src/jalview/appletgui/SplitFrame.java

   1 package jalview.appletgui;
   2
   3 import java.awt.BorderLayout;
   4 import java.awt.Dimension;
   5 import java.awt.GridLayout;
   6 import java.awt.Panel;
   7
   8 import jalview.analysis.AlignmentUtils;
   9 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  10 import jalview.api.ViewStyleI;
  11 import jalview.bin.JalviewLite;
  12 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  13 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  14
  15 public class SplitFrame extends EmbmenuFrame
  16 {
  17   private static final long serialVersionUID = 1L;
  18
  19   private AlignFrame topFrame;
  20
  21   private AlignFrame bottomFrame;
  22
  23   private Panel outermost;
  24
  25   /**
  26    * Constructor
  27    */
  28   public SplitFrame(AlignFrame af1, AlignFrame af2)
  29   {
  30     topFrame = af1;
  31     bottomFrame = af2;
  32     init();
  33   }
  34
  35   /**
  36    * Creates a Panel containing two Panels, and adds the first and second
  37    * AlignFrame's components to each. At this stage we have not yet committed to
  38    * whether the enclosing panel will be added to this frame, for display as a
  39    * separate frame, or added to the applet (embedded mode).
  40    */
  41   public void init()
  42   {
  43     constructSplit();
  44
  45     /*
  46      * Try to make and add dna/protein sequence mappings
  47      */
  48     final AlignViewport topViewport = topFrame.viewport;
  49     final AlignViewport bottomViewport = bottomFrame.viewport;
  50     final AlignmentI topAlignment = topViewport.getAlignment();
  51     final AlignmentI bottomAlignment = bottomViewport.getAlignment();
  52     AlignViewport cdna = topAlignment.isNucleotide() ? topViewport
  53             : (bottomAlignment.isNucleotide() ? bottomViewport : null);
  54     AlignViewport protein = !topAlignment.isNucleotide() ? topViewport
  55             : (!bottomAlignment.isNucleotide() ? bottomViewport : null);
  56
  57     boolean mapped = AlignmentUtils.mapProteinToCdna(
  58             protein.getAlignment(), cdna.getAlignment());
  59     if (mapped)
  60     {
  61       final StructureSelectionManager ssm = StructureSelectionManager
  62               .getStructureSelectionManager(topViewport.applet);
  63       ssm.addMappings(protein.getAlignment().getCodonFrames());
  64       topViewport.setCodingComplement(bottomViewport);
  65       ssm.addCommandListener(cdna);
  66       ssm.addCommandListener(protein);
  67     }
  68
  69     /*
  70      * Now mappings exist, can compute cDNA consensus on protein alignment
  71      */
  72     protein.initComplementConsensus();
  73     AlignmentViewPanel ap = topAlignment.isNucleotide() ? bottomFrame.alignPanel
  74             : topFrame.alignPanel;
  75     protein.updateConsensus(ap);
  76
  77     adjustLayout();
  78   }
  79
  80   /**
  81    *
  82    */
  83   protected void constructSplit()
  84   {
  85     setMenuBar(null);
  86     outermost = new Panel(new GridLayout(2, 1));
  87
  88     Panel topPanel = new Panel();
  89     Panel bottomPanel = new Panel();
  90     outermost.add(topPanel);
  91     outermost.add(bottomPanel);
  92
  93     addAlignFrameComponents(topFrame, topPanel);
  94     addAlignFrameComponents(bottomFrame, bottomPanel);
  95   }
  96
  97   /**
  98    * Make any adjustments to the layout
  99    */
 100   protected void adjustLayout()
 101   {
 102     AlignViewport cdna = topFrame.getAlignViewport().getAlignment()
 103             .isNucleotide() ? topFrame.viewport : bottomFrame.viewport;
 104     AlignViewport protein = cdna == topFrame.viewport ? bottomFrame.viewport
 105             : topFrame.viewport;
 106
 107     /*
 108      * Ensure sequence ids are the same width for good alignment.
 109      */
 110     // TODO should do this via av.getViewStyle/setViewStyle
 111     // however at present av.viewStyle is not set in IdPanel.fontChanged
 112     int w1 = topFrame.alignPanel.idPanel.idCanvas.getWidth();
 113     int w2 = bottomFrame.alignPanel.idPanel.idCanvas.getWidth();
 114     int w3 = Math.max(w1, w2);
 115     if (w1 != w3)
 116     {
 117       Dimension d = topFrame.alignPanel.idPanel.idCanvas.getSize();
 118       topFrame.alignPanel.idPanel.idCanvas.setSize(new Dimension(w3,
 119               d.height));
 120     }
 121     if (w2 != w3)
 122     {
 123       Dimension d = bottomFrame.alignPanel.idPanel.idCanvas.getSize();
 124       bottomFrame.alignPanel.idPanel.idCanvas.setSize(new Dimension(w3,
 125               d.height));
 126     }
 127
 128     /*
 129      * Scale protein to either 1 or 3 times character width of dna
 130      */
 131     if (protein != null && cdna != null)
 132     {
 133       ViewStyleI vs = protein.getViewStyle();
 134       int scale = vs.isScaleProteinAsCdna() ? 3 : 1;
 135       vs.setCharWidth(scale * cdna.getViewStyle().getCharWidth());
 136       protein.setViewStyle(vs);
 137     }
 138   }
 139
 140   /**
 141    * Add the menu bar, alignment panel and status bar from the AlignFrame to the
 142    * panel. The menu bar is a panel 'reconstructed' from the AlignFrame's frame
 143    * menu bar. This allows each half of the SplitFrame to have its own menu bar.
 144    *
 145    * @param af
 146    * @param panel
 147    */
 148   private void addAlignFrameComponents(AlignFrame af, Panel panel)
 149   {
 150     panel.setLayout(new BorderLayout());
 151     Panel menuPanel = af
 152             .makeEmbeddedPopupMenu(af.getMenuBar(), true, false);
 153     panel.add(menuPanel, BorderLayout.NORTH);
 154     panel.add(af.statusBar, BorderLayout.SOUTH);
 155     panel.add(af.alignPanel, BorderLayout.CENTER);
 156
 157     af.setSplitFrame(this);
 158   }
 159
 160   /**
 161    * Display the content panel either as a new frame or embedded in the applet.
 162    *
 163    * @param embedded
 164    * @param applet
 165    */
 166   public void addToDisplay(boolean embedded, JalviewLite applet)
 167   {
 168     createSplitFrameWindow(embedded, applet);
 169     validate();
 170     topFrame.alignPanel.adjustAnnotationHeight();
 171     topFrame.alignPanel.paintAlignment(true);
 172     bottomFrame.alignPanel.adjustAnnotationHeight();
 173     bottomFrame.alignPanel.paintAlignment(true);
 174   }
 175
 176   /**
 177    * Either show the content panel in this frame as a new frame, or (if
 178    * embed=true) add it to the applet container instead.
 179    *
 180    * @param embed
 181    * @param applet
 182    */
 183   protected void createSplitFrameWindow(boolean embed, JalviewLite applet)
 184   {
 185     if (embed)
 186     {
 187       applet.add(outermost);
 188       applet.validate();
 189     }
 190     else
 191     {
 192       this.add(outermost);
 193       int width = Math.max(topFrame.frameWidth,
 194               bottomFrame.frameWidth);
 195       int height = topFrame.frameHeight + bottomFrame.frameHeight;
 196       jalview.bin.JalviewLite
 197               .addFrame(this, this.getTitle(), width, height);
 198     }
 199   }
 200 }