src/jalview/bin/Cache.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.bin;
  22
  23 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  24 import jalview.gui.UserDefinedColours;
  25 import jalview.schemes.ColourSchemeLoader;
  26 import jalview.schemes.ColourSchemes;
  27 import jalview.schemes.UserColourScheme;
  28 import jalview.structure.StructureImportSettings;
  29 import jalview.urls.IdOrgSettings;
  30 import jalview.util.ColorUtils;
  31 import jalview.util.Platform;
  32 import jalview.ws.sifts.SiftsSettings;
  33
  34 import java.awt.Color;
  35 import java.io.BufferedReader;
  36 import java.io.File;
  37 import java.io.FileInputStream;
  38 import java.io.FileOutputStream;
  39 import java.io.InputStream;
  40 import java.io.InputStreamReader;
  41 import java.text.DateFormat;
  42 import java.text.SimpleDateFormat;
  43 import java.util.Collections;
  44 import java.util.Date;
  45 import java.util.Enumeration;
  46 import java.util.Locale;
  47 import java.util.Properties;
  48 import java.util.StringTokenizer;
  49 import java.util.TreeSet;
  50
  51 import org.apache.log4j.ConsoleAppender;
  52 import org.apache.log4j.Level;
  53 import org.apache.log4j.Logger;
  54 import org.apache.log4j.SimpleLayout;
  55
  56 /**
  57  * Stores and retrieves Jalview Application Properties Lists and fields within
  58  * list entries are separated by '|' symbols unless otherwise stated (|) clauses
  59  * are alternative values for a tag. <br>
  60  * <br>
  61  * Current properties include:
  62  * <ul>
  63  * <br>
  64  * logs.Axis.Level - one of the stringified Levels for log4j controlling the
  65  * logging level for axis (used for web services) <br>
  66  * </li>
  67  * <li>logs.Castor.Level - one of the stringified Levels for log4j controlling
  68  * the logging level for castor (used for serialization) <br>
  69  * </li>
  70  * <li>logs.Jalview.Level - Cache.log stringified level. <br>
  71  * </li>
  72  * <li>SCREEN_WIDTH</li>
  73  * <li>SCREEN_HEIGHT</li>
  74  * <li>SCREEN_Y=285</li>
  75  * <li>SCREEN_X=371</li>
  76  * <li>SHOW_FULLSCREEN boolean</li>
  77  * <li>FONT_NAME java font name for alignment text display</li>
  78  * <li>FONT_SIZE size of displayed alignment text</li>
  79  * <li>FONT_STYLE style of font displayed (sequence labels are always
  80  * italic)</li>
  81  * <li>GAP_SYMBOL character to treat as gap symbol (usually -,.,' ')</li>
  82  * <li>LAST_DIRECTORY last directory for browsing alignment</li>
  83  * <li>USER_DEFINED_COLOURS list of user defined colour scheme files</li>
  84  * <li>SHOW_FULL_ID show id with '/start-end' numbers appended</li>
  85  * <li>SHOW_IDENTITY show percentage identity annotation</li>
  86  * <li>SHOW_QUALITY show alignment quality annotation</li>
  87  * <li>SHOW_ANNOTATIONS show alignment annotation rows</li>
  88  * <li>SHOW_CONSERVATION show alignment conservation annotation</li>
  89  * <li>SORT_ANNOTATIONS currently either SEQUENCE_AND_LABEL or
  90  * LABEL_AND_SEQUENCE</li>
  91  * <li>SHOW_AUTOCALC_ABOVE true to show autocalculated annotations above
  92  * sequence annotations</li>
  93  * <li>CENTRE_COLUMN_LABELS centre the labels at each column in a displayed
  94  * annotation row</li>
  95  * <li>DEFAULT_COLOUR default colour scheme to apply for a new alignment</li>
  96  * <li>DEFAULT_FILE_FORMAT file format used to save</li>
  97  * <li>STARTUP_FILE file loaded on startup (may be a fully qualified url)</li>
  98  * <li>SHOW_STARTUP_FILE flag to control loading of startup file</li>
  99  * <li>VERSION the version of the jalview build</li>
 100  * <li>BUILD_DATE date of this build</li>
 101  * <li>LATEST_VERSION the latest jalview version advertised on the
 102  * www.jalview.org</li>
 103  * <li>PIR_MODELLER boolean indicating if PIR files are written with MODELLER
 104  * descriptions</li>
 105  * <li>(FASTA,MSF,PILEUP,CLUSTAL,BLC,PIR,PFAM)_JVSUFFIX boolean for adding jv
 106  * suffix to file</li>
 107  * <li>RECENT_URL list of recently retrieved URLs</li>
 108  * <li>RECENT_FILE list of recently opened files</li>
 109  * <li>USE_PROXY flag for whether a http proxy is to be used</li>
 110  * <li>PROXY_SERVER the proxy</li>
 111  * <li>PROXY_PORT</li>
 112  * <li>NOQUESTIONNAIRES true to prevent jalview from checking the questionnaire
 113  * service</li>
 114  * <li>QUESTIONNAIRE last questionnaire:responder id string from questionnaire
 115  * service</li>
 116  * <li>USAGESTATS (false - user prompted) Enable google analytics tracker for
 117  * collecting usage statistics</li>
 118  * <li>SHOW_OVERVIEW boolean for overview window display</li>
 119  * <li>ANTI_ALIAS boolean for smooth fonts</li>
 120  * <li>RIGHT_ALIGN_IDS boolean</li>
 121  * <li>AUTO_CALC_CONSENSUS boolean for automatic recalculation of consensus</li>
 122  * <li>PAD_GAPS boolean</li>
 123  * <li>ID_ITALICS boolean</li>
 124  * <li>SHOW_JV_SUFFIX</li>
 125  * <li>WRAP_ALIGNMENT</li>
 126  * <li>EPS_RENDERING (Prompt each time|Lineart|Text) default for EPS rendering
 127  * style check</li>
 128  * <li>SORT_ALIGNMENT (No sort|Id|Pairwise Identity)</li>
 129  * <li>SEQUENCE_LINKS list of name|URL pairs for opening a url with
 130  * $SEQUENCE_ID$</li>
 131  * <li>STORED_LINKS list of name|url pairs which user has entered but are not
 132  * currently used
 133  * <li>DEFAULT_LINK name of single url to be used when user double clicks a
 134  * sequence id (must be in SEQUENCE_LINKS or STORED_LINKS)
 135  * <li>GROUP_LINKS list of name|URL[|&lt;separator&gt;] tuples - see
 136  * jalview.utils.GroupURLLink for more info</li>
 137  * <li>DEFAULT_BROWSER for unix</li>
 138  * <li>SHOW_MEMUSAGE boolean show memory usage and warning indicator on desktop
 139  * (false)</li>
 140  * <li>VERSION_CHECK (true) check for the latest release version from
 141  * www.jalview.org (or the alias given by the www.jalview.org property)</li>
 142  * <li>SHOW_NPFEATS_TOOLTIP (true) show non-positional features in the Sequence
 143  * ID tooltip</li>
 144  * <li>SHOW_DBREFS_TOOLTIP (true) show Database Cross References in the Sequence
 145  * ID tooltip</li>
 146  * <li>SHOW_UNCONSERVED (false) only render unconserved residues - conserved
 147  * displayed as '.'</li>
 148  * <li>SORT_BY_TREE (false) sort the current alignment view according to the
 149  * order of a newly displayed tree</li>
 150  * <li>DBFETCH_USEPICR (false) use PICR to recover valid DB references from
 151  * sequence ID strings before attempting retrieval from any datasource</li>
 152  * <li>SHOW_GROUP_CONSENSUS (false) Show consensus annotation for groups in the
 153  * alignment.</li>
 154  * <li>SHOW_GROUP_CONSERVATION (false) Show conservation annotation for groups
 155  * in the alignment.</li>
 156  * <li>SHOW_CONSENSUS_HISTOGRAM (false) Show consensus annotation row's
 157  * histogram.</li>
 158  * <li>SHOW_CONSENSUS_LOGO (false) Show consensus annotation row's sequence
 159  * logo.</li>
 160  * <li>NORMALISE_CONSENSUS_LOGO (false) Show consensus annotation row's sequence
 161  * logo normalised to row height rather than histogram height.</li>
 162  * <li>FOLLOW_SELECTIONS (true) Controls whether a new alignment view should
 163  * respond to selections made in other alignments containing the same sequences.
 164  * </li>
 165  * <li>JWS2HOSTURLS comma-separated list of URLs to try for JABAWS services</li>
 166  * <li>SHOW_WSDISCOVERY_ERRORS (true) Controls if the web service URL discovery
 167  * warning dialog box is displayed.</li>
 168  * <li>ANNOTATIONCOLOUR_MIN (orange) Shade used for minimum value of annotation
 169  * when shading by annotation</li>
 170  * <li>ANNOTATIONCOLOUR_MAX (red) Shade used for maximum value of annotation
 171  * when shading by annotation</li>
 172  * <li>www.jalview.org (http://www.jalview.org) a property enabling all HTTP
 173  * requests to be redirected to a mirror of http://www.jalview.org</li>
 174  * <li>FIGURE_AUTOIDWIDTH (false) Expand the left hand column of an exported
 175  * alignment figure to accommodate even the longest sequence ID or annotation
 176  * label.</li>
 177  * <li>FIGURE_FIXEDIDWIDTH Specifies the width to use for the left-hand column
 178  * when exporting an alignment as a figure (setting FIGURE_AUTOIDWIDTH to true
 179  * will override this).</li>
 180  * <li>STRUCT_FROM_PDB (false) derive secondary structure annotation from PDB
 181  * record</li>
 182  * <li>USE_RNAVIEW (false) use RNAViewer to derive secondary structure</li>
 183  * <li>ADD_SS_ANN (false) add secondary structure annotation to alignment
 184  * display</li>
 185  * <li>ADD_TEMPFACT_ANN (false) add Temperature Factor annotation to alignment
 186  * display</li>
 187  * <li>STRUCTURE_DISPLAY choose from JMOL (default) or CHIMERA for 3D structure
 188  * display</li>
 189  * <li>CHIMERA_PATH specify full path to Chimera program (if non-standard)</li>
 190  * <li>ID_ORG_HOSTURL location of jalview service providing identifiers.org urls
 191  * </li>
 192  *
 193  * </ul>
 194  * Deprecated settings:
 195  * <ul>
 196  * *
 197  * <li>DISCOVERY_START - Boolean - controls if discovery services are queried on
 198  * startup (JWS1 services only)</li>
 199  * <li>DISCOVERY_URLS - comma separated list of Discovery Service endpoints.
 200  * (JWS1 services only)</li>
 201  * <li>SHOW_JWS1_SERVICES (true) enable or disable the original Jalview 2
 202  * services in the desktop GUI</li>
 203  * <li>ENABLE_RSBS_EDITOR (false for 2.7 release) enable or disable RSBS editing
 204  * panel in web service preferences</li>
 205  * </ul>
 206  *
 207  * @author $author$
 208  * @version $Revision$
 209  */
 210 public class Cache
 211 {
 212   /**
 213    * property giving log4j level for CASTOR loggers
 214    */
 215   public static final String CASTORLOGLEVEL = "logs.Castor.level";
 216
 217   /**
 218    * property giving log4j level for AXIS loggers
 219    */
 220   public static final String AXISLOGLEVEL = "logs.Axis.level";
 221
 222   /**
 223    * property giving log4j level for Jalview Log
 224    */
 225   public static final String JALVIEWLOGLEVEL = "logs.Jalview.level";
 226
 227   /**
 228    * Sifts settings
 229    */
 230   public static final String DEFAULT_SIFTS_DOWNLOAD_DIR = System
 231           .getProperty("user.home") + File.separatorChar
 232           + ".sifts_downloads" + File.separatorChar;
 233
 234   private final static String DEFAULT_CACHE_THRESHOLD_IN_DAYS = "2";
 235
 236   private final static String DEFAULT_FAIL_SAFE_PID_THRESHOLD = "30";
 237
 238   /**
 239    * Identifiers.org download settings
 240    */
 241   private static final String ID_ORG_FILE = System.getProperty("user.home")
 242           + File.separatorChar + ".identifiers.org.ids.json";
 243
 244   /**
 245    * Allowed values are PDB or mmCIF
 246    */
 247   private final static String PDB_DOWNLOAD_FORMAT = PDBEntry.Type.MMCIF
 248           .toString();
 249
 250   private final static String DEFAULT_PDB_FILE_PARSER = StructureImportSettings.StructureParser.JMOL_PARSER
 251           .toString();
 252
 253   /*
 254    * a date formatter using a fixed (rather than the user's) locale;
 255    * this ensures that date properties can be written and re-read successfully
 256    * even if the user changes their locale setting
 257    */
 258   private static final DateFormat date_format = SimpleDateFormat
 259           .getDateTimeInstance(SimpleDateFormat.MEDIUM,
 260                   SimpleDateFormat.MEDIUM, Locale.UK);
 261
 262   /**
 263    * Initialises the Jalview Application Log
 264    */
 265   public static Logger log;
 266
 267   /** Jalview Properties */
 268   public static Properties applicationProperties = new Properties()
 269   {
 270     // override results in properties output in alphabetical order
 271     @Override
 272     public synchronized Enumeration<Object> keys()
 273     {
 274       return Collections.enumeration(new TreeSet<>(super.keySet()));
 275     }
 276   };
 277
 278   /** Default file is ~/.jalview_properties */
 279   static String propertiesFile;
 280
 281   private static boolean propsAreReadOnly = /** @j2sNative true || */
 282           false;
 283
 284   public static void initLogger()
 285   {
 286     if (log != null)
 287     {
 288       return;
 289     }
 290     try
 291     {
 292       // TODO: redirect stdout and stderr here in order to grab the output of
 293       // the log
 294
 295       ConsoleAppender ap = new ConsoleAppender(new SimpleLayout(),
 296               "System.err");
 297       ap.setName("JalviewLogger");
 298       org.apache.log4j.Logger.getRootLogger().addAppender(ap); // catch all for
 299       // log output
 300       Logger laxis = Logger.getLogger("org.apache.axis");
 301       Logger lcastor = Logger.getLogger("org.exolab.castor");
 302       jalview.bin.Cache.log = Logger.getLogger("jalview.bin.Jalview");
 303
 304       laxis.setLevel(Level.toLevel(
 305               Cache.getDefault("logs.Axis.Level", Level.INFO.toString())));
 306       lcastor.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault("logs.Castor.Level",
 307               Level.INFO.toString())));
 308       lcastor = Logger.getLogger("org.exolab.castor.xml");
 309       lcastor.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault("logs.Castor.Level",
 310               Level.INFO.toString())));
 311       // lcastor = Logger.getLogger("org.exolab.castor.xml.Marshaller");
 312       // lcastor.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault("logs.Castor.Level",
 313       // Level.INFO.toString())));
 314       jalview.bin.Cache.log.setLevel(Level.toLevel(Cache
 315               .getDefault("logs.Jalview.level", Level.INFO.toString())));
 316       // laxis.addAppender(ap);
 317       // lcastor.addAppender(ap);
 318       // jalview.bin.Cache.log.addAppender(ap);
 319       // Tell the user that debug is enabled
 320       jalview.bin.Cache.log.debug("Jalview Debugging Output Follows.");
 321     } catch (Exception ex)
 322     {
 323       System.err.println("Problems initializing the log4j system\n");
 324       ex.printStackTrace(System.err);
 325     }
 326   }
 327
 328   /**
 329    * Loads properties from the given properties file. Any existing properties
 330    * are first cleared.
 331    */
 332   public static void loadProperties(String propsFile)
 333   {
 334     propertiesFile = propsFile;
 335     if (propsFile == null)
 336     {
 337       propertiesFile = System.getProperty("user.home") + File.separatorChar
 338               + ".jalview_properties";
 339     }
 340     else
 341     {
 342       // don't corrupt the file we've been given.
 343       propsAreReadOnly = true;
 344     }
 345
 346     try
 347     {
 348       InputStream fis;
 349       try
 350       {
 351         fis = new java.net.URL(propertiesFile).openStream();
 352         System.out.println(
 353                 "Loading jalview properties from : " + propertiesFile);
 354         System.out.println(
 355                 "Disabling Jalview writing to user's local properties file.");
 356         propsAreReadOnly = true;
 357
 358       } catch (Exception ex)
 359       {
 360         fis = null;
 361       }
 362       if (fis == null)
 363       {
 364         fis = new FileInputStream(propertiesFile);
 365       }
 366       applicationProperties.clear();
 367       applicationProperties.load(fis);
 368
 369       // remove any old build properties
 370
 371       deleteBuildProperties();
 372       fis.close();
 373     } catch (Exception ex)
 374     {
 375       System.out.println("Error reading properties file: " + ex);
 376     }
 377
 378     if (getDefault("USE_PROXY", false))
 379     {
 380       String proxyServer = getDefault("PROXY_SERVER", ""),
 381               proxyPort = getDefault("PROXY_PORT", "8080");
 382
 383       System.out.println("Using proxyServer: " + proxyServer
 384               + " proxyPort: " + proxyPort);
 385
 386       System.setProperty("http.proxyHost", proxyServer);
 387       System.setProperty("http.proxyPort", proxyPort);
 388     }
 389
 390     // LOAD THE AUTHORS FROM THE authors.props file
 391     boolean ignore = Platform.isJS();
 392     if (!ignore)
 393     try
 394     {
 395       String authorDetails = "jar:"
 396               .concat(Cache.class.getProtectionDomain().getCodeSource()
 397                       .getLocation().toString().concat("!/authors.props"));
 398
 399       java.net.URL localJarFileURL = new java.net.URL(authorDetails);
 400
 401       InputStream in = localJarFileURL.openStream();
 402       applicationProperties.load(in);
 403       in.close();
 404
 405     } catch (Exception ex)
 406     {
 407       System.out.println("Error reading author details: " + ex);
 408       ignore = true;
 409     }
 410
 411     if (ignore) {
 412         applicationProperties.remove("AUTHORS");
 413         applicationProperties.remove("AUTHORFNAMES");
 414         applicationProperties.remove("YEAR");
 415     }
 416
 417     // FIND THE VERSION NUMBER AND BUILD DATE FROM jalview.jar
 418     // MUST FOLLOW READING OF LOCAL PROPERTIES FILE AS THE
 419     // VERSION MAY HAVE CHANGED SINCE LAST USING JALVIEW
 420     // BH 2019.01.25 switching to Platform.isJS()
 421     ignore = Platform.isJS();
 422     if (!ignore)
 423     try
 424     {
 425       String buildDetails = "jar:".concat(Cache.class.getProtectionDomain()
 426               .getCodeSource().getLocation().toString()
 427               .concat("!/.build_properties"));
 428
 429       java.net.URL localJarFileURL = new java.net.URL(buildDetails);
 430
 431       InputStream in = localJarFileURL.openStream();
 432       applicationProperties.load(in);
 433       in.close();
 434     } catch (Exception ex)
 435     {
 436       System.out.println("Error reading build details: " + ex);
 437       ignore = true;
 438     }
 439
 440     if (ignore) {
 441         applicationProperties.remove("VERSION");
 442     }
 443
 444     String jnlpVersion = System.getProperty("jalview.version");
 445     String codeVersion = getProperty("VERSION");
 446     String codeInstallation = getProperty("INSTALLATION");
 447     if (codeVersion == null)
 448     {
 449       // THIS SHOULD ONLY BE THE CASE WHEN TESTING!!
 450       codeVersion = "Test";
 451       jnlpVersion = "Test";
 452       codeInstallation = "";
 453     }
 454     else
 455     {
 456       codeInstallation = " (" + codeInstallation + ")";
 457     }
 458     new BuildDetails(codeVersion, null, codeInstallation);
 459
 460     SiftsSettings
 461             .setMapWithSifts(Cache.getDefault("MAP_WITH_SIFTS", false));
 462
 463     SiftsSettings.setSiftDownloadDirectory(jalview.bin.Cache
 464             .getDefault("sifts_download_dir", DEFAULT_SIFTS_DOWNLOAD_DIR));
 465
 466     SiftsSettings.setFailSafePIDThreshold(
 467             jalview.bin.Cache.getDefault("sifts_fail_safe_pid_threshold",
 468                     DEFAULT_FAIL_SAFE_PID_THRESHOLD));
 469
 470     SiftsSettings.setCacheThresholdInDays(
 471             jalview.bin.Cache.getDefault("sifts_cache_threshold_in_days",
 472                     DEFAULT_CACHE_THRESHOLD_IN_DAYS));
 473
 474     IdOrgSettings.setUrl(getDefault("ID_ORG_HOSTURL",
 475             "http://www.jalview.org/services/identifiers"));
 476     IdOrgSettings.setDownloadLocation(ID_ORG_FILE);
 477
 478     System.out
 479             .println("Jalview Version: " + codeVersion + codeInstallation);
 480
 481     StructureImportSettings.setDefaultStructureFileFormat(jalview.bin.Cache
 482             .getDefault("PDB_DOWNLOAD_FORMAT", PDB_DOWNLOAD_FORMAT));
 483     StructureImportSettings
 484             .setDefaultPDBFileParser(DEFAULT_PDB_FILE_PARSER);
 485     // StructureImportSettings
 486     // .setDefaultPDBFileParser(jalview.bin.Cache.getDefault(
 487     // "DEFAULT_PDB_FILE_PARSER", DEFAULT_PDB_FILE_PARSER));
 488     // jnlpVersion will be null if we're using InstallAnywhere
 489     // Dont do this check if running in headless mode
 490     if (jnlpVersion == null && getDefault("VERSION_CHECK", true)
 491             && (System.getProperty("java.awt.headless") == null || System
 492                     .getProperty("java.awt.headless").equals("false")))
 493     {
 494
 495       class VersionChecker extends Thread
 496       {
 497         @Override
 498         public void run()
 499         {
 500           String orgtimeout = System
 501                   .getProperty("sun.net.client.defaultConnectTimeout");
 502           if (orgtimeout == null)
 503           {
 504             orgtimeout = "30";
 505             System.out.println("# INFO: Setting default net timeout to "
 506                     + orgtimeout + " seconds.");
 507           }
 508           String remoteVersion = null;
 509           try
 510           {
 511             System.setProperty("sun.net.client.defaultConnectTimeout",
 512                     "5000");
 513             java.net.URL url = new java.net.URL(Cache
 514                     .getDefault("www.jalview.org", "http://www.jalview.org")
 515                     + "/webstart/jalview.jnlp");
 516             BufferedReader in = new BufferedReader(
 517                     new InputStreamReader(url.openStream()));
 518             String line = null;
 519             while ((line = in.readLine()) != null)
 520             {
 521               if (line.indexOf("jalview.version") == -1)
 522               {
 523                 continue;
 524               }
 525
 526               line = line.substring(line.indexOf("value=") + 7);
 527               line = line.substring(0, line.lastIndexOf("\""));
 528               remoteVersion = line;
 529               break;
 530             }
 531           } catch (Exception ex)
 532           {
 533             System.out.println(
 534                     "Non-fatal exception when checking version at www.jalview.org :");
 535             System.out.println(ex);
 536             remoteVersion = getProperty("VERSION");
 537           }
 538           System.setProperty("sun.net.client.defaultConnectTimeout",
 539                   orgtimeout);
 540
 541           setProperty("LATEST_VERSION", remoteVersion);
 542         }
 543       }
 544
 545       VersionChecker vc = new VersionChecker();
 546       vc.start();
 547     }
 548     else
 549     {
 550       if (jnlpVersion != null)
 551       {
 552         setProperty("LATEST_VERSION", jnlpVersion);
 553       }
 554       else
 555       {
 556         applicationProperties.remove("LATEST_VERSION");
 557       }
 558     }
 559
 560     setProperty("VERSION", codeVersion);
 561
 562     // LOAD USERDEFINED COLOURS
 563     jalview.bin.Cache
 564             .initUserColourSchemes(getProperty("USER_DEFINED_COLOURS"));
 565     jalview.io.PIRFile.useModellerOutput = Cache.getDefault("PIR_MODELLER",
 566             false);
 567   }
 568
 569   private static void deleteBuildProperties()
 570   {
 571     applicationProperties.remove("LATEST_VERSION");
 572     applicationProperties.remove("VERSION");
 573     applicationProperties.remove("AUTHORS");
 574     applicationProperties.remove("AUTHORFNAMES");
 575     applicationProperties.remove("YEAR");
 576     applicationProperties.remove("BUILD_DATE");
 577     applicationProperties.remove("INSTALLATION");
 578   }
 579
 580   /**
 581    * Gets Jalview application property of given key. Returns null if key not
 582    * found
 583    *
 584    * @param key
 585    *          Name of property
 586    *
 587    * @return Property value
 588    */
 589   public static String getProperty(String key)
 590   {
 591     return applicationProperties.getProperty(key);
 592   }
 593
 594   /**
 595    * These methods are used when checking if the saved preference is different
 596    * to the default setting
 597    */
 598
 599   public static boolean getDefault(String property, boolean def)
 600   {
 601     String string = getProperty(property);
 602     if (string != null)
 603     {
 604       def = Boolean.valueOf(string).booleanValue();
 605     }
 606
 607     return def;
 608   }
 609
 610   public static int getDefault(String property, int def)
 611   {
 612     String string = getProperty(property);
 613     if (string != null)
 614     {
 615       try
 616       {
 617         def = Integer.parseInt(string);
 618       } catch (NumberFormatException e)
 619       {
 620         System.out.println("Error parsing int property '" + property
 621                 + "' with value '" + string + "'");
 622       }
 623     }
 624
 625     return def;
 626   }
 627
 628   /**
 629    * Answers the value of the given property, or the supplied default value if
 630    * the property is not set
 631    */
 632   public static String getDefault(String property, String def)
 633   {
 634     String value = getProperty(property);
 635     return value == null ? def : value;
 636   }
 637
 638   /**
 639    * Stores property in the file "HOME_DIR/.jalview_properties"
 640    *
 641    * @param key
 642    *          Name of object
 643    * @param obj
 644    *          String value of property
 645    *
 646    * @return previous value of property (or null)
 647    */
 648   public static Object setProperty(String key, String obj)
 649   {
 650     Object oldValue = null;
 651     try
 652     {
 653       oldValue = applicationProperties.setProperty(key, obj);
 654       if (!propsAreReadOnly)
 655       {
 656         FileOutputStream out = new FileOutputStream(propertiesFile);
 657         applicationProperties.store(out, "---JalviewX Properties File---");
 658         out.close();
 659       }
 660     } catch (Exception ex)
 661     {
 662       System.out.println(
 663               "Error setting property: " + key + " " + obj + "\n" + ex);
 664     }
 665     return oldValue;
 666   }
 667
 668   /**
 669    * remove the specified property from the jalview properties file
 670    *
 671    * @param string
 672    */
 673   public static void removeProperty(String string)
 674   {
 675     applicationProperties.remove(string);
 676     saveProperties();
 677   }
 678
 679   /**
 680    * save the properties to the jalview properties path
 681    */
 682   public static void saveProperties()
 683   {
 684     if (!propsAreReadOnly)
 685     {
 686       try
 687       {
 688         FileOutputStream out = new FileOutputStream(propertiesFile);
 689         applicationProperties.store(out, "---JalviewX Properties File---");
 690         out.close();
 691       } catch (Exception ex)
 692       {
 693         System.out.println("Error saving properties: " + ex);
 694       }
 695     }
 696   }
 697
 698   /**
 699    * internal vamsas class discovery state
 700    */
 701   private static int vamsasJarsArePresent = -1;
 702
 703   /**
 704    * Searches for vamsas client classes on class path.
 705    *
 706    * @return true if vamsas client is present on classpath
 707    */
 708   public static boolean vamsasJarsPresent()
 709   {
 710     if (vamsasJarsArePresent == -1)
 711     {
 712       try
 713       {
 714         if (jalview.jbgui.GDesktop.class.getClassLoader()
 715                 .loadClass("uk.ac.vamsas.client.VorbaId") != null)
 716         {
 717           jalview.bin.Cache.log.debug(
 718                   "Found Vamsas Classes (uk.ac..vamsas.client.VorbaId can be loaded)");
 719           vamsasJarsArePresent = 1;
 720           Logger lvclient = Logger.getLogger("uk.ac.vamsas");
 721           lvclient.setLevel(Level.toLevel(Cache
 722                   .getDefault("logs.Vamsas.Level", Level.INFO.toString())));
 723
 724           lvclient.addAppender(log.getAppender("JalviewLogger"));
 725           // Tell the user that debug is enabled
 726           lvclient.debug("Jalview Vamsas Client Debugging Output Follows.");
 727         }
 728       } catch (Exception e)
 729       {
 730         vamsasJarsArePresent = 0;
 731         jalview.bin.Cache.log.debug("Vamsas Classes are not present");
 732       }
 733     }
 734     return (vamsasJarsArePresent > 0);
 735   }
 736
 737   /**
 738    * internal vamsas class discovery state
 739    */
 740   private static int groovyJarsArePresent = -1;
 741
 742   /**
 743    * Searches for vamsas client classes on class path.
 744    *
 745    * @return true if vamsas client is present on classpath
 746    */
 747   public static boolean groovyJarsPresent()
 748   {
 749     if (groovyJarsArePresent == -1)
 750     {
 751       try
 752       {
 753         if (Cache.class.getClassLoader()
 754                 .loadClass("groovy.lang.GroovyObject") != null)
 755         {
 756           jalview.bin.Cache.log.debug(
 757                   "Found Groovy (groovy.lang.GroovyObject can be loaded)");
 758           groovyJarsArePresent = 1;
 759           Logger lgclient = Logger.getLogger("groovy");
 760           lgclient.setLevel(Level.toLevel(Cache
 761                   .getDefault("logs.Groovy.Level", Level.INFO.toString())));
 762
 763           lgclient.addAppender(log.getAppender("JalviewLogger"));
 764           // Tell the user that debug is enabled
 765           lgclient.debug("Jalview Groovy Client Debugging Output Follows.");
 766         }
 767       } catch (Error e)
 768       {
 769         groovyJarsArePresent = 0;
 770         jalview.bin.Cache.log.debug("Groovy Classes are not present", e);
 771       } catch (Exception e)
 772       {
 773         groovyJarsArePresent = 0;
 774         jalview.bin.Cache.log.debug("Groovy Classes are not present");
 775       }
 776     }
 777     return (groovyJarsArePresent > 0);
 778   }
 779
 780   /**
 781    * GA tracker object - actually JGoogleAnalyticsTracker null if tracking not
 782    * enabled.
 783    */
 784   protected static Object tracker = null;
 785
 786   protected static Class trackerfocus = null;
 787
 788   protected static Class jgoogleanalyticstracker = null;
 789
 790   /**
 791    * Initialise the google tracker if it is not done already.
 792    */
 793   public static void initGoogleTracker()
 794   {
 795     if (tracker == null)
 796     {
 797       if (jgoogleanalyticstracker == null)
 798       {
 799         // try to get the tracker class
 800         try
 801         {
 802           jgoogleanalyticstracker = Cache.class.getClassLoader().loadClass(
 803                   "com.boxysystems.jgoogleanalytics.JGoogleAnalyticsTracker");
 804           trackerfocus = Cache.class.getClassLoader()
 805                   .loadClass("com.boxysystems.jgoogleanalytics.FocusPoint");
 806         } catch (Exception e)
 807         {
 808           log.debug(
 809                   "com.boxysystems.jgoogleanalytics package is not present - tracking not enabled.");
 810           tracker = null;
 811           jgoogleanalyticstracker = null;
 812           trackerfocus = null;
 813           return;
 814         }
 815       }
 816       // now initialise tracker
 817       Exception re = null, ex = null;
 818       Error err = null;
 819       String vrs = "No Version Accessible";
 820       try
 821       {
 822         // Google analytics tracking code for Library Finder
 823         tracker = jgoogleanalyticstracker
 824                 .getConstructor(new Class[]
 825                 { String.class, String.class, String.class })
 826                 .newInstance(new Object[]
 827                 { "Jalview Desktop",
 828                     (vrs = jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION") + "_"
 829                             + jalview.bin.Cache.getDefault("BUILD_DATE",
 830                                     "unknown")),
 831                     "UA-9060947-1" });
 832         jgoogleanalyticstracker
 833                 .getMethod("trackAsynchronously", new Class[]
 834                 { trackerfocus })
 835                 .invoke(tracker, new Object[]
 836                 { trackerfocus.getConstructor(new Class[] { String.class })
 837                         .newInstance(new Object[]
 838                         { "Application Started." }) });
 839       } catch (RuntimeException e)
 840       {
 841         re = e;
 842       } catch (Exception e)
 843       {
 844         ex = e;
 845       } catch (Error e)
 846       {
 847         err = e;
 848       }
 849       if (re != null || ex != null || err != null)
 850       {
 851         if (log != null)
 852         {
 853           if (re != null)
 854           {
 855             log.debug("Caught runtime exception in googletracker init:",
 856                     re);
 857           }
 858           if (ex != null)
 859           {
 860             log.warn(
 861                     "Failed to initialise GoogleTracker for Jalview Desktop with version "
 862                             + vrs,
 863                     ex);
 864           }
 865           if (err != null)
 866           {
 867             log.error(
 868                     "Whilst initing GoogleTracker for Jalview Desktop version "
 869                             + vrs,
 870                     err);
 871           }
 872         }
 873         else
 874         {
 875           if (re != null)
 876           {
 877             System.err.println(
 878                     "Debug: Caught runtime exception in googletracker init:"
 879                             + vrs);
 880             re.printStackTrace();
 881           }
 882           if (ex != null)
 883           {
 884             System.err.println(
 885                     "Warning:  Failed to initialise GoogleTracker for Jalview Desktop with version "
 886                             + vrs);
 887             ex.printStackTrace();
 888           }
 889
 890           if (err != null)
 891           {
 892             System.err.println(
 893                     "ERROR: Whilst initing GoogleTracker for Jalview Desktop version "
 894                             + vrs);
 895             err.printStackTrace();
 896           }
 897         }
 898       }
 899       else
 900       {
 901         log.debug("Successfully initialised tracker.");
 902       }
 903     }
 904   }
 905
 906   /**
 907    * get the user's default colour if available
 908    *
 909    * @param property
 910    * @param defcolour
 911    * @return
 912    */
 913   public static Color getDefaultColour(String property, Color defcolour)
 914   {
 915     String colprop = getProperty(property);
 916     if (colprop == null)
 917     {
 918       return defcolour;
 919     }
 920     Color col = ColorUtils.parseColourString(colprop);
 921     if (col == null)
 922     {
 923       log.warn("Couldn't parse '" + colprop + "' as a colour for "
 924               + property);
 925     }
 926     return (col == null) ? defcolour : col;
 927   }
 928
 929   /**
 930    * store a colour as a Jalview user default property
 931    *
 932    * @param property
 933    * @param colour
 934    */
 935   public static void setColourProperty(String property, Color colour)
 936   {
 937     setProperty(property, jalview.util.Format.getHexString(colour));
 938   }
 939
 940   /**
 941    * Stores a formatted date in a jalview property, using a fixed locale.
 942    *
 943    * @param propertyName
 944    * @param date
 945    * @return the formatted date string
 946    */
 947   public static String setDateProperty(String propertyName, Date date)
 948   {
 949     String formatted = date_format.format(date);
 950     setProperty(propertyName, formatted);
 951     return formatted;
 952   }
 953
 954   /**
 955    * Reads a date stored in a Jalview property, parses it (using a fixed locale
 956    * format) and returns as a Date, or null if parsing fails
 957    *
 958    * @param propertyName
 959    * @return
 960    *
 961    */
 962   public static Date getDateProperty(String propertyName)
 963   {
 964     String val = getProperty(propertyName);
 965     if (val != null)
 966     {
 967       try
 968       {
 969         return date_format.parse(val);
 970       } catch (Exception ex)
 971       {
 972         System.err.println("Invalid or corrupt date in property '"
 973                 + propertyName + "' : value was '" + val + "'");
 974       }
 975     }
 976     return null;
 977   }
 978
 979   /**
 980    * get and parse a property as an integer. send any parsing problems to
 981    * System.err
 982    *
 983    * @param property
 984    * @return null or Integer
 985    */
 986   public static Integer getIntegerProperty(String property)
 987   {
 988     String val = getProperty(property);
 989     if (val != null && (val = val.trim()).length() > 0)
 990     {
 991       try
 992       {
 993         return Integer.valueOf(val);
 994       } catch (NumberFormatException x)
 995       {
 996         System.err.println("Invalid integer in property '" + property
 997                 + "' (value was '" + val + "')");
 998       }
 999     }
1000     return null;
1001   }
1002
1003   /**
1004    * Set the specified value, or remove it if null or empty. Does not save the
1005    * properties file.
1006    *
1007    * @param propName
1008    * @param value
1009    */
1010   public static void setOrRemove(String propName, String value)
1011   {
1012     if (propName == null)
1013     {
1014       return;
1015     }
1016     if (value == null || value.trim().length() < 1)
1017     {
1018       Cache.applicationProperties.remove(propName);
1019     }
1020     else
1021     {
1022       Cache.applicationProperties.setProperty(propName, value);
1023     }
1024   }
1025
1026   /**
1027    * Loads in user colour schemes from files.
1028    *
1029    * @param files
1030    *          a '|'-delimited list of file paths
1031    */
1032   public static void initUserColourSchemes(String files)
1033   {
1034     if (files == null || files.length() == 0)
1035     {
1036       return;
1037     }
1038
1039     // In case colours can't be loaded, we'll remove them
1040     // from the default list here.
1041     StringBuffer coloursFound = new StringBuffer();
1042     StringTokenizer st = new StringTokenizer(files, "|");
1043     while (st.hasMoreElements())
1044     {
1045       String file = st.nextToken();
1046       try
1047       {
1048         UserColourScheme ucs = ColourSchemeLoader.loadColourScheme(file);
1049         if (ucs != null)
1050         {
1051           if (coloursFound.length() > 0)
1052           {
1053             coloursFound.append("|");
1054           }
1055           coloursFound.append(file);
1056           ColourSchemes.getInstance().registerColourScheme(ucs);
1057         }
1058       } catch (Exception ex)
1059       {
1060         System.out.println("Error loading User ColourFile\n" + ex);
1061       }
1062     }
1063     if (!files.equals(coloursFound.toString()))
1064     {
1065       if (coloursFound.toString().length() > 1)
1066       {
1067         setProperty(UserDefinedColours.USER_DEFINED_COLOURS,
1068                 coloursFound.toString());
1069       }
1070       else
1071       {
1072         applicationProperties
1073                 .remove(UserDefinedColours.USER_DEFINED_COLOURS);
1074       }
1075     }
1076   }
1077
1078         /**
1079          * Add a known domain that implements access-control-allow-origin:* bh 2018
1080          *
1081          * @param defaultUniprotDomain
1082          */
1083         public static void addJ2SDirectDatabaseCall(String domain)
1084         {
1085
1086                 /**
1087                  * @j2sNative
1088                  *
1089                  *                      J2S.addDirectDatabaseCall(domain);
1090                  */
1091         }
1092 }