src/jalview/appletgui/SliderPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.appletgui;
  22
  23 import java.util.*;
  24
  25 import java.awt.*;
  26 import java.awt.event.*;
  27
  28 import jalview.datamodel.*;
  29 import jalview.schemes.*;
  30 import jalview.util.MessageManager;
  31
  32 public class SliderPanel extends Panel implements ActionListener,
  33         AdjustmentListener, MouseListener
  34 {
  35   AlignmentPanel ap;
  36
  37   boolean forConservation = true;
  38
  39   ColourSchemeI cs;
  40
  41   static Frame conservationSlider;
  42
  43   static Frame PIDSlider;
  44
  45   public static int setConservationSlider(AlignmentPanel ap,
  46           ColourSchemeI cs, String source)
  47   {
  48     SliderPanel sp = null;
  49
  50     if (conservationSlider == null)
  51     {
  52       sp = new SliderPanel(ap, cs.getConservationInc(), true, cs);
  53       conservationSlider = new Frame();
  54       conservationSlider.add(sp);
  55     }
  56     else
  57     {
  58       sp = (SliderPanel) conservationSlider.getComponent(0);
  59       sp.cs = cs;
  60     }
  61
  62     conservationSlider.setTitle("Conservation Colour Increment  (" + source
  63             + ")");
  64     if (ap.av.getAlignment().getGroups() != null)
  65     {
  66       sp.setAllGroupsCheckEnabled(true);
  67     }
  68     else
  69     {
  70       sp.setAllGroupsCheckEnabled(false);
  71     }
  72
  73     return sp.getValue();
  74   }
  75
  76   public static void showConservationSlider()
  77   {
  78     try
  79     {
  80       PIDSlider.setVisible(false);
  81       PIDSlider = null;
  82     } catch (Exception ex)
  83     {
  84     }
  85
  86     if (!conservationSlider.isVisible())
  87     {
  88       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(conservationSlider,
  89               conservationSlider.getTitle(), 420, 100);
  90       conservationSlider.addWindowListener(new WindowAdapter()
  91       {
  92         public void windowClosing(WindowEvent e)
  93         {
  94           conservationSlider = null;
  95         }
  96       });
  97
  98     }
  99
 100   }
 101
 102   public static int setPIDSliderSource(AlignmentPanel ap, ColourSchemeI cs,
 103           String source)
 104   {
 105     SliderPanel pid = null;
 106     if (PIDSlider == null)
 107     {
 108       pid = new SliderPanel(ap, 50, false, cs);
 109       PIDSlider = new Frame();
 110       PIDSlider.add(pid);
 111     }
 112     else
 113     {
 114       pid = (SliderPanel) PIDSlider.getComponent(0);
 115       pid.cs = cs;
 116     }
 117     PIDSlider.setTitle("Percentage Identity Threshold (" + source + ")");
 118
 119     if (ap.av.getAlignment().getGroups() != null)
 120     {
 121       pid.setAllGroupsCheckEnabled(true);
 122     }
 123     else
 124     {
 125       pid.setAllGroupsCheckEnabled(false);
 126     }
 127
 128     return pid.getValue();
 129
 130   }
 131
 132   public static void showPIDSlider()
 133   {
 134     try
 135     {
 136       conservationSlider.setVisible(false);
 137       conservationSlider = null;
 138     } catch (Exception ex)
 139     {
 140     }
 141
 142     if (!PIDSlider.isVisible())
 143     {
 144       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(PIDSlider, PIDSlider.getTitle(),
 145               420, 100);
 146       PIDSlider.addWindowListener(new WindowAdapter()
 147       {
 148         public void windowClosing(WindowEvent e)
 149         {
 150           PIDSlider = null;
 151         }
 152       });
 153     }
 154
 155   }
 156
 157   public SliderPanel(AlignmentPanel ap, int value, boolean forConserve,
 158           ColourSchemeI cs)
 159   {
 160     try
 161     {
 162       jbInit();
 163     } catch (Exception e)
 164     {
 165       e.printStackTrace();
 166     }
 167     this.ap = ap;
 168     this.cs = cs;
 169     forConservation = forConserve;
 170     undoButton.setVisible(false);
 171     applyButton.setVisible(false);
 172     if (forConservation)
 173     {
 174       label.setText(MessageManager
 175               .getString("label.modify_conservation_visibility"));
 176       slider.setMinimum(0);
 177       slider.setMaximum(50 + slider.getVisibleAmount());
 178       slider.setUnitIncrement(1);
 179     }
 180     else
 181     {
 182       label.setText(MessageManager
 183               .getString("label.colour_residues_above_occurence"));
 184       slider.setMinimum(0);
 185       slider.setMaximum(100 + slider.getVisibleAmount());
 186       slider.setBlockIncrement(1);
 187     }
 188
 189     slider.addAdjustmentListener(this);
 190     slider.addMouseListener(this);
 191
 192     slider.setValue(value);
 193     valueField.setText(value + "");
 194   }
 195
 196   public void valueChanged(int i)
 197   {
 198     if (cs == null)
 199     {
 200       return;
 201     }
 202
 203     ColourSchemeI toChange = cs;
 204     Iterator<SequenceGroup> allGroups = null;
 205
 206     if (allGroupsCheck.getState())
 207     {
 208       allGroups = ap.av.getAlignment().getGroups().listIterator();
 209     }
 210
 211     while (toChange != null)
 212     {
 213       if (forConservation)
 214       {
 215         toChange.setConservationInc(i);
 216       }
 217       else
 218       {
 219         toChange.setThreshold(i, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());
 220       }
 221       if (allGroups != null && allGroups.hasNext())
 222       {
 223         while ((toChange = allGroups.next().cs) == null
 224                 && allGroups.hasNext())
 225           ;
 226       }
 227       else
 228       {
 229         toChange = null;
 230       }
 231     }
 232
 233     ap.seqPanel.seqCanvas.repaint();
 234
 235   }
 236
 237   public void setAllGroupsCheckEnabled(boolean b)
 238   {
 239     allGroupsCheck.setEnabled(b);
 240   }
 241
 242   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 243   {
 244     if (evt.getSource() == applyButton)
 245     {
 246       applyButton_actionPerformed();
 247     }
 248     else if (evt.getSource() == undoButton)
 249     {
 250       undoButton_actionPerformed();
 251     }
 252     else if (evt.getSource() == valueField)
 253     {
 254       valueField_actionPerformed();
 255     }
 256   }
 257
 258   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)
 259   {
 260     valueField.setText(slider.getValue() + "");
 261     valueChanged(slider.getValue());
 262   }
 263
 264   public void valueField_actionPerformed()
 265   {
 266     try
 267     {
 268       int i = Integer.parseInt(valueField.getText());
 269       slider.setValue(i);
 270     } catch (Exception ex)
 271     {
 272       valueField.setText(slider.getValue() + "");
 273     }
 274   }
 275
 276   public void setValue(int value)
 277   {
 278     slider.setValue(value);
 279   }
 280
 281   public int getValue()
 282   {
 283     return Integer.parseInt(valueField.getText());
 284   }
 285
 286   // this is used for conservation colours, PID colours and redundancy threshold
 287   protected Scrollbar slider = new Scrollbar();
 288
 289   protected TextField valueField = new TextField();
 290
 291   protected Label label = new Label();
 292
 293   Panel jPanel1 = new Panel();
 294
 295   Panel jPanel2 = new Panel();
 296
 297   protected Button applyButton = new Button();
 298
 299   protected Button undoButton = new Button();
 300
 301   FlowLayout flowLayout1 = new FlowLayout();
 302
 303   protected Checkbox allGroupsCheck = new Checkbox();
 304
 305   BorderLayout borderLayout1 = new BorderLayout();
 306
 307   BorderLayout borderLayout2 = new BorderLayout();
 308
 309   FlowLayout flowLayout2 = new FlowLayout();
 310
 311   private void jbInit() throws Exception
 312   {
 313     this.setLayout(borderLayout2);
 314
 315     // slider.setMajorTickSpacing(10);
 316     // slider.setMinorTickSpacing(1);
 317     // slider.setPaintTicks(true);
 318     slider.setBackground(Color.white);
 319     slider.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 11));
 320     slider.setOrientation(0);
 321     valueField.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 11));
 322     valueField.setText("   ");
 323     valueField.addActionListener(this);
 324     valueField.setColumns(3);
 325     label.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 11));
 326     label.setText(MessageManager.getString("label.set_this_label_text"));
 327     jPanel1.setLayout(borderLayout1);
 328     jPanel2.setLayout(flowLayout1);
 329     applyButton.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 11));
 330     applyButton.setLabel(MessageManager.getString("action.apply"));
 331     applyButton.addActionListener(this);
 332     undoButton.setEnabled(false);
 333     undoButton.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 11));
 334     undoButton.setLabel(MessageManager.getString("action.undo"));
 335     undoButton.addActionListener(this);
 336     allGroupsCheck.setEnabled(false);
 337     allGroupsCheck.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 11));
 338     allGroupsCheck.setLabel(MessageManager
 339             .getString("action.apply_threshold_all_groups"));
 340     allGroupsCheck.setName(MessageManager
 341             .getString("action.apply_all_groups"));
 342     this.setBackground(Color.white);
 343     this.setForeground(Color.black);
 344     jPanel2.add(label, null);
 345     jPanel2.add(applyButton, null);
 346     jPanel2.add(undoButton, null);
 347     jPanel2.add(allGroupsCheck);
 348     jPanel1.add(valueField, java.awt.BorderLayout.EAST);
 349     jPanel1.add(slider, java.awt.BorderLayout.CENTER);
 350     this.add(jPanel1, java.awt.BorderLayout.SOUTH);
 351     this.add(jPanel2, java.awt.BorderLayout.CENTER);
 352   }
 353
 354   protected void applyButton_actionPerformed()
 355   {
 356   }
 357
 358   protected void undoButton_actionPerformed()
 359   {
 360   }
 361
 362   public void mousePressed(MouseEvent evt)
 363   {
 364   }
 365
 366   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 367   {
 368     ap.paintAlignment(true);
 369   }
 370
 371   public void mouseClicked(MouseEvent evt)
 372   {
 373   }
 374
 375   public void mouseEntered(MouseEvent evt)
 376   {
 377   }
 378
 379   public void mouseExited(MouseEvent evt)
 380   {
 381   }
 382 }