src/jalview/bin/Cache.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
   3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.bin;
  19
  20 import java.awt.Color;
  21 import java.io.*;
  22 import java.text.DateFormat;
  23 import java.text.SimpleDateFormat;
  24 import java.util.*;
  25
  26 import org.apache.log4j.*;
  27 import org.biojava.dasobert.dasregistry.Das1Source;
  28
  29 /**
  30  * Stores and retrieves Jalview Application Properties Lists and fields within
  31  * list entries are separated by '|' symbols unless otherwise stated (|) clauses
  32  * are alternative values for a tag. <br>
  33  * <br>
  34  * Current properties include:
  35  * <ul>
  36  * <br>
  37  * logs.Axis.Level - one of the stringified Levels for log4j controlling the
  38  * logging level for axis (used for web services) <br>
  39  * </li>
  40  * <li>logs.Castor.Level - one of the stringified Levels for log4j controlling
  41  * the logging level for castor (used for serialization) <br>
  42  * </li>
  43  * <li>logs.Jalview.Level - Cache.log stringified level. <br>
  44  * </li>
  45  * <li>SCREEN_WIDTH</li>
  46  * <li>SCREEN_HEIGHT</li>
  47  * <li>SCREEN_Y=285</li>
  48  * <li>SCREEN_X=371</li>
  49  * <li>SHOW_FULLSCREEN boolean</li>
  50  * <li>FONT_NAME java font name for alignment text display</li>
  51  * <li>FONT_SIZE size of displayed alignment text</li>
  52  * <li>FONT_STYLE style of font displayed (sequence labels are always italic)</li>
  53  * <li>GAP_SYMBOL character to treat as gap symbol (usually -,.,' ')</li>
  54  * <li>LAST_DIRECTORY last directory for browsing alignment</li>
  55  * <li>USER_DEFINED_COLOURS list of user defined colour scheme files</li>
  56  * <li>SHOW_FULL_ID show id with '/start-end' numbers appended</li>
  57  * <li>SHOW_IDENTITY show percentage identity annotation</li>
  58  * <li>SHOW_QUALITY show alignment quality annotation</li>
  59  * <li>SHOW_ANNOTATIONS show alignment annotation rows</li>
  60  * <li>SHOW_CONSERVATION show alignment conservation annotation</li>
  61  * <li>CENTRE_COLUMN_LABELS centre the labels at each column in a displayed
  62  * annotation row</li>
  63  * <li>DEFAULT_COLOUR default colour scheme to apply for a new alignment</li>
  64  * <li>DEFAULT_FILE_FORMAT file format used to save</li>
  65  * <li>STARTUP_FILE file loaded on startup (may be a fully qualified url)</li>
  66  * <li>SHOW_STARTUP_FILE flag to control loading of startup file</li>
  67  * <li>VERSION the version of the jalview build</li>
  68  * <li>BUILD_DATE date of this build</li>
  69  * <li>LATEST_VERSION the latest jalview version advertised on the
  70  * www.jalview.org</li>
  71  * <li>PIR_MODELLER boolean indicating if PIR files are written with MODELLER
  72  * descriptions</li>
  73  * <li>(FASTA,MSF,PILEUP,CLUSTAL,BLC,PIR,PFAM)_JVSUFFIX boolean for adding jv
  74  * suffix to file</li>
  75  * <li>RECENT_URL list of recently retrieved URLs</li>
  76  * <li>RECENT_FILE list of recently opened files</li>
  77  * <li>USE_PROXY flag for whether a http proxy is to be used</li>
  78  * <li>PROXY_SERVER the proxy</li>
  79  * <li>PROXY_PORT</li>
  80  * <li>NOQUESTIONNAIRES true to prevent jalview from checking the questionnaire
  81  * service</li>
  82  * <li>QUESTIONNAIRE last questionnaire:responder id string from questionnaire
  83  * service</li>
  84  * <li>USAGESTATS (false - user prompted) Enable google analytics tracker for
  85  * collecting usage statistics</li>
  86  * <li>DAS_LOCAL_SOURCE list of local das sources</li>
  87  * <li>SHOW_OVERVIEW boolean for overview window display</li>
  88  * <li>ANTI_ALIAS boolean for smooth fonts</li>
  89  * <li>RIGHT_ALIGN_IDS boolean</li>
  90  * <li>AUTO_CALC_CONSENSUS boolean for automatic recalculation of consensus</li>
  91  * <li>PAD_GAPS boolean</li>
  92  * <li>ID_ITALICS boolean</li>
  93  * <li>SHOW_JV_SUFFIX</li>
  94  * <li>WRAP_ALIGNMENT</li>
  95  * <li>EPS_RENDERING (Prompt each time|Lineart|Text) default for EPS rendering
  96  * style check</li>
  97  * <li>SORT_ALIGNMENT (No sort|Id|Pairwise Identity)</li>
  98  * <li>SEQUENCE_LINKS list of name|URL pairs for opening a url with
  99  * $SEQUENCE_ID$</li>
 100  * <li>GROUP_LINKS list of name|URL[|&lt;separator&gt;] tuples - see
 101  * jalview.utils.GroupURLLink for more info</li>
 102  * <li>DAS_REGISTRY_URL the registry to query</li>
 103  * <li>DEFAULT_BROWSER for unix</li>
 104  * <li>DAS_ACTIVE_SOURCE list of active sources</li>
 105  * <li>SHOW_MEMUSAGE boolean show memory usage and warning indicator on desktop
 106  * (false)</li>
 107  * <li>VERSION_CHECK (true) check for the latest release version from
 108  * www.jalview.org (or the alias given by the www.jalview.org property)</li>
 109  * <li>SHOW_NPFEATS_TOOLTIP (true) show non-positional features in the Sequence
 110  * ID tooltip</li>
 111  * <li>SHOW_DBREFS_TOOLTIP (true) show Database Cross References in the Sequence
 112  * ID tooltip</li>
 113  * <li>SHOW_UNCONSERVED (false) only render unconserved residues - conserved
 114  * displayed as '.'</li>
 115  * <li>SORT_BY_TREE (false) sort the current alignment view according to the
 116  * order of a newly displayed tree</li>
 117  * <li>DBFETCH_USEPICR (false) use PICR to recover valid DB references from
 118  * sequence ID strings before attempting retrieval from any datasource</li>
 119  * <li>SHOW_GROUP_CONSENSUS (false) Show consensus annotation for groups in the
 120  * alignment.</li>
 121  * <li>SHOW_GROUP_CONSERVATION (false) Show conservation annotation for groups
 122  * in the alignment.</li>
 123  * <li>SHOW_CONSENSUS_HISTOGRAM (false) Show consensus annotation row's
 124  * histogram.</li>
 125  * <li>SHOW_CONSENSUS_LOGO (false) Show consensus annotation row's sequence
 126  * logo.</li>
 127  * <li>NORMALISE_CONSENSUS_LOGO (false) Show consensus annotation row's sequence
 128  * logo normalised to row height rather than histogram height.</li>
 129  * <li>FOLLOW_SELECTIONS (true) Controls whether a new alignment view should
 130  * respond to selections made in other alignments containing the same sequences.
 131  * </li>
 132  * <li>SHOW_WSDISCOVERY_ERRORS (true) Controls if the web service URL discovery
 133  * warning dialog box is displayed.</li>
 134  * <li>ANNOTATIONCOLOUR_MIN (orange) Shade used for minimum value of annotation when shading by annotation</li>
 135  * <li>ANNOTATIONCOLOUR_MAX (red) Shade used for maximum value of annotation when shading by annotation</li>
 136  * <li>www.jalview.org (http://www.jalview.org) a property enabling all HTTP requests to be redirected to a mirror of http://www.jalview.org</li>
 137  *
 138  * <li>FIGURE_AUTOIDWIDTH (false) Expand the left hand column of an exported alignment figure to accommodate even the longest sequence ID or annotation label.</li>
 139  * <li>FIGURE_FIXEDIDWIDTH Specifies the width to use for the left-hand column when exporting an alignment as a figure (setting FIGURE_AUTOIDWIDTH to true will override this).</li>
 140  * <li></li>
 141  *
 142  * </ul>
 143  * Deprecated settings:
 144  * <ul>
 145  *  * <li>DISCOVERY_START - Boolean - controls if discovery services are queried on
 146  * startup (JWS1 services only)</li>
 147  * <li>DISCOVERY_URLS - comma separated list of Discovery Service endpoints. (JWS1 services only)</li>
 148  * <li>SHOW_JWS1_SERVICES (true) enable or disable the original Jalview 2 services in the desktop GUI</li>
 149  * <li>ENABLE_RSBS_EDITOR (false for 2.7 release) enable or disable RSBS editing panel in web service preferences</li>
 150  * </ul>
 151  * @author $author$
 152  * @version $Revision$
 153  */
 154 public class Cache
 155 {
 156   /**
 157    * property giving log4j level for CASTOR loggers
 158    */
 159   public static final String CASTORLOGLEVEL = "logs.Castor.level";
 160
 161   /**
 162    * property giving log4j level for AXIS loggers
 163    */
 164   public static final String AXISLOGLEVEL = "logs.Axis.level";
 165
 166   /**
 167    * property giving log4j level for Jalview Log
 168    */
 169   public static final String JALVIEWLOGLEVEL = "logs.Jalview.level";
 170
 171   public static final String DAS_LOCAL_SOURCE = "DAS_LOCAL_SOURCE";
 172
 173   public static final String DAS_REGISTRY_URL = "DAS_REGISTRY_URL";
 174
 175   public static final String DAS_ACTIVE_SOURCE = "DAS_ACTIVE_SOURCE";
 176
 177   /**
 178    * Initialises the Jalview Application Log
 179    */
 180   public static Logger log;
 181
 182   /** Jalview Properties */
 183   public static Properties applicationProperties = new Properties();
 184
 185   /** Default file is ~/.jalview_properties */
 186   static String propertiesFile;
 187
 188   private static boolean propsAreReadOnly=false;
 189
 190   public static void initLogger()
 191   {
 192     if (log != null)
 193     {
 194       return;
 195     }
 196     try
 197     {
 198       // TODO: redirect stdout and stderr here in order to grab the output of
 199       // the log
 200
 201       ConsoleAppender ap = new ConsoleAppender(new SimpleLayout(),
 202               "System.err");
 203       ap.setName("JalviewLogger");
 204       org.apache.log4j.Logger.getRootLogger().addAppender(ap); // catch all for
 205       // log output
 206       Logger laxis = Logger.getLogger("org.apache.axis");
 207       Logger lcastor = Logger.getLogger("org.exolab.castor");
 208       jalview.bin.Cache.log = Logger.getLogger("jalview.bin.Jalview");
 209
 210       laxis.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault("logs.Axis.Level",
 211               Level.INFO.toString())));
 212       lcastor.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault("logs.Castor.Level",
 213               Level.INFO.toString())));
 214       lcastor = Logger.getLogger("org.exolab.castor.xml");
 215       lcastor.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault("logs.Castor.Level",
 216               Level.INFO.toString())));
 217       // lcastor = Logger.getLogger("org.exolab.castor.xml.Marshaller");
 218       // lcastor.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault("logs.Castor.Level",
 219       // Level.INFO.toString())));
 220       jalview.bin.Cache.log.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault(
 221               "logs.Jalview.level", Level.INFO.toString())));
 222       // laxis.addAppender(ap);
 223       // lcastor.addAppender(ap);
 224       // jalview.bin.Cache.log.addAppender(ap);
 225       // Tell the user that debug is enabled
 226       jalview.bin.Cache.log.debug("Jalview Debugging Output Follows.");
 227     } catch (Exception ex)
 228     {
 229       System.err.println("Problems initializing the log4j system\n");
 230       ex.printStackTrace(System.err);
 231     }
 232   }
 233
 234   /** Called when Jalview is started */
 235   public static void loadProperties(String propsFile)
 236   {
 237     propertiesFile = propsFile;
 238     if (propsFile == null)
 239     {
 240       propertiesFile = System.getProperty("user.home") + File.separatorChar
 241               + ".jalview_properties";
 242     } else {
 243       // don't corrupt the file we've been given.
 244       propsAreReadOnly = true;
 245     }
 246
 247     try
 248     {
 249       InputStream fis;
 250       try
 251       {
 252         fis = new java.net.URL(propertiesFile).openStream();
 253         System.out.println("Loading jalview properties from : "
 254                 + propertiesFile);
 255         System.out
 256                 .println("Disabling Jalview writing to user's local properties file.");
 257         propsAreReadOnly = true;
 258
 259       } catch (Exception ex)
 260       {
 261         fis = null;
 262       }
 263       if (fis == null)
 264       {
 265         fis = new FileInputStream(propertiesFile);
 266       }
 267       applicationProperties.load(fis);
 268       applicationProperties.remove("LATEST_VERSION");
 269       applicationProperties.remove("VERSION");
 270       fis.close();
 271     } catch (Exception ex)
 272     {
 273       System.out.println("Error reading properties file: " + ex);
 274     }
 275
 276     if (getDefault("USE_PROXY", false))
 277     {
 278       System.out.println("Using proxyServer: "
 279               + getDefault("PROXY_SERVER", null) + " proxyPort: "
 280               + getDefault("PROXY_PORT", null));
 281       System.setProperty("http.proxyHost", getDefault("PROXY_SERVER", null));
 282       System.setProperty("http.proxyPort", getDefault("PROXY_PORT", null));
 283     }
 284
 285     // LOAD THE AUTHORS FROM THE authors.props file
 286     try
 287     {
 288       String authorDetails = "jar:".concat(Cache.class.getProtectionDomain()
 289               .getCodeSource().getLocation().toString()
 290               .concat("!/authors.props"));
 291
 292       java.net.URL localJarFileURL = new java.net.URL(authorDetails);
 293
 294       InputStream in = localJarFileURL.openStream();
 295       applicationProperties.load(in);
 296       in.close();
 297     } catch (Exception ex)
 298     {
 299       System.out.println("Error reading author details: " + ex);
 300       applicationProperties.remove("AUTHORS");
 301       applicationProperties.remove("AUTHORFNAMES");
 302       applicationProperties.remove("YEAR");
 303     }
 304
 305     // FIND THE VERSION NUMBER AND BUILD DATE FROM jalview.jar
 306     // MUST FOLLOW READING OF LOCAL PROPERTIES FILE AS THE
 307     // VERSION MAY HAVE CHANGED SINCE LAST USING JALVIEW
 308     try
 309     {
 310       String buildDetails = "jar:".concat(Cache.class.getProtectionDomain()
 311               .getCodeSource().getLocation().toString()
 312               .concat("!/.build_properties"));
 313
 314       java.net.URL localJarFileURL = new java.net.URL(buildDetails);
 315
 316       InputStream in = localJarFileURL.openStream();
 317       applicationProperties.load(in);
 318       in.close();
 319     } catch (Exception ex)
 320     {
 321       System.out.println("Error reading build details: " + ex);
 322       applicationProperties.remove("VERSION");
 323     }
 324
 325     String jnlpVersion = System.getProperty("jalview.version");
 326     String codeVersion = getProperty("VERSION");
 327
 328     if (codeVersion == null)
 329     {
 330       // THIS SHOULD ONLY BE THE CASE WHEN TESTING!!
 331       codeVersion = "Test";
 332       jnlpVersion = "Test";
 333     }
 334
 335     System.out.println("Jalview Version: " + codeVersion);
 336
 337     // jnlpVersion will be null if we're using InstallAnywhere
 338     // Dont do this check if running in headless mode
 339     if (jnlpVersion == null
 340             && getDefault("VERSION_CHECK", true)
 341             && (System.getProperty("java.awt.headless") == null || System
 342                     .getProperty("java.awt.headless").equals("false")))
 343     {
 344
 345       class VersionChecker extends Thread
 346       {
 347         public void run()
 348         {
 349           String orgtimeout = System
 350                   .getProperty("sun.net.client.defaultConnectTimeout");
 351           if (orgtimeout == null)
 352           {
 353             orgtimeout = "30";
 354             System.out.println("# INFO: Setting default net timeout to "
 355                     + orgtimeout + " seconds.");
 356           }
 357           String jnlpVersion = null;
 358           try
 359           {
 360             System.setProperty("sun.net.client.defaultConnectTimeout",
 361                     "5000");
 362             java.net.URL url = new java.net.URL(
 363                     Cache.getDefault("www.jalview.org", "http://www.jalview.org")+"/webstart/jalview.jnlp");
 364             BufferedReader in = new BufferedReader(new InputStreamReader(
 365                     url.openStream()));
 366             String line = null;
 367             while ((line = in.readLine()) != null)
 368             {
 369               if (line.indexOf("jalview.version") == -1)
 370               {
 371                 continue;
 372               }
 373
 374               line = line.substring(line.indexOf("value=") + 7);
 375               line = line.substring(0, line.lastIndexOf("\""));
 376               jnlpVersion = line;
 377               break;
 378             }
 379           } catch (Exception ex)
 380           {
 381             System.out
 382                     .println("Non-fatal exceptions when checking version at www.jalview.org :");
 383             System.out.println(ex);
 384             jnlpVersion = getProperty("VERSION");
 385           }
 386           System.setProperty("sun.net.client.defaultConnectTimeout",
 387                   orgtimeout);
 388
 389           setProperty("LATEST_VERSION", jnlpVersion);
 390         }
 391       }
 392
 393       VersionChecker vc = new VersionChecker();
 394       vc.start();
 395     }
 396     else
 397     {
 398       if (jnlpVersion != null)
 399       {
 400         setProperty("LATEST_VERSION", jnlpVersion);
 401       }
 402       else
 403       {
 404         applicationProperties.remove("LATEST_VERSION");
 405       }
 406     }
 407
 408     setProperty("VERSION", codeVersion);
 409
 410     // LOAD USERDEFINED COLOURS
 411     jalview.gui.UserDefinedColours
 412             .initUserColourSchemes(getProperty("USER_DEFINED_COLOURS"));
 413     jalview.io.PIRFile.useModellerOutput = Cache.getDefault("PIR_MODELLER",
 414             false);
 415   }
 416
 417   /**
 418    * Gets Jalview application property of given key. Returns null if key not
 419    * found
 420    *
 421    * @param key
 422    *          Name of property
 423    *
 424    * @return Property value
 425    */
 426   public static String getProperty(String key)
 427   {
 428     return applicationProperties.getProperty(key);
 429   }
 430
 431   /**
 432    * These methods are used when checking if the saved preference is different
 433    * to the default setting
 434    */
 435
 436   public static boolean getDefault(String property, boolean def)
 437   {
 438     String string = getProperty(property);
 439     if (string != null)
 440     {
 441       def = Boolean.valueOf(string).booleanValue();
 442     }
 443
 444     return def;
 445   }
 446
 447   /**
 448    * These methods are used when checking if the saved preference is different
 449    * to the default setting
 450    */
 451   public static String getDefault(String property, String def)
 452   {
 453     String string = getProperty(property);
 454     if (string != null)
 455     {
 456       return string;
 457     }
 458
 459     return def;
 460   }
 461
 462   /**
 463    * Stores property in the file "HOME_DIR/.jalview_properties"
 464    *
 465    * @param key
 466    *          Name of object
 467    * @param obj
 468    *          String value of property
 469    *
 470    * @return String value of property
 471    */
 472   public static String setProperty(String key, String obj)
 473   {
 474
 475     try
 476     {
 477       applicationProperties.setProperty(key, obj);
 478       if (!propsAreReadOnly)
 479       {
 480         FileOutputStream out = new FileOutputStream(propertiesFile);
 481         applicationProperties.store(out, "---JalviewX Properties File---");
 482         out.close();
 483       }
 484     } catch (Exception ex)
 485     {
 486       System.out.println("Error setting property: " + key + " " + obj
 487               + "\n" + ex);
 488     }
 489     return obj;
 490   }
 491
 492   /**
 493    * remove the specified property from the jalview properties file
 494    *
 495    * @param string
 496    */
 497   public static void removeProperty(String string)
 498   {
 499     applicationProperties.remove(string);
 500     saveProperties();
 501   }
 502
 503   /**
 504    * save the properties to the jalview properties path
 505    */
 506   public static void saveProperties()
 507   {
 508     if (!propsAreReadOnly)
 509     {
 510       try
 511       {
 512         FileOutputStream out = new FileOutputStream(propertiesFile);
 513         applicationProperties.store(out, "---JalviewX Properties File---");
 514         out.close();
 515       } catch (Exception ex)
 516       {
 517         System.out.println("Error saving properties: " + ex);
 518       }
 519     }
 520   }
 521
 522   /**
 523    * internal vamsas class discovery state
 524    */
 525   private static int vamsasJarsArePresent = -1;
 526
 527   /**
 528    * Searches for vamsas client classes on class path.
 529    *
 530    * @return true if vamsas client is present on classpath
 531    */
 532   public static boolean vamsasJarsPresent()
 533   {
 534     if (vamsasJarsArePresent == -1)
 535     {
 536       try
 537       {
 538         if (jalview.jbgui.GDesktop.class.getClassLoader().loadClass(
 539                 "uk.ac.vamsas.client.VorbaId") != null)
 540         {
 541           jalview.bin.Cache.log
 542                   .debug("Found Vamsas Classes (uk.ac..vamsas.client.VorbaId can be loaded)");
 543           vamsasJarsArePresent = 1;
 544           Logger lvclient = Logger.getLogger("uk.ac.vamsas");
 545           lvclient.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault(
 546                   "logs.Vamsas.Level", Level.INFO.toString())));
 547
 548           lvclient.addAppender(log.getAppender("JalviewLogger"));
 549           // Tell the user that debug is enabled
 550           lvclient.debug("Jalview Vamsas Client Debugging Output Follows.");
 551         }
 552       } catch (Exception e)
 553       {
 554         vamsasJarsArePresent = 0;
 555         jalview.bin.Cache.log.debug("Vamsas Classes are not present");
 556       }
 557     }
 558     return (vamsasJarsArePresent > 0);
 559   }
 560
 561   /**
 562    * internal vamsas class discovery state
 563    */
 564   private static int groovyJarsArePresent = -1;
 565
 566   /**
 567    * Searches for vamsas client classes on class path.
 568    *
 569    * @return true if vamsas client is present on classpath
 570    */
 571   public static boolean groovyJarsPresent()
 572   {
 573     if (groovyJarsArePresent == -1)
 574     {
 575       try
 576       {
 577         if (Cache.class.getClassLoader().loadClass(
 578                 "groovy.lang.GroovyObject") != null)
 579         {
 580           jalview.bin.Cache.log
 581                   .debug("Found Groovy (groovy.lang.GroovyObject can be loaded)");
 582           groovyJarsArePresent = 1;
 583           Logger lgclient = Logger.getLogger("groovy");
 584           lgclient.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault(
 585                   "logs.Groovy.Level", Level.INFO.toString())));
 586
 587           lgclient.addAppender(log.getAppender("JalviewLogger"));
 588           // Tell the user that debug is enabled
 589           lgclient.debug("Jalview Groovy Client Debugging Output Follows.");
 590         }
 591       } catch (Error e)
 592       {
 593         groovyJarsArePresent = 0;
 594         jalview.bin.Cache.log.debug("Groovy Classes are not present", e);
 595       } catch (Exception e)
 596       {
 597         groovyJarsArePresent = 0;
 598         jalview.bin.Cache.log.debug("Groovy Classes are not present");
 599       }
 600     }
 601     return (groovyJarsArePresent > 0);
 602   }
 603
 604   /**
 605    * generate Das1Sources from the local das source list
 606    *
 607    * @return Vector of Das1Sources
 608    */
 609   public static Vector getLocalDasSources()
 610   {
 611     Vector localSources = new Vector();
 612     String local = jalview.bin.Cache.getProperty("DAS_LOCAL_SOURCE");
 613     if (local != null)
 614     {
 615       StringTokenizer st = new StringTokenizer(local, "\t");
 616       while (st.hasMoreTokens())
 617       {
 618         String token = st.nextToken();
 619         int bar = token.indexOf("|");
 620         Das1Source source = new Das1Source();
 621         source.setUrl(token.substring(bar + 1));
 622         if (source.getUrl().startsWith("sequence:"))
 623         {
 624           source.setUrl(source.getUrl().substring(9));
 625           // this source also serves sequences as well as features
 626           source.setCapabilities(new String[]
 627           { "sequence", "features" });
 628         }
 629         else
 630         {
 631           // default is that all user added sources serve features
 632           source.setCapabilities(new String[]
 633           { "features" });
 634         }
 635
 636         source.setNickname(token.substring(0, bar));
 637
 638         localSources.addElement(source);
 639       }
 640     }
 641     return localSources;
 642   }
 643
 644   /**
 645    * GA tracker object - actually JGoogleAnalyticsTracker null if tracking not
 646    * enabled.
 647    */
 648   protected static Object tracker = null;
 649
 650   protected static Class trackerfocus = null;
 651
 652   protected static Class jgoogleanalyticstracker = null;
 653
 654   /**
 655    * Initialise the google tracker if it is not done already.
 656    */
 657   public static void initGoogleTracker()
 658   {
 659     if (tracker == null)
 660     {
 661       if (jgoogleanalyticstracker == null)
 662       {
 663         // try to get the tracker class
 664         try
 665         {
 666           jgoogleanalyticstracker = Cache.class
 667                   .getClassLoader()
 668                   .loadClass(
 669                           "com.boxysystems.jgoogleanalytics.JGoogleAnalyticsTracker");
 670           trackerfocus = Cache.class.getClassLoader().loadClass(
 671                   "com.boxysystems.jgoogleanalytics.FocusPoint");
 672         } catch (Exception e)
 673         {
 674           log.debug("com.boxysystems.jgoogleanalytics package is not present - tracking not enabled.");
 675           tracker = null;
 676           jgoogleanalyticstracker = null;
 677           trackerfocus = null;
 678           return;
 679         }
 680       }
 681       // now initialise tracker
 682       Exception re = null, ex = null;
 683       Error err = null;
 684       String vrs = "No Version Accessible";
 685       try
 686       {
 687         // Google analytics tracking code for Library Finder
 688         tracker = jgoogleanalyticstracker.getConstructor(new Class[]
 689         { String.class, String.class, String.class }).newInstance(
 690                 new Object[]
 691                 {
 692                     "Jalview Desktop",
 693                     (vrs = jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION")
 694                             + "_"
 695                             + jalview.bin.Cache.getDefault("BUILD_DATE",
 696                                     "unknown")), "UA-9060947-1" });
 697         jgoogleanalyticstracker.getMethod("trackAsynchronously",
 698                 new Class[]
 699                 { trackerfocus }).invoke(tracker, new Object[]
 700         { trackerfocus.getConstructor(new Class[]
 701         { String.class }).newInstance(new Object[]
 702         { "Application Started." }) });
 703       } catch (RuntimeException e)
 704       {
 705         re = e;
 706       } catch (Exception e)
 707       {
 708         ex = e;
 709       } catch (Error e)
 710       {
 711         err = e;
 712       }
 713       if (re != null || ex != null || err != null)
 714       {
 715         if (log != null)
 716         {
 717           if (re != null)
 718             log.debug("Caught runtime exception in googletracker init:", re);
 719           if (ex != null)
 720             log.warn(
 721                     "Failed to initialise GoogleTracker for Jalview Desktop with version "
 722                             + vrs, ex);
 723           if (err != null)
 724             log.error(
 725                     "Whilst initing GoogleTracker for Jalview Desktop version "
 726                             + vrs, err);
 727         }
 728         else
 729         {
 730           if (re != null)
 731           {
 732             System.err
 733                     .println("Debug: Caught runtime exception in googletracker init:"
 734                             + vrs);
 735             re.printStackTrace();
 736           }
 737           if (ex != null)
 738           {
 739             System.err
 740                     .println("Warning:  Failed to initialise GoogleTracker for Jalview Desktop with version "
 741                             + vrs);
 742             ex.printStackTrace();
 743           }
 744
 745           if (err != null)
 746           {
 747             System.err
 748                     .println("ERROR: Whilst initing GoogleTracker for Jalview Desktop version "
 749                             + vrs);
 750             err.printStackTrace();
 751           }
 752         }
 753       }
 754       else
 755       {
 756         log.debug("Successfully initialised tracker.");
 757       }
 758     }
 759   }
 760
 761   /**
 762    * get the user's default colour if available
 763    * @param property
 764    * @param defcolour
 765    * @return
 766    */
 767   public static Color getDefaultColour(String property, Color defcolour)
 768   {
 769     String colprop = getProperty(property);
 770     if (colprop==null) {
 771       return defcolour;
 772     }
 773     Color col = jalview.schemes.ColourSchemeProperty.getAWTColorFromName(colprop);
 774     if (col==null)
 775     {
 776       try {
 777         col = new jalview.schemes.UserColourScheme(colprop).findColour('A');
 778       } catch (Exception ex)
 779       {
 780         log.warn("Couldn't parse '"+colprop+"' as a colour for "+property);
 781         col=null;
 782       }
 783     }
 784     return (col==null) ? defcolour: col;
 785   }
 786
 787   /**
 788    * store a colour as a Jalview user default property
 789    * @param property
 790    * @param colour
 791    */
 792   public static void setColourProperty(String property, Color colour)
 793   {
 794     setProperty(property, jalview.util.Format
 795           .getHexString(colour));
 796   }
 797
 798   public static final DateFormat  date_format = SimpleDateFormat.getDateTimeInstance();
 799
 800   /**
 801    * store a date in a jalview property
 802    * @param string
 803    * @param time
 804    */
 805   public static void setDateProperty(String property, Date time)
 806   {
 807     setProperty(property, date_format.format(time));
 808   }
 809   /**
 810    * read a date stored in a jalview property
 811    * @param property
 812    * @return valid date as stored by setDateProperty, or null
 813    *
 814    */
 815   public static Date getDateProperty(String property)
 816   {
 817     String val = getProperty(property);
 818     if (val!=null)
 819     {
 820       try {
 821         return date_format.parse(val);
 822       } catch (Exception ex)
 823       {
 824         System.err.println("Invalid or corrupt date in property '"+property+"' : value was '"+val+"'");
 825       }
 826     }
 827     return null;
 828   }
 829
 830   /**
 831    * get and parse a property as an integer. send any parsing problems to System.err
 832    * @param property
 833    * @return null or Integer
 834    */
 835   public static Integer getIntegerProperty(String property)
 836   {
 837     String val=getProperty(property);
 838     if (val!=null && (val=val.trim()).length()>0)
 839     {
 840       try {
 841         return Integer.valueOf(val);
 842       } catch (NumberFormatException x)
 843       {
 844         System.err.println("Invalid integer in property '"+property+"' (value was '"+val+"')");
 845       }
 846     }
 847     return null;
 848   }
 849 }