conservationSlider.getComponent(0);
  74       sp.cs = cs;
  75     }
  76
  77     conservationSlider
  78             .setTitle(MessageManager.formatMessage(
  79                     "label.conservation_colour_increment",
  80                     new String[] { source }));
  81     if (ap.av.getAlignment().getGroups() != null)
  82     {
  83       sp.setAllGroupsCheckEnabled(true);
  84     }
  85     else
  86     {
  87       sp.setAllGroupsCheckEnabled(false);
  88     }
  89
  90     return sp.getValue();
  91   }
  92
  93   public static void showConservationSlider()
  94   {
  95     try
  96     {
  97       PIDSlider.setVisible(false);
  98       PIDSlider = null;
  99     } catch (Exception ex)
 100     {
 101     }
 102
 103     if (!conservationSlider.isVisible())
 104     {
 105       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(conservationSlider,
 106               conservationSlider.getTitle(), 420, 100);
 107       conservationSlider.addWindowListener(new WindowAdapter()
 108       {
 109         public void windowClosing(WindowEvent e)
 110         {
 111           conservationSlider = null;
 112         }
 113       });
 114
 115     }
 116
 117   }
 118
 119   public static int setPIDSliderSource(AlignmentPanel ap, ColourSchemeI cs,
 120           String source)
 121   {
 122     SliderPanel pid = null;
 123     if (PIDSlider == null)
 124     {
 125       pid = new SliderPanel(ap, 50, false, cs);
 126       PIDSlider = new Frame();
 127       PIDSlider.add(pid);
 128     }
 129     else
 130     {
 131       pid = (SliderPanel) PIDSlider.getComponent(0);
 132       pid.cs = cs;
 133     }
 134     PIDSlider.setTitle(MessageManager
 135             .formatMessage("label.percentage_identity_thereshold",
 136                     new String[] { source }));
 137
 138     if (ap.av.getAlignment().getGroups() != null)
 139     {
 140       pid.setAllGroupsCheckEnabled(true);
 141     }
 142     else
 143     {
 144       pid.setAllGroupsCheckEnabled(false);
 145     }
 146
 147     return pid.getValue();
 148
 149   }
 150
 151   public static void showPIDSlider()
 152   {
 153     try
 154     {
 155       conservationSlider.setVisible(false);
 156       conservationSlider = null;
 157     } catch (Exception ex)
 158     {
 159     }
 160
 161     if (!PIDSlider.isVisible())
 162     {
 163       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(PIDSlider, PIDSlider.getTitle(),
 164               420, 100);
 165       PIDSlider.addWindowListener(new WindowAdapter()
 166       {
 167         public void windowClosing(WindowEvent e)
 168         {
 169           PIDSlider = null;
 170         }
 171       });
 172     }
 173
 174   }
 175
 176   public SliderPanel(AlignmentPanel ap, int value, boolean forConserve,
 177           ColourSchemeI cs)
 178   {
 179     try
 180     {
 181       jbInit();
 182     } catch (Exception e)
 183     {
 184       e.printStackTrace();
 185     }
 186     this.ap = ap;
 187     this.cs = cs;
 188     forConservation = forConserve;
 189     undoButton.setVisible(false);
 190     applyButton.setVisible(false);
 191     if (forConservation)
 192     {
 193       label.setText(MessageManager
 194               .getString("label.modify_conservation_visibility"));
 195       slider.setMinimum(0);
 196       slider.setMaximum(50 + slider.getVisibleAmount());
 197       slider.setUnitIncrement(1);
 198     }
 199     else
 200     {
 201       label.setText(MessageManager
 202               .getString("label.colour_residues_above_occurence"));
 203       slider.setMinimum(0);
 204       slider.setMaximum(100 + slider.getVisibleAmount());
 205       slider.setBlockIncrement(1);
 206     }
 207
 208     slider.addAdjustmentListener(this);
 209     slider.addMouseListener(this);
 210
 211     slider.setValue(value);
 212     valueField.setText(value + "");
 213   }
 214
 215   public void valueChanged(int i)
 216   {
 217     if (cs == null)
 218     {
 219       return;
 220     }
 221
 222     ColourSchemeI toChange = cs;
 223     Iterator<SequenceGroup> allGroups = null;
 224
 225     if (allGroupsCheck.getState())
 226     {
 227       allGroups = ap.av.getAlignment().getGroups().listIterator();
 228     }
 229
 230     while (toChange != null)
 231     {
 232       if (forConservation)
 233       {
 234         toChange.setConservationInc(i);
 235       }
 236       else
 237       {
 238         toChange.setThreshold(i, ap.av.isIgnoreGapsConsensus());
 239       }
 240       if (allGroups != null && allGroups.hasNext())
 241       {
 242         while ((toChange = allGroups.next().cs) == null
 243                 && allGroups.hasNext())
 244         {
 245           ;
 246         }
 247       }
 248       else
 249       {
 250         toChange = null;
 251       }
 252     }
 253
 254     ap.seqPanel.seqCanvas.repaint();
 255
 256   }
 257
 258   public void setAllGroupsCheckEnabled(boolean b)
 259   {
 260     allGroupsCheck.setEnabled(b);
 261   }
 262
 263   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 264   {
 265     if (evt.getSource() == applyButton)
 266     {
 267       applyButton_actionPerformed();
 268     }
 269     else if (evt.getSource() == undoButton)
 270     {
 271       undoButton_actionPerformed();
 272     }
 273     else if (evt.getSource() == valueField)
 274     {
 275       valueField_actionPerformed();
 276     }
 277   }
 278
 279   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)
 280   {
 281     valueField.setText(slider.getValue() + "");
 282     valueChanged(slider.getValue());
 283   }
 284
 285   public void valueField_actionPerformed()
 286   {
 287     try
 288     {
 289       int i = Integer.parseInt(valueField.getText());
 290       slider.setValue(i);
 291     } catch (Exception ex)
 292     {
 293       valueField.setText(slider.getValue() + "");
 294     }
 295   }
 296
 297   public void setValue(int value)
 298   {
 299     slider.setValue(value);
 300   }
 301
 302   public int getValue()
 303   {
 304     return Integer.parseInt(valueField.getText());
 305   }
 306
 307   // this is used for conservation colours, PID colours and redundancy threshold
 308   protected Scrollbar slider = new Scrollbar();
 309
 310   protected TextField valueField = new TextField();
 311
 312   protected Label label = new Label();
 313
 314   Panel jPanel1 = new Panel();
 315
 316   Panel jPanel2 = new Panel();
 317
 318   protected Button applyButton = new Button();
 319
 320   protected Button undoButton = new Button();
 321
 322   FlowLayout flowLayout1 = new FlowLayout();
 323
 324   protected Checkbox allGroupsCheck = new Checkbox();
 325
 326   BorderLayout borderLayout1 = new BorderLayout();
 327
 328   BorderLayout borderLayout2 = new BorderLayout();
 329
 330   FlowLayout flowLayout2 = new FlowLayout();
 331
 332   private void jbInit() throws Exception
 333   {
 334     this.setLayout(borderLayout2);
 335
 336     // slider.setMajorTickSpacing(10);
 337     // slider.setMinorTickSpacing(1);
 338     // slider.setPaintTicks(true);
 339     slider.setBackground(Color.white);
 340     slider.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 11));
 341     slider.setOrientation(0);
 342     valueField.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 11));
 343     valueField.setText("   ");
 344     valueField.addActionListener(this);
 345     valueField.setColumns(3);
 346     label.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 11));
 347     label.setText(MessageManager.getString("label.set_this_label_text"));
 348     jPanel1.setLayout(borderLayout1);
 349     jPanel2.setLayout(flowLayout1);
 350     applyButton.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 11));
 351     applyButton.setLabel(MessageManager.getString("action.apply"));
 352     applyButton.addActionListener(this);
 353     undoButton.setEnabled(false);
 354     undoButton.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 11));
 355     undoButton.setLabel(MessageManager.getString("action.undo"));
 356     undoButton.addActionListener(this);
 357     allGroupsCheck.setEnabled(false);
 358     allGroupsCheck.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 11));
 359     allGroupsCheck.setLabel(MessageManager
 360             .getString("action.apply_threshold_all_groups"));
 361     allGroupsCheck.setName(MessageManager
 362             .getString("action.apply_all_groups"));
 363     this.setBackground(Color.white);
 364     this.setForeground(Color.black);
 365     jPanel2.add(label, null);
 366     jPanel2.add(applyButton, null);
 367     jPanel2.add(undoButton, null);
 368     jPanel2.add(allGroupsCheck);
 369     jPanel1.add(valueField, java.awt.BorderLayout.EAST);
 370     jPanel1.add(slider, java.awt.BorderLayout.CENTER);
 371     this.add(jPanel1, java.awt.BorderLayout.SOUTH);
 372     this.add(jPanel2, java.awt.BorderLayout.CENTER);
 373   }
 374
 375   protected void applyButton_actionPerformed()
 376   {
 377   }
 378
 379   protected void undoButton_actionPerformed()
 380   {
 381   }
 382
 383   public void mousePressed(MouseEvent evt)
 384   {
 385   }
 386
 387   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 388   {
 389     ap.paintAlignment(true);
 390   }
 391
 392   public void mouseClicked(MouseEvent evt)
 393   {
 394   }
 395
 396   public void mouseEntered(MouseEvent evt)
 397   {
 398   }
 399
 400   public void mouseExited(MouseEvent evt)
 401   {
 402   }
 403 }