src/jalview/appletgui/TreePanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.util.*;\r
  23 \r
  24 import java.awt.event.*;\r
  25 import java.awt.*;\r
  26 \r
  27 import jalview.analysis.*;\r
  28 import jalview.datamodel.*;\r
  29 import jalview.io.*;\r
  30 \r
  31 public class TreePanel extends Frame implements ActionListener, ItemListener\r
  32 {\r
  33   SequenceI[] seq;\r
  34   String type;\r
  35   String pwtype;\r
  36   int start;\r
  37   int end;\r
  38   TreeCanvas treeCanvas;\r
  39   NJTree tree;\r
  40   AlignViewport av;\r
  41 \r
  42   public NJTree getTree()\r
  43   {\r
  44     return tree;\r
  45   }\r
  46 \r
  47   /**\r
  48    * Creates a new TreePanel object.\r
  49    *\r
  50    * @param av DOCUMENT ME!\r
  51    * @param seqVector DOCUMENT ME!\r
  52    * @param type DOCUMENT ME!\r
  53    * @param pwtype DOCUMENT ME!\r
  54    * @param s DOCUMENT ME!\r
  55    * @param e DOCUMENT ME!\r
  56    */\r
  57   public TreePanel(AlignViewport av, String type, String pwtype)\r
  58   {\r
  59     try\r
  60     {\r
  61       jbInit();\r
  62       this.setMenuBar(jMenuBar1);\r
  63     }\r
  64     catch (Exception ex)\r
  65     {\r
  66       ex.printStackTrace();\r
  67     }\r
  68 \r
  69     initTreePanel(av, type, pwtype, null);\r
  70   }\r
  71 \r
  72   /**\r
  73    * Creates a new TreePanel object.\r
  74    *\r
  75    * @param av DOCUMENT ME!\r
  76    * @param seqVector DOCUMENT ME!\r
  77    * @param newtree DOCUMENT ME!\r
  78    * @param type DOCUMENT ME!\r
  79    * @param pwtype DOCUMENT ME!\r
  80    */\r
  81   public TreePanel(AlignViewport av,\r
  82                    String type,\r
  83                    String pwtype,\r
  84                    NewickFile newtree)\r
  85   {\r
  86     try\r
  87     {\r
  88       jbInit();\r
  89       this.setMenuBar(jMenuBar1);\r
  90     }\r
  91     catch (Exception e)\r
  92     {\r
  93       e.printStackTrace();\r
  94     }\r
  95 \r
  96     initTreePanel(av, type, pwtype, newtree);\r
  97   }\r
  98 \r
  99 \r
 100   void initTreePanel(AlignViewport av,\r
 101                      String type,\r
 102                      String pwtype,\r
 103                      NewickFile newTree)\r
 104   {\r
 105 \r
 106     this.av = av;\r
 107     this.type = type;\r
 108     this.pwtype = pwtype;\r
 109 \r
 110     treeCanvas = new TreeCanvas(av, scrollPane);\r
 111     scrollPane.add(treeCanvas);\r
 112 \r
 113 \r
 114     TreeLoader tl = new TreeLoader(newTree);\r
 115     tl.start();\r
 116 \r
 117   }\r
 118 \r
 119   class TreeLoader extends Thread\r
 120   {\r
 121     NewickFile newtree;\r
 122 \r
 123     public TreeLoader(NewickFile newtree)\r
 124     {\r
 125       this.newtree = newtree;\r
 126     }\r
 127 \r
 128     public void run()\r
 129     {\r
 130       if (newtree != null)\r
 131         tree = new NJTree(av.alignment.getSequencesArray(),\r
 132                           newtree);\r
 133       else\r
 134         {\r
 135           int start, end;\r
 136           SequenceI [] seqs;\r
 137           CigarArray seqStrings = null;\r
 138         //  if (av.hasHiddenColumns)\r
 139           {\r
 140         //    seqStrings = av.getSelectionAsString();\r
 141           }\r
 142 \r
 143           if(av.getSelectionGroup()==null)\r
 144           {\r
 145             start = 0;\r
 146             end = av.alignment.getWidth();\r
 147             seqs = av.alignment.getSequencesArray();\r
 148           }\r
 149           else\r
 150           {\r
 151             start = av.getSelectionGroup().getStartRes();\r
 152             end = av.getSelectionGroup().getEndRes()+1;\r
 153             seqs = av.getSelectionGroup().getSequencesInOrder(av.alignment);\r
 154           }\r
 155 \r
 156           tree = new NJTree(seqs, seqStrings, type, pwtype, start, end);\r
 157         }\r
 158 \r
 159       tree.reCount(tree.getTopNode());\r
 160       tree.findHeight(tree.getTopNode());\r
 161       treeCanvas.setTree(tree);\r
 162       if(newtree!=null)\r
 163       {\r
 164         distanceMenu.setState(newtree.HasDistances());\r
 165         bootstrapMenu.setState(newtree.HasBootstrap());\r
 166         treeCanvas.setShowBootstrap(newtree.HasBootstrap());\r
 167         treeCanvas.setShowDistances(newtree.HasDistances());\r
 168       }\r
 169 \r
 170 \r
 171       treeCanvas.repaint();\r
 172 \r
 173       av.setCurrentTree(tree);\r
 174 \r
 175     }\r
 176   }\r
 177 \r
 178   public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
 179   {\r
 180     if(evt.getSource()==newickOutput)\r
 181       newickOutput_actionPerformed();\r
 182     else if(evt.getSource()==fontSize)\r
 183       fontSize_actionPerformed();\r
 184   }\r
 185 \r
 186   public void itemStateChanged(ItemEvent evt)\r
 187   {\r
 188     if(evt.getSource()==fitToWindow)\r
 189       treeCanvas.fitToWindow = fitToWindow.getState();\r
 190 \r
 191     else if(evt.getSource()==distanceMenu)\r
 192       treeCanvas.setShowDistances(distanceMenu.getState());\r
 193 \r
 194     else if(evt.getSource()==bootstrapMenu)\r
 195       treeCanvas.setShowBootstrap(bootstrapMenu.getState());\r
 196 \r
 197     else if(evt.getSource()==placeholdersMenu)\r
 198       treeCanvas.setMarkPlaceholders(placeholdersMenu.getState());\r
 199 \r
 200     treeCanvas.repaint();\r
 201   }\r
 202 \r
 203 \r
 204   public void newickOutput_actionPerformed()\r
 205   {\r
 206     jalview.io.NewickFile fout = new jalview.io.NewickFile(tree.getTopNode());\r
 207     String output = fout.print(false, true);\r
 208     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(false, null);\r
 209     cap.setText(output);\r
 210     java.awt.Frame frame = new java.awt.Frame();\r
 211     frame.add(cap);\r
 212     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, type + " " + pwtype, 500, 100);\r
 213   }\r
 214 \r
 215   public java.awt.Font getTreeFont()\r
 216   {\r
 217     return treeCanvas.font;\r
 218   }\r
 219 \r
 220   public void setTreeFont(java.awt.Font font)\r
 221   {\r
 222     treeCanvas.font = font;\r
 223     treeCanvas.repaint();\r
 224   }\r
 225 \r
 226   protected void fontSize_actionPerformed()\r
 227   {\r
 228      if( treeCanvas==null )\r
 229         return;\r
 230 \r
 231     new FontChooser(this);\r
 232   }\r
 233 \r
 234 \r
 235 \r
 236 \r
 237   BorderLayout borderLayout1 = new BorderLayout();\r
 238   protected ScrollPane scrollPane = new ScrollPane();\r
 239   MenuBar jMenuBar1 = new MenuBar();\r
 240   Menu jMenu2 = new Menu();\r
 241   protected MenuItem fontSize = new MenuItem();\r
 242   protected CheckboxMenuItem bootstrapMenu = new CheckboxMenuItem();\r
 243   protected CheckboxMenuItem distanceMenu = new CheckboxMenuItem();\r
 244   protected CheckboxMenuItem placeholdersMenu = new CheckboxMenuItem();\r
 245   protected CheckboxMenuItem fitToWindow = new CheckboxMenuItem();\r
 246   Menu fileMenu = new Menu();\r
 247   MenuItem newickOutput = new MenuItem();\r
 248 \r
 249   private void jbInit() throws Exception {\r
 250       setLayout(borderLayout1);\r
 251       this.setBackground(Color.white);\r
 252       this.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 12));\r
 253       jMenu2.setLabel("View");\r
 254       fontSize.setLabel("Font...");\r
 255       fontSize.addActionListener(this);\r
 256       bootstrapMenu.setLabel("Show Bootstrap Values");\r
 257       bootstrapMenu.addItemListener(this);\r
 258       distanceMenu.setLabel("Show Distances");\r
 259       distanceMenu.addItemListener(this);\r
 260       placeholdersMenu.setLabel("Mark Unassociated Leaves");\r
 261       placeholdersMenu.addItemListener(this);\r
 262       fitToWindow.setState(true);\r
 263       fitToWindow.setLabel("Fit To Window");\r
 264       fitToWindow.addItemListener(this);\r
 265       fileMenu.setLabel("File");\r
 266       newickOutput.setLabel("Newick Format");\r
 267       newickOutput.addActionListener(this);\r
 268 \r
 269     add(scrollPane, BorderLayout.CENTER);\r
 270       jMenuBar1.add(fileMenu);\r
 271       jMenuBar1.add(jMenu2);\r
 272       jMenu2.add(fitToWindow);\r
 273       jMenu2.add(fontSize);\r
 274       jMenu2.add(distanceMenu);\r
 275       jMenu2.add(bootstrapMenu);\r
 276       jMenu2.add(placeholdersMenu);\r
 277     fileMenu.add(newickOutput);\r
 278   }\r
 279 \r
 280 }\r