src/jalview/bin/Cache.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.bin;
  22
  23 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  24 import jalview.structure.StructureImportSettings;
  25 import jalview.urls.IdOrgSettings;
  26 import jalview.ws.dbsources.das.api.DasSourceRegistryI;
  27 import jalview.ws.dbsources.das.datamodel.DasSourceRegistry;
  28 import jalview.ws.sifts.SiftsSettings;
  29
  30 import java.awt.Color;
  31 import java.io.BufferedReader;
  32 import java.io.File;
  33 import java.io.FileInputStream;
  34 import java.io.FileOutputStream;
  35 import java.io.InputStream;
  36 import java.io.InputStreamReader;
  37 import java.text.DateFormat;
  38 import java.text.SimpleDateFormat;
  39 import java.util.Collections;
  40 import java.util.Date;
  41 import java.util.Enumeration;
  42 import java.util.Locale;
  43 import java.util.Properties;
  44 import java.util.TreeSet;
  45
  46 import org.apache.log4j.ConsoleAppender;
  47 import org.apache.log4j.Level;
  48 import org.apache.log4j.Logger;
  49 import org.apache.log4j.SimpleLayout;
  50
  51 /**
  52  * Stores and retrieves Jalview Application Properties Lists and fields within
  53  * list entries are separated by '|' symbols unless otherwise stated (|) clauses
  54  * are alternative values for a tag. <br>
  55  * <br>
  56  * Current properties include:
  57  * <ul>
  58  * <br>
  59  * logs.Axis.Level - one of the stringified Levels for log4j controlling the
  60  * logging level for axis (used for web services) <br>
  61  * </li>
  62  * <li>logs.Castor.Level - one of the stringified Levels for log4j controlling
  63  * the logging level for castor (used for serialization) <br>
  64  * </li>
  65  * <li>logs.Jalview.Level - Cache.log stringified level. <br>
  66  * </li>
  67  * <li>SCREEN_WIDTH</li>
  68  * <li>SCREEN_HEIGHT</li>
  69  * <li>SCREEN_Y=285</li>
  70  * <li>SCREEN_X=371</li>
  71  * <li>SHOW_FULLSCREEN boolean</li>
  72  * <li>FONT_NAME java font name for alignment text display</li>
  73  * <li>FONT_SIZE size of displayed alignment text</li>
  74  * <li>FONT_STYLE style of font displayed (sequence labels are always italic)</li>
  75  * <li>GAP_SYMBOL character to treat as gap symbol (usually -,.,' ')</li>
  76  * <li>LAST_DIRECTORY last directory for browsing alignment</li>
  77  * <li>USER_DEFINED_COLOURS list of user defined colour scheme files</li>
  78  * <li>SHOW_FULL_ID show id with '/start-end' numbers appended</li>
  79  * <li>SHOW_IDENTITY show percentage identity annotation</li>
  80  * <li>SHOW_QUALITY show alignment quality annotation</li>
  81  * <li>SHOW_ANNOTATIONS show alignment annotation rows</li>
  82  * <li>SHOW_CONSERVATION show alignment conservation annotation</li>
  83  * <li>SORT_ANNOTATIONS currently either SEQUENCE_AND_LABEL or
  84  * LABEL_AND_SEQUENCE</li>
  85  * <li>SHOW_AUTOCALC_ABOVE true to show autocalculated annotations above
  86  * sequence annotations</li>
  87  * <li>CENTRE_COLUMN_LABELS centre the labels at each column in a displayed
  88  * annotation row</li>
  89  * <li>DEFAULT_COLOUR default colour scheme to apply for a new alignment</li>
  90  * <li>DEFAULT_FILE_FORMAT file format used to save</li>
  91  * <li>STARTUP_FILE file loaded on startup (may be a fully qualified url)</li>
  92  * <li>SHOW_STARTUP_FILE flag to control loading of startup file</li>
  93  * <li>VERSION the version of the jalview build</li>
  94  * <li>BUILD_DATE date of this build</li>
  95  * <li>LATEST_VERSION the latest jalview version advertised on the
  96  * www.jalview.org</li>
  97  * <li>PIR_MODELLER boolean indicating if PIR files are written with MODELLER
  98  * descriptions</li>
  99  * <li>(FASTA,MSF,PILEUP,CLUSTAL,BLC,PIR,PFAM)_JVSUFFIX boolean for adding jv
 100  * suffix to file</li>
 101  * <li>RECENT_URL list of recently retrieved URLs</li>
 102  * <li>RECENT_FILE list of recently opened files</li>
 103  * <li>USE_PROXY flag for whether a http proxy is to be used</li>
 104  * <li>PROXY_SERVER the proxy</li>
 105  * <li>PROXY_PORT</li>
 106  * <li>NOQUESTIONNAIRES true to prevent jalview from checking the questionnaire
 107  * service</li>
 108  * <li>QUESTIONNAIRE last questionnaire:responder id string from questionnaire
 109  * service</li>
 110  * <li>USAGESTATS (false - user prompted) Enable google analytics tracker for
 111  * collecting usage statistics</li>
 112  * <li>DAS_LOCAL_SOURCE list of local das sources</li>
 113  * <li>SHOW_OVERVIEW boolean for overview window display</li>
 114  * <li>ANTI_ALIAS boolean for smooth fonts</li>
 115  * <li>RIGHT_ALIGN_IDS boolean</li>
 116  * <li>AUTO_CALC_CONSENSUS boolean for automatic recalculation of consensus</li>
 117  * <li>PAD_GAPS boolean</li>
 118  * <li>ID_ITALICS boolean</li>
 119  * <li>SHOW_JV_SUFFIX</li>
 120  * <li>WRAP_ALIGNMENT</li>
 121  * <li>EPS_RENDERING (Prompt each time|Lineart|Text) default for EPS rendering
 122  * style check</li>
 123  * <li>SORT_ALIGNMENT (No sort|Id|Pairwise Identity)</li>
 124  * <li>SEQUENCE_LINKS list of name|URL pairs for opening a url with
 125  * $SEQUENCE_ID$</li>
 126  * <li>STORED_LINKS list of name|url pairs which user has entered but are not
 127  * currently used
 128  * <li>DEFAULT_LINK name of single url to be used when user double clicks a
 129  * sequence id (must be in SEQUENCE_LINKS or STORED_LINKS)
 130  * <li>GROUP_LINKS list of name|URL[|&lt;separator&gt;] tuples - see
 131  * jalview.utils.GroupURLLink for more info</li>
 132  * <li>DAS_REGISTRY_URL the registry to query</li>
 133  * <li>DEFAULT_BROWSER for unix</li>
 134  * <li>DAS_ACTIVE_SOURCE list of active sources</li>
 135  * <li>SHOW_MEMUSAGE boolean show memory usage and warning indicator on desktop
 136  * (false)</li>
 137  * <li>VERSION_CHECK (true) check for the latest release version from
 138  * www.jalview.org (or the alias given by the www.jalview.org property)</li>
 139  * <li>SHOW_NPFEATS_TOOLTIP (true) show non-positional features in the Sequence
 140  * ID tooltip</li>
 141  * <li>SHOW_DBREFS_TOOLTIP (true) show Database Cross References in the Sequence
 142  * ID tooltip</li>
 143  * <li>SHOW_UNCONSERVED (false) only render unconserved residues - conserved
 144  * displayed as '.'</li>
 145  * <li>SORT_BY_TREE (false) sort the current alignment view according to the
 146  * order of a newly displayed tree</li>
 147  * <li>DBFETCH_USEPICR (false) use PICR to recover valid DB references from
 148  * sequence ID strings before attempting retrieval from any datasource</li>
 149  * <li>SHOW_GROUP_CONSENSUS (false) Show consensus annotation for groups in the
 150  * alignment.</li>
 151  * <li>SHOW_GROUP_CONSERVATION (false) Show conservation annotation for groups
 152  * in the alignment.</li>
 153  * <li>SHOW_CONSENSUS_HISTOGRAM (false) Show consensus annotation row's
 154  * histogram.</li>
 155  * <li>SHOW_CONSENSUS_LOGO (false) Show consensus annotation row's sequence
 156  * logo.</li>
 157  * <li>NORMALISE_CONSENSUS_LOGO (false) Show consensus annotation row's sequence
 158  * logo normalised to row height rather than histogram height.</li>
 159  * <li>FOLLOW_SELECTIONS (true) Controls whether a new alignment view should
 160  * respond to selections made in other alignments containing the same sequences.
 161  * </li>
 162  * <li>JWS2HOSTURLS comma-separated list of URLs to try for JABAWS services</li>
 163  * <li>SHOW_WSDISCOVERY_ERRORS (true) Controls if the web service URL discovery
 164  * warning dialog box is displayed.</li>
 165  * <li>ANNOTATIONCOLOUR_MIN (orange) Shade used for minimum value of annotation
 166  * when shading by annotation</li>
 167  * <li>ANNOTATIONCOLOUR_MAX (red) Shade used for maximum value of annotation
 168  * when shading by annotation</li>
 169  * <li>www.jalview.org (http://www.jalview.org) a property enabling all HTTP
 170  * requests to be redirected to a mirror of http://www.jalview.org</li>
 171  * <li>FIGURE_AUTOIDWIDTH (false) Expand the left hand column of an exported
 172  * alignment figure to accommodate even the longest sequence ID or annotation
 173  * label.</li>
 174  * <li>FIGURE_FIXEDIDWIDTH Specifies the width to use for the left-hand column
 175  * when exporting an alignment as a figure (setting FIGURE_AUTOIDWIDTH to true
 176  * will override this).</li>
 177  * <li>STRUCT_FROM_PDB (false) derive secondary structure annotation from PDB
 178  * record</li>
 179  * <li>USE_RNAVIEW (false) use RNAViewer to derive secondary structure</li>
 180  * <li>ADD_SS_ANN (false) add secondary structure annotation to alignment
 181  * display</li>
 182  * <li>ADD_TEMPFACT_ANN (false) add Temperature Factor annotation to alignment
 183  * display</li>
 184  * <li>STRUCTURE_DISPLAY choose from JMOL (default) or CHIMERA for 3D structure
 185  * display</li>
 186  * <li>CHIMERA_PATH specify full path to Chimera program (if non-standard)</li>
 187  *
 188  * </ul>
 189  * Deprecated settings:
 190  * <ul>
 191  * *
 192  * <li>DISCOVERY_START - Boolean - controls if discovery services are queried on
 193  * startup (JWS1 services only)</li>
 194  * <li>DISCOVERY_URLS - comma separated list of Discovery Service endpoints.
 195  * (JWS1 services only)</li>
 196  * <li>SHOW_JWS1_SERVICES (true) enable or disable the original Jalview 2
 197  * services in the desktop GUI</li>
 198  * <li>ENABLE_RSBS_EDITOR (false for 2.7 release) enable or disable RSBS editing
 199  * panel in web service preferences</li>
 200  * </ul>
 201  *
 202  * @author $author$
 203  * @version $Revision$
 204  */
 205 public class Cache
 206 {
 207   /**
 208    * property giving log4j level for CASTOR loggers
 209    */
 210   public static final String CASTORLOGLEVEL = "logs.Castor.level";
 211
 212   /**
 213    * property giving log4j level for AXIS loggers
 214    */
 215   public static final String AXISLOGLEVEL = "logs.Axis.level";
 216
 217   /**
 218    * property giving log4j level for Jalview Log
 219    */
 220   public static final String JALVIEWLOGLEVEL = "logs.Jalview.level";
 221
 222   public static final String DAS_LOCAL_SOURCE = "DAS_LOCAL_SOURCE";
 223
 224   public static final String DAS_REGISTRY_URL = "DAS_REGISTRY_URL";
 225
 226   public static final String DAS_ACTIVE_SOURCE = "DAS_ACTIVE_SOURCE";
 227
 228   /**
 229    * Sifts settings
 230    */
 231   public static final String DEFAULT_SIFTS_DOWNLOAD_DIR = System
 232           .getProperty("user.home")
 233           + File.separatorChar
 234           + ".sifts_downloads" + File.separatorChar;
 235
 236   private final static String DEFAULT_CACHE_THRESHOLD_IN_DAYS = "2";
 237
 238   private final static String DEFAULT_FAIL_SAFE_PID_THRESHOLD = "30";
 239
 240   /**
 241    * Identifiers.org download settings
 242    */
 243   private static final String ID_ORG_FILE = System.getProperty("user.home")
 244           + File.separatorChar + ".jalview_identifiers";
 245
 246   private static final String ID_ORG_URL = "http://identifiers.org/rest/collections/";
 247
 248   /**
 249    * Allowed values are PDB or mmCIF
 250    */
 251   private final static String PDB_DOWNLOAD_FORMAT = PDBEntry.Type.MMCIF
 252           .toString();
 253
 254   private final static String DEFAULT_PDB_FILE_PARSER = StructureImportSettings.StructureParser.JMOL_PARSER
 255           .toString();
 256
 257   /*
 258    * a date formatter using a fixed (rather than the user's) locale;
 259    * this ensures that date properties can be written and re-read successfully
 260    * even if the user changes their locale setting
 261    */
 262   private static final DateFormat date_format = SimpleDateFormat
 263           .getDateTimeInstance(SimpleDateFormat.MEDIUM,
 264                   SimpleDateFormat.MEDIUM, Locale.UK);
 265
 266   /**
 267    * Initialises the Jalview Application Log
 268    */
 269   public static Logger log;
 270
 271   /** Jalview Properties */
 272   public static Properties applicationProperties = new Properties()
 273   {
 274     // override results in properties output in alphabetical order
 275     @Override
 276     public synchronized Enumeration<Object> keys()
 277     {
 278       return Collections.enumeration(new TreeSet<Object>(super.keySet()));
 279     }
 280   };
 281
 282   /** Default file is ~/.jalview_properties */
 283   static String propertiesFile;
 284
 285   private static boolean propsAreReadOnly = false;
 286
 287   public static void initLogger()
 288   {
 289     if (log != null)
 290     {
 291       return;
 292     }
 293     try
 294     {
 295       // TODO: redirect stdout and stderr here in order to grab the output of
 296       // the log
 297
 298       ConsoleAppender ap = new ConsoleAppender(new SimpleLayout(),
 299               "System.err");
 300       ap.setName("JalviewLogger");
 301       org.apache.log4j.Logger.getRootLogger().addAppender(ap); // catch all for
 302       // log output
 303       Logger laxis = Logger.getLogger("org.apache.axis");
 304       Logger lcastor = Logger.getLogger("org.exolab.castor");
 305       jalview.bin.Cache.log = Logger.getLogger("jalview.bin.Jalview");
 306
 307       laxis.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault("logs.Axis.Level",
 308               Level.INFO.toString())));
 309       lcastor.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault("logs.Castor.Level",
 310               Level.INFO.toString())));
 311       lcastor = Logger.getLogger("org.exolab.castor.xml");
 312       lcastor.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault("logs.Castor.Level",
 313               Level.INFO.toString())));
 314       // lcastor = Logger.getLogger("org.exolab.castor.xml.Marshaller");
 315       // lcastor.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault("logs.Castor.Level",
 316       // Level.INFO.toString())));
 317       jalview.bin.Cache.log.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault(
 318               "logs.Jalview.level", Level.INFO.toString())));
 319       // laxis.addAppender(ap);
 320       // lcastor.addAppender(ap);
 321       // jalview.bin.Cache.log.addAppender(ap);
 322       // Tell the user that debug is enabled
 323       jalview.bin.Cache.log.debug("Jalview Debugging Output Follows.");
 324     } catch (Exception ex)
 325     {
 326       System.err.println("Problems initializing the log4j system\n");
 327       ex.printStackTrace(System.err);
 328     }
 329   }
 330
 331   /** Called when Jalview is started */
 332   public static void loadProperties(String propsFile)
 333   {
 334     propertiesFile = propsFile;
 335     if (propsFile == null)
 336     {
 337       propertiesFile = System.getProperty("user.home") + File.separatorChar
 338               + ".jalview_properties";
 339     }
 340     else
 341     {
 342       // don't corrupt the file we've been given.
 343       propsAreReadOnly = true;
 344     }
 345
 346     try
 347     {
 348       InputStream fis;
 349       try
 350       {
 351         fis = new java.net.URL(propertiesFile).openStream();
 352         System.out.println("Loading jalview properties from : "
 353                 + propertiesFile);
 354         System.out
 355                 .println("Disabling Jalview writing to user's local properties file.");
 356         propsAreReadOnly = true;
 357
 358       } catch (Exception ex)
 359       {
 360         fis = null;
 361       }
 362       if (fis == null)
 363       {
 364         fis = new FileInputStream(propertiesFile);
 365       }
 366       applicationProperties.load(fis);
 367
 368       // remove any old build properties
 369
 370       deleteBuildProperties();
 371       fis.close();
 372     } catch (Exception ex)
 373     {
 374       System.out.println("Error reading properties file: " + ex);
 375     }
 376
 377     if (getDefault("USE_PROXY", false))
 378     {
 379       String proxyServer = getDefault("PROXY_SERVER", ""), proxyPort = getDefault(
 380               "PROXY_PORT", "8080");
 381
 382       System.out.println("Using proxyServer: " + proxyServer
 383               + " proxyPort: " + proxyPort);
 384
 385       System.setProperty("http.proxyHost", proxyServer);
 386       System.setProperty("http.proxyPort", proxyPort);
 387     }
 388
 389     // LOAD THE AUTHORS FROM THE authors.props file
 390     try
 391     {
 392       String authorDetails = "jar:".concat(Cache.class
 393               .getProtectionDomain().getCodeSource().getLocation()
 394               .toString().concat("!/authors.props"));
 395
 396       java.net.URL localJarFileURL = new java.net.URL(authorDetails);
 397
 398       InputStream in = localJarFileURL.openStream();
 399       applicationProperties.load(in);
 400       in.close();
 401     } catch (Exception ex)
 402     {
 403       System.out.println("Error reading author details: " + ex);
 404       applicationProperties.remove("AUTHORS");
 405       applicationProperties.remove("AUTHORFNAMES");
 406       applicationProperties.remove("YEAR");
 407     }
 408
 409     // FIND THE VERSION NUMBER AND BUILD DATE FROM jalview.jar
 410     // MUST FOLLOW READING OF LOCAL PROPERTIES FILE AS THE
 411     // VERSION MAY HAVE CHANGED SINCE LAST USING JALVIEW
 412     try
 413     {
 414       String buildDetails = "jar:".concat(Cache.class.getProtectionDomain()
 415               .getCodeSource().getLocation().toString()
 416               .concat("!/.build_properties"));
 417
 418       java.net.URL localJarFileURL = new java.net.URL(buildDetails);
 419
 420       InputStream in = localJarFileURL.openStream();
 421       applicationProperties.load(in);
 422       in.close();
 423     } catch (Exception ex)
 424     {
 425       System.out.println("Error reading build details: " + ex);
 426       applicationProperties.remove("VERSION");
 427     }
 428
 429     String jnlpVersion = System.getProperty("jalview.version");
 430     String codeVersion = getProperty("VERSION");
 431     String codeInstallation = getProperty("INSTALLATION");
 432     if (codeVersion == null)
 433     {
 434       // THIS SHOULD ONLY BE THE CASE WHEN TESTING!!
 435       codeVersion = "Test";
 436       jnlpVersion = "Test";
 437       codeInstallation = "";
 438     }
 439     else
 440     {
 441       codeInstallation = " (" + codeInstallation + ")";
 442     }
 443     new BuildDetails(codeVersion, null, codeInstallation);
 444
 445     SiftsSettings
 446             .setMapWithSifts(Cache.getDefault("MAP_WITH_SIFTS", false));
 447
 448     SiftsSettings.setSiftDownloadDirectory(jalview.bin.Cache.getDefault(
 449             "sifts_download_dir", DEFAULT_SIFTS_DOWNLOAD_DIR));
 450
 451     SiftsSettings.setFailSafePIDThreshold(jalview.bin.Cache.getDefault(
 452             "sifts_fail_safe_pid_threshold",
 453             DEFAULT_FAIL_SAFE_PID_THRESHOLD));
 454
 455     SiftsSettings.setCacheThresholdInDays(jalview.bin.Cache.getDefault(
 456             "sifts_cache_threshold_in_days",
 457             DEFAULT_CACHE_THRESHOLD_IN_DAYS));
 458
 459     IdOrgSettings.setUrl(ID_ORG_URL);
 460     IdOrgSettings.setDownloadLocation(ID_ORG_FILE);
 461
 462     System.out
 463             .println("Jalview Version: " + codeVersion + codeInstallation);
 464
 465     StructureImportSettings.setDefaultStructureFileFormat(jalview.bin.Cache
 466             .getDefault("PDB_DOWNLOAD_FORMAT", PDB_DOWNLOAD_FORMAT));
 467     StructureImportSettings
 468             .setDefaultPDBFileParser(DEFAULT_PDB_FILE_PARSER);
 469     // StructureImportSettings
 470     // .setDefaultPDBFileParser(jalview.bin.Cache.getDefault(
 471     // "DEFAULT_PDB_FILE_PARSER", DEFAULT_PDB_FILE_PARSER));
 472     // jnlpVersion will be null if we're using InstallAnywhere
 473     // Dont do this check if running in headless mode
 474     if (jnlpVersion == null
 475             && getDefault("VERSION_CHECK", true)
 476             && (System.getProperty("java.awt.headless") == null || System
 477                     .getProperty("java.awt.headless").equals("false")))
 478     {
 479
 480       class VersionChecker extends Thread
 481       {
 482         @Override
 483         public void run()
 484         {
 485           String orgtimeout = System
 486                   .getProperty("sun.net.client.defaultConnectTimeout");
 487           if (orgtimeout == null)
 488           {
 489             orgtimeout = "30";
 490             System.out.println("# INFO: Setting default net timeout to "
 491                     + orgtimeout + " seconds.");
 492           }
 493           String remoteVersion = null;
 494           try
 495           {
 496             System.setProperty("sun.net.client.defaultConnectTimeout",
 497                     "5000");
 498             java.net.URL url = new java.net.URL(Cache.getDefault(
 499                     "www.jalview.org", "http://www.jalview.org")
 500                     + "/webstart/jalview.jnlp");
 501             BufferedReader in = new BufferedReader(new InputStreamReader(
 502                     url.openStream()));
 503             String line = null;
 504             while ((line = in.readLine()) != null)
 505             {
 506               if (line.indexOf("jalview.version") == -1)
 507               {
 508                 continue;
 509               }
 510
 511               line = line.substring(line.indexOf("value=") + 7);
 512               line = line.substring(0, line.lastIndexOf("\""));
 513               remoteVersion = line;
 514               break;
 515             }
 516           } catch (Exception ex)
 517           {
 518             System.out
 519                     .println("Non-fatal exception when checking version at www.jalview.org :");
 520             System.out.println(ex);
 521             remoteVersion = getProperty("VERSION");
 522           }
 523           System.setProperty("sun.net.client.defaultConnectTimeout",
 524                   orgtimeout);
 525
 526           setProperty("LATEST_VERSION", remoteVersion);
 527         }
 528       }
 529
 530       VersionChecker vc = new VersionChecker();
 531       vc.start();
 532     }
 533     else
 534     {
 535       if (jnlpVersion != null)
 536       {
 537         setProperty("LATEST_VERSION", jnlpVersion);
 538       }
 539       else
 540       {
 541         applicationProperties.remove("LATEST_VERSION");
 542       }
 543     }
 544
 545     setProperty("VERSION", codeVersion);
 546
 547     // LOAD USERDEFINED COLOURS
 548     jalview.gui.UserDefinedColours
 549             .initUserColourSchemes(getProperty("USER_DEFINED_COLOURS"));
 550     jalview.io.PIRFile.useModellerOutput = Cache.getDefault("PIR_MODELLER",
 551             false);
 552   }
 553
 554   private static void deleteBuildProperties()
 555   {
 556     applicationProperties.remove("LATEST_VERSION");
 557     applicationProperties.remove("VERSION");
 558     applicationProperties.remove("AUTHORS");
 559     applicationProperties.remove("AUTHORFNAMES");
 560     applicationProperties.remove("YEAR");
 561     applicationProperties.remove("BUILD_DATE");
 562     applicationProperties.remove("INSTALLATION");
 563   }
 564
 565   /**
 566    * Gets Jalview application property of given key. Returns null if key not
 567    * found
 568    *
 569    * @param key
 570    *          Name of property
 571    *
 572    * @return Property value
 573    */
 574   public static String getProperty(String key)
 575   {
 576     return applicationProperties.getProperty(key);
 577   }
 578
 579   /**
 580    * These methods are used when checking if the saved preference is different
 581    * to the default setting
 582    */
 583
 584   public static boolean getDefault(String property, boolean def)
 585   {
 586     String string = getProperty(property);
 587     if (string != null)
 588     {
 589       def = Boolean.valueOf(string).booleanValue();
 590     }
 591
 592     return def;
 593   }
 594
 595   /**
 596    * These methods are used when checking if the saved preference is different
 597    * to the default setting
 598    */
 599   public static String getDefault(String property, String def)
 600   {
 601     String string = getProperty(property);
 602     if (string != null)
 603     {
 604       return string;
 605     }
 606
 607     return def;
 608   }
 609
 610   /**
 611    * Stores property in the file "HOME_DIR/.jalview_properties"
 612    *
 613    * @param key
 614    *          Name of object
 615    * @param obj
 616    *          String value of property
 617    *
 618    * @return String value of property
 619    */
 620   public static String setProperty(String key, String obj)
 621   {
 622
 623     try
 624     {
 625       applicationProperties.setProperty(key, obj);
 626       if (!propsAreReadOnly)
 627       {
 628         FileOutputStream out = new FileOutputStream(propertiesFile);
 629         applicationProperties.store(out, "---JalviewX Properties File---");
 630         out.close();
 631       }
 632     } catch (Exception ex)
 633     {
 634       System.out.println("Error setting property: " + key + " " + obj
 635               + "\n" + ex);
 636     }
 637     return obj;
 638   }
 639
 640   /**
 641    * remove the specified property from the jalview properties file
 642    *
 643    * @param string
 644    */
 645   public static void removeProperty(String string)
 646   {
 647     applicationProperties.remove(string);
 648     saveProperties();
 649   }
 650
 651   /**
 652    * save the properties to the jalview properties path
 653    */
 654   public static void saveProperties()
 655   {
 656     if (!propsAreReadOnly)
 657     {
 658       try
 659       {
 660         FileOutputStream out = new FileOutputStream(propertiesFile);
 661         applicationProperties.store(out, "---JalviewX Properties File---");
 662         out.close();
 663       } catch (Exception ex)
 664       {
 665         System.out.println("Error saving properties: " + ex);
 666       }
 667     }
 668   }
 669
 670   /**
 671    * internal vamsas class discovery state
 672    */
 673   private static int vamsasJarsArePresent = -1;
 674
 675   /**
 676    * Searches for vamsas client classes on class path.
 677    *
 678    * @return true if vamsas client is present on classpath
 679    */
 680   public static boolean vamsasJarsPresent()
 681   {
 682     if (vamsasJarsArePresent == -1)
 683     {
 684       try
 685       {
 686         if (jalview.jbgui.GDesktop.class.getClassLoader().loadClass(
 687                 "uk.ac.vamsas.client.VorbaId") != null)
 688         {
 689           jalview.bin.Cache.log
 690                   .debug("Found Vamsas Classes (uk.ac..vamsas.client.VorbaId can be loaded)");
 691           vamsasJarsArePresent = 1;
 692           Logger lvclient = Logger.getLogger("uk.ac.vamsas");
 693           lvclient.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault(
 694                   "logs.Vamsas.Level", Level.INFO.toString())));
 695
 696           lvclient.addAppender(log.getAppender("JalviewLogger"));
 697           // Tell the user that debug is enabled
 698           lvclient.debug("Jalview Vamsas Client Debugging Output Follows.");
 699         }
 700       } catch (Exception e)
 701       {
 702         vamsasJarsArePresent = 0;
 703         jalview.bin.Cache.log.debug("Vamsas Classes are not present");
 704       }
 705     }
 706     return (vamsasJarsArePresent > 0);
 707   }
 708
 709   /**
 710    * internal vamsas class discovery state
 711    */
 712   private static int groovyJarsArePresent = -1;
 713
 714   /**
 715    * Searches for vamsas client classes on class path.
 716    *
 717    * @return true if vamsas client is present on classpath
 718    */
 719   public static boolean groovyJarsPresent()
 720   {
 721     if (groovyJarsArePresent == -1)
 722     {
 723       try
 724       {
 725         if (Cache.class.getClassLoader().loadClass(
 726                 "groovy.lang.GroovyObject") != null)
 727         {
 728           jalview.bin.Cache.log
 729                   .debug("Found Groovy (groovy.lang.GroovyObject can be loaded)");
 730           groovyJarsArePresent = 1;
 731           Logger lgclient = Logger.getLogger("groovy");
 732           lgclient.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault(
 733                   "logs.Groovy.Level", Level.INFO.toString())));
 734
 735           lgclient.addAppender(log.getAppender("JalviewLogger"));
 736           // Tell the user that debug is enabled
 737           lgclient.debug("Jalview Groovy Client Debugging Output Follows.");
 738         }
 739       } catch (Error e)
 740       {
 741         groovyJarsArePresent = 0;
 742         jalview.bin.Cache.log.debug("Groovy Classes are not present", e);
 743       } catch (Exception e)
 744       {
 745         groovyJarsArePresent = 0;
 746         jalview.bin.Cache.log.debug("Groovy Classes are not present");
 747       }
 748     }
 749     return (groovyJarsArePresent > 0);
 750   }
 751
 752   /**
 753    * GA tracker object - actually JGoogleAnalyticsTracker null if tracking not
 754    * enabled.
 755    */
 756   protected static Object tracker = null;
 757
 758   protected static Class trackerfocus = null;
 759
 760   protected static Class jgoogleanalyticstracker = null;
 761
 762   /**
 763    * Initialise the google tracker if it is not done already.
 764    */
 765   public static void initGoogleTracker()
 766   {
 767     if (tracker == null)
 768     {
 769       if (jgoogleanalyticstracker == null)
 770       {
 771         // try to get the tracker class
 772         try
 773         {
 774           jgoogleanalyticstracker = Cache.class
 775                   .getClassLoader()
 776                   .loadClass(
 777                           "com.boxysystems.jgoogleanalytics.JGoogleAnalyticsTracker");
 778           trackerfocus = Cache.class.getClassLoader().loadClass(
 779                   "com.boxysystems.jgoogleanalytics.FocusPoint");
 780         } catch (Exception e)
 781         {
 782           log.debug("com.boxysystems.jgoogleanalytics package is not present - tracking not enabled.");
 783           tracker = null;
 784           jgoogleanalyticstracker = null;
 785           trackerfocus = null;
 786           return;
 787         }
 788       }
 789       // now initialise tracker
 790       Exception re = null, ex = null;
 791       Error err = null;
 792       String vrs = "No Version Accessible";
 793       try
 794       {
 795         // Google analytics tracking code for Library Finder
 796         tracker = jgoogleanalyticstracker.getConstructor(
 797                 new Class[] { String.class, String.class, String.class })
 798                 .newInstance(
 799                         new Object[] {
 800                             "Jalview Desktop",
 801                             (vrs = jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION")
 802                                     + "_"
 803                                     + jalview.bin.Cache.getDefault(
 804                                             "BUILD_DATE", "unknown")),
 805                             "UA-9060947-1" });
 806         jgoogleanalyticstracker.getMethod("trackAsynchronously",
 807                 new Class[] { trackerfocus }).invoke(
 808                 tracker,
 809                 new Object[] { trackerfocus.getConstructor(
 810                         new Class[] { String.class }).newInstance(
 811                         new Object[] { "Application Started." }) });
 812       } catch (RuntimeException e)
 813       {
 814         re = e;
 815       } catch (Exception e)
 816       {
 817         ex = e;
 818       } catch (Error e)
 819       {
 820         err = e;
 821       }
 822       if (re != null || ex != null || err != null)
 823       {
 824         if (log != null)
 825         {
 826           if (re != null)
 827           {
 828             log.debug("Caught runtime exception in googletracker init:", re);
 829           }
 830           if (ex != null)
 831           {
 832             log.warn(
 833                     "Failed to initialise GoogleTracker for Jalview Desktop with version "
 834                             + vrs, ex);
 835           }
 836           if (err != null)
 837           {
 838             log.error(
 839                     "Whilst initing GoogleTracker for Jalview Desktop version "
 840                             + vrs, err);
 841           }
 842         }
 843         else
 844         {
 845           if (re != null)
 846           {
 847             System.err
 848                     .println("Debug: Caught runtime exception in googletracker init:"
 849                             + vrs);
 850             re.printStackTrace();
 851           }
 852           if (ex != null)
 853           {
 854             System.err
 855                     .println("Warning:  Failed to initialise GoogleTracker for Jalview Desktop with version "
 856                             + vrs);
 857             ex.printStackTrace();
 858           }
 859
 860           if (err != null)
 861           {
 862             System.err
 863                     .println("ERROR: Whilst initing GoogleTracker for Jalview Desktop version "
 864                             + vrs);
 865             err.printStackTrace();
 866           }
 867         }
 868       }
 869       else
 870       {
 871         log.debug("Successfully initialised tracker.");
 872       }
 873     }
 874   }
 875
 876   /**
 877    * get the user's default colour if available
 878    *
 879    * @param property
 880    * @param defcolour
 881    * @return
 882    */
 883   public static Color getDefaultColour(String property, Color defcolour)
 884   {
 885     String colprop = getProperty(property);
 886     if (colprop == null)
 887     {
 888       return defcolour;
 889     }
 890     Color col = jalview.schemes.ColourSchemeProperty
 891             .getAWTColorFromName(colprop);
 892     if (col == null)
 893     {
 894       try
 895       {
 896         col = new jalview.schemes.UserColourScheme(colprop).findColour('A');
 897       } catch (Exception ex)
 898       {
 899         log.warn("Couldn't parse '" + colprop + "' as a colour for "
 900                 + property);
 901         col = null;
 902       }
 903     }
 904     return (col == null) ? defcolour : col;
 905   }
 906
 907   /**
 908    * store a colour as a Jalview user default property
 909    *
 910    * @param property
 911    * @param colour
 912    */
 913   public static void setColourProperty(String property, Color colour)
 914   {
 915     setProperty(property, jalview.util.Format.getHexString(colour));
 916   }
 917
 918   /**
 919    * Stores a formatted date in a jalview property, using a fixed locale.
 920    *
 921    * @param propertyName
 922    * @param date
 923    * @return the formatted date string
 924    */
 925   public static String setDateProperty(String propertyName, Date date)
 926   {
 927     String formatted = date_format.format(date);
 928     setProperty(propertyName, formatted);
 929     return formatted;
 930   }
 931
 932   /**
 933    * Reads a date stored in a Jalview property, parses it (using a fixed locale
 934    * format) and returns as a Date, or null if parsing fails
 935    *
 936    * @param propertyName
 937    * @return
 938    *
 939    */
 940   public static Date getDateProperty(String propertyName)
 941   {
 942     String val = getProperty(propertyName);
 943     if (val != null)
 944     {
 945       try
 946       {
 947         return date_format.parse(val);
 948       } catch (Exception ex)
 949       {
 950         System.err.println("Invalid or corrupt date in property '"
 951                 + propertyName + "' : value was '" + val + "'");
 952       }
 953     }
 954     return null;
 955   }
 956
 957   /**
 958    * get and parse a property as an integer. send any parsing problems to
 959    * System.err
 960    *
 961    * @param property
 962    * @return null or Integer
 963    */
 964   public static Integer getIntegerProperty(String property)
 965   {
 966     String val = getProperty(property);
 967     if (val != null && (val = val.trim()).length() > 0)
 968     {
 969       try
 970       {
 971         return Integer.valueOf(val);
 972       } catch (NumberFormatException x)
 973       {
 974         System.err.println("Invalid integer in property '" + property
 975                 + "' (value was '" + val + "')");
 976       }
 977     }
 978     return null;
 979   }
 980
 981   private static DasSourceRegistryI sourceRegistry = null;
 982
 983   /**
 984    * initialise and ..
 985    *
 986    * @return instance of the das source registry
 987    */
 988   public static DasSourceRegistryI getDasSourceRegistry()
 989   {
 990     if (sourceRegistry == null)
 991     {
 992       sourceRegistry = new DasSourceRegistry();
 993     }
 994     return sourceRegistry;
 995   }
 996
 997   /**
 998    * Set the specified value, or remove it if null or empty. Does not save the
 999    * properties file.
1000    *
1001    * @param propName
1002    * @param value
1003    */
1004   public static void setOrRemove(String propName, String value)
1005   {
1006     if (propName == null)
1007     {
1008       return;
1009     }
1010     if (value == null || value.trim().length() < 1)
1011     {
1012       Cache.applicationProperties.remove(propName);
1013     }
1014     else
1015     {
1016       Cache.applicationProperties.setProperty(propName, value);
1017     }
1018   }
1019 }