src/jalview/bin/Cache.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.bin;
  22
  23 import java.awt.Color;
  24 import java.io.BufferedReader;
  25 import java.io.File;
  26 import java.io.FileInputStream;
  27 import java.io.FileOutputStream;
  28 import java.io.InputStream;
  29 import java.io.InputStreamReader;
  30 import java.io.PrintWriter;
  31 import java.io.StringWriter;
  32 import java.net.Authenticator;
  33 import java.net.PasswordAuthentication;
  34 import java.net.URL;
  35 import java.text.DateFormat;
  36 import java.text.SimpleDateFormat;
  37 import java.util.Arrays;
  38 import java.util.Collections;
  39 import java.util.Date;
  40 import java.util.Enumeration;
  41 import java.util.Locale;
  42 import java.util.Properties;
  43 import java.util.StringTokenizer;
  44 import java.util.TreeSet;
  45 import java.util.regex.Pattern;
  46
  47 import javax.swing.LookAndFeel;
  48 import javax.swing.UIManager;
  49
  50 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  51 import jalview.gui.Preferences;
  52 import jalview.gui.UserDefinedColours;
  53 import jalview.log.JLoggerLog4j;
  54 import jalview.schemes.ColourSchemeLoader;
  55 import jalview.schemes.ColourSchemes;
  56 import jalview.schemes.UserColourScheme;
  57 import jalview.structure.StructureImportSettings;
  58 import jalview.urls.IdOrgSettings;
  59 import jalview.util.ChannelProperties;
  60 import jalview.util.ColorUtils;
  61 import jalview.util.MessageManager;
  62 import jalview.util.Platform;
  63 import jalview.ws.sifts.SiftsSettings;
  64
  65 /**
  66  * Stores and retrieves Jalview Application Properties Lists and fields within
  67  * list entries are separated by '|' symbols unless otherwise stated (|) clauses
  68  * are alternative values for a tag. <br>
  69  * <br>
  70  * Current properties include:
  71  * <ul>
  72  * <br>
  73  * logs.Axis.Level - one of the stringified Levels for log4j controlling the
  74  * logging level for axis (used for web services) <br>
  75  * </li>
  76  * <li>logs.Castor.Level - one of the stringified Levels for log4j controlling
  77  * the logging level for castor (used for serialization) <br>
  78  * </li>
  79  * <li>logs.Jalview.Level - Cache.log stringified level. <br>
  80  * </li>
  81  * <li>SCREEN_WIDTH</li>
  82  * <li>SCREEN_HEIGHT</li>
  83  * <li>SCREEN_Y=285</li>
  84  * <li>SCREEN_X=371</li>
  85  * <li>SHOW_FULLSCREEN boolean</li>
  86  * <li>FONT_NAME java font name for alignment text display</li>
  87  * <li>FONT_SIZE size of displayed alignment text</li>
  88  * <li>FONT_STYLE style of font displayed (sequence labels are always
  89  * italic)</li>
  90  * <li>GAP_SYMBOL character to treat as gap symbol (usually -,.,' ')</li>
  91  * <li>LAST_DIRECTORY last directory for browsing alignment</li>
  92  * <li>USER_DEFINED_COLOURS list of user defined colour scheme files</li>
  93  * <li>SHOW_FULL_ID show id with '/start-end' numbers appended</li>
  94  * <li>SHOW_IDENTITY show percentage identity annotation</li>
  95  * <li>SHOW_QUALITY show alignment quality annotation</li>
  96  * <li>SHOW_ANNOTATIONS show alignment annotation rows</li>
  97  * <li>SHOW_CONSERVATION show alignment conservation annotation</li>
  98  * <li>SORT_ANNOTATIONS currently either SEQUENCE_AND_LABEL or
  99  * LABEL_AND_SEQUENCE</li>
 100  * <li>SHOW_AUTOCALC_ABOVE true to show autocalculated annotations above
 101  * sequence annotations</li>
 102  * <li>CENTRE_COLUMN_LABELS centre the labels at each column in a displayed
 103  * annotation row</li>
 104  * <li>DEFAULT_COLOUR default colour scheme to apply for a new alignment</li>
 105  * <li>DEFAULT_FILE_FORMAT file format used to save</li>
 106  * <li>STARTUP_FILE file loaded on startup (may be a fully qualified url)</li>
 107  * <li>SHOW_STARTUP_FILE flag to control loading of startup file</li>
 108  * <li>VERSION the version of the jalview build</li>
 109  * <li>BUILD_DATE date of this build</li>
 110  * <li>LATEST_VERSION the latest jalview version advertised on the
 111  * www.jalview.org</li>
 112  * <li>PIR_MODELLER boolean indicating if PIR files are written with MODELLER
 113  * descriptions</li>
 114  * <li>(FASTA,MSF,PILEUP,CLUSTAL,BLC,PIR,PFAM)_JVSUFFIX boolean for adding jv
 115  * suffix to file</li>
 116  * <li>RECENT_URL list of recently retrieved URLs</li>
 117  * <li>RECENT_FILE list of recently opened files</li>
 118  * <li>USE_PROXY flag for whether a http proxy is to be used</li>
 119  * <li>PROXY_SERVER the proxy</li>
 120  * <li>PROXY_PORT</li>
 121  * <li>NOQUESTIONNAIRES true to prevent jalview from checking the questionnaire
 122  * service</li>
 123  * <li>QUESTIONNAIRE last questionnaire:responder id string from questionnaire
 124  * service</li>
 125  * <li>USAGESTATS (false - user prompted) Enable google analytics tracker for
 126  * collecting usage statistics</li>
 127  * <li>SHOW_OVERVIEW boolean for overview window display</li>
 128  * <li>ANTI_ALIAS boolean for smooth fonts</li>
 129  * <li>RIGHT_ALIGN_IDS boolean</li>
 130  * <li>AUTO_CALC_CONSENSUS boolean for automatic recalculation of consensus</li>
 131  * <li>PAD_GAPS boolean</li>
 132  * <li>ID_ITALICS boolean</li>
 133  * <li>SHOW_JV_SUFFIX</li>
 134  * <li>WRAP_ALIGNMENT</li>
 135  * <li>EPS_RENDERING (Prompt each time|Lineart|Text) default for EPS rendering
 136  * style check</li>
 137  * <li>SORT_ALIGNMENT (No sort|Id|Pairwise Identity)</li>
 138  * <li>SEQUENCE_LINKS list of name|URL pairs for opening a url with
 139  * $SEQUENCE_ID$</li>
 140  * <li>STORED_LINKS list of name|url pairs which user has entered but are not
 141  * currently used
 142  * <li>DEFAULT_LINK name of single url to be used when user double clicks a
 143  * sequence id (must be in SEQUENCE_LINKS or STORED_LINKS)
 144  * <li>GROUP_LINKS list of name|URL[|&lt;separator&gt;] tuples - see
 145  * jalview.utils.GroupURLLink for more info</li>
 146  * <li>DEFAULT_BROWSER for unix</li>
 147  * <li>SHOW_MEMUSAGE boolean show memory usage and warning indicator on desktop
 148  * (false)</li>
 149  * <li>VERSION_CHECK (true) check for the latest release version from
 150  * www.jalview.org (or the alias given by the www.jalview.org property)</li>
 151  * <li>SHOW_NPFEATS_TOOLTIP (true) show non-positional features in the Sequence
 152  * ID tooltip</li>
 153  * <li>SHOW_DBREFS_TOOLTIP (true) show Database Cross References in the Sequence
 154  * ID tooltip</li>
 155  * <li>SHOW_UNCONSERVED (false) only render unconserved residues - conserved
 156  * displayed as '.'</li>
 157  * <li>SORT_BY_TREE (false) sort the current alignment view according to the
 158  * order of a newly displayed tree</li>
 159  * <li>DBFETCH_USEPICR (false) use PICR to recover valid DB references from
 160  * sequence ID strings before attempting retrieval from any datasource</li>
 161  * <li>SHOW_GROUP_CONSENSUS (false) Show consensus annotation for groups in the
 162  * alignment.</li>
 163  * <li>SHOW_GROUP_CONSERVATION (false) Show conservation annotation for groups
 164  * in the alignment.</li>
 165  * <li>SHOW_CONSENSUS_HISTOGRAM (false) Show consensus annotation row's
 166  * histogram.</li>
 167  * <li>SHOW_CONSENSUS_LOGO (false) Show consensus annotation row's sequence
 168  * logo.</li>
 169  * <li>NORMALISE_CONSENSUS_LOGO (false) Show consensus annotation row's sequence
 170  * logo normalised to row height rather than histogram height.</li>
 171  * <li>FOLLOW_SELECTIONS (true) Controls whether a new alignment view should
 172  * respond to selections made in other alignments containing the same sequences.
 173  * </li>
 174  * <li>SHOW_JWS2_SERVICES (true) when set to false, jalview will not
 175  * auto-discover JABAWS services</li>
 176  * <li>JWS2HOSTURLS comma-separated list of URLs to try for JABAWS services</li>
 177  * <li>SHOW_WSDISCOVERY_ERRORS (true) Controls if the web service URL discovery
 178  * warning dialog box is displayed.</li>
 179  * <li>ANNOTATIONCOLOUR_MIN (orange) Shade used for minimum value of annotation
 180  * when shading by annotation</li>
 181  * <li>ANNOTATIONCOLOUR_MAX (red) Shade used for maximum value of annotation
 182  * when shading by annotation</li>
 183  * <li>www.jalview.org (https://www.jalview.org) a property enabling all HTTP
 184  * requests to be redirected to a mirror of https://www.jalview.org</li>
 185  * <li>FIGURE_AUTOIDWIDTH (false) Expand the left hand column of an exported
 186  * alignment figure to accommodate even the longest sequence ID or annotation
 187  * label.</li>
 188  * <li>FIGURE_FIXEDIDWIDTH Specifies the width to use for the left-hand column
 189  * when exporting an alignment as a figure (setting FIGURE_AUTOIDWIDTH to true
 190  * will override this).</li>
 191  * <li>STRUCT_FROM_PDB (false) derive secondary structure annotation from PDB
 192  * record</li>
 193  * <li>USE_RNAVIEW (false) use RNAViewer to derive secondary structure</li>
 194  * <li>ADD_SS_ANN (false) add secondary structure annotation to alignment
 195  * display</li>
 196  * <li>ADD_TEMPFACT_ANN (false) add Temperature Factor annotation to alignment
 197  * display</li>
 198  * <li>STRUCTURE_DISPLAY choose from JMOL (default) or CHIMERA for 3D structure
 199  * display</li>
 200  * <li>CHIMERA_PATH specify full path to Chimera program (if non-standard)</li>
 201  * <li>ID_ORG_HOSTURL location of jalview service providing identifiers.org urls
 202  * </li>
 203  * <li>NONEWS - when set disables Jalview News from automatically appearing</li>
 204  * <li>NOHTMLTEMPLATES - when set, the
 205  * https://github.com/jalview/exporter-templates/tree/master/biojs repository is
 206  * not downloaded automatically</li>
 207  * <li>NOIDENTIFIERSSERVICE - when set, jalview won't automatically download
 208  * available URL linkouts via www.jalview.org/services/identifiers</li>
 209  * <li>
 210  * </ul>
 211  * Deprecated settings:
 212  * <ul>
 213  * *
 214  * <li>DISCOVERY_START - Boolean - controls if discovery services are queried on
 215  * startup (JWS1 services only)</li>
 216  * <li>DISCOVERY_URLS - comma separated list of Discovery Service endpoints.
 217  * (JWS1 services only)</li>
 218  * <li>SHOW_JWS1_SERVICES (true) enable or disable the original Jalview 2
 219  * services in the desktop GUI</li>
 220  * <li>ENABLE_RSBS_EDITOR (false for 2.7 release) enable or disable RSBS editing
 221  * panel in web service preferences</li>
 222  * </ul>
 223  *
 224  * @author $author$
 225  * @version $Revision$
 226  */
 227 public class Cache
 228 {
 229   /**
 230    * property giving log4j level for CASTOR loggers
 231    */
 232   public static final String CASTORLOGLEVEL = "logs.Castor.level";
 233
 234   /**
 235    * property giving log4j level for AXIS loggers
 236    */
 237   public static final String AXISLOGLEVEL = "logs.Axis.level";
 238
 239   /**
 240    * property giving log4j level for Jalview Log
 241    */
 242   public static final String JALVIEWLOGLEVEL = "logs.Jalview.level";
 243
 244   /**
 245    * Sifts settings
 246    */
 247   public static final String DEFAULT_SIFTS_DOWNLOAD_DIR = System
 248           .getProperty("user.home") + File.separatorChar
 249           + ".sifts_downloads" + File.separatorChar;
 250
 251   private final static String DEFAULT_CACHE_THRESHOLD_IN_DAYS = "2";
 252
 253   private final static String DEFAULT_FAIL_SAFE_PID_THRESHOLD = "30";
 254
 255   /**
 256    * Identifiers.org download settings
 257    */
 258   private static final String ID_ORG_FILE = System.getProperty("user.home")
 259           + File.separatorChar + ".identifiers.org.ids.json";
 260
 261   /**
 262    * Allowed values are PDB or mmCIF
 263    */
 264   private final static String PDB_DOWNLOAD_FORMAT = PDBEntry.Type.MMCIF
 265           .toString();
 266
 267   private final static String DEFAULT_PDB_FILE_PARSER = StructureImportSettings.StructureParser.JMOL_PARSER
 268           .toString();
 269
 270   /*
 271    * a date formatter using a fixed (rather than the user's) locale;
 272    * this ensures that date properties can be written and re-read successfully
 273    * even if the user changes their locale setting
 274    */
 275   private static final DateFormat date_format = SimpleDateFormat
 276           .getDateTimeInstance(SimpleDateFormat.MEDIUM,
 277                   SimpleDateFormat.MEDIUM, Locale.UK);
 278
 279   /**
 280    * Initialises the Jalview Application Log
 281    */
 282
 283   public final static String JALVIEW_LOGGER_NAME = "JalviewLogger";
 284
 285   // save the proxy properties set at startup
 286   public final static String[] startupProxyProperties = {
 287       System.getProperty("http.proxyHost"),
 288       System.getProperty("http.proxyPort"),
 289       System.getProperty("https.proxyHost"),
 290       System.getProperty("https.proxyPort"),
 291       System.getProperty("http.proxyUser"),
 292       System.getProperty("http.proxyPassword"),
 293       System.getProperty("https.proxyUser"),
 294       System.getProperty("https.proxyPassword"),
 295       System.getProperty("http.nonProxyHosts") };
 296
 297   public final static String PROXYTYPE_NONE = "none";
 298
 299   // "false" and "true" for backward compatibility
 300   public final static String PROXYTYPE_SYSTEM = "false";
 301
 302   public final static String PROXYTYPE_CUSTOM = "true";
 303
 304   // in-memory only storage of proxy password, safer to use char array
 305   public static char[] proxyAuthPassword = null;
 306
 307   /** Jalview Properties */
 308   public static Properties applicationProperties = new Properties()
 309   {
 310     // override results in properties output in alphabetical order
 311     @Override
 312     public synchronized Enumeration<Object> keys()
 313     {
 314       return Collections.enumeration(new TreeSet<>(super.keySet()));
 315     }
 316   };
 317
 318   /* build Properties (not all saved to .jalview_properties) */
 319   public static Properties buildProperties = new Properties();
 320
 321   /** Default file is ~/.jalview_properties */
 322   static String propertiesFile;
 323
 324   private static boolean propsAreReadOnly = Platform.isJS();
 325
 326   private final static String JS_PROPERTY_PREFIX = "jalview_";
 327
 328   /**
 329    * Loads properties from the given properties file. Any existing properties
 330    * are first cleared.
 331    */
 332   public static void loadProperties(String propsFile)
 333   {
 334     propertiesFile = propsFile;
 335     String releasePropertiesFile = null;
 336     boolean defaultProperties = false;
 337     if (propsFile == null && !propsAreReadOnly)
 338     {
 339       String channelPrefsFilename = ChannelProperties
 340               .getProperty("preferences.filename");
 341       String releasePrefsFilename = ".jalview_properties";
 342       propertiesFile = System.getProperty("user.home") + File.separatorChar
 343               + channelPrefsFilename;
 344       releasePropertiesFile = System.getProperty("user.home")
 345               + File.separatorChar + releasePrefsFilename;
 346       defaultProperties = true;
 347     }
 348     else
 349     {
 350       // don't corrupt the file we've been given.
 351       propsAreReadOnly = true;
 352     }
 353
 354     if (propertiesFile == null)
 355     { // BH 2019
 356       Platform.readInfoProperties(JS_PROPERTY_PREFIX,
 357               applicationProperties);
 358     }
 359     else
 360     {
 361       try
 362       {
 363         InputStream fis;
 364         try
 365         {
 366           // props file provided as URL
 367           fis = new URL(propertiesFile).openStream();
 368           System.out.println(
 369                   "Loading jalview properties from : " + propertiesFile);
 370           System.out.println(
 371                   "Disabling Jalview writing to user's local properties file.");
 372           propsAreReadOnly = true;
 373         } catch (Exception ex)
 374         {
 375           fis = null;
 376         }
 377         if (fis == null)
 378         {
 379           String readPropertiesFile = propertiesFile;
 380           // if we're using the usual properties file and the channel properties
 381           // file doesn't exist, read .jalview_properties
 382           // (but we'll still save to the channel properties file).
 383           if (defaultProperties && (!new File(propertiesFile).exists())
 384                   && (new File(releasePropertiesFile).exists()))
 385           {
 386             readPropertiesFile = releasePropertiesFile;
 387           }
 388           fis = new FileInputStream(readPropertiesFile);
 389         }
 390         applicationProperties.clear();
 391         applicationProperties.load(fis);
 392
 393         // remove any old build properties
 394
 395         deleteBuildProperties();
 396         fis.close();
 397       } catch (Exception ex)
 398       {
 399         System.out.println("Error reading properties file: " + ex);
 400       }
 401     }
 402
 403     /* TO BE REPLACED WITH PROXY_TYPE SETTINGS
 404     if (getDefault("USE_PROXY", false))
 405     {
 406       String proxyServer = getDefault("PROXY_SERVER", ""),
 407               proxyPort = getDefault("PROXY_PORT", "8080");
 408     }
 409     */
 410
 411     // PROXY TYPE settings (now three options "none", "false", "true", but using
 412     // backward compatible strings)
 413     String proxyType = getDefault("USE_PROXY", PROXYTYPE_SYSTEM);
 414     // default to upgrading old settings
 415     switch (proxyType)
 416     {
 417     case PROXYTYPE_NONE:
 418       clearProxyProperties();
 419       break;
 420     case PROXYTYPE_SYSTEM: // use system settings
 421       resetProxyProperties();
 422       break;
 423     case PROXYTYPE_CUSTOM: // use specified proxy settings
 424       String httpHost = getDefault("PROXY_SERVER", "");
 425       String httpPort = getDefault("PROXY_PORT", "8080");
 426       String httpsHost = getDefault("PROXY_SERVER_HTTPS", httpHost);
 427       String httpsPort = getDefault("PROXY_PORT_HTTPS", httpPort);
 428       String httpUser = getDefault("PROXY_AUTH_USER", null);
 429       // https.proxyUser and https.proxyPassword are not able to be
 430       // independently set in Preferences yet (or http.nonProxyHosts)
 431       String httpsUser = getDefault("PROXY_AUTH_USER_HTTPS", httpUser);
 432       setProxyProperties(httpHost, httpPort, httpsHost, httpsPort, httpUser,
 433               proxyAuthPassword, httpsUser, proxyAuthPassword, "localhost");
 434       break;
 435     default:
 436       String message = "Incorrect PROXY_TYPE - should be 'none' (clear proxy properties), 'false' (system settings), 'true' (custom settings): "
 437               + proxyType;
 438       Console.warn(message);
 439     }
 440
 441     // LOAD THE AUTHORS FROM THE authors.props file
 442     String authorDetails = resolveResourceURLFor("/authors.props");
 443
 444     try
 445     {
 446       if (authorDetails != null)
 447       {
 448         URL localJarFileURL = new URL(authorDetails);
 449         InputStream in = localJarFileURL.openStream();
 450         applicationProperties.load(in);
 451         in.close();
 452       }
 453     } catch (Exception ex)
 454     {
 455       System.out.println("Error reading author details: " + ex);
 456       authorDetails = null;
 457     }
 458     if (authorDetails == null)
 459     {
 460       applicationProperties.remove("AUTHORS");
 461       applicationProperties.remove("AUTHORFNAMES");
 462       applicationProperties.remove("YEAR");
 463     }
 464
 465     loadBuildProperties(false);
 466
 467     SiftsSettings
 468             .setMapWithSifts(Cache.getDefault("MAP_WITH_SIFTS", false));
 469
 470     SiftsSettings.setSiftDownloadDirectory(Cache
 471             .getDefault("sifts_download_dir", DEFAULT_SIFTS_DOWNLOAD_DIR));
 472
 473     SiftsSettings.setFailSafePIDThreshold(
 474             Cache.getDefault("sifts_fail_safe_pid_threshold",
 475                     DEFAULT_FAIL_SAFE_PID_THRESHOLD));
 476
 477     SiftsSettings.setCacheThresholdInDays(
 478             Cache.getDefault("sifts_cache_threshold_in_days",
 479                     DEFAULT_CACHE_THRESHOLD_IN_DAYS));
 480
 481     IdOrgSettings.setUrl(getDefault("ID_ORG_HOSTURL",
 482             "https://www.jalview.org/services/identifiers"));
 483     IdOrgSettings.setDownloadLocation(ID_ORG_FILE);
 484
 485     StructureImportSettings.setDefaultStructureFileFormat(
 486             Cache.getDefault("PDB_DOWNLOAD_FORMAT", PDB_DOWNLOAD_FORMAT));
 487     StructureImportSettings
 488             .setDefaultPDBFileParser(DEFAULT_PDB_FILE_PARSER);
 489     // StructureImportSettings
 490     // .setDefaultPDBFileParser(Cache.getDefault(
 491     // "DEFAULT_PDB_FILE_PARSER", DEFAULT_PDB_FILE_PARSER));
 492
 493     String jnlpVersion = System.getProperty("jalview.version");
 494
 495     // jnlpVersion will be null if a latest version check for the channel needs
 496     // to be done
 497     // Dont do this check if running in headless mode
 498
 499     if (jnlpVersion == null && getDefault("VERSION_CHECK", true)
 500             && (System.getProperty("java.awt.headless") == null || System
 501                     .getProperty("java.awt.headless").equals("false")))
 502     {
 503
 504       class VersionChecker extends Thread
 505       {
 506
 507         @Override
 508         public void run()
 509         {
 510           String remoteBuildPropertiesUrl = Cache
 511                   .getAppbaseBuildProperties();
 512
 513           String orgtimeout = System
 514                   .getProperty("sun.net.client.defaultConnectTimeout");
 515           if (orgtimeout == null)
 516           {
 517             orgtimeout = "30";
 518             System.out.println("# INFO: Setting default net timeout to "
 519                     + orgtimeout + " seconds.");
 520           }
 521           String remoteVersion = null;
 522           try
 523           {
 524             System.setProperty("sun.net.client.defaultConnectTimeout",
 525                     "5000");
 526             java.net.URL url = new java.net.URL(remoteBuildPropertiesUrl);
 527
 528             BufferedReader in = new BufferedReader(
 529                     new InputStreamReader(url.openStream()));
 530
 531             Properties remoteBuildProperties = new Properties();
 532             remoteBuildProperties.load(in);
 533             remoteVersion = remoteBuildProperties.getProperty("VERSION");
 534           } catch (Exception ex)
 535           {
 536             System.out
 537                     .println("Non-fatal exception when checking version at "
 538                             + remoteBuildPropertiesUrl + ":");
 539             System.out.println(ex);
 540             remoteVersion = getProperty("VERSION");
 541           }
 542           System.setProperty("sun.net.client.defaultConnectTimeout",
 543                   orgtimeout);
 544
 545           setProperty("LATEST_VERSION", remoteVersion);
 546         }
 547       }
 548
 549       VersionChecker vc = new VersionChecker();
 550       vc.start();
 551     }
 552     else
 553     {
 554       if (jnlpVersion != null)
 555       {
 556         setProperty("LATEST_VERSION", jnlpVersion);
 557       }
 558       else
 559       {
 560         applicationProperties.remove("LATEST_VERSION");
 561       }
 562     }
 563
 564     // LOAD USERDEFINED COLOURS
 565     Cache.initUserColourSchemes(getProperty("USER_DEFINED_COLOURS"));
 566     jalview.io.PIRFile.useModellerOutput = Cache.getDefault("PIR_MODELLER",
 567             false);
 568   }
 569
 570   /**
 571    * construct a resource URL for the given absolute resource pathname
 572    *
 573    * @param resourcePath
 574    * @return
 575    */
 576   private static String resolveResourceURLFor(String resourcePath)
 577   {
 578     String url = null;
 579     if (Platform.isJS() || !Cache.class.getProtectionDomain()
 580             .getCodeSource().getLocation().toString().endsWith(".jar"))
 581     {
 582       try
 583       {
 584         url = Cache.class.getResource(resourcePath).toString();
 585       } catch (Exception ex)
 586       {
 587         System.err.println("Failed to resolve resource " + resourcePath
 588                 + ": " + ex.getMessage());
 589       }
 590     }
 591     else
 592     {
 593       url = "jar:".concat(Cache.class.getProtectionDomain().getCodeSource()
 594               .getLocation().toString().concat("!" + resourcePath));
 595     }
 596     return url;
 597   }
 598
 599   public static void loadBuildProperties(boolean reportVersion)
 600   {
 601     String codeInstallation = getProperty("INSTALLATION");
 602     boolean printVersion = codeInstallation == null;
 603
 604     /*
 605      * read build properties - from the Jalview jar for a Java distribution,
 606      * or from codebase file in test or JalviewJS context
 607      */
 608     try
 609     {
 610       String buildDetails = resolveResourceURLFor("/.build_properties");
 611       URL localJarFileURL = new URL(buildDetails);
 612       InputStream in = localJarFileURL.openStream();
 613       buildProperties.load(in);
 614       in.close();
 615       if (buildProperties.getProperty("BUILD_DATE", null) != null)
 616       {
 617         applicationProperties.put("BUILD_DATE",
 618                 buildProperties.getProperty("BUILD_DATE"));
 619       }
 620       if (buildProperties.getProperty("INSTALLATION", null) != null)
 621       {
 622         applicationProperties.put("INSTALLATION",
 623                 buildProperties.getProperty("INSTALLATION"));
 624       }
 625       if (buildProperties.getProperty("VERSION", null) != null)
 626       {
 627         applicationProperties.put("VERSION",
 628                 buildProperties.getProperty("VERSION"));
 629       }
 630     } catch (Exception ex)
 631     {
 632       System.out.println("Error reading build details: " + ex);
 633       applicationProperties.remove("VERSION");
 634     }
 635     String codeVersion = getProperty("VERSION");
 636     codeInstallation = getProperty("INSTALLATION");
 637
 638     if (codeVersion == null)
 639     {
 640       // THIS SHOULD ONLY BE THE CASE WHEN TESTING!!
 641       codeVersion = "Test";
 642       codeInstallation = "";
 643     }
 644     else
 645     {
 646       codeInstallation = " (" + codeInstallation + ")";
 647     }
 648     setProperty("VERSION", codeVersion);
 649     new BuildDetails(codeVersion, null, codeInstallation);
 650     if (printVersion && reportVersion)
 651     {
 652       System.out.println(ChannelProperties.getProperty("app_name")
 653               + " Version: " + codeVersion + codeInstallation);
 654     }
 655   }
 656
 657   private static void deleteBuildProperties()
 658   {
 659     applicationProperties.remove("LATEST_VERSION");
 660     applicationProperties.remove("VERSION");
 661     applicationProperties.remove("AUTHORS");
 662     applicationProperties.remove("AUTHORFNAMES");
 663     applicationProperties.remove("YEAR");
 664     applicationProperties.remove("BUILD_DATE");
 665     applicationProperties.remove("INSTALLATION");
 666   }
 667
 668   /**
 669    * Gets Jalview application property of given key. Returns null if key not
 670    * found
 671    *
 672    * @param key
 673    *          Name of property
 674    *
 675    * @return Property value
 676    */
 677   public static String getProperty(String key)
 678   {
 679     String prop = applicationProperties.getProperty(key);
 680     if (prop == null && Platform.isJS())
 681     {
 682       prop = applicationProperties.getProperty(Platform.getUniqueAppletID()
 683               + "_" + JS_PROPERTY_PREFIX + key);
 684     }
 685     return prop;
 686   }
 687
 688   /**
 689    * These methods are used when checking if the saved preference is different
 690    * to the default setting
 691    */
 692
 693   public static boolean getDefault(String property, boolean def)
 694   {
 695     String string = getProperty(property);
 696     if (string != null)
 697     {
 698       def = Boolean.valueOf(string).booleanValue();
 699     }
 700
 701     return def;
 702   }
 703
 704   public static int getDefault(String property, int def)
 705   {
 706     String string = getProperty(property);
 707     if (string != null)
 708     {
 709       try
 710       {
 711         def = Integer.parseInt(string);
 712       } catch (NumberFormatException e)
 713       {
 714         System.out.println("Error parsing int property '" + property
 715                 + "' with value '" + string + "'");
 716       }
 717     }
 718
 719     return def;
 720   }
 721
 722   /**
 723    * Answers the value of the given property, or the supplied default value if
 724    * the property is not set
 725    */
 726   public static String getDefault(String property, String def)
 727   {
 728     String value = getProperty(property);
 729     return value == null ? def : value;
 730   }
 731
 732   /**
 733    * Stores property in the file "HOME_DIR/.jalview_properties"
 734    *
 735    * @param key
 736    *          Name of object
 737    * @param obj
 738    *          String value of property
 739    *
 740    * @return previous value of property (or null)
 741    */
 742   public static Object setProperty(String key, String obj)
 743   {
 744     Object oldValue = null;
 745     try
 746     {
 747       oldValue = applicationProperties.setProperty(key, obj);
 748       if (propertiesFile != null && !propsAreReadOnly)
 749       {
 750         FileOutputStream out = new FileOutputStream(propertiesFile);
 751         applicationProperties.store(out, "---JalviewX Properties File---");
 752         out.close();
 753       }
 754     } catch (Exception ex)
 755     {
 756       System.out.println(
 757               "Error setting property: " + key + " " + obj + "\n" + ex);
 758     }
 759     return oldValue;
 760   }
 761
 762   /**
 763    * remove the specified property from the jalview properties file
 764    *
 765    * @param string
 766    */
 767   public static void removeProperty(String string)
 768   {
 769     applicationProperties.remove(string);
 770     saveProperties();
 771   }
 772
 773   /**
 774    * save the properties to the jalview properties path
 775    */
 776   public static void saveProperties()
 777   {
 778     if (!propsAreReadOnly)
 779     {
 780       try
 781       {
 782         FileOutputStream out = new FileOutputStream(propertiesFile);
 783         applicationProperties.store(out, "---JalviewX Properties File---");
 784         out.close();
 785       } catch (Exception ex)
 786       {
 787         System.out.println("Error saving properties: " + ex);
 788       }
 789     }
 790   }
 791
 792   /**
 793    * internal vamsas class discovery state
 794    */
 795   private static int vamsasJarsArePresent = -1;
 796
 797   /**
 798    * Searches for vamsas client classes on class path.
 799    *
 800    * @return true if vamsas client is present on classpath
 801    */
 802   public static boolean vamsasJarsPresent()
 803   {
 804     if (vamsasJarsArePresent == -1)
 805     {
 806       try
 807       {
 808         if (jalview.jbgui.GDesktop.class.getClassLoader()
 809                 .loadClass("uk.ac.vamsas.client.VorbaId") != null)
 810         {
 811           Console.debug(
 812                   "Found Vamsas Classes (uk.ac..vamsas.client.VorbaId can be loaded)");
 813           vamsasJarsArePresent = 1;
 814           JLoggerLog4j lvclient = JLoggerLog4j.getLogger("uk.ac.vamsas",
 815                   Console.getCachedLogLevel("logs.Vamsas.Level"));
 816           JLoggerLog4j.addAppender(lvclient, Console.log,
 817                   JALVIEW_LOGGER_NAME);
 818           // Tell the user that debug is enabled
 819           lvclient.debug(ChannelProperties.getProperty("app_name")
 820                   + " Vamsas Client Debugging Output Follows.");
 821         }
 822       } catch (Exception e)
 823       {
 824         vamsasJarsArePresent = 0;
 825         Console.debug("Vamsas Classes are not present");
 826       }
 827     }
 828     return (vamsasJarsArePresent > 0);
 829   }
 830
 831   /**
 832    * internal vamsas class discovery state
 833    */
 834   private static int groovyJarsArePresent = -1;
 835
 836   /**
 837    * Searches for vamsas client classes on class path.
 838    *
 839    * @return true if vamsas client is present on classpath
 840    */
 841   public static boolean groovyJarsPresent()
 842   {
 843     if (groovyJarsArePresent == -1)
 844     {
 845       try
 846       {
 847         if (Cache.class.getClassLoader()
 848                 .loadClass("groovy.lang.GroovyObject") != null)
 849         {
 850           Console.debug(
 851                   "Found Groovy (groovy.lang.GroovyObject can be loaded)");
 852           groovyJarsArePresent = 1;
 853           JLoggerLog4j lgclient = JLoggerLog4j.getLogger("groovy",
 854                   Console.getCachedLogLevel("logs.Groovy.Level"));
 855           JLoggerLog4j.addAppender(lgclient, Console.log,
 856                   JALVIEW_LOGGER_NAME);
 857           // Tell the user that debug is enabled
 858           lgclient.debug(ChannelProperties.getProperty("app_name")
 859                   + " Groovy Client Debugging Output Follows.");
 860         }
 861       } catch (Error e)
 862       {
 863         groovyJarsArePresent = 0;
 864         Console.debug("Groovy Classes are not present", e);
 865       } catch (Exception e)
 866       {
 867         groovyJarsArePresent = 0;
 868         Console.debug("Groovy Classes are not present");
 869       }
 870     }
 871     return (groovyJarsArePresent > 0);
 872   }
 873
 874   /**
 875    * GA tracker object - actually JGoogleAnalyticsTracker null if tracking not
 876    * enabled.
 877    */
 878   protected static Object tracker = null;
 879
 880   protected static Class trackerfocus = null;
 881
 882   protected static Class jgoogleanalyticstracker = null;
 883
 884   /**
 885    * Initialise the google tracker if it is not done already.
 886    */
 887   public static void initGoogleTracker()
 888   {
 889     if (tracker == null)
 890     {
 891       if (jgoogleanalyticstracker == null)
 892       {
 893         // try to get the tracker class
 894         try
 895         {
 896           jgoogleanalyticstracker = Cache.class.getClassLoader().loadClass(
 897                   "com.boxysystems.jgoogleanalytics.JGoogleAnalyticsTracker");
 898           trackerfocus = Cache.class.getClassLoader()
 899                   .loadClass("com.boxysystems.jgoogleanalytics.FocusPoint");
 900         } catch (Exception e)
 901         {
 902           Console.debug(
 903                   "com.boxysystems.jgoogleanalytics package is not present - tracking not enabled.");
 904           tracker = null;
 905           jgoogleanalyticstracker = null;
 906           trackerfocus = null;
 907           return;
 908         }
 909       }
 910       // now initialise tracker
 911       Exception re = null, ex = null;
 912       Error err = null;
 913       String vrs = "No Version Accessible";
 914       try
 915       {
 916         // Google analytics tracking code for Library Finder
 917         tracker = jgoogleanalyticstracker
 918                 .getConstructor(new Class[]
 919                 { String.class, String.class, String.class })
 920                 .newInstance(new Object[]
 921                 { ChannelProperties.getProperty("app_name") + " Desktop",
 922                     (vrs = Cache.getProperty("VERSION") + "_"
 923                             + Cache.getDefault("BUILD_DATE", "unknown")),
 924                     "UA-9060947-1" });
 925         jgoogleanalyticstracker
 926                 .getMethod("trackAsynchronously", new Class[]
 927                 { trackerfocus })
 928                 .invoke(tracker, new Object[]
 929                 { trackerfocus.getConstructor(new Class[] { String.class })
 930                         .newInstance(new Object[]
 931                         { "Application Started." }) });
 932       } catch (RuntimeException e)
 933       {
 934         re = e;
 935       } catch (Exception e)
 936       {
 937         ex = e;
 938       } catch (Error e)
 939       {
 940         err = e;
 941       }
 942       if (re != null || ex != null || err != null)
 943       {
 944         if (re != null)
 945         {
 946           Console.debug("Caught runtime exception in googletracker init:",
 947                   re);
 948         }
 949         if (ex != null)
 950         {
 951           Console.warn(
 952                   "Failed to initialise GoogleTracker for Jalview Desktop with version "
 953                           + vrs,
 954                   ex);
 955         }
 956         if (err != null)
 957         {
 958           Console.error(
 959                   "Whilst initing GoogleTracker for Jalview Desktop version "
 960                           + vrs,
 961                   err);
 962         }
 963       }
 964       else
 965       {
 966         Console.debug("Successfully initialised tracker.");
 967       }
 968     }
 969   }
 970
 971   /**
 972    * get the user's default colour if available
 973    *
 974    * @param property
 975    * @param defcolour
 976    * @return
 977    */
 978   public static Color getDefaultColour(String property, Color defcolour)
 979   {
 980     String colprop = getProperty(property);
 981     if (colprop == null)
 982     {
 983       return defcolour;
 984     }
 985     Color col = ColorUtils.parseColourString(colprop);
 986     if (col == null)
 987     {
 988       Console.warn("Couldn't parse '" + colprop + "' as a colour for "
 989               + property);
 990     }
 991     return (col == null) ? defcolour : col;
 992   }
 993
 994   /**
 995    * store a colour as a Jalview user default property
 996    *
 997    * @param property
 998    * @param colour
 999    */
1000   public static void setColourProperty(String property, Color colour)
1001   {
1002     setProperty(property, jalview.util.Format.getHexString(colour));
1003   }
1004
1005   /**
1006    * Stores a formatted date in a jalview property, using a fixed locale.
1007    *
1008    * @param propertyName
1009    * @param date
1010    * @return the formatted date string
1011    */
1012   public static String setDateProperty(String propertyName, Date date)
1013   {
1014     String formatted = date_format.format(date);
1015     setProperty(propertyName, formatted);
1016     return formatted;
1017   }
1018
1019   /**
1020    * Reads a date stored in a Jalview property, parses it (using a fixed locale
1021    * format) and returns as a Date, or null if parsing fails
1022    *
1023    * @param propertyName
1024    * @return
1025    *
1026    */
1027   public static Date getDateProperty(String propertyName)
1028   {
1029     String val = getProperty(propertyName);
1030     if (val != null)
1031     {
1032       try
1033       {
1034         return date_format.parse(val);
1035       } catch (Exception ex)
1036       {
1037         System.err.println("Invalid or corrupt date in property '"
1038                 + propertyName + "' : value was '" + val + "'");
1039       }
1040     }
1041     return null;
1042   }
1043
1044   /**
1045    * get and parse a property as an integer. send any parsing problems to
1046    * System.err
1047    *
1048    * @param property
1049    * @return null or Integer
1050    */
1051   public static Integer getIntegerProperty(String property)
1052   {
1053     String val = getProperty(property);
1054     if (val != null && (val = val.trim()).length() > 0)
1055     {
1056       try
1057       {
1058         return Integer.valueOf(val);
1059       } catch (NumberFormatException x)
1060       {
1061         System.err.println("Invalid integer in property '" + property
1062                 + "' (value was '" + val + "')");
1063       }
1064     }
1065     return null;
1066   }
1067
1068   /**
1069    * Set the specified value, or remove it if null or empty. Does not save the
1070    * properties file.
1071    *
1072    * @param propName
1073    * @param value
1074    */
1075   public static void setOrRemove(String propName, String value)
1076   {
1077     if (propName == null)
1078     {
1079       return;
1080     }
1081     if (value == null || value.trim().length() < 1)
1082     {
1083       Cache.applicationProperties.remove(propName);
1084     }
1085     else
1086     {
1087       Cache.applicationProperties.setProperty(propName, value);
1088     }
1089   }
1090
1091   /**
1092    * Loads in user colour schemes from files.
1093    *
1094    * @param files
1095    *          a '|'-delimited list of file paths
1096    */
1097   public static void initUserColourSchemes(String files)
1098   {
1099     if (files == null || files.length() == 0)
1100     {
1101       return;
1102     }
1103
1104     // In case colours can't be loaded, we'll remove them
1105     // from the default list here.
1106     StringBuffer coloursFound = new StringBuffer();
1107     StringTokenizer st = new StringTokenizer(files, "|");
1108     while (st.hasMoreElements())
1109     {
1110       String file = st.nextToken();
1111       try
1112       {
1113         UserColourScheme ucs = ColourSchemeLoader.loadColourScheme(file);
1114         if (ucs != null)
1115         {
1116           if (coloursFound.length() > 0)
1117           {
1118             coloursFound.append("|");
1119           }
1120           coloursFound.append(file);
1121           ColourSchemes.getInstance().registerColourScheme(ucs);
1122         }
1123       } catch (Exception ex)
1124       {
1125         System.out.println("Error loading User ColourFile\n" + ex);
1126       }
1127     }
1128     if (!files.equals(coloursFound.toString()))
1129     {
1130       if (coloursFound.toString().length() > 1)
1131       {
1132         setProperty(UserDefinedColours.USER_DEFINED_COLOURS,
1133                 coloursFound.toString());
1134       }
1135       else
1136       {
1137         applicationProperties
1138                 .remove(UserDefinedColours.USER_DEFINED_COLOURS);
1139       }
1140     }
1141   }
1142
1143   /**
1144    * Initial logging information helper for various versions output
1145    *
1146    * @param prefix
1147    * @param value
1148    * @param defaultValue
1149    */
1150   private static void appendIfNotNull(StringBuilder sb, String prefix,
1151           String value, String suffix, String defaultValue)
1152   {
1153     if (value == null && defaultValue == null)
1154     {
1155       return;
1156     }
1157     String line = prefix + (value != null ? value : defaultValue) + suffix;
1158     sb.append(line);
1159   }
1160
1161   /**
1162    *
1163    * @return Jalview version, build details and JVM platform version for console
1164    */
1165   public static String getVersionDetailsForConsole()
1166   {
1167     StringBuilder sb = new StringBuilder();
1168     sb.append(ChannelProperties.getProperty("app_name"))
1169             .append(" Version: ");
1170     sb.append(Cache.getDefault("VERSION", "TEST"));
1171     sb.append("\n");
1172     sb.append(ChannelProperties.getProperty("app_name"))
1173             .append(" Installation: ");
1174     sb.append(Cache.getDefault("INSTALLATION", "unknown"));
1175     sb.append("\n");
1176     sb.append("Build Date: ");
1177     sb.append(Cache.getDefault("BUILD_DATE", "unknown"));
1178     sb.append("\n");
1179     sb.append("Java version: ");
1180     sb.append(System.getProperty("java.version"));
1181     sb.append("\n");
1182     sb.append(System.getProperty("os.arch"));
1183     sb.append(" ");
1184     sb.append(System.getProperty("os.name"));
1185     sb.append(" ");
1186     sb.append(System.getProperty("os.version"));
1187     sb.append("\n");
1188     appendIfNotNull(sb, "Install4j version: ",
1189             System.getProperty("sys.install4jVersion"), "\n", null);
1190     appendIfNotNull(sb, "Install4j template version: ",
1191             System.getProperty("installer_template_version"), "\n", null);
1192     appendIfNotNull(sb, "Launcher version: ",
1193             System.getProperty("launcher_version"), "\n", null);
1194     LookAndFeel laf = UIManager.getLookAndFeel();
1195     String lafName = laf == null ? "Not obtained" : laf.getName();
1196     String lafClass = laf == null ? "unknown" : laf.getClass().getName();
1197     sb.append("LookAndFeel: ");
1198     sb.append(lafName);
1199     sb.append(" (");
1200     sb.append(lafClass);
1201     sb.append(")\n");
1202     // Not displayed in release version ( determined by possible version number
1203     // regex 9[9.]*9[.-_a9]* )
1204     if (Pattern.matches("^\\d[\\d\\.]*\\d[\\.\\-\\w]*$",
1205             Cache.getDefault("VERSION", "TEST")))
1206     {
1207       appendIfNotNull(sb, "Getdown appdir: ",
1208               System.getProperty("getdownappdir"), "\n", null);
1209       appendIfNotNull(sb, "Getdown appbase: ",
1210               System.getProperty("getdownappbase"), "\n", null);
1211       appendIfNotNull(sb, "Java home: ", System.getProperty("java.home"),
1212               "\n", "unknown");
1213     }
1214     return sb.toString();
1215   }
1216
1217   /**
1218    *
1219    * @return build details as reported in splashscreen
1220    */
1221   public static String getBuildDetailsForSplash()
1222   {
1223     // consider returning more human friendly info
1224     // eg 'built from Source' or update channel
1225     return Cache.getDefault("INSTALLATION", "unknown");
1226   }
1227
1228   public static String getStackTraceString(Throwable t)
1229   {
1230     StringWriter sw = new StringWriter();
1231     PrintWriter pw = new PrintWriter(sw);
1232     t.printStackTrace(pw);
1233     return sw.toString();
1234   }
1235
1236   // proxy properties methods
1237   public static void clearProxyProperties()
1238   {
1239     setProxyProperties(null, null, null, null, null, null, null, null,
1240             null);
1241   }
1242
1243   public static void resetProxyProperties()
1244   {
1245     setProxyProperties(startupProxyProperties[0], startupProxyProperties[1],
1246             startupProxyProperties[2], startupProxyProperties[3],
1247             startupProxyProperties[4],
1248             startupProxyProperties[5] == null ? null
1249                     : startupProxyProperties[5].toCharArray(),
1250             startupProxyProperties[6],
1251             startupProxyProperties[7] == null ? null
1252                     : startupProxyProperties[7].toCharArray(),
1253             startupProxyProperties[8]);
1254     StringBuilder sb = new StringBuilder();
1255     sb.append("Setting proxy properties to: http.proxyHost=")
1256             .append(startupProxyProperties[0]).append(", http.proxyPort=")
1257             .append(startupProxyProperties[1])
1258             .append(startupProxyProperties[4] != null
1259                     && !startupProxyProperties[4].isEmpty()
1260                             ? " [" + startupProxyProperties[4] + "]"
1261                             : "")
1262             .append(", https.proxyHost=").append(startupProxyProperties[2])
1263             .append(", https.proxyPort=").append(startupProxyProperties[3])
1264             .append(startupProxyProperties[6] != null
1265                     && !startupProxyProperties[6].isEmpty()
1266                             ? " [" + startupProxyProperties[6] + "]"
1267                             : "");
1268
1269     Console.debug(sb.toString());
1270   }
1271
1272   public static void setProxyPropertiesFromPreferences()
1273   {
1274     setProxyPropertiesFromPreferences(Cache.PROXYTYPE_SYSTEM);
1275   }
1276
1277   public static void setProxyPropertiesFromPreferences(
1278           String previousProxyType)
1279   {
1280     String proxyType = Cache.getDefault("USE_PROXY",
1281             Cache.PROXYTYPE_SYSTEM);
1282     if (previousProxyType != null
1283             && !proxyType.equals(Cache.PROXYTYPE_CUSTOM) // always apply
1284                                                          // customProxy
1285             && proxyType.equals(previousProxyType))
1286     {
1287       // no change
1288       return;
1289     }
1290     switch (proxyType)
1291     {
1292     case Cache.PROXYTYPE_NONE:
1293       if (!previousProxyType.equals(proxyType))
1294       {
1295         Console.info("Setting no proxy settings");
1296         Cache.setProxyProperties(null, null, null, null, null, null, null,
1297                 null, null);
1298       }
1299       break;
1300     case Cache.PROXYTYPE_CUSTOM:
1301       // always re-set a custom proxy -- it might have changed, particularly
1302       // password
1303       Console.info("Setting custom proxy settings");
1304       boolean proxyAuthSet = Cache.getDefault("PROXY_AUTH", false);
1305       Cache.setProxyProperties(Cache.getDefault("PROXY_SERVER", null),
1306               Cache.getDefault("PROXY_PORT", null),
1307               Cache.getDefault("PROXY_SERVER_HTTPS", null),
1308               Cache.getDefault("PROXY_PORT_HTTPS", null),
1309               proxyAuthSet ? Cache.getDefault("PROXY_AUTH_USERNAME", "")
1310                       : null,
1311               proxyAuthSet ? Cache.proxyAuthPassword : null,
1312               proxyAuthSet ? Cache.getDefault("PROXY_AUTH_USERNAME", "")
1313                       : null,
1314               proxyAuthSet ? Cache.proxyAuthPassword : null, "localhost");
1315       break;
1316     default: // system proxy settings by default
1317       Console.info("Setting system proxy settings");
1318       Cache.resetProxyProperties();
1319     }
1320   }
1321
1322   public static void setProxyProperties(String httpHost, String httpPort,
1323           String httpsHost, String httpsPort, String httpUser,
1324           char[] httpPassword, String httpsUser, char[] httpsPassword,
1325           String nonProxyHosts)
1326   {
1327     setOrClearSystemProperty("http.proxyHost", httpHost);
1328     setOrClearSystemProperty("http.proxyPort", httpPort);
1329     setOrClearSystemProperty("https.proxyHost", httpsHost);
1330     setOrClearSystemProperty("https.proxyPort", httpsPort);
1331     setOrClearSystemProperty("http.proxyUser", httpUser);
1332     setOrClearSystemProperty("https.proxyUser", httpsUser);
1333     // note: passwords for http.proxyPassword and https.proxyPassword are sent
1334     // via the Authenticator, properties do not need to be set
1335
1336     // are we using a custom proxy (password prompt might be required)?
1337     boolean customProxySet = getDefault("USE_PROXY", PROXYTYPE_SYSTEM)
1338             .equals(PROXYTYPE_CUSTOM);
1339
1340     /*
1341      * A bug in Java means the AuthCache does not get reset, so once it has working credentials,
1342      * it never asks for more, so changing the Authenticator has no effect (as getPasswordAuthentication()
1343      * is not re-called).
1344      * This could lead to password leak to a hostile proxy server, so I'm putting in a hack to clear
1345      * the AuthCache.
1346      * see https://www.generacodice.com/en/articolo/154918/Reset-the-Authenticator-credentials
1347      * ...
1348      * Turns out this is only accessible in Java 8, and not in Java 9 onwards, so commenting out
1349      */
1350     /*
1351     try
1352     {
1353       sun.net.www.protocol.http.AuthCacheValue
1354               .setAuthCache(new sun.net.www.protocol.http.AuthCacheImpl());
1355     } catch (Throwable t)
1356     {
1357       Cache.error(t.getMessage());
1358       Cache.debug(getStackTraceString(t));
1359     }
1360     */
1361
1362     if (httpUser != null || httpsUser != null)
1363     {
1364       try
1365       {
1366         char[] displayHttpPw = new char[httpPassword == null ? 0
1367                 : httpPassword.length];
1368         Arrays.fill(displayHttpPw, '*');
1369         Console.debug(
1370                 "CACHE Proxy: setting new Authenticator with httpUser='"
1371                         + httpUser + "' httpPassword='" + displayHttpPw
1372                         + "'");
1373         if (!Platform.isJS())
1374         /* *
1375          * java.net.Authenticator not implemented in SwingJS yet
1376          *
1377          * @j2sIgnore
1378          *
1379          */
1380         {
1381           Authenticator.setDefault(new Authenticator()
1382           {
1383             @Override
1384             protected PasswordAuthentication getPasswordAuthentication()
1385             {
1386               if (getRequestorType() == RequestorType.PROXY)
1387               {
1388                 String protocol = getRequestingProtocol();
1389                 boolean needProxyPasswordSet = false;
1390                 if (customProxySet &&
1391                 // we have a username but no password for the scheme being
1392                 // requested
1393                 (protocol.equalsIgnoreCase("http")
1394                         && (httpUser != null && httpUser.length() > 0
1395                                 && (httpPassword == null
1396                                         || httpPassword.length == 0)))
1397                         || (protocol.equalsIgnoreCase("https")
1398                                 && (httpsUser != null
1399                                         && httpsUser.length() > 0
1400                                         && (httpsPassword == null
1401                                                 || httpsPassword.length == 0))))
1402                 {
1403                   // open Preferences -> Connections
1404                   String message = MessageManager
1405                           .getString("label.proxy_password_required");
1406                   Preferences.openPreferences(
1407                           Preferences.TabRef.CONNECTIONS_TAB, message);
1408                   Preferences.getInstance()
1409                           .proxyAuthPasswordCheckHighlight(true, true);
1410                 }
1411                 else
1412                 {
1413                   try
1414                   {
1415                     if (protocol.equalsIgnoreCase("http")
1416                             && getRequestingHost()
1417                                     .equalsIgnoreCase(httpHost)
1418                             && getRequestingPort() == Integer
1419                                     .valueOf(httpPort))
1420                     {
1421                       Console.debug(
1422                               "AUTHENTICATOR returning PasswordAuthentication(\""
1423                                       + httpUser + "\", '"
1424                                       + new String(displayHttpPw) + "')");
1425                       return new PasswordAuthentication(httpUser,
1426                               httpPassword);
1427                     }
1428                     if (protocol.equalsIgnoreCase("https")
1429                             && getRequestingHost()
1430                                     .equalsIgnoreCase(httpsHost)
1431                             && getRequestingPort() == Integer
1432                                     .valueOf(httpsPort))
1433                     {
1434                       char[] displayHttpsPw = new char[httpPassword.length];
1435                       Arrays.fill(displayHttpsPw, '*');
1436                       Console.debug(
1437                               "AUTHENTICATOR returning PasswordAuthentication(\""
1438                                       + httpsUser + "\", '" + displayHttpsPw
1439                                       + "'");
1440                       return new PasswordAuthentication(httpsUser,
1441                               httpsPassword);
1442                     }
1443                   } catch (NumberFormatException e)
1444                   {
1445                     Console.error("Problem with proxy port values [http:"
1446                             + httpPort + ", https:" + httpsPort + "]");
1447                   }
1448                   Console.debug(
1449                           "AUTHENTICATOR after trying to get PasswordAuthentication");
1450                 }
1451               }
1452               // non proxy request
1453               Console.debug("AUTHENTICATOR returning null");
1454               return null;
1455             }
1456           });
1457         } // end of j2sIgnore for java.net.Authenticator
1458
1459         // required to re-enable basic authentication (should be okay for a
1460         // local proxy)
1461         Console.debug(
1462                 "AUTHENTICATOR setting property 'jdk.http.auth.tunneling.disabledSchemes' to \"\"");
1463         System.setProperty("jdk.http.auth.tunneling.disabledSchemes", "");
1464       } catch (SecurityException e)
1465       {
1466         Console.error("Could not set default Authenticator");
1467         Console.debug(getStackTraceString(e));
1468       }
1469     }
1470     else
1471     {
1472       // reset the Authenticator to protect http.proxyUser and
1473       // http.proxyPassword Just In Case
1474       /* as noted above, due to bug in java this doesn't work if the sun.net.www.protocol.http.AuthCache
1475        * has working credentials. No workaround for Java 11.
1476        */
1477       if (!Platform.isJS())
1478       /* *
1479        * java.net.Authenticator not implemented in SwingJS yet
1480        *
1481        * @j2sIgnore
1482        *
1483        */
1484       {
1485         Console.debug(
1486                 "AUTHENTICATOR setting default Authenticator to null");
1487         Authenticator.setDefault(null);
1488       }
1489     }
1490
1491     // nonProxyHosts not currently configurable in Preferences
1492     Console.debug(
1493             "AUTHENTICATOR setting property 'http.nonProxyHosts' to \""
1494                     + nonProxyHosts + "\"");
1495     setOrClearSystemProperty("http.nonProxyHosts", nonProxyHosts);
1496   }
1497
1498   public static void setOrClearSystemProperty(String key, char[] value)
1499   {
1500     setOrClearSystemProperty(key,
1501             (value == null) ? null : new String(value));
1502   }
1503
1504   public static void setOrClearSystemProperty(String key, String value)
1505   {
1506     if (key == null)
1507     {
1508       return;
1509     }
1510     if (value == null)
1511     {
1512       System.clearProperty(key);
1513     }
1514     else
1515     {
1516       System.setProperty(key, value);
1517     }
1518   }
1519
1520   /**
1521    * Getdown appbase methods
1522    */
1523
1524   private static final String releaseAppbase;
1525
1526   private static String getdownAppbase;
1527
1528   private static String getdownDistDir;
1529
1530   static
1531   {
1532     if (!Platform.isJS())
1533     {
1534       Float specversion = Float
1535               .parseFloat(System.getProperty("java.specification.version"));
1536       releaseAppbase = (specversion < 9)
1537               ? "https://www.jalview.org/getdown/release/1.8"
1538               : "https://www.jalview.org/getdown/release/11";
1539     }
1540     else
1541     {
1542       // this value currenly made up, can be changed to URL that will be
1543       // "https://www.jalview.org/jalview-js/swingjs/j2s/build_properties"
1544       releaseAppbase = "https://www.jalview.org/jalview-js";
1545       getdownAppbase = releaseAppbase;
1546       getdownDistDir = "/swingjs/j2s";
1547     }
1548   }
1549
1550   // look for properties (passed in by getdown) otherwise default to release
1551   private static void setGetdownAppbase()
1552   {
1553     if (getdownAppbase != null)
1554     {
1555       return;
1556     }
1557     String appbase = System.getProperty("getdownappbase");
1558     String distDir = System.getProperty("getdowndistdir");
1559     if (appbase == null)
1560     {
1561       appbase = buildProperties.getProperty("GETDOWNAPPBASE");
1562       distDir = buildProperties.getProperty("GETDOWNAPPDISTDIR");
1563     }
1564     if (appbase == null)
1565     {
1566       appbase = releaseAppbase;
1567       distDir = "release";
1568     }
1569     if (appbase.endsWith("/"))
1570     {
1571       appbase = appbase.substring(0, appbase.length() - 1);
1572     }
1573     if (distDir == null)
1574     {
1575       distDir = appbase.equals(releaseAppbase) ? "release" : "alt";
1576     }
1577     getdownAppbase = appbase;
1578     getdownDistDir = distDir;
1579   }
1580
1581   public static String getGetdownAppbase()
1582   {
1583     setGetdownAppbase();
1584     return getdownAppbase;
1585   }
1586
1587   public static String getAppbaseBuildProperties()
1588   {
1589     String appbase = getGetdownAppbase();
1590     return appbase + "/" + getdownDistDir + "/build_properties";
1591   }
1592 }