src/jalview/bin/Cache.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
   3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.bin;
  19
  20 import java.awt.Color;
  21 import java.io.*;
  22 import java.text.DateFormat;
  23 import java.text.SimpleDateFormat;
  24 import java.util.*;
  25
  26 import org.apache.log4j.*;
  27 import org.biojava.dasobert.dasregistry.Das1Source;
  28
  29 /**
  30  * Stores and retrieves Jalview Application Properties Lists and fields within
  31  * list entries are separated by '|' symbols unless otherwise stated (|) clauses
  32  * are alternative values for a tag. <br>
  33  * <br>
  34  * Current properties include:
  35  * <ul>
  36  * <br>
  37  * logs.Axis.Level - one of the stringified Levels for log4j controlling the
  38  * logging level for axis (used for web services) <br>
  39  * </li>
  40  * <li>logs.Castor.Level - one of the stringified Levels for log4j controlling
  41  * the logging level for castor (used for serialization) <br>
  42  * </li>
  43  * <li>logs.Jalview.Level - Cache.log stringified level. <br>
  44  * </li>
  45  * <li>SCREEN_WIDTH</li>
  46  * <li>SCREEN_HEIGHT</li>
  47  * <li>SCREEN_Y=285</li>
  48  * <li>SCREEN_X=371</li>
  49  * <li>SHOW_FULLSCREEN boolean</li>
  50  * <li>FONT_NAME java font name for alignment text display</li>
  51  * <li>FONT_SIZE size of displayed alignment text</li>
  52  * <li>FONT_STYLE style of font displayed (sequence labels are always italic)</li>
  53  * <li>GAP_SYMBOL character to treat as gap symbol (usually -,.,' ')</li>
  54  * <li>LAST_DIRECTORY last directory for browsing alignment</li>
  55  * <li>USER_DEFINED_COLOURS list of user defined colour scheme files</li>
  56  * <li>SHOW_FULL_ID show id with '/start-end' numbers appended</li>
  57  * <li>SHOW_IDENTITY show percentage identity annotation</li>
  58  * <li>SHOW_QUALITY show alignment quality annotation</li>
  59  * <li>SHOW_ANNOTATIONS show alignment annotation rows</li>
  60  * <li>SHOW_CONSERVATION show alignment conservation annotation</li>
  61  * <li>CENTRE_COLUMN_LABELS centre the labels at each column in a displayed
  62  * annotation row</li>
  63  * <li>DEFAULT_COLOUR default colour scheme to apply for a new alignment</li>
  64  * <li>DEFAULT_FILE_FORMAT file format used to save</li>
  65  * <li>STARTUP_FILE file loaded on startup (may be a fully qualified url)</li>
  66  * <li>SHOW_STARTUP_FILE flag to control loading of startup file</li>
  67  * <li>VERSION the version of the jalview build</li>
  68  * <li>BUILD_DATE date of this build</li>
  69  * <li>LATEST_VERSION the latest jalview version advertised on the
  70  * www.jalview.org</li>
  71  * <li>PIR_MODELLER boolean indicating if PIR files are written with MODELLER
  72  * descriptions</li>
  73  * <li>(FASTA,MSF,PILEUP,CLUSTAL,BLC,PIR,PFAM)_JVSUFFIX boolean for adding jv
  74  * suffix to file</li>
  75  * <li>RECENT_URL list of recently retrieved URLs</li>
  76  * <li>RECENT_FILE list of recently opened files</li>
  77  * <li>USE_PROXY flag for whether a http proxy is to be used</li>
  78  * <li>PROXY_SERVER the proxy</li>
  79  * <li>PROXY_PORT</li>
  80  * <li>NOQUESTIONNAIRES true to prevent jalview from checking the questionnaire
  81  * service</li>
  82  * <li>QUESTIONNAIRE last questionnaire:responder id string from questionnaire
  83  * service</li>
  84  * <li>USAGESTATS (false - user prompted) Enable google analytics tracker for
  85  * collecting usage statistics</li>
  86  * <li>DAS_LOCAL_SOURCE list of local das sources</li>
  87  * <li>SHOW_OVERVIEW boolean for overview window display</li>
  88  * <li>ANTI_ALIAS boolean for smooth fonts</li>
  89  * <li>RIGHT_ALIGN_IDS boolean</li>
  90  * <li>AUTO_CALC_CONSENSUS boolean for automatic recalculation of consensus</li>
  91  * <li>PAD_GAPS boolean</li>
  92  * <li>ID_ITALICS boolean</li>
  93  * <li>SHOW_JV_SUFFIX</li>
  94  * <li>WRAP_ALIGNMENT</li>
  95  * <li>EPS_RENDERING (Prompt each time|Lineart|Text) default for EPS rendering
  96  * style check</li>
  97  * <li>SORT_ALIGNMENT (No sort|Id|Pairwise Identity)</li>
  98  * <li>SEQUENCE_LINKS list of name|URL pairs for opening a url with
  99  * $SEQUENCE_ID$</li>
 100  * <li>GROUP_LINKS list of name|URL[|&lt;separator&gt;] tuples - see
 101  * jalview.utils.GroupURLLink for more info</li>
 102  * <li>DAS_REGISTRY_URL the registry to query</li>
 103  * <li>DEFAULT_BROWSER for unix</li>
 104  * <li>DAS_ACTIVE_SOURCE list of active sources</li>
 105  * <li>SHOW_MEMUSAGE boolean show memory usage and warning indicator on desktop
 106  * (false)</li>
 107  * <li>VERSION_CHECK (true) check for the latest release version from
 108  * www.jalview.org (or the alias given by the www.jalview.org property)</li>
 109  * <li>SHOW_NPFEATS_TOOLTIP (true) show non-positional features in the Sequence
 110  * ID tooltip</li>
 111  * <li>SHOW_DBREFS_TOOLTIP (true) show Database Cross References in the Sequence
 112  * ID tooltip</li>
 113  * <li>SHOW_UNCONSERVED (false) only render unconserved residues - conserved
 114  * displayed as '.'</li>
 115  * <li>SORT_BY_TREE (false) sort the current alignment view according to the
 116  * order of a newly displayed tree</li>
 117  * <li>DBFETCH_USEPICR (false) use PICR to recover valid DB references from
 118  * sequence ID strings before attempting retrieval from any datasource</li>
 119  * <li>SHOW_GROUP_CONSENSUS (false) Show consensus annotation for groups in the
 120  * alignment.</li>
 121  * <li>SHOW_GROUP_CONSERVATION (false) Show conservation annotation for groups
 122  * in the alignment.</li>
 123  * <li>SHOW_CONSENSUS_HISTOGRAM (false) Show consensus annotation row's
 124  * histogram.</li>
 125  * <li>SHOW_CONSENSUS_LOGO (false) Show consensus annotation row's sequence
 126  * logo.</li>
 127  * <li>FOLLOW_SELECTIONS (true) Controls whether a new alignment view should
 128  * respond to selections made in other alignments containing the same sequences.
 129  * </li>
 130  * <li>SHOW_WSDISCOVERY_ERRORS (true) Controls if the web service URL discovery
 131  * warning dialog box is displayed.</li>
 132  * <li>ANNOTATIONCOLOUR_MIN (orange) Shade used for minimum value of annotation when shading by annotation</li>
 133  * <li>ANNOTATIONCOLOUR_MAX (red) Shade used for maximum value of annotation when shading by annotation</li>
 134  * <li>www.jalview.org (http://www.jalview.org) a property enabling all HTTP requests to be redirected to a mirror of http://www.jalview.org</li>
 135  *
 136  * <li></li>
 137  *
 138  * </ul>
 139  * Deprecated settings:
 140  * <ul>
 141  *  * <li>DISCOVERY_START - Boolean - controls if discovery services are queried on
 142  * startup (JWS1 services only)</li>
 143  * <li>DISCOVERY_URLS - comma separated list of Discovery Service endpoints. (JWS1 services only)</li>
 144  * <li>SHOW_JWS1_SERVICES (true) enable or disable the original Jalview 2 services in the desktop GUI
 145  * </ul>
 146  * @author $author$
 147  * @version $Revision$
 148  */
 149 public class Cache
 150 {
 151   /**
 152    * property giving log4j level for CASTOR loggers
 153    */
 154   public static final String CASTORLOGLEVEL = "logs.Castor.level";
 155
 156   /**
 157    * property giving log4j level for AXIS loggers
 158    */
 159   public static final String AXISLOGLEVEL = "logs.Axis.level";
 160
 161   /**
 162    * property giving log4j level for Jalview Log
 163    */
 164   public static final String JALVIEWLOGLEVEL = "logs.Jalview.level";
 165
 166   public static final String DAS_LOCAL_SOURCE = "DAS_LOCAL_SOURCE";
 167
 168   public static final String DAS_REGISTRY_URL = "DAS_REGISTRY_URL";
 169
 170   public static final String DAS_ACTIVE_SOURCE = "DAS_ACTIVE_SOURCE";
 171
 172   /**
 173    * Initialises the Jalview Application Log
 174    */
 175   public static Logger log;
 176
 177   /** Jalview Properties */
 178   public static Properties applicationProperties = new Properties();
 179
 180   /** Default file is ~/.jalview_properties */
 181   static String propertiesFile;
 182
 183   private static boolean propsAreReadOnly=false;
 184
 185   public static void initLogger()
 186   {
 187     if (log != null)
 188     {
 189       return;
 190     }
 191     try
 192     {
 193       // TODO: redirect stdout and stderr here in order to grab the output of
 194       // the log
 195
 196       ConsoleAppender ap = new ConsoleAppender(new SimpleLayout(),
 197               "System.err");
 198       ap.setName("JalviewLogger");
 199       org.apache.log4j.Logger.getRootLogger().addAppender(ap); // catch all for
 200       // log output
 201       Logger laxis = Logger.getLogger("org.apache.axis");
 202       Logger lcastor = Logger.getLogger("org.exolab.castor");
 203       jalview.bin.Cache.log = Logger.getLogger("jalview.bin.Jalview");
 204
 205       laxis.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault("logs.Axis.Level",
 206               Level.INFO.toString())));
 207       lcastor.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault("logs.Castor.Level",
 208               Level.INFO.toString())));
 209       lcastor = Logger.getLogger("org.exolab.castor.xml");
 210       lcastor.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault("logs.Castor.Level",
 211               Level.INFO.toString())));
 212       // lcastor = Logger.getLogger("org.exolab.castor.xml.Marshaller");
 213       // lcastor.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault("logs.Castor.Level",
 214       // Level.INFO.toString())));
 215       jalview.bin.Cache.log.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault(
 216               "logs.Jalview.level", Level.INFO.toString())));
 217       // laxis.addAppender(ap);
 218       // lcastor.addAppender(ap);
 219       // jalview.bin.Cache.log.addAppender(ap);
 220       // Tell the user that debug is enabled
 221       jalview.bin.Cache.log.debug("Jalview Debugging Output Follows.");
 222     } catch (Exception ex)
 223     {
 224       System.err.println("Problems initializing the log4j system\n");
 225       ex.printStackTrace(System.err);
 226     }
 227   }
 228
 229   /** Called when Jalview is started */
 230   public static void loadProperties(String propsFile)
 231   {
 232     propertiesFile = propsFile;
 233     if (propsFile == null)
 234     {
 235       propertiesFile = System.getProperty("user.home") + File.separatorChar
 236               + ".jalview_properties";
 237     } else {
 238       // don't corrupt the file we've been given.
 239       propsAreReadOnly = true;
 240     }
 241
 242     try
 243     {
 244       InputStream fis;
 245       try
 246       {
 247         fis = new java.net.URL(propertiesFile).openStream();
 248         System.out.println("Loading jalview properties from : "
 249                 + propertiesFile);
 250         System.out
 251                 .println("Disabling Jalview writing to user's local properties file.");
 252         propsAreReadOnly = true;
 253
 254       } catch (Exception ex)
 255       {
 256         fis = null;
 257       }
 258       if (fis == null)
 259       {
 260         fis = new FileInputStream(propertiesFile);
 261       }
 262       applicationProperties.load(fis);
 263       applicationProperties.remove("LATEST_VERSION");
 264       applicationProperties.remove("VERSION");
 265       fis.close();
 266     } catch (Exception ex)
 267     {
 268       System.out.println("Error reading properties file: " + ex);
 269     }
 270
 271     if (getDefault("USE_PROXY", false))
 272     {
 273       System.out.println("Using proxyServer: "
 274               + getDefault("PROXY_SERVER", null) + " proxyPort: "
 275               + getDefault("PROXY_PORT", null));
 276       System.setProperty("http.proxyHost", getDefault("PROXY_SERVER", null));
 277       System.setProperty("http.proxyPort", getDefault("PROXY_PORT", null));
 278     }
 279
 280     // FIND THE VERSION NUMBER AND BUILD DATE FROM jalview.jar
 281     // MUST FOLLOW READING OF LOCAL PROPERTIES FILE AS THE
 282     // VERSION MAY HAVE CHANGED SINCE LAST USING JALVIEW
 283     try
 284     {
 285       String buildDetails = "jar:".concat(Cache.class.getProtectionDomain()
 286               .getCodeSource().getLocation().toString()
 287               .concat("!/.build_properties"));
 288
 289       java.net.URL localJarFileURL = new java.net.URL(buildDetails);
 290
 291       InputStream in = localJarFileURL.openStream();
 292       applicationProperties.load(in);
 293       in.close();
 294     } catch (Exception ex)
 295     {
 296       System.out.println("Error reading build details: " + ex);
 297       applicationProperties.remove("VERSION");
 298     }
 299
 300     String jnlpVersion = System.getProperty("jalview.version");
 301     String codeVersion = getProperty("VERSION");
 302
 303     if (codeVersion == null)
 304     {
 305       // THIS SHOULD ONLY BE THE CASE WHEN TESTING!!
 306       codeVersion = "Test";
 307       jnlpVersion = "Test";
 308     }
 309
 310     System.out.println("Jalview Version: " + codeVersion);
 311
 312     // jnlpVersion will be null if we're using InstallAnywhere
 313     // Dont do this check if running in headless mode
 314     if (jnlpVersion == null
 315             && getDefault("VERSION_CHECK", true)
 316             && (System.getProperty("java.awt.headless") == null || System
 317                     .getProperty("java.awt.headless").equals("false")))
 318     {
 319
 320       class VersionChecker extends Thread
 321       {
 322         public void run()
 323         {
 324           String orgtimeout = System
 325                   .getProperty("sun.net.client.defaultConnectTimeout");
 326           if (orgtimeout == null)
 327           {
 328             orgtimeout = "30";
 329             System.out.println("# INFO: Setting default net timeout to "
 330                     + orgtimeout + " seconds.");
 331           }
 332           String jnlpVersion = null;
 333           try
 334           {
 335             System.setProperty("sun.net.client.defaultConnectTimeout",
 336                     "5000");
 337             java.net.URL url = new java.net.URL(
 338                     Cache.getDefault("www.jalview.org", "http://www.jalview.org")+"/webstart/jalview.jnlp");
 339             BufferedReader in = new BufferedReader(new InputStreamReader(
 340                     url.openStream()));
 341             String line = null;
 342             while ((line = in.readLine()) != null)
 343             {
 344               if (line.indexOf("jalview.version") == -1)
 345               {
 346                 continue;
 347               }
 348
 349               line = line.substring(line.indexOf("value=") + 7);
 350               line = line.substring(0, line.lastIndexOf("\""));
 351               jnlpVersion = line;
 352               break;
 353             }
 354           } catch (Exception ex)
 355           {
 356             System.out
 357                     .println("Non-fatal exceptions when checking version at www.jalview.org :");
 358             System.out.println(ex);
 359             jnlpVersion = getProperty("VERSION");
 360           }
 361           System.setProperty("sun.net.client.defaultConnectTimeout",
 362                   orgtimeout);
 363
 364           setProperty("LATEST_VERSION", jnlpVersion);
 365         }
 366       }
 367
 368       VersionChecker vc = new VersionChecker();
 369       vc.start();
 370     }
 371     else
 372     {
 373       if (jnlpVersion != null)
 374       {
 375         setProperty("LATEST_VERSION", jnlpVersion);
 376       }
 377       else
 378       {
 379         applicationProperties.remove("LATEST_VERSION");
 380       }
 381     }
 382
 383     setProperty("VERSION", codeVersion);
 384
 385     // LOAD USERDEFINED COLOURS
 386     jalview.gui.UserDefinedColours
 387             .initUserColourSchemes(getProperty("USER_DEFINED_COLOURS"));
 388     jalview.io.PIRFile.useModellerOutput = Cache.getDefault("PIR_MODELLER",
 389             false);
 390   }
 391
 392   /**
 393    * Gets Jalview application property of given key. Returns null if key not
 394    * found
 395    *
 396    * @param key
 397    *          Name of property
 398    *
 399    * @return Property value
 400    */
 401   public static String getProperty(String key)
 402   {
 403     return applicationProperties.getProperty(key);
 404   }
 405
 406   /**
 407    * These methods are used when checking if the saved preference is different
 408    * to the default setting
 409    */
 410
 411   public static boolean getDefault(String property, boolean def)
 412   {
 413     String string = getProperty(property);
 414     if (string != null)
 415     {
 416       def = Boolean.valueOf(string).booleanValue();
 417     }
 418
 419     return def;
 420   }
 421
 422   /**
 423    * These methods are used when checking if the saved preference is different
 424    * to the default setting
 425    */
 426   public static String getDefault(String property, String def)
 427   {
 428     String string = getProperty(property);
 429     if (string != null)
 430     {
 431       return string;
 432     }
 433
 434     return def;
 435   }
 436
 437   /**
 438    * Stores property in the file "HOME_DIR/.jalview_properties"
 439    *
 440    * @param key
 441    *          Name of object
 442    * @param obj
 443    *          String value of property
 444    *
 445    * @return String value of property
 446    */
 447   public static String setProperty(String key, String obj)
 448   {
 449
 450     try
 451     {
 452       applicationProperties.setProperty(key, obj);
 453       if (!propsAreReadOnly)
 454       {
 455         FileOutputStream out = new FileOutputStream(propertiesFile);
 456         applicationProperties.store(out, "---JalviewX Properties File---");
 457         out.close();
 458       }
 459     } catch (Exception ex)
 460     {
 461       System.out.println("Error setting property: " + key + " " + obj
 462               + "\n" + ex);
 463     }
 464     return obj;
 465   }
 466
 467   /**
 468    * remove the specified property from the jalview properties file
 469    *
 470    * @param string
 471    */
 472   public static void removeProperty(String string)
 473   {
 474     applicationProperties.remove(string);
 475     saveProperties();
 476   }
 477
 478   /**
 479    * save the properties to the jalview properties path
 480    */
 481   public static void saveProperties()
 482   {
 483     if (!propsAreReadOnly)
 484     {
 485       try
 486       {
 487         FileOutputStream out = new FileOutputStream(propertiesFile);
 488         applicationProperties.store(out, "---JalviewX Properties File---");
 489         out.close();
 490       } catch (Exception ex)
 491       {
 492         System.out.println("Error saving properties: " + ex);
 493       }
 494     }
 495   }
 496
 497   /**
 498    * internal vamsas class discovery state
 499    */
 500   private static int vamsasJarsArePresent = -1;
 501
 502   /**
 503    * Searches for vamsas client classes on class path.
 504    *
 505    * @return true if vamsas client is present on classpath
 506    */
 507   public static boolean vamsasJarsPresent()
 508   {
 509     if (vamsasJarsArePresent == -1)
 510     {
 511       try
 512       {
 513         if (jalview.jbgui.GDesktop.class.getClassLoader().loadClass(
 514                 "uk.ac.vamsas.client.VorbaId") != null)
 515         {
 516           jalview.bin.Cache.log
 517                   .debug("Found Vamsas Classes (uk.ac..vamsas.client.VorbaId can be loaded)");
 518           vamsasJarsArePresent = 1;
 519           Logger lvclient = Logger.getLogger("uk.ac.vamsas");
 520           lvclient.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault(
 521                   "logs.Vamsas.Level", Level.INFO.toString())));
 522
 523           lvclient.addAppender(log.getAppender("JalviewLogger"));
 524           // Tell the user that debug is enabled
 525           lvclient.debug("Jalview Vamsas Client Debugging Output Follows.");
 526         }
 527       } catch (Exception e)
 528       {
 529         vamsasJarsArePresent = 0;
 530         jalview.bin.Cache.log.debug("Vamsas Classes are not present");
 531       }
 532     }
 533     return (vamsasJarsArePresent > 0);
 534   }
 535
 536   /**
 537    * internal vamsas class discovery state
 538    */
 539   private static int groovyJarsArePresent = -1;
 540
 541   /**
 542    * Searches for vamsas client classes on class path.
 543    *
 544    * @return true if vamsas client is present on classpath
 545    */
 546   public static boolean groovyJarsPresent()
 547   {
 548     if (groovyJarsArePresent == -1)
 549     {
 550       try
 551       {
 552         if (Cache.class.getClassLoader().loadClass(
 553                 "groovy.lang.GroovyObject") != null)
 554         {
 555           jalview.bin.Cache.log
 556                   .debug("Found Groovy (groovy.lang.GroovyObject can be loaded)");
 557           groovyJarsArePresent = 1;
 558           Logger lgclient = Logger.getLogger("groovy");
 559           lgclient.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault(
 560                   "logs.Groovy.Level", Level.INFO.toString())));
 561
 562           lgclient.addAppender(log.getAppender("JalviewLogger"));
 563           // Tell the user that debug is enabled
 564           lgclient.debug("Jalview Groovy Client Debugging Output Follows.");
 565         }
 566       } catch (Error e)
 567       {
 568         groovyJarsArePresent = 0;
 569         jalview.bin.Cache.log.debug("Groovy Classes are not present", e);
 570       } catch (Exception e)
 571       {
 572         groovyJarsArePresent = 0;
 573         jalview.bin.Cache.log.debug("Groovy Classes are not present");
 574       }
 575     }
 576     return (groovyJarsArePresent > 0);
 577   }
 578
 579   /**
 580    * generate Das1Sources from the local das source list
 581    *
 582    * @return Vector of Das1Sources
 583    */
 584   public static Vector getLocalDasSources()
 585   {
 586     Vector localSources = new Vector();
 587     String local = jalview.bin.Cache.getProperty("DAS_LOCAL_SOURCE");
 588     if (local != null)
 589     {
 590       StringTokenizer st = new StringTokenizer(local, "\t");
 591       while (st.hasMoreTokens())
 592       {
 593         String token = st.nextToken();
 594         int bar = token.indexOf("|");
 595         Das1Source source = new Das1Source();
 596         source.setUrl(token.substring(bar + 1));
 597         if (source.getUrl().startsWith("sequence:"))
 598         {
 599           source.setUrl(source.getUrl().substring(9));
 600           // this source also serves sequences as well as features
 601           source.setCapabilities(new String[]
 602           { "sequence", "features" });
 603         }
 604         else
 605         {
 606           // default is that all user added sources serve features
 607           source.setCapabilities(new String[]
 608           { "features" });
 609         }
 610
 611         source.setNickname(token.substring(0, bar));
 612
 613         localSources.addElement(source);
 614       }
 615     }
 616     return localSources;
 617   }
 618
 619   /**
 620    * GA tracker object - actually JGoogleAnalyticsTracker null if tracking not
 621    * enabled.
 622    */
 623   protected static Object tracker = null;
 624
 625   protected static Class trackerfocus = null;
 626
 627   protected static Class jgoogleanalyticstracker = null;
 628
 629   /**
 630    * Initialise the google tracker if it is not done already.
 631    */
 632   public static void initGoogleTracker()
 633   {
 634     if (tracker == null)
 635     {
 636       if (jgoogleanalyticstracker == null)
 637       {
 638         // try to get the tracker class
 639         try
 640         {
 641           jgoogleanalyticstracker = Cache.class
 642                   .getClassLoader()
 643                   .loadClass(
 644                           "com.boxysystems.jgoogleanalytics.JGoogleAnalyticsTracker");
 645           trackerfocus = Cache.class.getClassLoader().loadClass(
 646                   "com.boxysystems.jgoogleanalytics.FocusPoint");
 647         } catch (Exception e)
 648         {
 649           log.debug("com.boxysystems.jgoogleanalytics package is not present - tracking not enabled.");
 650           tracker = null;
 651           jgoogleanalyticstracker = null;
 652           trackerfocus = null;
 653           return;
 654         }
 655       }
 656       // now initialise tracker
 657       Exception re = null, ex = null;
 658       Error err = null;
 659       String vrs = "No Version Accessible";
 660       try
 661       {
 662         // Google analytics tracking code for Library Finder
 663         tracker = jgoogleanalyticstracker.getConstructor(new Class[]
 664         { String.class, String.class, String.class }).newInstance(
 665                 new Object[]
 666                 {
 667                     "Jalview Desktop",
 668                     (vrs = jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION")
 669                             + "_"
 670                             + jalview.bin.Cache.getDefault("BUILD_DATE",
 671                                     "unknown")), "UA-9060947-1" });
 672         jgoogleanalyticstracker.getMethod("trackAsynchronously",
 673                 new Class[]
 674                 { trackerfocus }).invoke(tracker, new Object[]
 675         { trackerfocus.getConstructor(new Class[]
 676         { String.class }).newInstance(new Object[]
 677         { "Application Started." }) });
 678       } catch (RuntimeException e)
 679       {
 680         re = e;
 681       } catch (Exception e)
 682       {
 683         ex = e;
 684       } catch (Error e)
 685       {
 686         err = e;
 687       }
 688       if (re != null || ex != null || err != null)
 689       {
 690         if (log != null)
 691         {
 692           if (re != null)
 693             log.debug("Caught runtime exception in googletracker init:", re);
 694           if (ex != null)
 695             log.warn(
 696                     "Failed to initialise GoogleTracker for Jalview Desktop with version "
 697                             + vrs, ex);
 698           if (err != null)
 699             log.error(
 700                     "Whilst initing GoogleTracker for Jalview Desktop version "
 701                             + vrs, err);
 702         }
 703         else
 704         {
 705           if (re != null)
 706           {
 707             System.err
 708                     .println("Debug: Caught runtime exception in googletracker init:"
 709                             + vrs);
 710             re.printStackTrace();
 711           }
 712           if (ex != null)
 713           {
 714             System.err
 715                     .println("Warning:  Failed to initialise GoogleTracker for Jalview Desktop with version "
 716                             + vrs);
 717             ex.printStackTrace();
 718           }
 719
 720           if (err != null)
 721           {
 722             System.err
 723                     .println("ERROR: Whilst initing GoogleTracker for Jalview Desktop version "
 724                             + vrs);
 725             err.printStackTrace();
 726           }
 727         }
 728       }
 729       else
 730       {
 731         log.debug("Successfully initialised tracker.");
 732       }
 733     }
 734   }
 735
 736   /**
 737    * get the user's default colour if available
 738    * @param property
 739    * @param defcolour
 740    * @return
 741    */
 742   public static Color getDefaultColour(String property, Color defcolour)
 743   {
 744     String colprop = getProperty(property);
 745     if (colprop==null) {
 746       return defcolour;
 747     }
 748     Color col = jalview.schemes.ColourSchemeProperty.getAWTColorFromName(colprop);
 749     if (col==null)
 750     {
 751       try {
 752         col = new jalview.schemes.UserColourScheme(colprop).findColour('A');
 753       } catch (Exception ex)
 754       {
 755         log.warn("Couldn't parse '"+colprop+"' as a colour for "+property);
 756         col=null;
 757       }
 758     }
 759     return (col==null) ? defcolour: col;
 760   }
 761
 762   /**
 763    * store a colour as a Jalview user default property
 764    * @param property
 765    * @param colour
 766    */
 767   public static void setColourProperty(String property, Color colour)
 768   {
 769     setProperty(property, jalview.util.Format
 770           .getHexString(colour));
 771   }
 772
 773   public static final DateFormat  date_format = SimpleDateFormat.getDateTimeInstance();
 774
 775   /**
 776    * store a date in a jalview property
 777    * @param string
 778    * @param time
 779    */
 780   public static void setDateProperty(String property, Date time)
 781   {
 782     setProperty(property, date_format.format(time));
 783   }
 784   /**
 785    * read a date stored in a jalview property
 786    * @param property
 787    * @return valid date as stored by setDateProperty, or null
 788    *
 789    */
 790   public static Date getDateProperty(String property)
 791   {
 792     String val = getProperty(property);
 793     if (val!=null)
 794     {
 795       try {
 796         return date_format.parse(val);
 797       } catch (Exception ex)
 798       {
 799         System.err.println("Invalid or corrupt date in property '"+property+"' : value was '"+val+"'");
 800       }
 801     }
 802     return null;
 803   }
 804 }