src/jalview/bin/Cache.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
   3  * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
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  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.bin;
  19
  20 import java.io.*;
  21 import java.util.*;
  22
  23 import org.apache.log4j.*;
  24 import org.biojava.dasobert.dasregistry.Das1Source;
  25
  26 /**
  27  * Stores and retrieves Jalview Application Properties Lists and fields within
  28  * list entries are separated by '|' symbols unless otherwise stated (|) clauses
  29  * are alternative values for a tag. <br>
  30  * <br>
  31  * Current properties include:
  32  * <ul>
  33  * <br>
  34  * logs.Axis.Level - one of the stringified Levels for log4j controlling the
  35  * logging level for axis (used for web services) <br>
  36  * </li>
  37  * <li>logs.Castor.Level - one of the stringified Levels for log4j controlling
  38  * the logging level for castor (used for serialization) <br>
  39  * </li>
  40  * <li>logs.Jalview.Level - Cache.log stringified level. <br>
  41  * </li>
  42  * <li>DISCOVERY_START - Boolean - controls if discovery services are queried on
  43  * startup</li>
  44  * <li>DISCOVERY_URLS - comma separated list of Discovery Service endpoints.</li>
  45  * <li>SCREEN_WIDTH</li>
  46  * <li>SCREEN_HEIGHT</li>
  47  * <li>SCREEN_Y=285</li>
  48  * <li>SCREEN_X=371</li>
  49  * <li>SHOW_FULLSCREEN boolean</li>
  50  * <li>FONT_NAME java font name for alignment text display</li>
  51  * <li>FONT_SIZE size of displayed alignment text</li>
  52  * <li>FONT_STYLE style of font displayed (sequence labels are always italic)</li>
  53  * <li>GAP_SYMBOL character to treat as gap symbol (usually -,.,' ')</li>
  54  * <li>LAST_DIRECTORY last directory for browsing alignment</li>
  55  * <li>USER_DEFINED_COLOURS list of user defined colour scheme files</li>
  56  * <li>SHOW_FULL_ID show id with '/start-end' numbers appended</li>
  57  * <li>SHOW_IDENTITY show percentage identity annotation</li>
  58  * <li>SHOW_QUALITY show alignment quality annotation</li>
  59  * <li>SHOW_ANNOTATIONS show alignment annotation rows</li>
  60  * <li>SHOW_CONSERVATION show alignment conservation annotation</li>
  61  * <li>CENTRE_COLUMN_LABELS centre the labels at each column in a displayed
  62  * annotation row</li>
  63  * <li>DEFAULT_COLOUR default colour scheme to apply for a new alignment</li>
  64  * <li>DEFAULT_FILE_FORMAT file format used to save</li>
  65  * <li>STARTUP_FILE file loaded on startup (may be a fully qualified url)</li>
  66  * <li>SHOW_STARTUP_FILE flag to control loading of startup file</li>
  67  * <li>VERSION the version of the jalview build</li>
  68  * <li>BUILD_DATE date of this build</li>
  69  * <li>LATEST_VERSION the latest jalview version advertised on the
  70  * www.jalview.org</li>
  71  * <li>PIR_MODELLER boolean indicating if PIR files are written with MODELLER
  72  * descriptions</li>
  73  * <li>(FASTA,MSF,PILEUP,CLUSTAL,BLC,PIR,PFAM)_JVSUFFIX boolean for adding jv
  74  * suffix to file</li>
  75  * <li>RECENT_URL list of recently retrieved URLs</li>
  76  * <li>RECENT_FILE list of recently opened files</li>
  77  * <li>USE_PROXY flag for whether a http proxy is to be used</li>
  78  * <li>PROXY_SERVER the proxy</li>
  79  * <li>PROXY_PORT</li>
  80  * <li>NOQUESTIONNAIRES true to prevent jalview from checking the questionnaire
  81  * service</li>
  82  * <li>QUESTIONNAIRE last questionnaire:responder id string from questionnaire
  83  * service</li>
  84  * <li>USAGESTATS (false - user prompted) Enable google analytics tracker for
  85  * collecting usage statistics</li>
  86  * <li>DAS_LOCAL_SOURCE list of local das sources</li>
  87  * <li>SHOW_OVERVIEW boolean for overview window display</li>
  88  * <li>ANTI_ALIAS boolean for smooth fonts</li>
  89  * <li>RIGHT_ALIGN_IDS boolean</li>
  90  * <li>AUTO_CALC_CONSENSUS boolean for automatic recalculation of consensus</li>
  91  * <li>PAD_GAPS boolean</li>
  92  * <li>ID_ITALICS boolean</li>
  93  * <li>SHOW_JV_SUFFIX</li>
  94  * <li>WRAP_ALIGNMENT</li>
  95  * <li>EPS_RENDERING (Prompt each time|Lineart|Text) default for EPS rendering
  96  * style check</li>
  97  * <li>SORT_ALIGNMENT (No sort|Id|Pairwise Identity)</li>
  98  * <li>SEQUENCE_LINKS list of name|URL pairs for opening a url with
  99  * $SEQUENCE_ID$</li>
 100  * <li>GROUP_LINKS list of name|URL[|&lt;separator&gt;] tuples - see
 101  * jalview.utils.GroupURLLink for more info</li>
 102  * <li>DAS_REGISTRY_URL the registry to query</li>
 103  * <li>DEFAULT_BROWSER for unix</li>
 104  * <li>DAS_ACTIVE_SOURCE list of active sources</li>
 105  * <li>SHOW_MEMUSAGE boolean show memory usage and warning indicator on desktop
 106  * (false)</li>
 107  * <li>VERSION_CHECK (true) check for the latest release version from
 108  * www.jalview.org</li>
 109  * <li>SHOW_NPFEATS_TOOLTIP (true) show non-positional features in the Sequence
 110  * ID tooltip</li>
 111  * <li>SHOW_DBREFS_TOOLTIP (true) show Database Cross References in the Sequence
 112  * ID tooltip</li>
 113  * <li>SHOW_UNCONSERVED (false) only render unconserved residues - conserved
 114  * displayed as '.'</li>
 115  * <li>SORT_BY_TREE (false) sort the current alignment view according to the
 116  * order of a newly displayed tree</li>
 117  * <li>DBFETCH_USEPICR (false) use PICR to recover valid DB references from
 118  * sequence ID strings before attempting retrieval from any datasource</li>
 119  * <li>SHOW_GROUP_CONSENSUS (false) Show consensus annotation for groups in the
 120  * alignment.</li>
 121  * <li>SHOW_GROUP_CONSERVATION (false) Show conservation annotation for groups
 122  * in the alignment.</li>
 123  * <li>SHOW_CONSENSUS_HISTOGRAM (false) Show consensus annotation row's
 124  * histogram.</li>
 125  * <li>SHOW_CONSENSUS_LOGO (false) Show consensus annotation row's sequence
 126  * logo.</li>
 127  *
 128  * <li></li>
 129  *
 130  * <li></li>
 131  *
 132  * </ul>
 133  *
 134  * @author $author$
 135  * @version $Revision$
 136  */
 137 public class Cache
 138 {
 139   /**
 140    * property giving log4j level for CASTOR loggers
 141    */
 142   public static final String CASTORLOGLEVEL = "logs.Castor.level";
 143
 144   /**
 145    * property giving log4j level for AXIS loggers
 146    */
 147   public static final String AXISLOGLEVEL = "logs.Axis.level";
 148
 149   /**
 150    * property giving log4j level for Jalview Log
 151    */
 152   public static final String JALVIEWLOGLEVEL = "logs.Jalview.level";
 153
 154   public static final String DAS_LOCAL_SOURCE = "DAS_LOCAL_SOURCE";
 155
 156   public static final String DAS_REGISTRY_URL = "DAS_REGISTRY_URL";
 157
 158   public static final String DAS_ACTIVE_SOURCE = "DAS_ACTIVE_SOURCE";
 159
 160   /**
 161    * Initialises the Jalview Application Log
 162    */
 163   public static Logger log;
 164
 165   /** Jalview Properties */
 166   public static Properties applicationProperties = new Properties();
 167
 168   /** Default file is ~/.jalview_properties */
 169   static String propertiesFile;
 170
 171   public static void initLogger()
 172   {
 173     if (log!=null)
 174     {
 175       return;
 176     }
 177     try
 178     {
 179       // TODO: redirect stdout and stderr here in order to grab the output of
 180       // the log
 181
 182       ConsoleAppender ap = new ConsoleAppender(new SimpleLayout(),
 183               "System.err");
 184       ap.setName("JalviewLogger");
 185       org.apache.log4j.Logger.getRootLogger().addAppender(ap); // catch all for
 186       // log output
 187       Logger laxis = Logger.getLogger("org.apache.axis");
 188       Logger lcastor = Logger.getLogger("org.exolab.castor");
 189       jalview.bin.Cache.log = Logger.getLogger("jalview.bin.Jalview");
 190
 191       laxis.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault("logs.Axis.Level",
 192               Level.INFO.toString())));
 193       lcastor.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault("logs.Castor.Level",
 194               Level.INFO.toString())));
 195       lcastor = Logger.getLogger("org.exolab.castor.xml");
 196       lcastor.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault("logs.Castor.Level",
 197               Level.INFO.toString())));
 198       // lcastor = Logger.getLogger("org.exolab.castor.xml.Marshaller");
 199       // lcastor.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault("logs.Castor.Level",
 200       // Level.INFO.toString())));
 201       jalview.bin.Cache.log.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault(
 202               "logs.Jalview.level", Level.INFO.toString())));
 203       // laxis.addAppender(ap);
 204       // lcastor.addAppender(ap);
 205       // jalview.bin.Cache.log.addAppender(ap);
 206       // Tell the user that debug is enabled
 207       jalview.bin.Cache.log.debug("Jalview Debugging Output Follows.");
 208     } catch (Exception ex)
 209     {
 210       System.err.println("Problems initializing the log4j system\n");
 211       ex.printStackTrace(System.err);
 212     }
 213   }
 214
 215   /** Called when Jalview is started */
 216   public static void loadProperties(String propsFile)
 217   {
 218     propertiesFile = propsFile;
 219     if (propsFile == null)
 220     {
 221       propertiesFile = System.getProperty("user.home") + File.separatorChar
 222               + ".jalview_properties";
 223     }
 224
 225     try
 226     {
 227       FileInputStream fis = new FileInputStream(propertiesFile);
 228       applicationProperties.load(fis);
 229       applicationProperties.remove("LATEST_VERSION");
 230       applicationProperties.remove("VERSION");
 231       fis.close();
 232     } catch (Exception ex)
 233     {
 234       System.out.println("Error reading properties file: " + ex);
 235     }
 236
 237     if (getDefault("USE_PROXY", false))
 238     {
 239       System.out.println("Using proxyServer: "
 240               + getDefault("PROXY_SERVER", null) + " proxyPort: "
 241               + getDefault("PROXY_PORT", null));
 242       System
 243               .setProperty("http.proxyHost", getDefault("PROXY_SERVER",
 244                       null));
 245       System.setProperty("http.proxyPort", getDefault("PROXY_PORT", null));
 246     }
 247
 248     // FIND THE VERSION NUMBER AND BUILD DATE FROM jalview.jar
 249     // MUST FOLLOW READING OF LOCAL PROPERTIES FILE AS THE
 250     // VERSION MAY HAVE CHANGED SINCE LAST USING JALVIEW
 251     try
 252     {
 253       String buildDetails = "jar:".concat(Cache.class.getProtectionDomain()
 254               .getCodeSource().getLocation().toString().concat(
 255                       "!/.build_properties"));
 256
 257       java.net.URL localJarFileURL = new java.net.URL(buildDetails);
 258
 259       InputStream in = localJarFileURL.openStream();
 260       applicationProperties.load(in);
 261       in.close();
 262     } catch (Exception ex)
 263     {
 264       System.out.println("Error reading build details: " + ex);
 265       applicationProperties.remove("VERSION");
 266     }
 267
 268     String jnlpVersion = System.getProperty("jalview.version");
 269     String codeVersion = getProperty("VERSION");
 270
 271     if (codeVersion == null)
 272     {
 273       // THIS SHOULD ONLY BE THE CASE WHEN TESTING!!
 274       codeVersion = "Test";
 275       jnlpVersion = "Test";
 276     }
 277
 278     System.out.println("Jalview Version: " + codeVersion);
 279
 280     // jnlpVersion will be null if we're using InstallAnywhere
 281     // Dont do this check if running in headless mode
 282     if (jnlpVersion == null
 283             && getDefault("VERSION_CHECK", true)
 284             && (System.getProperty("java.awt.headless") == null || System
 285                     .getProperty("java.awt.headless").equals("false")))
 286     {
 287
 288       class VersionChecker extends Thread
 289       {
 290         public void run()
 291         {
 292           String orgtimeout = System
 293                   .getProperty("sun.net.client.defaultConnectTimeout");
 294           if (orgtimeout == null)
 295           {
 296             orgtimeout = "30";
 297             System.out.println("# INFO: Setting default net timeout to "
 298                     + orgtimeout + " seconds.");
 299           }
 300           String jnlpVersion = null;
 301           try
 302           {
 303             System.setProperty("sun.net.client.defaultConnectTimeout",
 304                     "5000");
 305             java.net.URL url = new java.net.URL(
 306                     "http://www.jalview.org/webstart/jalview.jnlp");
 307             BufferedReader in = new BufferedReader(new InputStreamReader(
 308                     url.openStream()));
 309             String line = null;
 310             while ((line = in.readLine()) != null)
 311             {
 312               if (line.indexOf("jalview.version") == -1)
 313               {
 314                 continue;
 315               }
 316
 317               line = line.substring(line.indexOf("value=") + 7);
 318               line = line.substring(0, line.lastIndexOf("\""));
 319               jnlpVersion = line;
 320               break;
 321             }
 322           } catch (Exception ex)
 323           {
 324             System.out
 325                     .println("Non-fatal exceptions when checking version at www.jalview.org :");
 326             System.out.println(ex);
 327             jnlpVersion = getProperty("VERSION");
 328           }
 329           System.setProperty("sun.net.client.defaultConnectTimeout",
 330                   orgtimeout);
 331
 332           setProperty("LATEST_VERSION", jnlpVersion);
 333         }
 334       }
 335
 336       VersionChecker vc = new VersionChecker();
 337       vc.start();
 338     }
 339     else
 340     {
 341       if (jnlpVersion != null)
 342       {
 343         setProperty("LATEST_VERSION", jnlpVersion);
 344       }
 345       else
 346       {
 347         applicationProperties.remove("LATEST_VERSION");
 348       }
 349     }
 350
 351     setProperty("VERSION", codeVersion);
 352
 353     // LOAD USERDEFINED COLOURS
 354     jalview.gui.UserDefinedColours
 355             .initUserColourSchemes(getProperty("USER_DEFINED_COLOURS"));
 356     jalview.io.PIRFile.useModellerOutput = Cache.getDefault("PIR_MODELLER",
 357             false);
 358   }
 359
 360   /**
 361    * Gets Jalview application property of given key. Returns null if key not
 362    * found
 363    *
 364    * @param key
 365    *          Name of property
 366    *
 367    * @return Property value
 368    */
 369   public static String getProperty(String key)
 370   {
 371     return applicationProperties.getProperty(key);
 372   }
 373
 374   /**
 375    * These methods are used when checking if the saved preference is different
 376    * to the default setting
 377    */
 378
 379   public static boolean getDefault(String property, boolean def)
 380   {
 381     String string = getProperty(property);
 382     if (string != null)
 383     {
 384       def = Boolean.valueOf(string).booleanValue();
 385     }
 386
 387     return def;
 388   }
 389
 390   /**
 391    * These methods are used when checking if the saved preference is different
 392    * to the default setting
 393    */
 394   public static String getDefault(String property, String def)
 395   {
 396     String string = getProperty(property);
 397     if (string != null)
 398     {
 399       return string;
 400     }
 401
 402     return def;
 403   }
 404
 405   /**
 406    * Stores property in the file "HOME_DIR/.jalview_properties"
 407    *
 408    * @param key
 409    *          Name of object
 410    * @param obj
 411    *          String value of property
 412    *
 413    * @return String value of property
 414    */
 415   public static String setProperty(String key, String obj)
 416   {
 417     try
 418     {
 419       FileOutputStream out = new FileOutputStream(propertiesFile);
 420       applicationProperties.setProperty(key, obj);
 421       applicationProperties.store(out, "---JalviewX Properties File---");
 422       out.close();
 423     } catch (Exception ex)
 424     {
 425       System.out.println("Error setting property: " + key + " " + obj
 426               + "\n" + ex);
 427     }
 428     return obj;
 429   }
 430
 431   /**
 432    * remove the specified property from the jalview properties file
 433    *
 434    * @param string
 435    */
 436   public static void removeProperty(String string)
 437   {
 438     applicationProperties.remove(string);
 439     saveProperties();
 440   }
 441
 442   /**
 443    * save the properties to the jalview properties path
 444    */
 445   public static void saveProperties()
 446   {
 447     try
 448     {
 449       FileOutputStream out = new FileOutputStream(propertiesFile);
 450       applicationProperties.store(out, "---JalviewX Properties File---");
 451       out.close();
 452     } catch (Exception ex)
 453     {
 454       System.out.println("Error saving properties: " + ex);
 455     }
 456   }
 457
 458   /**
 459    * internal vamsas class discovery state
 460    */
 461   private static int vamsasJarsArePresent = -1;
 462
 463   /**
 464    * Searches for vamsas client classes on class path.
 465    *
 466    * @return true if vamsas client is present on classpath
 467    */
 468   public static boolean vamsasJarsPresent()
 469   {
 470     if (vamsasJarsArePresent == -1)
 471     {
 472       try
 473       {
 474         if (jalview.jbgui.GDesktop.class.getClassLoader().loadClass(
 475                 "uk.ac.vamsas.client.VorbaId") != null)
 476         {
 477           jalview.bin.Cache.log
 478                   .debug("Found Vamsas Classes (uk.ac..vamsas.client.VorbaId can be loaded)");
 479           vamsasJarsArePresent = 1;
 480           Logger lvclient = Logger.getLogger("uk.ac.vamsas");
 481           lvclient.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault(
 482                   "logs.Vamsas.Level", Level.INFO.toString())));
 483
 484           lvclient.addAppender(log.getAppender("JalviewLogger"));
 485           // Tell the user that debug is enabled
 486           lvclient.debug("Jalview Vamsas Client Debugging Output Follows.");
 487         }
 488       } catch (Exception e)
 489       {
 490         vamsasJarsArePresent = 0;
 491         jalview.bin.Cache.log.debug("Vamsas Classes are not present");
 492       }
 493     }
 494     return (vamsasJarsArePresent > 0);
 495   }
 496
 497   /**
 498    * internal vamsas class discovery state
 499    */
 500   private static int groovyJarsArePresent = -1;
 501
 502   /**
 503    * Searches for vamsas client classes on class path.
 504    *
 505    * @return true if vamsas client is present on classpath
 506    */
 507   public static boolean groovyJarsPresent()
 508   {
 509     if (groovyJarsArePresent == -1)
 510     {
 511       try
 512       {
 513         if (Cache.class.getClassLoader().loadClass(
 514                 "groovy.lang.GroovyObject") != null)
 515         {
 516           jalview.bin.Cache.log
 517                   .debug("Found Groovy (groovy.lang.GroovyObject can be loaded)");
 518           groovyJarsArePresent = 1;
 519           Logger lgclient = Logger.getLogger("groovy");
 520           lgclient.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault(
 521                   "logs.Groovy.Level", Level.INFO.toString())));
 522
 523           lgclient.addAppender(log.getAppender("JalviewLogger"));
 524           // Tell the user that debug is enabled
 525           lgclient.debug("Jalview Groovy Client Debugging Output Follows.");
 526         }
 527       } catch (Error e)
 528       {
 529         groovyJarsArePresent = 0;
 530         jalview.bin.Cache.log.debug("Groovy Classes are not present", e);
 531       } catch (Exception e)
 532       {
 533         groovyJarsArePresent = 0;
 534         jalview.bin.Cache.log.debug("Groovy Classes are not present");
 535       }
 536     }
 537     return (groovyJarsArePresent > 0);
 538   }
 539
 540   /**
 541    * generate Das1Sources from the local das source list
 542    *
 543    * @return Vector of Das1Sources
 544    */
 545   public static Vector getLocalDasSources()
 546   {
 547     Vector localSources = new Vector();
 548     String local = jalview.bin.Cache.getProperty("DAS_LOCAL_SOURCE");
 549     if (local != null)
 550     {
 551       StringTokenizer st = new StringTokenizer(local, "\t");
 552       while (st.hasMoreTokens())
 553       {
 554         String token = st.nextToken();
 555         int bar = token.indexOf("|");
 556         Das1Source source = new Das1Source();
 557         source.setUrl(token.substring(bar + 1));
 558         if (source.getUrl().startsWith("sequence:"))
 559         {
 560           source.setUrl(source.getUrl().substring(9));
 561           // this source also serves sequences as well as features
 562           source.setCapabilities(new String[]
 563           { "sequence", "features" });
 564         }
 565         else
 566         {
 567           // default is that all user added sources serve features
 568           source.setCapabilities(new String[]
 569           { "features" });
 570         }
 571
 572         source.setNickname(token.substring(0, bar));
 573
 574         localSources.addElement(source);
 575       }
 576     }
 577     return localSources;
 578   }
 579
 580   /**
 581    * GA tracker object - actually JGoogleAnalyticsTracker null if tracking not
 582    * enabled.
 583    */
 584   protected static Object tracker = null;
 585
 586   protected static Class trackerfocus = null;
 587
 588   protected static Class jgoogleanalyticstracker = null;
 589
 590   /**
 591    * Initialise the google tracker if it is not done already.
 592    */
 593   public static void initGoogleTracker()
 594   {
 595     if (tracker == null)
 596     {
 597       if (jgoogleanalyticstracker == null)
 598       {
 599         // try to get the tracker class
 600         try
 601         {
 602           jgoogleanalyticstracker = Cache.class
 603                   .getClassLoader()
 604                   .loadClass(
 605                           "com.boxysystems.jgoogleanalytics.JGoogleAnalyticsTracker");
 606           trackerfocus = Cache.class.getClassLoader().loadClass(
 607                   "com.boxysystems.jgoogleanalytics.FocusPoint");
 608         } catch (Exception e)
 609         {
 610           log
 611                   .debug("com.boxysystems.jgoogleanalytics package is not present - tracking not enabled.");
 612           tracker = null;
 613           jgoogleanalyticstracker = null;
 614           trackerfocus = null;
 615           return;
 616         }
 617       }
 618       // now initialise tracker
 619       Exception re = null, ex = null;
 620       Error err = null;
 621       String vrs = "No Version Accessible";
 622       try
 623       {
 624         // Google analytics tracking code for Library Finder
 625         tracker = jgoogleanalyticstracker.getConstructor(new Class[]
 626         { String.class, String.class, String.class }).newInstance(
 627                 new Object[]
 628                 {
 629                     "Jalview Desktop",
 630                     (vrs = jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION")
 631                             + "_"
 632                             + jalview.bin.Cache.getDefault("BUILD_DATE",
 633                                     "unknown")), "UA-9060947-1" });
 634         jgoogleanalyticstracker.getMethod("trackAsynchronously",
 635                 new Class[]
 636                 { trackerfocus }).invoke(tracker, new Object[]
 637         { trackerfocus.getConstructor(new Class[]
 638         { String.class }).newInstance(new Object[]
 639         { "Application Started." }) });
 640       } catch (RuntimeException e)
 641       {
 642         re = e;
 643       } catch (Exception e)
 644       {
 645         ex = e;
 646       } catch (Error e)
 647       {
 648         err = e;
 649       }
 650       if (re != null || ex != null || err != null)
 651       {
 652         if (log != null)
 653         {
 654           if (re != null)
 655             log
 656                     .debug(
 657                             "Caught runtime exception in googletracker init:",
 658                             re);
 659           if (ex != null)
 660             log.warn(
 661                     "Failed to initialise GoogleTracker for Jalview Desktop with version "
 662                             + vrs, ex);
 663           if (err != null)
 664             log.error(
 665                     "Whilst initing GoogleTracker for Jalview Desktop version "
 666                             + vrs, err);
 667         }
 668         else
 669         {
 670           if (re != null)
 671           {
 672             System.err
 673                     .println("Debug: Caught runtime exception in googletracker init:"
 674                             + vrs);
 675             re.printStackTrace();
 676           }
 677           if (ex != null)
 678           {
 679             System.err
 680                     .println("Warning:  Failed to initialise GoogleTracker for Jalview Desktop with version "
 681                             + vrs);
 682             ex.printStackTrace();
 683           }
 684
 685           if (err != null)
 686           {
 687             System.err
 688                     .println("ERROR: Whilst initing GoogleTracker for Jalview Desktop version "
 689                             + vrs);
 690             err.printStackTrace();
 691           }
 692         }
 693       }
 694       else
 695       {
 696         log.debug("Successfully initialised tracker.");
 697       }
 698     }
 699   }
 700
 701 }