src/jalview/bin/Cache.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
   3  * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.bin;
  19
  20 import java.io.*;
  21 import java.util.*;
  22
  23 import org.apache.log4j.*;
  24 import org.biojava.dasobert.dasregistry.Das1Source;
  25
  26 /**
  27  * Stores and retrieves Jalview Application Properties Lists and fields within
  28  * list entries are separated by '|' symbols unless otherwise stated (|) clauses
  29  * are alternative values for a tag. <br>
  30  * <br>
  31  * Current properties include:
  32  * <ul>
  33  * <br>
  34  * logs.Axis.Level - one of the stringified Levels for log4j controlling the
  35  * logging level for axis (used for web services) <br>
  36  * </li>
  37  * <li>logs.Castor.Level - one of the stringified Levels for log4j controlling
  38  * the logging level for castor (used for serialization) <br>
  39  * </li>
  40  * <li>logs.Jalview.Level - Cache.log stringified level. <br>
  41  * </li>
  42  * <li>DISCOVERY_START - Boolean - controls if discovery services are queried on
  43  * startup</li>
  44  * <li>DISCOVERY_URLS - comma separated list of Discovery Service endpoints.</li>
  45  * <li>SCREEN_WIDTH</li>
  46  * <li>SCREEN_HEIGHT</li>
  47  * <li>SCREEN_Y=285</li>
  48  * <li>SCREEN_X=371</li>
  49  * <li>SHOW_FULLSCREEN boolean</li>
  50  * <li>FONT_NAME java font name for alignment text display</li>
  51  * <li>FONT_SIZE size of displayed alignment text</li>
  52  * <li>FONT_STYLE style of font displayed (sequence labels are always italic)</li>
  53  * <li>GAP_SYMBOL character to treat as gap symbol (usually -,.,' ')</li>
  54  * <li>LAST_DIRECTORY last directory for browsing alignment</li>
  55  * <li>USER_DEFINED_COLOURS list of user defined colour scheme files</li>
  56  * <li>SHOW_FULL_ID show id with '/start-end' numbers appended</li>
  57  * <li>SHOW_IDENTITY show percentage identity annotation</li>
  58  * <li>SHOW_QUALITY show alignment quality annotation</li>
  59  * <li>SHOW_ANNOTATIONS show alignment annotation rows</li>
  60  * <li>SHOW_CONSERVATION show alignment conservation annotation</li>
  61  * <li>CENTRE_COLUMN_LABELS centre the labels at each column in a displayed
  62  * annotation row</li>
  63  * <li>DEFAULT_COLOUR default colour scheme to apply for a new alignment</li>
  64  * <li>DEFAULT_FILE_FORMAT file format used to save</li>
  65  * <li>STARTUP_FILE file loaded on startup (may be a fully qualified url)</li>
  66  * <li>SHOW_STARTUP_FILE flag to control loading of startup file</li>
  67  * <li>VERSION the version of the jalview build</li>
  68  * <li>BUILD_DATE date of this build</li>
  69  * <li>LATEST_VERSION the latest jalview version advertised on the
  70  * www.jalview.org</li>
  71  * <li>PIR_MODELLER boolean indicating if PIR files are written with MODELLER
  72  * descriptions</li>
  73  * <li>(FASTA,MSF,PILEUP,CLUSTAL,BLC,PIR,PFAM)_JVSUFFIX boolean for adding jv
  74  * suffix to file</li>
  75  * <li>RECENT_URL list of recently retrieved URLs</li>
  76  * <li>RECENT_FILE list of recently opened files</li>
  77  * <li>USE_PROXY flag for whether a http proxy is to be used</li>
  78  * <li>PROXY_SERVER the proxy</li>
  79  * <li>PROXY_PORT</li>
  80  * <li>NOQUESTIONNAIRES true to prevent jalview from checking the questionnaire
  81  * service</li>
  82  * <li>QUESTIONNAIRE last questionnaire:responder id string from questionnaire
  83  * service</li>
  84  * <li>USAGESTATS (false - user prompted) Enable google analytics tracker for
  85  * collecting usage statistics</li>
  86  * <li>DAS_LOCAL_SOURCE list of local das sources</li>
  87  * <li>SHOW_OVERVIEW boolean for overview window display</li>
  88  * <li>ANTI_ALIAS boolean for smooth fonts</li>
  89  * <li>RIGHT_ALIGN_IDS boolean</li>
  90  * <li>AUTO_CALC_CONSENSUS boolean for automatic recalculation of consensus</li>
  91  * <li>PAD_GAPS boolean</li>
  92  * <li>ID_ITALICS boolean</li>
  93  * <li>SHOW_JV_SUFFIX</li>
  94  * <li>WRAP_ALIGNMENT</li>
  95  * <li>EPS_RENDERING (Prompt each time|Lineart|Text) default for EPS rendering
  96  * style check</li>
  97  * <li>SORT_ALIGNMENT (No sort|Id|Pairwise Identity)</li>
  98  * <li>SEQUENCE_LINKS list of name|URL pairs for opening a url with
  99  * $SEQUENCE_ID$</li>
 100  * <li>GROUP_LINKS list of name|URL[|&lt;separator&gt;] tuples - see
 101  * jalview.utils.GroupURLLink for more info</li>
 102  * <li>DAS_REGISTRY_URL the registry to query</li>
 103  * <li>DEFAULT_BROWSER for unix</li>
 104  * <li>DAS_ACTIVE_SOURCE list of active sources</li>
 105  * <li>SHOW_MEMUSAGE boolean show memory usage and warning indicator on desktop
 106  * (false)</li>
 107  * <li>VERSION_CHECK (true) check for the latest release version from
 108  * www.jalview.org</li>
 109  * <li>SHOW_NPFEATS_TOOLTIP (true) show non-positional features in the Sequence
 110  * ID tooltip</li>
 111  * <li>SHOW_DBREFS_TOOLTIP (true) show Database Cross References in the Sequence
 112  * ID tooltip</li>
 113  * <li>SHOW_UNCONSERVED (false) only render unconserved residues - conserved
 114  * displayed as '.'</li>
 115  * <li>SORT_BY_TREE (false) sort the current alignment view according to the
 116  * order of a newly displayed tree</li>
 117  * <li>DBFETCH_USEPICR (false) use PICR to recover valid DB references from
 118  * sequence ID strings before attempting retrieval from any datasource</li>
 119  * <li>SHOW_GROUP_CONSENSUS (false) Show consensus annotation for groups in the
 120  * alignment.</li>
 121  * <li>SHOW_GROUP_CONSERVATION (false) Show conservation annotation for groups
 122  * in the alignment.</li>
 123  * <li>SHOW_CONSENSUS_HISTOGRAM (false) Show consensus annotation row's
 124  * histogram.</li>
 125  * <li>SHOW_CONSENSUS_LOGO (false) Show consensus annotation row's sequence
 126  * logo.</li>
 127  * <li>FOLLOW_SELECTIONS (true) Controls whether a new alignment view should
 128  * respond to selections made in other alignments containing the same sequences.
 129  * </li>
 130  * <li>SHOW_WSDISCOVERY_ERRORS (true) Controls if the web service URL discovery
 131  * warning dialog box is displayed.</li>
 132  *
 133  * <li></li>
 134  *
 135  * <li></li>
 136  *
 137  * </ul>
 138  *
 139  * @author $author$
 140  * @version $Revision$
 141  */
 142 public class Cache
 143 {
 144   /**
 145    * property giving log4j level for CASTOR loggers
 146    */
 147   public static final String CASTORLOGLEVEL = "logs.Castor.level";
 148
 149   /**
 150    * property giving log4j level for AXIS loggers
 151    */
 152   public static final String AXISLOGLEVEL = "logs.Axis.level";
 153
 154   /**
 155    * property giving log4j level for Jalview Log
 156    */
 157   public static final String JALVIEWLOGLEVEL = "logs.Jalview.level";
 158
 159   public static final String DAS_LOCAL_SOURCE = "DAS_LOCAL_SOURCE";
 160
 161   public static final String DAS_REGISTRY_URL = "DAS_REGISTRY_URL";
 162
 163   public static final String DAS_ACTIVE_SOURCE = "DAS_ACTIVE_SOURCE";
 164
 165   /**
 166    * Initialises the Jalview Application Log
 167    */
 168   public static Logger log;
 169
 170   /** Jalview Properties */
 171   public static Properties applicationProperties = new Properties();
 172
 173   /** Default file is ~/.jalview_properties */
 174   static String propertiesFile;
 175
 176   private static boolean propsAreReadOnly=false;
 177
 178   public static void initLogger()
 179   {
 180     if (log != null)
 181     {
 182       return;
 183     }
 184     try
 185     {
 186       // TODO: redirect stdout and stderr here in order to grab the output of
 187       // the log
 188
 189       ConsoleAppender ap = new ConsoleAppender(new SimpleLayout(),
 190               "System.err");
 191       ap.setName("JalviewLogger");
 192       org.apache.log4j.Logger.getRootLogger().addAppender(ap); // catch all for
 193       // log output
 194       Logger laxis = Logger.getLogger("org.apache.axis");
 195       Logger lcastor = Logger.getLogger("org.exolab.castor");
 196       jalview.bin.Cache.log = Logger.getLogger("jalview.bin.Jalview");
 197
 198       laxis.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault("logs.Axis.Level",
 199               Level.INFO.toString())));
 200       lcastor.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault("logs.Castor.Level",
 201               Level.INFO.toString())));
 202       lcastor = Logger.getLogger("org.exolab.castor.xml");
 203       lcastor.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault("logs.Castor.Level",
 204               Level.INFO.toString())));
 205       // lcastor = Logger.getLogger("org.exolab.castor.xml.Marshaller");
 206       // lcastor.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault("logs.Castor.Level",
 207       // Level.INFO.toString())));
 208       jalview.bin.Cache.log.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault(
 209               "logs.Jalview.level", Level.INFO.toString())));
 210       // laxis.addAppender(ap);
 211       // lcastor.addAppender(ap);
 212       // jalview.bin.Cache.log.addAppender(ap);
 213       // Tell the user that debug is enabled
 214       jalview.bin.Cache.log.debug("Jalview Debugging Output Follows.");
 215     } catch (Exception ex)
 216     {
 217       System.err.println("Problems initializing the log4j system\n");
 218       ex.printStackTrace(System.err);
 219     }
 220   }
 221
 222   /** Called when Jalview is started */
 223   public static void loadProperties(String propsFile)
 224   {
 225     propertiesFile = propsFile;
 226     if (propsFile == null)
 227     {
 228       propertiesFile = System.getProperty("user.home") + File.separatorChar
 229               + ".jalview_properties";
 230     } else {
 231       // don't corrupt the file we've been given.
 232       propsAreReadOnly = true;
 233     }
 234
 235     try
 236     {
 237       InputStream fis;
 238       try
 239       {
 240         fis = new java.net.URL(propertiesFile).openStream();
 241         System.out.println("Loading jalview properties from : "
 242                 + propertiesFile);
 243         System.out
 244                 .println("Disabling Jalview writing to user's local properties file.");
 245         propsAreReadOnly = true;
 246
 247       } catch (Exception ex)
 248       {
 249         fis = null;
 250       }
 251       if (fis == null)
 252       {
 253         fis = new FileInputStream(propertiesFile);
 254       }
 255       applicationProperties.load(fis);
 256       applicationProperties.remove("LATEST_VERSION");
 257       applicationProperties.remove("VERSION");
 258       fis.close();
 259     } catch (Exception ex)
 260     {
 261       System.out.println("Error reading properties file: " + ex);
 262     }
 263
 264     if (getDefault("USE_PROXY", false))
 265     {
 266       System.out.println("Using proxyServer: "
 267               + getDefault("PROXY_SERVER", null) + " proxyPort: "
 268               + getDefault("PROXY_PORT", null));
 269       System.setProperty("http.proxyHost", getDefault("PROXY_SERVER", null));
 270       System.setProperty("http.proxyPort", getDefault("PROXY_PORT", null));
 271     }
 272
 273     // FIND THE VERSION NUMBER AND BUILD DATE FROM jalview.jar
 274     // MUST FOLLOW READING OF LOCAL PROPERTIES FILE AS THE
 275     // VERSION MAY HAVE CHANGED SINCE LAST USING JALVIEW
 276     try
 277     {
 278       String buildDetails = "jar:".concat(Cache.class.getProtectionDomain()
 279               .getCodeSource().getLocation().toString()
 280               .concat("!/.build_properties"));
 281
 282       java.net.URL localJarFileURL = new java.net.URL(buildDetails);
 283
 284       InputStream in = localJarFileURL.openStream();
 285       applicationProperties.load(in);
 286       in.close();
 287     } catch (Exception ex)
 288     {
 289       System.out.println("Error reading build details: " + ex);
 290       applicationProperties.remove("VERSION");
 291     }
 292
 293     String jnlpVersion = System.getProperty("jalview.version");
 294     String codeVersion = getProperty("VERSION");
 295
 296     if (codeVersion == null)
 297     {
 298       // THIS SHOULD ONLY BE THE CASE WHEN TESTING!!
 299       codeVersion = "Test";
 300       jnlpVersion = "Test";
 301     }
 302
 303     System.out.println("Jalview Version: " + codeVersion);
 304
 305     // jnlpVersion will be null if we're using InstallAnywhere
 306     // Dont do this check if running in headless mode
 307     if (jnlpVersion == null
 308             && getDefault("VERSION_CHECK", true)
 309             && (System.getProperty("java.awt.headless") == null || System
 310                     .getProperty("java.awt.headless").equals("false")))
 311     {
 312
 313       class VersionChecker extends Thread
 314       {
 315         public void run()
 316         {
 317           String orgtimeout = System
 318                   .getProperty("sun.net.client.defaultConnectTimeout");
 319           if (orgtimeout == null)
 320           {
 321             orgtimeout = "30";
 322             System.out.println("# INFO: Setting default net timeout to "
 323                     + orgtimeout + " seconds.");
 324           }
 325           String jnlpVersion = null;
 326           try
 327           {
 328             System.setProperty("sun.net.client.defaultConnectTimeout",
 329                     "5000");
 330             java.net.URL url = new java.net.URL(
 331                     "http://www.jalview.org/webstart/jalview.jnlp");
 332             BufferedReader in = new BufferedReader(new InputStreamReader(
 333                     url.openStream()));
 334             String line = null;
 335             while ((line = in.readLine()) != null)
 336             {
 337               if (line.indexOf("jalview.version") == -1)
 338               {
 339                 continue;
 340               }
 341
 342               line = line.substring(line.indexOf("value=") + 7);
 343               line = line.substring(0, line.lastIndexOf("\""));
 344               jnlpVersion = line;
 345               break;
 346             }
 347           } catch (Exception ex)
 348           {
 349             System.out
 350                     .println("Non-fatal exceptions when checking version at www.jalview.org :");
 351             System.out.println(ex);
 352             jnlpVersion = getProperty("VERSION");
 353           }
 354           System.setProperty("sun.net.client.defaultConnectTimeout",
 355                   orgtimeout);
 356
 357           setProperty("LATEST_VERSION", jnlpVersion);
 358         }
 359       }
 360
 361       VersionChecker vc = new VersionChecker();
 362       vc.start();
 363     }
 364     else
 365     {
 366       if (jnlpVersion != null)
 367       {
 368         setProperty("LATEST_VERSION", jnlpVersion);
 369       }
 370       else
 371       {
 372         applicationProperties.remove("LATEST_VERSION");
 373       }
 374     }
 375
 376     setProperty("VERSION", codeVersion);
 377
 378     // LOAD USERDEFINED COLOURS
 379     jalview.gui.UserDefinedColours
 380             .initUserColourSchemes(getProperty("USER_DEFINED_COLOURS"));
 381     jalview.io.PIRFile.useModellerOutput = Cache.getDefault("PIR_MODELLER",
 382             false);
 383   }
 384
 385   /**
 386    * Gets Jalview application property of given key. Returns null if key not
 387    * found
 388    *
 389    * @param key
 390    *          Name of property
 391    *
 392    * @return Property value
 393    */
 394   public static String getProperty(String key)
 395   {
 396     return applicationProperties.getProperty(key);
 397   }
 398
 399   /**
 400    * These methods are used when checking if the saved preference is different
 401    * to the default setting
 402    */
 403
 404   public static boolean getDefault(String property, boolean def)
 405   {
 406     String string = getProperty(property);
 407     if (string != null)
 408     {
 409       def = Boolean.valueOf(string).booleanValue();
 410     }
 411
 412     return def;
 413   }
 414
 415   /**
 416    * These methods are used when checking if the saved preference is different
 417    * to the default setting
 418    */
 419   public static String getDefault(String property, String def)
 420   {
 421     String string = getProperty(property);
 422     if (string != null)
 423     {
 424       return string;
 425     }
 426
 427     return def;
 428   }
 429
 430   /**
 431    * Stores property in the file "HOME_DIR/.jalview_properties"
 432    *
 433    * @param key
 434    *          Name of object
 435    * @param obj
 436    *          String value of property
 437    *
 438    * @return String value of property
 439    */
 440   public static String setProperty(String key, String obj)
 441   {
 442
 443     try
 444     {
 445       applicationProperties.setProperty(key, obj);
 446       if (!propsAreReadOnly)
 447       {
 448         FileOutputStream out = new FileOutputStream(propertiesFile);
 449         applicationProperties.store(out, "---JalviewX Properties File---");
 450         out.close();
 451       }
 452     } catch (Exception ex)
 453     {
 454       System.out.println("Error setting property: " + key + " " + obj
 455               + "\n" + ex);
 456     }
 457     return obj;
 458   }
 459
 460   /**
 461    * remove the specified property from the jalview properties file
 462    *
 463    * @param string
 464    */
 465   public static void removeProperty(String string)
 466   {
 467     applicationProperties.remove(string);
 468     saveProperties();
 469   }
 470
 471   /**
 472    * save the properties to the jalview properties path
 473    */
 474   public static void saveProperties()
 475   {
 476     if (!propsAreReadOnly)
 477     {
 478       try
 479       {
 480         FileOutputStream out = new FileOutputStream(propertiesFile);
 481         applicationProperties.store(out, "---JalviewX Properties File---");
 482         out.close();
 483       } catch (Exception ex)
 484       {
 485         System.out.println("Error saving properties: " + ex);
 486       }
 487     }
 488   }
 489
 490   /**
 491    * internal vamsas class discovery state
 492    */
 493   private static int vamsasJarsArePresent = -1;
 494
 495   /**
 496    * Searches for vamsas client classes on class path.
 497    *
 498    * @return true if vamsas client is present on classpath
 499    */
 500   public static boolean vamsasJarsPresent()
 501   {
 502     if (vamsasJarsArePresent == -1)
 503     {
 504       try
 505       {
 506         if (jalview.jbgui.GDesktop.class.getClassLoader().loadClass(
 507                 "uk.ac.vamsas.client.VorbaId") != null)
 508         {
 509           jalview.bin.Cache.log
 510                   .debug("Found Vamsas Classes (uk.ac..vamsas.client.VorbaId can be loaded)");
 511           vamsasJarsArePresent = 1;
 512           Logger lvclient = Logger.getLogger("uk.ac.vamsas");
 513           lvclient.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault(
 514                   "logs.Vamsas.Level", Level.INFO.toString())));
 515
 516           lvclient.addAppender(log.getAppender("JalviewLogger"));
 517           // Tell the user that debug is enabled
 518           lvclient.debug("Jalview Vamsas Client Debugging Output Follows.");
 519         }
 520       } catch (Exception e)
 521       {
 522         vamsasJarsArePresent = 0;
 523         jalview.bin.Cache.log.debug("Vamsas Classes are not present");
 524       }
 525     }
 526     return (vamsasJarsArePresent > 0);
 527   }
 528
 529   /**
 530    * internal vamsas class discovery state
 531    */
 532   private static int groovyJarsArePresent = -1;
 533
 534   /**
 535    * Searches for vamsas client classes on class path.
 536    *
 537    * @return true if vamsas client is present on classpath
 538    */
 539   public static boolean groovyJarsPresent()
 540   {
 541     if (groovyJarsArePresent == -1)
 542     {
 543       try
 544       {
 545         if (Cache.class.getClassLoader().loadClass(
 546                 "groovy.lang.GroovyObject") != null)
 547         {
 548           jalview.bin.Cache.log
 549                   .debug("Found Groovy (groovy.lang.GroovyObject can be loaded)");
 550           groovyJarsArePresent = 1;
 551           Logger lgclient = Logger.getLogger("groovy");
 552           lgclient.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault(
 553                   "logs.Groovy.Level", Level.INFO.toString())));
 554
 555           lgclient.addAppender(log.getAppender("JalviewLogger"));
 556           // Tell the user that debug is enabled
 557           lgclient.debug("Jalview Groovy Client Debugging Output Follows.");
 558         }
 559       } catch (Error e)
 560       {
 561         groovyJarsArePresent = 0;
 562         jalview.bin.Cache.log.debug("Groovy Classes are not present", e);
 563       } catch (Exception e)
 564       {
 565         groovyJarsArePresent = 0;
 566         jalview.bin.Cache.log.debug("Groovy Classes are not present");
 567       }
 568     }
 569     return (groovyJarsArePresent > 0);
 570   }
 571
 572   /**
 573    * generate Das1Sources from the local das source list
 574    *
 575    * @return Vector of Das1Sources
 576    */
 577   public static Vector getLocalDasSources()
 578   {
 579     Vector localSources = new Vector();
 580     String local = jalview.bin.Cache.getProperty("DAS_LOCAL_SOURCE");
 581     if (local != null)
 582     {
 583       StringTokenizer st = new StringTokenizer(local, "\t");
 584       while (st.hasMoreTokens())
 585       {
 586         String token = st.nextToken();
 587         int bar = token.indexOf("|");
 588         Das1Source source = new Das1Source();
 589         source.setUrl(token.substring(bar + 1));
 590         if (source.getUrl().startsWith("sequence:"))
 591         {
 592           source.setUrl(source.getUrl().substring(9));
 593           // this source also serves sequences as well as features
 594           source.setCapabilities(new String[]
 595           { "sequence", "features" });
 596         }
 597         else
 598         {
 599           // default is that all user added sources serve features
 600           source.setCapabilities(new String[]
 601           { "features" });
 602         }
 603
 604         source.setNickname(token.substring(0, bar));
 605
 606         localSources.addElement(source);
 607       }
 608     }
 609     return localSources;
 610   }
 611
 612   /**
 613    * GA tracker object - actually JGoogleAnalyticsTracker null if tracking not
 614    * enabled.
 615    */
 616   protected static Object tracker = null;
 617
 618   protected static Class trackerfocus = null;
 619
 620   protected static Class jgoogleanalyticstracker = null;
 621
 622   /**
 623    * Initialise the google tracker if it is not done already.
 624    */
 625   public static void initGoogleTracker()
 626   {
 627     if (tracker == null)
 628     {
 629       if (jgoogleanalyticstracker == null)
 630       {
 631         // try to get the tracker class
 632         try
 633         {
 634           jgoogleanalyticstracker = Cache.class
 635                   .getClassLoader()
 636                   .loadClass(
 637                           "com.boxysystems.jgoogleanalytics.JGoogleAnalyticsTracker");
 638           trackerfocus = Cache.class.getClassLoader().loadClass(
 639                   "com.boxysystems.jgoogleanalytics.FocusPoint");
 640         } catch (Exception e)
 641         {
 642           log.debug("com.boxysystems.jgoogleanalytics package is not present - tracking not enabled.");
 643           tracker = null;
 644           jgoogleanalyticstracker = null;
 645           trackerfocus = null;
 646           return;
 647         }
 648       }
 649       // now initialise tracker
 650       Exception re = null, ex = null;
 651       Error err = null;
 652       String vrs = "No Version Accessible";
 653       try
 654       {
 655         // Google analytics tracking code for Library Finder
 656         tracker = jgoogleanalyticstracker.getConstructor(new Class[]
 657         { String.class, String.class, String.class }).newInstance(
 658                 new Object[]
 659                 {
 660                     "Jalview Desktop",
 661                     (vrs = jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION")
 662                             + "_"
 663                             + jalview.bin.Cache.getDefault("BUILD_DATE",
 664                                     "unknown")), "UA-9060947-1" });
 665         jgoogleanalyticstracker.getMethod("trackAsynchronously",
 666                 new Class[]
 667                 { trackerfocus }).invoke(tracker, new Object[]
 668         { trackerfocus.getConstructor(new Class[]
 669         { String.class }).newInstance(new Object[]
 670         { "Application Started." }) });
 671       } catch (RuntimeException e)
 672       {
 673         re = e;
 674       } catch (Exception e)
 675       {
 676         ex = e;
 677       } catch (Error e)
 678       {
 679         err = e;
 680       }
 681       if (re != null || ex != null || err != null)
 682       {
 683         if (log != null)
 684         {
 685           if (re != null)
 686             log.debug("Caught runtime exception in googletracker init:", re);
 687           if (ex != null)
 688             log.warn(
 689                     "Failed to initialise GoogleTracker for Jalview Desktop with version "
 690                             + vrs, ex);
 691           if (err != null)
 692             log.error(
 693                     "Whilst initing GoogleTracker for Jalview Desktop version "
 694                             + vrs, err);
 695         }
 696         else
 697         {
 698           if (re != null)
 699           {
 700             System.err
 701                     .println("Debug: Caught runtime exception in googletracker init:"
 702                             + vrs);
 703             re.printStackTrace();
 704           }
 705           if (ex != null)
 706           {
 707             System.err
 708                     .println("Warning:  Failed to initialise GoogleTracker for Jalview Desktop with version "
 709                             + vrs);
 710             ex.printStackTrace();
 711           }
 712
 713           if (err != null)
 714           {
 715             System.err
 716                     .println("ERROR: Whilst initing GoogleTracker for Jalview Desktop version "
 717                             + vrs);
 718             err.printStackTrace();
 719           }
 720         }
 721       }
 722       else
 723       {
 724         log.debug("Successfully initialised tracker.");
 725       }
 726     }
 727   }
 728
 729 }