src/jalview/bin/Cache.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8)
   3  * Copyright (C) 2012 J Procter, AM Waterhouse, LM Lui, J Engelhardt, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.bin;
  19
  20 import jalview.ws.dbsources.das.api.DasSourceRegistryI;
  21 import jalview.ws.dbsources.das.datamodel.DasSourceRegistry;
  22
  23 import java.awt.Color;
  24 import java.io.*;
  25 import java.text.DateFormat;
  26 import java.text.SimpleDateFormat;
  27 import java.util.*;
  28
  29 import org.apache.log4j.*;
  30
  31 /**
  32  * Stores and retrieves Jalview Application Properties Lists and fields within
  33  * list entries are separated by '|' symbols unless otherwise stated (|) clauses
  34  * are alternative values for a tag. <br>
  35  * <br>
  36  * Current properties include:
  37  * <ul>
  38  * <br>
  39  * logs.Axis.Level - one of the stringified Levels for log4j controlling the
  40  * logging level for axis (used for web services) <br>
  41  * </li>
  42  * <li>logs.Castor.Level - one of the stringified Levels for log4j controlling
  43  * the logging level for castor (used for serialization) <br>
  44  * </li>
  45  * <li>logs.Jalview.Level - Cache.log stringified level. <br>
  46  * </li>
  47  * <li>SCREEN_WIDTH</li>
  48  * <li>SCREEN_HEIGHT</li>
  49  * <li>SCREEN_Y=285</li>
  50  * <li>SCREEN_X=371</li>
  51  * <li>SHOW_FULLSCREEN boolean</li>
  52  * <li>FONT_NAME java font name for alignment text display</li>
  53  * <li>FONT_SIZE size of displayed alignment text</li>
  54  * <li>FONT_STYLE style of font displayed (sequence labels are always italic)</li>
  55  * <li>GAP_SYMBOL character to treat as gap symbol (usually -,.,' ')</li>
  56  * <li>LAST_DIRECTORY last directory for browsing alignment</li>
  57  * <li>USER_DEFINED_COLOURS list of user defined colour scheme files</li>
  58  * <li>SHOW_FULL_ID show id with '/start-end' numbers appended</li>
  59  * <li>SHOW_IDENTITY show percentage identity annotation</li>
  60  * <li>SHOW_QUALITY show alignment quality annotation</li>
  61  * <li>SHOW_ANNOTATIONS show alignment annotation rows</li>
  62  * <li>SHOW_CONSERVATION show alignment conservation annotation</li>
  63  * <li>CENTRE_COLUMN_LABELS centre the labels at each column in a displayed
  64  * annotation row</li>
  65  * <li>DEFAULT_COLOUR default colour scheme to apply for a new alignment</li>
  66  * <li>DEFAULT_FILE_FORMAT file format used to save</li>
  67  * <li>STARTUP_FILE file loaded on startup (may be a fully qualified url)</li>
  68  * <li>SHOW_STARTUP_FILE flag to control loading of startup file</li>
  69  * <li>VERSION the version of the jalview build</li>
  70  * <li>BUILD_DATE date of this build</li>
  71  * <li>LATEST_VERSION the latest jalview version advertised on the
  72  * www.jalview.org</li>
  73  * <li>PIR_MODELLER boolean indicating if PIR files are written with MODELLER
  74  * descriptions</li>
  75  * <li>(FASTA,MSF,PILEUP,CLUSTAL,BLC,PIR,PFAM)_JVSUFFIX boolean for adding jv
  76  * suffix to file</li>
  77  * <li>RECENT_URL list of recently retrieved URLs</li>
  78  * <li>RECENT_FILE list of recently opened files</li>
  79  * <li>USE_PROXY flag for whether a http proxy is to be used</li>
  80  * <li>PROXY_SERVER the proxy</li>
  81  * <li>PROXY_PORT</li>
  82  * <li>NOQUESTIONNAIRES true to prevent jalview from checking the questionnaire
  83  * service</li>
  84  * <li>QUESTIONNAIRE last questionnaire:responder id string from questionnaire
  85  * service</li>
  86  * <li>USAGESTATS (false - user prompted) Enable google analytics tracker for
  87  * collecting usage statistics</li>
  88  * <li>DAS_LOCAL_SOURCE list of local das sources</li>
  89  * <li>SHOW_OVERVIEW boolean for overview window display</li>
  90  * <li>ANTI_ALIAS boolean for smooth fonts</li>
  91  * <li>RIGHT_ALIGN_IDS boolean</li>
  92  * <li>AUTO_CALC_CONSENSUS boolean for automatic recalculation of consensus</li>
  93  * <li>PAD_GAPS boolean</li>
  94  * <li>ID_ITALICS boolean</li>
  95  * <li>SHOW_JV_SUFFIX</li>
  96  * <li>WRAP_ALIGNMENT</li>
  97  * <li>EPS_RENDERING (Prompt each time|Lineart|Text) default for EPS rendering
  98  * style check</li>
  99  * <li>SORT_ALIGNMENT (No sort|Id|Pairwise Identity)</li>
 100  * <li>SEQUENCE_LINKS list of name|URL pairs for opening a url with
 101  * $SEQUENCE_ID$</li>
 102  * <li>GROUP_LINKS list of name|URL[|&lt;separator&gt;] tuples - see
 103  * jalview.utils.GroupURLLink for more info</li>
 104  * <li>DAS_REGISTRY_URL the registry to query</li>
 105  * <li>DEFAULT_BROWSER for unix</li>
 106  * <li>DAS_ACTIVE_SOURCE list of active sources</li>
 107  * <li>SHOW_MEMUSAGE boolean show memory usage and warning indicator on desktop
 108  * (false)</li>
 109  * <li>VERSION_CHECK (true) check for the latest release version from
 110  * www.jalview.org (or the alias given by the www.jalview.org property)</li>
 111  * <li>SHOW_NPFEATS_TOOLTIP (true) show non-positional features in the Sequence
 112  * ID tooltip</li>
 113  * <li>SHOW_DBREFS_TOOLTIP (true) show Database Cross References in the Sequence
 114  * ID tooltip</li>
 115  * <li>SHOW_UNCONSERVED (false) only render unconserved residues - conserved
 116  * displayed as '.'</li>
 117  * <li>SORT_BY_TREE (false) sort the current alignment view according to the
 118  * order of a newly displayed tree</li>
 119  * <li>DBFETCH_USEPICR (false) use PICR to recover valid DB references from
 120  * sequence ID strings before attempting retrieval from any datasource</li>
 121  * <li>SHOW_GROUP_CONSENSUS (false) Show consensus annotation for groups in the
 122  * alignment.</li>
 123  * <li>SHOW_GROUP_CONSERVATION (false) Show conservation annotation for groups
 124  * in the alignment.</li>
 125  * <li>SHOW_CONSENSUS_HISTOGRAM (false) Show consensus annotation row's
 126  * histogram.</li>
 127  * <li>SHOW_CONSENSUS_LOGO (false) Show consensus annotation row's sequence
 128  * logo.</li>
 129  * <li>NORMALISE_CONSENSUS_LOGO (false) Show consensus annotation row's sequence
 130  * logo normalised to row height rather than histogram height.</li>
 131  * <li>FOLLOW_SELECTIONS (true) Controls whether a new alignment view should
 132  * respond to selections made in other alignments containing the same sequences.
 133  * </li>
 134  * <li>SHOW_WSDISCOVERY_ERRORS (true) Controls if the web service URL discovery
 135  * warning dialog box is displayed.</li>
 136  * <li>ANNOTATIONCOLOUR_MIN (orange) Shade used for minimum value of annotation
 137  * when shading by annotation</li>
 138  * <li>ANNOTATIONCOLOUR_MAX (red) Shade used for maximum value of annotation
 139  * when shading by annotation</li>
 140  * <li>www.jalview.org (http://www.jalview.org) a property enabling all HTTP
 141  * requests to be redirected to a mirror of http://www.jalview.org</li>
 142  *
 143  * <li>FIGURE_AUTOIDWIDTH (false) Expand the left hand column of an exported
 144  * alignment figure to accommodate even the longest sequence ID or annotation
 145  * label.</li>
 146  * <li>FIGURE_FIXEDIDWIDTH Specifies the width to use for the left-hand column
 147  * when exporting an alignment as a figure (setting FIGURE_AUTOIDWIDTH to true
 148  * will override this).</li>
 149  * <li></li>
 150  *
 151  * </ul>
 152  * Deprecated settings:
 153  * <ul>
 154  * *
 155  * <li>DISCOVERY_START - Boolean - controls if discovery services are queried on
 156  * startup (JWS1 services only)</li>
 157  * <li>DISCOVERY_URLS - comma separated list of Discovery Service endpoints.
 158  * (JWS1 services only)</li>
 159  * <li>SHOW_JWS1_SERVICES (true) enable or disable the original Jalview 2
 160  * services in the desktop GUI</li>
 161  * <li>ENABLE_RSBS_EDITOR (false for 2.7 release) enable or disable RSBS editing
 162  * panel in web service preferences</li>
 163  * </ul>
 164  *
 165  * @author $author$
 166  * @version $Revision$
 167  */
 168 public class Cache
 169 {
 170   /**
 171    * property giving log4j level for CASTOR loggers
 172    */
 173   public static final String CASTORLOGLEVEL = "logs.Castor.level";
 174
 175   /**
 176    * property giving log4j level for AXIS loggers
 177    */
 178   public static final String AXISLOGLEVEL = "logs.Axis.level";
 179
 180   /**
 181    * property giving log4j level for Jalview Log
 182    */
 183   public static final String JALVIEWLOGLEVEL = "logs.Jalview.level";
 184
 185   public static final String DAS_LOCAL_SOURCE = "DAS_LOCAL_SOURCE";
 186
 187   public static final String DAS_REGISTRY_URL = "DAS_REGISTRY_URL";
 188
 189   public static final String DAS_ACTIVE_SOURCE = "DAS_ACTIVE_SOURCE";
 190
 191   /**
 192    * Initialises the Jalview Application Log
 193    */
 194   public static Logger log;
 195
 196   /** Jalview Properties */
 197   public static Properties applicationProperties = new Properties();
 198
 199   /** Default file is ~/.jalview_properties */
 200   static String propertiesFile;
 201
 202   private static boolean propsAreReadOnly = false;
 203
 204   public static void initLogger()
 205   {
 206     if (log != null)
 207     {
 208       return;
 209     }
 210     try
 211     {
 212       // TODO: redirect stdout and stderr here in order to grab the output of
 213       // the log
 214
 215       ConsoleAppender ap = new ConsoleAppender(new SimpleLayout(),
 216               "System.err");
 217       ap.setName("JalviewLogger");
 218       org.apache.log4j.Logger.getRootLogger().addAppender(ap); // catch all for
 219       // log output
 220       Logger laxis = Logger.getLogger("org.apache.axis");
 221       Logger lcastor = Logger.getLogger("org.exolab.castor");
 222       jalview.bin.Cache.log = Logger.getLogger("jalview.bin.Jalview");
 223
 224       laxis.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault("logs.Axis.Level",
 225               Level.INFO.toString())));
 226       lcastor.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault("logs.Castor.Level",
 227               Level.INFO.toString())));
 228       lcastor = Logger.getLogger("org.exolab.castor.xml");
 229       lcastor.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault("logs.Castor.Level",
 230               Level.INFO.toString())));
 231       // lcastor = Logger.getLogger("org.exolab.castor.xml.Marshaller");
 232       // lcastor.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault("logs.Castor.Level",
 233       // Level.INFO.toString())));
 234       jalview.bin.Cache.log.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault(
 235               "logs.Jalview.level", Level.INFO.toString())));
 236       // laxis.addAppender(ap);
 237       // lcastor.addAppender(ap);
 238       // jalview.bin.Cache.log.addAppender(ap);
 239       // Tell the user that debug is enabled
 240       jalview.bin.Cache.log.debug("Jalview Debugging Output Follows.");
 241     } catch (Exception ex)
 242     {
 243       System.err.println("Problems initializing the log4j system\n");
 244       ex.printStackTrace(System.err);
 245     }
 246   }
 247
 248   /** Called when Jalview is started */
 249   public static void loadProperties(String propsFile)
 250   {
 251     propertiesFile = propsFile;
 252     if (propsFile == null)
 253     {
 254       propertiesFile = System.getProperty("user.home") + File.separatorChar
 255               + ".jalview_properties";
 256     }
 257     else
 258     {
 259       // don't corrupt the file we've been given.
 260       propsAreReadOnly = true;
 261     }
 262
 263     try
 264     {
 265       InputStream fis;
 266       try
 267       {
 268         fis = new java.net.URL(propertiesFile).openStream();
 269         System.out.println("Loading jalview properties from : "
 270                 + propertiesFile);
 271         System.out
 272                 .println("Disabling Jalview writing to user's local properties file.");
 273         propsAreReadOnly = true;
 274
 275       } catch (Exception ex)
 276       {
 277         fis = null;
 278       }
 279       if (fis == null)
 280       {
 281         fis = new FileInputStream(propertiesFile);
 282       }
 283       applicationProperties.load(fis);
 284       applicationProperties.remove("LATEST_VERSION");
 285       applicationProperties.remove("VERSION");
 286       fis.close();
 287     } catch (Exception ex)
 288     {
 289       System.out.println("Error reading properties file: " + ex);
 290     }
 291
 292     if (getDefault("USE_PROXY", false))
 293     {
 294       String proxyServer = getDefault("PROXY_SERVER", ""), proxyPort = getDefault(
 295               "PROXY_PORT", "8080");
 296
 297       System.out.println("Using proxyServer: " + proxyServer
 298               + " proxyPort: " + proxyPort);
 299
 300       System.setProperty("http.proxyHost", proxyServer);
 301       System.setProperty("http.proxyPort", proxyPort);
 302     }
 303
 304     // LOAD THE AUTHORS FROM THE authors.props file
 305     try
 306     {
 307       String authorDetails = "jar:".concat(Cache.class
 308               .getProtectionDomain().getCodeSource().getLocation()
 309               .toString().concat("!/authors.props"));
 310
 311       java.net.URL localJarFileURL = new java.net.URL(authorDetails);
 312
 313       InputStream in = localJarFileURL.openStream();
 314       applicationProperties.load(in);
 315       in.close();
 316     } catch (Exception ex)
 317     {
 318       System.out.println("Error reading author details: " + ex);
 319       applicationProperties.remove("AUTHORS");
 320       applicationProperties.remove("AUTHORFNAMES");
 321       applicationProperties.remove("YEAR");
 322     }
 323
 324     // FIND THE VERSION NUMBER AND BUILD DATE FROM jalview.jar
 325     // MUST FOLLOW READING OF LOCAL PROPERTIES FILE AS THE
 326     // VERSION MAY HAVE CHANGED SINCE LAST USING JALVIEW
 327     try
 328     {
 329       String buildDetails = "jar:".concat(Cache.class.getProtectionDomain()
 330               .getCodeSource().getLocation().toString()
 331               .concat("!/.build_properties"));
 332
 333       java.net.URL localJarFileURL = new java.net.URL(buildDetails);
 334
 335       InputStream in = localJarFileURL.openStream();
 336       applicationProperties.load(in);
 337       in.close();
 338     } catch (Exception ex)
 339     {
 340       System.out.println("Error reading build details: " + ex);
 341       applicationProperties.remove("VERSION");
 342     }
 343
 344     String jnlpVersion = System.getProperty("jalview.version");
 345     String codeVersion = getProperty("VERSION");
 346
 347     if (codeVersion == null)
 348     {
 349       // THIS SHOULD ONLY BE THE CASE WHEN TESTING!!
 350       codeVersion = "Test";
 351       jnlpVersion = "Test";
 352     }
 353
 354     System.out.println("Jalview Version: " + codeVersion);
 355
 356     // jnlpVersion will be null if we're using InstallAnywhere
 357     // Dont do this check if running in headless mode
 358     if (jnlpVersion == null
 359             && getDefault("VERSION_CHECK", true)
 360             && (System.getProperty("java.awt.headless") == null || System
 361                     .getProperty("java.awt.headless").equals("false")))
 362     {
 363
 364       class VersionChecker extends Thread
 365       {
 366         public void run()
 367         {
 368           String orgtimeout = System
 369                   .getProperty("sun.net.client.defaultConnectTimeout");
 370           if (orgtimeout == null)
 371           {
 372             orgtimeout = "30";
 373             System.out.println("# INFO: Setting default net timeout to "
 374                     + orgtimeout + " seconds.");
 375           }
 376           String jnlpVersion = null;
 377           try
 378           {
 379             System.setProperty("sun.net.client.defaultConnectTimeout",
 380                     "5000");
 381             java.net.URL url = new java.net.URL(Cache.getDefault(
 382                     "www.jalview.org", "http://www.jalview.org")
 383                     + "/webstart/jalview.jnlp");
 384             BufferedReader in = new BufferedReader(new InputStreamReader(
 385                     url.openStream()));
 386             String line = null;
 387             while ((line = in.readLine()) != null)
 388             {
 389               if (line.indexOf("jalview.version") == -1)
 390               {
 391                 continue;
 392               }
 393
 394               line = line.substring(line.indexOf("value=") + 7);
 395               line = line.substring(0, line.lastIndexOf("\""));
 396               jnlpVersion = line;
 397               break;
 398             }
 399           } catch (Exception ex)
 400           {
 401             System.out
 402                     .println("Non-fatal exceptions when checking version at www.jalview.org :");
 403             System.out.println(ex);
 404             jnlpVersion = getProperty("VERSION");
 405           }
 406           System.setProperty("sun.net.client.defaultConnectTimeout",
 407                   orgtimeout);
 408
 409           setProperty("LATEST_VERSION", jnlpVersion);
 410         }
 411       }
 412
 413       VersionChecker vc = new VersionChecker();
 414       vc.start();
 415     }
 416     else
 417     {
 418       if (jnlpVersion != null)
 419       {
 420         setProperty("LATEST_VERSION", jnlpVersion);
 421       }
 422       else
 423       {
 424         applicationProperties.remove("LATEST_VERSION");
 425       }
 426     }
 427
 428     setProperty("VERSION", codeVersion);
 429
 430     // LOAD USERDEFINED COLOURS
 431     jalview.gui.UserDefinedColours
 432             .initUserColourSchemes(getProperty("USER_DEFINED_COLOURS"));
 433     jalview.io.PIRFile.useModellerOutput = Cache.getDefault("PIR_MODELLER",
 434             false);
 435   }
 436
 437   /**
 438    * Gets Jalview application property of given key. Returns null if key not
 439    * found
 440    *
 441    * @param key
 442    *          Name of property
 443    *
 444    * @return Property value
 445    */
 446   public static String getProperty(String key)
 447   {
 448     return applicationProperties.getProperty(key);
 449   }
 450
 451   /**
 452    * These methods are used when checking if the saved preference is different
 453    * to the default setting
 454    */
 455
 456   public static boolean getDefault(String property, boolean def)
 457   {
 458     String string = getProperty(property);
 459     if (string != null)
 460     {
 461       def = Boolean.valueOf(string).booleanValue();
 462     }
 463
 464     return def;
 465   }
 466
 467   /**
 468    * These methods are used when checking if the saved preference is different
 469    * to the default setting
 470    */
 471   public static String getDefault(String property, String def)
 472   {
 473     String string = getProperty(property);
 474     if (string != null)
 475     {
 476       return string;
 477     }
 478
 479     return def;
 480   }
 481
 482   /**
 483    * Stores property in the file "HOME_DIR/.jalview_properties"
 484    *
 485    * @param key
 486    *          Name of object
 487    * @param obj
 488    *          String value of property
 489    *
 490    * @return String value of property
 491    */
 492   public static String setProperty(String key, String obj)
 493   {
 494
 495     try
 496     {
 497       applicationProperties.setProperty(key, obj);
 498       if (!propsAreReadOnly)
 499       {
 500         FileOutputStream out = new FileOutputStream(propertiesFile);
 501         applicationProperties.store(out, "---JalviewX Properties File---");
 502         out.close();
 503       }
 504     } catch (Exception ex)
 505     {
 506       System.out.println("Error setting property: " + key + " " + obj
 507               + "\n" + ex);
 508     }
 509     return obj;
 510   }
 511
 512   /**
 513    * remove the specified property from the jalview properties file
 514    *
 515    * @param string
 516    */
 517   public static void removeProperty(String string)
 518   {
 519     applicationProperties.remove(string);
 520     saveProperties();
 521   }
 522
 523   /**
 524    * save the properties to the jalview properties path
 525    */
 526   public static void saveProperties()
 527   {
 528     if (!propsAreReadOnly)
 529     {
 530       try
 531       {
 532         FileOutputStream out = new FileOutputStream(propertiesFile);
 533         applicationProperties.store(out, "---JalviewX Properties File---");
 534         out.close();
 535       } catch (Exception ex)
 536       {
 537         System.out.println("Error saving properties: " + ex);
 538       }
 539     }
 540   }
 541
 542   /**
 543    * internal vamsas class discovery state
 544    */
 545   private static int vamsasJarsArePresent = -1;
 546
 547   /**
 548    * Searches for vamsas client classes on class path.
 549    *
 550    * @return true if vamsas client is present on classpath
 551    */
 552   public static boolean vamsasJarsPresent()
 553   {
 554     if (vamsasJarsArePresent == -1)
 555     {
 556       try
 557       {
 558         if (jalview.jbgui.GDesktop.class.getClassLoader().loadClass(
 559                 "uk.ac.vamsas.client.VorbaId") != null)
 560         {
 561           jalview.bin.Cache.log
 562                   .debug("Found Vamsas Classes (uk.ac..vamsas.client.VorbaId can be loaded)");
 563           vamsasJarsArePresent = 1;
 564           Logger lvclient = Logger.getLogger("uk.ac.vamsas");
 565           lvclient.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault(
 566                   "logs.Vamsas.Level", Level.INFO.toString())));
 567
 568           lvclient.addAppender(log.getAppender("JalviewLogger"));
 569           // Tell the user that debug is enabled
 570           lvclient.debug("Jalview Vamsas Client Debugging Output Follows.");
 571         }
 572       } catch (Exception e)
 573       {
 574         vamsasJarsArePresent = 0;
 575         jalview.bin.Cache.log.debug("Vamsas Classes are not present");
 576       }
 577     }
 578     return (vamsasJarsArePresent > 0);
 579   }
 580
 581   /**
 582    * internal vamsas class discovery state
 583    */
 584   private static int groovyJarsArePresent = -1;
 585
 586   /**
 587    * Searches for vamsas client classes on class path.
 588    *
 589    * @return true if vamsas client is present on classpath
 590    */
 591   public static boolean groovyJarsPresent()
 592   {
 593     if (groovyJarsArePresent == -1)
 594     {
 595       try
 596       {
 597         if (Cache.class.getClassLoader().loadClass(
 598                 "groovy.lang.GroovyObject") != null)
 599         {
 600           jalview.bin.Cache.log
 601                   .debug("Found Groovy (groovy.lang.GroovyObject can be loaded)");
 602           groovyJarsArePresent = 1;
 603           Logger lgclient = Logger.getLogger("groovy");
 604           lgclient.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault(
 605                   "logs.Groovy.Level", Level.INFO.toString())));
 606
 607           lgclient.addAppender(log.getAppender("JalviewLogger"));
 608           // Tell the user that debug is enabled
 609           lgclient.debug("Jalview Groovy Client Debugging Output Follows.");
 610         }
 611       } catch (Error e)
 612       {
 613         groovyJarsArePresent = 0;
 614         jalview.bin.Cache.log.debug("Groovy Classes are not present", e);
 615       } catch (Exception e)
 616       {
 617         groovyJarsArePresent = 0;
 618         jalview.bin.Cache.log.debug("Groovy Classes are not present");
 619       }
 620     }
 621     return (groovyJarsArePresent > 0);
 622   }
 623
 624   /**
 625    * GA tracker object - actually JGoogleAnalyticsTracker null if tracking not
 626    * enabled.
 627    */
 628   protected static Object tracker = null;
 629
 630   protected static Class trackerfocus = null;
 631
 632   protected static Class jgoogleanalyticstracker = null;
 633
 634   /**
 635    * Initialise the google tracker if it is not done already.
 636    */
 637   public static void initGoogleTracker()
 638   {
 639     if (tracker == null)
 640     {
 641       if (jgoogleanalyticstracker == null)
 642       {
 643         // try to get the tracker class
 644         try
 645         {
 646           jgoogleanalyticstracker = Cache.class
 647                   .getClassLoader()
 648                   .loadClass(
 649                           "com.boxysystems.jgoogleanalytics.JGoogleAnalyticsTracker");
 650           trackerfocus = Cache.class.getClassLoader().loadClass(
 651                   "com.boxysystems.jgoogleanalytics.FocusPoint");
 652         } catch (Exception e)
 653         {
 654           log.debug("com.boxysystems.jgoogleanalytics package is not present - tracking not enabled.");
 655           tracker = null;
 656           jgoogleanalyticstracker = null;
 657           trackerfocus = null;
 658           return;
 659         }
 660       }
 661       // now initialise tracker
 662       Exception re = null, ex = null;
 663       Error err = null;
 664       String vrs = "No Version Accessible";
 665       try
 666       {
 667         // Google analytics tracking code for Library Finder
 668         tracker = jgoogleanalyticstracker.getConstructor(new Class[]
 669         { String.class, String.class, String.class }).newInstance(
 670                 new Object[]
 671                 {
 672                     "Jalview Desktop",
 673                     (vrs = jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION")
 674                             + "_"
 675                             + jalview.bin.Cache.getDefault("BUILD_DATE",
 676                                     "unknown")), "UA-9060947-1" });
 677         jgoogleanalyticstracker.getMethod("trackAsynchronously",
 678                 new Class[]
 679                 { trackerfocus }).invoke(tracker, new Object[]
 680         { trackerfocus.getConstructor(new Class[]
 681         { String.class }).newInstance(new Object[]
 682         { "Application Started." }) });
 683       } catch (RuntimeException e)
 684       {
 685         re = e;
 686       } catch (Exception e)
 687       {
 688         ex = e;
 689       } catch (Error e)
 690       {
 691         err = e;
 692       }
 693       if (re != null || ex != null || err != null)
 694       {
 695         if (log != null)
 696         {
 697           if (re != null)
 698             log.debug("Caught runtime exception in googletracker init:", re);
 699           if (ex != null)
 700             log.warn(
 701                     "Failed to initialise GoogleTracker for Jalview Desktop with version "
 702                             + vrs, ex);
 703           if (err != null)
 704             log.error(
 705                     "Whilst initing GoogleTracker for Jalview Desktop version "
 706                             + vrs, err);
 707         }
 708         else
 709         {
 710           if (re != null)
 711           {
 712             System.err
 713                     .println("Debug: Caught runtime exception in googletracker init:"
 714                             + vrs);
 715             re.printStackTrace();
 716           }
 717           if (ex != null)
 718           {
 719             System.err
 720                     .println("Warning:  Failed to initialise GoogleTracker for Jalview Desktop with version "
 721                             + vrs);
 722             ex.printStackTrace();
 723           }
 724
 725           if (err != null)
 726           {
 727             System.err
 728                     .println("ERROR: Whilst initing GoogleTracker for Jalview Desktop version "
 729                             + vrs);
 730             err.printStackTrace();
 731           }
 732         }
 733       }
 734       else
 735       {
 736         log.debug("Successfully initialised tracker.");
 737       }
 738     }
 739   }
 740
 741   /**
 742    * get the user's default colour if available
 743    *
 744    * @param property
 745    * @param defcolour
 746    * @return
 747    */
 748   public static Color getDefaultColour(String property, Color defcolour)
 749   {
 750     String colprop = getProperty(property);
 751     if (colprop == null)
 752     {
 753       return defcolour;
 754     }
 755     Color col = jalview.schemes.ColourSchemeProperty
 756             .getAWTColorFromName(colprop);
 757     if (col == null)
 758     {
 759       try
 760       {
 761         col = new jalview.schemes.UserColourScheme(colprop).findColour('A');
 762       } catch (Exception ex)
 763       {
 764         log.warn("Couldn't parse '" + colprop + "' as a colour for "
 765                 + property);
 766         col = null;
 767       }
 768     }
 769     return (col == null) ? defcolour : col;
 770   }
 771
 772   /**
 773    * store a colour as a Jalview user default property
 774    *
 775    * @param property
 776    * @param colour
 777    */
 778   public static void setColourProperty(String property, Color colour)
 779   {
 780     setProperty(property, jalview.util.Format.getHexString(colour));
 781   }
 782
 783   public static final DateFormat date_format = SimpleDateFormat
 784           .getDateTimeInstance();
 785
 786   /**
 787    * store a date in a jalview property
 788    *
 789    * @param string
 790    * @param time
 791    */
 792   public static void setDateProperty(String property, Date time)
 793   {
 794     setProperty(property, date_format.format(time));
 795   }
 796
 797   /**
 798    * read a date stored in a jalview property
 799    *
 800    * @param property
 801    * @return valid date as stored by setDateProperty, or null
 802    *
 803    */
 804   public static Date getDateProperty(String property)
 805   {
 806     String val = getProperty(property);
 807     if (val != null)
 808     {
 809       try
 810       {
 811         return date_format.parse(val);
 812       } catch (Exception ex)
 813       {
 814         System.err.println("Invalid or corrupt date in property '"
 815                 + property + "' : value was '" + val + "'");
 816       }
 817     }
 818     return null;
 819   }
 820
 821   /**
 822    * get and parse a property as an integer. send any parsing problems to
 823    * System.err
 824    *
 825    * @param property
 826    * @return null or Integer
 827    */
 828   public static Integer getIntegerProperty(String property)
 829   {
 830     String val = getProperty(property);
 831     if (val != null && (val = val.trim()).length() > 0)
 832     {
 833       try
 834       {
 835         return Integer.valueOf(val);
 836       } catch (NumberFormatException x)
 837       {
 838         System.err.println("Invalid integer in property '" + property
 839                 + "' (value was '" + val + "')");
 840       }
 841     }
 842     return null;
 843   }
 844
 845   private static DasSourceRegistryI sourceRegistry = null;
 846
 847   /**
 848    * initialise and ..
 849    *
 850    * @return instance of the das source registry
 851    */
 852   public static DasSourceRegistryI getDasSourceRegistry()
 853   {
 854     if (sourceRegistry == null)
 855     {
 856       sourceRegistry = new DasSourceRegistry();
 857     }
 858     return sourceRegistry;
 859   }
 860 }