src/jalview/appletgui/TreePanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.util.*;\r
  23 \r
  24 import java.awt.event.*;\r
  25 import java.awt.*;\r
  26 \r
  27 import jalview.analysis.*;\r
  28 import jalview.datamodel.*;\r
  29 import jalview.io.*;\r
  30 \r
  31 public class TreePanel extends Frame\r
  32 {\r
  33   SequenceI[] seq;\r
  34   String type;\r
  35   String pwtype;\r
  36   AlignmentPanel ap;\r
  37   int start;\r
  38   int end;\r
  39   TreeCanvas treeCanvas;\r
  40   NJTree tree;\r
  41 \r
  42   public NJTree getTree()\r
  43   {\r
  44     return tree;\r
  45   }\r
  46 \r
  47   /**\r
  48    * Creates a new TreePanel object.\r
  49    *\r
  50    * @param av DOCUMENT ME!\r
  51    * @param seqVector DOCUMENT ME!\r
  52    * @param type DOCUMENT ME!\r
  53    * @param pwtype DOCUMENT ME!\r
  54    * @param s DOCUMENT ME!\r
  55    * @param e DOCUMENT ME!\r
  56    */\r
  57   public TreePanel(AlignViewport av, Vector seqVector, String type,\r
  58                    String pwtype, int s, int e)\r
  59   {\r
  60     try\r
  61     {\r
  62       jbInit();\r
  63       this.setMenuBar(jMenuBar1);\r
  64     }\r
  65     catch (Exception ex)\r
  66     {\r
  67       ex.printStackTrace();\r
  68     }\r
  69 \r
  70     initTreePanel(av, seqVector, type, pwtype, s, e, null);\r
  71   }\r
  72 \r
  73   /**\r
  74    * Creates a new TreePanel object.\r
  75    *\r
  76    * @param av DOCUMENT ME!\r
  77    * @param seqVector DOCUMENT ME!\r
  78    * @param newtree DOCUMENT ME!\r
  79    * @param type DOCUMENT ME!\r
  80    * @param pwtype DOCUMENT ME!\r
  81    */\r
  82   public TreePanel(AlignViewport av, Vector seqVector, NewickFile newtree,\r
  83                    String type, String pwtype)\r
  84   {\r
  85     try\r
  86     {\r
  87       jbInit();\r
  88       this.setMenuBar(jMenuBar1);\r
  89     }\r
  90     catch (Exception e)\r
  91     {\r
  92       e.printStackTrace();\r
  93     }\r
  94 \r
  95     initTreePanel(av, seqVector, type, pwtype, 0, seqVector.size(), newtree);\r
  96   }\r
  97 \r
  98 \r
  99   void initTreePanel(AlignViewport av, Vector seqVector, String type,\r
 100                      String pwtype, int s, int e, NewickFile newTree)\r
 101   {\r
 102 \r
 103     this.type = type;\r
 104     this.pwtype = pwtype;\r
 105 \r
 106     start = s;\r
 107     end = e;\r
 108 \r
 109     seq = new Sequence[seqVector.size()];\r
 110     for(int i=0; i<seqVector.size(); i++)\r
 111       seq[i] = (SequenceI)seqVector.elementAt(i);\r
 112 \r
 113 \r
 114     treeCanvas = new TreeCanvas(av, scrollPane);\r
 115     scrollPane.add(treeCanvas);\r
 116 \r
 117 \r
 118     TreeLoader tl = new TreeLoader(newTree);\r
 119     tl.start();\r
 120 \r
 121   }\r
 122 \r
 123   class TreeLoader extends Thread\r
 124   {\r
 125     NewickFile newtree;\r
 126 \r
 127     public TreeLoader(NewickFile newtree)\r
 128     {\r
 129       this.newtree = newtree;\r
 130     }\r
 131 \r
 132     public void run()\r
 133     {\r
 134       if(newtree!=null)\r
 135         tree = new NJTree(seq, newtree);\r
 136       else\r
 137         tree = new NJTree(seq, type, pwtype, start, end);\r
 138 \r
 139       tree.reCount(tree.getTopNode());\r
 140       tree.findHeight(tree.getTopNode());\r
 141       treeCanvas.setTree(tree);\r
 142       if(newtree!=null)\r
 143       {\r
 144         distanceMenu.setState(newtree.HasDistances());\r
 145         bootstrapMenu.setState(newtree.HasBootstrap());\r
 146         treeCanvas.setShowBootstrap(newtree.HasBootstrap());\r
 147         treeCanvas.setShowDistances(newtree.HasDistances());\r
 148       }\r
 149 \r
 150 \r
 151       treeCanvas.repaint();\r
 152 \r
 153     }\r
 154   }\r
 155 \r
 156   public String getText(String format)\r
 157   {\r
 158     return null;\r
 159   }\r
 160 \r
 161   protected void fitToWindow_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 162   {\r
 163     treeCanvas.fitToWindow = fitToWindow.getState();\r
 164     treeCanvas.repaint();\r
 165   }\r
 166 \r
 167   public void newickOutput_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)\r
 168   {\r
 169     jalview.io.NewickFile fout = new jalview.io.NewickFile(tree.getTopNode());\r
 170     String output = fout.print(false, true);\r
 171     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(false, ap.alignFrame.applet);\r
 172     cap.setText(output);\r
 173     java.awt.Frame frame = new java.awt.Frame();\r
 174     frame.add(cap);\r
 175     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, type + " " + pwtype, 500, 100);\r
 176   }\r
 177 \r
 178   public java.awt.Font getTreeFont()\r
 179   {\r
 180     return treeCanvas.font;\r
 181   }\r
 182 \r
 183   public void setTreeFont(java.awt.Font font)\r
 184   {\r
 185     treeCanvas.font = font;\r
 186     treeCanvas.repaint();\r
 187   }\r
 188 \r
 189   protected void fontSize_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 190   {\r
 191      if( treeCanvas==null )\r
 192         return;\r
 193 \r
 194     new FontChooser(this);\r
 195   }\r
 196 \r
 197   protected void distanceMenu_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 198   {\r
 199     treeCanvas.setShowDistances(distanceMenu.getState());\r
 200   }\r
 201 \r
 202   protected void bootstrapMenu_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 203   {\r
 204     treeCanvas.setShowBootstrap(bootstrapMenu.getState());\r
 205   }\r
 206 \r
 207   protected void placeholdersMenu_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 208   {\r
 209     treeCanvas.setMarkPlaceholders(placeholdersMenu.getState());\r
 210   }\r
 211 \r
 212   BorderLayout borderLayout1 = new BorderLayout();\r
 213   protected ScrollPane scrollPane = new ScrollPane();\r
 214   MenuBar jMenuBar1 = new MenuBar();\r
 215   Menu jMenu2 = new Menu();\r
 216   protected MenuItem fontSize = new MenuItem();\r
 217   protected CheckboxMenuItem bootstrapMenu = new CheckboxMenuItem();\r
 218   protected CheckboxMenuItem distanceMenu = new CheckboxMenuItem();\r
 219   protected CheckboxMenuItem placeholdersMenu = new CheckboxMenuItem();\r
 220   protected CheckboxMenuItem fitToWindow = new CheckboxMenuItem();\r
 221   Menu fileMenu = new Menu();\r
 222   MenuItem newickOutput = new MenuItem();\r
 223   CheckboxMenuItem fullId = new CheckboxMenuItem();\r
 224 \r
 225   private void jbInit() throws Exception {\r
 226       setLayout(borderLayout1);\r
 227       this.setBackground(Color.white);\r
 228       this.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 12));\r
 229       jMenu2.setLabel("View");\r
 230       fontSize.setLabel("Font...");\r
 231       fontSize.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener() {\r
 232               public void actionPerformed(ActionEvent e) {\r
 233                   fontSize_actionPerformed(e);\r
 234               }\r
 235           });\r
 236       bootstrapMenu.setLabel("Show Bootstrap Values");\r
 237       bootstrapMenu.addItemListener(new java.awt.event.ItemListener() {\r
 238               public void itemStateChanged(ItemEvent e) {\r
 239                   bootstrapMenu_actionPerformed(null);\r
 240               }\r
 241           });\r
 242       distanceMenu.setLabel("Show Distances");\r
 243       distanceMenu.addItemListener(new java.awt.event.ItemListener() {\r
 244               public void itemStateChanged(ItemEvent e) {\r
 245                   distanceMenu_actionPerformed(null);\r
 246               }\r
 247           });\r
 248       placeholdersMenu.setLabel("Mark Unassociated Leaves");\r
 249       placeholdersMenu.addItemListener(new java.awt.event.ItemListener() {\r
 250               public void itemStateChanged(ItemEvent e) {\r
 251                   placeholdersMenu_actionPerformed(null);\r
 252               }\r
 253           });\r
 254       fitToWindow.setState(true);\r
 255       fitToWindow.setLabel("Fit To Window");\r
 256       fitToWindow.addItemListener(new java.awt.event.ItemListener() {\r
 257               public void itemStateChanged(ItemEvent e) {\r
 258                   fitToWindow_actionPerformed(null);\r
 259               }\r
 260           });\r
 261       fileMenu.setLabel("File");\r
 262       newickOutput.setLabel("Newick Format");\r
 263       newickOutput.addActionListener(new ActionListener() {\r
 264               public void actionPerformed(ActionEvent actionEvent) {\r
 265                   newickOutput_actionPerformed(actionEvent);\r
 266               }\r
 267           });\r
 268     fullId.setLabel("Show Full Id");\r
 269     fullId.addItemListener(new ItemListener()\r
 270     {\r
 271       public void itemStateChanged(ItemEvent itemEvent)\r
 272       {\r
 273         fullId_itemStateChanged(itemEvent);\r
 274       }\r
 275     });\r
 276 \r
 277     add(scrollPane, BorderLayout.CENTER);\r
 278       jMenuBar1.add(fileMenu);\r
 279       jMenuBar1.add(jMenu2);\r
 280       jMenu2.add(fitToWindow);\r
 281       jMenu2.add(fontSize);\r
 282       jMenu2.add(distanceMenu);\r
 283       jMenu2.add(bootstrapMenu);\r
 284       jMenu2.add(placeholdersMenu);\r
 285     jMenu2.add(fullId);\r
 286     fullId.setState(true);\r
 287     fileMenu.add(newickOutput);\r
 288   }\r
 289 \r
 290 \r
 291   public void fullId_itemStateChanged(ItemEvent itemEvent)\r
 292   {\r
 293       tree.findHeight(tree.getTopNode());\r
 294 \r
 295       // Now have to calculate longest name based on the leaves\r
 296       Vector leaves = tree.findLeaves(tree.getTopNode(), new Vector());\r
 297 \r
 298       treeCanvas.longestName="";\r
 299       for (int i = 0; i < leaves.size(); i++)\r
 300       {\r
 301         SequenceNode lf = (SequenceNode) leaves.elementAt(i);\r
 302         Sequence seq = (Sequence) lf.element();\r
 303         lf.setName(seq.getDisplayId(fullId.getState(), false));\r
 304         if(lf.getName().length() > treeCanvas.longestName.length())\r
 305           treeCanvas.longestName = lf.getName();\r
 306       }\r
 307 \r
 308       treeCanvas.repaint();\r
 309   }\r
 310 \r
 311 }\r