src/jalview/appletgui/SliderPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.appletgui;
  22
  23 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  24 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  25 import jalview.util.MessageManager;
  26
  27 import java.awt.BorderLayout;
  28 import java.awt.Button;
  29 import java.awt.Checkbox;
  30 import java.awt.Color;
  31 import java.awt.FlowLayout;
  32 import java.awt.Frame;
  33 import java.awt.Label;
  34 import java.awt.Panel;
  35 import java.awt.Scrollbar;
  36 import java.awt.TextField;
  37 import java.awt.event.ActionEvent;
  38 import java.awt.event.ActionListener;
  39 import java.awt.event.AdjustmentEvent;
  40 import java.awt.event.AdjustmentListener;
  41 import java.awt.event.MouseEvent;
  42 import java.awt.event.MouseListener;
  43 import java.awt.event.WindowAdapter;
  44 import java.awt.event.WindowEvent;
  45 import java.util.Iterator;
  46
  47 public class SliderPanel extends Panel implements ActionListener,
  48         AdjustmentListener, MouseListener
  49 {
  50   AlignmentPanel ap;
  51
  52   boolean forConservation = true;
  53
  54   ColourSchemeI cs;
  55
  56   static Frame conservationSlider;
  57
  58   static Frame PIDSlider;
  59
  60   public static int setConservationSlider(AlignmentPanel ap,
  61           ColourSchemeI cs, String source)
  62   {
  63     SliderPanel sp = null;
  64
  65     if (conservationSlider == null)
  66     {
  67       sp = new SliderPanel(ap, cs.getConservationInc(), true, cs);
  68       conservationSlider = new Frame();
  69       conservationSlider.add(sp);
  70     }
  71     else
  72     {
  73       sp = (SliderPanel) conservationSlider.getComponent(0);
  74       sp.cs = cs;
  75     }
  76
  77     conservationSlider
  78             .setTitle(MessageManager.formatMessage(
  79                     "label.conservation_colour_increment",
  80                     new String[] { source }));
  81     if (ap.av.getAlignment().getGroups() != null)
  82     {
  83       sp.setAllGroupsCheckEnabled(true);
  84     }
  85     else
  86     {
  87       sp.setAllGroupsCheckEnabled(false);
  88     }
  89
  90     return sp.getValue();
  91   }
  92
  93   public static void showConservationSlider()
  94   {
  95     try
  96     {
  97       PIDSlider.setVisible(false);
  98       PIDSlider = null;
  99     } catch (Exception ex)
 100     {
 101     }
 102
 103     if (!conservationSlider.isVisible())
 104     {
 105       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(conservationSlider,
 106               conservationSlider.getTitle(), 420, 100);
 107       conservationSlider.addWindowListener(new WindowAdapter()
 108       {
 109         public void windowClosing(WindowEvent e)
 110         {
 111           conservationSlider = null;
 112         }
 113       });
 114
 115     }
 116
 117   }
 118
 119   public static int setPIDSliderSource(AlignmentPanel ap, ColourSchemeI cs,
 120           String source)
 121   {
 122     SliderPanel pid = null;
 123     if (PIDSlider == null)
 124     {
 125       pid = new SliderPanel(ap, 50, false, cs);
 126       PIDSlider = new Frame();
 127       PIDSlider.add(pid);
 128     }
 129     else
 130     {
 131       pid = (SliderPanel) PIDSlider.getComponent(0);
 132       pid.cs = cs;
 133     }
 134     PIDSlider
 135             .setTitle(MessageManager.formatMessage(
 136                     "label.percentage_identity_threshold",
 137                     new String[] { source }));
 138
 139     if (ap.av.getAlignment().getGroups() != null)
 140     {
 141       pid.setAllGroupsCheckEnabled(true);
 142     }
 143     else
 144     {
 145       pid.setAllGroupsCheckEnabled(false);
 146     }
 147
 148     return pid.getValue();
 149
 150   }
 151
 152   public static void showPIDSlider()
 153   {
 154     try
 155     {
 156       conservationSlider.setVisible(false);
 157       conservationSlider = null;
 158     } catch (Exception ex)
 159     {
 160     }
 161
 162     if (!PIDSlider.isVisible())
 163     {
 164       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(PIDSlider, PIDSlider.getTitle(),
 165               420, 100);
 166       PIDSlider.addWindowListener(new WindowAdapter()
 167       {
 168         public void windowClosing(WindowEvent e)
 169         {
 170           PIDSlider = null;
 171         }
 172       });
 173     }
 174
 175   }
 176
 177   public SliderPanel(AlignmentPanel ap, int value, boolean forConserve,
 178           ColourSchemeI cs)
 179   {
 180     try
 181     {
 182       jbInit();
 183     } catch (Exception e)
 184     {
 185       e.printStackTrace();
 186     }
 187     this.ap = ap;
 188     this.cs = cs;
 189     forConservation = forConserve;
 190     undoButton.setVisible(false);
 191     applyButton.setVisible(false);
 192     if (forConservation)
 193     {
 194       label.setText(MessageManager
 195               .getString("label.modify_conservation_visibility"));
 196       slider.setMinimum(0);
 197       slider.setMaximum(50 + slider.getVisibleAmount());
 198       slider.setUnitIncrement(1);
 199     }
 200     else
 201     {
 202       label.setText(MessageManager
 203               .getString("label.colour_residues_above_occurence"));
 204       slider.setMinimum(0);
 205       slider.setMaximum(100 + slider.getVisibleAmount());
 206       slider.setBlockIncrement(1);
 207     }
 208
 209     slider.addAdjustmentListener(this);
 210     slider.addMouseListener(this);
 211
 212     slider.setValue(value);
 213     valueField.setText(value + "");
 214   }
 215
 216   public void valueChanged(int i)
 217   {
 218     if (cs == null)
 219     {
 220       return;
 221     }
 222
 223     ColourSchemeI toChange = cs;
 224     Iterator<SequenceGroup> allGroups = null;
 225
 226     if (allGroupsCheck.getState())
 227     {
 228       allGroups = ap.av.getAlignment().getGroups().listIterator();
 229     }
 230
 231     while (toChange != null)
 232     {
 233       if (forConservation)
 234       {
 235         toChange.setConservationInc(i);
 236       }
 237       else
 238       {
 239         toChange.setThreshold(i, ap.av.isIgnoreGapsConsensus());
 240       }
 241       if (allGroups != null && allGroups.hasNext())
 242       {
 243         while ((toChange = allGroups.next().cs) == null
 244                 && allGroups.hasNext())
 245         {
 246           ;
 247         }
 248       }
 249       else
 250       {
 251         toChange = null;
 252       }
 253     }
 254
 255     ap.seqPanel.seqCanvas.repaint();
 256
 257   }
 258
 259   public void setAllGroupsCheckEnabled(boolean b)
 260   {
 261     allGroupsCheck.setEnabled(b);
 262   }
 263
 264   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 265   {
 266     if (evt.getSource() == applyButton)
 267     {
 268       applyButton_actionPerformed();
 269     }
 270     else if (evt.getSource() == undoButton)
 271     {
 272       undoButton_actionPerformed();
 273     }
 274     else if (evt.getSource() == valueField)
 275     {
 276       valueField_actionPerformed();
 277     }
 278   }
 279
 280   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)
 281   {
 282     valueField.setText(slider.getValue() + "");
 283     valueChanged(slider.getValue());
 284   }
 285
 286   public void valueField_actionPerformed()
 287   {
 288     try
 289     {
 290       int i = Integer.parseInt(valueField.getText());
 291       slider.setValue(i);
 292     } catch (Exception ex)
 293     {
 294       valueField.setText(slider.getValue() + "");
 295     }
 296   }
 297
 298   public void setValue(int value)
 299   {
 300     slider.setValue(value);
 301   }
 302
 303   public int getValue()
 304   {
 305     return Integer.parseInt(valueField.getText());
 306   }
 307
 308   // this is used for conservation colours, PID colours and redundancy threshold
 309   protected Scrollbar slider = new Scrollbar();
 310
 311   protected TextField valueField = new TextField();
 312
 313   protected Label label = new Label();
 314
 315   Panel jPanel1 = new Panel();
 316
 317   Panel jPanel2 = new Panel();
 318
 319   protected Button applyButton = new Button();
 320
 321   protected Button undoButton = new Button();
 322
 323   FlowLayout flowLayout1 = new FlowLayout();
 324
 325   protected Checkbox allGroupsCheck = new Checkbox();
 326
 327   BorderLayout borderLayout1 = new BorderLayout();
 328
 329   BorderLayout borderLayout2 = new BorderLayout();
 330
 331   FlowLayout flowLayout2 = new FlowLayout();
 332
 333   private void jbInit() throws Exception
 334   {
 335     this.setLayout(borderLayout2);
 336
 337     // slider.setMajorTickSpacing(10);
 338     // slider.setMinorTickSpacing(1);
 339     // slider.setPaintTicks(true);
 340     slider.setBackground(Color.white);
 341     slider.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 11));
 342     slider.setOrientation(0);
 343     valueField.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 11));
 344     valueField.setText("   ");
 345     valueField.addActionListener(this);
 346     valueField.setColumns(3);
 347     label.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 11));
 348     label.setText(MessageManager.getString("label.set_this_label_text"));
 349     jPanel1.setLayout(borderLayout1);
 350     jPanel2.setLayout(flowLayout1);
 351     applyButton.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 11));
 352     applyButton.setLabel(MessageManager.getString("action.apply"));
 353     applyButton.addActionListener(this);
 354     undoButton.setEnabled(false);
 355     undoButton.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 11));
 356     undoButton.setLabel(MessageManager.getString("action.undo"));
 357     undoButton.addActionListener(this);
 358     allGroupsCheck.setEnabled(false);
 359     allGroupsCheck.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 11));
 360     allGroupsCheck.setLabel(MessageManager
 361             .getString("action.apply_threshold_all_groups"));
 362     allGroupsCheck.setName(MessageManager
 363             .getString("action.apply_all_groups"));
 364     this.setBackground(Color.white);
 365     this.setForeground(Color.black);
 366     jPanel2.add(label, null);
 367     jPanel2.add(applyButton, null);
 368     jPanel2.add(undoButton, null);
 369     jPanel2.add(allGroupsCheck);
 370     jPanel1.add(valueField, java.awt.BorderLayout.EAST);
 371     jPanel1.add(slider, java.awt.BorderLayout.CENTER);
 372     this.add(jPanel1, java.awt.BorderLayout.SOUTH);
 373     this.add(jPanel2, java.awt.BorderLayout.CENTER);
 374   }
 375
 376   protected void applyButton_actionPerformed()
 377   {
 378   }
 379
 380   protected void undoButton_actionPerformed()
 381   {
 382   }
 383
 384   public void mousePressed(MouseEvent evt)
 385   {
 386   }
 387
 388   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 389   {
 390     ap.paintAlignment(true);
 391   }
 392
 393   public void mouseClicked(MouseEvent evt)
 394   {
 395   }
 396
 397   public void mouseEntered(MouseEvent evt)
 398   {
 399   }
 400
 401   public void mouseExited(MouseEvent evt)
 402   {
 403   }
 404 }