src/jalview/bin/Cache.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.bin;
  22
  23 import jalview.datamodel.DBRefSource;
  24 import jalview.structure.StructureViewSettings;
  25 import jalview.ws.dbsources.das.api.DasSourceRegistryI;
  26 import jalview.ws.dbsources.das.datamodel.DasSourceRegistry;
  27 import jalview.ws.sifts.SiftsSettings;
  28
  29 import java.awt.Color;
  30 import java.io.BufferedReader;
  31 import java.io.File;
  32 import java.io.FileInputStream;
  33 import java.io.FileOutputStream;
  34 import java.io.InputStream;
  35 import java.io.InputStreamReader;
  36 import java.text.DateFormat;
  37 import java.text.SimpleDateFormat;
  38 import java.util.Collections;
  39 import java.util.Date;
  40 import java.util.Enumeration;
  41 import java.util.Properties;
  42 import java.util.TreeSet;
  43
  44 import org.apache.log4j.ConsoleAppender;
  45 import org.apache.log4j.Level;
  46 import org.apache.log4j.Logger;
  47 import org.apache.log4j.SimpleLayout;
  48
  49 /**
  50  * Stores and retrieves Jalview Application Properties Lists and fields within
  51  * list entries are separated by '|' symbols unless otherwise stated (|) clauses
  52  * are alternative values for a tag. <br>
  53  * <br>
  54  * Current properties include:
  55  * <ul>
  56  * <br>
  57  * logs.Axis.Level - one of the stringified Levels for log4j controlling the
  58  * logging level for axis (used for web services) <br>
  59  * </li>
  60  * <li>logs.Castor.Level - one of the stringified Levels for log4j controlling
  61  * the logging level for castor (used for serialization) <br>
  62  * </li>
  63  * <li>logs.Jalview.Level - Cache.log stringified level. <br>
  64  * </li>
  65  * <li>SCREEN_WIDTH</li>
  66  * <li>SCREEN_HEIGHT</li>
  67  * <li>SCREEN_Y=285</li>
  68  * <li>SCREEN_X=371</li>
  69  * <li>SHOW_FULLSCREEN boolean</li>
  70  * <li>FONT_NAME java font name for alignment text display</li>
  71  * <li>FONT_SIZE size of displayed alignment text</li>
  72  * <li>FONT_STYLE style of font displayed (sequence labels are always italic)</li>
  73  * <li>GAP_SYMBOL character to treat as gap symbol (usually -,.,' ')</li>
  74  * <li>LAST_DIRECTORY last directory for browsing alignment</li>
  75  * <li>USER_DEFINED_COLOURS list of user defined colour scheme files</li>
  76  * <li>SHOW_FULL_ID show id with '/start-end' numbers appended</li>
  77  * <li>SHOW_IDENTITY show percentage identity annotation</li>
  78  * <li>SHOW_QUALITY show alignment quality annotation</li>
  79  * <li>SHOW_ANNOTATIONS show alignment annotation rows</li>
  80  * <li>SHOW_CONSERVATION show alignment conservation annotation</li>
  81  * <li>SORT_ANNOTATIONS currently either SEQUENCE_AND_LABEL or
  82  * LABEL_AND_SEQUENCE</li>
  83  * <li>SHOW_AUTOCALC_ABOVE true to show autocalculated annotations above
  84  * sequence annotations</li>
  85  * <li>CENTRE_COLUMN_LABELS centre the labels at each column in a displayed
  86  * annotation row</li>
  87  * <li>DEFAULT_COLOUR default colour scheme to apply for a new alignment</li>
  88  * <li>DEFAULT_FILE_FORMAT file format used to save</li>
  89  * <li>STARTUP_FILE file loaded on startup (may be a fully qualified url)</li>
  90  * <li>SHOW_STARTUP_FILE flag to control loading of startup file</li>
  91  * <li>VERSION the version of the jalview build</li>
  92  * <li>BUILD_DATE date of this build</li>
  93  * <li>LATEST_VERSION the latest jalview version advertised on the
  94  * www.jalview.org</li>
  95  * <li>PIR_MODELLER boolean indicating if PIR files are written with MODELLER
  96  * descriptions</li>
  97  * <li>(FASTA,MSF,PILEUP,CLUSTAL,BLC,PIR,PFAM)_JVSUFFIX boolean for adding jv
  98  * suffix to file</li>
  99  * <li>RECENT_URL list of recently retrieved URLs</li>
 100  * <li>RECENT_FILE list of recently opened files</li>
 101  * <li>USE_PROXY flag for whether a http proxy is to be used</li>
 102  * <li>PROXY_SERVER the proxy</li>
 103  * <li>PROXY_PORT</li>
 104  * <li>NOQUESTIONNAIRES true to prevent jalview from checking the questionnaire
 105  * service</li>
 106  * <li>QUESTIONNAIRE last questionnaire:responder id string from questionnaire
 107  * service</li>
 108  * <li>USAGESTATS (false - user prompted) Enable google analytics tracker for
 109  * collecting usage statistics</li>
 110  * <li>DAS_LOCAL_SOURCE list of local das sources</li>
 111  * <li>SHOW_OVERVIEW boolean for overview window display</li>
 112  * <li>ANTI_ALIAS boolean for smooth fonts</li>
 113  * <li>RIGHT_ALIGN_IDS boolean</li>
 114  * <li>AUTO_CALC_CONSENSUS boolean for automatic recalculation of consensus</li>
 115  * <li>PAD_GAPS boolean</li>
 116  * <li>ID_ITALICS boolean</li>
 117  * <li>SHOW_JV_SUFFIX</li>
 118  * <li>WRAP_ALIGNMENT</li>
 119  * <li>EPS_RENDERING (Prompt each time|Lineart|Text) default for EPS rendering
 120  * style check</li>
 121  * <li>SORT_ALIGNMENT (No sort|Id|Pairwise Identity)</li>
 122  * <li>SEQUENCE_LINKS list of name|URL pairs for opening a url with
 123  * $SEQUENCE_ID$</li>
 124  * <li>GROUP_LINKS list of name|URL[|&lt;separator&gt;] tuples - see
 125  * jalview.utils.GroupURLLink for more info</li>
 126  * <li>DAS_REGISTRY_URL the registry to query</li>
 127  * <li>DEFAULT_BROWSER for unix</li>
 128  * <li>DAS_ACTIVE_SOURCE list of active sources</li>
 129  * <li>SHOW_MEMUSAGE boolean show memory usage and warning indicator on desktop
 130  * (false)</li>
 131  * <li>VERSION_CHECK (true) check for the latest release version from
 132  * www.jalview.org (or the alias given by the www.jalview.org property)</li>
 133  * <li>SHOW_NPFEATS_TOOLTIP (true) show non-positional features in the Sequence
 134  * ID tooltip</li>
 135  * <li>SHOW_DBREFS_TOOLTIP (true) show Database Cross References in the Sequence
 136  * ID tooltip</li>
 137  * <li>SHOW_UNCONSERVED (false) only render unconserved residues - conserved
 138  * displayed as '.'</li>
 139  * <li>SORT_BY_TREE (false) sort the current alignment view according to the
 140  * order of a newly displayed tree</li>
 141  * <li>DBFETCH_USEPICR (false) use PICR to recover valid DB references from
 142  * sequence ID strings before attempting retrieval from any datasource</li>
 143  * <li>SHOW_GROUP_CONSENSUS (false) Show consensus annotation for groups in the
 144  * alignment.</li>
 145  * <li>SHOW_GROUP_CONSERVATION (false) Show conservation annotation for groups
 146  * in the alignment.</li>
 147  * <li>SHOW_CONSENSUS_HISTOGRAM (false) Show consensus annotation row's
 148  * histogram.</li>
 149  * <li>SHOW_CONSENSUS_LOGO (false) Show consensus annotation row's sequence
 150  * logo.</li>
 151  * <li>NORMALISE_CONSENSUS_LOGO (false) Show consensus annotation row's sequence
 152  * logo normalised to row height rather than histogram height.</li>
 153  * <li>FOLLOW_SELECTIONS (true) Controls whether a new alignment view should
 154  * respond to selections made in other alignments containing the same sequences.
 155  * </li>
 156  * <li>JWS2HOSTURLS comma-separated list of URLs to try for JABAWS services</li>
 157  * <li>SHOW_WSDISCOVERY_ERRORS (true) Controls if the web service URL discovery
 158  * warning dialog box is displayed.</li>
 159  * <li>ANNOTATIONCOLOUR_MIN (orange) Shade used for minimum value of annotation
 160  * when shading by annotation</li>
 161  * <li>ANNOTATIONCOLOUR_MAX (red) Shade used for maximum value of annotation
 162  * when shading by annotation</li>
 163  * <li>www.jalview.org (http://www.jalview.org) a property enabling all HTTP
 164  * requests to be redirected to a mirror of http://www.jalview.org</li>
 165  * <li>FIGURE_AUTOIDWIDTH (false) Expand the left hand column of an exported
 166  * alignment figure to accommodate even the longest sequence ID or annotation
 167  * label.</li>
 168  * <li>FIGURE_FIXEDIDWIDTH Specifies the width to use for the left-hand column
 169  * when exporting an alignment as a figure (setting FIGURE_AUTOIDWIDTH to true
 170  * will override this).</li>
 171  * <li>STRUCT_FROM_PDB (false) derive secondary structure annotation from PDB
 172  * record</li>
 173  * <li>USE_RNAVIEW (false) use RNAViewer to derive secondary structure</li>
 174  * <li>ADD_SS_ANN (false) add secondary structure annotation to alignment
 175  * display</li>
 176  * <li>ADD_TEMPFACT_ANN (false) add Temperature Factor annotation to alignment
 177  * display</li>
 178  * <li>STRUCTURE_DISPLAY choose from JMOL (default) or CHIMERA for 3D structure
 179  * display</li>
 180  * <li>CHIMERA_PATH specify full path to Chimera program (if non-standard)</li>
 181  *
 182  * </ul>
 183  * Deprecated settings:
 184  * <ul>
 185  * *
 186  * <li>DISCOVERY_START - Boolean - controls if discovery services are queried on
 187  * startup (JWS1 services only)</li>
 188  * <li>DISCOVERY_URLS - comma separated list of Discovery Service endpoints.
 189  * (JWS1 services only)</li>
 190  * <li>SHOW_JWS1_SERVICES (true) enable or disable the original Jalview 2
 191  * services in the desktop GUI</li>
 192  * <li>ENABLE_RSBS_EDITOR (false for 2.7 release) enable or disable RSBS editing
 193  * panel in web service preferences</li>
 194  * </ul>
 195  *
 196  * @author $author$
 197  * @version $Revision$
 198  */
 199 public class Cache
 200 {
 201   /**
 202    * property giving log4j level for CASTOR loggers
 203    */
 204   public static final String CASTORLOGLEVEL = "logs.Castor.level";
 205
 206   /**
 207    * property giving log4j level for AXIS loggers
 208    */
 209   public static final String AXISLOGLEVEL = "logs.Axis.level";
 210
 211   /**
 212    * property giving log4j level for Jalview Log
 213    */
 214   public static final String JALVIEWLOGLEVEL = "logs.Jalview.level";
 215
 216   public static final String DAS_LOCAL_SOURCE = "DAS_LOCAL_SOURCE";
 217
 218   public static final String DAS_REGISTRY_URL = "DAS_REGISTRY_URL";
 219
 220   public static final String DAS_ACTIVE_SOURCE = "DAS_ACTIVE_SOURCE";
 221
 222   public static final String DEFAULT_SIFTS_DOWNLOAD_DIR = System
 223           .getProperty("user.home")
 224           + File.separatorChar
 225           + ".sifts_downloads" + File.separatorChar;
 226
 227   private final static String DEFAULT_CACHE_THRESHOLD_IN_DAYS = "2";
 228
 229   private final static String DEFAULT_FAIL_SAFE_PID_THRESHOLD = "30";
 230
 231   private final static String DEFAULT_STRUCTURE_FORMAT = DBRefSource.PDB;
 232
 233   /**
 234    * Initialises the Jalview Application Log
 235    */
 236   public static Logger log;
 237
 238   /** Jalview Properties */
 239   public static Properties applicationProperties = new Properties()
 240   {
 241     // override results in properties output in alphabetical order
 242     @Override
 243     public synchronized Enumeration<Object> keys()
 244     {
 245       return Collections.enumeration(new TreeSet<Object>(super.keySet()));
 246     }
 247   };
 248
 249   /** Default file is ~/.jalview_properties */
 250   static String propertiesFile;
 251
 252   private static boolean propsAreReadOnly = false;
 253
 254   public static void initLogger()
 255   {
 256     if (log != null)
 257     {
 258       return;
 259     }
 260     try
 261     {
 262       // TODO: redirect stdout and stderr here in order to grab the output of
 263       // the log
 264
 265       ConsoleAppender ap = new ConsoleAppender(new SimpleLayout(),
 266               "System.err");
 267       ap.setName("JalviewLogger");
 268       org.apache.log4j.Logger.getRootLogger().addAppender(ap); // catch all for
 269       // log output
 270       Logger laxis = Logger.getLogger("org.apache.axis");
 271       Logger lcastor = Logger.getLogger("org.exolab.castor");
 272       jalview.bin.Cache.log = Logger.getLogger("jalview.bin.Jalview");
 273
 274       laxis.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault("logs.Axis.Level",
 275               Level.INFO.toString())));
 276       lcastor.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault("logs.Castor.Level",
 277               Level.INFO.toString())));
 278       lcastor = Logger.getLogger("org.exolab.castor.xml");
 279       lcastor.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault("logs.Castor.Level",
 280               Level.INFO.toString())));
 281       // lcastor = Logger.getLogger("org.exolab.castor.xml.Marshaller");
 282       // lcastor.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault("logs.Castor.Level",
 283       // Level.INFO.toString())));
 284       jalview.bin.Cache.log.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault(
 285               "logs.Jalview.level", Level.INFO.toString())));
 286       // laxis.addAppender(ap);
 287       // lcastor.addAppender(ap);
 288       // jalview.bin.Cache.log.addAppender(ap);
 289       // Tell the user that debug is enabled
 290       jalview.bin.Cache.log.debug("Jalview Debugging Output Follows.");
 291     } catch (Exception ex)
 292     {
 293       System.err.println("Problems initializing the log4j system\n");
 294       ex.printStackTrace(System.err);
 295     }
 296   }
 297
 298   /** Called when Jalview is started */
 299   public static void loadProperties(String propsFile)
 300   {
 301     propertiesFile = propsFile;
 302     if (propsFile == null)
 303     {
 304       propertiesFile = System.getProperty("user.home") + File.separatorChar
 305               + ".jalview_properties";
 306     }
 307     else
 308     {
 309       // don't corrupt the file we've been given.
 310       propsAreReadOnly = true;
 311     }
 312
 313     try
 314     {
 315       InputStream fis;
 316       try
 317       {
 318         fis = new java.net.URL(propertiesFile).openStream();
 319         System.out.println("Loading jalview properties from : "
 320                 + propertiesFile);
 321         System.out
 322                 .println("Disabling Jalview writing to user's local properties file.");
 323         propsAreReadOnly = true;
 324
 325       } catch (Exception ex)
 326       {
 327         fis = null;
 328       }
 329       if (fis == null)
 330       {
 331         fis = new FileInputStream(propertiesFile);
 332       }
 333       applicationProperties.load(fis);
 334
 335       // remove any old build properties
 336
 337       deleteBuildProperties();
 338       fis.close();
 339     } catch (Exception ex)
 340     {
 341       System.out.println("Error reading properties file: " + ex);
 342     }
 343
 344     if (getDefault("USE_PROXY", false))
 345     {
 346       String proxyServer = getDefault("PROXY_SERVER", ""), proxyPort = getDefault(
 347               "PROXY_PORT", "8080");
 348
 349       System.out.println("Using proxyServer: " + proxyServer
 350               + " proxyPort: " + proxyPort);
 351
 352       System.setProperty("http.proxyHost", proxyServer);
 353       System.setProperty("http.proxyPort", proxyPort);
 354     }
 355
 356     // LOAD THE AUTHORS FROM THE authors.props file
 357     try
 358     {
 359       String authorDetails = "jar:".concat(Cache.class
 360               .getProtectionDomain().getCodeSource().getLocation()
 361               .toString().concat("!/authors.props"));
 362
 363       java.net.URL localJarFileURL = new java.net.URL(authorDetails);
 364
 365       InputStream in = localJarFileURL.openStream();
 366       applicationProperties.load(in);
 367       in.close();
 368     } catch (Exception ex)
 369     {
 370       System.out.println("Error reading author details: " + ex);
 371       applicationProperties.remove("AUTHORS");
 372       applicationProperties.remove("AUTHORFNAMES");
 373       applicationProperties.remove("YEAR");
 374     }
 375
 376     // FIND THE VERSION NUMBER AND BUILD DATE FROM jalview.jar
 377     // MUST FOLLOW READING OF LOCAL PROPERTIES FILE AS THE
 378     // VERSION MAY HAVE CHANGED SINCE LAST USING JALVIEW
 379     try
 380     {
 381       String buildDetails = "jar:".concat(Cache.class.getProtectionDomain()
 382               .getCodeSource().getLocation().toString()
 383               .concat("!/.build_properties"));
 384
 385       java.net.URL localJarFileURL = new java.net.URL(buildDetails);
 386
 387       InputStream in = localJarFileURL.openStream();
 388       applicationProperties.load(in);
 389       in.close();
 390     } catch (Exception ex)
 391     {
 392       System.out.println("Error reading build details: " + ex);
 393       applicationProperties.remove("VERSION");
 394     }
 395
 396     String jnlpVersion = System.getProperty("jalview.version");
 397     String codeVersion = getProperty("VERSION");
 398     String codeInstallation = getProperty("INSTALLATION");
 399     if (codeVersion == null)
 400     {
 401       // THIS SHOULD ONLY BE THE CASE WHEN TESTING!!
 402       codeVersion = "Test";
 403       jnlpVersion = "Test";
 404       codeInstallation = "";
 405     }
 406     else
 407     {
 408       codeInstallation = " (" + codeInstallation + ")";
 409     }
 410     new BuildDetails(codeVersion, null, codeInstallation);
 411
 412     SiftsSettings
 413             .setMapWithSifts(Cache.getDefault("MAP_WITH_SIFTS", false));
 414
 415     SiftsSettings.setSiftDownloadDirectory(jalview.bin.Cache.getDefault(
 416             "sifts_download_dir", DEFAULT_SIFTS_DOWNLOAD_DIR));
 417
 418     SiftsSettings.setFailSafePIDThreshold(jalview.bin.Cache.getDefault(
 419             "sifts_fail_safe_pid_threshold",
 420             DEFAULT_FAIL_SAFE_PID_THRESHOLD));
 421
 422     SiftsSettings.setCacheThresholdInDays(jalview.bin.Cache.getDefault(
 423             "sifts_cache_threshold_in_days",
 424             DEFAULT_CACHE_THRESHOLD_IN_DAYS));
 425
 426     System.out
 427             .println("Jalview Version: " + codeVersion + codeInstallation);
 428
 429     StructureViewSettings.setCurrentDefaultFormat(jalview.bin.Cache
 430             .getDefault(
 431             "DEFAULT_STRUCTURE_FORMAT", DEFAULT_STRUCTURE_FORMAT));
 432     // jnlpVersion will be null if we're using InstallAnywhere
 433     // Dont do this check if running in headless mode
 434     if (jnlpVersion == null
 435             && getDefault("VERSION_CHECK", true)
 436             && (System.getProperty("java.awt.headless") == null || System
 437                     .getProperty("java.awt.headless").equals("false")))
 438     {
 439
 440       class VersionChecker extends Thread
 441       {
 442         @Override
 443         public void run()
 444         {
 445           String orgtimeout = System
 446                   .getProperty("sun.net.client.defaultConnectTimeout");
 447           if (orgtimeout == null)
 448           {
 449             orgtimeout = "30";
 450             System.out.println("# INFO: Setting default net timeout to "
 451                     + orgtimeout + " seconds.");
 452           }
 453           String remoteVersion = null;
 454           try
 455           {
 456             System.setProperty("sun.net.client.defaultConnectTimeout",
 457                     "5000");
 458             java.net.URL url = new java.net.URL(Cache.getDefault(
 459                     "www.jalview.org", "http://www.jalview.org")
 460                     + "/webstart/jalview.jnlp");
 461             BufferedReader in = new BufferedReader(new InputStreamReader(
 462                     url.openStream()));
 463             String line = null;
 464             while ((line = in.readLine()) != null)
 465             {
 466               if (line.indexOf("jalview.version") == -1)
 467               {
 468                 continue;
 469               }
 470
 471               line = line.substring(line.indexOf("value=") + 7);
 472               line = line.substring(0, line.lastIndexOf("\""));
 473               remoteVersion = line;
 474               break;
 475             }
 476           } catch (Exception ex)
 477           {
 478             System.out
 479                     .println("Non-fatal exception when checking version at www.jalview.org :");
 480             System.out.println(ex);
 481             remoteVersion = getProperty("VERSION");
 482           }
 483           System.setProperty("sun.net.client.defaultConnectTimeout",
 484                   orgtimeout);
 485
 486           setProperty("LATEST_VERSION", remoteVersion);
 487         }
 488       }
 489
 490       VersionChecker vc = new VersionChecker();
 491       vc.start();
 492     }
 493     else
 494     {
 495       if (jnlpVersion != null)
 496       {
 497         setProperty("LATEST_VERSION", jnlpVersion);
 498       }
 499       else
 500       {
 501         applicationProperties.remove("LATEST_VERSION");
 502       }
 503     }
 504
 505     setProperty("VERSION", codeVersion);
 506
 507     // LOAD USERDEFINED COLOURS
 508     jalview.gui.UserDefinedColours
 509             .initUserColourSchemes(getProperty("USER_DEFINED_COLOURS"));
 510     jalview.io.PIRFile.useModellerOutput = Cache.getDefault("PIR_MODELLER",
 511             false);
 512   }
 513
 514   private static void deleteBuildProperties()
 515   {
 516     applicationProperties.remove("LATEST_VERSION");
 517     applicationProperties.remove("VERSION");
 518     applicationProperties.remove("AUTHORS");
 519     applicationProperties.remove("AUTHORFNAMES");
 520     applicationProperties.remove("YEAR");
 521     applicationProperties.remove("BUILD_DATE");
 522     applicationProperties.remove("INSTALLATION");
 523   }
 524
 525   /**
 526    * Gets Jalview application property of given key. Returns null if key not
 527    * found
 528    *
 529    * @param key
 530    *          Name of property
 531    *
 532    * @return Property value
 533    */
 534   public static String getProperty(String key)
 535   {
 536     return applicationProperties.getProperty(key);
 537   }
 538
 539   /**
 540    * These methods are used when checking if the saved preference is different
 541    * to the default setting
 542    */
 543
 544   public static boolean getDefault(String property, boolean def)
 545   {
 546     String string = getProperty(property);
 547     if (string != null)
 548     {
 549       def = Boolean.valueOf(string).booleanValue();
 550     }
 551
 552     return def;
 553   }
 554
 555   /**
 556    * These methods are used when checking if the saved preference is different
 557    * to the default setting
 558    */
 559   public static String getDefault(String property, String def)
 560   {
 561     String string = getProperty(property);
 562     if (string != null)
 563     {
 564       return string;
 565     }
 566
 567     return def;
 568   }
 569
 570   /**
 571    * Stores property in the file "HOME_DIR/.jalview_properties"
 572    *
 573    * @param key
 574    *          Name of object
 575    * @param obj
 576    *          String value of property
 577    *
 578    * @return String value of property
 579    */
 580   public static String setProperty(String key, String obj)
 581   {
 582
 583     try
 584     {
 585       applicationProperties.setProperty(key, obj);
 586       if (!propsAreReadOnly)
 587       {
 588         FileOutputStream out = new FileOutputStream(propertiesFile);
 589         applicationProperties.store(out, "---JalviewX Properties File---");
 590         out.close();
 591       }
 592     } catch (Exception ex)
 593     {
 594       System.out.println("Error setting property: " + key + " " + obj
 595               + "\n" + ex);
 596     }
 597     return obj;
 598   }
 599
 600   /**
 601    * remove the specified property from the jalview properties file
 602    *
 603    * @param string
 604    */
 605   public static void removeProperty(String string)
 606   {
 607     applicationProperties.remove(string);
 608     saveProperties();
 609   }
 610
 611   /**
 612    * save the properties to the jalview properties path
 613    */
 614   public static void saveProperties()
 615   {
 616     if (!propsAreReadOnly)
 617     {
 618       try
 619       {
 620         FileOutputStream out = new FileOutputStream(propertiesFile);
 621         applicationProperties.store(out, "---JalviewX Properties File---");
 622         out.close();
 623       } catch (Exception ex)
 624       {
 625         System.out.println("Error saving properties: " + ex);
 626       }
 627     }
 628   }
 629
 630   /**
 631    * internal vamsas class discovery state
 632    */
 633   private static int vamsasJarsArePresent = -1;
 634
 635   /**
 636    * Searches for vamsas client classes on class path.
 637    *
 638    * @return true if vamsas client is present on classpath
 639    */
 640   public static boolean vamsasJarsPresent()
 641   {
 642     if (vamsasJarsArePresent == -1)
 643     {
 644       try
 645       {
 646         if (jalview.jbgui.GDesktop.class.getClassLoader().loadClass(
 647                 "uk.ac.vamsas.client.VorbaId") != null)
 648         {
 649           jalview.bin.Cache.log
 650                   .debug("Found Vamsas Classes (uk.ac..vamsas.client.VorbaId can be loaded)");
 651           vamsasJarsArePresent = 1;
 652           Logger lvclient = Logger.getLogger("uk.ac.vamsas");
 653           lvclient.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault(
 654                   "logs.Vamsas.Level", Level.INFO.toString())));
 655
 656           lvclient.addAppender(log.getAppender("JalviewLogger"));
 657           // Tell the user that debug is enabled
 658           lvclient.debug("Jalview Vamsas Client Debugging Output Follows.");
 659         }
 660       } catch (Exception e)
 661       {
 662         vamsasJarsArePresent = 0;
 663         jalview.bin.Cache.log.debug("Vamsas Classes are not present");
 664       }
 665     }
 666     return (vamsasJarsArePresent > 0);
 667   }
 668
 669   /**
 670    * internal vamsas class discovery state
 671    */
 672   private static int groovyJarsArePresent = -1;
 673
 674   /**
 675    * Searches for vamsas client classes on class path.
 676    *
 677    * @return true if vamsas client is present on classpath
 678    */
 679   public static boolean groovyJarsPresent()
 680   {
 681     if (groovyJarsArePresent == -1)
 682     {
 683       try
 684       {
 685         if (Cache.class.getClassLoader().loadClass(
 686                 "groovy.lang.GroovyObject") != null)
 687         {
 688           jalview.bin.Cache.log
 689                   .debug("Found Groovy (groovy.lang.GroovyObject can be loaded)");
 690           groovyJarsArePresent = 1;
 691           Logger lgclient = Logger.getLogger("groovy");
 692           lgclient.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault(
 693                   "logs.Groovy.Level", Level.INFO.toString())));
 694
 695           lgclient.addAppender(log.getAppender("JalviewLogger"));
 696           // Tell the user that debug is enabled
 697           lgclient.debug("Jalview Groovy Client Debugging Output Follows.");
 698         }
 699       } catch (Error e)
 700       {
 701         groovyJarsArePresent = 0;
 702         jalview.bin.Cache.log.debug("Groovy Classes are not present", e);
 703       } catch (Exception e)
 704       {
 705         groovyJarsArePresent = 0;
 706         jalview.bin.Cache.log.debug("Groovy Classes are not present");
 707       }
 708     }
 709     return (groovyJarsArePresent > 0);
 710   }
 711
 712   /**
 713    * GA tracker object - actually JGoogleAnalyticsTracker null if tracking not
 714    * enabled.
 715    */
 716   protected static Object tracker = null;
 717
 718   protected static Class trackerfocus = null;
 719
 720   protected static Class jgoogleanalyticstracker = null;
 721
 722   /**
 723    * Initialise the google tracker if it is not done already.
 724    */
 725   public static void initGoogleTracker()
 726   {
 727     if (tracker == null)
 728     {
 729       if (jgoogleanalyticstracker == null)
 730       {
 731         // try to get the tracker class
 732         try
 733         {
 734           jgoogleanalyticstracker = Cache.class
 735                   .getClassLoader()
 736                   .loadClass(
 737                           "com.boxysystems.jgoogleanalytics.JGoogleAnalyticsTracker");
 738           trackerfocus = Cache.class.getClassLoader().loadClass(
 739                   "com.boxysystems.jgoogleanalytics.FocusPoint");
 740         } catch (Exception e)
 741         {
 742           log.debug("com.boxysystems.jgoogleanalytics package is not present - tracking not enabled.");
 743           tracker = null;
 744           jgoogleanalyticstracker = null;
 745           trackerfocus = null;
 746           return;
 747         }
 748       }
 749       // now initialise tracker
 750       Exception re = null, ex = null;
 751       Error err = null;
 752       String vrs = "No Version Accessible";
 753       try
 754       {
 755         // Google analytics tracking code for Library Finder
 756         tracker = jgoogleanalyticstracker.getConstructor(
 757                 new Class[] { String.class, String.class, String.class })
 758                 .newInstance(
 759                         new Object[] {
 760                             "Jalview Desktop",
 761                             (vrs = jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION")
 762                                     + "_"
 763                                     + jalview.bin.Cache.getDefault(
 764                                             "BUILD_DATE", "unknown")),
 765                             "UA-9060947-1" });
 766         jgoogleanalyticstracker.getMethod("trackAsynchronously",
 767                 new Class[] { trackerfocus }).invoke(
 768                 tracker,
 769                 new Object[] { trackerfocus.getConstructor(
 770                         new Class[] { String.class }).newInstance(
 771                         new Object[] { "Application Started." }) });
 772       } catch (RuntimeException e)
 773       {
 774         re = e;
 775       } catch (Exception e)
 776       {
 777         ex = e;
 778       } catch (Error e)
 779       {
 780         err = e;
 781       }
 782       if (re != null || ex != null || err != null)
 783       {
 784         if (log != null)
 785         {
 786           if (re != null)
 787           {
 788             log.debug("Caught runtime exception in googletracker init:", re);
 789           }
 790           if (ex != null)
 791           {
 792             log.warn(
 793                     "Failed to initialise GoogleTracker for Jalview Desktop with version "
 794                             + vrs, ex);
 795           }
 796           if (err != null)
 797           {
 798             log.error(
 799                     "Whilst initing GoogleTracker for Jalview Desktop version "
 800                             + vrs, err);
 801           }
 802         }
 803         else
 804         {
 805           if (re != null)
 806           {
 807             System.err
 808                     .println("Debug: Caught runtime exception in googletracker init:"
 809                             + vrs);
 810             re.printStackTrace();
 811           }
 812           if (ex != null)
 813           {
 814             System.err
 815                     .println("Warning:  Failed to initialise GoogleTracker for Jalview Desktop with version "
 816                             + vrs);
 817             ex.printStackTrace();
 818           }
 819
 820           if (err != null)
 821           {
 822             System.err
 823                     .println("ERROR: Whilst initing GoogleTracker for Jalview Desktop version "
 824                             + vrs);
 825             err.printStackTrace();
 826           }
 827         }
 828       }
 829       else
 830       {
 831         log.debug("Successfully initialised tracker.");
 832       }
 833     }
 834   }
 835
 836   /**
 837    * get the user's default colour if available
 838    *
 839    * @param property
 840    * @param defcolour
 841    * @return
 842    */
 843   public static Color getDefaultColour(String property, Color defcolour)
 844   {
 845     String colprop = getProperty(property);
 846     if (colprop == null)
 847     {
 848       return defcolour;
 849     }
 850     Color col = jalview.schemes.ColourSchemeProperty
 851             .getAWTColorFromName(colprop);
 852     if (col == null)
 853     {
 854       try
 855       {
 856         col = new jalview.schemes.UserColourScheme(colprop).findColour('A');
 857       } catch (Exception ex)
 858       {
 859         log.warn("Couldn't parse '" + colprop + "' as a colour for "
 860                 + property);
 861         col = null;
 862       }
 863     }
 864     return (col == null) ? defcolour : col;
 865   }
 866
 867   /**
 868    * store a colour as a Jalview user default property
 869    *
 870    * @param property
 871    * @param colour
 872    */
 873   public static void setColourProperty(String property, Color colour)
 874   {
 875     setProperty(property, jalview.util.Format.getHexString(colour));
 876   }
 877
 878   public static final DateFormat date_format = SimpleDateFormat
 879           .getDateTimeInstance();
 880
 881   /**
 882    * store a date in a jalview property
 883    *
 884    * @param string
 885    * @param time
 886    */
 887   public static void setDateProperty(String property, Date time)
 888   {
 889     setProperty(property, date_format.format(time));
 890   }
 891
 892   /**
 893    * read a date stored in a jalview property
 894    *
 895    * @param property
 896    * @return valid date as stored by setDateProperty, or null
 897    *
 898    */
 899   public static Date getDateProperty(String property)
 900   {
 901     String val = getProperty(property);
 902     if (val != null)
 903     {
 904       try
 905       {
 906         return date_format.parse(val);
 907       } catch (Exception ex)
 908       {
 909         System.err.println("Invalid or corrupt date in property '"
 910                 + property + "' : value was '" + val + "'");
 911       }
 912     }
 913     return null;
 914   }
 915
 916   /**
 917    * get and parse a property as an integer. send any parsing problems to
 918    * System.err
 919    *
 920    * @param property
 921    * @return null or Integer
 922    */
 923   public static Integer getIntegerProperty(String property)
 924   {
 925     String val = getProperty(property);
 926     if (val != null && (val = val.trim()).length() > 0)
 927     {
 928       try
 929       {
 930         return Integer.valueOf(val);
 931       } catch (NumberFormatException x)
 932       {
 933         System.err.println("Invalid integer in property '" + property
 934                 + "' (value was '" + val + "')");
 935       }
 936     }
 937     return null;
 938   }
 939
 940   private static DasSourceRegistryI sourceRegistry = null;
 941
 942   /**
 943    * initialise and ..
 944    *
 945    * @return instance of the das source registry
 946    */
 947   public static DasSourceRegistryI getDasSourceRegistry()
 948   {
 949     if (sourceRegistry == null)
 950     {
 951       sourceRegistry = new DasSourceRegistry();
 952     }
 953     return sourceRegistry;
 954   }
 955
 956   /**
 957    * Set the specified value, or remove it if null or empty. Does not save the
 958    * properties file.
 959    *
 960    * @param propName
 961    * @param value
 962    */
 963   public static void setOrRemove(String propName, String value)
 964   {
 965     if (propName == null)
 966     {
 967       return;
 968     }
 969     if (value == null || value.trim().length() < 1)
 970     {
 971       Cache.applicationProperties.remove(propName);
 972     }
 973     else
 974     {
 975       Cache.applicationProperties.setProperty(propName, value);
 976     }
 977   }
 978 }