src/jalview/bin/Cache.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Development Version 2.4.1)
   3  * Copyright (C) 2009 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package jalview.bin;
  20
  21 import java.io.*;
  22 import java.util.*;
  23
  24 import org.apache.log4j.*;
  25 import org.biojava.dasobert.dasregistry.Das1Source;
  26
  27 /**
  28  * Stores and retrieves Jalview Application Properties Lists and fields within
  29  * list entries are separated by '|' symbols unless otherwise stated (|) clauses
  30  * are alternative values for a tag. <br>
  31  * <br>
  32  * Current properties include:
  33  * <ul>
  34  * <br>
  35  * logs.Axis.Level - one of the stringified Levels for log4j controlling the
  36  * logging level for axis (used for web services) <br>
  37  * </li>
  38  * <li>logs.Castor.Level - one of the stringified Levels for log4j controlling
  39  * the logging level for castor (used for serialization) <br>
  40  * </li>
  41  * <li>logs.Jalview.Level - Cache.log stringified level. <br>
  42  * </li>
  43  * <li>DISCOVERY_START - Boolean - controls if discovery services are queried on
  44  * startup</li>
  45  * <li>DISCOVERY_URLS - comma separated list of Discovery Service endpoints.</li>
  46  * <li>SCREEN_WIDTH</li>
  47  * <li>SCREEN_HEIGHT</li>
  48  * <li>SCREEN_Y=285</li>
  49  * <li>SCREEN_X=371</li>
  50  * <li>SHOW_FULLSCREEN boolean</li>
  51  * <li>FONT_NAME java font name for alignment text display</li>
  52  * <li>FONT_SIZE size of displayed alignment text</li>
  53  * <li>FONT_STYLE style of font displayed (sequence labels are always italic)</li>
  54  * <li>GAP_SYMBOL character to treat as gap symbol (usually -,.,' ')</li>
  55  * <li>LAST_DIRECTORY last directory for browsing alignment</li>
  56  * <li>USER_DEFINED_COLOURS list of user defined colour scheme files</li>
  57  * <li>SHOW_FULL_ID show id with '/start-end' numbers appended</li>
  58  * <li>SHOW_IDENTITY show percentage identity annotation</li>
  59  * <li>SHOW_QUALITY show alignment quality annotation</li>
  60  * <li>SHOW_ANNOTATIONS show alignment annotation rows</li>
  61  * <li>SHOW_CONSERVATION show alignment conservation annotation</li>
  62  * <li>CENTRE_COLUMN_LABELS centre the labels at each column in a displayed
  63  * annotation row</li>
  64  * <li>DEFAULT_COLOUR default colour scheme to apply for a new alignment</li>
  65  * <li>DEFAULT_FILE_FORMAT file format used to save</li>
  66  * <li>STARTUP_FILE file loaded on startup (may be a fully qualified url)</li>
  67  * <li>SHOW_STARTUP_FILE flag to control loading of startup file</li>
  68  * <li>VERSION the version of the jalview build</li>
  69  * <li>BUILD_DATE date of this build</li>
  70  * <li>LATEST_VERSION the latest jalview version advertised on the
  71  * www.jalview.org</li>
  72  * <li>PIR_MODELLER boolean indicating if PIR files are written with MODELLER
  73  * descriptions</li>
  74  * <li>(FASTA,MSF,PILEUP,CLUSTAL,BLC,PIR,PFAM)_JVSUFFIX boolean for adding jv
  75  * suffix to file</li>
  76  * <li>RECENT_URL list of recently retrieved URLs</li>
  77  * <li>RECENT_FILE list of recently opened files</li>
  78  * <li>USE_PROXY flag for whether a http proxy is to be used</li>
  79  * <li>PROXY_SERVER the proxy</li>
  80  * <li>PROXY_PORT</li>
  81  * <li>NOQUESTIONNAIRES true to prevent jalview from checking the questionnaire
  82  * service</li>
  83  * <li>QUESTIONNAIRE last questionnaire:responder id string from questionnaire
  84  * service</li>
  85  * <li>USAGESTATS (false - user prompted) Enable google analytics tracker for collecting usage
  86  * statistics</li>
  87  * <li>DAS_LOCAL_SOURCE list of local das sources</li>
  88  * <li>SHOW_OVERVIEW boolean for overview window display</li>
  89  * <li>ANTI_ALIAS boolean for smooth fonts</li>
  90  * <li>RIGHT_ALIGN_IDS boolean</li>
  91  * <li>AUTO_CALC_CONSENSUS boolean for automatic recalculation of consensus</li>
  92  * <li>PAD_GAPS boolean</li>
  93  * <li>ID_ITALICS boolean</li>
  94  * <li>SHOW_JV_SUFFIX</li>
  95  * <li>WRAP_ALIGNMENT</li>
  96  * <li>EPS_RENDERING (Prompt each time|Lineart|Text) default for EPS rendering
  97  * style check</li>
  98  * <li>SORT_ALIGNMENT (No sort|Id|Pairwise Identity)</li>
  99  * <li>SEQUENCE_LINKS list of name|URL pairs for opening a url with
 100  * $SEQUENCE_ID$</li>
 101  *  <li>GROUP_LINKS list of name|URL[|&lt;separator&gt;] tuples - see jalview.utils.GroupURLLink for more info
 102  *  </li>
 103  * <li>DAS_REGISTRY_URL the registry to query</li>
 104  * <li>DEFAULT_BROWSER for unix</li>
 105  * <li>DAS_ACTIVE_SOURCE list of active sources</li>
 106  * <li>SHOW_MEMUSAGE boolean show memory usage and warning indicator on desktop
 107  * (false)</li>
 108  * <li>VERSION_CHECK (true) check for the latest release version from www.jalview.org</li>
 109  * <li>SHOW_NPFEATS_TOOLTIP (true) show non-positional features in the Sequence
 110  * ID tooltip</li>
 111  * <li>SHOW_DBREFS_TOOLTIP (true) show Database Cross References in the Sequence
 112  * ID tooltip</li>
 113  * <li>SHOW_UNCONSERVED (false) only render unconserved residues - conserved
 114  * displayed as '.'</li>
 115  * <li>SORT_BY_TREE (false) sort the current alignment view according to the
 116  * order of a newly displayed tree</li>
 117  * <li>DBFETCH_USEPICR (false) use PICR to recover valid DB references from sequence ID strings before attempting retrieval from any datasource</li>
 118  * <li>
 119  * </li>
 120  *
 121  * <li></li>
 122  *
 123  * </ul>
 124  *
 125  * @author $author$
 126  * @version $Revision$
 127  */
 128 public class Cache
 129 {
 130   /**
 131    * property giving log4j level for CASTOR loggers
 132    */
 133   public static final String CASTORLOGLEVEL = "logs.Castor.level";
 134
 135   /**
 136    * property giving log4j level for AXIS loggers
 137    */
 138   public static final String AXISLOGLEVEL = "logs.Axis.level";
 139
 140   /**
 141    * property giving log4j level for Jalview Log
 142    */
 143   public static final String JALVIEWLOGLEVEL = "logs.Jalview.level";
 144
 145   public static final String DAS_LOCAL_SOURCE = "DAS_LOCAL_SOURCE";
 146
 147   public static final String DAS_REGISTRY_URL = "DAS_REGISTRY_URL";
 148
 149   public static final String DAS_ACTIVE_SOURCE = "DAS_ACTIVE_SOURCE";
 150
 151   /**
 152    * Initialises the Jalview Application Log
 153    */
 154   public static Logger log;
 155
 156   /** Jalview Properties */
 157   public static Properties applicationProperties = new Properties();
 158
 159   /** Default file is ~/.jalview_properties */
 160   static String propertiesFile;
 161
 162   public static void initLogger()
 163   {
 164     try
 165     {
 166       // TODO: redirect stdout and stderr here in order to grab the output of the log
 167
 168       ConsoleAppender ap = new ConsoleAppender(new SimpleLayout(),
 169               "System.err");
 170       ap.setName("JalviewLogger");
 171       org.apache.log4j.Logger.getRootLogger().addAppender(ap); // catch all for
 172       // log output
 173       Logger laxis = Logger.getLogger("org.apache.axis");
 174       Logger lcastor = Logger.getLogger("org.exolab.castor");
 175       jalview.bin.Cache.log = Logger.getLogger("jalview.bin.Jalview");
 176
 177       laxis.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault("logs.Axis.Level",
 178               Level.INFO.toString())));
 179       lcastor.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault("logs.Castor.Level",
 180               Level.INFO.toString())));
 181       lcastor = Logger.getLogger("org.exolab.castor.xml");
 182       lcastor.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault("logs.Castor.Level",
 183               Level.INFO.toString())));
 184       // lcastor = Logger.getLogger("org.exolab.castor.xml.Marshaller");
 185       // lcastor.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault("logs.Castor.Level",
 186       // Level.INFO.toString())));
 187       jalview.bin.Cache.log.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault(
 188               "logs.Jalview.level", Level.INFO.toString())));
 189       // laxis.addAppender(ap);
 190       // lcastor.addAppender(ap);
 191       // jalview.bin.Cache.log.addAppender(ap);
 192       // Tell the user that debug is enabled
 193       jalview.bin.Cache.log.debug("Jalview Debugging Output Follows.");
 194     } catch (Exception ex)
 195     {
 196       System.err.println("Problems initializing the log4j system\n");
 197       ex.printStackTrace(System.err);
 198     }
 199   }
 200
 201   /** Called when Jalview is started */
 202   public static void loadProperties(String propsFile)
 203   {
 204     propertiesFile = propsFile;
 205     if (propsFile == null)
 206     {
 207       propertiesFile = System.getProperty("user.home") + File.separatorChar
 208               + ".jalview_properties";
 209     }
 210
 211     try
 212     {
 213       FileInputStream fis = new FileInputStream(propertiesFile);
 214       applicationProperties.load(fis);
 215       applicationProperties.remove("LATEST_VERSION");
 216       applicationProperties.remove("VERSION");
 217       fis.close();
 218     } catch (Exception ex)
 219     {
 220       System.out.println("Error reading properties file: " + ex);
 221     }
 222
 223     if (getDefault("USE_PROXY", false))
 224     {
 225       System.out.println("Using proxyServer: "
 226               + getDefault("PROXY_SERVER", null) + " proxyPort: "
 227               + getDefault("PROXY_PORT", null));
 228       System
 229               .setProperty("http.proxyHost", getDefault("PROXY_SERVER",
 230                       null));
 231       System.setProperty("http.proxyPort", getDefault("PROXY_PORT", null));
 232     }
 233
 234     // FIND THE VERSION NUMBER AND BUILD DATE FROM jalview.jar
 235     // MUST FOLLOW READING OF LOCAL PROPERTIES FILE AS THE
 236     // VERSION MAY HAVE CHANGED SINCE LAST USING JALVIEW
 237     try
 238     {
 239       String buildDetails = "jar:".concat(Cache.class.getProtectionDomain()
 240               .getCodeSource().getLocation().toString().concat(
 241                       "!/.build_properties"));
 242
 243       java.net.URL localJarFileURL = new java.net.URL(buildDetails);
 244
 245       InputStream in = localJarFileURL.openStream();
 246       applicationProperties.load(in);
 247       in.close();
 248     } catch (Exception ex)
 249     {
 250       System.out.println("Error reading build details: " + ex);
 251       applicationProperties.remove("VERSION");
 252     }
 253
 254     String jnlpVersion = System.getProperty("jalview.version");
 255     String codeVersion = getProperty("VERSION");
 256
 257     if (codeVersion == null)
 258     {
 259       // THIS SHOULD ONLY BE THE CASE WHEN TESTING!!
 260       codeVersion = "Test";
 261       jnlpVersion = "Test";
 262     }
 263
 264     System.out.println("Jalview Version: " + codeVersion);
 265
 266     // jnlpVersion will be null if we're using InstallAnywhere
 267     // Dont do this check if running in headless mode
 268     if (jnlpVersion == null
 269             && getDefault("VERSION_CHECK",true)
 270             && (System.getProperty("java.awt.headless") == null || System
 271                     .getProperty("java.awt.headless").equals("false")))
 272     {
 273
 274       class VersionChecker extends Thread
 275       {
 276         public void run()
 277         {
 278           String orgtimeout = System
 279                   .getProperty("sun.net.client.defaultConnectTimeout");
 280           if (orgtimeout == null)
 281           {
 282             orgtimeout = "30";
 283             System.out.println("# INFO: Setting default net timeout to "
 284                     + orgtimeout + " seconds.");
 285           }
 286           String jnlpVersion = null;
 287           try
 288           {
 289             System.setProperty("sun.net.client.defaultConnectTimeout",
 290                     "5000");
 291             java.net.URL url = new java.net.URL(
 292                     "http://www.jalview.org/webstart/jalview.jnlp");
 293             BufferedReader in = new BufferedReader(new InputStreamReader(
 294                     url.openStream()));
 295             String line = null;
 296             while ((line = in.readLine()) != null)
 297             {
 298               if (line.indexOf("jalview.version") == -1)
 299               {
 300                 continue;
 301               }
 302
 303               line = line.substring(line.indexOf("value=") + 7);
 304               line = line.substring(0, line.lastIndexOf("\""));
 305               jnlpVersion = line;
 306               break;
 307             }
 308           } catch (Exception ex)
 309           {
 310             System.out
 311                     .println("Non-fatal exceptions when checking version at www.jalview.org :");
 312             System.out.println(ex);
 313             jnlpVersion = getProperty("VERSION");
 314           }
 315           System.setProperty("sun.net.client.defaultConnectTimeout",
 316                   orgtimeout);
 317
 318           setProperty("LATEST_VERSION", jnlpVersion);
 319         }
 320       }
 321
 322       VersionChecker vc = new VersionChecker();
 323       vc.start();
 324     }
 325     else
 326     {
 327       if (jnlpVersion != null)
 328       {
 329         setProperty("LATEST_VERSION", jnlpVersion);
 330       }
 331       else
 332       {
 333         applicationProperties.remove("LATEST_VERSION");
 334       }
 335     }
 336
 337     setProperty("VERSION", codeVersion);
 338
 339     // LOAD USERDEFINED COLOURS
 340     jalview.gui.UserDefinedColours
 341             .initUserColourSchemes(getProperty("USER_DEFINED_COLOURS"));
 342     jalview.io.PIRFile.useModellerOutput = Cache.getDefault("PIR_MODELLER",
 343             false);
 344   }
 345
 346   /**
 347    * Gets Jalview application property of given key. Returns null if key not
 348    * found
 349    *
 350    * @param key
 351    *          Name of property
 352    *
 353    * @return Property value
 354    */
 355   public static String getProperty(String key)
 356   {
 357     return applicationProperties.getProperty(key);
 358   }
 359
 360   /**
 361    * These methods are used when checking if the saved preference is different
 362    * to the default setting
 363    */
 364
 365   public static boolean getDefault(String property, boolean def)
 366   {
 367     String string = getProperty(property);
 368     if (string != null)
 369     {
 370       def = Boolean.valueOf(string).booleanValue();
 371     }
 372
 373     return def;
 374   }
 375
 376   /**
 377    * These methods are used when checking if the saved preference is different
 378    * to the default setting
 379    */
 380   public static String getDefault(String property, String def)
 381   {
 382     String string = getProperty(property);
 383     if (string != null)
 384     {
 385       return string;
 386     }
 387
 388     return def;
 389   }
 390
 391   /**
 392    * Stores property in the file "HOME_DIR/.jalview_properties"
 393    *
 394    * @param key
 395    *          Name of object
 396    * @param obj
 397    *          String value of property
 398    *
 399    * @return String value of property
 400    */
 401   public static String setProperty(String key, String obj)
 402   {
 403     try
 404     {
 405       FileOutputStream out = new FileOutputStream(propertiesFile);
 406       applicationProperties.setProperty(key, obj);
 407       applicationProperties.store(out, "---JalviewX Properties File---");
 408       out.close();
 409     } catch (Exception ex)
 410     {
 411       System.out.println("Error setting property: " + key + " " + obj
 412               + "\n" + ex);
 413     }
 414     return obj;
 415   }
 416   /**
 417    * remove the specified property from the jalview properties file
 418    * @param string
 419    */
 420   public static void removeProperty(String string)
 421   {
 422     applicationProperties.remove(string);
 423     saveProperties();
 424   }
 425   /**
 426    * save the properties to the jalview properties path
 427    */
 428   public static void saveProperties()
 429   {
 430     try
 431     {
 432       FileOutputStream out = new FileOutputStream(propertiesFile);
 433       applicationProperties.store(out, "---JalviewX Properties File---");
 434       out.close();
 435     } catch (Exception ex)
 436     {
 437       System.out.println("Error saving properties: " + ex);
 438     }
 439   }
 440
 441   /**
 442    * internal vamsas class discovery state
 443    */
 444   private static int vamsasJarsArePresent = -1;
 445
 446   /**
 447    * Searches for vamsas client classes on class path.
 448    *
 449    * @return true if vamsas client is present on classpath
 450    */
 451   public static boolean vamsasJarsPresent()
 452   {
 453     if (vamsasJarsArePresent == -1)
 454     {
 455       try
 456       {
 457         if (jalview.jbgui.GDesktop.class.getClassLoader().loadClass(
 458                 "uk.ac.vamsas.client.VorbaId") != null)
 459         {
 460           jalview.bin.Cache.log
 461                   .debug("Found Vamsas Classes (uk.ac..vamsas.client.VorbaId can be loaded)");
 462           vamsasJarsArePresent = 1;
 463           Logger lvclient = Logger.getLogger("uk.ac.vamsas");
 464           lvclient.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault(
 465                   "logs.Vamsas.Level", Level.INFO.toString())));
 466
 467           lvclient.addAppender(log.getAppender("JalviewLogger"));
 468           // Tell the user that debug is enabled
 469           lvclient.debug("Jalview Vamsas Client Debugging Output Follows.");
 470         }
 471       } catch (Exception e)
 472       {
 473         vamsasJarsArePresent = 0;
 474         jalview.bin.Cache.log.debug("Vamsas Classes are not present");
 475       }
 476     }
 477     return (vamsasJarsArePresent > 0);
 478   }
 479
 480   /**
 481    * internal vamsas class discovery state
 482    */
 483   private static int groovyJarsArePresent = -1;
 484
 485   /**
 486    * Searches for vamsas client classes on class path.
 487    *
 488    * @return true if vamsas client is present on classpath
 489    */
 490   public static boolean groovyJarsPresent()
 491   {
 492     if (groovyJarsArePresent == -1)
 493     {
 494       try
 495       {
 496         if (Cache.class.getClassLoader().loadClass(
 497                 "groovy.lang.GroovyObject") != null)
 498         {
 499           jalview.bin.Cache.log
 500                   .debug("Found Groovy (groovy.lang.GroovyObject can be loaded)");
 501           groovyJarsArePresent = 1;
 502           Logger lgclient = Logger.getLogger("groovy");
 503           lgclient.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault(
 504                   "logs.Groovy.Level", Level.INFO.toString())));
 505
 506           lgclient.addAppender(log.getAppender("JalviewLogger"));
 507           // Tell the user that debug is enabled
 508           lgclient.debug("Jalview Groovy Client Debugging Output Follows.");
 509         }
 510       } catch (Error e) {
 511         groovyJarsArePresent = 0;
 512         jalview.bin.Cache.log.debug("Groovy Classes are not present",e);
 513       }catch (Exception e)
 514       {
 515         groovyJarsArePresent = 0;
 516         jalview.bin.Cache.log.debug("Groovy Classes are not present");
 517       }
 518     }
 519     return (groovyJarsArePresent > 0);
 520   }
 521   /**
 522    * generate Das1Sources from the local das source list
 523    *
 524    * @return Vector of Das1Sources
 525    */
 526   public static Vector getLocalDasSources()
 527   {
 528     Vector localSources = new Vector();
 529     String local = jalview.bin.Cache.getProperty("DAS_LOCAL_SOURCE");
 530     if (local != null)
 531     {
 532       StringTokenizer st = new StringTokenizer(local, "\t");
 533       while (st.hasMoreTokens())
 534       {
 535         String token = st.nextToken();
 536         int bar = token.indexOf("|");
 537         Das1Source source = new Das1Source();
 538         source.setUrl(token.substring(bar + 1));
 539         if (source.getUrl().startsWith("sequence:"))
 540         {
 541           source.setUrl(source.getUrl().substring(9));
 542           // this source also serves sequences as well as features
 543           source.setCapabilities(new String[]
 544           { "sequence", "features" });
 545         }
 546         else
 547         {
 548           // default is that all user added sources serve features
 549           source.setCapabilities(new String[]
 550           { "features" });
 551         }
 552
 553         source.setNickname(token.substring(0, bar));
 554
 555         localSources.addElement(source);
 556       }
 557     }
 558     return localSources;
 559   }
 560
 561   /**
 562    * GA tracker object - actually JGoogleAnalyticsTracker null if tracking not enabled.
 563    */
 564   protected static Object tracker = null;
 565   protected static Class trackerfocus = null;
 566   protected static Class jgoogleanalyticstracker = null;
 567
 568   /**
 569    * Initialise the google tracker if it is not done already.
 570    */
 571   public static void initGoogleTracker()
 572   {
 573     if (tracker == null)
 574     {
 575       if (jgoogleanalyticstracker==null)
 576       {
 577         // try to get the tracker class
 578         try {
 579           jgoogleanalyticstracker = Cache.class.getClassLoader().loadClass(
 580           "com.boxysystems.jgoogleanalytics.JGoogleAnalyticsTracker");
 581           trackerfocus = Cache.class.getClassLoader().loadClass(
 582           "com.boxysystems.jgoogleanalytics.FocusPoint");
 583         } catch (Exception e)
 584         {
 585           log.debug("com.boxysystems.jgoogleanalytics package is not present - tracking not enabled.");
 586           tracker = null;
 587           jgoogleanalyticstracker=null;
 588           trackerfocus=null;
 589           return;
 590         }
 591       }
 592       // now initialise tracker
 593       Exception re = null, ex = null;
 594       Error err = null;
 595       String vrs = "No Version Accessible";
 596       try
 597       {
 598         // Google analytics tracking code for Library Finder
 599         tracker = jgoogleanalyticstracker.getConstructor(new Class[] { String.class,String.class,String.class}).newInstance(new Object[] { "Jalview Desktop",
 600                 (vrs = jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION")
 601                         + "_"
 602                         + jalview.bin.Cache.getDefault("BUILD_DATE",
 603                                 "unknown")), "UA-9060947-1"});
 604         jgoogleanalyticstracker.getMethod("trackAsynchronously", new Class[] { trackerfocus })
 605         .invoke(tracker, new Object[] { trackerfocus.getConstructor(
 606                 new Class[] { String.class}).newInstance(new Object[] { "Application Started." })});
 607       } catch (RuntimeException e)
 608       {
 609         re = e;
 610       } catch (Exception e)
 611       {
 612         ex = e;
 613       } catch (Error e)
 614       {
 615         err = e;
 616       }
 617       if (re != null || ex != null || err != null)
 618       {
 619         if (log != null)
 620         {
 621           if (re != null)
 622             log
 623                     .debug(
 624                             "Caught runtime exception in googletracker init:",
 625                             re);
 626           if (ex != null)
 627             log.warn(
 628                     "Failed to initialise GoogleTracker for Jalview Desktop with version "
 629                             + vrs, ex);
 630           if (err != null)
 631             log.error(
 632                     "Whilst initing GoogleTracker for Jalview Desktop version "
 633                             + vrs, err);
 634         }
 635         else
 636         {
 637           if (re != null)
 638           {
 639             System.err
 640                     .println("Debug: Caught runtime exception in googletracker init:"
 641                             + vrs);
 642             re.printStackTrace();
 643           }
 644           if (ex != null)
 645           {
 646             System.err
 647                     .println("Warning:  Failed to initialise GoogleTracker for Jalview Desktop with version "
 648                             + vrs);
 649             ex.printStackTrace();
 650           }
 651
 652           if (err != null)
 653           {
 654             System.err
 655                     .println("ERROR: Whilst initing GoogleTracker for Jalview Desktop version "
 656                             + vrs);
 657             err.printStackTrace();
 658           }
 659         }
 660       }
 661       else
 662       {
 663         log.debug("Successfully initialised tracker.");
 664       }
 665     }
 666   }
 667
 668 }