src/jalview/appletgui/SliderPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  18  */
  19 package jalview.appletgui;
  20
  21 import java.util.*;
  22
  23 import java.awt.*;
  24 import java.awt.event.*;
  25
  26 import jalview.datamodel.*;
  27 import jalview.schemes.*;
  28
  29 public class SliderPanel extends Panel implements ActionListener,
  30         AdjustmentListener, MouseListener
  31 {
  32   AlignmentPanel ap;
  33
  34   boolean forConservation = true;
  35
  36   ColourSchemeI cs;
  37
  38   static Frame conservationSlider;
  39
  40   static Frame PIDSlider;
  41
  42   public static int setConservationSlider(AlignmentPanel ap,
  43           ColourSchemeI cs, String source)
  44   {
  45     SliderPanel sp = null;
  46
  47     if (conservationSlider == null)
  48     {
  49       sp = new SliderPanel(ap, cs.getConservationInc(), true, cs);
  50       conservationSlider = new Frame();
  51       conservationSlider.add(sp);
  52     }
  53     else
  54     {
  55       sp = (SliderPanel) conservationSlider.getComponent(0);
  56       sp.cs = cs;
  57     }
  58
  59     conservationSlider.setTitle("Conservation Colour Increment  (" + source
  60             + ")");
  61     if (ap.av.getAlignment().getGroups() != null)
  62     {
  63       sp.setAllGroupsCheckEnabled(true);
  64     }
  65     else
  66     {
  67       sp.setAllGroupsCheckEnabled(false);
  68     }
  69
  70     return sp.getValue();
  71   }
  72
  73   public static void showConservationSlider()
  74   {
  75     try
  76     {
  77       PIDSlider.setVisible(false);
  78       PIDSlider = null;
  79     } catch (Exception ex)
  80     {
  81     }
  82
  83     if (!conservationSlider.isVisible())
  84     {
  85       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(conservationSlider,
  86               conservationSlider.getTitle(), 420, 100);
  87       conservationSlider.addWindowListener(new WindowAdapter()
  88       {
  89         public void windowClosing(WindowEvent e)
  90         {
  91           conservationSlider = null;
  92         }
  93       });
  94
  95     }
  96
  97   }
  98
  99   public static int setPIDSliderSource(AlignmentPanel ap, ColourSchemeI cs,
 100           String source)
 101   {
 102     SliderPanel pid = null;
 103     if (PIDSlider == null)
 104     {
 105       pid = new SliderPanel(ap, 50, false, cs);
 106       PIDSlider = new Frame();
 107       PIDSlider.add(pid);
 108     }
 109     else
 110     {
 111       pid = (SliderPanel) PIDSlider.getComponent(0);
 112       pid.cs = cs;
 113     }
 114     PIDSlider.setTitle("Percentage Identity Threshold (" + source + ")");
 115
 116     if (ap.av.getAlignment().getGroups() != null)
 117     {
 118       pid.setAllGroupsCheckEnabled(true);
 119     }
 120     else
 121     {
 122       pid.setAllGroupsCheckEnabled(false);
 123     }
 124
 125     return pid.getValue();
 126
 127   }
 128
 129   public static void showPIDSlider()
 130   {
 131     try
 132     {
 133       conservationSlider.setVisible(false);
 134       conservationSlider = null;
 135     } catch (Exception ex)
 136     {
 137     }
 138
 139     if (!PIDSlider.isVisible())
 140     {
 141       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(PIDSlider, PIDSlider.getTitle(),
 142               420, 100);
 143       PIDSlider.addWindowListener(new WindowAdapter()
 144       {
 145         public void windowClosing(WindowEvent e)
 146         {
 147           PIDSlider = null;
 148         }
 149       });
 150     }
 151
 152   }
 153
 154   public SliderPanel(AlignmentPanel ap, int value, boolean forConserve,
 155           ColourSchemeI cs)
 156   {
 157     try
 158     {
 159       jbInit();
 160     } catch (Exception e)
 161     {
 162       e.printStackTrace();
 163     }
 164     this.ap = ap;
 165     this.cs = cs;
 166     forConservation = forConserve;
 167     undoButton.setVisible(false);
 168     applyButton.setVisible(false);
 169     if (forConservation)
 170     {
 171       label.setText("Modify conservation visibility");
 172       slider.setMinimum(0);
 173       slider.setMaximum(50 + slider.getVisibleAmount());
 174       slider.setUnitIncrement(1);
 175     }
 176     else
 177     {
 178       label.setText("Colour residues above % occurence");
 179       slider.setMinimum(0);
 180       slider.setMaximum(100 + slider.getVisibleAmount());
 181       slider.setBlockIncrement(1);
 182     }
 183
 184     slider.addAdjustmentListener(this);
 185     slider.addMouseListener(this);
 186
 187     slider.setValue(value);
 188     valueField.setText(value + "");
 189   }
 190
 191   public void valueChanged(int i)
 192   {
 193     if (cs == null)
 194     {
 195       return;
 196     }
 197
 198     ColourSchemeI toChange = null;
 199     Iterator<SequenceGroup> allGroups = null;
 200
 201     if (allGroupsCheck.getState())
 202     {
 203       allGroups = ap.av.getAlignment().getGroups().listIterator();
 204     }
 205     else
 206     {
 207       toChange = cs;
 208     }
 209
 210     do
 211     {
 212       if (allGroups != null)
 213       {
 214         toChange = allGroups.next().cs;
 215       }
 216
 217       if (forConservation)
 218       {
 219         toChange.setConservationInc(i);
 220       }
 221       else
 222       {
 223         toChange.setThreshold(i, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());
 224       }
 225
 226     } while (allGroups != null && allGroups.hasNext());
 227
 228     ap.seqPanel.seqCanvas.repaint();
 229
 230   }
 231
 232   public void setAllGroupsCheckEnabled(boolean b)
 233   {
 234     allGroupsCheck.setEnabled(b);
 235   }
 236
 237   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 238   {
 239     if (evt.getSource() == applyButton)
 240     {
 241       applyButton_actionPerformed();
 242     }
 243     else if (evt.getSource() == undoButton)
 244     {
 245       undoButton_actionPerformed();
 246     }
 247     else if (evt.getSource() == valueField)
 248     {
 249       valueField_actionPerformed();
 250     }
 251   }
 252
 253   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)
 254   {
 255     valueField.setText(slider.getValue() + "");
 256     valueChanged(slider.getValue());
 257   }
 258
 259   public void valueField_actionPerformed()
 260   {
 261     try
 262     {
 263       int i = Integer.parseInt(valueField.getText());
 264       slider.setValue(i);
 265     } catch (Exception ex)
 266     {
 267       valueField.setText(slider.getValue() + "");
 268     }
 269   }
 270
 271   public void setValue(int value)
 272   {
 273     slider.setValue(value);
 274   }
 275
 276   public int getValue()
 277   {
 278     return Integer.parseInt(valueField.getText());
 279   }
 280
 281   // this is used for conservation colours, PID colours and redundancy threshold
 282   protected Scrollbar slider = new Scrollbar();
 283
 284   protected TextField valueField = new TextField();
 285
 286   protected Label label = new Label();
 287
 288   Panel jPanel1 = new Panel();
 289
 290   Panel jPanel2 = new Panel();
 291
 292   protected Button applyButton = new Button();
 293
 294   protected Button undoButton = new Button();
 295
 296   FlowLayout flowLayout1 = new FlowLayout();
 297
 298   protected Checkbox allGroupsCheck = new Checkbox();
 299
 300   BorderLayout borderLayout1 = new BorderLayout();
 301
 302   BorderLayout borderLayout2 = new BorderLayout();
 303
 304   FlowLayout flowLayout2 = new FlowLayout();
 305
 306   private void jbInit() throws Exception
 307   {
 308     this.setLayout(borderLayout2);
 309
 310     // slider.setMajorTickSpacing(10);
 311     // slider.setMinorTickSpacing(1);
 312     // slider.setPaintTicks(true);
 313     slider.setBackground(Color.white);
 314     slider.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 11));
 315     slider.setOrientation(0);
 316     valueField.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 11));
 317     valueField.setText("      ");
 318     valueField.addActionListener(this);
 319     label.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 11));
 320     label.setText("set this label text");
 321     jPanel1.setLayout(borderLayout1);
 322     jPanel2.setLayout(flowLayout1);
 323     applyButton.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 11));
 324     applyButton.setLabel("Apply");
 325     applyButton.addActionListener(this);
 326     undoButton.setEnabled(false);
 327     undoButton.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 11));
 328     undoButton.setLabel("Undo");
 329     undoButton.addActionListener(this);
 330     allGroupsCheck.setEnabled(false);
 331     allGroupsCheck.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 11));
 332     allGroupsCheck.setLabel("Apply threshold to all groups");
 333     allGroupsCheck.setName("Apply to all Groups");
 334     this.setBackground(Color.white);
 335     this.setForeground(Color.black);
 336     jPanel2.add(label, null);
 337     jPanel2.add(applyButton, null);
 338     jPanel2.add(undoButton, null);
 339     jPanel2.add(allGroupsCheck);
 340     jPanel1.add(valueField, java.awt.BorderLayout.EAST);
 341     jPanel1.add(slider, java.awt.BorderLayout.CENTER);
 342     this.add(jPanel1, java.awt.BorderLayout.SOUTH);
 343     this.add(jPanel2, java.awt.BorderLayout.CENTER);
 344   }
 345
 346   protected void applyButton_actionPerformed()
 347   {
 348   }
 349
 350   protected void undoButton_actionPerformed()
 351   {
 352   }
 353
 354   public void mousePressed(MouseEvent evt)
 355   {
 356   }
 357
 358   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 359   {
 360     ap.paintAlignment(true);
 361   }
 362
 363   public void mouseClicked(MouseEvent evt)
 364   {
 365   }
 366
 367   public void mouseEntered(MouseEvent evt)
 368   {
 369   }
 370
 371   public void mouseExited(MouseEvent evt)
 372   {
 373   }
 374 }