src/jalview/bin/Cache.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.bin;
  22
  23 import java.awt.Color;
  24 import java.io.BufferedReader;
  25 import java.io.File;
  26 import java.io.FileInputStream;
  27 import java.io.FileOutputStream;
  28 import java.io.InputStream;
  29 import java.io.InputStreamReader;
  30 import java.io.PrintWriter;
  31 import java.io.StringWriter;
  32 import java.net.Authenticator;
  33 import java.net.PasswordAuthentication;
  34 import java.text.DateFormat;
  35 import java.text.SimpleDateFormat;
  36 import java.util.Collections;
  37 import java.util.Date;
  38 import java.util.Enumeration;
  39 import java.util.Locale;
  40 import java.util.Properties;
  41 import java.util.StringTokenizer;
  42 import java.util.TreeSet;
  43 import java.util.regex.Pattern;
  44
  45 import javax.swing.LookAndFeel;
  46 import javax.swing.UIManager;
  47
  48 import org.apache.log4j.ConsoleAppender;
  49 import org.apache.log4j.Level;
  50 import org.apache.log4j.Logger;
  51 import org.apache.log4j.SimpleLayout;
  52
  53 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  54 import jalview.gui.UserDefinedColours;
  55 import jalview.schemes.ColourSchemeLoader;
  56 import jalview.schemes.ColourSchemes;
  57 import jalview.schemes.UserColourScheme;
  58 import jalview.structure.StructureImportSettings;
  59 import jalview.urls.IdOrgSettings;
  60 import jalview.util.ColorUtils;
  61 import jalview.ws.sifts.SiftsSettings;
  62
  63 /**
  64  * Stores and retrieves Jalview Application Properties Lists and fields within
  65  * list entries are separated by '|' symbols unless otherwise stated (|) clauses
  66  * are alternative values for a tag. <br>
  67  * <br>
  68  * Current properties include:
  69  * <ul>
  70  * <br>
  71  * logs.Axis.Level - one of the stringified Levels for log4j controlling the
  72  * logging level for axis (used for web services) <br>
  73  * </li>
  74  * <li>logs.Castor.Level - one of the stringified Levels for log4j controlling
  75  * the logging level for castor (used for serialization) <br>
  76  * </li>
  77  * <li>logs.Jalview.Level - Cache.log stringified level. <br>
  78  * </li>
  79  * <li>SCREEN_WIDTH</li>
  80  * <li>SCREEN_HEIGHT</li>
  81  * <li>SCREEN_Y=285</li>
  82  * <li>SCREEN_X=371</li>
  83  * <li>SHOW_FULLSCREEN boolean</li>
  84  * <li>FONT_NAME java font name for alignment text display</li>
  85  * <li>FONT_SIZE size of displayed alignment text</li>
  86  * <li>FONT_STYLE style of font displayed (sequence labels are always
  87  * italic)</li>
  88  * <li>GAP_SYMBOL character to treat as gap symbol (usually -,.,' ')</li>
  89  * <li>LAST_DIRECTORY last directory for browsing alignment</li>
  90  * <li>USER_DEFINED_COLOURS list of user defined colour scheme files</li>
  91  * <li>SHOW_FULL_ID show id with '/start-end' numbers appended</li>
  92  * <li>SHOW_IDENTITY show percentage identity annotation</li>
  93  * <li>SHOW_QUALITY show alignment quality annotation</li>
  94  * <li>SHOW_ANNOTATIONS show alignment annotation rows</li>
  95  * <li>SHOW_CONSERVATION show alignment conservation annotation</li>
  96  * <li>SORT_ANNOTATIONS currently either SEQUENCE_AND_LABEL or
  97  * LABEL_AND_SEQUENCE</li>
  98  * <li>SHOW_AUTOCALC_ABOVE true to show autocalculated annotations above
  99  * sequence annotations</li>
 100  * <li>CENTRE_COLUMN_LABELS centre the labels at each column in a displayed
 101  * annotation row</li>
 102  * <li>DEFAULT_COLOUR default colour scheme to apply for a new alignment</li>
 103  * <li>DEFAULT_FILE_FORMAT file format used to save</li>
 104  * <li>STARTUP_FILE file loaded on startup (may be a fully qualified url)</li>
 105  * <li>SHOW_STARTUP_FILE flag to control loading of startup file</li>
 106  * <li>VERSION the version of the jalview build</li>
 107  * <li>BUILD_DATE date of this build</li>
 108  * <li>LATEST_VERSION the latest jalview version advertised on the
 109  * www.jalview.org</li>
 110  * <li>PIR_MODELLER boolean indicating if PIR files are written with MODELLER
 111  * descriptions</li>
 112  * <li>(FASTA,MSF,PILEUP,CLUSTAL,BLC,PIR,PFAM)_JVSUFFIX boolean for adding jv
 113  * suffix to file</li>
 114  * <li>RECENT_URL list of recently retrieved URLs</li>
 115  * <li>RECENT_FILE list of recently opened files</li>
 116  * <li>USE_PROXY flag for whether a http proxy is to be used</li>
 117  * <li>PROXY_SERVER the proxy</li>
 118  * <li>PROXY_PORT</li>
 119  * <li>NOQUESTIONNAIRES true to prevent jalview from checking the questionnaire
 120  * service</li>
 121  * <li>QUESTIONNAIRE last questionnaire:responder id string from questionnaire
 122  * service</li>
 123  * <li>USAGESTATS (false - user prompted) Enable google analytics tracker for
 124  * collecting usage statistics</li>
 125  * <li>SHOW_OVERVIEW boolean for overview window display</li>
 126  * <li>ANTI_ALIAS boolean for smooth fonts</li>
 127  * <li>RIGHT_ALIGN_IDS boolean</li>
 128  * <li>AUTO_CALC_CONSENSUS boolean for automatic recalculation of consensus</li>
 129  * <li>PAD_GAPS boolean</li>
 130  * <li>ID_ITALICS boolean</li>
 131  * <li>SHOW_JV_SUFFIX</li>
 132  * <li>WRAP_ALIGNMENT</li>
 133  * <li>EPS_RENDERING (Prompt each time|Lineart|Text) default for EPS rendering
 134  * style check</li>
 135  * <li>SORT_ALIGNMENT (No sort|Id|Pairwise Identity)</li>
 136  * <li>SEQUENCE_LINKS list of name|URL pairs for opening a url with
 137  * $SEQUENCE_ID$</li>
 138  * <li>STORED_LINKS list of name|url pairs which user has entered but are not
 139  * currently used
 140  * <li>DEFAULT_LINK name of single url to be used when user double clicks a
 141  * sequence id (must be in SEQUENCE_LINKS or STORED_LINKS)
 142  * <li>GROUP_LINKS list of name|URL[|&lt;separator&gt;] tuples - see
 143  * jalview.utils.GroupURLLink for more info</li>
 144  * <li>DEFAULT_BROWSER for unix</li>
 145  * <li>SHOW_MEMUSAGE boolean show memory usage and warning indicator on desktop
 146  * (false)</li>
 147  * <li>VERSION_CHECK (true) check for the latest release version from
 148  * www.jalview.org (or the alias given by the www.jalview.org property)</li>
 149  * <li>SHOW_NPFEATS_TOOLTIP (true) show non-positional features in the Sequence
 150  * ID tooltip</li>
 151  * <li>SHOW_DBREFS_TOOLTIP (true) show Database Cross References in the Sequence
 152  * ID tooltip</li>
 153  * <li>SHOW_UNCONSERVED (false) only render unconserved residues - conserved
 154  * displayed as '.'</li>
 155  * <li>SORT_BY_TREE (false) sort the current alignment view according to the
 156  * order of a newly displayed tree</li>
 157  * <li>DBFETCH_USEPICR (false) use PICR to recover valid DB references from
 158  * sequence ID strings before attempting retrieval from any datasource</li>
 159  * <li>SHOW_GROUP_CONSENSUS (false) Show consensus annotation for groups in the
 160  * alignment.</li>
 161  * <li>SHOW_GROUP_CONSERVATION (false) Show conservation annotation for groups
 162  * in the alignment.</li>
 163  * <li>SHOW_CONSENSUS_HISTOGRAM (false) Show consensus annotation row's
 164  * histogram.</li>
 165  * <li>SHOW_CONSENSUS_LOGO (false) Show consensus annotation row's sequence
 166  * logo.</li>
 167  * <li>NORMALISE_CONSENSUS_LOGO (false) Show consensus annotation row's sequence
 168  * logo normalised to row height rather than histogram height.</li>
 169  * <li>FOLLOW_SELECTIONS (true) Controls whether a new alignment view should
 170  * respond to selections made in other alignments containing the same sequences.
 171  * </li>
 172  * <li>JWS2HOSTURLS comma-separated list of URLs to try for JABAWS services</li>
 173  * <li>SHOW_WSDISCOVERY_ERRORS (true) Controls if the web service URL discovery
 174  * warning dialog box is displayed.</li>
 175  * <li>ANNOTATIONCOLOUR_MIN (orange) Shade used for minimum value of annotation
 176  * when shading by annotation</li>
 177  * <li>ANNOTATIONCOLOUR_MAX (red) Shade used for maximum value of annotation
 178  * when shading by annotation</li>
 179  * <li>www.jalview.org (http://www.jalview.org) a property enabling all HTTP
 180  * requests to be redirected to a mirror of http://www.jalview.org</li>
 181  * <li>FIGURE_AUTOIDWIDTH (false) Expand the left hand column of an exported
 182  * alignment figure to accommodate even the longest sequence ID or annotation
 183  * label.</li>
 184  * <li>FIGURE_FIXEDIDWIDTH Specifies the width to use for the left-hand column
 185  * when exporting an alignment as a figure (setting FIGURE_AUTOIDWIDTH to true
 186  * will override this).</li>
 187  * <li>STRUCT_FROM_PDB (false) derive secondary structure annotation from PDB
 188  * record</li>
 189  * <li>USE_RNAVIEW (false) use RNAViewer to derive secondary structure</li>
 190  * <li>ADD_SS_ANN (false) add secondary structure annotation to alignment
 191  * display</li>
 192  * <li>ADD_TEMPFACT_ANN (false) add Temperature Factor annotation to alignment
 193  * display</li>
 194  * <li>STRUCTURE_DISPLAY choose from JMOL (default) or CHIMERA for 3D structure
 195  * display</li>
 196  * <li>CHIMERA_PATH specify full path to Chimera program (if non-standard)</li>
 197  * <li>ID_ORG_HOSTURL location of jalview service providing identifiers.org urls
 198  * </li>
 199  *
 200  * </ul>
 201  * Deprecated settings:
 202  * <ul>
 203  * *
 204  * <li>DISCOVERY_START - Boolean - controls if discovery services are queried on
 205  * startup (JWS1 services only)</li>
 206  * <li>DISCOVERY_URLS - comma separated list of Discovery Service endpoints.
 207  * (JWS1 services only)</li>
 208  * <li>SHOW_JWS1_SERVICES (true) enable or disable the original Jalview 2
 209  * services in the desktop GUI</li>
 210  * <li>ENABLE_RSBS_EDITOR (false for 2.7 release) enable or disable RSBS editing
 211  * panel in web service preferences</li>
 212  * </ul>
 213  *
 214  * @author $author$
 215  * @version $Revision$
 216  */
 217 public class Cache
 218 {
 219   /**
 220    * property giving log4j level for CASTOR loggers
 221    */
 222   public static final String CASTORLOGLEVEL = "logs.Castor.level";
 223
 224   /**
 225    * property giving log4j level for AXIS loggers
 226    */
 227   public static final String AXISLOGLEVEL = "logs.Axis.level";
 228
 229   /**
 230    * property giving log4j level for Jalview Log
 231    */
 232   public static final String JALVIEWLOGLEVEL = "logs.Jalview.level";
 233
 234   /**
 235    * Sifts settings
 236    */
 237   public static final String DEFAULT_SIFTS_DOWNLOAD_DIR = System
 238           .getProperty("user.home") + File.separatorChar
 239           + ".sifts_downloads" + File.separatorChar;
 240
 241   private final static String DEFAULT_CACHE_THRESHOLD_IN_DAYS = "2";
 242
 243   private final static String DEFAULT_FAIL_SAFE_PID_THRESHOLD = "30";
 244
 245   /**
 246    * Identifiers.org download settings
 247    */
 248   private static final String ID_ORG_FILE = System.getProperty("user.home")
 249           + File.separatorChar + ".identifiers.org.ids.json";
 250
 251   /**
 252    * Allowed values are PDB or mmCIF
 253    */
 254   private final static String PDB_DOWNLOAD_FORMAT = PDBEntry.Type.MMCIF
 255           .toString();
 256
 257   private final static String DEFAULT_PDB_FILE_PARSER = StructureImportSettings.StructureParser.JMOL_PARSER
 258           .toString();
 259
 260   /*
 261    * a date formatter using a fixed (rather than the user's) locale;
 262    * this ensures that date properties can be written and re-read successfully
 263    * even if the user changes their locale setting
 264    */
 265   private static final DateFormat date_format = SimpleDateFormat
 266           .getDateTimeInstance(SimpleDateFormat.MEDIUM,
 267                   SimpleDateFormat.MEDIUM, Locale.UK);
 268
 269   /**
 270    * Initialises the Jalview Application Log
 271    */
 272   public static Logger log;
 273
 274   // save the proxy properties set at startup
 275   public final static String[] startupProxyProperties = {
 276       System.getProperty("http.proxyHost"),
 277       System.getProperty("http.proxyPort"),
 278       System.getProperty("https.proxyHost"),
 279       System.getProperty("https.proxyPort"),
 280       System.getProperty("http.proxyUser"),
 281       System.getProperty("http.proxyPassword"),
 282       System.getProperty("https.proxyUser"),
 283       System.getProperty("https.proxyPassword"),
 284       System.getProperty("http.nonProxyHosts") };
 285
 286   public final static String PROXYTYPE_NONE = "none";
 287
 288   // "false" and "true" for backward compatibility
 289   public final static String PROXYTYPE_SYSTEM = "false";
 290
 291   public final static String PROXYTYPE_CUSTOM = "true";
 292
 293   /** Jalview Properties */
 294   public static Properties applicationProperties = new Properties()
 295   {
 296     // override results in properties output in alphabetical order
 297     @Override
 298     public synchronized Enumeration<Object> keys()
 299     {
 300       return Collections.enumeration(new TreeSet<>(super.keySet()));
 301     }
 302   };
 303
 304   /** Default file is ~/.jalview_properties */
 305   static String propertiesFile;
 306
 307   private static boolean propsAreReadOnly = false;
 308
 309   public static void initLogger()
 310   {
 311     if (log != null)
 312     {
 313       return;
 314     }
 315     try
 316     {
 317       // TODO: redirect stdout and stderr here in order to grab the output of
 318       // the log
 319
 320       ConsoleAppender ap = new ConsoleAppender(new SimpleLayout(),
 321               "System.err");
 322       ap.setName("JalviewLogger");
 323       org.apache.log4j.Logger.getRootLogger().addAppender(ap); // catch all for
 324       // log output
 325       Logger laxis = Logger.getLogger("org.apache.axis");
 326       Logger lcastor = Logger.getLogger("org.exolab.castor");
 327       jalview.bin.Cache.log = Logger.getLogger("jalview.bin.Jalview");
 328
 329       laxis.setLevel(Level.toLevel(
 330               Cache.getDefault("logs.Axis.Level", Level.INFO.toString())));
 331       lcastor.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault("logs.Castor.Level",
 332               Level.INFO.toString())));
 333       lcastor = Logger.getLogger("org.exolab.castor.xml");
 334       lcastor.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault("logs.Castor.Level",
 335               Level.INFO.toString())));
 336       // lcastor = Logger.getLogger("org.exolab.castor.xml.Marshaller");
 337       // lcastor.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault("logs.Castor.Level",
 338       // Level.INFO.toString())));
 339       jalview.bin.Cache.log.setLevel(Level.toLevel(Cache
 340               .getDefault("logs.Jalview.level", Level.INFO.toString())));
 341       // laxis.addAppender(ap);
 342       // lcastor.addAppender(ap);
 343       // jalview.bin.Cache.log.addAppender(ap);
 344       // Tell the user that debug is enabled
 345       jalview.bin.Cache.log.debug("Jalview Debugging Output Follows.");
 346     } catch (Exception ex)
 347     {
 348       System.err.println("Problems initializing the log4j system\n");
 349       ex.printStackTrace(System.err);
 350     }
 351   }
 352
 353   /**
 354    * Loads properties from the given properties file. Any existing properties
 355    * are first cleared.
 356    */
 357   public static void loadProperties(String propsFile)
 358   {
 359     propertiesFile = propsFile;
 360     if (propsFile == null)
 361     {
 362       propertiesFile = System.getProperty("user.home") + File.separatorChar
 363               + ".jalview_properties";
 364     }
 365     else
 366     {
 367       // don't corrupt the file we've been given.
 368       propsAreReadOnly = true;
 369     }
 370
 371     try
 372     {
 373       InputStream fis;
 374       try
 375       {
 376         fis = new java.net.URL(propertiesFile).openStream();
 377         System.out.println(
 378                 "Loading jalview properties from : " + propertiesFile);
 379         System.out.println(
 380                 "Disabling Jalview writing to user's local properties file.");
 381         propsAreReadOnly = true;
 382
 383       } catch (Exception ex)
 384       {
 385         fis = null;
 386       }
 387       if (fis == null)
 388       {
 389         fis = new FileInputStream(propertiesFile);
 390       }
 391       applicationProperties.clear();
 392       applicationProperties.load(fis);
 393
 394       // remove any old build properties
 395
 396       deleteBuildProperties();
 397       fis.close();
 398     } catch (Exception ex)
 399     {
 400       System.out.println("Error reading properties file: " + ex);
 401     }
 402
 403     /* TO BE REPLACED WITH PROXY_TYPE SETTINGS
 404     if (getDefault("USE_PROXY", false))
 405     {
 406       String proxyServer = getDefault("PROXY_SERVER", ""),
 407               proxyPort = getDefault("PROXY_PORT", "8080");
 408     }
 409     */
 410
 411     // PROXY TYPE settings (now three options "none", "false", "true", but using
 412     // backward compatible strings)
 413     String proxyType = getDefault("USE_PROXY", PROXYTYPE_SYSTEM);
 414     // default to upgrading old settings
 415     switch (proxyType)
 416     {
 417     case PROXYTYPE_NONE:
 418       setProxyProperties(null, null, null, null, null, null, null, null);
 419       break;
 420     case PROXYTYPE_SYSTEM: // use system settings
 421       resetProxyProperties();
 422       break;
 423     case PROXYTYPE_CUSTOM: // use specified proxy settings
 424       String httpHost = getDefault("PROXY_SERVER", "");
 425       String httpPort = getDefault("PROXY_PORT", "8080");
 426       String httpsHost = getDefault("PROXY_SERVER_HTTPS", httpHost);
 427       String httpsPort = getDefault("PROXY_PORT_HTTPS", httpPort);
 428       String httpUser = getDefault("PROXY_AUTH_USER", null);
 429       String httpPassword = getDefault("PROXY_AUTH_PASSWORD", null);
 430       // https.proxyUser and https.proxyPassword are not able to be
 431       // independently set in Preferences yet
 432       String httpsUser = getDefault("PROXY_AUTH_USER_HTTPS", httpUser);
 433       String httpsPassword = getDefault("PROXY_AUTH_PASSWORD_HTTPS",
 434               httpPassword);
 435       setProxyProperties(httpHost, httpPort, httpsHost, httpsPort, httpUser,
 436               httpPassword, httpsUser, httpsPassword);
 437       break;
 438     default:
 439       String message = "Incorrect PROXY_TYPE - should be 'none' (clear proxy properties), 'false' (system settings), 'true' (custom settings): "
 440               + proxyType;
 441       Cache.warn(message);
 442     }
 443
 444     // LOAD THE AUTHORS FROM THE authors.props file
 445     try
 446     {
 447       String authorDetails = "jar:"
 448               .concat(Cache.class.getProtectionDomain().getCodeSource()
 449                       .getLocation().toString().concat("!/authors.props"));
 450
 451       java.net.URL localJarFileURL = new java.net.URL(authorDetails);
 452
 453       InputStream in = localJarFileURL.openStream();
 454       applicationProperties.load(in);
 455       in.close();
 456     } catch (Exception ex)
 457     {
 458       System.out.println("Error reading author details: " + ex);
 459       applicationProperties.remove("AUTHORS");
 460       applicationProperties.remove("AUTHORFNAMES");
 461       applicationProperties.remove("YEAR");
 462     }
 463
 464     loadBuildProperties(false);
 465
 466     SiftsSettings
 467             .setMapWithSifts(Cache.getDefault("MAP_WITH_SIFTS", false));
 468
 469     SiftsSettings.setSiftDownloadDirectory(jalview.bin.Cache
 470             .getDefault("sifts_download_dir", DEFAULT_SIFTS_DOWNLOAD_DIR));
 471
 472     SiftsSettings.setFailSafePIDThreshold(
 473             jalview.bin.Cache.getDefault("sifts_fail_safe_pid_threshold",
 474                     DEFAULT_FAIL_SAFE_PID_THRESHOLD));
 475
 476     SiftsSettings.setCacheThresholdInDays(
 477             jalview.bin.Cache.getDefault("sifts_cache_threshold_in_days",
 478                     DEFAULT_CACHE_THRESHOLD_IN_DAYS));
 479
 480     IdOrgSettings.setUrl(getDefault("ID_ORG_HOSTURL",
 481             "http://www.jalview.org/services/identifiers"));
 482     IdOrgSettings.setDownloadLocation(ID_ORG_FILE);
 483
 484     StructureImportSettings.setDefaultStructureFileFormat(jalview.bin.Cache
 485             .getDefault("PDB_DOWNLOAD_FORMAT", PDB_DOWNLOAD_FORMAT));
 486     StructureImportSettings
 487             .setDefaultPDBFileParser(DEFAULT_PDB_FILE_PARSER);
 488     // StructureImportSettings
 489     // .setDefaultPDBFileParser(jalview.bin.Cache.getDefault(
 490     // "DEFAULT_PDB_FILE_PARSER", DEFAULT_PDB_FILE_PARSER));
 491
 492     String jnlpVersion = System.getProperty("jalview.version");
 493
 494     // jnlpVersion will be null if a latest version check for the channel needs
 495     // to be done
 496     // Dont do this check if running in headless mode
 497
 498     if (jnlpVersion == null && getDefault("VERSION_CHECK", true)
 499             && (System.getProperty("java.awt.headless") == null || System
 500                     .getProperty("java.awt.headless").equals("false")))
 501     {
 502
 503       class VersionChecker extends Thread
 504       {
 505         @Override
 506         public void run()
 507         {
 508           String orgtimeout = System
 509                   .getProperty("sun.net.client.defaultConnectTimeout");
 510           if (orgtimeout == null)
 511           {
 512             orgtimeout = "30";
 513             System.out.println("# INFO: Setting default net timeout to "
 514                     + orgtimeout + " seconds.");
 515           }
 516           String remoteVersion = null;
 517           try
 518           {
 519             System.setProperty("sun.net.client.defaultConnectTimeout",
 520                     "5000");
 521             java.net.URL url = new java.net.URL(Cache
 522                     .getDefault("www.jalview.org", "http://www.jalview.org")
 523                     + "/webstart/jalview.jnlp");
 524             BufferedReader in = new BufferedReader(
 525                     new InputStreamReader(url.openStream()));
 526             String line = null;
 527             while ((line = in.readLine()) != null)
 528             {
 529               if (line.indexOf("jalview.version") == -1)
 530               {
 531                 continue;
 532               }
 533
 534               line = line.substring(line.indexOf("value=") + 7);
 535               line = line.substring(0, line.lastIndexOf("\""));
 536               remoteVersion = line;
 537               break;
 538             }
 539           } catch (Exception ex)
 540           {
 541             System.out.println(
 542                     "Non-fatal exception when checking version at www.jalview.org :");
 543             System.out.println(ex);
 544             remoteVersion = getProperty("VERSION");
 545           }
 546           System.setProperty("sun.net.client.defaultConnectTimeout",
 547                   orgtimeout);
 548
 549           setProperty("LATEST_VERSION", remoteVersion);
 550         }
 551       }
 552
 553       VersionChecker vc = new VersionChecker();
 554       vc.start();
 555     }
 556     else
 557     {
 558       if (jnlpVersion != null)
 559       {
 560         setProperty("LATEST_VERSION", jnlpVersion);
 561       }
 562       else
 563       {
 564         applicationProperties.remove("LATEST_VERSION");
 565       }
 566     }
 567
 568     // LOAD USERDEFINED COLOURS
 569     jalview.bin.Cache
 570             .initUserColourSchemes(getProperty("USER_DEFINED_COLOURS"));
 571     jalview.io.PIRFile.useModellerOutput = Cache.getDefault("PIR_MODELLER",
 572             false);
 573   }
 574
 575   public static void loadBuildProperties(boolean reportVersion)
 576   {
 577     String codeInstallation = getProperty("INSTALLATION");
 578     boolean printV = codeInstallation == null;
 579
 580     // FIND THE VERSION NUMBER AND BUILD DATE FROM jalview.jar
 581     try
 582     {
 583       String buildDetails = "jar:".concat(Cache.class.getProtectionDomain()
 584               .getCodeSource().getLocation().toString()
 585               .concat("!/.build_properties"));
 586
 587       java.net.URL localJarFileURL = new java.net.URL(buildDetails);
 588
 589       InputStream in = localJarFileURL.openStream();
 590       applicationProperties.load(in);
 591       in.close();
 592     } catch (Exception ex)
 593     {
 594       System.out.println("Error reading build details: " + ex);
 595       applicationProperties.remove("VERSION");
 596     }
 597     String codeVersion = getProperty("VERSION");
 598     codeInstallation = getProperty("INSTALLATION");
 599
 600     if (codeVersion == null)
 601     {
 602       // THIS SHOULD ONLY BE THE CASE WHEN TESTING!!
 603       codeVersion = "Test";
 604       codeInstallation = "";
 605     }
 606     else
 607     {
 608       codeInstallation = " (" + codeInstallation + ")";
 609     }
 610     setProperty("VERSION", codeVersion);
 611     new BuildDetails(codeVersion, null, codeInstallation);
 612     if (printV && reportVersion)
 613     {
 614       System.out.println(
 615               "Jalview Version: " + codeVersion + codeInstallation);
 616     }
 617   }
 618
 619   private static void deleteBuildProperties()
 620   {
 621     applicationProperties.remove("LATEST_VERSION");
 622     applicationProperties.remove("VERSION");
 623     applicationProperties.remove("AUTHORS");
 624     applicationProperties.remove("AUTHORFNAMES");
 625     applicationProperties.remove("YEAR");
 626     applicationProperties.remove("BUILD_DATE");
 627     applicationProperties.remove("INSTALLATION");
 628   }
 629
 630   /**
 631    * Gets Jalview application property of given key. Returns null if key not
 632    * found
 633    *
 634    * @param key
 635    *          Name of property
 636    *
 637    * @return Property value
 638    */
 639   public static String getProperty(String key)
 640   {
 641     return applicationProperties.getProperty(key);
 642   }
 643
 644   /**
 645    * These methods are used when checking if the saved preference is different
 646    * to the default setting
 647    */
 648
 649   public static boolean getDefault(String property, boolean def)
 650   {
 651     String string = getProperty(property);
 652     if (string != null)
 653     {
 654       def = Boolean.valueOf(string).booleanValue();
 655     }
 656
 657     return def;
 658   }
 659
 660   public static int getDefault(String property, int def)
 661   {
 662     String string = getProperty(property);
 663     if (string != null)
 664     {
 665       try
 666       {
 667         def = Integer.parseInt(string);
 668       } catch (NumberFormatException e)
 669       {
 670         System.out.println("Error parsing int property '" + property
 671                 + "' with value '" + string + "'");
 672       }
 673     }
 674
 675     return def;
 676   }
 677
 678   /**
 679    * These methods are used when checking if the saved preference is different
 680    * to the default setting
 681    */
 682   public static String getDefault(String property, String def)
 683   {
 684     String string = getProperty(property);
 685     if (string != null)
 686     {
 687       return string;
 688     }
 689
 690     return def;
 691   }
 692
 693   /**
 694    * Stores property in the file "HOME_DIR/.jalview_properties"
 695    *
 696    * @param key
 697    *          Name of object
 698    * @param obj
 699    *          String value of property
 700    *
 701    * @return previous value of property (or null)
 702    */
 703   public static Object setProperty(String key, String obj)
 704   {
 705     Object oldValue = null;
 706     try
 707     {
 708       oldValue = applicationProperties.setProperty(key, obj);
 709       if (propertiesFile != null && !propsAreReadOnly)
 710       {
 711         FileOutputStream out = new FileOutputStream(propertiesFile);
 712         applicationProperties.store(out, "---JalviewX Properties File---");
 713         out.close();
 714       }
 715     } catch (Exception ex)
 716     {
 717       System.out.println(
 718               "Error setting property: " + key + " " + obj + "\n" + ex);
 719     }
 720     return oldValue;
 721   }
 722
 723   /**
 724    * remove the specified property from the jalview properties file
 725    *
 726    * @param string
 727    */
 728   public static void removeProperty(String string)
 729   {
 730     applicationProperties.remove(string);
 731     saveProperties();
 732   }
 733
 734   /**
 735    * save the properties to the jalview properties path
 736    */
 737   public static void saveProperties()
 738   {
 739     if (!propsAreReadOnly)
 740     {
 741       try
 742       {
 743         FileOutputStream out = new FileOutputStream(propertiesFile);
 744         applicationProperties.store(out, "---JalviewX Properties File---");
 745         out.close();
 746       } catch (Exception ex)
 747       {
 748         System.out.println("Error saving properties: " + ex);
 749       }
 750     }
 751   }
 752
 753   /**
 754    * internal vamsas class discovery state
 755    */
 756   private static int vamsasJarsArePresent = -1;
 757
 758   /**
 759    * Searches for vamsas client classes on class path.
 760    *
 761    * @return true if vamsas client is present on classpath
 762    */
 763   public static boolean vamsasJarsPresent()
 764   {
 765     if (vamsasJarsArePresent == -1)
 766     {
 767       try
 768       {
 769         if (jalview.jbgui.GDesktop.class.getClassLoader()
 770                 .loadClass("uk.ac.vamsas.client.VorbaId") != null)
 771         {
 772           jalview.bin.Cache.log.debug(
 773                   "Found Vamsas Classes (uk.ac..vamsas.client.VorbaId can be loaded)");
 774           vamsasJarsArePresent = 1;
 775           Logger lvclient = Logger.getLogger("uk.ac.vamsas");
 776           lvclient.setLevel(Level.toLevel(Cache
 777                   .getDefault("logs.Vamsas.Level", Level.INFO.toString())));
 778
 779           lvclient.addAppender(log.getAppender("JalviewLogger"));
 780           // Tell the user that debug is enabled
 781           lvclient.debug("Jalview Vamsas Client Debugging Output Follows.");
 782         }
 783       } catch (Exception e)
 784       {
 785         vamsasJarsArePresent = 0;
 786         jalview.bin.Cache.log.debug("Vamsas Classes are not present");
 787       }
 788     }
 789     return (vamsasJarsArePresent > 0);
 790   }
 791
 792   /**
 793    * internal vamsas class discovery state
 794    */
 795   private static int groovyJarsArePresent = -1;
 796
 797   /**
 798    * Searches for vamsas client classes on class path.
 799    *
 800    * @return true if vamsas client is present on classpath
 801    */
 802   public static boolean groovyJarsPresent()
 803   {
 804     if (groovyJarsArePresent == -1)
 805     {
 806       try
 807       {
 808         if (Cache.class.getClassLoader()
 809                 .loadClass("groovy.lang.GroovyObject") != null)
 810         {
 811           jalview.bin.Cache.log.debug(
 812                   "Found Groovy (groovy.lang.GroovyObject can be loaded)");
 813           groovyJarsArePresent = 1;
 814           Logger lgclient = Logger.getLogger("groovy");
 815           lgclient.setLevel(Level.toLevel(Cache
 816                   .getDefault("logs.Groovy.Level", Level.INFO.toString())));
 817
 818           lgclient.addAppender(log.getAppender("JalviewLogger"));
 819           // Tell the user that debug is enabled
 820           lgclient.debug("Jalview Groovy Client Debugging Output Follows.");
 821         }
 822       } catch (Error e)
 823       {
 824         groovyJarsArePresent = 0;
 825         jalview.bin.Cache.log.debug("Groovy Classes are not present", e);
 826       } catch (Exception e)
 827       {
 828         groovyJarsArePresent = 0;
 829         jalview.bin.Cache.log.debug("Groovy Classes are not present");
 830       }
 831     }
 832     return (groovyJarsArePresent > 0);
 833   }
 834
 835   /**
 836    * GA tracker object - actually JGoogleAnalyticsTracker null if tracking not
 837    * enabled.
 838    */
 839   protected static Object tracker = null;
 840
 841   protected static Class trackerfocus = null;
 842
 843   protected static Class jgoogleanalyticstracker = null;
 844
 845   /**
 846    * Initialise the google tracker if it is not done already.
 847    */
 848   public static void initGoogleTracker()
 849   {
 850     if (tracker == null)
 851     {
 852       if (jgoogleanalyticstracker == null)
 853       {
 854         // try to get the tracker class
 855         try
 856         {
 857           jgoogleanalyticstracker = Cache.class.getClassLoader().loadClass(
 858                   "com.boxysystems.jgoogleanalytics.JGoogleAnalyticsTracker");
 859           trackerfocus = Cache.class.getClassLoader()
 860                   .loadClass("com.boxysystems.jgoogleanalytics.FocusPoint");
 861         } catch (Exception e)
 862         {
 863           log.debug(
 864                   "com.boxysystems.jgoogleanalytics package is not present - tracking not enabled.");
 865           tracker = null;
 866           jgoogleanalyticstracker = null;
 867           trackerfocus = null;
 868           return;
 869         }
 870       }
 871       // now initialise tracker
 872       Exception re = null, ex = null;
 873       Error err = null;
 874       String vrs = "No Version Accessible";
 875       try
 876       {
 877         // Google analytics tracking code for Library Finder
 878         tracker = jgoogleanalyticstracker
 879                 .getConstructor(new Class[]
 880                 { String.class, String.class, String.class })
 881                 .newInstance(new Object[]
 882                 { "Jalview Desktop",
 883                     (vrs = jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION") + "_"
 884                             + jalview.bin.Cache.getDefault("BUILD_DATE",
 885                                     "unknown")),
 886                     "UA-9060947-1" });
 887         jgoogleanalyticstracker
 888                 .getMethod("trackAsynchronously", new Class[]
 889                 { trackerfocus })
 890                 .invoke(tracker, new Object[]
 891                 { trackerfocus.getConstructor(new Class[] { String.class })
 892                         .newInstance(new Object[]
 893                         { "Application Started." }) });
 894       } catch (RuntimeException e)
 895       {
 896         re = e;
 897       } catch (Exception e)
 898       {
 899         ex = e;
 900       } catch (Error e)
 901       {
 902         err = e;
 903       }
 904       if (re != null || ex != null || err != null)
 905       {
 906         if (log != null)
 907         {
 908           if (re != null)
 909           {
 910             log.debug("Caught runtime exception in googletracker init:",
 911                     re);
 912           }
 913           if (ex != null)
 914           {
 915             log.warn(
 916                     "Failed to initialise GoogleTracker for Jalview Desktop with version "
 917                             + vrs,
 918                     ex);
 919           }
 920           if (err != null)
 921           {
 922             log.error(
 923                     "Whilst initing GoogleTracker for Jalview Desktop version "
 924                             + vrs,
 925                     err);
 926           }
 927         }
 928         else
 929         {
 930           if (re != null)
 931           {
 932             System.err.println(
 933                     "Debug: Caught runtime exception in googletracker init:"
 934                             + vrs);
 935             re.printStackTrace();
 936           }
 937           if (ex != null)
 938           {
 939             System.err.println(
 940                     "Warning:  Failed to initialise GoogleTracker for Jalview Desktop with version "
 941                             + vrs);
 942             ex.printStackTrace();
 943           }
 944
 945           if (err != null)
 946           {
 947             System.err.println(
 948                     "ERROR: Whilst initing GoogleTracker for Jalview Desktop version "
 949                             + vrs);
 950             err.printStackTrace();
 951           }
 952         }
 953       }
 954       else
 955       {
 956         log.debug("Successfully initialised tracker.");
 957       }
 958     }
 959   }
 960
 961   /**
 962    * get the user's default colour if available
 963    *
 964    * @param property
 965    * @param defcolour
 966    * @return
 967    */
 968   public static Color getDefaultColour(String property, Color defcolour)
 969   {
 970     String colprop = getProperty(property);
 971     if (colprop == null)
 972     {
 973       return defcolour;
 974     }
 975     Color col = ColorUtils.parseColourString(colprop);
 976     if (col == null)
 977     {
 978       log.warn("Couldn't parse '" + colprop + "' as a colour for "
 979               + property);
 980     }
 981     return (col == null) ? defcolour : col;
 982   }
 983
 984   /**
 985    * store a colour as a Jalview user default property
 986    *
 987    * @param property
 988    * @param colour
 989    */
 990   public static void setColourProperty(String property, Color colour)
 991   {
 992     setProperty(property, jalview.util.Format.getHexString(colour));
 993   }
 994
 995   /**
 996    * Stores a formatted date in a jalview property, using a fixed locale.
 997    *
 998    * @param propertyName
 999    * @param date
1000    * @return the formatted date string
1001    */
1002   public static String setDateProperty(String propertyName, Date date)
1003   {
1004     String formatted = date_format.format(date);
1005     setProperty(propertyName, formatted);
1006     return formatted;
1007   }
1008
1009   /**
1010    * Reads a date stored in a Jalview property, parses it (using a fixed locale
1011    * format) and returns as a Date, or null if parsing fails
1012    *
1013    * @param propertyName
1014    * @return
1015    *
1016    */
1017   public static Date getDateProperty(String propertyName)
1018   {
1019     String val = getProperty(propertyName);
1020     if (val != null)
1021     {
1022       try
1023       {
1024         return date_format.parse(val);
1025       } catch (Exception ex)
1026       {
1027         System.err.println("Invalid or corrupt date in property '"
1028                 + propertyName + "' : value was '" + val + "'");
1029       }
1030     }
1031     return null;
1032   }
1033
1034   /**
1035    * get and parse a property as an integer. send any parsing problems to
1036    * System.err
1037    *
1038    * @param property
1039    * @return null or Integer
1040    */
1041   public static Integer getIntegerProperty(String property)
1042   {
1043     String val = getProperty(property);
1044     if (val != null && (val = val.trim()).length() > 0)
1045     {
1046       try
1047       {
1048         return Integer.valueOf(val);
1049       } catch (NumberFormatException x)
1050       {
1051         System.err.println("Invalid integer in property '" + property
1052                 + "' (value was '" + val + "')");
1053       }
1054     }
1055     return null;
1056   }
1057
1058   /**
1059    * Set the specified value, or remove it if null or empty. Does not save the
1060    * properties file.
1061    *
1062    * @param propName
1063    * @param value
1064    */
1065   public static void setOrRemove(String propName, String value)
1066   {
1067     if (propName == null)
1068     {
1069       return;
1070     }
1071     if (value == null || value.trim().length() < 1)
1072     {
1073       Cache.applicationProperties.remove(propName);
1074     }
1075     else
1076     {
1077       Cache.applicationProperties.setProperty(propName, value);
1078     }
1079   }
1080
1081   /**
1082    * Loads in user colour schemes from files.
1083    *
1084    * @param files
1085    *          a '|'-delimited list of file paths
1086    */
1087   public static void initUserColourSchemes(String files)
1088   {
1089     if (files == null || files.length() == 0)
1090     {
1091       return;
1092     }
1093
1094     // In case colours can't be loaded, we'll remove them
1095     // from the default list here.
1096     StringBuffer coloursFound = new StringBuffer();
1097     StringTokenizer st = new StringTokenizer(files, "|");
1098     while (st.hasMoreElements())
1099     {
1100       String file = st.nextToken();
1101       try
1102       {
1103         UserColourScheme ucs = ColourSchemeLoader.loadColourScheme(file);
1104         if (ucs != null)
1105         {
1106           if (coloursFound.length() > 0)
1107           {
1108             coloursFound.append("|");
1109           }
1110           coloursFound.append(file);
1111           ColourSchemes.getInstance().registerColourScheme(ucs);
1112         }
1113       } catch (Exception ex)
1114       {
1115         System.out.println("Error loading User ColourFile\n" + ex);
1116       }
1117     }
1118     if (!files.equals(coloursFound.toString()))
1119     {
1120       if (coloursFound.toString().length() > 1)
1121       {
1122         setProperty(UserDefinedColours.USER_DEFINED_COLOURS,
1123                 coloursFound.toString());
1124       }
1125       else
1126       {
1127         applicationProperties
1128                 .remove(UserDefinedColours.USER_DEFINED_COLOURS);
1129       }
1130     }
1131   }
1132
1133   /**
1134    * Initial logging information helper for various versions output
1135    *
1136    * @param prefix
1137    * @param value
1138    * @param defaultValue
1139    */
1140   private static void appendIfNotNull(StringBuilder sb, String prefix,
1141           String value, String suffix, String defaultValue)
1142   {
1143     if (value == null && defaultValue == null)
1144     {
1145       return;
1146     }
1147     String line = prefix + (value != null ? value : defaultValue) + suffix;
1148     sb.append(line);
1149   }
1150
1151   /**
1152    *
1153    * @return Jalview version, build details and JVM platform version for console
1154    */
1155   public static String getVersionDetailsForConsole()
1156   {
1157     StringBuilder sb = new StringBuilder();
1158     sb.append("Jalview Version: ");
1159     sb.append(jalview.bin.Cache.getDefault("VERSION", "TEST"));
1160     sb.append("\n");
1161     sb.append("Jalview Installation: ");
1162     sb.append(jalview.bin.Cache.getDefault("INSTALLATION", "unknown"));
1163     sb.append("\n");
1164     sb.append("Build Date: ");
1165     sb.append(jalview.bin.Cache.getDefault("BUILD_DATE", "unknown"));
1166     sb.append("\n");
1167     sb.append("Java version: ");
1168     sb.append(System.getProperty("java.version"));
1169     sb.append("\n");
1170     sb.append(System.getProperty("os.arch"));
1171     sb.append(" ");
1172     sb.append(System.getProperty("os.name"));
1173     sb.append(" ");
1174     sb.append(System.getProperty("os.version"));
1175     sb.append("\n");
1176     appendIfNotNull(sb, "Install4j version: ",
1177             System.getProperty("sys.install4jVersion"), "\n", null);
1178     appendIfNotNull(sb, "Install4j template version: ",
1179             System.getProperty("installer_template_version"), "\n", null);
1180     appendIfNotNull(sb, "Launcher version: ",
1181             System.getProperty("launcher_version"), "\n", null);
1182     LookAndFeel laf = UIManager.getLookAndFeel();
1183     String lafName = laf == null ? "Not obtained" : laf.getName();
1184     String lafClass = laf == null ? "unknown" : laf.getClass().getName();
1185     sb.append("LookAndFeel: ");
1186     sb.append(lafName);
1187     sb.append(" (");
1188     sb.append(lafClass);
1189     sb.append(")\n");
1190     // Not displayed in release version ( determined by possible version number
1191     // regex 9[9.]*9[.-_a9]* )
1192     if (Pattern.matches("^\\d[\\d\\.]*\\d[\\.\\-\\w]*$",
1193             jalview.bin.Cache.getDefault("VERSION", "TEST")))
1194     {
1195       appendIfNotNull(sb, "Getdown appdir: ",
1196               System.getProperty("getdownappdir"), "\n", null);
1197       appendIfNotNull(sb, "Java home: ", System.getProperty("java.home"),
1198               "\n", "unknown");
1199     }
1200     return sb.toString();
1201   }
1202
1203   /**
1204    *
1205    * @return build details as reported in splashscreen
1206    */
1207   public static String getBuildDetailsForSplash()
1208   {
1209     // consider returning more human friendly info
1210     // eg 'built from Source' or update channel
1211     return jalview.bin.Cache.getDefault("INSTALLATION", "unknown");
1212   }
1213
1214   public static String getStackTraceString(Throwable t)
1215   {
1216     StringWriter sw = new StringWriter();
1217     PrintWriter pw = new PrintWriter(sw);
1218     t.printStackTrace(pw);
1219     return sw.toString();
1220   }
1221
1222   // proxy properties methods
1223   public static void resetProxyProperties()
1224   {
1225     setProxyProperties(startupProxyProperties[0], startupProxyProperties[1],
1226             startupProxyProperties[2], startupProxyProperties[3],
1227             startupProxyProperties[4], startupProxyProperties[5],
1228             startupProxyProperties[6], startupProxyProperties[7]);
1229     StringBuilder sb = new StringBuilder();
1230     sb.append("Setting proxy properties to: http.proxyHost=")
1231             .append(startupProxyProperties[0]).append(", http.proxyPort=")
1232             .append(startupProxyProperties[1])
1233             .append(startupProxyProperties[4] != null
1234                     && !startupProxyProperties[4].isEmpty()
1235                             ? " [" + startupProxyProperties[4] + "]"
1236                             : "")
1237             .append(", https.proxyHost=").append(startupProxyProperties[2])
1238             .append(", https.proxyPort=").append(startupProxyProperties[3])
1239             .append(startupProxyProperties[6] != null
1240                     && !startupProxyProperties[6].isEmpty()
1241                             ? " [" + startupProxyProperties[6] + "]"
1242                             : "");
1243
1244     Cache.debug(sb.toString());
1245   }
1246
1247   public static void setProxyProperties(String httpHost, String httpPort,
1248           String httpsHost, String httpsPort, String httpUser,
1249           String httpPassword)
1250   {
1251     setProxyProperties(httpHost, httpPort, httpsHost, httpsPort, httpUser,
1252             httpPassword, httpUser, httpPassword);
1253   }
1254
1255   public static void setProxyProperties(String httpHost, String httpPort,
1256           String httpsHost, String httpsPort, String httpUser,
1257           String httpPassword, String httpsUser, String httpsPassword)
1258   {
1259     setOrClearSystemProperty("http.proxyHost", httpHost);
1260     setOrClearSystemProperty("http.proxyPort", httpPort);
1261     setOrClearSystemProperty("https.proxyHost", httpsHost);
1262     setOrClearSystemProperty("https.proxyPort", httpsPort);
1263     setOrClearSystemProperty("http.proxyUser", httpUser);
1264     setOrClearSystemProperty("http.proxyPassword", httpPassword);
1265     setOrClearSystemProperty("https.proxyUser", httpsUser);
1266     setOrClearSystemProperty("https.proxyPassword", httpsPassword);
1267     if (httpUser != null || httpsUser != null)
1268     {
1269       try
1270       {
1271         Authenticator.setDefault(new Authenticator()
1272         {
1273           @Override
1274           protected PasswordAuthentication getPasswordAuthentication()
1275           {
1276             if (getRequestorType() == RequestorType.PROXY)
1277             {
1278               try
1279               {
1280                 if (getRequestingScheme().equalsIgnoreCase("http")
1281                         && getRequestingHost().equalsIgnoreCase(httpHost)
1282                         && getRequestingPort() == Integer.valueOf(httpPort))
1283                 {
1284                   return new PasswordAuthentication(httpUser,
1285                           httpPassword == null ? new char[] {}
1286                                   : httpPassword.toCharArray());
1287                 }
1288                 if (getRequestingScheme().equalsIgnoreCase("https")
1289                         && getRequestingHost().equalsIgnoreCase(httpsHost)
1290                         && getRequestingPort() == Integer
1291                                 .valueOf(httpsPort))
1292                 {
1293                   return new PasswordAuthentication(httpsUser,
1294                           httpsPassword == null ? new char[] {}
1295                                   : httpsPassword.toCharArray());
1296                 }
1297               } catch (NumberFormatException e)
1298               {
1299                 Cache.error("Problem with proxy port values [http:"
1300                         + httpPort + ", https:" + httpsPort + "]");
1301               }
1302             }
1303             // non proxy request
1304             return null;
1305           }
1306         });
1307         // required to re-enable basic authentication (should be okay for a
1308         // local proxy)
1309         System.setProperty("jdk.http.auth.tunneling.disabledSchemes", "");
1310       } catch (SecurityException e)
1311       {
1312         Cache.error("Could not set default Authenticator");
1313         Cache.debug(getStackTraceString(e));
1314       }
1315     }
1316     else
1317     {
1318       // reset the Authenticator to protect http.proxyUser and
1319       // http.proxyPassword Just In Case
1320       Authenticator.setDefault(new Authenticator()
1321       {
1322         @Override
1323         protected PasswordAuthentication getPasswordAuthentication()
1324         {
1325           return null;
1326         }
1327       });
1328     }
1329
1330     // clear localhost from proxying unless nonProxyHosts already set (not
1331     // currently configurable in Preferences)
1332     String nonProxyHosts = startupProxyProperties[8];
1333     System.setProperty("http.nonProxyHosts",
1334             nonProxyHosts == null ? "localhost" : nonProxyHosts);
1335   }
1336
1337   public static void setOrClearSystemProperty(String key, String value)
1338   {
1339     if (key == null)
1340     {
1341       return;
1342     }
1343     if (value == null)
1344     {
1345       System.clearProperty(key);
1346     }
1347     else
1348     {
1349       System.setProperty(key, value);
1350     }
1351   }
1352
1353   public final static int DEBUG = 10;
1354
1355   public final static int INFO = 20;
1356
1357   public final static int WARN = 30;
1358
1359   public final static int ERROR = 40;
1360
1361   public static boolean println(int level, String message)
1362   {
1363     if (Cache.log == null)
1364     {
1365       if (level >= ERROR)
1366         System.err.println(message);
1367       else
1368         System.out.println(message);
1369       return false;
1370     }
1371     if (level >= WARN)
1372     {
1373       Cache.log.warn(message);
1374     }
1375     else if (level >= INFO)
1376     {
1377       Cache.log.info(message);
1378     }
1379     else
1380     {
1381       Cache.log.debug(message);
1382     }
1383     return true;
1384   }
1385
1386   public static void debug(String message)
1387   {
1388     println(DEBUG, message);
1389   }
1390
1391   public static void info(String message)
1392   {
1393     println(INFO, message);
1394   }
1395
1396   public static void warn(String message)
1397   {
1398     println(WARN, message);
1399   }
1400
1401   public static void error(String message)
1402   {
1403     println(ERROR, message);
1404   }
1405 }