src/jalview/appletgui/UserDefinedColours.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
   3  * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.appletgui;
  19
  20 import java.util.*;
  21
  22 import java.awt.*;
  23 import java.awt.event.*;
  24
  25 import jalview.datamodel.*;
  26 import jalview.schemes.*;
  27
  28 public class UserDefinedColours extends Panel implements ActionListener,
  29         AdjustmentListener
  30 {
  31
  32   AlignmentPanel ap;
  33
  34   SequenceGroup seqGroup;
  35
  36   Button selectedButton;
  37
  38   Vector oldColours = new Vector();
  39
  40   ColourSchemeI oldColourScheme;
  41
  42   Frame frame;
  43
  44   MCview.AppletPDBCanvas pdbcanvas;
  45
  46   AppletJmol jmol;
  47
  48   Dialog dialog;
  49
  50   Object caller;
  51
  52   String originalLabel;
  53
  54   Object originalColour;
  55
  56   int R = 0, G = 0, B = 0;
  57
  58   public ColourSchemeI loadDefaultColours()
  59   {
  60     // NOT IMPLEMENTED YET IN APPLET VERSION
  61     return null;
  62   }
  63
  64   public UserDefinedColours(AlignmentPanel ap, SequenceGroup sg)
  65   {
  66     this.ap = ap;
  67     seqGroup = sg;
  68
  69     if (seqGroup != null)
  70     {
  71       oldColourScheme = seqGroup.cs;
  72     }
  73     else
  74     {
  75       oldColourScheme = ap.av.getGlobalColourScheme();
  76     }
  77
  78     init();
  79   }
  80
  81   public UserDefinedColours(MCview.AppletPDBCanvas pdb)
  82   {
  83     this.pdbcanvas = pdb;
  84     init();
  85   }
  86
  87   public UserDefinedColours(AppletJmol jmol)
  88   {
  89     this.jmol = jmol;
  90     init();
  91   }
  92
  93   public UserDefinedColours(FeatureRenderer fr, Frame alignframe)
  94   {
  95     caller = fr;
  96     originalColour = fr.colourPanel.getBackground();
  97     originalLabel = "Feature Colour";
  98     setForDialog("Select Feature Colour", alignframe);
  99     setTargetColour(fr.colourPanel.getBackground());
 100     dialog.setVisible(true);
 101   }
 102
 103   public UserDefinedColours(Component caller, Color col1, Frame alignframe)
 104   {
 105     this(caller, col1, alignframe, "Select Colour");
 106   }
 107
 108   /**
 109    * Makes a dialog to choose the colour
 110    *
 111    * @param caller
 112    *          - handles events
 113    * @param col1
 114    *          - original colour
 115    * @param alignframe
 116    *          - the parent Frame for the dialog
 117    * @param title
 118    *          - window title
 119    */
 120   public UserDefinedColours(Component caller, Color col1, Frame alignframe,
 121           String title)
 122   {
 123     this.caller = caller;
 124     originalColour = col1;
 125     originalLabel = title;
 126     setForDialog(title, alignframe);
 127     setTargetColour(col1);
 128     dialog.setVisible(true);
 129   }
 130
 131   /**
 132    * feature colour chooser
 133    *
 134    * @param caller
 135    * @param label
 136    * @param colour
 137    */
 138   public UserDefinedColours(Object caller, String label, Color colour)
 139   {
 140     this(caller, label, colour, colour);
 141   }
 142
 143   /**
 144    * feature colour chooser when changing style to single color
 145    *
 146    * @param me
 147    * @param type
 148    * @param graduatedColor
 149    */
 150   public UserDefinedColours(FeatureSettings me, String type,
 151           GraduatedColor graduatedColor)
 152   {
 153     this(me, type, graduatedColor, graduatedColor.getMaxColor());
 154   }
 155
 156   private UserDefinedColours(Object caller, String label, Object ocolour,
 157           Color colour)
 158   {
 159     this.caller = caller;
 160     originalColour = ocolour;
 161     originalLabel = label;
 162     init();
 163     remove(buttonPanel);
 164
 165     setTargetColour(colour);
 166
 167     okcancelPanel.setBounds(new Rectangle(0, 113, 400, 35));
 168     frame.setTitle("User Defined Colours - " + label);
 169     frame.setSize(420, 200);
 170   }
 171
 172   void setForDialog(String title, Container alignframe)
 173   {
 174     init();
 175     frame.setVisible(false);
 176     remove(buttonPanel);
 177     if (alignframe instanceof Frame)
 178     {
 179       dialog = new Dialog((Frame) alignframe, title, true);
 180     }
 181     else
 182     {
 183       // if (alignframe instanceof JVDialog){
 184       // // not 1.1 compatible!
 185       // dialog = new Dialog(((JVDialog)alignframe), title, true);
 186       // } else {
 187       throw new Error("Unsupported owner for User Colour scheme dialog.");
 188     }
 189
 190     dialog.add(this);
 191     this.setSize(400, 123);
 192     okcancelPanel.setBounds(new Rectangle(0, 123, 400, 35));
 193     int height = 160 + alignframe.getInsets().top + getInsets().bottom;
 194     int width = 400;
 195
 196     dialog.setBounds(alignframe.getBounds().x
 197             + (alignframe.getSize().width - width) / 2, alignframe
 198             .getBounds().y
 199             + (alignframe.getSize().height - height) / 2, width, height);
 200
 201   }
 202
 203   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 204   {
 205     if (evt.getSource() == okButton)
 206     {
 207       okButton_actionPerformed();
 208     }
 209     else if (evt.getSource() == applyButton)
 210     {
 211       applyButton_actionPerformed();
 212     }
 213     else if (evt.getSource() == cancelButton)
 214     {
 215       cancelButton_actionPerformed();
 216     }
 217     else if (evt.getSource() == rText)
 218     {
 219       rText_actionPerformed();
 220     }
 221     else if (evt.getSource() == gText)
 222     {
 223       gText_actionPerformed();
 224     }
 225     else if (evt.getSource() == bText)
 226     {
 227       bText_actionPerformed();
 228     }
 229   }
 230
 231   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)
 232   {
 233     if (evt.getSource() == rScroller)
 234     {
 235       rScroller_adjustmentValueChanged();
 236     }
 237     else if (evt.getSource() == gScroller)
 238     {
 239       gScroller_adjustmentValueChanged();
 240     }
 241     else if (evt.getSource() == bScroller)
 242     {
 243       bScroller_adjustmentValueChanged();
 244     }
 245   }
 246
 247   void init()
 248   {
 249     try
 250     {
 251       jbInit();
 252     } catch (Exception e)
 253     {
 254       e.printStackTrace();
 255     }
 256     frame = new Frame();
 257     frame.add(this);
 258     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "User defined colours", 420,
 259             345);
 260
 261     if (seqGroup != null)
 262     {
 263       frame.setTitle(frame.getTitle() + " (" + seqGroup.getName() + ")");
 264     }
 265
 266     for (int i = 0; i < 20; i++)
 267     {
 268       makeButton(ResidueProperties.aa2Triplet.get(ResidueProperties.aa[i])
 269               + "", ResidueProperties.aa[i]);
 270     }
 271
 272     makeButton("B", "B");
 273     makeButton("Z", "Z");
 274     makeButton("X", "X");
 275     makeButton("Gap", "'.','-',' '");
 276
 277     validate();
 278   }
 279
 280   protected void rText_actionPerformed()
 281   {
 282     try
 283     {
 284       int i = Integer.parseInt(rText.getText());
 285       rScroller.setValue(i);
 286       rScroller_adjustmentValueChanged();
 287     } catch (NumberFormatException ex)
 288     {
 289     }
 290   }
 291
 292   protected void gText_actionPerformed()
 293   {
 294     try
 295     {
 296       int i = Integer.parseInt(gText.getText());
 297       gScroller.setValue(i);
 298       gScroller_adjustmentValueChanged();
 299     } catch (NumberFormatException ex)
 300     {
 301     }
 302
 303   }
 304
 305   protected void bText_actionPerformed()
 306   {
 307     try
 308     {
 309       int i = Integer.parseInt(bText.getText());
 310       bScroller.setValue(i);
 311       bScroller_adjustmentValueChanged();
 312     } catch (NumberFormatException ex)
 313     {
 314     }
 315
 316   }
 317
 318   protected void rScroller_adjustmentValueChanged()
 319   {
 320     R = rScroller.getValue();
 321     rText.setText(R + "");
 322     colourChanged();
 323   }
 324
 325   protected void gScroller_adjustmentValueChanged()
 326   {
 327     G = gScroller.getValue();
 328     gText.setText(G + "");
 329     colourChanged();
 330   }
 331
 332   protected void bScroller_adjustmentValueChanged()
 333   {
 334     B = bScroller.getValue();
 335     bText.setText(B + "");
 336     colourChanged();
 337   }
 338
 339   public void colourChanged()
 340   {
 341     Color col = new Color(R, G, B);
 342     target.setBackground(col);
 343     target.repaint();
 344
 345     if (selectedButton != null)
 346     {
 347       selectedButton.setBackground(col);
 348       selectedButton.repaint();
 349     }
 350   }
 351
 352   void setTargetColour(Color col)
 353   {
 354     R = col.getRed();
 355     G = col.getGreen();
 356     B = col.getBlue();
 357
 358     rScroller.setValue(R);
 359     gScroller.setValue(G);
 360     bScroller.setValue(B);
 361     rText.setText(R + "");
 362     gText.setText(G + "");
 363     bText.setText(B + "");
 364     colourChanged();
 365   }
 366
 367   public void colourButtonPressed(MouseEvent e)
 368   {
 369     selectedButton = (Button) e.getSource();
 370     setTargetColour(selectedButton.getBackground());
 371   }
 372
 373   void makeButton(String label, String aa)
 374   {
 375     final Button button = new Button();
 376     Color col = Color.white;
 377     if (oldColourScheme != null)
 378     {
 379       try
 380       {
 381         col = oldColourScheme.findColour(aa.charAt(0), -1);
 382       } catch (Exception ex)
 383       {
 384       }
 385     }
 386     button.setBackground(col);
 387     oldColours.addElement(col);
 388     button.setLabel(label);
 389     button.setForeground(col.darker().darker().darker());
 390     button.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 1, 10));
 391     button.addMouseListener(new java.awt.event.MouseAdapter()
 392     {
 393       public void mousePressed(MouseEvent e)
 394       {
 395         colourButtonPressed(e);
 396       }
 397     });
 398
 399     buttonPanel.add(button, null);
 400   }
 401
 402   protected void okButton_actionPerformed()
 403   {
 404     applyButton_actionPerformed();
 405     if (dialog != null)
 406       dialog.setVisible(false);
 407
 408     frame.setVisible(false);
 409   }
 410
 411   public Color getColor()
 412   {
 413     return new Color(R, G, B);
 414   }
 415
 416   protected void applyButton_actionPerformed()
 417   {
 418     if (caller != null)
 419     {
 420       if (caller instanceof FeatureSettings)
 421       {
 422         ((FeatureSettings) caller).setUserColour(originalLabel, getColor());
 423       }
 424       else if (caller instanceof AnnotationColourChooser)
 425       {
 426         if (originalLabel.equals("Min Colour"))
 427         {
 428           ((AnnotationColourChooser) caller)
 429                   .minColour_actionPerformed(getColor());
 430         }
 431         else
 432         {
 433           ((AnnotationColourChooser) caller)
 434                   .maxColour_actionPerformed(getColor());
 435         }
 436       }
 437       else if (caller instanceof FeatureRenderer)
 438       {
 439         ((FeatureRenderer) caller).colourPanel.updateColor(getColor());
 440       }
 441       else if (caller instanceof FeatureColourChooser)
 442       {
 443         if (originalLabel.indexOf("inimum") > -1)
 444         {
 445           ((FeatureColourChooser) caller)
 446                   .minColour_actionPerformed(getColor());
 447         }
 448         else
 449         {
 450           ((FeatureColourChooser) caller)
 451                   .maxColour_actionPerformed(getColor());
 452         }
 453       }
 454
 455       return;
 456     }
 457
 458     Color[] newColours = new Color[24];
 459     for (int i = 0; i < 24; i++)
 460     {
 461       Button button = (Button) buttonPanel.getComponent(i);
 462       newColours[i] = button.getBackground();
 463     }
 464
 465     UserColourScheme ucs = new UserColourScheme(newColours);
 466     if (ap != null)
 467     {
 468       ucs.setThreshold(0, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());
 469     }
 470
 471     if (ap != null)
 472     {
 473       if (seqGroup != null)
 474       {
 475         seqGroup.cs = ucs;
 476       }
 477       else
 478       {
 479         ap.av.setGlobalColourScheme(ucs);
 480       }
 481       ap.seqPanel.seqCanvas.img = null;
 482       ap.paintAlignment(true);
 483     }
 484     else if (jmol != null)
 485     {
 486       jmol.setJalviewColourScheme(ucs);
 487     }
 488     else if (pdbcanvas != null)
 489     {
 490       pdbcanvas.setColours(ucs);
 491     }
 492   }
 493
 494   protected void cancelButton_actionPerformed()
 495   {
 496     if (caller != null)
 497     {
 498       if (caller instanceof FeatureSettings)
 499       {
 500         ((FeatureSettings) caller).setUserColour(originalLabel,
 501                 originalColour);
 502       }
 503       else if (caller instanceof AnnotationColourChooser)
 504       {
 505         if (originalLabel.equals("Min Colour"))
 506         {
 507           ((AnnotationColourChooser) caller)
 508                   .minColour_actionPerformed((Color) originalColour);
 509         }
 510         else
 511         {
 512           ((AnnotationColourChooser) caller)
 513                   .maxColour_actionPerformed((Color) originalColour);
 514         }
 515       }
 516       else if (caller instanceof FeatureRenderer)
 517       {
 518         ((FeatureRenderer) caller).colourPanel.updateColor(originalColour);
 519
 520       }
 521
 522       else if (caller instanceof FeatureColourChooser)
 523       {
 524         if (originalLabel.indexOf("inimum") > -1)
 525         {
 526           ((FeatureColourChooser) caller)
 527                   .minColour_actionPerformed((Color) originalColour);
 528         }
 529         else
 530         {
 531           ((FeatureColourChooser) caller)
 532                   .maxColour_actionPerformed((Color) originalColour);
 533         }
 534       }
 535       if (dialog != null)
 536         dialog.setVisible(false);
 537
 538       frame.setVisible(false);
 539       return;
 540     }
 541
 542     Color[] newColours = new Color[24];
 543     for (int i = 0; i < 24; i++)
 544     {
 545       newColours[i] = (Color) oldColours.elementAt(i);
 546       buttonPanel.getComponent(i).setBackground(newColours[i]);
 547     }
 548
 549     UserColourScheme ucs = new UserColourScheme(newColours);
 550
 551     if (ap != null)
 552     {
 553       if (seqGroup != null)
 554       {
 555         seqGroup.cs = ucs;
 556       }
 557       else
 558       {
 559         ap.av.setGlobalColourScheme(ucs);
 560       }
 561       ap.paintAlignment(true);
 562     }
 563     else if (jmol != null)
 564     {
 565       jmol.setJalviewColourScheme(ucs);
 566     }
 567     else if (pdbcanvas != null)
 568     {
 569       pdbcanvas.pdb.setColours(ucs);
 570     }
 571
 572     frame.setVisible(false);
 573   }
 574
 575   protected Panel buttonPanel = new Panel();
 576
 577   protected GridLayout gridLayout = new GridLayout();
 578
 579   Panel okcancelPanel = new Panel();
 580
 581   protected Button okButton = new Button();
 582
 583   protected Button applyButton = new Button();
 584
 585   protected Button cancelButton = new Button();
 586
 587   protected Scrollbar rScroller = new Scrollbar();
 588
 589   Label label1 = new Label();
 590
 591   protected TextField rText = new TextField();
 592
 593   Label label4 = new Label();
 594
 595   protected Scrollbar gScroller = new Scrollbar();
 596
 597   protected TextField gText = new TextField();
 598
 599   Label label5 = new Label();
 600
 601   protected Scrollbar bScroller = new Scrollbar();
 602
 603   protected TextField bText = new TextField();
 604
 605   protected Panel target = new Panel();
 606
 607   private void jbInit() throws Exception
 608   {
 609     this.setLayout(null);
 610     buttonPanel.setLayout(gridLayout);
 611     gridLayout.setColumns(6);
 612     gridLayout.setRows(4);
 613     okButton.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 11));
 614     okButton.setLabel("OK");
 615     okButton.addActionListener(this);
 616     applyButton.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 11));
 617     applyButton.setLabel("Apply");
 618     applyButton.addActionListener(this);
 619     cancelButton.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 11));
 620     cancelButton.setLabel("Cancel");
 621     cancelButton.addActionListener(this);
 622     this.setBackground(new Color(212, 208, 223));
 623     okcancelPanel.setBounds(new Rectangle(0, 265, 400, 35));
 624     buttonPanel.setBounds(new Rectangle(0, 123, 400, 142));
 625     rScroller.setMaximum(256);
 626     rScroller.setMinimum(0);
 627     rScroller.setOrientation(0);
 628     rScroller.setUnitIncrement(1);
 629     rScroller.setVisibleAmount(1);
 630     rScroller.setBounds(new Rectangle(36, 27, 119, 19));
 631     rScroller.addAdjustmentListener(this);
 632     label1.setAlignment(Label.RIGHT);
 633     label1.setText("R");
 634     label1.setBounds(new Rectangle(19, 30, 16, 15));
 635     rText.setFont(new java.awt.Font("Dialog", Font.PLAIN, 10));
 636     rText.setText("0        ");
 637     rText.setBounds(new Rectangle(156, 27, 53, 19));
 638     rText.addActionListener(this);
 639     label4.setAlignment(Label.RIGHT);
 640     label4.setText("G");
 641     label4.setBounds(new Rectangle(15, 56, 20, 15));
 642     gScroller.setMaximum(256);
 643     gScroller.setMinimum(0);
 644     gScroller.setOrientation(0);
 645     gScroller.setUnitIncrement(1);
 646     gScroller.setVisibleAmount(1);
 647     gScroller.setBounds(new Rectangle(35, 52, 120, 20));
 648     gScroller.addAdjustmentListener(this);
 649     gText.setFont(new java.awt.Font("Dialog", Font.PLAIN, 10));
 650     gText.setText("0        ");
 651     gText.setBounds(new Rectangle(156, 52, 53, 20));
 652     gText.addActionListener(this);
 653     label5.setAlignment(Label.RIGHT);
 654     label5.setText("B");
 655     label5.setBounds(new Rectangle(14, 82, 20, 15));
 656     bScroller.setMaximum(256);
 657     bScroller.setMinimum(0);
 658     bScroller.setOrientation(0);
 659     bScroller.setUnitIncrement(1);
 660     bScroller.setVisibleAmount(1);
 661     bScroller.setBounds(new Rectangle(35, 78, 120, 20));
 662     bScroller.addAdjustmentListener(this);
 663     bText.setFont(new java.awt.Font("Dialog", Font.PLAIN, 10));
 664     bText.setText("0        ");
 665     bText.setBounds(new Rectangle(157, 78, 52, 20));
 666     bText.addActionListener(this);
 667     target.setBackground(Color.black);
 668     target.setBounds(new Rectangle(229, 26, 134, 79));
 669     this.add(okcancelPanel, null);
 670     okcancelPanel.add(okButton, null);
 671     okcancelPanel.add(applyButton, null);
 672     okcancelPanel.add(cancelButton, null);
 673     this.add(buttonPanel, null);
 674     this.add(target, null);
 675     this.add(gScroller);
 676     this.add(rScroller);
 677     this.add(bScroller);
 678     this.add(label5);
 679     this.add(label4);
 680     this.add(label1);
 681     this.add(gText);
 682     this.add(rText);
 683     this.add(bText);
 684   }
 685
 686 }