src/jalview/bin/Cache.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.bin;
  22
  23 import java.awt.Color;
  24 import java.io.BufferedReader;
  25 import java.io.File;
  26 import java.io.FileInputStream;
  27 import java.io.FileOutputStream;
  28 import java.io.InputStream;
  29 import java.io.InputStreamReader;
  30 import java.io.PrintWriter;
  31 import java.io.StringWriter;
  32 import java.net.Authenticator;
  33 import java.net.PasswordAuthentication;
  34 import java.net.URL;
  35 import java.text.DateFormat;
  36 import java.text.SimpleDateFormat;
  37 import java.util.Arrays;
  38 import java.util.Collections;
  39 import java.util.Date;
  40 import java.util.Enumeration;
  41 import java.util.Locale;
  42 import java.util.Properties;
  43 import java.util.StringTokenizer;
  44 import java.util.TreeSet;
  45 import java.util.regex.Pattern;
  46
  47 import javax.swing.LookAndFeel;
  48 import javax.swing.UIManager;
  49
  50 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  51 import jalview.gui.Preferences;
  52 import jalview.gui.UserDefinedColours;
  53 import jalview.log.JLoggerLog4j;
  54 import jalview.schemes.ColourSchemeLoader;
  55 import jalview.schemes.ColourSchemes;
  56 import jalview.schemes.UserColourScheme;
  57 import jalview.structure.StructureImportSettings;
  58 import jalview.urls.IdOrgSettings;
  59 import jalview.util.ChannelProperties;
  60 import jalview.util.ColorUtils;
  61 import jalview.util.MessageManager;
  62 import jalview.util.Platform;
  63 import jalview.ws.sifts.SiftsSettings;
  64
  65 /**
  66  * Stores and retrieves Jalview Application Properties Lists and fields within
  67  * list entries are separated by '|' symbols unless otherwise stated (|) clauses
  68  * are alternative values for a tag. <br>
  69  * <br>
  70  * Current properties include:
  71  * <ul>
  72  * <br>
  73  * logs.Axis.Level - one of the stringified Levels for log4j controlling the
  74  * logging level for axis (used for web services) <br>
  75  * </li>
  76  * <li>logs.Castor.Level - one of the stringified Levels for log4j controlling
  77  * the logging level for castor (used for serialization) <br>
  78  * </li>
  79  * <li>logs.Jalview.Level - Cache.log stringified level. <br>
  80  * </li>
  81  * <li>SCREEN_WIDTH</li>
  82  * <li>SCREEN_HEIGHT</li>
  83  * <li>SCREEN_Y=285</li>
  84  * <li>SCREEN_X=371</li>
  85  * <li>SHOW_FULLSCREEN boolean</li>
  86  * <li>FONT_NAME java font name for alignment text display</li>
  87  * <li>FONT_SIZE size of displayed alignment text</li>
  88  * <li>FONT_STYLE style of font displayed (sequence labels are always
  89  * italic)</li>
  90  * <li>GAP_SYMBOL character to treat as gap symbol (usually -,.,' ')</li>
  91  * <li>LAST_DIRECTORY last directory for browsing alignment</li>
  92  * <li>USER_DEFINED_COLOURS list of user defined colour scheme files</li>
  93  * <li>SHOW_FULL_ID show id with '/start-end' numbers appended</li>
  94  * <li>SHOW_IDENTITY show percentage identity annotation</li>
  95  * <li>SHOW_QUALITY show alignment quality annotation</li>
  96  * <li>SHOW_ANNOTATIONS show alignment annotation rows</li>
  97  * <li>SHOW_CONSERVATION show alignment conservation annotation</li>
  98  * <li>SORT_ANNOTATIONS currently either SEQUENCE_AND_LABEL or
  99  * LABEL_AND_SEQUENCE</li>
 100  * <li>SHOW_AUTOCALC_ABOVE true to show autocalculated annotations above
 101  * sequence annotations</li>
 102  * <li>CENTRE_COLUMN_LABELS centre the labels at each column in a displayed
 103  * annotation row</li>
 104  * <li>DEFAULT_COLOUR default colour scheme to apply for a new alignment</li>
 105  * <li>DEFAULT_FILE_FORMAT file format used to save</li>
 106  * <li>STARTUP_FILE file loaded on startup (may be a fully qualified url)</li>
 107  * <li>SHOW_STARTUP_FILE flag to control loading of startup file</li>
 108  * <li>VERSION the version of the jalview build</li>
 109  * <li>BUILD_DATE date of this build</li>
 110  * <li>LATEST_VERSION the latest jalview version advertised on the
 111  * www.jalview.org</li>
 112  * <li>PIR_MODELLER boolean indicating if PIR files are written with MODELLER
 113  * descriptions</li>
 114  * <li>(FASTA,MSF,PILEUP,CLUSTAL,BLC,PIR,PFAM)_JVSUFFIX boolean for adding jv
 115  * suffix to file</li>
 116  * <li>RECENT_URL list of recently retrieved URLs</li>
 117  * <li>RECENT_FILE list of recently opened files</li>
 118  * <li>USE_PROXY flag for whether a http proxy is to be used</li>
 119  * <li>PROXY_SERVER the proxy</li>
 120  * <li>PROXY_PORT</li>
 121  * <li>NOQUESTIONNAIRES true to prevent jalview from checking the questionnaire
 122  * service</li>
 123  * <li>QUESTIONNAIRE last questionnaire:responder id string from questionnaire
 124  * service</li>
 125  * <li>USAGESTATS (false - user prompted) Enable google analytics tracker for
 126  * collecting usage statistics</li>
 127  * <li>SHOW_OVERVIEW boolean for overview window display</li>
 128  * <li>ANTI_ALIAS boolean for smooth fonts</li>
 129  * <li>RIGHT_ALIGN_IDS boolean</li>
 130  * <li>AUTO_CALC_CONSENSUS boolean for automatic recalculation of consensus</li>
 131  * <li>PAD_GAPS boolean</li>
 132  * <li>ID_ITALICS boolean</li>
 133  * <li>SHOW_JV_SUFFIX</li>
 134  * <li>WRAP_ALIGNMENT</li>
 135  * <li>EPS_RENDERING (Prompt each time|Lineart|Text) default for EPS rendering
 136  * style check</li>
 137  * <li>SORT_ALIGNMENT (No sort|Id|Pairwise Identity)</li>
 138  * <li>SEQUENCE_LINKS list of name|URL pairs for opening a url with
 139  * $SEQUENCE_ID$</li>
 140  * <li>STORED_LINKS list of name|url pairs which user has entered but are not
 141  * currently used
 142  * <li>DEFAULT_LINK name of single url to be used when user double clicks a
 143  * sequence id (must be in SEQUENCE_LINKS or STORED_LINKS)
 144  * <li>GROUP_LINKS list of name|URL[|&lt;separator&gt;] tuples - see
 145  * jalview.utils.GroupURLLink for more info</li>
 146  * <li>DEFAULT_BROWSER for unix</li>
 147  * <li>SHOW_MEMUSAGE boolean show memory usage and warning indicator on desktop
 148  * (false)</li>
 149  * <li>VERSION_CHECK (true) check for the latest release version from
 150  * www.jalview.org (or the alias given by the www.jalview.org property)</li>
 151  * <li>SHOW_NPFEATS_TOOLTIP (true) show non-positional features in the Sequence
 152  * ID tooltip</li>
 153  * <li>SHOW_DBREFS_TOOLTIP (true) show Database Cross References in the Sequence
 154  * ID tooltip</li>
 155  * <li>SHOW_UNCONSERVED (false) only render unconserved residues - conserved
 156  * displayed as '.'</li>
 157  * <li>SORT_BY_TREE (false) sort the current alignment view according to the
 158  * order of a newly displayed tree</li>
 159  * <li>DBFETCH_USEPICR (false) use PICR to recover valid DB references from
 160  * sequence ID strings before attempting retrieval from any datasource</li>
 161  * <li>SHOW_GROUP_CONSENSUS (false) Show consensus annotation for groups in the
 162  * alignment.</li>
 163  * <li>SHOW_GROUP_CONSERVATION (false) Show conservation annotation for groups
 164  * in the alignment.</li>
 165  * <li>SHOW_CONSENSUS_HISTOGRAM (false) Show consensus annotation row's
 166  * histogram.</li>
 167  * <li>SHOW_CONSENSUS_LOGO (false) Show consensus annotation row's sequence
 168  * logo.</li>
 169  * <li>NORMALISE_CONSENSUS_LOGO (false) Show consensus annotation row's sequence
 170  * logo normalised to row height rather than histogram height.</li>
 171  * <li>FOLLOW_SELECTIONS (true) Controls whether a new alignment view should
 172  * respond to selections made in other alignments containing the same sequences.
 173  * </li>
 174  * <li>SHOW_JWS2_SERVICES (true) when set to false, jalview will not
 175  * auto-discover JABAWS services</li>
 176  * <li>JWS2HOSTURLS comma-separated list of URLs to try for JABAWS services</li>
 177  * <li>SHOW_WSDISCOVERY_ERRORS (true) Controls if the web service URL discovery
 178  * warning dialog box is displayed.</li>
 179  * <li>ANNOTATIONCOLOUR_MIN (orange) Shade used for minimum value of annotation
 180  * when shading by annotation</li>
 181  * <li>ANNOTATIONCOLOUR_MAX (red) Shade used for maximum value of annotation
 182  * when shading by annotation</li>
 183  * <li>www.jalview.org (https://www.jalview.org) a property enabling all HTTP
 184  * requests to be redirected to a mirror of https://www.jalview.org</li>
 185  * <li>FIGURE_AUTOIDWIDTH (false) Expand the left hand column of an exported
 186  * alignment figure to accommodate even the longest sequence ID or annotation
 187  * label.</li>
 188  * <li>FIGURE_FIXEDIDWIDTH Specifies the width to use for the left-hand column
 189  * when exporting an alignment as a figure (setting FIGURE_AUTOIDWIDTH to true
 190  * will override this).</li>
 191  * <li>STRUCT_FROM_PDB (false) derive secondary structure annotation from PDB
 192  * record</li>
 193  * <li>USE_RNAVIEW (false) use RNAViewer to derive secondary structure</li>
 194  * <li>ADD_SS_ANN (false) add secondary structure annotation to alignment
 195  * display</li>
 196  * <li>ADD_TEMPFACT_ANN (false) add Temperature Factor annotation to alignment
 197  * display</li>
 198  * <li>STRUCTURE_DISPLAY choose from JMOL (default) or CHIMERA for 3D structure
 199  * display</li>
 200  * <li>CHIMERA_PATH specify full path to Chimera program (if non-standard)</li>
 201  * <li>ID_ORG_HOSTURL location of jalview service providing identifiers.org urls
 202  * </li>
 203  * <li>NONEWS - when set disables Jalview News from automatically appearing</li>
 204  * <li>NOHTMLTEMPLATES - when set, the
 205  * https://github.com/jalview/exporter-templates/tree/master/biojs repository is
 206  * not downloaded automatically</li>
 207  * <li>NOIDENTIFIERSSERVICE - when set, jalview won't automatically download
 208  * available URL linkouts via www.jalview.org/services/identifiers</li>
 209  * <li>
 210  * </ul>
 211  * Deprecated settings:
 212  * <ul>
 213  * *
 214  * <li>DISCOVERY_START - Boolean - controls if discovery services are queried on
 215  * startup (JWS1 services only)</li>
 216  * <li>DISCOVERY_URLS - comma separated list of Discovery Service endpoints.
 217  * (JWS1 services only)</li>
 218  * <li>SHOW_JWS1_SERVICES (true) enable or disable the original Jalview 2
 219  * services in the desktop GUI</li>
 220  * <li>ENABLE_RSBS_EDITOR (false for 2.7 release) enable or disable RSBS editing
 221  * panel in web service preferences</li>
 222  * </ul>
 223  *
 224  * @author $author$
 225  * @version $Revision$
 226  */
 227 public class Cache
 228 {
 229   /**
 230    * property giving log4j level for CASTOR loggers
 231    */
 232   public static final String CASTORLOGLEVEL = "logs.Castor.level";
 233
 234   /**
 235    * property giving log4j level for AXIS loggers
 236    */
 237   public static final String AXISLOGLEVEL = "logs.Axis.level";
 238
 239   /**
 240    * property giving log4j level for Jalview Log
 241    */
 242   public static final String JALVIEWLOGLEVEL = "logs.Jalview.level";
 243
 244   /**
 245    * Sifts settings
 246    */
 247   public static final String DEFAULT_SIFTS_DOWNLOAD_DIR = System
 248           .getProperty("user.home") + File.separatorChar
 249           + ".sifts_downloads" + File.separatorChar;
 250
 251   private final static String DEFAULT_CACHE_THRESHOLD_IN_DAYS = "2";
 252
 253   private final static String DEFAULT_FAIL_SAFE_PID_THRESHOLD = "30";
 254
 255   /**
 256    * Identifiers.org download settings
 257    */
 258   private static final String ID_ORG_FILE = System.getProperty("user.home")
 259           + File.separatorChar + ".identifiers.org.ids.json";
 260
 261   /**
 262    * Allowed values are PDB or mmCIF
 263    */
 264   private final static String PDB_DOWNLOAD_FORMAT = PDBEntry.Type.MMCIF
 265           .toString();
 266
 267   private final static String DEFAULT_PDB_FILE_PARSER = StructureImportSettings.StructureParser.JMOL_PARSER
 268           .toString();
 269
 270   /*
 271    * a date formatter using a fixed (rather than the user's) locale;
 272    * this ensures that date properties can be written and re-read successfully
 273    * even if the user changes their locale setting
 274    */
 275   private static final DateFormat date_format = SimpleDateFormat
 276           .getDateTimeInstance(SimpleDateFormat.MEDIUM,
 277                   SimpleDateFormat.MEDIUM, Locale.UK);
 278
 279   /**
 280    * Initialises the Jalview Application Log
 281    */
 282
 283   public final static String JALVIEW_LOGGER_NAME = "JalviewLogger";
 284
 285   // save the proxy properties set at startup
 286   public final static String[] startupProxyProperties = {
 287       System.getProperty("http.proxyHost"),
 288       System.getProperty("http.proxyPort"),
 289       System.getProperty("https.proxyHost"),
 290       System.getProperty("https.proxyPort"),
 291       System.getProperty("http.proxyUser"),
 292       System.getProperty("http.proxyPassword"),
 293       System.getProperty("https.proxyUser"),
 294       System.getProperty("https.proxyPassword"),
 295       System.getProperty("http.nonProxyHosts") };
 296
 297   public final static String PROXYTYPE_NONE = "none";
 298
 299   // "false" and "true" for backward compatibility
 300   public final static String PROXYTYPE_SYSTEM = "false";
 301
 302   public final static String PROXYTYPE_CUSTOM = "true";
 303
 304   // in-memory only storage of proxy password, safer to use char array
 305   public static char[] proxyAuthPassword = null;
 306
 307   /** Jalview Properties */
 308   public static Properties applicationProperties = new Properties()
 309   {
 310     // override results in properties output in alphabetical order
 311     @Override
 312     public synchronized Enumeration<Object> keys()
 313     {
 314       return Collections.enumeration(new TreeSet<>(super.keySet()));
 315     }
 316   };
 317
 318   /* build Properties (not all saved to .jalview_properties) */
 319   public static Properties buildProperties = new Properties();
 320
 321   /** Default file is ~/.jalview_properties */
 322   static String propertiesFile;
 323
 324   private static boolean propsAreReadOnly = Platform.isJS();
 325
 326   private final static String JS_PROPERTY_PREFIX = "jalview_";
 327
 328   /**
 329    * Loads properties from the given properties file. Any existing properties
 330    * are first cleared.
 331    */
 332   public static void loadProperties(String propsFile)
 333   {
 334     propertiesFile = propsFile;
 335     String releasePropertiesFile = null;
 336     boolean defaultProperties = false;
 337     if (propsFile == null && !propsAreReadOnly)
 338     {
 339       String channelPrefsFilename = ChannelProperties
 340               .getProperty("preferences.filename");
 341       String releasePrefsFilename = ".jalview_properties";
 342       propertiesFile = System.getProperty("user.home") + File.separatorChar
 343               + channelPrefsFilename;
 344       releasePropertiesFile = System.getProperty("user.home")
 345               + File.separatorChar + releasePrefsFilename;
 346       defaultProperties = true;
 347     }
 348     else
 349     {
 350       // don't corrupt the file we've been given.
 351       propsAreReadOnly = true;
 352     }
 353
 354     if (propertiesFile == null)
 355     { // BH 2019
 356       Platform.readInfoProperties(JS_PROPERTY_PREFIX,
 357               applicationProperties);
 358     }
 359     else
 360     {
 361       try
 362       {
 363         InputStream fis;
 364         try
 365         {
 366           // props file provided as URL
 367           fis = new URL(propertiesFile).openStream();
 368           System.out.println(
 369                   "Loading jalview properties from : " + propertiesFile);
 370           System.out.println(
 371                   "Disabling Jalview writing to user's local properties file.");
 372           propsAreReadOnly = true;
 373         } catch (Exception ex)
 374         {
 375           fis = null;
 376         }
 377         if (fis == null)
 378         {
 379           String readPropertiesFile = propertiesFile;
 380           // if we're using the usual properties file and the channel properties
 381           // file doesn't exist, read .jalview_properties
 382           // (but we'll still save to the channel properties file).
 383           if (defaultProperties && (!new File(propertiesFile).exists())
 384                   && (new File(releasePropertiesFile).exists()))
 385           {
 386             readPropertiesFile = releasePropertiesFile;
 387           }
 388           fis = new FileInputStream(readPropertiesFile);
 389         }
 390         applicationProperties.clear();
 391         applicationProperties.load(fis);
 392
 393         // remove any old build properties
 394
 395         deleteBuildProperties();
 396         fis.close();
 397       } catch (Exception ex)
 398       {
 399         System.out.println("Error reading properties file: " + ex);
 400       }
 401     }
 402
 403     /* TO BE REPLACED WITH PROXY_TYPE SETTINGS
 404     if (getDefault("USE_PROXY", false))
 405     {
 406       String proxyServer = getDefault("PROXY_SERVER", ""),
 407               proxyPort = getDefault("PROXY_PORT", "8080");
 408     }
 409     */
 410
 411     // PROXY TYPE settings (now three options "none", "false", "true", but using
 412     // backward compatible strings)
 413     String proxyType = getDefault("USE_PROXY", PROXYTYPE_SYSTEM);
 414     // default to upgrading old settings
 415     switch (proxyType)
 416     {
 417     case PROXYTYPE_NONE:
 418       clearProxyProperties();
 419       break;
 420     case PROXYTYPE_SYSTEM: // use system settings
 421       resetProxyProperties();
 422       break;
 423     case PROXYTYPE_CUSTOM: // use specified proxy settings
 424       String httpHost = getDefault("PROXY_SERVER", "");
 425       String httpPort = getDefault("PROXY_PORT", "8080");
 426       String httpsHost = getDefault("PROXY_SERVER_HTTPS", httpHost);
 427       String httpsPort = getDefault("PROXY_PORT_HTTPS", httpPort);
 428       String httpUser = getDefault("PROXY_AUTH_USER", null);
 429       // https.proxyUser and https.proxyPassword are not able to be
 430       // independently set in Preferences yet (or http.nonProxyHosts)
 431       String httpsUser = getDefault("PROXY_AUTH_USER_HTTPS", httpUser);
 432       setProxyProperties(httpHost, httpPort, httpsHost, httpsPort, httpUser,
 433               proxyAuthPassword, httpsUser, proxyAuthPassword, "localhost");
 434       break;
 435     default:
 436       String message = "Incorrect PROXY_TYPE - should be 'none' (clear proxy properties), 'false' (system settings), 'true' (custom settings): "
 437               + proxyType;
 438       Console.warn(message);
 439     }
 440
 441     // LOAD THE AUTHORS FROM THE authors.props file
 442     String authorDetails = resolveResourceURLFor("/authors.props");
 443
 444     try
 445     {
 446       if (authorDetails != null)
 447       {
 448         URL localJarFileURL = new URL(authorDetails);
 449         InputStream in = localJarFileURL.openStream();
 450         applicationProperties.load(in);
 451         in.close();
 452       }
 453     } catch (Exception ex)
 454     {
 455       System.out.println("Error reading author details: " + ex);
 456       authorDetails = null;
 457     }
 458     if (authorDetails == null)
 459     {
 460       applicationProperties.remove("AUTHORS");
 461       applicationProperties.remove("AUTHORFNAMES");
 462       applicationProperties.remove("YEAR");
 463     }
 464
 465     loadBuildProperties(false);
 466
 467     SiftsSettings
 468             .setMapWithSifts(Cache.getDefault("MAP_WITH_SIFTS", false));
 469
 470     SiftsSettings.setSiftDownloadDirectory(Cache
 471             .getDefault("sifts_download_dir", DEFAULT_SIFTS_DOWNLOAD_DIR));
 472
 473     SiftsSettings.setFailSafePIDThreshold(
 474             Cache.getDefault("sifts_fail_safe_pid_threshold",
 475                     DEFAULT_FAIL_SAFE_PID_THRESHOLD));
 476
 477     SiftsSettings.setCacheThresholdInDays(
 478             Cache.getDefault("sifts_cache_threshold_in_days",
 479                     DEFAULT_CACHE_THRESHOLD_IN_DAYS));
 480
 481     IdOrgSettings.setUrl(getDefault("ID_ORG_HOSTURL",
 482             "https://www.jalview.org/services/identifiers"));
 483     IdOrgSettings.setDownloadLocation(ID_ORG_FILE);
 484
 485     StructureImportSettings.setDefaultStructureFileFormat(
 486             Cache.getDefault("PDB_DOWNLOAD_FORMAT", PDB_DOWNLOAD_FORMAT));
 487     StructureImportSettings
 488             .setDefaultPDBFileParser(DEFAULT_PDB_FILE_PARSER);
 489     // StructureImportSettings
 490     // .setDefaultPDBFileParser(Cache.getDefault(
 491     // "DEFAULT_PDB_FILE_PARSER", DEFAULT_PDB_FILE_PARSER));
 492
 493     String jnlpVersion = System.getProperty("jalview.version");
 494
 495     // jnlpVersion will be null if a latest version check for the channel needs
 496     // to be done
 497     // Dont do this check if running in headless mode
 498
 499     if (jnlpVersion == null && getDefault("VERSION_CHECK", true)
 500             && (System.getProperty("java.awt.headless") == null || System
 501                     .getProperty("java.awt.headless").equals("false")))
 502     {
 503
 504       class VersionChecker extends Thread
 505       {
 506
 507         @Override
 508         public void run()
 509         {
 510           String remoteBuildPropertiesUrl = Cache
 511                   .getAppbaseBuildProperties();
 512
 513           String orgtimeout = System
 514                   .getProperty("sun.net.client.defaultConnectTimeout");
 515           if (orgtimeout == null)
 516           {
 517             orgtimeout = "30";
 518             System.out.println("# INFO: Setting default net timeout to "
 519                     + orgtimeout + " seconds.");
 520           }
 521           String remoteVersion = null;
 522           try
 523           {
 524             System.setProperty("sun.net.client.defaultConnectTimeout",
 525                     "5000");
 526             java.net.URL url = new java.net.URL(remoteBuildPropertiesUrl);
 527
 528             BufferedReader in = new BufferedReader(
 529                     new InputStreamReader(url.openStream()));
 530
 531             Properties remoteBuildProperties = new Properties();
 532             remoteBuildProperties.load(in);
 533             remoteVersion = remoteBuildProperties.getProperty("VERSION");
 534           } catch (Exception ex)
 535           {
 536             System.out
 537                     .println("Non-fatal exception when checking version at "
 538                             + remoteBuildPropertiesUrl + ":");
 539             System.out.println(ex);
 540             remoteVersion = getProperty("VERSION");
 541           }
 542           System.setProperty("sun.net.client.defaultConnectTimeout",
 543                   orgtimeout);
 544
 545           setProperty("LATEST_VERSION", remoteVersion);
 546         }
 547       }
 548
 549       VersionChecker vc = new VersionChecker();
 550       vc.start();
 551     }
 552     else
 553     {
 554       if (jnlpVersion != null)
 555       {
 556         setProperty("LATEST_VERSION", jnlpVersion);
 557       }
 558       else
 559       {
 560         applicationProperties.remove("LATEST_VERSION");
 561       }
 562     }
 563
 564     // LOAD USERDEFINED COLOURS
 565     Cache.initUserColourSchemes(getProperty("USER_DEFINED_COLOURS"));
 566     jalview.io.PIRFile.useModellerOutput = Cache.getDefault("PIR_MODELLER",
 567             false);
 568   }
 569
 570   /**
 571    * construct a resource URL for the given absolute resource pathname
 572    *
 573    * @param resourcePath
 574    * @return
 575    */
 576   private static String resolveResourceURLFor(String resourcePath)
 577   {
 578     String url = null;
 579     if (Platform.isJS() || !Cache.class.getProtectionDomain()
 580             .getCodeSource().getLocation().toString().endsWith(".jar"))
 581     {
 582       try
 583       {
 584         url = Cache.class.getResource(resourcePath).toString();
 585       } catch (Exception ex)
 586       {
 587         System.err.println("Failed to resolve resource " + resourcePath
 588                 + ": " + ex.getMessage());
 589       }
 590     }
 591     else
 592     {
 593       url = "jar:".concat(Cache.class.getProtectionDomain().getCodeSource()
 594               .getLocation().toString().concat("!" + resourcePath));
 595     }
 596     return url;
 597   }
 598
 599   public static void loadBuildProperties(boolean reportVersion)
 600   {
 601     String codeInstallation = getProperty("INSTALLATION");
 602     boolean printVersion = codeInstallation == null;
 603
 604     /*
 605      * read build properties - from the Jalview jar for a Java distribution,
 606      * or from codebase file in test or JalviewJS context
 607      */
 608     try
 609     {
 610       String buildDetails = resolveResourceURLFor("/.build_properties");
 611       URL localJarFileURL = new URL(buildDetails);
 612       InputStream in = localJarFileURL.openStream();
 613       buildProperties.load(in);
 614       in.close();
 615       if (buildProperties.getProperty("BUILD_DATE", null) != null)
 616       {
 617         applicationProperties.put("BUILD_DATE",
 618                 buildProperties.getProperty("BUILD_DATE"));
 619       }
 620       if (buildProperties.getProperty("INSTALLATION", null) != null)
 621       {
 622         applicationProperties.put("INSTALLATION",
 623                 buildProperties.getProperty("INSTALLATION"));
 624       }
 625       if (buildProperties.getProperty("VERSION", null) != null)
 626       {
 627         applicationProperties.put("VERSION",
 628                 buildProperties.getProperty("VERSION"));
 629       }
 630     } catch (Exception ex)
 631     {
 632       System.out.println("Error reading build details: " + ex);
 633       applicationProperties.remove("VERSION");
 634     }
 635     String codeVersion = getProperty("VERSION");
 636     codeInstallation = getProperty("INSTALLATION");
 637
 638     if (codeVersion == null)
 639     {
 640       // THIS SHOULD ONLY BE THE CASE WHEN TESTING!!
 641       codeVersion = "Test";
 642       codeInstallation = "";
 643     }
 644     else
 645     {
 646       codeInstallation = " (" + codeInstallation + ")";
 647     }
 648     setProperty("VERSION", codeVersion);
 649     new BuildDetails(codeVersion, null, codeInstallation);
 650     if (printVersion && reportVersion)
 651     {
 652       System.out.println(ChannelProperties.getProperty("app_name")
 653               + " Version: " + codeVersion + codeInstallation);
 654     }
 655   }
 656
 657   private static void deleteBuildProperties()
 658   {
 659     applicationProperties.remove("LATEST_VERSION");
 660     applicationProperties.remove("VERSION");
 661     applicationProperties.remove("AUTHORS");
 662     applicationProperties.remove("AUTHORFNAMES");
 663     applicationProperties.remove("YEAR");
 664     applicationProperties.remove("BUILD_DATE");
 665     applicationProperties.remove("INSTALLATION");
 666   }
 667
 668   /**
 669    * Gets Jalview application property of given key. Returns null if key not
 670    * found
 671    *
 672    * @param key
 673    *          Name of property
 674    *
 675    * @return Property value
 676    */
 677   public static String getProperty(String key)
 678   {
 679     String prop = applicationProperties.getProperty(key);
 680     if (prop == null && Platform.isJS())
 681     {
 682       prop = applicationProperties.getProperty(Platform.getUniqueAppletID()
 683               + "_" + JS_PROPERTY_PREFIX + key);
 684     }
 685     return prop;
 686   }
 687
 688   /**
 689    * These methods are used when checking if the saved preference is different
 690    * to the default setting
 691    */
 692
 693   public static boolean getDefault(String property, boolean def)
 694   {
 695     String string = getProperty(property);
 696     if (string != null)
 697     {
 698       def = Boolean.valueOf(string).booleanValue();
 699     }
 700
 701     return def;
 702   }
 703
 704   public static int getDefault(String property, int def)
 705   {
 706     String string = getProperty(property);
 707     if (string != null)
 708     {
 709       try
 710       {
 711         def = Integer.parseInt(string);
 712       } catch (NumberFormatException e)
 713       {
 714         System.out.println("Error parsing int property '" + property
 715                 + "' with value '" + string + "'");
 716       }
 717     }
 718
 719     return def;
 720   }
 721
 722   /**
 723    * Answers the value of the given property, or the supplied default value if
 724    * the property is not set
 725    */
 726   public static String getDefault(String property, String def)
 727   {
 728     String value = getProperty(property);
 729     return value == null ? def : value;
 730   }
 731
 732   /**
 733    * Stores property in the file "HOME_DIR/.jalview_properties"
 734    *
 735    * @param key
 736    *          Name of object
 737    * @param obj
 738    *          String value of property
 739    *
 740    * @return previous value of property (or null)
 741    */
 742   public static Object setProperty(String key, String obj)
 743   {
 744     Object oldValue = null;
 745     try
 746     {
 747       oldValue = applicationProperties.setProperty(key, obj);
 748       if (propertiesFile != null && !propsAreReadOnly)
 749       {
 750         FileOutputStream out = new FileOutputStream(propertiesFile);
 751         applicationProperties.store(out, "---JalviewX Properties File---");
 752         out.close();
 753       }
 754     } catch (Exception ex)
 755     {
 756       System.out.println(
 757               "Error setting property: " + key + " " + obj + "\n" + ex);
 758     }
 759     return oldValue;
 760   }
 761
 762   /**
 763    * remove the specified property from the jalview properties file
 764    *
 765    * @param string
 766    */
 767   public static void removeProperty(String string)
 768   {
 769     applicationProperties.remove(string);
 770     saveProperties();
 771   }
 772
 773   /**
 774    * save the properties to the jalview properties path
 775    */
 776   public static void saveProperties()
 777   {
 778     if (!propsAreReadOnly)
 779     {
 780       try
 781       {
 782         FileOutputStream out = new FileOutputStream(propertiesFile);
 783         applicationProperties.store(out, "---JalviewX Properties File---");
 784         out.close();
 785       } catch (Exception ex)
 786       {
 787         System.out.println("Error saving properties: " + ex);
 788       }
 789     }
 790   }
 791
 792   /**
 793    * internal vamsas class discovery state
 794    */
 795   private static int vamsasJarsArePresent = -1;
 796
 797   /**
 798    * Searches for vamsas client classes on class path.
 799    *
 800    * @return true if vamsas client is present on classpath
 801    */
 802   public static boolean vamsasJarsPresent()
 803   {
 804     if (vamsasJarsArePresent == -1)
 805     {
 806       try
 807       {
 808         if (jalview.jbgui.GDesktop.class.getClassLoader()
 809                 .loadClass("uk.ac.vamsas.client.VorbaId") != null)
 810         {
 811           Console.debug("Found Vamsas Classes (uk.ac..vamsas.client.VorbaId can be loaded)");
 812           vamsasJarsArePresent = 1;
 813           JLoggerLog4j lvclient = JLoggerLog4j.getLogger("uk.ac.vamsas",
 814                   Console.getCachedLogLevel("logs.Vamsas.Level"));
 815           JLoggerLog4j.addAppender(lvclient, Console.log, JALVIEW_LOGGER_NAME);
 816           // Tell the user that debug is enabled
 817           lvclient.debug(ChannelProperties.getProperty("app_name")
 818                   + " Vamsas Client Debugging Output Follows.");
 819         }
 820       } catch (Exception e)
 821       {
 822         vamsasJarsArePresent = 0;
 823         Console.debug("Vamsas Classes are not present");
 824       }
 825     }
 826     return (vamsasJarsArePresent > 0);
 827   }
 828
 829   /**
 830    * internal vamsas class discovery state
 831    */
 832   private static int groovyJarsArePresent = -1;
 833
 834   /**
 835    * Searches for vamsas client classes on class path.
 836    *
 837    * @return true if vamsas client is present on classpath
 838    */
 839   public static boolean groovyJarsPresent()
 840   {
 841     if (groovyJarsArePresent == -1)
 842     {
 843       try
 844       {
 845         if (Cache.class.getClassLoader()
 846                 .loadClass("groovy.lang.GroovyObject") != null)
 847         {
 848           Console.debug("Found Groovy (groovy.lang.GroovyObject can be loaded)");
 849           groovyJarsArePresent = 1;
 850           JLoggerLog4j lgclient = JLoggerLog4j.getLogger("groovy",
 851                   Console.getCachedLogLevel("logs.Groovy.Level"));
 852           JLoggerLog4j.addAppender(lgclient, Console.log, JALVIEW_LOGGER_NAME);
 853           // Tell the user that debug is enabled
 854           lgclient.debug(ChannelProperties.getProperty("app_name")
 855                   + " Groovy Client Debugging Output Follows.");
 856         }
 857       } catch (Error e)
 858       {
 859         groovyJarsArePresent = 0;
 860         Console.debug("Groovy Classes are not present", e);
 861       } catch (Exception e)
 862       {
 863         groovyJarsArePresent = 0;
 864         Console.debug("Groovy Classes are not present");
 865       }
 866     }
 867     return (groovyJarsArePresent > 0);
 868   }
 869
 870   /**
 871    * GA tracker object - actually JGoogleAnalyticsTracker null if tracking not
 872    * enabled.
 873    */
 874   protected static Object tracker = null;
 875
 876   protected static Class trackerfocus = null;
 877
 878   protected static Class jgoogleanalyticstracker = null;
 879
 880   /**
 881    * Initialise the google tracker if it is not done already.
 882    */
 883   public static void initGoogleTracker()
 884   {
 885     if (tracker == null)
 886     {
 887       if (jgoogleanalyticstracker == null)
 888       {
 889         // try to get the tracker class
 890         try
 891         {
 892           jgoogleanalyticstracker = Cache.class.getClassLoader().loadClass(
 893                   "com.boxysystems.jgoogleanalytics.JGoogleAnalyticsTracker");
 894           trackerfocus = Cache.class.getClassLoader()
 895                   .loadClass("com.boxysystems.jgoogleanalytics.FocusPoint");
 896         } catch (Exception e)
 897         {
 898           Console.debug("com.boxysystems.jgoogleanalytics package is not present - tracking not enabled.");
 899           tracker = null;
 900           jgoogleanalyticstracker = null;
 901           trackerfocus = null;
 902           return;
 903         }
 904       }
 905       // now initialise tracker
 906       Exception re = null, ex = null;
 907       Error err = null;
 908       String vrs = "No Version Accessible";
 909       try
 910       {
 911         // Google analytics tracking code for Library Finder
 912         tracker = jgoogleanalyticstracker
 913                 .getConstructor(new Class[]
 914                 { String.class, String.class, String.class })
 915                 .newInstance(new Object[]
 916                 { ChannelProperties.getProperty("app_name") + " Desktop",
 917                     (vrs = Cache.getProperty("VERSION") + "_"
 918                             + Cache.getDefault("BUILD_DATE", "unknown")),
 919                     "UA-9060947-1" });
 920         jgoogleanalyticstracker
 921                 .getMethod("trackAsynchronously", new Class[]
 922                 { trackerfocus })
 923                 .invoke(tracker, new Object[]
 924                 { trackerfocus.getConstructor(new Class[] { String.class })
 925                         .newInstance(new Object[]
 926                         { "Application Started." }) });
 927       } catch (RuntimeException e)
 928       {
 929         re = e;
 930       } catch (Exception e)
 931       {
 932         ex = e;
 933       } catch (Error e)
 934       {
 935         err = e;
 936       }
 937       if (re != null || ex != null || err != null)
 938       {
 939         if (re != null)
 940         {
 941           Console.debug("Caught runtime exception in googletracker init:", re);
 942         }
 943         if (ex != null)
 944         {
 945           Console.warn("Failed to initialise GoogleTracker for Jalview Desktop with version "
 946                   + vrs, ex);
 947         }
 948         if (err != null)
 949         {
 950           Console.error("Whilst initing GoogleTracker for Jalview Desktop version "
 951                   + vrs, err);
 952         }
 953       }
 954       else
 955       {
 956         Console.debug("Successfully initialised tracker.");
 957       }
 958     }
 959   }
 960
 961   /**
 962    * get the user's default colour if available
 963    *
 964    * @param property
 965    * @param defcolour
 966    * @return
 967    */
 968   public static Color getDefaultColour(String property, Color defcolour)
 969   {
 970     String colprop = getProperty(property);
 971     if (colprop == null)
 972     {
 973       return defcolour;
 974     }
 975     Color col = ColorUtils.parseColourString(colprop);
 976     if (col == null)
 977     {
 978       Console.warn("Couldn't parse '" + colprop + "' as a colour for " + property);
 979     }
 980     return (col == null) ? defcolour : col;
 981   }
 982
 983   /**
 984    * store a colour as a Jalview user default property
 985    *
 986    * @param property
 987    * @param colour
 988    */
 989   public static void setColourProperty(String property, Color colour)
 990   {
 991     setProperty(property, jalview.util.Format.getHexString(colour));
 992   }
 993
 994   /**
 995    * Stores a formatted date in a jalview property, using a fixed locale.
 996    *
 997    * @param propertyName
 998    * @param date
 999    * @return the formatted date string
1000    */
1001   public static String setDateProperty(String propertyName, Date date)
1002   {
1003     String formatted = date_format.format(date);
1004     setProperty(propertyName, formatted);
1005     return formatted;
1006   }
1007
1008   /**
1009    * Reads a date stored in a Jalview property, parses it (using a fixed locale
1010    * format) and returns as a Date, or null if parsing fails
1011    *
1012    * @param propertyName
1013    * @return
1014    *
1015    */
1016   public static Date getDateProperty(String propertyName)
1017   {
1018     String val = getProperty(propertyName);
1019     if (val != null)
1020     {
1021       try
1022       {
1023         return date_format.parse(val);
1024       } catch (Exception ex)
1025       {
1026         System.err.println("Invalid or corrupt date in property '"
1027                 + propertyName + "' : value was '" + val + "'");
1028       }
1029     }
1030     return null;
1031   }
1032
1033   /**
1034    * get and parse a property as an integer. send any parsing problems to
1035    * System.err
1036    *
1037    * @param property
1038    * @return null or Integer
1039    */
1040   public static Integer getIntegerProperty(String property)
1041   {
1042     String val = getProperty(property);
1043     if (val != null && (val = val.trim()).length() > 0)
1044     {
1045       try
1046       {
1047         return Integer.valueOf(val);
1048       } catch (NumberFormatException x)
1049       {
1050         System.err.println("Invalid integer in property '" + property
1051                 + "' (value was '" + val + "')");
1052       }
1053     }
1054     return null;
1055   }
1056
1057   /**
1058    * Set the specified value, or remove it if null or empty. Does not save the
1059    * properties file.
1060    *
1061    * @param propName
1062    * @param value
1063    */
1064   public static void setOrRemove(String propName, String value)
1065   {
1066     if (propName == null)
1067     {
1068       return;
1069     }
1070     if (value == null || value.trim().length() < 1)
1071     {
1072       Cache.applicationProperties.remove(propName);
1073     }
1074     else
1075     {
1076       Cache.applicationProperties.setProperty(propName, value);
1077     }
1078   }
1079
1080   /**
1081    * Loads in user colour schemes from files.
1082    *
1083    * @param files
1084    *          a '|'-delimited list of file paths
1085    */
1086   public static void initUserColourSchemes(String files)
1087   {
1088     if (files == null || files.length() == 0)
1089     {
1090       return;
1091     }
1092
1093     // In case colours can't be loaded, we'll remove them
1094     // from the default list here.
1095     StringBuffer coloursFound = new StringBuffer();
1096     StringTokenizer st = new StringTokenizer(files, "|");
1097     while (st.hasMoreElements())
1098     {
1099       String file = st.nextToken();
1100       try
1101       {
1102         UserColourScheme ucs = ColourSchemeLoader.loadColourScheme(file);
1103         if (ucs != null)
1104         {
1105           if (coloursFound.length() > 0)
1106           {
1107             coloursFound.append("|");
1108           }
1109           coloursFound.append(file);
1110           ColourSchemes.getInstance().registerColourScheme(ucs);
1111         }
1112       } catch (Exception ex)
1113       {
1114         System.out.println("Error loading User ColourFile\n" + ex);
1115       }
1116     }
1117     if (!files.equals(coloursFound.toString()))
1118     {
1119       if (coloursFound.toString().length() > 1)
1120       {
1121         setProperty(UserDefinedColours.USER_DEFINED_COLOURS,
1122                 coloursFound.toString());
1123       }
1124       else
1125       {
1126         applicationProperties
1127                 .remove(UserDefinedColours.USER_DEFINED_COLOURS);
1128       }
1129     }
1130   }
1131
1132   /**
1133    * Initial logging information helper for various versions output
1134    *
1135    * @param prefix
1136    * @param value
1137    * @param defaultValue
1138    */
1139   private static void appendIfNotNull(StringBuilder sb, String prefix,
1140           String value, String suffix, String defaultValue)
1141   {
1142     if (value == null && defaultValue == null)
1143     {
1144       return;
1145     }
1146     String line = prefix + (value != null ? value : defaultValue) + suffix;
1147     sb.append(line);
1148   }
1149
1150   /**
1151    *
1152    * @return Jalview version, build details and JVM platform version for console
1153    */
1154   public static String getVersionDetailsForConsole()
1155   {
1156     StringBuilder sb = new StringBuilder();
1157     sb.append(ChannelProperties.getProperty("app_name"))
1158             .append(" Version: ");
1159     sb.append(Cache.getDefault("VERSION", "TEST"));
1160     sb.append("\n");
1161     sb.append(ChannelProperties.getProperty("app_name"))
1162             .append(" Installation: ");
1163     sb.append(Cache.getDefault("INSTALLATION", "unknown"));
1164     sb.append("\n");
1165     sb.append("Build Date: ");
1166     sb.append(Cache.getDefault("BUILD_DATE", "unknown"));
1167     sb.append("\n");
1168     sb.append("Java version: ");
1169     sb.append(System.getProperty("java.version"));
1170     sb.append("\n");
1171     sb.append(System.getProperty("os.arch"));
1172     sb.append(" ");
1173     sb.append(System.getProperty("os.name"));
1174     sb.append(" ");
1175     sb.append(System.getProperty("os.version"));
1176     sb.append("\n");
1177     appendIfNotNull(sb, "Install4j version: ",
1178             System.getProperty("sys.install4jVersion"), "\n", null);
1179     appendIfNotNull(sb, "Install4j template version: ",
1180             System.getProperty("installer_template_version"), "\n", null);
1181     appendIfNotNull(sb, "Launcher version: ",
1182             System.getProperty("launcher_version"), "\n", null);
1183     LookAndFeel laf = UIManager.getLookAndFeel();
1184     String lafName = laf == null ? "Not obtained" : laf.getName();
1185     String lafClass = laf == null ? "unknown" : laf.getClass().getName();
1186     sb.append("LookAndFeel: ");
1187     sb.append(lafName);
1188     sb.append(" (");
1189     sb.append(lafClass);
1190     sb.append(")\n");
1191     // Not displayed in release version ( determined by possible version number
1192     // regex 9[9.]*9[.-_a9]* )
1193     if (Pattern.matches("^\\d[\\d\\.]*\\d[\\.\\-\\w]*$",
1194             Cache.getDefault("VERSION", "TEST")))
1195     {
1196       appendIfNotNull(sb, "Getdown appdir: ",
1197               System.getProperty("getdownappdir"), "\n", null);
1198       appendIfNotNull(sb, "Getdown appbase: ",
1199               System.getProperty("getdownappbase"), "\n", null);
1200       appendIfNotNull(sb, "Java home: ", System.getProperty("java.home"),
1201               "\n", "unknown");
1202     }
1203     return sb.toString();
1204   }
1205
1206   /**
1207    *
1208    * @return build details as reported in splashscreen
1209    */
1210   public static String getBuildDetailsForSplash()
1211   {
1212     // consider returning more human friendly info
1213     // eg 'built from Source' or update channel
1214     return Cache.getDefault("INSTALLATION", "unknown");
1215   }
1216
1217   public static String getStackTraceString(Throwable t)
1218   {
1219     StringWriter sw = new StringWriter();
1220     PrintWriter pw = new PrintWriter(sw);
1221     t.printStackTrace(pw);
1222     return sw.toString();
1223   }
1224
1225   // proxy properties methods
1226   public static void clearProxyProperties()
1227   {
1228     setProxyProperties(null, null, null, null, null, null, null, null,
1229             null);
1230   }
1231
1232   public static void resetProxyProperties()
1233   {
1234     setProxyProperties(startupProxyProperties[0], startupProxyProperties[1],
1235             startupProxyProperties[2], startupProxyProperties[3],
1236             startupProxyProperties[4],
1237             startupProxyProperties[5] == null ? null
1238                     : startupProxyProperties[5].toCharArray(),
1239             startupProxyProperties[6],
1240             startupProxyProperties[7] == null ? null
1241                     : startupProxyProperties[7].toCharArray(),
1242             startupProxyProperties[8]);
1243     StringBuilder sb = new StringBuilder();
1244     sb.append("Setting proxy properties to: http.proxyHost=")
1245             .append(startupProxyProperties[0]).append(", http.proxyPort=")
1246             .append(startupProxyProperties[1])
1247             .append(startupProxyProperties[4] != null
1248                     && !startupProxyProperties[4].isEmpty()
1249                             ? " [" + startupProxyProperties[4] + "]"
1250                             : "")
1251             .append(", https.proxyHost=").append(startupProxyProperties[2])
1252             .append(", https.proxyPort=").append(startupProxyProperties[3])
1253             .append(startupProxyProperties[6] != null
1254                     && !startupProxyProperties[6].isEmpty()
1255                             ? " [" + startupProxyProperties[6] + "]"
1256                             : "");
1257
1258     Console.debug(sb.toString());
1259   }
1260
1261   public static void setProxyPropertiesFromPreferences()
1262   {
1263     setProxyPropertiesFromPreferences(Cache.PROXYTYPE_SYSTEM);
1264   }
1265
1266   public static void setProxyPropertiesFromPreferences(
1267           String previousProxyType)
1268   {
1269     String proxyType = Cache.getDefault("USE_PROXY",
1270             Cache.PROXYTYPE_SYSTEM);
1271     if (previousProxyType != null
1272             && !proxyType.equals(Cache.PROXYTYPE_CUSTOM) // always apply
1273                                                          // customProxy
1274             && proxyType.equals(previousProxyType))
1275     {
1276       // no change
1277       return;
1278     }
1279     switch (proxyType)
1280     {
1281     case Cache.PROXYTYPE_NONE:
1282       if (!previousProxyType.equals(proxyType))
1283       {
1284         Console.info("Setting no proxy settings");
1285         Cache.setProxyProperties(null, null, null, null, null, null, null,
1286                 null, null);
1287       }
1288       break;
1289     case Cache.PROXYTYPE_CUSTOM:
1290       // always re-set a custom proxy -- it might have changed, particularly
1291       // password
1292       Console.info("Setting custom proxy settings");
1293       boolean proxyAuthSet = Cache.getDefault("PROXY_AUTH", false);
1294       Cache.setProxyProperties(Cache.getDefault("PROXY_SERVER", null),
1295               Cache.getDefault("PROXY_PORT", null),
1296               Cache.getDefault("PROXY_SERVER_HTTPS", null),
1297               Cache.getDefault("PROXY_PORT_HTTPS", null),
1298               proxyAuthSet ? Cache.getDefault("PROXY_AUTH_USERNAME", "")
1299                       : null,
1300               proxyAuthSet ? Cache.proxyAuthPassword : null,
1301               proxyAuthSet ? Cache.getDefault("PROXY_AUTH_USERNAME", "")
1302                       : null,
1303               proxyAuthSet ? Cache.proxyAuthPassword : null, "localhost");
1304       break;
1305     default: // system proxy settings by default
1306       Console.info("Setting system proxy settings");
1307       Cache.resetProxyProperties();
1308     }
1309   }
1310
1311   public static void setProxyProperties(String httpHost, String httpPort,
1312           String httpsHost, String httpsPort, String httpUser,
1313           char[] httpPassword, String httpsUser, char[] httpsPassword,
1314           String nonProxyHosts)
1315   {
1316     setOrClearSystemProperty("http.proxyHost", httpHost);
1317     setOrClearSystemProperty("http.proxyPort", httpPort);
1318     setOrClearSystemProperty("https.proxyHost", httpsHost);
1319     setOrClearSystemProperty("https.proxyPort", httpsPort);
1320     setOrClearSystemProperty("http.proxyUser", httpUser);
1321     setOrClearSystemProperty("https.proxyUser", httpsUser);
1322     // note: passwords for http.proxyPassword and https.proxyPassword are sent
1323     // via the Authenticator, properties do not need to be set
1324
1325     // are we using a custom proxy (password prompt might be required)?
1326     boolean customProxySet = getDefault("USE_PROXY", PROXYTYPE_SYSTEM)
1327             .equals(PROXYTYPE_CUSTOM);
1328
1329     /*
1330      * A bug in Java means the AuthCache does not get reset, so once it has working credentials,
1331      * it never asks for more, so changing the Authenticator has no effect (as getPasswordAuthentication()
1332      * is not re-called).
1333      * This could lead to password leak to a hostile proxy server, so I'm putting in a hack to clear
1334      * the AuthCache.
1335      * see https://www.generacodice.com/en/articolo/154918/Reset-the-Authenticator-credentials
1336      * ...
1337      * Turns out this is only accessible in Java 8, and not in Java 9 onwards, so commenting out
1338      */
1339     /*
1340     try
1341     {
1342       sun.net.www.protocol.http.AuthCacheValue
1343               .setAuthCache(new sun.net.www.protocol.http.AuthCacheImpl());
1344     } catch (Throwable t)
1345     {
1346       Cache.error(t.getMessage());
1347       Cache.debug(getStackTraceString(t));
1348     }
1349     */
1350
1351     if (httpUser != null || httpsUser != null)
1352     {
1353       try
1354       {
1355         char[] displayHttpPw = new char[httpPassword == null ? 0
1356                 : httpPassword.length];
1357         Arrays.fill(displayHttpPw, '*');
1358         Console.debug("CACHE Proxy: setting new Authenticator with httpUser='"
1359                 + httpUser + "' httpPassword='" + displayHttpPw + "'");
1360         if (!Platform.isJS())
1361         /* *
1362          * java.net.Authenticator not implemented in SwingJS yet
1363          *
1364          * @j2sIgnore
1365          *
1366          */
1367         {
1368           Authenticator.setDefault(new Authenticator()
1369           {
1370             @Override
1371             protected PasswordAuthentication getPasswordAuthentication()
1372             {
1373               if (getRequestorType() == RequestorType.PROXY)
1374               {
1375                 String protocol = getRequestingProtocol();
1376                 boolean needProxyPasswordSet = false;
1377                 if (customProxySet &&
1378                 // we have a username but no password for the scheme being
1379                 // requested
1380                 (protocol.equalsIgnoreCase("http")
1381                         && (httpUser != null && httpUser.length() > 0
1382                                 && (httpPassword == null
1383                                         || httpPassword.length == 0)))
1384                         || (protocol.equalsIgnoreCase("https")
1385                                 && (httpsUser != null
1386                                         && httpsUser.length() > 0
1387                                         && (httpsPassword == null
1388                                                 || httpsPassword.length == 0))))
1389                 {
1390                   // open Preferences -> Connections
1391                   String message = MessageManager
1392                           .getString("label.proxy_password_required");
1393                   Preferences.openPreferences(
1394                           Preferences.TabRef.CONNECTIONS_TAB, message);
1395                   Preferences.getInstance()
1396                           .proxyAuthPasswordCheckHighlight(true, true);
1397                 }
1398                 else
1399                 {
1400                   try
1401                   {
1402                     if (protocol.equalsIgnoreCase("http")
1403                             && getRequestingHost()
1404                                     .equalsIgnoreCase(httpHost)
1405                             && getRequestingPort() == Integer
1406                                     .valueOf(httpPort))
1407                     {
1408                       Console.debug(
1409                               "AUTHENTICATOR returning PasswordAuthentication(\""
1410                                       + httpUser + "\", '"
1411                                       + new String(displayHttpPw) + "')");
1412                       return new PasswordAuthentication(httpUser,
1413                               httpPassword);
1414                     }
1415                     if (protocol.equalsIgnoreCase("https")
1416                             && getRequestingHost()
1417                                     .equalsIgnoreCase(httpsHost)
1418                             && getRequestingPort() == Integer
1419                                     .valueOf(httpsPort))
1420                     {
1421                       char[] displayHttpsPw = new char[httpPassword.length];
1422                       Arrays.fill(displayHttpsPw, '*');
1423                       Console.debug(
1424                               "AUTHENTICATOR returning PasswordAuthentication(\""
1425                                       + httpsUser + "\", '" + displayHttpsPw
1426                                       + "'");
1427                       return new PasswordAuthentication(httpsUser,
1428                               httpsPassword);
1429                     }
1430                   } catch (NumberFormatException e)
1431                   {
1432                     Console.error("Problem with proxy port values [http:"
1433                             + httpPort + ", https:" + httpsPort + "]");
1434                   }
1435                   Console.debug(
1436                           "AUTHENTICATOR after trying to get PasswordAuthentication");
1437                 }
1438               }
1439               // non proxy request
1440               Console.debug("AUTHENTICATOR returning null");
1441               return null;
1442             }
1443           });
1444         } // end of j2sIgnore for java.net.Authenticator
1445
1446         // required to re-enable basic authentication (should be okay for a
1447         // local proxy)
1448         Console.debug(
1449                 "AUTHENTICATOR setting property 'jdk.http.auth.tunneling.disabledSchemes' to \"\"");
1450         System.setProperty("jdk.http.auth.tunneling.disabledSchemes", "");
1451       } catch (SecurityException e)
1452       {
1453         Console.error("Could not set default Authenticator");
1454         Console.debug(getStackTraceString(e));
1455       }
1456     }
1457     else
1458     {
1459       // reset the Authenticator to protect http.proxyUser and
1460       // http.proxyPassword Just In Case
1461       /* as noted above, due to bug in java this doesn't work if the sun.net.www.protocol.http.AuthCache
1462        * has working credentials. No workaround for Java 11.
1463        */
1464       if (!Platform.isJS())
1465       /* *
1466        * java.net.Authenticator not implemented in SwingJS yet
1467        *
1468        * @j2sIgnore
1469        *
1470        */
1471       {
1472         Console.debug("AUTHENTICATOR setting default Authenticator to null");
1473         Authenticator.setDefault(null);
1474       }
1475     }
1476
1477     // nonProxyHosts not currently configurable in Preferences
1478     Console.debug("AUTHENTICATOR setting property 'http.nonProxyHosts' to \""
1479             + nonProxyHosts + "\"");
1480     setOrClearSystemProperty("http.nonProxyHosts", nonProxyHosts);
1481   }
1482
1483   public static void setOrClearSystemProperty(String key, char[] value)
1484   {
1485     setOrClearSystemProperty(key,
1486             (value == null) ? null : new String(value));
1487   }
1488
1489   public static void setOrClearSystemProperty(String key, String value)
1490   {
1491     if (key == null)
1492     {
1493       return;
1494     }
1495     if (value == null)
1496     {
1497       System.clearProperty(key);
1498     }
1499     else
1500     {
1501       System.setProperty(key, value);
1502     }
1503   }
1504
1505   /**
1506    * Getdown appbase methods
1507    */
1508
1509   private static final String releaseAppbase;
1510
1511   private static String getdownAppbase;
1512
1513   private static String getdownDistDir;
1514
1515   static
1516   {
1517     if (!Platform.isJS())
1518     {
1519       Float specversion = Float
1520               .parseFloat(System.getProperty("java.specification.version"));
1521       releaseAppbase = (specversion < 9)
1522               ? "https://www.jalview.org/getdown/release/1.8"
1523               : "https://www.jalview.org/getdown/release/11";
1524     }
1525     else
1526     {
1527       // this value currenly made up, can be changed to URL that will be
1528       // "https://www.jalview.org/jalview-js/swingjs/j2s/build_properties"
1529       releaseAppbase = "https://www.jalview.org/jalview-js";
1530       getdownAppbase = releaseAppbase;
1531       getdownDistDir = "/swingjs/j2s";
1532     }
1533   }
1534
1535   // look for properties (passed in by getdown) otherwise default to release
1536   private static void setGetdownAppbase()
1537   {
1538     if (getdownAppbase != null)
1539     {
1540       return;
1541     }
1542     String appbase = System.getProperty("getdownappbase");
1543     String distDir = System.getProperty("getdowndistdir");
1544     if (appbase == null)
1545     {
1546       appbase = buildProperties.getProperty("GETDOWNAPPBASE");
1547       distDir = buildProperties.getProperty("GETDOWNAPPDISTDIR");
1548     }
1549     if (appbase == null)
1550     {
1551       appbase = releaseAppbase;
1552       distDir = "release";
1553     }
1554     if (appbase.endsWith("/"))
1555     {
1556       appbase = appbase.substring(0, appbase.length() - 1);
1557     }
1558     if (distDir == null)
1559     {
1560       distDir = appbase.equals(releaseAppbase) ? "release" : "alt";
1561     }
1562     getdownAppbase = appbase;
1563     getdownDistDir = distDir;
1564   }
1565
1566   public static String getGetdownAppbase()
1567   {
1568     setGetdownAppbase();
1569     return getdownAppbase;
1570   }
1571
1572   public static String getAppbaseBuildProperties()
1573   {
1574     String appbase = getGetdownAppbase();
1575     return appbase + "/" + getdownDistDir + "/build_properties";
1576   }
1577 }