src/jalview/bin/Cache.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.bin;
  22
  23 import jalview.structure.StructureImportSettings;
  24 import jalview.ws.dbsources.das.api.DasSourceRegistryI;
  25 import jalview.ws.dbsources.das.datamodel.DasSourceRegistry;
  26 import jalview.ws.sifts.SiftsSettings;
  27
  28 import java.awt.Color;
  29 import java.io.BufferedReader;
  30 import java.io.File;
  31 import java.io.FileInputStream;
  32 import java.io.FileOutputStream;
  33 import java.io.InputStream;
  34 import java.io.InputStreamReader;
  35 import java.text.DateFormat;
  36 import java.text.SimpleDateFormat;
  37 import java.util.Collections;
  38 import java.util.Date;
  39 import java.util.Enumeration;
  40 import java.util.Properties;
  41 import java.util.TreeSet;
  42
  43 import org.apache.log4j.ConsoleAppender;
  44 import org.apache.log4j.Level;
  45 import org.apache.log4j.Logger;
  46 import org.apache.log4j.SimpleLayout;
  47
  48 /**
  49  * Stores and retrieves Jalview Application Properties Lists and fields within
  50  * list entries are separated by '|' symbols unless otherwise stated (|) clauses
  51  * are alternative values for a tag. <br>
  52  * <br>
  53  * Current properties include:
  54  * <ul>
  55  * <br>
  56  * logs.Axis.Level - one of the stringified Levels for log4j controlling the
  57  * logging level for axis (used for web services) <br>
  58  * </li>
  59  * <li>logs.Castor.Level - one of the stringified Levels for log4j controlling
  60  * the logging level for castor (used for serialization) <br>
  61  * </li>
  62  * <li>logs.Jalview.Level - Cache.log stringified level. <br>
  63  * </li>
  64  * <li>SCREEN_WIDTH</li>
  65  * <li>SCREEN_HEIGHT</li>
  66  * <li>SCREEN_Y=285</li>
  67  * <li>SCREEN_X=371</li>
  68  * <li>SHOW_FULLSCREEN boolean</li>
  69  * <li>FONT_NAME java font name for alignment text display</li>
  70  * <li>FONT_SIZE size of displayed alignment text</li>
  71  * <li>FONT_STYLE style of font displayed (sequence labels are always italic)</li>
  72  * <li>GAP_SYMBOL character to treat as gap symbol (usually -,.,' ')</li>
  73  * <li>LAST_DIRECTORY last directory for browsing alignment</li>
  74  * <li>USER_DEFINED_COLOURS list of user defined colour scheme files</li>
  75  * <li>SHOW_FULL_ID show id with '/start-end' numbers appended</li>
  76  * <li>SHOW_IDENTITY show percentage identity annotation</li>
  77  * <li>SHOW_QUALITY show alignment quality annotation</li>
  78  * <li>SHOW_ANNOTATIONS show alignment annotation rows</li>
  79  * <li>SHOW_CONSERVATION show alignment conservation annotation</li>
  80  * <li>SORT_ANNOTATIONS currently either SEQUENCE_AND_LABEL or
  81  * LABEL_AND_SEQUENCE</li>
  82  * <li>SHOW_AUTOCALC_ABOVE true to show autocalculated annotations above
  83  * sequence annotations</li>
  84  * <li>CENTRE_COLUMN_LABELS centre the labels at each column in a displayed
  85  * annotation row</li>
  86  * <li>DEFAULT_COLOUR default colour scheme to apply for a new alignment</li>
  87  * <li>DEFAULT_FILE_FORMAT file format used to save</li>
  88  * <li>STARTUP_FILE file loaded on startup (may be a fully qualified url)</li>
  89  * <li>SHOW_STARTUP_FILE flag to control loading of startup file</li>
  90  * <li>VERSION the version of the jalview build</li>
  91  * <li>BUILD_DATE date of this build</li>
  92  * <li>LATEST_VERSION the latest jalview version advertised on the
  93  * www.jalview.org</li>
  94  * <li>PIR_MODELLER boolean indicating if PIR files are written with MODELLER
  95  * descriptions</li>
  96  * <li>(FASTA,MSF,PILEUP,CLUSTAL,BLC,PIR,PFAM)_JVSUFFIX boolean for adding jv
  97  * suffix to file</li>
  98  * <li>RECENT_URL list of recently retrieved URLs</li>
  99  * <li>RECENT_FILE list of recently opened files</li>
 100  * <li>USE_PROXY flag for whether a http proxy is to be used</li>
 101  * <li>PROXY_SERVER the proxy</li>
 102  * <li>PROXY_PORT</li>
 103  * <li>NOQUESTIONNAIRES true to prevent jalview from checking the questionnaire
 104  * service</li>
 105  * <li>QUESTIONNAIRE last questionnaire:responder id string from questionnaire
 106  * service</li>
 107  * <li>USAGESTATS (false - user prompted) Enable google analytics tracker for
 108  * collecting usage statistics</li>
 109  * <li>DAS_LOCAL_SOURCE list of local das sources</li>
 110  * <li>SHOW_OVERVIEW boolean for overview window display</li>
 111  * <li>ANTI_ALIAS boolean for smooth fonts</li>
 112  * <li>RIGHT_ALIGN_IDS boolean</li>
 113  * <li>AUTO_CALC_CONSENSUS boolean for automatic recalculation of consensus</li>
 114  * <li>PAD_GAPS boolean</li>
 115  * <li>ID_ITALICS boolean</li>
 116  * <li>SHOW_JV_SUFFIX</li>
 117  * <li>WRAP_ALIGNMENT</li>
 118  * <li>EPS_RENDERING (Prompt each time|Lineart|Text) default for EPS rendering
 119  * style check</li>
 120  * <li>SORT_ALIGNMENT (No sort|Id|Pairwise Identity)</li>
 121  * <li>SEQUENCE_LINKS list of name|URL pairs for opening a url with
 122  * $SEQUENCE_ID$</li>
 123  * <li>GROUP_LINKS list of name|URL[|&lt;separator&gt;] tuples - see
 124  * jalview.utils.GroupURLLink for more info</li>
 125  * <li>DAS_REGISTRY_URL the registry to query</li>
 126  * <li>DEFAULT_BROWSER for unix</li>
 127  * <li>DAS_ACTIVE_SOURCE list of active sources</li>
 128  * <li>SHOW_MEMUSAGE boolean show memory usage and warning indicator on desktop
 129  * (false)</li>
 130  * <li>VERSION_CHECK (true) check for the latest release version from
 131  * www.jalview.org (or the alias given by the www.jalview.org property)</li>
 132  * <li>SHOW_NPFEATS_TOOLTIP (true) show non-positional features in the Sequence
 133  * ID tooltip</li>
 134  * <li>SHOW_DBREFS_TOOLTIP (true) show Database Cross References in the Sequence
 135  * ID tooltip</li>
 136  * <li>SHOW_UNCONSERVED (false) only render unconserved residues - conserved
 137  * displayed as '.'</li>
 138  * <li>SORT_BY_TREE (false) sort the current alignment view according to the
 139  * order of a newly displayed tree</li>
 140  * <li>DBFETCH_USEPICR (false) use PICR to recover valid DB references from
 141  * sequence ID strings before attempting retrieval from any datasource</li>
 142  * <li>SHOW_GROUP_CONSENSUS (false) Show consensus annotation for groups in the
 143  * alignment.</li>
 144  * <li>SHOW_GROUP_CONSERVATION (false) Show conservation annotation for groups
 145  * in the alignment.</li>
 146  * <li>SHOW_CONSENSUS_HISTOGRAM (false) Show consensus annotation row's
 147  * histogram.</li>
 148  * <li>SHOW_CONSENSUS_LOGO (false) Show consensus annotation row's sequence
 149  * logo.</li>
 150  * <li>NORMALISE_CONSENSUS_LOGO (false) Show consensus annotation row's sequence
 151  * logo normalised to row height rather than histogram height.</li>
 152  * <li>FOLLOW_SELECTIONS (true) Controls whether a new alignment view should
 153  * respond to selections made in other alignments containing the same sequences.
 154  * </li>
 155  * <li>JWS2HOSTURLS comma-separated list of URLs to try for JABAWS services</li>
 156  * <li>SHOW_WSDISCOVERY_ERRORS (true) Controls if the web service URL discovery
 157  * warning dialog box is displayed.</li>
 158  * <li>ANNOTATIONCOLOUR_MIN (orange) Shade used for minimum value of annotation
 159  * when shading by annotation</li>
 160  * <li>ANNOTATIONCOLOUR_MAX (red) Shade used for maximum value of annotation
 161  * when shading by annotation</li>
 162  * <li>www.jalview.org (http://www.jalview.org) a property enabling all HTTP
 163  * requests to be redirected to a mirror of http://www.jalview.org</li>
 164  * <li>FIGURE_AUTOIDWIDTH (false) Expand the left hand column of an exported
 165  * alignment figure to accommodate even the longest sequence ID or annotation
 166  * label.</li>
 167  * <li>FIGURE_FIXEDIDWIDTH Specifies the width to use for the left-hand column
 168  * when exporting an alignment as a figure (setting FIGURE_AUTOIDWIDTH to true
 169  * will override this).</li>
 170  * <li>STRUCT_FROM_PDB (false) derive secondary structure annotation from PDB
 171  * record</li>
 172  * <li>USE_RNAVIEW (false) use RNAViewer to derive secondary structure</li>
 173  * <li>ADD_SS_ANN (false) add secondary structure annotation to alignment
 174  * display</li>
 175  * <li>ADD_TEMPFACT_ANN (false) add Temperature Factor annotation to alignment
 176  * display</li>
 177  * <li>STRUCTURE_DISPLAY choose from JMOL (default) or CHIMERA for 3D structure
 178  * display</li>
 179  * <li>CHIMERA_PATH specify full path to Chimera program (if non-standard)</li>
 180  *
 181  * </ul>
 182  * Deprecated settings:
 183  * <ul>
 184  * *
 185  * <li>DISCOVERY_START - Boolean - controls if discovery services are queried on
 186  * startup (JWS1 services only)</li>
 187  * <li>DISCOVERY_URLS - comma separated list of Discovery Service endpoints.
 188  * (JWS1 services only)</li>
 189  * <li>SHOW_JWS1_SERVICES (true) enable or disable the original Jalview 2
 190  * services in the desktop GUI</li>
 191  * <li>ENABLE_RSBS_EDITOR (false for 2.7 release) enable or disable RSBS editing
 192  * panel in web service preferences</li>
 193  * </ul>
 194  *
 195  * @author $author$
 196  * @version $Revision$
 197  */
 198 public class Cache
 199 {
 200   /**
 201    * property giving log4j level for CASTOR loggers
 202    */
 203   public static final String CASTORLOGLEVEL = "logs.Castor.level";
 204
 205   /**
 206    * property giving log4j level for AXIS loggers
 207    */
 208   public static final String AXISLOGLEVEL = "logs.Axis.level";
 209
 210   /**
 211    * property giving log4j level for Jalview Log
 212    */
 213   public static final String JALVIEWLOGLEVEL = "logs.Jalview.level";
 214
 215   public static final String DAS_LOCAL_SOURCE = "DAS_LOCAL_SOURCE";
 216
 217   public static final String DAS_REGISTRY_URL = "DAS_REGISTRY_URL";
 218
 219   public static final String DAS_ACTIVE_SOURCE = "DAS_ACTIVE_SOURCE";
 220
 221   public static final String DEFAULT_SIFTS_DOWNLOAD_DIR = System
 222           .getProperty("user.home")
 223           + File.separatorChar
 224           + ".sifts_downloads" + File.separatorChar;
 225
 226   private final static String DEFAULT_CACHE_THRESHOLD_IN_DAYS = "2";
 227
 228   private final static String DEFAULT_FAIL_SAFE_PID_THRESHOLD = "30";
 229
 230   private final static String DEFAULT_STRUCTURE_FORMAT = StructureImportSettings.MMCIF;
 231
 232   private final static String DEFAULT_PDB_FILE_PARSER = StructureImportSettings.JMOL_PARSER;
 233
 234   /**
 235    * Initialises the Jalview Application Log
 236    */
 237   public static Logger log;
 238
 239   /** Jalview Properties */
 240   public static Properties applicationProperties = new Properties()
 241   {
 242     // override results in properties output in alphabetical order
 243     @Override
 244     public synchronized Enumeration<Object> keys()
 245     {
 246       return Collections.enumeration(new TreeSet<Object>(super.keySet()));
 247     }
 248   };
 249
 250   /** Default file is ~/.jalview_properties */
 251   static String propertiesFile;
 252
 253   private static boolean propsAreReadOnly = false;
 254
 255   public static void initLogger()
 256   {
 257     if (log != null)
 258     {
 259       return;
 260     }
 261     try
 262     {
 263       // TODO: redirect stdout and stderr here in order to grab the output of
 264       // the log
 265
 266       ConsoleAppender ap = new ConsoleAppender(new SimpleLayout(),
 267               "System.err");
 268       ap.setName("JalviewLogger");
 269       org.apache.log4j.Logger.getRootLogger().addAppender(ap); // catch all for
 270       // log output
 271       Logger laxis = Logger.getLogger("org.apache.axis");
 272       Logger lcastor = Logger.getLogger("org.exolab.castor");
 273       jalview.bin.Cache.log = Logger.getLogger("jalview.bin.Jalview");
 274
 275       laxis.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault("logs.Axis.Level",
 276               Level.INFO.toString())));
 277       lcastor.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault("logs.Castor.Level",
 278               Level.INFO.toString())));
 279       lcastor = Logger.getLogger("org.exolab.castor.xml");
 280       lcastor.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault("logs.Castor.Level",
 281               Level.INFO.toString())));
 282       // lcastor = Logger.getLogger("org.exolab.castor.xml.Marshaller");
 283       // lcastor.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault("logs.Castor.Level",
 284       // Level.INFO.toString())));
 285       jalview.bin.Cache.log.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault(
 286               "logs.Jalview.level", Level.INFO.toString())));
 287       // laxis.addAppender(ap);
 288       // lcastor.addAppender(ap);
 289       // jalview.bin.Cache.log.addAppender(ap);
 290       // Tell the user that debug is enabled
 291       jalview.bin.Cache.log.debug("Jalview Debugging Output Follows.");
 292     } catch (Exception ex)
 293     {
 294       System.err.println("Problems initializing the log4j system\n");
 295       ex.printStackTrace(System.err);
 296     }
 297   }
 298
 299   /** Called when Jalview is started */
 300   public static void loadProperties(String propsFile)
 301   {
 302     propertiesFile = propsFile;
 303     if (propsFile == null)
 304     {
 305       propertiesFile = System.getProperty("user.home") + File.separatorChar
 306               + ".jalview_properties";
 307     }
 308     else
 309     {
 310       // don't corrupt the file we've been given.
 311       propsAreReadOnly = true;
 312     }
 313
 314     try
 315     {
 316       InputStream fis;
 317       try
 318       {
 319         fis = new java.net.URL(propertiesFile).openStream();
 320         System.out.println("Loading jalview properties from : "
 321                 + propertiesFile);
 322         System.out
 323                 .println("Disabling Jalview writing to user's local properties file.");
 324         propsAreReadOnly = true;
 325
 326       } catch (Exception ex)
 327       {
 328         fis = null;
 329       }
 330       if (fis == null)
 331       {
 332         fis = new FileInputStream(propertiesFile);
 333       }
 334       applicationProperties.load(fis);
 335
 336       // remove any old build properties
 337
 338       deleteBuildProperties();
 339       fis.close();
 340     } catch (Exception ex)
 341     {
 342       System.out.println("Error reading properties file: " + ex);
 343     }
 344
 345     if (getDefault("USE_PROXY", false))
 346     {
 347       String proxyServer = getDefault("PROXY_SERVER", ""), proxyPort = getDefault(
 348               "PROXY_PORT", "8080");
 349
 350       System.out.println("Using proxyServer: " + proxyServer
 351               + " proxyPort: " + proxyPort);
 352
 353       System.setProperty("http.proxyHost", proxyServer);
 354       System.setProperty("http.proxyPort", proxyPort);
 355     }
 356
 357     // LOAD THE AUTHORS FROM THE authors.props file
 358     try
 359     {
 360       String authorDetails = "jar:".concat(Cache.class
 361               .getProtectionDomain().getCodeSource().getLocation()
 362               .toString().concat("!/authors.props"));
 363
 364       java.net.URL localJarFileURL = new java.net.URL(authorDetails);
 365
 366       InputStream in = localJarFileURL.openStream();
 367       applicationProperties.load(in);
 368       in.close();
 369     } catch (Exception ex)
 370     {
 371       System.out.println("Error reading author details: " + ex);
 372       applicationProperties.remove("AUTHORS");
 373       applicationProperties.remove("AUTHORFNAMES");
 374       applicationProperties.remove("YEAR");
 375     }
 376
 377     // FIND THE VERSION NUMBER AND BUILD DATE FROM jalview.jar
 378     // MUST FOLLOW READING OF LOCAL PROPERTIES FILE AS THE
 379     // VERSION MAY HAVE CHANGED SINCE LAST USING JALVIEW
 380     try
 381     {
 382       String buildDetails = "jar:".concat(Cache.class.getProtectionDomain()
 383               .getCodeSource().getLocation().toString()
 384               .concat("!/.build_properties"));
 385
 386       java.net.URL localJarFileURL = new java.net.URL(buildDetails);
 387
 388       InputStream in = localJarFileURL.openStream();
 389       applicationProperties.load(in);
 390       in.close();
 391     } catch (Exception ex)
 392     {
 393       System.out.println("Error reading build details: " + ex);
 394       applicationProperties.remove("VERSION");
 395     }
 396
 397     String jnlpVersion = System.getProperty("jalview.version");
 398     String codeVersion = getProperty("VERSION");
 399     String codeInstallation = getProperty("INSTALLATION");
 400     if (codeVersion == null)
 401     {
 402       // THIS SHOULD ONLY BE THE CASE WHEN TESTING!!
 403       codeVersion = "Test";
 404       jnlpVersion = "Test";
 405       codeInstallation = "";
 406     }
 407     else
 408     {
 409       codeInstallation = " (" + codeInstallation + ")";
 410     }
 411     new BuildDetails(codeVersion, null, codeInstallation);
 412
 413     SiftsSettings
 414             .setMapWithSifts(Cache.getDefault("MAP_WITH_SIFTS", false));
 415
 416     SiftsSettings.setSiftDownloadDirectory(jalview.bin.Cache.getDefault(
 417             "sifts_download_dir", DEFAULT_SIFTS_DOWNLOAD_DIR));
 418
 419     SiftsSettings.setFailSafePIDThreshold(jalview.bin.Cache.getDefault(
 420             "sifts_fail_safe_pid_threshold",
 421             DEFAULT_FAIL_SAFE_PID_THRESHOLD));
 422
 423     SiftsSettings.setCacheThresholdInDays(jalview.bin.Cache.getDefault(
 424             "sifts_cache_threshold_in_days",
 425             DEFAULT_CACHE_THRESHOLD_IN_DAYS));
 426
 427     System.out
 428             .println("Jalview Version: " + codeVersion + codeInstallation);
 429
 430     StructureImportSettings.setDefaultStructureFileFormat(jalview.bin.Cache
 431             .getDefault(
 432             "DEFAULT_STRUCTURE_FORMAT", DEFAULT_STRUCTURE_FORMAT));
 433     StructureImportSettings
 434             .setDefaultPDBFileParser(jalview.bin.Cache.getDefault(
 435                     "DEFAULT_PDB_FILE_PARSER", DEFAULT_PDB_FILE_PARSER));
 436     StructureImportSettings.setProcessHETATMs(jalview.bin.Cache.getDefault(
 437             "PROCESS_HETATM", false));
 438     // jnlpVersion will be null if we're using InstallAnywhere
 439     // Dont do this check if running in headless mode
 440     if (jnlpVersion == null
 441             && getDefault("VERSION_CHECK", true)
 442             && (System.getProperty("java.awt.headless") == null || System
 443                     .getProperty("java.awt.headless").equals("false")))
 444     {
 445
 446       class VersionChecker extends Thread
 447       {
 448         @Override
 449         public void run()
 450         {
 451           String orgtimeout = System
 452                   .getProperty("sun.net.client.defaultConnectTimeout");
 453           if (orgtimeout == null)
 454           {
 455             orgtimeout = "30";
 456             System.out.println("# INFO: Setting default net timeout to "
 457                     + orgtimeout + " seconds.");
 458           }
 459           String remoteVersion = null;
 460           try
 461           {
 462             System.setProperty("sun.net.client.defaultConnectTimeout",
 463                     "5000");
 464             java.net.URL url = new java.net.URL(Cache.getDefault(
 465                     "www.jalview.org", "http://www.jalview.org")
 466                     + "/webstart/jalview.jnlp");
 467             BufferedReader in = new BufferedReader(new InputStreamReader(
 468                     url.openStream()));
 469             String line = null;
 470             while ((line = in.readLine()) != null)
 471             {
 472               if (line.indexOf("jalview.version") == -1)
 473               {
 474                 continue;
 475               }
 476
 477               line = line.substring(line.indexOf("value=") + 7);
 478               line = line.substring(0, line.lastIndexOf("\""));
 479               remoteVersion = line;
 480               break;
 481             }
 482           } catch (Exception ex)
 483           {
 484             System.out
 485                     .println("Non-fatal exception when checking version at www.jalview.org :");
 486             System.out.println(ex);
 487             remoteVersion = getProperty("VERSION");
 488           }
 489           System.setProperty("sun.net.client.defaultConnectTimeout",
 490                   orgtimeout);
 491
 492           setProperty("LATEST_VERSION", remoteVersion);
 493         }
 494       }
 495
 496       VersionChecker vc = new VersionChecker();
 497       vc.start();
 498     }
 499     else
 500     {
 501       if (jnlpVersion != null)
 502       {
 503         setProperty("LATEST_VERSION", jnlpVersion);
 504       }
 505       else
 506       {
 507         applicationProperties.remove("LATEST_VERSION");
 508       }
 509     }
 510
 511     setProperty("VERSION", codeVersion);
 512
 513     // LOAD USERDEFINED COLOURS
 514     jalview.gui.UserDefinedColours
 515             .initUserColourSchemes(getProperty("USER_DEFINED_COLOURS"));
 516     jalview.io.PIRFile.useModellerOutput = Cache.getDefault("PIR_MODELLER",
 517             false);
 518   }
 519
 520   private static void deleteBuildProperties()
 521   {
 522     applicationProperties.remove("LATEST_VERSION");
 523     applicationProperties.remove("VERSION");
 524     applicationProperties.remove("AUTHORS");
 525     applicationProperties.remove("AUTHORFNAMES");
 526     applicationProperties.remove("YEAR");
 527     applicationProperties.remove("BUILD_DATE");
 528     applicationProperties.remove("INSTALLATION");
 529   }
 530
 531   /**
 532    * Gets Jalview application property of given key. Returns null if key not
 533    * found
 534    *
 535    * @param key
 536    *          Name of property
 537    *
 538    * @return Property value
 539    */
 540   public static String getProperty(String key)
 541   {
 542     return applicationProperties.getProperty(key);
 543   }
 544
 545   /**
 546    * These methods are used when checking if the saved preference is different
 547    * to the default setting
 548    */
 549
 550   public static boolean getDefault(String property, boolean def)
 551   {
 552     String string = getProperty(property);
 553     if (string != null)
 554     {
 555       def = Boolean.valueOf(string).booleanValue();
 556     }
 557
 558     return def;
 559   }
 560
 561   /**
 562    * These methods are used when checking if the saved preference is different
 563    * to the default setting
 564    */
 565   public static String getDefault(String property, String def)
 566   {
 567     String string = getProperty(property);
 568     if (string != null)
 569     {
 570       return string;
 571     }
 572
 573     return def;
 574   }
 575
 576   /**
 577    * Stores property in the file "HOME_DIR/.jalview_properties"
 578    *
 579    * @param key
 580    *          Name of object
 581    * @param obj
 582    *          String value of property
 583    *
 584    * @return String value of property
 585    */
 586   public static String setProperty(String key, String obj)
 587   {
 588
 589     try
 590     {
 591       applicationProperties.setProperty(key, obj);
 592       if (!propsAreReadOnly)
 593       {
 594         FileOutputStream out = new FileOutputStream(propertiesFile);
 595         applicationProperties.store(out, "---JalviewX Properties File---");
 596         out.close();
 597       }
 598     } catch (Exception ex)
 599     {
 600       System.out.println("Error setting property: " + key + " " + obj
 601               + "\n" + ex);
 602     }
 603     return obj;
 604   }
 605
 606   /**
 607    * remove the specified property from the jalview properties file
 608    *
 609    * @param string
 610    */
 611   public static void removeProperty(String string)
 612   {
 613     applicationProperties.remove(string);
 614     saveProperties();
 615   }
 616
 617   /**
 618    * save the properties to the jalview properties path
 619    */
 620   public static void saveProperties()
 621   {
 622     if (!propsAreReadOnly)
 623     {
 624       try
 625       {
 626         FileOutputStream out = new FileOutputStream(propertiesFile);
 627         applicationProperties.store(out, "---JalviewX Properties File---");
 628         out.close();
 629       } catch (Exception ex)
 630       {
 631         System.out.println("Error saving properties: " + ex);
 632       }
 633     }
 634   }
 635
 636   /**
 637    * internal vamsas class discovery state
 638    */
 639   private static int vamsasJarsArePresent = -1;
 640
 641   /**
 642    * Searches for vamsas client classes on class path.
 643    *
 644    * @return true if vamsas client is present on classpath
 645    */
 646   public static boolean vamsasJarsPresent()
 647   {
 648     if (vamsasJarsArePresent == -1)
 649     {
 650       try
 651       {
 652         if (jalview.jbgui.GDesktop.class.getClassLoader().loadClass(
 653                 "uk.ac.vamsas.client.VorbaId") != null)
 654         {
 655           jalview.bin.Cache.log
 656                   .debug("Found Vamsas Classes (uk.ac..vamsas.client.VorbaId can be loaded)");
 657           vamsasJarsArePresent = 1;
 658           Logger lvclient = Logger.getLogger("uk.ac.vamsas");
 659           lvclient.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault(
 660                   "logs.Vamsas.Level", Level.INFO.toString())));
 661
 662           lvclient.addAppender(log.getAppender("JalviewLogger"));
 663           // Tell the user that debug is enabled
 664           lvclient.debug("Jalview Vamsas Client Debugging Output Follows.");
 665         }
 666       } catch (Exception e)
 667       {
 668         vamsasJarsArePresent = 0;
 669         jalview.bin.Cache.log.debug("Vamsas Classes are not present");
 670       }
 671     }
 672     return (vamsasJarsArePresent > 0);
 673   }
 674
 675   /**
 676    * internal vamsas class discovery state
 677    */
 678   private static int groovyJarsArePresent = -1;
 679
 680   /**
 681    * Searches for vamsas client classes on class path.
 682    *
 683    * @return true if vamsas client is present on classpath
 684    */
 685   public static boolean groovyJarsPresent()
 686   {
 687     if (groovyJarsArePresent == -1)
 688     {
 689       try
 690       {
 691         if (Cache.class.getClassLoader().loadClass(
 692                 "groovy.lang.GroovyObject") != null)
 693         {
 694           jalview.bin.Cache.log
 695                   .debug("Found Groovy (groovy.lang.GroovyObject can be loaded)");
 696           groovyJarsArePresent = 1;
 697           Logger lgclient = Logger.getLogger("groovy");
 698           lgclient.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault(
 699                   "logs.Groovy.Level", Level.INFO.toString())));
 700
 701           lgclient.addAppender(log.getAppender("JalviewLogger"));
 702           // Tell the user that debug is enabled
 703           lgclient.debug("Jalview Groovy Client Debugging Output Follows.");
 704         }
 705       } catch (Error e)
 706       {
 707         groovyJarsArePresent = 0;
 708         jalview.bin.Cache.log.debug("Groovy Classes are not present", e);
 709       } catch (Exception e)
 710       {
 711         groovyJarsArePresent = 0;
 712         jalview.bin.Cache.log.debug("Groovy Classes are not present");
 713       }
 714     }
 715     return (groovyJarsArePresent > 0);
 716   }
 717
 718   /**
 719    * GA tracker object - actually JGoogleAnalyticsTracker null if tracking not
 720    * enabled.
 721    */
 722   protected static Object tracker = null;
 723
 724   protected static Class trackerfocus = null;
 725
 726   protected static Class jgoogleanalyticstracker = null;
 727
 728   /**
 729    * Initialise the google tracker if it is not done already.
 730    */
 731   public static void initGoogleTracker()
 732   {
 733     if (tracker == null)
 734     {
 735       if (jgoogleanalyticstracker == null)
 736       {
 737         // try to get the tracker class
 738         try
 739         {
 740           jgoogleanalyticstracker = Cache.class
 741                   .getClassLoader()
 742                   .loadClass(
 743                           "com.boxysystems.jgoogleanalytics.JGoogleAnalyticsTracker");
 744           trackerfocus = Cache.class.getClassLoader().loadClass(
 745                   "com.boxysystems.jgoogleanalytics.FocusPoint");
 746         } catch (Exception e)
 747         {
 748           log.debug("com.boxysystems.jgoogleanalytics package is not present - tracking not enabled.");
 749           tracker = null;
 750           jgoogleanalyticstracker = null;
 751           trackerfocus = null;
 752           return;
 753         }
 754       }
 755       // now initialise tracker
 756       Exception re = null, ex = null;
 757       Error err = null;
 758       String vrs = "No Version Accessible";
 759       try
 760       {
 761         // Google analytics tracking code for Library Finder
 762         tracker = jgoogleanalyticstracker.getConstructor(
 763                 new Class[] { String.class, String.class, String.class })
 764                 .newInstance(
 765                         new Object[] {
 766                             "Jalview Desktop",
 767                             (vrs = jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION")
 768                                     + "_"
 769                                     + jalview.bin.Cache.getDefault(
 770                                             "BUILD_DATE", "unknown")),
 771                             "UA-9060947-1" });
 772         jgoogleanalyticstracker.getMethod("trackAsynchronously",
 773                 new Class[] { trackerfocus }).invoke(
 774                 tracker,
 775                 new Object[] { trackerfocus.getConstructor(
 776                         new Class[] { String.class }).newInstance(
 777                         new Object[] { "Application Started." }) });
 778       } catch (RuntimeException e)
 779       {
 780         re = e;
 781       } catch (Exception e)
 782       {
 783         ex = e;
 784       } catch (Error e)
 785       {
 786         err = e;
 787       }
 788       if (re != null || ex != null || err != null)
 789       {
 790         if (log != null)
 791         {
 792           if (re != null)
 793           {
 794             log.debug("Caught runtime exception in googletracker init:", re);
 795           }
 796           if (ex != null)
 797           {
 798             log.warn(
 799                     "Failed to initialise GoogleTracker for Jalview Desktop with version "
 800                             + vrs, ex);
 801           }
 802           if (err != null)
 803           {
 804             log.error(
 805                     "Whilst initing GoogleTracker for Jalview Desktop version "
 806                             + vrs, err);
 807           }
 808         }
 809         else
 810         {
 811           if (re != null)
 812           {
 813             System.err
 814                     .println("Debug: Caught runtime exception in googletracker init:"
 815                             + vrs);
 816             re.printStackTrace();
 817           }
 818           if (ex != null)
 819           {
 820             System.err
 821                     .println("Warning:  Failed to initialise GoogleTracker for Jalview Desktop with version "
 822                             + vrs);
 823             ex.printStackTrace();
 824           }
 825
 826           if (err != null)
 827           {
 828             System.err
 829                     .println("ERROR: Whilst initing GoogleTracker for Jalview Desktop version "
 830                             + vrs);
 831             err.printStackTrace();
 832           }
 833         }
 834       }
 835       else
 836       {
 837         log.debug("Successfully initialised tracker.");
 838       }
 839     }
 840   }
 841
 842   /**
 843    * get the user's default colour if available
 844    *
 845    * @param property
 846    * @param defcolour
 847    * @return
 848    */
 849   public static Color getDefaultColour(String property, Color defcolour)
 850   {
 851     String colprop = getProperty(property);
 852     if (colprop == null)
 853     {
 854       return defcolour;
 855     }
 856     Color col = jalview.schemes.ColourSchemeProperty
 857             .getAWTColorFromName(colprop);
 858     if (col == null)
 859     {
 860       try
 861       {
 862         col = new jalview.schemes.UserColourScheme(colprop).findColour('A');
 863       } catch (Exception ex)
 864       {
 865         log.warn("Couldn't parse '" + colprop + "' as a colour for "
 866                 + property);
 867         col = null;
 868       }
 869     }
 870     return (col == null) ? defcolour : col;
 871   }
 872
 873   /**
 874    * store a colour as a Jalview user default property
 875    *
 876    * @param property
 877    * @param colour
 878    */
 879   public static void setColourProperty(String property, Color colour)
 880   {
 881     setProperty(property, jalview.util.Format.getHexString(colour));
 882   }
 883
 884   public static final DateFormat date_format = SimpleDateFormat
 885           .getDateTimeInstance();
 886
 887   /**
 888    * store a date in a jalview property
 889    *
 890    * @param string
 891    * @param time
 892    */
 893   public static void setDateProperty(String property, Date time)
 894   {
 895     setProperty(property, date_format.format(time));
 896   }
 897
 898   /**
 899    * read a date stored in a jalview property
 900    *
 901    * @param property
 902    * @return valid date as stored by setDateProperty, or null
 903    *
 904    */
 905   public static Date getDateProperty(String property)
 906   {
 907     String val = getProperty(property);
 908     if (val != null)
 909     {
 910       try
 911       {
 912         return date_format.parse(val);
 913       } catch (Exception ex)
 914       {
 915         System.err.println("Invalid or corrupt date in property '"
 916                 + property + "' : value was '" + val + "'");
 917       }
 918     }
 919     return null;
 920   }
 921
 922   /**
 923    * get and parse a property as an integer. send any parsing problems to
 924    * System.err
 925    *
 926    * @param property
 927    * @return null or Integer
 928    */
 929   public static Integer getIntegerProperty(String property)
 930   {
 931     String val = getProperty(property);
 932     if (val != null && (val = val.trim()).length() > 0)
 933     {
 934       try
 935       {
 936         return Integer.valueOf(val);
 937       } catch (NumberFormatException x)
 938       {
 939         System.err.println("Invalid integer in property '" + property
 940                 + "' (value was '" + val + "')");
 941       }
 942     }
 943     return null;
 944   }
 945
 946   private static DasSourceRegistryI sourceRegistry = null;
 947
 948   /**
 949    * initialise and ..
 950    *
 951    * @return instance of the das source registry
 952    */
 953   public static DasSourceRegistryI getDasSourceRegistry()
 954   {
 955     if (sourceRegistry == null)
 956     {
 957       sourceRegistry = new DasSourceRegistry();
 958     }
 959     return sourceRegistry;
 960   }
 961
 962   /**
 963    * Set the specified value, or remove it if null or empty. Does not save the
 964    * properties file.
 965    *
 966    * @param propName
 967    * @param value
 968    */
 969   public static void setOrRemove(String propName, String value)
 970   {
 971     if (propName == null)
 972     {
 973       return;
 974     }
 975     if (value == null || value.trim().length() < 1)
 976     {
 977       Cache.applicationProperties.remove(propName);
 978     }
 979     else
 980     {
 981       Cache.applicationProperties.setProperty(propName, value);
 982     }
 983   }
 984 }