src/jalview/appletgui/UserDefinedColours.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Development Version 2.4.1)
   3  * Copyright (C) 2009 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package jalview.appletgui;
  20
  21 import java.util.*;
  22
  23 import java.awt.*;
  24 import java.awt.event.*;
  25
  26 import jalview.datamodel.*;
  27 import jalview.schemes.*;
  28
  29 public class UserDefinedColours extends Panel implements ActionListener,
  30         AdjustmentListener
  31 {
  32
  33   AlignmentPanel ap;
  34
  35   SequenceGroup seqGroup;
  36
  37   Button selectedButton;
  38
  39   Vector oldColours = new Vector();
  40
  41   ColourSchemeI oldColourScheme;
  42
  43   Frame frame;
  44
  45   MCview.AppletPDBCanvas pdbcanvas;
  46
  47   AppletJmol jmol;
  48
  49   Dialog dialog;
  50
  51   Object caller;
  52
  53   String originalLabel;
  54
  55   Color originalColour;
  56
  57   int R = 0, G = 0, B = 0;
  58
  59   public ColourSchemeI loadDefaultColours()
  60   {
  61     // NOT IMPLEMENTED YET IN APPLET VERSION
  62     return null;
  63   }
  64
  65   public UserDefinedColours(AlignmentPanel ap, SequenceGroup sg)
  66   {
  67     this.ap = ap;
  68     seqGroup = sg;
  69
  70     if (seqGroup != null)
  71     {
  72       oldColourScheme = seqGroup.cs;
  73     }
  74     else
  75     {
  76       oldColourScheme = ap.av.getGlobalColourScheme();
  77     }
  78
  79     init();
  80   }
  81
  82   public UserDefinedColours(MCview.AppletPDBCanvas pdb)
  83   {
  84     this.pdbcanvas = pdb;
  85     init();
  86   }
  87
  88   public UserDefinedColours(AppletJmol jmol)
  89   {
  90     this.jmol = jmol;
  91     init();
  92   }
  93
  94   public UserDefinedColours(FeatureRenderer fr, Frame alignframe)
  95   {
  96     caller = fr;
  97     originalColour = fr.colourPanel.getBackground();
  98     originalLabel = "Feature Colour";
  99     setForDialog("Select Feature Colour", alignframe);
 100     setTargetColour(fr.colourPanel.getBackground());
 101     dialog.setVisible(true);
 102   }
 103   public UserDefinedColours(Component caller, Color col1, Frame alignframe)
 104   {
 105     this(caller, col1, alignframe, "Select Colour");
 106   }
 107   /**
 108    * Makes a dialog to choose the colour
 109    * @param caller - handles events
 110    * @param col1 - original colour
 111    * @param alignframe - the parent Frame for the dialog
 112    * @param title - window title
 113    */
 114   public UserDefinedColours(Component caller, Color col1, Frame alignframe, String title)
 115   {
 116     this.caller = caller;
 117     originalColour = col1;
 118     originalLabel = title;
 119     setForDialog(title, alignframe);
 120     setTargetColour(col1);
 121     dialog.setVisible(true);
 122   }
 123
 124   public UserDefinedColours(Object caller, String label, Color colour)
 125   {
 126     this.caller = caller;
 127     originalColour = colour;
 128     originalLabel = label;
 129     init();
 130     remove(buttonPanel);
 131
 132     setTargetColour(colour);
 133
 134     okcancelPanel.setBounds(new Rectangle(0, 113, 400, 35));
 135     frame.setTitle("User Defined Colours - " + label);
 136     frame.setSize(420, 200);
 137     }
 138
 139   void setForDialog(String title, Container alignframe)
 140   {
 141     init();
 142     frame.setVisible(false);
 143     remove(buttonPanel);
 144     if (alignframe instanceof Frame)
 145     {
 146       dialog = new Dialog((Frame)alignframe, title, true);
 147     }
 148     else {
 149 //    if (alignframe instanceof JVDialog){
 150 //      // not 1.1 compatible!
 151 //      dialog = new Dialog(((JVDialog)alignframe), title, true);
 152 //    } else {
 153       throw new Error("Unsupported owner for User Colour scheme dialog.");
 154     }
 155
 156     dialog.add(this);
 157     this.setSize(400, 123);
 158     okcancelPanel.setBounds(new Rectangle(0, 123, 400, 35));
 159     int height = 160 + alignframe.getInsets().top + getInsets().bottom;
 160     int width = 400;
 161
 162     dialog.setBounds(alignframe.getBounds().x
 163             + (alignframe.getSize().width - width) / 2, alignframe
 164             .getBounds().y
 165             + (alignframe.getSize().height - height) / 2, width, height);
 166
 167   }
 168
 169   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 170   {
 171     if (evt.getSource() == okButton)
 172     {
 173       okButton_actionPerformed();
 174     }
 175     else if (evt.getSource() == applyButton)
 176     {
 177       applyButton_actionPerformed();
 178     }
 179     else if (evt.getSource() == cancelButton)
 180     {
 181       cancelButton_actionPerformed();
 182     }
 183     else if (evt.getSource() == rText)
 184     {
 185       rText_actionPerformed();
 186     }
 187     else if (evt.getSource() == gText)
 188     {
 189       gText_actionPerformed();
 190     }
 191     else if (evt.getSource() == bText)
 192     {
 193       bText_actionPerformed();
 194     }
 195   }
 196
 197   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)
 198   {
 199     if (evt.getSource() == rScroller)
 200     {
 201       rScroller_adjustmentValueChanged();
 202     }
 203     else if (evt.getSource() == gScroller)
 204     {
 205       gScroller_adjustmentValueChanged();
 206     }
 207     else if (evt.getSource() == bScroller)
 208     {
 209       bScroller_adjustmentValueChanged();
 210     }
 211   }
 212
 213   void init()
 214   {
 215     try
 216     {
 217       jbInit();
 218     } catch (Exception e)
 219     {
 220       e.printStackTrace();
 221     }
 222     frame = new Frame();
 223     frame.add(this);
 224     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "User defined colours", 420,
 225             345);
 226
 227     if (seqGroup != null)
 228     {
 229       frame.setTitle(frame.getTitle() + " (" + seqGroup.getName() + ")");
 230     }
 231
 232     for (int i = 0; i < 20; i++)
 233     {
 234       makeButton(ResidueProperties.aa2Triplet.get(ResidueProperties.aa[i])
 235               + "", ResidueProperties.aa[i]);
 236     }
 237
 238     makeButton("B", "B");
 239     makeButton("Z", "Z");
 240     makeButton("X", "X");
 241     makeButton("Gap", "'.','-',' '");
 242
 243     validate();
 244   }
 245
 246   protected void rText_actionPerformed()
 247   {
 248     try
 249     {
 250       int i = Integer.parseInt(rText.getText());
 251       rScroller.setValue(i);
 252       rScroller_adjustmentValueChanged();
 253     } catch (NumberFormatException ex)
 254     {
 255     }
 256   }
 257
 258   protected void gText_actionPerformed()
 259   {
 260     try
 261     {
 262       int i = Integer.parseInt(gText.getText());
 263       gScroller.setValue(i);
 264       gScroller_adjustmentValueChanged();
 265     } catch (NumberFormatException ex)
 266     {
 267     }
 268
 269   }
 270
 271   protected void bText_actionPerformed()
 272   {
 273     try
 274     {
 275       int i = Integer.parseInt(bText.getText());
 276       bScroller.setValue(i);
 277       bScroller_adjustmentValueChanged();
 278     } catch (NumberFormatException ex)
 279     {
 280     }
 281
 282   }
 283
 284   protected void rScroller_adjustmentValueChanged()
 285   {
 286     R = rScroller.getValue();
 287     rText.setText(R + "");
 288     colourChanged();
 289   }
 290
 291   protected void gScroller_adjustmentValueChanged()
 292   {
 293     G = gScroller.getValue();
 294     gText.setText(G + "");
 295     colourChanged();
 296   }
 297
 298   protected void bScroller_adjustmentValueChanged()
 299   {
 300     B = bScroller.getValue();
 301     bText.setText(B + "");
 302     colourChanged();
 303   }
 304
 305   public void colourChanged()
 306   {
 307     Color col = new Color(R, G, B);
 308     target.setBackground(col);
 309     target.repaint();
 310
 311     if (selectedButton != null)
 312     {
 313       selectedButton.setBackground(col);
 314       selectedButton.repaint();
 315     }
 316   }
 317
 318   void setTargetColour(Color col)
 319   {
 320     R = col.getRed();
 321     G = col.getGreen();
 322     B = col.getBlue();
 323
 324     rScroller.setValue(R);
 325     gScroller.setValue(G);
 326     bScroller.setValue(B);
 327     rText.setText(R + "");
 328     gText.setText(G + "");
 329     bText.setText(B + "");
 330     colourChanged();
 331   }
 332
 333   public void colourButtonPressed(MouseEvent e)
 334   {
 335     selectedButton = (Button) e.getSource();
 336     setTargetColour(selectedButton.getBackground());
 337   }
 338
 339   void makeButton(String label, String aa)
 340   {
 341     final Button button = new Button();
 342     Color col = Color.white;
 343     if (oldColourScheme!=null)
 344     {
 345     try
 346     {
 347       col = oldColourScheme.findColour(aa.charAt(0), -1);
 348     } catch (Exception ex)
 349     {
 350     }
 351     }
 352     button.setBackground(col);
 353     oldColours.addElement(col);
 354     button.setLabel(label);
 355     button.setForeground(col.darker().darker().darker());
 356     button.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 1, 10));
 357     button.addMouseListener(new java.awt.event.MouseAdapter()
 358     {
 359       public void mousePressed(MouseEvent e)
 360       {
 361         colourButtonPressed(e);
 362       }
 363     });
 364
 365     buttonPanel.add(button, null);
 366   }
 367
 368   protected void okButton_actionPerformed()
 369   {
 370     applyButton_actionPerformed();
 371     if (dialog != null)
 372       dialog.setVisible(false);
 373
 374     frame.setVisible(false);
 375   }
 376
 377   public Color getColor()
 378   {
 379     return new Color(R, G, B);
 380   }
 381
 382   protected void applyButton_actionPerformed()
 383   {
 384     if (caller != null)
 385     {
 386       if (caller instanceof FeatureSettings)
 387       {
 388         ((FeatureSettings) caller).setUserColour(originalLabel, getColor());
 389       }
 390       else if (caller instanceof AnnotationColourChooser)
 391       {
 392         if (originalLabel.equals("Min Colour"))
 393         {
 394           ((AnnotationColourChooser) caller)
 395                   .minColour_actionPerformed(getColor());
 396         }
 397         else
 398         {
 399           ((AnnotationColourChooser) caller)
 400                   .maxColour_actionPerformed(getColor());
 401         }
 402       }
 403       else if (caller instanceof FeatureRenderer)
 404       {
 405         ((FeatureRenderer) caller).colourPanel.updateColor(getColor());
 406       }
 407       else if (caller instanceof FeatureColourChooser)
 408       {
 409         if (originalLabel.indexOf("inimum")>-1)
 410         {
 411           ((FeatureColourChooser) caller).minColour_actionPerformed(getColor());
 412         } else {
 413           ((FeatureColourChooser) caller).maxColour_actionPerformed(getColor());
 414         }
 415       }
 416
 417       return;
 418     }
 419
 420     Color[] newColours = new Color[24];
 421     for (int i = 0; i < 24; i++)
 422     {
 423       Button button = (Button) buttonPanel.getComponent(i);
 424       newColours[i] = button.getBackground();
 425     }
 426
 427     UserColourScheme ucs = new UserColourScheme(newColours);
 428     if (ap != null)
 429     {
 430       ucs.setThreshold(0, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());
 431     }
 432
 433     if (ap != null)
 434     {
 435       if (seqGroup != null)
 436       {
 437         seqGroup.cs = ucs;
 438       }
 439       else
 440       {
 441         ap.av.setGlobalColourScheme(ucs);
 442       }
 443       ap.seqPanel.seqCanvas.img = null;
 444       ap.paintAlignment(true);
 445     }
 446     else if (jmol != null)
 447     {
 448       jmol.setJalviewColourScheme(ucs);
 449     }
 450     else if (pdbcanvas != null)
 451     {
 452       pdbcanvas.setColours(ucs);
 453     }
 454   }
 455
 456   protected void cancelButton_actionPerformed()
 457   {
 458     if (caller != null)
 459     {
 460       if (caller instanceof FeatureSettings)
 461       {
 462         ((FeatureSettings) caller).setUserColour(originalLabel,
 463                 originalColour);
 464       }
 465       else if (caller instanceof AnnotationColourChooser)
 466       {
 467         if (originalLabel.equals("Min Colour"))
 468         {
 469           ((AnnotationColourChooser) caller)
 470                   .minColour_actionPerformed(originalColour);
 471         }
 472         else
 473         {
 474           ((AnnotationColourChooser) caller)
 475                   .maxColour_actionPerformed(originalColour);
 476         }
 477       }
 478       else if (caller instanceof FeatureRenderer)
 479       {
 480         ((FeatureRenderer) caller).colourPanel.updateColor(originalColour);
 481
 482       }
 483
 484       else if (caller instanceof FeatureColourChooser)
 485       {
 486         if (originalLabel.indexOf("inimum")>-1)
 487         {
 488           ((FeatureColourChooser) caller).minColour_actionPerformed(originalColour);
 489         } else {
 490           ((FeatureColourChooser) caller).maxColour_actionPerformed(originalColour);
 491         }
 492       }
 493       if (dialog != null)
 494         dialog.setVisible(false);
 495
 496       frame.setVisible(false);
 497       return;
 498     }
 499
 500     Color[] newColours = new Color[24];
 501     for (int i = 0; i < 24; i++)
 502     {
 503       newColours[i] = (Color) oldColours.elementAt(i);
 504       buttonPanel.getComponent(i).setBackground(newColours[i]);
 505     }
 506
 507     UserColourScheme ucs = new UserColourScheme(newColours);
 508
 509     if (ap != null)
 510     {
 511       if (seqGroup != null)
 512       {
 513         seqGroup.cs = ucs;
 514       }
 515       else
 516       {
 517         ap.av.setGlobalColourScheme(ucs);
 518       }
 519       ap.paintAlignment(true);
 520     }
 521     else if (jmol != null)
 522     {
 523       jmol.setJalviewColourScheme(ucs);
 524     }
 525     else if (pdbcanvas != null)
 526     {
 527       pdbcanvas.pdb.setColours(ucs);
 528     }
 529
 530     frame.setVisible(false);
 531   }
 532
 533   protected Panel buttonPanel = new Panel();
 534
 535   protected GridLayout gridLayout = new GridLayout();
 536
 537   Panel okcancelPanel = new Panel();
 538
 539   protected Button okButton = new Button();
 540
 541   protected Button applyButton = new Button();
 542
 543   protected Button cancelButton = new Button();
 544
 545   protected Scrollbar rScroller = new Scrollbar();
 546
 547   Label label1 = new Label();
 548
 549   protected TextField rText = new TextField();
 550
 551   Label label4 = new Label();
 552
 553   protected Scrollbar gScroller = new Scrollbar();
 554
 555   protected TextField gText = new TextField();
 556
 557   Label label5 = new Label();
 558
 559   protected Scrollbar bScroller = new Scrollbar();
 560
 561   protected TextField bText = new TextField();
 562
 563   protected Panel target = new Panel();
 564
 565   private void jbInit() throws Exception
 566   {
 567     this.setLayout(null);
 568     buttonPanel.setLayout(gridLayout);
 569     gridLayout.setColumns(6);
 570     gridLayout.setRows(4);
 571     okButton.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 11));
 572     okButton.setLabel("OK");
 573     okButton.addActionListener(this);
 574     applyButton.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 11));
 575     applyButton.setLabel("Apply");
 576     applyButton.addActionListener(this);
 577     cancelButton.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 11));
 578     cancelButton.setLabel("Cancel");
 579     cancelButton.addActionListener(this);
 580     this.setBackground(new Color(212, 208, 223));
 581     okcancelPanel.setBounds(new Rectangle(0, 265, 400, 35));
 582     buttonPanel.setBounds(new Rectangle(0, 123, 400, 142));
 583     rScroller.setMaximum(256);
 584     rScroller.setMinimum(0);
 585     rScroller.setOrientation(0);
 586     rScroller.setUnitIncrement(1);
 587     rScroller.setVisibleAmount(1);
 588     rScroller.setBounds(new Rectangle(36, 27, 119, 19));
 589     rScroller.addAdjustmentListener(this);
 590     label1.setAlignment(Label.RIGHT);
 591     label1.setText("R");
 592     label1.setBounds(new Rectangle(19, 30, 16, 15));
 593     rText.setFont(new java.awt.Font("Dialog", Font.PLAIN, 10));
 594     rText.setText("0        ");
 595     rText.setBounds(new Rectangle(156, 27, 53, 19));
 596     rText.addActionListener(this);
 597     label4.setAlignment(Label.RIGHT);
 598     label4.setText("G");
 599     label4.setBounds(new Rectangle(15, 56, 20, 15));
 600     gScroller.setMaximum(256);
 601     gScroller.setMinimum(0);
 602     gScroller.setOrientation(0);
 603     gScroller.setUnitIncrement(1);
 604     gScroller.setVisibleAmount(1);
 605     gScroller.setBounds(new Rectangle(35, 52, 120, 20));
 606     gScroller.addAdjustmentListener(this);
 607     gText.setFont(new java.awt.Font("Dialog", Font.PLAIN, 10));
 608     gText.setText("0        ");
 609     gText.setBounds(new Rectangle(156, 52, 53, 20));
 610     gText.addActionListener(this);
 611     label5.setAlignment(Label.RIGHT);
 612     label5.setText("B");
 613     label5.setBounds(new Rectangle(14, 82, 20, 15));
 614     bScroller.setMaximum(256);
 615     bScroller.setMinimum(0);
 616     bScroller.setOrientation(0);
 617     bScroller.setUnitIncrement(1);
 618     bScroller.setVisibleAmount(1);
 619     bScroller.setBounds(new Rectangle(35, 78, 120, 20));
 620     bScroller.addAdjustmentListener(this);
 621     bText.setFont(new java.awt.Font("Dialog", Font.PLAIN, 10));
 622     bText.setText("0        ");
 623     bText.setBounds(new Rectangle(157, 78, 52, 20));
 624     bText.addActionListener(this);
 625     target.setBackground(Color.black);
 626     target.setBounds(new Rectangle(229, 26, 134, 79));
 627     this.add(okcancelPanel, null);
 628     okcancelPanel.add(okButton, null);
 629     okcancelPanel.add(applyButton, null);
 630     okcancelPanel.add(cancelButton, null);
 631     this.add(buttonPanel, null);
 632     this.add(target, null);
 633     this.add(gScroller);
 634     this.add(rScroller);
 635     this.add(bScroller);
 636     this.add(label5);
 637     this.add(label4);
 638     this.add(label1);
 639     this.add(gText);
 640     this.add(rText);
 641     this.add(bText);
 642   }
 643
 644 }