src/jalview/bin/Cache.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
   3  * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.bin;
  19
  20 import java.io.*;
  21 import java.util.*;
  22
  23 import org.apache.log4j.*;
  24 import org.biojava.dasobert.dasregistry.Das1Source;
  25
  26 /**
  27  * Stores and retrieves Jalview Application Properties Lists and fields within
  28  * list entries are separated by '|' symbols unless otherwise stated (|) clauses
  29  * are alternative values for a tag. <br>
  30  * <br>
  31  * Current properties include:
  32  * <ul>
  33  * <br>
  34  * logs.Axis.Level - one of the stringified Levels for log4j controlling the
  35  * logging level for axis (used for web services) <br>
  36  * </li>
  37  * <li>logs.Castor.Level - one of the stringified Levels for log4j controlling
  38  * the logging level for castor (used for serialization) <br>
  39  * </li>
  40  * <li>logs.Jalview.Level - Cache.log stringified level. <br>
  41  * </li>
  42  * <li>DISCOVERY_START - Boolean - controls if discovery services are queried on
  43  * startup</li>
  44  * <li>DISCOVERY_URLS - comma separated list of Discovery Service endpoints.</li>
  45  * <li>SCREEN_WIDTH</li>
  46  * <li>SCREEN_HEIGHT</li>
  47  * <li>SCREEN_Y=285</li>
  48  * <li>SCREEN_X=371</li>
  49  * <li>SHOW_FULLSCREEN boolean</li>
  50  * <li>FONT_NAME java font name for alignment text display</li>
  51  * <li>FONT_SIZE size of displayed alignment text</li>
  52  * <li>FONT_STYLE style of font displayed (sequence labels are always italic)</li>
  53  * <li>GAP_SYMBOL character to treat as gap symbol (usually -,.,' ')</li>
  54  * <li>LAST_DIRECTORY last directory for browsing alignment</li>
  55  * <li>USER_DEFINED_COLOURS list of user defined colour scheme files</li>
  56  * <li>SHOW_FULL_ID show id with '/start-end' numbers appended</li>
  57  * <li>SHOW_IDENTITY show percentage identity annotation</li>
  58  * <li>SHOW_QUALITY show alignment quality annotation</li>
  59  * <li>SHOW_ANNOTATIONS show alignment annotation rows</li>
  60  * <li>SHOW_CONSERVATION show alignment conservation annotation</li>
  61  * <li>CENTRE_COLUMN_LABELS centre the labels at each column in a displayed
  62  * annotation row</li>
  63  * <li>DEFAULT_COLOUR default colour scheme to apply for a new alignment</li>
  64  * <li>DEFAULT_FILE_FORMAT file format used to save</li>
  65  * <li>STARTUP_FILE file loaded on startup (may be a fully qualified url)</li>
  66  * <li>SHOW_STARTUP_FILE flag to control loading of startup file</li>
  67  * <li>VERSION the version of the jalview build</li>
  68  * <li>BUILD_DATE date of this build</li>
  69  * <li>LATEST_VERSION the latest jalview version advertised on the
  70  * www.jalview.org</li>
  71  * <li>PIR_MODELLER boolean indicating if PIR files are written with MODELLER
  72  * descriptions</li>
  73  * <li>(FASTA,MSF,PILEUP,CLUSTAL,BLC,PIR,PFAM)_JVSUFFIX boolean for adding jv
  74  * suffix to file</li>
  75  * <li>RECENT_URL list of recently retrieved URLs</li>
  76  * <li>RECENT_FILE list of recently opened files</li>
  77  * <li>USE_PROXY flag for whether a http proxy is to be used</li>
  78  * <li>PROXY_SERVER the proxy</li>
  79  * <li>PROXY_PORT</li>
  80  * <li>NOQUESTIONNAIRES true to prevent jalview from checking the questionnaire
  81  * service</li>
  82  * <li>QUESTIONNAIRE last questionnaire:responder id string from questionnaire
  83  * service</li>
  84  * <li>USAGESTATS (false - user prompted) Enable google analytics tracker for
  85  * collecting usage statistics</li>
  86  * <li>DAS_LOCAL_SOURCE list of local das sources</li>
  87  * <li>SHOW_OVERVIEW boolean for overview window display</li>
  88  * <li>ANTI_ALIAS boolean for smooth fonts</li>
  89  * <li>RIGHT_ALIGN_IDS boolean</li>
  90  * <li>AUTO_CALC_CONSENSUS boolean for automatic recalculation of consensus</li>
  91  * <li>PAD_GAPS boolean</li>
  92  * <li>ID_ITALICS boolean</li>
  93  * <li>SHOW_JV_SUFFIX</li>
  94  * <li>WRAP_ALIGNMENT</li>
  95  * <li>EPS_RENDERING (Prompt each time|Lineart|Text) default for EPS rendering
  96  * style check</li>
  97  * <li>SORT_ALIGNMENT (No sort|Id|Pairwise Identity)</li>
  98  * <li>SEQUENCE_LINKS list of name|URL pairs for opening a url with
  99  * $SEQUENCE_ID$</li>
 100  * <li>GROUP_LINKS list of name|URL[|&lt;separator&gt;] tuples - see
 101  * jalview.utils.GroupURLLink for more info</li>
 102  * <li>DAS_REGISTRY_URL the registry to query</li>
 103  * <li>DEFAULT_BROWSER for unix</li>
 104  * <li>DAS_ACTIVE_SOURCE list of active sources</li>
 105  * <li>SHOW_MEMUSAGE boolean show memory usage and warning indicator on desktop
 106  * (false)</li>
 107  * <li>VERSION_CHECK (true) check for the latest release version from
 108  * www.jalview.org</li>
 109  * <li>SHOW_NPFEATS_TOOLTIP (true) show non-positional features in the Sequence
 110  * ID tooltip</li>
 111  * <li>SHOW_DBREFS_TOOLTIP (true) show Database Cross References in the Sequence
 112  * ID tooltip</li>
 113  * <li>SHOW_UNCONSERVED (false) only render unconserved residues - conserved
 114  * displayed as '.'</li>
 115  * <li>SORT_BY_TREE (false) sort the current alignment view according to the
 116  * order of a newly displayed tree</li>
 117  * <li>DBFETCH_USEPICR (false) use PICR to recover valid DB references from
 118  * sequence ID strings before attempting retrieval from any datasource</li>
 119  * <li>SHOW_GROUP_CONSENSUS (false) Show consensus annotation for groups in the
 120  * alignment.</li>
 121  * <li>SHOW_GROUP_CONSERVATION (false) Show conservation annotation for groups
 122  * in the alignment.</li>
 123  * <li>SHOW_CONSENSUS_HISTOGRAM (false) Show consensus annotation row's
 124  * histogram.</li>
 125  * <li>SHOW_CONSENSUS_LOGO (false) Show consensus annotation row's sequence
 126  * logo.</li>
 127  *
 128  * <li></li>
 129  *
 130  * <li></li>
 131  *
 132  * </ul>
 133  *
 134  * @author $author$
 135  * @version $Revision$
 136  */
 137 public class Cache
 138 {
 139   /**
 140    * property giving log4j level for CASTOR loggers
 141    */
 142   public static final String CASTORLOGLEVEL = "logs.Castor.level";
 143
 144   /**
 145    * property giving log4j level for AXIS loggers
 146    */
 147   public static final String AXISLOGLEVEL = "logs.Axis.level";
 148
 149   /**
 150    * property giving log4j level for Jalview Log
 151    */
 152   public static final String JALVIEWLOGLEVEL = "logs.Jalview.level";
 153
 154   public static final String DAS_LOCAL_SOURCE = "DAS_LOCAL_SOURCE";
 155
 156   public static final String DAS_REGISTRY_URL = "DAS_REGISTRY_URL";
 157
 158   public static final String DAS_ACTIVE_SOURCE = "DAS_ACTIVE_SOURCE";
 159
 160   /**
 161    * Initialises the Jalview Application Log
 162    */
 163   public static Logger log;
 164
 165   /** Jalview Properties */
 166   public static Properties applicationProperties = new Properties();
 167
 168   /** Default file is ~/.jalview_properties */
 169   static String propertiesFile;
 170
 171   public static void initLogger()
 172   {
 173     try
 174     {
 175       // TODO: redirect stdout and stderr here in order to grab the output of
 176       // the log
 177
 178       ConsoleAppender ap = new ConsoleAppender(new SimpleLayout(),
 179               "System.err");
 180       ap.setName("JalviewLogger");
 181       org.apache.log4j.Logger.getRootLogger().addAppender(ap); // catch all for
 182       // log output
 183       Logger laxis = Logger.getLogger("org.apache.axis");
 184       Logger lcastor = Logger.getLogger("org.exolab.castor");
 185       jalview.bin.Cache.log = Logger.getLogger("jalview.bin.Jalview");
 186
 187       laxis.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault("logs.Axis.Level",
 188               Level.INFO.toString())));
 189       lcastor.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault("logs.Castor.Level",
 190               Level.INFO.toString())));
 191       lcastor = Logger.getLogger("org.exolab.castor.xml");
 192       lcastor.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault("logs.Castor.Level",
 193               Level.INFO.toString())));
 194       // lcastor = Logger.getLogger("org.exolab.castor.xml.Marshaller");
 195       // lcastor.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault("logs.Castor.Level",
 196       // Level.INFO.toString())));
 197       jalview.bin.Cache.log.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault(
 198               "logs.Jalview.level", Level.INFO.toString())));
 199       // laxis.addAppender(ap);
 200       // lcastor.addAppender(ap);
 201       // jalview.bin.Cache.log.addAppender(ap);
 202       // Tell the user that debug is enabled
 203       jalview.bin.Cache.log.debug("Jalview Debugging Output Follows.");
 204     } catch (Exception ex)
 205     {
 206       System.err.println("Problems initializing the log4j system\n");
 207       ex.printStackTrace(System.err);
 208     }
 209   }
 210
 211   /** Called when Jalview is started */
 212   public static void loadProperties(String propsFile)
 213   {
 214     propertiesFile = propsFile;
 215     if (propsFile == null)
 216     {
 217       propertiesFile = System.getProperty("user.home") + File.separatorChar
 218               + ".jalview_properties";
 219     }
 220
 221     try
 222     {
 223       FileInputStream fis = new FileInputStream(propertiesFile);
 224       applicationProperties.load(fis);
 225       applicationProperties.remove("LATEST_VERSION");
 226       applicationProperties.remove("VERSION");
 227       fis.close();
 228     } catch (Exception ex)
 229     {
 230       System.out.println("Error reading properties file: " + ex);
 231     }
 232
 233     if (getDefault("USE_PROXY", false))
 234     {
 235       System.out.println("Using proxyServer: "
 236               + getDefault("PROXY_SERVER", null) + " proxyPort: "
 237               + getDefault("PROXY_PORT", null));
 238       System
 239               .setProperty("http.proxyHost", getDefault("PROXY_SERVER",
 240                       null));
 241       System.setProperty("http.proxyPort", getDefault("PROXY_PORT", null));
 242     }
 243
 244     // FIND THE VERSION NUMBER AND BUILD DATE FROM jalview.jar
 245     // MUST FOLLOW READING OF LOCAL PROPERTIES FILE AS THE
 246     // VERSION MAY HAVE CHANGED SINCE LAST USING JALVIEW
 247     try
 248     {
 249       String buildDetails = "jar:".concat(Cache.class.getProtectionDomain()
 250               .getCodeSource().getLocation().toString().concat(
 251                       "!/.build_properties"));
 252
 253       java.net.URL localJarFileURL = new java.net.URL(buildDetails);
 254
 255       InputStream in = localJarFileURL.openStream();
 256       applicationProperties.load(in);
 257       in.close();
 258     } catch (Exception ex)
 259     {
 260       System.out.println("Error reading build details: " + ex);
 261       applicationProperties.remove("VERSION");
 262     }
 263
 264     String jnlpVersion = System.getProperty("jalview.version");
 265     String codeVersion = getProperty("VERSION");
 266
 267     if (codeVersion == null)
 268     {
 269       // THIS SHOULD ONLY BE THE CASE WHEN TESTING!!
 270       codeVersion = "Test";
 271       jnlpVersion = "Test";
 272     }
 273
 274     System.out.println("Jalview Version: " + codeVersion);
 275
 276     // jnlpVersion will be null if we're using InstallAnywhere
 277     // Dont do this check if running in headless mode
 278     if (jnlpVersion == null
 279             && getDefault("VERSION_CHECK", true)
 280             && (System.getProperty("java.awt.headless") == null || System
 281                     .getProperty("java.awt.headless").equals("false")))
 282     {
 283
 284       class VersionChecker extends Thread
 285       {
 286         public void run()
 287         {
 288           String orgtimeout = System
 289                   .getProperty("sun.net.client.defaultConnectTimeout");
 290           if (orgtimeout == null)
 291           {
 292             orgtimeout = "30";
 293             System.out.println("# INFO: Setting default net timeout to "
 294                     + orgtimeout + " seconds.");
 295           }
 296           String jnlpVersion = null;
 297           try
 298           {
 299             System.setProperty("sun.net.client.defaultConnectTimeout",
 300                     "5000");
 301             java.net.URL url = new java.net.URL(
 302                     "http://www.jalview.org/webstart/jalview.jnlp");
 303             BufferedReader in = new BufferedReader(new InputStreamReader(
 304                     url.openStream()));
 305             String line = null;
 306             while ((line = in.readLine()) != null)
 307             {
 308               if (line.indexOf("jalview.version") == -1)
 309               {
 310                 continue;
 311               }
 312
 313               line = line.substring(line.indexOf("value=") + 7);
 314               line = line.substring(0, line.lastIndexOf("\""));
 315               jnlpVersion = line;
 316               break;
 317             }
 318           } catch (Exception ex)
 319           {
 320             System.out
 321                     .println("Non-fatal exceptions when checking version at www.jalview.org :");
 322             System.out.println(ex);
 323             jnlpVersion = getProperty("VERSION");
 324           }
 325           System.setProperty("sun.net.client.defaultConnectTimeout",
 326                   orgtimeout);
 327
 328           setProperty("LATEST_VERSION", jnlpVersion);
 329         }
 330       }
 331
 332       VersionChecker vc = new VersionChecker();
 333       vc.start();
 334     }
 335     else
 336     {
 337       if (jnlpVersion != null)
 338       {
 339         setProperty("LATEST_VERSION", jnlpVersion);
 340       }
 341       else
 342       {
 343         applicationProperties.remove("LATEST_VERSION");
 344       }
 345     }
 346
 347     setProperty("VERSION", codeVersion);
 348
 349     // LOAD USERDEFINED COLOURS
 350     jalview.gui.UserDefinedColours
 351             .initUserColourSchemes(getProperty("USER_DEFINED_COLOURS"));
 352     jalview.io.PIRFile.useModellerOutput = Cache.getDefault("PIR_MODELLER",
 353             false);
 354   }
 355
 356   /**
 357    * Gets Jalview application property of given key. Returns null if key not
 358    * found
 359    *
 360    * @param key
 361    *          Name of property
 362    *
 363    * @return Property value
 364    */
 365   public static String getProperty(String key)
 366   {
 367     return applicationProperties.getProperty(key);
 368   }
 369
 370   /**
 371    * These methods are used when checking if the saved preference is different
 372    * to the default setting
 373    */
 374
 375   public static boolean getDefault(String property, boolean def)
 376   {
 377     String string = getProperty(property);
 378     if (string != null)
 379     {
 380       def = Boolean.valueOf(string).booleanValue();
 381     }
 382
 383     return def;
 384   }
 385
 386   /**
 387    * These methods are used when checking if the saved preference is different
 388    * to the default setting
 389    */
 390   public static String getDefault(String property, String def)
 391   {
 392     String string = getProperty(property);
 393     if (string != null)
 394     {
 395       return string;
 396     }
 397
 398     return def;
 399   }
 400
 401   /**
 402    * Stores property in the file "HOME_DIR/.jalview_properties"
 403    *
 404    * @param key
 405    *          Name of object
 406    * @param obj
 407    *          String value of property
 408    *
 409    * @return String value of property
 410    */
 411   public static String setProperty(String key, String obj)
 412   {
 413     try
 414     {
 415       FileOutputStream out = new FileOutputStream(propertiesFile);
 416       applicationProperties.setProperty(key, obj);
 417       applicationProperties.store(out, "---JalviewX Properties File---");
 418       out.close();
 419     } catch (Exception ex)
 420     {
 421       System.out.println("Error setting property: " + key + " " + obj
 422               + "\n" + ex);
 423     }
 424     return obj;
 425   }
 426
 427   /**
 428    * remove the specified property from the jalview properties file
 429    *
 430    * @param string
 431    */
 432   public static void removeProperty(String string)
 433   {
 434     applicationProperties.remove(string);
 435     saveProperties();
 436   }
 437
 438   /**
 439    * save the properties to the jalview properties path
 440    */
 441   public static void saveProperties()
 442   {
 443     try
 444     {
 445       FileOutputStream out = new FileOutputStream(propertiesFile);
 446       applicationProperties.store(out, "---JalviewX Properties File---");
 447       out.close();
 448     } catch (Exception ex)
 449     {
 450       System.out.println("Error saving properties: " + ex);
 451     }
 452   }
 453
 454   /**
 455    * internal vamsas class discovery state
 456    */
 457   private static int vamsasJarsArePresent = -1;
 458
 459   /**
 460    * Searches for vamsas client classes on class path.
 461    *
 462    * @return true if vamsas client is present on classpath
 463    */
 464   public static boolean vamsasJarsPresent()
 465   {
 466     if (vamsasJarsArePresent == -1)
 467     {
 468       try
 469       {
 470         if (jalview.jbgui.GDesktop.class.getClassLoader().loadClass(
 471                 "uk.ac.vamsas.client.VorbaId") != null)
 472         {
 473           jalview.bin.Cache.log
 474                   .debug("Found Vamsas Classes (uk.ac..vamsas.client.VorbaId can be loaded)");
 475           vamsasJarsArePresent = 1;
 476           Logger lvclient = Logger.getLogger("uk.ac.vamsas");
 477           lvclient.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault(
 478                   "logs.Vamsas.Level", Level.INFO.toString())));
 479
 480           lvclient.addAppender(log.getAppender("JalviewLogger"));
 481           // Tell the user that debug is enabled
 482           lvclient.debug("Jalview Vamsas Client Debugging Output Follows.");
 483         }
 484       } catch (Exception e)
 485       {
 486         vamsasJarsArePresent = 0;
 487         jalview.bin.Cache.log.debug("Vamsas Classes are not present");
 488       }
 489     }
 490     return (vamsasJarsArePresent > 0);
 491   }
 492
 493   /**
 494    * internal vamsas class discovery state
 495    */
 496   private static int groovyJarsArePresent = -1;
 497
 498   /**
 499    * Searches for vamsas client classes on class path.
 500    *
 501    * @return true if vamsas client is present on classpath
 502    */
 503   public static boolean groovyJarsPresent()
 504   {
 505     if (groovyJarsArePresent == -1)
 506     {
 507       try
 508       {
 509         if (Cache.class.getClassLoader().loadClass(
 510                 "groovy.lang.GroovyObject") != null)
 511         {
 512           jalview.bin.Cache.log
 513                   .debug("Found Groovy (groovy.lang.GroovyObject can be loaded)");
 514           groovyJarsArePresent = 1;
 515           Logger lgclient = Logger.getLogger("groovy");
 516           lgclient.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault(
 517                   "logs.Groovy.Level", Level.INFO.toString())));
 518
 519           lgclient.addAppender(log.getAppender("JalviewLogger"));
 520           // Tell the user that debug is enabled
 521           lgclient.debug("Jalview Groovy Client Debugging Output Follows.");
 522         }
 523       } catch (Error e)
 524       {
 525         groovyJarsArePresent = 0;
 526         jalview.bin.Cache.log.debug("Groovy Classes are not present", e);
 527       } catch (Exception e)
 528       {
 529         groovyJarsArePresent = 0;
 530         jalview.bin.Cache.log.debug("Groovy Classes are not present");
 531       }
 532     }
 533     return (groovyJarsArePresent > 0);
 534   }
 535
 536   /**
 537    * generate Das1Sources from the local das source list
 538    *
 539    * @return Vector of Das1Sources
 540    */
 541   public static Vector getLocalDasSources()
 542   {
 543     Vector localSources = new Vector();
 544     String local = jalview.bin.Cache.getProperty("DAS_LOCAL_SOURCE");
 545     if (local != null)
 546     {
 547       StringTokenizer st = new StringTokenizer(local, "\t");
 548       while (st.hasMoreTokens())
 549       {
 550         String token = st.nextToken();
 551         int bar = token.indexOf("|");
 552         Das1Source source = new Das1Source();
 553         source.setUrl(token.substring(bar + 1));
 554         if (source.getUrl().startsWith("sequence:"))
 555         {
 556           source.setUrl(source.getUrl().substring(9));
 557           // this source also serves sequences as well as features
 558           source.setCapabilities(new String[]
 559           { "sequence", "features" });
 560         }
 561         else
 562         {
 563           // default is that all user added sources serve features
 564           source.setCapabilities(new String[]
 565           { "features" });
 566         }
 567
 568         source.setNickname(token.substring(0, bar));
 569
 570         localSources.addElement(source);
 571       }
 572     }
 573     return localSources;
 574   }
 575
 576   /**
 577    * GA tracker object - actually JGoogleAnalyticsTracker null if tracking not
 578    * enabled.
 579    */
 580   protected static Object tracker = null;
 581
 582   protected static Class trackerfocus = null;
 583
 584   protected static Class jgoogleanalyticstracker = null;
 585
 586   /**
 587    * Initialise the google tracker if it is not done already.
 588    */
 589   public static void initGoogleTracker()
 590   {
 591     if (tracker == null)
 592     {
 593       if (jgoogleanalyticstracker == null)
 594       {
 595         // try to get the tracker class
 596         try
 597         {
 598           jgoogleanalyticstracker = Cache.class
 599                   .getClassLoader()
 600                   .loadClass(
 601                           "com.boxysystems.jgoogleanalytics.JGoogleAnalyticsTracker");
 602           trackerfocus = Cache.class.getClassLoader().loadClass(
 603                   "com.boxysystems.jgoogleanalytics.FocusPoint");
 604         } catch (Exception e)
 605         {
 606           log
 607                   .debug("com.boxysystems.jgoogleanalytics package is not present - tracking not enabled.");
 608           tracker = null;
 609           jgoogleanalyticstracker = null;
 610           trackerfocus = null;
 611           return;
 612         }
 613       }
 614       // now initialise tracker
 615       Exception re = null, ex = null;
 616       Error err = null;
 617       String vrs = "No Version Accessible";
 618       try
 619       {
 620         // Google analytics tracking code for Library Finder
 621         tracker = jgoogleanalyticstracker.getConstructor(new Class[]
 622         { String.class, String.class, String.class }).newInstance(
 623                 new Object[]
 624                 {
 625                     "Jalview Desktop",
 626                     (vrs = jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION")
 627                             + "_"
 628                             + jalview.bin.Cache.getDefault("BUILD_DATE",
 629                                     "unknown")), "UA-9060947-1" });
 630         jgoogleanalyticstracker.getMethod("trackAsynchronously",
 631                 new Class[]
 632                 { trackerfocus }).invoke(tracker, new Object[]
 633         { trackerfocus.getConstructor(new Class[]
 634         { String.class }).newInstance(new Object[]
 635         { "Application Started." }) });
 636       } catch (RuntimeException e)
 637       {
 638         re = e;
 639       } catch (Exception e)
 640       {
 641         ex = e;
 642       } catch (Error e)
 643       {
 644         err = e;
 645       }
 646       if (re != null || ex != null || err != null)
 647       {
 648         if (log != null)
 649         {
 650           if (re != null)
 651             log
 652                     .debug(
 653                             "Caught runtime exception in googletracker init:",
 654                             re);
 655           if (ex != null)
 656             log.warn(
 657                     "Failed to initialise GoogleTracker for Jalview Desktop with version "
 658                             + vrs, ex);
 659           if (err != null)
 660             log.error(
 661                     "Whilst initing GoogleTracker for Jalview Desktop version "
 662                             + vrs, err);
 663         }
 664         else
 665         {
 666           if (re != null)
 667           {
 668             System.err
 669                     .println("Debug: Caught runtime exception in googletracker init:"
 670                             + vrs);
 671             re.printStackTrace();
 672           }
 673           if (ex != null)
 674           {
 675             System.err
 676                     .println("Warning:  Failed to initialise GoogleTracker for Jalview Desktop with version "
 677                             + vrs);
 678             ex.printStackTrace();
 679           }
 680
 681           if (err != null)
 682           {
 683             System.err
 684                     .println("ERROR: Whilst initing GoogleTracker for Jalview Desktop version "
 685                             + vrs);
 686             err.printStackTrace();
 687           }
 688         }
 689       }
 690       else
 691       {
 692         log.debug("Successfully initialised tracker.");
 693       }
 694     }
 695   }
 696
 697 }