src/jalview/bin/Cache.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
   3  * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.bin;
  19
  20 import java.io.*;
  21 import java.util.*;
  22
  23 import org.apache.log4j.*;
  24 import org.biojava.dasobert.dasregistry.Das1Source;
  25
  26 /**
  27  * Stores and retrieves Jalview Application Properties Lists and fields within
  28  * list entries are separated by '|' symbols unless otherwise stated (|) clauses
  29  * are alternative values for a tag. <br>
  30  * <br>
  31  * Current properties include:
  32  * <ul>
  33  * <br>
  34  * logs.Axis.Level - one of the stringified Levels for log4j controlling the
  35  * logging level for axis (used for web services) <br>
  36  * </li>
  37  * <li>logs.Castor.Level - one of the stringified Levels for log4j controlling
  38  * the logging level for castor (used for serialization) <br>
  39  * </li>
  40  * <li>logs.Jalview.Level - Cache.log stringified level. <br>
  41  * </li>
  42  * <li>DISCOVERY_START - Boolean - controls if discovery services are queried on
  43  * startup</li>
  44  * <li>DISCOVERY_URLS - comma separated list of Discovery Service endpoints.</li>
  45  * <li>SCREEN_WIDTH</li>
  46  * <li>SCREEN_HEIGHT</li>
  47  * <li>SCREEN_Y=285</li>
  48  * <li>SCREEN_X=371</li>
  49  * <li>SHOW_FULLSCREEN boolean</li>
  50  * <li>FONT_NAME java font name for alignment text display</li>
  51  * <li>FONT_SIZE size of displayed alignment text</li>
  52  * <li>FONT_STYLE style of font displayed (sequence labels are always italic)</li>
  53  * <li>GAP_SYMBOL character to treat as gap symbol (usually -,.,' ')</li>
  54  * <li>LAST_DIRECTORY last directory for browsing alignment</li>
  55  * <li>USER_DEFINED_COLOURS list of user defined colour scheme files</li>
  56  * <li>SHOW_FULL_ID show id with '/start-end' numbers appended</li>
  57  * <li>SHOW_IDENTITY show percentage identity annotation</li>
  58  * <li>SHOW_QUALITY show alignment quality annotation</li>
  59  * <li>SHOW_ANNOTATIONS show alignment annotation rows</li>
  60  * <li>SHOW_CONSERVATION show alignment conservation annotation</li>
  61  * <li>CENTRE_COLUMN_LABELS centre the labels at each column in a displayed
  62  * annotation row</li>
  63  * <li>DEFAULT_COLOUR default colour scheme to apply for a new alignment</li>
  64  * <li>DEFAULT_FILE_FORMAT file format used to save</li>
  65  * <li>STARTUP_FILE file loaded on startup (may be a fully qualified url)</li>
  66  * <li>SHOW_STARTUP_FILE flag to control loading of startup file</li>
  67  * <li>VERSION the version of the jalview build</li>
  68  * <li>BUILD_DATE date of this build</li>
  69  * <li>LATEST_VERSION the latest jalview version advertised on the
  70  * www.jalview.org</li>
  71  * <li>PIR_MODELLER boolean indicating if PIR files are written with MODELLER
  72  * descriptions</li>
  73  * <li>(FASTA,MSF,PILEUP,CLUSTAL,BLC,PIR,PFAM)_JVSUFFIX boolean for adding jv
  74  * suffix to file</li>
  75  * <li>RECENT_URL list of recently retrieved URLs</li>
  76  * <li>RECENT_FILE list of recently opened files</li>
  77  * <li>USE_PROXY flag for whether a http proxy is to be used</li>
  78  * <li>PROXY_SERVER the proxy</li>
  79  * <li>PROXY_PORT</li>
  80  * <li>NOQUESTIONNAIRES true to prevent jalview from checking the questionnaire
  81  * service</li>
  82  * <li>QUESTIONNAIRE last questionnaire:responder id string from questionnaire
  83  * service</li>
  84  * <li>USAGESTATS (false - user prompted) Enable google analytics tracker for
  85  * collecting usage statistics</li>
  86  * <li>DAS_LOCAL_SOURCE list of local das sources</li>
  87  * <li>SHOW_OVERVIEW boolean for overview window display</li>
  88  * <li>ANTI_ALIAS boolean for smooth fonts</li>
  89  * <li>RIGHT_ALIGN_IDS boolean</li>
  90  * <li>AUTO_CALC_CONSENSUS boolean for automatic recalculation of consensus</li>
  91  * <li>PAD_GAPS boolean</li>
  92  * <li>ID_ITALICS boolean</li>
  93  * <li>SHOW_JV_SUFFIX</li>
  94  * <li>WRAP_ALIGNMENT</li>
  95  * <li>EPS_RENDERING (Prompt each time|Lineart|Text) default for EPS rendering
  96  * style check</li>
  97  * <li>SORT_ALIGNMENT (No sort|Id|Pairwise Identity)</li>
  98  * <li>SEQUENCE_LINKS list of name|URL pairs for opening a url with
  99  * $SEQUENCE_ID$</li>
 100  * <li>GROUP_LINKS list of name|URL[|&lt;separator&gt;] tuples - see
 101  * jalview.utils.GroupURLLink for more info</li>
 102  * <li>DAS_REGISTRY_URL the registry to query</li>
 103  * <li>DEFAULT_BROWSER for unix</li>
 104  * <li>DAS_ACTIVE_SOURCE list of active sources</li>
 105  * <li>SHOW_MEMUSAGE boolean show memory usage and warning indicator on desktop
 106  * (false)</li>
 107  * <li>VERSION_CHECK (true) check for the latest release version from
 108  * www.jalview.org</li>
 109  * <li>SHOW_NPFEATS_TOOLTIP (true) show non-positional features in the Sequence
 110  * ID tooltip</li>
 111  * <li>SHOW_DBREFS_TOOLTIP (true) show Database Cross References in the Sequence
 112  * ID tooltip</li>
 113  * <li>SHOW_UNCONSERVED (false) only render unconserved residues - conserved
 114  * displayed as '.'</li>
 115  * <li>SORT_BY_TREE (false) sort the current alignment view according to the
 116  * order of a newly displayed tree</li>
 117  * <li>DBFETCH_USEPICR (false) use PICR to recover valid DB references from
 118  * sequence ID strings before attempting retrieval from any datasource</li>
 119  * <li>SHOW_GROUP_CONSENSUS (false) Show consensus annotation for groups in the
 120  * alignment.</li>
 121  * <li>SHOW_GROUP_CONSERVATION (false) Show conservation annotation for groups
 122  * in the alignment.</li>
 123  * <li>SHOW_CONSENSUS_HISTOGRAM (false) Show consensus annotation row's
 124  * histogram.</li>
 125  * <li>SHOW_CONSENSUS_LOGO (false) Show consensus annotation row's sequence
 126  * logo.</li>
 127  * <li>FOLLOW_SELECTIONS (true) Controls whether a new alignment view should
 128  * respond to selections made in other alignments containing the same sequences.</li>
 129  *
 130  * <li></li>
 131  *
 132  * <li></li>
 133  *
 134  * </ul>
 135  *
 136  * @author $author$
 137  * @version $Revision$
 138  */
 139 public class Cache
 140 {
 141   /**
 142    * property giving log4j level for CASTOR loggers
 143    */
 144   public static final String CASTORLOGLEVEL = "logs.Castor.level";
 145
 146   /**
 147    * property giving log4j level for AXIS loggers
 148    */
 149   public static final String AXISLOGLEVEL = "logs.Axis.level";
 150
 151   /**
 152    * property giving log4j level for Jalview Log
 153    */
 154   public static final String JALVIEWLOGLEVEL = "logs.Jalview.level";
 155
 156   public static final String DAS_LOCAL_SOURCE = "DAS_LOCAL_SOURCE";
 157
 158   public static final String DAS_REGISTRY_URL = "DAS_REGISTRY_URL";
 159
 160   public static final String DAS_ACTIVE_SOURCE = "DAS_ACTIVE_SOURCE";
 161
 162   /**
 163    * Initialises the Jalview Application Log
 164    */
 165   public static Logger log;
 166
 167   /** Jalview Properties */
 168   public static Properties applicationProperties = new Properties();
 169
 170   /** Default file is ~/.jalview_properties */
 171   static String propertiesFile;
 172
 173   public static void initLogger()
 174   {
 175     if (log!=null)
 176     {
 177       return;
 178     }
 179     try
 180     {
 181       // TODO: redirect stdout and stderr here in order to grab the output of
 182       // the log
 183
 184       ConsoleAppender ap = new ConsoleAppender(new SimpleLayout(),
 185               "System.err");
 186       ap.setName("JalviewLogger");
 187       org.apache.log4j.Logger.getRootLogger().addAppender(ap); // catch all for
 188       // log output
 189       Logger laxis = Logger.getLogger("org.apache.axis");
 190       Logger lcastor = Logger.getLogger("org.exolab.castor");
 191       jalview.bin.Cache.log = Logger.getLogger("jalview.bin.Jalview");
 192
 193       laxis.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault("logs.Axis.Level",
 194               Level.INFO.toString())));
 195       lcastor.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault("logs.Castor.Level",
 196               Level.INFO.toString())));
 197       lcastor = Logger.getLogger("org.exolab.castor.xml");
 198       lcastor.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault("logs.Castor.Level",
 199               Level.INFO.toString())));
 200       // lcastor = Logger.getLogger("org.exolab.castor.xml.Marshaller");
 201       // lcastor.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault("logs.Castor.Level",
 202       // Level.INFO.toString())));
 203       jalview.bin.Cache.log.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault(
 204               "logs.Jalview.level", Level.INFO.toString())));
 205       // laxis.addAppender(ap);
 206       // lcastor.addAppender(ap);
 207       // jalview.bin.Cache.log.addAppender(ap);
 208       // Tell the user that debug is enabled
 209       jalview.bin.Cache.log.debug("Jalview Debugging Output Follows.");
 210     } catch (Exception ex)
 211     {
 212       System.err.println("Problems initializing the log4j system\n");
 213       ex.printStackTrace(System.err);
 214     }
 215   }
 216
 217   /** Called when Jalview is started */
 218   public static void loadProperties(String propsFile)
 219   {
 220     propertiesFile = propsFile;
 221     if (propsFile == null)
 222     {
 223       propertiesFile = System.getProperty("user.home") + File.separatorChar
 224               + ".jalview_properties";
 225     }
 226
 227     try
 228     {
 229       FileInputStream fis = new FileInputStream(propertiesFile);
 230       applicationProperties.load(fis);
 231       applicationProperties.remove("LATEST_VERSION");
 232       applicationProperties.remove("VERSION");
 233       fis.close();
 234     } catch (Exception ex)
 235     {
 236       System.out.println("Error reading properties file: " + ex);
 237     }
 238
 239     if (getDefault("USE_PROXY", false))
 240     {
 241       System.out.println("Using proxyServer: "
 242               + getDefault("PROXY_SERVER", null) + " proxyPort: "
 243               + getDefault("PROXY_PORT", null));
 244       System
 245               .setProperty("http.proxyHost", getDefault("PROXY_SERVER",
 246                       null));
 247       System.setProperty("http.proxyPort", getDefault("PROXY_PORT", null));
 248     }
 249
 250     // FIND THE VERSION NUMBER AND BUILD DATE FROM jalview.jar
 251     // MUST FOLLOW READING OF LOCAL PROPERTIES FILE AS THE
 252     // VERSION MAY HAVE CHANGED SINCE LAST USING JALVIEW
 253     try
 254     {
 255       String buildDetails = "jar:".concat(Cache.class.getProtectionDomain()
 256               .getCodeSource().getLocation().toString().concat(
 257                       "!/.build_properties"));
 258
 259       java.net.URL localJarFileURL = new java.net.URL(buildDetails);
 260
 261       InputStream in = localJarFileURL.openStream();
 262       applicationProperties.load(in);
 263       in.close();
 264     } catch (Exception ex)
 265     {
 266       System.out.println("Error reading build details: " + ex);
 267       applicationProperties.remove("VERSION");
 268     }
 269
 270     String jnlpVersion = System.getProperty("jalview.version");
 271     String codeVersion = getProperty("VERSION");
 272
 273     if (codeVersion == null)
 274     {
 275       // THIS SHOULD ONLY BE THE CASE WHEN TESTING!!
 276       codeVersion = "Test";
 277       jnlpVersion = "Test";
 278     }
 279
 280     System.out.println("Jalview Version: " + codeVersion);
 281
 282     // jnlpVersion will be null if we're using InstallAnywhere
 283     // Dont do this check if running in headless mode
 284     if (jnlpVersion == null
 285             && getDefault("VERSION_CHECK", true)
 286             && (System.getProperty("java.awt.headless") == null || System
 287                     .getProperty("java.awt.headless").equals("false")))
 288     {
 289
 290       class VersionChecker extends Thread
 291       {
 292         public void run()
 293         {
 294           String orgtimeout = System
 295                   .getProperty("sun.net.client.defaultConnectTimeout");
 296           if (orgtimeout == null)
 297           {
 298             orgtimeout = "30";
 299             System.out.println("# INFO: Setting default net timeout to "
 300                     + orgtimeout + " seconds.");
 301           }
 302           String jnlpVersion = null;
 303           try
 304           {
 305             System.setProperty("sun.net.client.defaultConnectTimeout",
 306                     "5000");
 307             java.net.URL url = new java.net.URL(
 308                     "http://www.jalview.org/webstart/jalview.jnlp");
 309             BufferedReader in = new BufferedReader(new InputStreamReader(
 310                     url.openStream()));
 311             String line = null;
 312             while ((line = in.readLine()) != null)
 313             {
 314               if (line.indexOf("jalview.version") == -1)
 315               {
 316                 continue;
 317               }
 318
 319               line = line.substring(line.indexOf("value=") + 7);
 320               line = line.substring(0, line.lastIndexOf("\""));
 321               jnlpVersion = line;
 322               break;
 323             }
 324           } catch (Exception ex)
 325           {
 326             System.out
 327                     .println("Non-fatal exceptions when checking version at www.jalview.org :");
 328             System.out.println(ex);
 329             jnlpVersion = getProperty("VERSION");
 330           }
 331           System.setProperty("sun.net.client.defaultConnectTimeout",
 332                   orgtimeout);
 333
 334           setProperty("LATEST_VERSION", jnlpVersion);
 335         }
 336       }
 337
 338       VersionChecker vc = new VersionChecker();
 339       vc.start();
 340     }
 341     else
 342     {
 343       if (jnlpVersion != null)
 344       {
 345         setProperty("LATEST_VERSION", jnlpVersion);
 346       }
 347       else
 348       {
 349         applicationProperties.remove("LATEST_VERSION");
 350       }
 351     }
 352
 353     setProperty("VERSION", codeVersion);
 354
 355     // LOAD USERDEFINED COLOURS
 356     jalview.gui.UserDefinedColours
 357             .initUserColourSchemes(getProperty("USER_DEFINED_COLOURS"));
 358     jalview.io.PIRFile.useModellerOutput = Cache.getDefault("PIR_MODELLER",
 359             false);
 360   }
 361
 362   /**
 363    * Gets Jalview application property of given key. Returns null if key not
 364    * found
 365    *
 366    * @param key
 367    *          Name of property
 368    *
 369    * @return Property value
 370    */
 371   public static String getProperty(String key)
 372   {
 373     return applicationProperties.getProperty(key);
 374   }
 375
 376   /**
 377    * These methods are used when checking if the saved preference is different
 378    * to the default setting
 379    */
 380
 381   public static boolean getDefault(String property, boolean def)
 382   {
 383     String string = getProperty(property);
 384     if (string != null)
 385     {
 386       def = Boolean.valueOf(string).booleanValue();
 387     }
 388
 389     return def;
 390   }
 391
 392   /**
 393    * These methods are used when checking if the saved preference is different
 394    * to the default setting
 395    */
 396   public static String getDefault(String property, String def)
 397   {
 398     String string = getProperty(property);
 399     if (string != null)
 400     {
 401       return string;
 402     }
 403
 404     return def;
 405   }
 406
 407   /**
 408    * Stores property in the file "HOME_DIR/.jalview_properties"
 409    *
 410    * @param key
 411    *          Name of object
 412    * @param obj
 413    *          String value of property
 414    *
 415    * @return String value of property
 416    */
 417   public static String setProperty(String key, String obj)
 418   {
 419     try
 420     {
 421       FileOutputStream out = new FileOutputStream(propertiesFile);
 422       applicationProperties.setProperty(key, obj);
 423       applicationProperties.store(out, "---JalviewX Properties File---");
 424       out.close();
 425     } catch (Exception ex)
 426     {
 427       System.out.println("Error setting property: " + key + " " + obj
 428               + "\n" + ex);
 429     }
 430     return obj;
 431   }
 432
 433   /**
 434    * remove the specified property from the jalview properties file
 435    *
 436    * @param string
 437    */
 438   public static void removeProperty(String string)
 439   {
 440     applicationProperties.remove(string);
 441     saveProperties();
 442   }
 443
 444   /**
 445    * save the properties to the jalview properties path
 446    */
 447   public static void saveProperties()
 448   {
 449     try
 450     {
 451       FileOutputStream out = new FileOutputStream(propertiesFile);
 452       applicationProperties.store(out, "---JalviewX Properties File---");
 453       out.close();
 454     } catch (Exception ex)
 455     {
 456       System.out.println("Error saving properties: " + ex);
 457     }
 458   }
 459
 460   /**
 461    * internal vamsas class discovery state
 462    */
 463   private static int vamsasJarsArePresent = -1;
 464
 465   /**
 466    * Searches for vamsas client classes on class path.
 467    *
 468    * @return true if vamsas client is present on classpath
 469    */
 470   public static boolean vamsasJarsPresent()
 471   {
 472     if (vamsasJarsArePresent == -1)
 473     {
 474       try
 475       {
 476         if (jalview.jbgui.GDesktop.class.getClassLoader().loadClass(
 477                 "uk.ac.vamsas.client.VorbaId") != null)
 478         {
 479           jalview.bin.Cache.log
 480                   .debug("Found Vamsas Classes (uk.ac..vamsas.client.VorbaId can be loaded)");
 481           vamsasJarsArePresent = 1;
 482           Logger lvclient = Logger.getLogger("uk.ac.vamsas");
 483           lvclient.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault(
 484                   "logs.Vamsas.Level", Level.INFO.toString())));
 485
 486           lvclient.addAppender(log.getAppender("JalviewLogger"));
 487           // Tell the user that debug is enabled
 488           lvclient.debug("Jalview Vamsas Client Debugging Output Follows.");
 489         }
 490       } catch (Exception e)
 491       {
 492         vamsasJarsArePresent = 0;
 493         jalview.bin.Cache.log.debug("Vamsas Classes are not present");
 494       }
 495     }
 496     return (vamsasJarsArePresent > 0);
 497   }
 498
 499   /**
 500    * internal vamsas class discovery state
 501    */
 502   private static int groovyJarsArePresent = -1;
 503
 504   /**
 505    * Searches for vamsas client classes on class path.
 506    *
 507    * @return true if vamsas client is present on classpath
 508    */
 509   public static boolean groovyJarsPresent()
 510   {
 511     if (groovyJarsArePresent == -1)
 512     {
 513       try
 514       {
 515         if (Cache.class.getClassLoader().loadClass(
 516                 "groovy.lang.GroovyObject") != null)
 517         {
 518           jalview.bin.Cache.log
 519                   .debug("Found Groovy (groovy.lang.GroovyObject can be loaded)");
 520           groovyJarsArePresent = 1;
 521           Logger lgclient = Logger.getLogger("groovy");
 522           lgclient.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault(
 523                   "logs.Groovy.Level", Level.INFO.toString())));
 524
 525           lgclient.addAppender(log.getAppender("JalviewLogger"));
 526           // Tell the user that debug is enabled
 527           lgclient.debug("Jalview Groovy Client Debugging Output Follows.");
 528         }
 529       } catch (Error e)
 530       {
 531         groovyJarsArePresent = 0;
 532         jalview.bin.Cache.log.debug("Groovy Classes are not present", e);
 533       } catch (Exception e)
 534       {
 535         groovyJarsArePresent = 0;
 536         jalview.bin.Cache.log.debug("Groovy Classes are not present");
 537       }
 538     }
 539     return (groovyJarsArePresent > 0);
 540   }
 541
 542   /**
 543    * generate Das1Sources from the local das source list
 544    *
 545    * @return Vector of Das1Sources
 546    */
 547   public static Vector getLocalDasSources()
 548   {
 549     Vector localSources = new Vector();
 550     String local = jalview.bin.Cache.getProperty("DAS_LOCAL_SOURCE");
 551     if (local != null)
 552     {
 553       StringTokenizer st = new StringTokenizer(local, "\t");
 554       while (st.hasMoreTokens())
 555       {
 556         String token = st.nextToken();
 557         int bar = token.indexOf("|");
 558         Das1Source source = new Das1Source();
 559         source.setUrl(token.substring(bar + 1));
 560         if (source.getUrl().startsWith("sequence:"))
 561         {
 562           source.setUrl(source.getUrl().substring(9));
 563           // this source also serves sequences as well as features
 564           source.setCapabilities(new String[]
 565           { "sequence", "features" });
 566         }
 567         else
 568         {
 569           // default is that all user added sources serve features
 570           source.setCapabilities(new String[]
 571           { "features" });
 572         }
 573
 574         source.setNickname(token.substring(0, bar));
 575
 576         localSources.addElement(source);
 577       }
 578     }
 579     return localSources;
 580   }
 581
 582   /**
 583    * GA tracker object - actually JGoogleAnalyticsTracker null if tracking not
 584    * enabled.
 585    */
 586   protected static Object tracker = null;
 587
 588   protected static Class trackerfocus = null;
 589
 590   protected static Class jgoogleanalyticstracker = null;
 591
 592   /**
 593    * Initialise the google tracker if it is not done already.
 594    */
 595   public static void initGoogleTracker()
 596   {
 597     if (tracker == null)
 598     {
 599       if (jgoogleanalyticstracker == null)
 600       {
 601         // try to get the tracker class
 602         try
 603         {
 604           jgoogleanalyticstracker = Cache.class
 605                   .getClassLoader()
 606                   .loadClass(
 607                           "com.boxysystems.jgoogleanalytics.JGoogleAnalyticsTracker");
 608           trackerfocus = Cache.class.getClassLoader().loadClass(
 609                   "com.boxysystems.jgoogleanalytics.FocusPoint");
 610         } catch (Exception e)
 611         {
 612           log
 613                   .debug("com.boxysystems.jgoogleanalytics package is not present - tracking not enabled.");
 614           tracker = null;
 615           jgoogleanalyticstracker = null;
 616           trackerfocus = null;
 617           return;
 618         }
 619       }
 620       // now initialise tracker
 621       Exception re = null, ex = null;
 622       Error err = null;
 623       String vrs = "No Version Accessible";
 624       try
 625       {
 626         // Google analytics tracking code for Library Finder
 627         tracker = jgoogleanalyticstracker.getConstructor(new Class[]
 628         { String.class, String.class, String.class }).newInstance(
 629                 new Object[]
 630                 {
 631                     "Jalview Desktop",
 632                     (vrs = jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION")
 633                             + "_"
 634                             + jalview.bin.Cache.getDefault("BUILD_DATE",
 635                                     "unknown")), "UA-9060947-1" });
 636         jgoogleanalyticstracker.getMethod("trackAsynchronously",
 637                 new Class[]
 638                 { trackerfocus }).invoke(tracker, new Object[]
 639         { trackerfocus.getConstructor(new Class[]
 640         { String.class }).newInstance(new Object[]
 641         { "Application Started." }) });
 642       } catch (RuntimeException e)
 643       {
 644         re = e;
 645       } catch (Exception e)
 646       {
 647         ex = e;
 648       } catch (Error e)
 649       {
 650         err = e;
 651       }
 652       if (re != null || ex != null || err != null)
 653       {
 654         if (log != null)
 655         {
 656           if (re != null)
 657             log
 658                     .debug(
 659                             "Caught runtime exception in googletracker init:",
 660                             re);
 661           if (ex != null)
 662             log.warn(
 663                     "Failed to initialise GoogleTracker for Jalview Desktop with version "
 664                             + vrs, ex);
 665           if (err != null)
 666             log.error(
 667                     "Whilst initing GoogleTracker for Jalview Desktop version "
 668                             + vrs, err);
 669         }
 670         else
 671         {
 672           if (re != null)
 673           {
 674             System.err
 675                     .println("Debug: Caught runtime exception in googletracker init:"
 676                             + vrs);
 677             re.printStackTrace();
 678           }
 679           if (ex != null)
 680           {
 681             System.err
 682                     .println("Warning:  Failed to initialise GoogleTracker for Jalview Desktop with version "
 683                             + vrs);
 684             ex.printStackTrace();
 685           }
 686
 687           if (err != null)
 688           {
 689             System.err
 690                     .println("ERROR: Whilst initing GoogleTracker for Jalview Desktop version "
 691                             + vrs);
 692             err.printStackTrace();
 693           }
 694         }
 695       }
 696       else
 697       {
 698         log.debug("Successfully initialised tracker.");
 699       }
 700     }
 701   }
 702
 703 }