src/jalview/appletgui/SplitFrame.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.appletgui;
  22
  23 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  24 import jalview.api.ViewStyleI;
  25 import jalview.bin.JalviewLite;
  26 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  27 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  28 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  29
  30 import java.awt.BorderLayout;
  31 import java.awt.Dimension;
  32 import java.awt.GridLayout;
  33 import java.awt.Panel;
  34
  35 public class SplitFrame extends EmbmenuFrame
  36 {
  37   private static final long serialVersionUID = 1L;
  38
  39   private AlignFrame topFrame;
  40
  41   private AlignFrame bottomFrame;
  42
  43   private Panel outermost;
  44
  45   /**
  46    * Constructs the split frame placing cdna in the top half. No 'alignment' is
  47    * performed here, this should be done by the calling client if wanted.
  48    */
  49   public SplitFrame(AlignFrame af1, AlignFrame af2)
  50   {
  51     boolean af1IsNucleotide = af1.viewport.getAlignment().isNucleotide();
  52     topFrame = af1IsNucleotide ? af1 : af2;
  53     bottomFrame = topFrame == af1 ? af2 : af1;
  54     init();
  55   }
  56
  57   /**
  58    * Creates a Panel containing two Panels, and adds the first and second
  59    * AlignFrame's components to each. At this stage we have not yet committed to
  60    * whether the enclosing panel will be added to this frame, for display as a
  61    * separate frame, or added to the applet (embedded mode).
  62    */
  63   public void init()
  64   {
  65     constructSplit();
  66
  67     /*
  68      * Try to make and add dna/protein sequence mappings
  69      */
  70     final AlignViewport topViewport = topFrame.viewport;
  71     final AlignViewport bottomViewport = bottomFrame.viewport;
  72     final AlignmentI topAlignment = topViewport.getAlignment();
  73     final AlignmentI bottomAlignment = bottomViewport.getAlignment();
  74     AlignmentViewport cdna = topAlignment.isNucleotide() ? topViewport
  75             : (bottomAlignment.isNucleotide() ? bottomViewport : null);
  76     AlignmentViewport protein = !topAlignment.isNucleotide() ? topViewport
  77             : (!bottomAlignment.isNucleotide() ? bottomViewport : null);
  78
  79     final StructureSelectionManager ssm = StructureSelectionManager
  80             .getStructureSelectionManager(topViewport.applet);
  81     ssm.registerMappings(protein.getAlignment().getCodonFrames());
  82     topViewport.setCodingComplement(bottomViewport);
  83     ssm.addCommandListener(cdna);
  84     ssm.addCommandListener(protein);
  85
  86     /*
  87      * Compute cDNA consensus on protein alignment
  88      */
  89     protein.initComplementConsensus();
  90     AlignmentViewPanel ap = topAlignment.isNucleotide() ? bottomFrame.alignPanel
  91             : topFrame.alignPanel;
  92     protein.updateConsensus(ap);
  93
  94     adjustLayout();
  95   }
  96
  97   /**
  98    *
  99    */
 100   protected void constructSplit()
 101   {
 102     setMenuBar(null);
 103     outermost = new Panel(new GridLayout(2, 1));
 104
 105     Panel topPanel = new Panel();
 106     Panel bottomPanel = new Panel();
 107     outermost.add(topPanel);
 108     outermost.add(bottomPanel);
 109
 110     addAlignFrameComponents(topFrame, topPanel);
 111     addAlignFrameComponents(bottomFrame, bottomPanel);
 112   }
 113
 114   /**
 115    * Make any adjustments to the layout
 116    */
 117   protected void adjustLayout()
 118   {
 119     AlignmentViewport cdna = topFrame.getAlignViewport().getAlignment()
 120             .isNucleotide() ? topFrame.viewport : bottomFrame.viewport;
 121     AlignmentViewport protein = cdna == topFrame.viewport ? bottomFrame.viewport
 122             : topFrame.viewport;
 123
 124     /*
 125      * Ensure sequence ids are the same width for good alignment.
 126      */
 127     // TODO should do this via av.getViewStyle/setViewStyle
 128     // however at present av.viewStyle is not set in IdPanel.fontChanged
 129     int w1 = topFrame.alignPanel.idPanel.idCanvas.getWidth();
 130     int w2 = bottomFrame.alignPanel.idPanel.idCanvas.getWidth();
 131     int w3 = Math.max(w1, w2);
 132     if (w1 != w3)
 133     {
 134       Dimension d = topFrame.alignPanel.idPanel.idCanvas.getSize();
 135       topFrame.alignPanel.idPanel.idCanvas.setSize(new Dimension(w3,
 136               d.height));
 137     }
 138     if (w2 != w3)
 139     {
 140       Dimension d = bottomFrame.alignPanel.idPanel.idCanvas.getSize();
 141       bottomFrame.alignPanel.idPanel.idCanvas.setSize(new Dimension(w3,
 142               d.height));
 143     }
 144
 145     /*
 146      * Scale protein to either 1 or 3 times character width of dna
 147      */
 148     if (protein != null && cdna != null)
 149     {
 150       ViewStyleI vs = protein.getViewStyle();
 151       int scale = vs.isScaleProteinAsCdna() ? 3 : 1;
 152       vs.setCharWidth(scale * cdna.getViewStyle().getCharWidth());
 153       protein.setViewStyle(vs);
 154     }
 155   }
 156
 157   /**
 158    * Add the menu bar, alignment panel and status bar from the AlignFrame to the
 159    * panel. The menu bar is a panel 'reconstructed' from the AlignFrame's frame
 160    * menu bar. This allows each half of the SplitFrame to have its own menu bar.
 161    *
 162    * @param af
 163    * @param panel
 164    */
 165   private void addAlignFrameComponents(AlignFrame af, Panel panel)
 166   {
 167     panel.setLayout(new BorderLayout());
 168     Panel menuPanel = af
 169             .makeEmbeddedPopupMenu(af.getMenuBar(), true, false);
 170     panel.add(menuPanel, BorderLayout.NORTH);
 171     panel.add(af.statusBar, BorderLayout.SOUTH);
 172     panel.add(af.alignPanel, BorderLayout.CENTER);
 173
 174     af.setSplitFrame(this);
 175   }
 176
 177   /**
 178    * Display the content panel either as a new frame or embedded in the applet.
 179    *
 180    * @param embedded
 181    * @param applet
 182    */
 183   public void addToDisplay(boolean embedded, JalviewLite applet)
 184   {
 185     createSplitFrameWindow(embedded, applet);
 186     validate();
 187     topFrame.alignPanel.adjustAnnotationHeight();
 188     topFrame.alignPanel.paintAlignment(true);
 189     bottomFrame.alignPanel.adjustAnnotationHeight();
 190     bottomFrame.alignPanel.paintAlignment(true);
 191   }
 192
 193   /**
 194    * Either show the content panel in this frame as a new frame, or (if
 195    * embed=true) add it to the applet container instead.
 196    *
 197    * @param embed
 198    * @param applet
 199    */
 200   protected void createSplitFrameWindow(boolean embed, JalviewLite applet)
 201   {
 202     if (embed)
 203     {
 204       applet.add(outermost);
 205       applet.validate();
 206     }
 207     else
 208     {
 209       this.add(outermost);
 210       int width = Math.max(topFrame.frameWidth, bottomFrame.frameWidth);
 211       int height = topFrame.frameHeight + bottomFrame.frameHeight;
 212       jalview.bin.JalviewLite
 213               .addFrame(this, this.getTitle(), width, height);
 214     }
 215   }
 216
 217   /**
 218    * Returns the contained AlignFrame complementary to the one given (or null if
 219    * no match to top or bottom component).
 220    *
 221    * @param af
 222    * @return
 223    */
 224   public AlignFrame getComplement(AlignFrame af)
 225   {
 226     if (topFrame == af)
 227     {
 228       return bottomFrame;
 229     }
 230     else if (bottomFrame == af)
 231     {
 232       return topFrame;
 233     }
 234     return null;
 235   }
 236 }