src/jalview/bin/Cache.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.bin;
  22
  23 import jalview.ws.dbsources.das.api.DasSourceRegistryI;
  24 import jalview.ws.dbsources.das.datamodel.DasSourceRegistry;
  25
  26 import java.awt.Color;
  27 import java.io.BufferedReader;
  28 import java.io.File;
  29 import java.io.FileInputStream;
  30 import java.io.FileOutputStream;
  31 import java.io.InputStream;
  32 import java.io.InputStreamReader;
  33 import java.text.DateFormat;
  34 import java.text.SimpleDateFormat;
  35 import java.util.Collections;
  36 import java.util.Date;
  37 import java.util.Enumeration;
  38 import java.util.Properties;
  39 import java.util.TreeSet;
  40
  41 import org.apache.log4j.ConsoleAppender;
  42 import org.apache.log4j.Level;
  43 import org.apache.log4j.Logger;
  44 import org.apache.log4j.SimpleLayout;
  45
  46 /**
  47  * Stores and retrieves Jalview Application Properties Lists and fields within
  48  * list entries are separated by '|' symbols unless otherwise stated (|) clauses
  49  * are alternative values for a tag. <br>
  50  * <br>
  51  * Current properties include:
  52  * <ul>
  53  * <br>
  54  * logs.Axis.Level - one of the stringified Levels for log4j controlling the
  55  * logging level for axis (used for web services) <br>
  56  * </li>
  57  * <li>logs.Castor.Level - one of the stringified Levels for log4j controlling
  58  * the logging level for castor (used for serialization) <br>
  59  * </li>
  60  * <li>logs.Jalview.Level - Cache.log stringified level. <br>
  61  * </li>
  62  * <li>SCREEN_WIDTH</li>
  63  * <li>SCREEN_HEIGHT</li>
  64  * <li>SCREEN_Y=285</li>
  65  * <li>SCREEN_X=371</li>
  66  * <li>SHOW_FULLSCREEN boolean</li>
  67  * <li>FONT_NAME java font name for alignment text display</li>
  68  * <li>FONT_SIZE size of displayed alignment text</li>
  69  * <li>FONT_STYLE style of font displayed (sequence labels are always italic)</li>
  70  * <li>GAP_SYMBOL character to treat as gap symbol (usually -,.,' ')</li>
  71  * <li>LAST_DIRECTORY last directory for browsing alignment</li>
  72  * <li>USER_DEFINED_COLOURS list of user defined colour scheme files</li>
  73  * <li>SHOW_FULL_ID show id with '/start-end' numbers appended</li>
  74  * <li>SHOW_IDENTITY show percentage identity annotation</li>
  75  * <li>SHOW_QUALITY show alignment quality annotation</li>
  76  * <li>SHOW_ANNOTATIONS show alignment annotation rows</li>
  77  * <li>SHOW_CONSERVATION show alignment conservation annotation</li>
  78  * <li>SORT_ANNOTATIONS currently either SEQUENCE_AND_LABEL or
  79  * LABEL_AND_SEQUENCE</li>
  80  * <li>SHOW_AUTOCALC_ABOVE true to show autocalculated annotations above
  81  * sequence annotations</li>
  82  * <li>CENTRE_COLUMN_LABELS centre the labels at each column in a displayed
  83  * annotation row</li>
  84  * <li>DEFAULT_COLOUR default colour scheme to apply for a new alignment</li>
  85  * <li>DEFAULT_FILE_FORMAT file format used to save</li>
  86  * <li>STARTUP_FILE file loaded on startup (may be a fully qualified url)</li>
  87  * <li>SHOW_STARTUP_FILE flag to control loading of startup file</li>
  88  * <li>VERSION the version of the jalview build</li>
  89  * <li>BUILD_DATE date of this build</li>
  90  * <li>LATEST_VERSION the latest jalview version advertised on the
  91  * www.jalview.org</li>
  92  * <li>PIR_MODELLER boolean indicating if PIR files are written with MODELLER
  93  * descriptions</li>
  94  * <li>(FASTA,MSF,PILEUP,CLUSTAL,BLC,PIR,PFAM)_JVSUFFIX boolean for adding jv
  95  * suffix to file</li>
  96  * <li>RECENT_URL list of recently retrieved URLs</li>
  97  * <li>RECENT_FILE list of recently opened files</li>
  98  * <li>USE_PROXY flag for whether a http proxy is to be used</li>
  99  * <li>PROXY_SERVER the proxy</li>
 100  * <li>PROXY_PORT</li>
 101  * <li>NOQUESTIONNAIRES true to prevent jalview from checking the questionnaire
 102  * service</li>
 103  * <li>QUESTIONNAIRE last questionnaire:responder id string from questionnaire
 104  * service</li>
 105  * <li>USAGESTATS (false - user prompted) Enable google analytics tracker for
 106  * collecting usage statistics</li>
 107  * <li>DAS_LOCAL_SOURCE list of local das sources</li>
 108  * <li>SHOW_OVERVIEW boolean for overview window display</li>
 109  * <li>ANTI_ALIAS boolean for smooth fonts</li>
 110  * <li>RIGHT_ALIGN_IDS boolean</li>
 111  * <li>AUTO_CALC_CONSENSUS boolean for automatic recalculation of consensus</li>
 112  * <li>PAD_GAPS boolean</li>
 113  * <li>ID_ITALICS boolean</li>
 114  * <li>SHOW_JV_SUFFIX</li>
 115  * <li>WRAP_ALIGNMENT</li>
 116  * <li>EPS_RENDERING (Prompt each time|Lineart|Text) default for EPS rendering
 117  * style check</li>
 118  * <li>SORT_ALIGNMENT (No sort|Id|Pairwise Identity)</li>
 119  * <li>SEQUENCE_LINKS list of name|URL pairs for opening a url with
 120  * $SEQUENCE_ID$</li>
 121  * <li>GROUP_LINKS list of name|URL[|&lt;separator&gt;] tuples - see
 122  * jalview.utils.GroupURLLink for more info</li>
 123  * <li>DAS_REGISTRY_URL the registry to query</li>
 124  * <li>DEFAULT_BROWSER for unix</li>
 125  * <li>DAS_ACTIVE_SOURCE list of active sources</li>
 126  * <li>SHOW_MEMUSAGE boolean show memory usage and warning indicator on desktop
 127  * (false)</li>
 128  * <li>VERSION_CHECK (true) check for the latest release version from
 129  * www.jalview.org (or the alias given by the www.jalview.org property)</li>
 130  * <li>SHOW_NPFEATS_TOOLTIP (true) show non-positional features in the Sequence
 131  * ID tooltip</li>
 132  * <li>SHOW_DBREFS_TOOLTIP (true) show Database Cross References in the Sequence
 133  * ID tooltip</li>
 134  * <li>SHOW_UNCONSERVED (false) only render unconserved residues - conserved
 135  * displayed as '.'</li>
 136  * <li>SORT_BY_TREE (false) sort the current alignment view according to the
 137  * order of a newly displayed tree</li>
 138  * <li>DBFETCH_USEPICR (false) use PICR to recover valid DB references from
 139  * sequence ID strings before attempting retrieval from any datasource</li>
 140  * <li>SHOW_GROUP_CONSENSUS (false) Show consensus annotation for groups in the
 141  * alignment.</li>
 142  * <li>SHOW_GROUP_CONSERVATION (false) Show conservation annotation for groups
 143  * in the alignment.</li>
 144  * <li>SHOW_CONSENSUS_HISTOGRAM (false) Show consensus annotation row's
 145  * histogram.</li>
 146  * <li>SHOW_CONSENSUS_LOGO (false) Show consensus annotation row's sequence
 147  * logo.</li>
 148  * <li>NORMALISE_CONSENSUS_LOGO (false) Show consensus annotation row's sequence
 149  * logo normalised to row height rather than histogram height.</li>
 150  * <li>FOLLOW_SELECTIONS (true) Controls whether a new alignment view should
 151  * respond to selections made in other alignments containing the same sequences.
 152  * </li>
 153  * <li>JWS2HOSTURLS comma-separated list of URLs to try for JABAWS services</li>
 154  * <li>SHOW_WSDISCOVERY_ERRORS (true) Controls if the web service URL discovery
 155  * warning dialog box is displayed.</li>
 156  * <li>ANNOTATIONCOLOUR_MIN (orange) Shade used for minimum value of annotation
 157  * when shading by annotation</li>
 158  * <li>ANNOTATIONCOLOUR_MAX (red) Shade used for maximum value of annotation
 159  * when shading by annotation</li>
 160  * <li>www.jalview.org (http://www.jalview.org) a property enabling all HTTP
 161  * requests to be redirected to a mirror of http://www.jalview.org</li>
 162  * <li>FIGURE_AUTOIDWIDTH (false) Expand the left hand column of an exported
 163  * alignment figure to accommodate even the longest sequence ID or annotation
 164  * label.</li>
 165  * <li>FIGURE_FIXEDIDWIDTH Specifies the width to use for the left-hand column
 166  * when exporting an alignment as a figure (setting FIGURE_AUTOIDWIDTH to true
 167  * will override this).</li>
 168  * <li>STRUCT_FROM_PDB (false) derive secondary structure annotation from PDB
 169  * record</li>
 170  * <li>USE_RNAVIEW (false) use RNAViewer to derive secondary structure</li>
 171  * <li>ADD_SS_ANN (false) add secondary structure annotation to alignment
 172  * display</li>
 173  * <li>ADD_TEMPFACT_ANN (false) add Temperature Factor annotation to alignment
 174  * display</li>
 175  * <li>STRUCTURE_DISPLAY choose from JMOL (default) or CHIMERA for 3D structure
 176  * display</li>
 177  * <li>CHIMERA_PATH specify full path to Chimera program (if non-standard)</li>
 178  *
 179  * </ul>
 180  * Deprecated settings:
 181  * <ul>
 182  * *
 183  * <li>DISCOVERY_START - Boolean - controls if discovery services are queried on
 184  * startup (JWS1 services only)</li>
 185  * <li>DISCOVERY_URLS - comma separated list of Discovery Service endpoints.
 186  * (JWS1 services only)</li>
 187  * <li>SHOW_JWS1_SERVICES (true) enable or disable the original Jalview 2
 188  * services in the desktop GUI</li>
 189  * <li>ENABLE_RSBS_EDITOR (false for 2.7 release) enable or disable RSBS editing
 190  * panel in web service preferences</li>
 191  * </ul>
 192  *
 193  * @author $author$
 194  * @version $Revision$
 195  */
 196 public class Cache
 197 {
 198   /**
 199    * property giving log4j level for CASTOR loggers
 200    */
 201   public static final String CASTORLOGLEVEL = "logs.Castor.level";
 202
 203   /**
 204    * property giving log4j level for AXIS loggers
 205    */
 206   public static final String AXISLOGLEVEL = "logs.Axis.level";
 207
 208   /**
 209    * property giving log4j level for Jalview Log
 210    */
 211   public static final String JALVIEWLOGLEVEL = "logs.Jalview.level";
 212
 213   public static final String DAS_LOCAL_SOURCE = "DAS_LOCAL_SOURCE";
 214
 215   public static final String DAS_REGISTRY_URL = "DAS_REGISTRY_URL";
 216
 217   public static final String DAS_ACTIVE_SOURCE = "DAS_ACTIVE_SOURCE";
 218
 219   /**
 220    * Initialises the Jalview Application Log
 221    */
 222   public static Logger log;
 223
 224   /** Jalview Properties */
 225   public static Properties applicationProperties = new Properties() {
 226     // override results in properties output in alphabetical order
 227     @Override
 228     public synchronized Enumeration<Object> keys() {
 229         return Collections.enumeration(new TreeSet<Object>(super.keySet()));
 230     }
 231   };
 232
 233   /** Default file is ~/.jalview_properties */
 234   static String propertiesFile;
 235
 236   private static boolean propsAreReadOnly = false;
 237
 238   public static void initLogger()
 239   {
 240     if (log != null)
 241     {
 242       return;
 243     }
 244     try
 245     {
 246       // TODO: redirect stdout and stderr here in order to grab the output of
 247       // the log
 248
 249       ConsoleAppender ap = new ConsoleAppender(new SimpleLayout(),
 250               "System.err");
 251       ap.setName("JalviewLogger");
 252       org.apache.log4j.Logger.getRootLogger().addAppender(ap); // catch all for
 253       // log output
 254       Logger laxis = Logger.getLogger("org.apache.axis");
 255       Logger lcastor = Logger.getLogger("org.exolab.castor");
 256       jalview.bin.Cache.log = Logger.getLogger("jalview.bin.Jalview");
 257
 258       laxis.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault("logs.Axis.Level",
 259               Level.INFO.toString())));
 260       lcastor.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault("logs.Castor.Level",
 261               Level.INFO.toString())));
 262       lcastor = Logger.getLogger("org.exolab.castor.xml");
 263       lcastor.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault("logs.Castor.Level",
 264               Level.INFO.toString())));
 265       // lcastor = Logger.getLogger("org.exolab.castor.xml.Marshaller");
 266       // lcastor.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault("logs.Castor.Level",
 267       // Level.INFO.toString())));
 268       jalview.bin.Cache.log.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault(
 269               "logs.Jalview.level", Level.INFO.toString())));
 270       // laxis.addAppender(ap);
 271       // lcastor.addAppender(ap);
 272       // jalview.bin.Cache.log.addAppender(ap);
 273       // Tell the user that debug is enabled
 274       jalview.bin.Cache.log.debug("Jalview Debugging Output Follows.");
 275     } catch (Exception ex)
 276     {
 277       System.err.println("Problems initializing the log4j system\n");
 278       ex.printStackTrace(System.err);
 279     }
 280   }
 281
 282   /** Called when Jalview is started */
 283   public static void loadProperties(String propsFile)
 284   {
 285     propertiesFile = propsFile;
 286     if (propsFile == null)
 287     {
 288       propertiesFile = System.getProperty("user.home") + File.separatorChar
 289               + ".jalview_properties";
 290     }
 291     else
 292     {
 293       // don't corrupt the file we've been given.
 294       propsAreReadOnly = true;
 295     }
 296
 297     try
 298     {
 299       InputStream fis;
 300       try
 301       {
 302         fis = new java.net.URL(propertiesFile).openStream();
 303         System.out.println("Loading jalview properties from : "
 304                 + propertiesFile);
 305         System.out
 306                 .println("Disabling Jalview writing to user's local properties file.");
 307         propsAreReadOnly = true;
 308
 309       } catch (Exception ex)
 310       {
 311         fis = null;
 312       }
 313       if (fis == null)
 314       {
 315         fis = new FileInputStream(propertiesFile);
 316       }
 317       applicationProperties.load(fis);
 318
 319       // remove any old build properties
 320
 321       deleteBuildProperties();
 322       fis.close();
 323     } catch (Exception ex)
 324     {
 325       System.out.println("Error reading properties file: " + ex);
 326     }
 327
 328     if (getDefault("USE_PROXY", false))
 329     {
 330       String proxyServer = getDefault("PROXY_SERVER", ""), proxyPort = getDefault(
 331               "PROXY_PORT", "8080");
 332
 333       System.out.println("Using proxyServer: " + proxyServer
 334               + " proxyPort: " + proxyPort);
 335
 336       System.setProperty("http.proxyHost", proxyServer);
 337       System.setProperty("http.proxyPort", proxyPort);
 338     }
 339
 340     // LOAD THE AUTHORS FROM THE authors.props file
 341     try
 342     {
 343       String authorDetails = "jar:".concat(Cache.class
 344               .getProtectionDomain().getCodeSource().getLocation()
 345               .toString().concat("!/authors.props"));
 346
 347       java.net.URL localJarFileURL = new java.net.URL(authorDetails);
 348
 349       InputStream in = localJarFileURL.openStream();
 350       applicationProperties.load(in);
 351       in.close();
 352     } catch (Exception ex)
 353     {
 354       System.out.println("Error reading author details: " + ex);
 355       applicationProperties.remove("AUTHORS");
 356       applicationProperties.remove("AUTHORFNAMES");
 357       applicationProperties.remove("YEAR");
 358     }
 359
 360     // FIND THE VERSION NUMBER AND BUILD DATE FROM jalview.jar
 361     // MUST FOLLOW READING OF LOCAL PROPERTIES FILE AS THE
 362     // VERSION MAY HAVE CHANGED SINCE LAST USING JALVIEW
 363     try
 364     {
 365       String buildDetails = "jar:".concat(Cache.class.getProtectionDomain()
 366               .getCodeSource().getLocation().toString()
 367               .concat("!/.build_properties"));
 368
 369       java.net.URL localJarFileURL = new java.net.URL(buildDetails);
 370
 371       InputStream in = localJarFileURL.openStream();
 372       applicationProperties.load(in);
 373       in.close();
 374     } catch (Exception ex)
 375     {
 376       System.out.println("Error reading build details: " + ex);
 377       applicationProperties.remove("VERSION");
 378     }
 379
 380     String jnlpVersion = System.getProperty("jalview.version");
 381     String codeVersion = getProperty("VERSION");
 382
 383     if (codeVersion == null)
 384     {
 385       // THIS SHOULD ONLY BE THE CASE WHEN TESTING!!
 386       codeVersion = "Test";
 387       jnlpVersion = "Test";
 388     }
 389
 390     System.out.println("Jalview Version: " + codeVersion);
 391
 392     // jnlpVersion will be null if we're using InstallAnywhere
 393     // Dont do this check if running in headless mode
 394     if (jnlpVersion == null
 395             && getDefault("VERSION_CHECK", true)
 396             && (System.getProperty("java.awt.headless") == null || System
 397                     .getProperty("java.awt.headless").equals("false")))
 398     {
 399
 400       class VersionChecker extends Thread
 401       {
 402         public void run()
 403         {
 404           String orgtimeout = System
 405                   .getProperty("sun.net.client.defaultConnectTimeout");
 406           if (orgtimeout == null)
 407           {
 408             orgtimeout = "30";
 409             System.out.println("# INFO: Setting default net timeout to "
 410                     + orgtimeout + " seconds.");
 411           }
 412           String jnlpVersion = null;
 413           try
 414           {
 415             System.setProperty("sun.net.client.defaultConnectTimeout",
 416                     "5000");
 417             java.net.URL url = new java.net.URL(Cache.getDefault(
 418                     "www.jalview.org", "http://www.jalview.org")
 419                     + "/webstart/jalview.jnlp");
 420             BufferedReader in = new BufferedReader(new InputStreamReader(
 421                     url.openStream()));
 422             String line = null;
 423             while ((line = in.readLine()) != null)
 424             {
 425               if (line.indexOf("jalview.version") == -1)
 426               {
 427                 continue;
 428               }
 429
 430               line = line.substring(line.indexOf("value=") + 7);
 431               line = line.substring(0, line.lastIndexOf("\""));
 432               jnlpVersion = line;
 433               break;
 434             }
 435           } catch (Exception ex)
 436           {
 437             System.out
 438                     .println("Non-fatal exceptions when checking version at www.jalview.org :");
 439             System.out.println(ex);
 440             jnlpVersion = getProperty("VERSION");
 441           }
 442           System.setProperty("sun.net.client.defaultConnectTimeout",
 443                   orgtimeout);
 444
 445           setProperty("LATEST_VERSION", jnlpVersion);
 446         }
 447       }
 448
 449       VersionChecker vc = new VersionChecker();
 450       vc.start();
 451     }
 452     else
 453     {
 454       if (jnlpVersion != null)
 455       {
 456         setProperty("LATEST_VERSION", jnlpVersion);
 457       }
 458       else
 459       {
 460         applicationProperties.remove("LATEST_VERSION");
 461       }
 462     }
 463
 464     setProperty("VERSION", codeVersion);
 465
 466     // LOAD USERDEFINED COLOURS
 467     jalview.gui.UserDefinedColours
 468             .initUserColourSchemes(getProperty("USER_DEFINED_COLOURS"));
 469     jalview.io.PIRFile.useModellerOutput = Cache.getDefault("PIR_MODELLER",
 470             false);
 471   }
 472
 473   private static void deleteBuildProperties()
 474   {
 475     applicationProperties.remove("LATEST_VERSION");
 476     applicationProperties.remove("VERSION");
 477     applicationProperties.remove("AUTHORS");
 478     applicationProperties.remove("AUTHORFNAMES");
 479     applicationProperties.remove("YEAR");
 480     applicationProperties.remove("BUILD_DATE");
 481     applicationProperties.remove("INSTALLATION");
 482   }
 483
 484   /**
 485    * Gets Jalview application property of given key. Returns null if key not
 486    * found
 487    *
 488    * @param key
 489    *          Name of property
 490    *
 491    * @return Property value
 492    */
 493   public static String getProperty(String key)
 494   {
 495     return applicationProperties.getProperty(key);
 496   }
 497
 498   /**
 499    * These methods are used when checking if the saved preference is different
 500    * to the default setting
 501    */
 502
 503   public static boolean getDefault(String property, boolean def)
 504   {
 505     String string = getProperty(property);
 506     if (string != null)
 507     {
 508       def = Boolean.valueOf(string).booleanValue();
 509     }
 510
 511     return def;
 512   }
 513
 514   /**
 515    * These methods are used when checking if the saved preference is different
 516    * to the default setting
 517    */
 518   public static String getDefault(String property, String def)
 519   {
 520     String string = getProperty(property);
 521     if (string != null)
 522     {
 523       return string;
 524     }
 525
 526     return def;
 527   }
 528
 529   /**
 530    * Stores property in the file "HOME_DIR/.jalview_properties"
 531    *
 532    * @param key
 533    *          Name of object
 534    * @param obj
 535    *          String value of property
 536    *
 537    * @return String value of property
 538    */
 539   public static String setProperty(String key, String obj)
 540   {
 541
 542     try
 543     {
 544       applicationProperties.setProperty(key, obj);
 545       if (!propsAreReadOnly)
 546       {
 547         FileOutputStream out = new FileOutputStream(propertiesFile);
 548         applicationProperties.store(out, "---JalviewX Properties File---");
 549         out.close();
 550       }
 551     } catch (Exception ex)
 552     {
 553       System.out.println("Error setting property: " + key + " " + obj
 554               + "\n" + ex);
 555     }
 556     return obj;
 557   }
 558
 559   /**
 560    * remove the specified property from the jalview properties file
 561    *
 562    * @param string
 563    */
 564   public static void removeProperty(String string)
 565   {
 566     applicationProperties.remove(string);
 567     saveProperties();
 568   }
 569
 570   /**
 571    * save the properties to the jalview properties path
 572    */
 573   public static void saveProperties()
 574   {
 575     if (!propsAreReadOnly)
 576     {
 577       try
 578       {
 579         FileOutputStream out = new FileOutputStream(propertiesFile);
 580         applicationProperties.store(out, "---JalviewX Properties File---");
 581         out.close();
 582       } catch (Exception ex)
 583       {
 584         System.out.println("Error saving properties: " + ex);
 585       }
 586     }
 587   }
 588
 589   /**
 590    * internal vamsas class discovery state
 591    */
 592   private static int vamsasJarsArePresent = -1;
 593
 594   /**
 595    * Searches for vamsas client classes on class path.
 596    *
 597    * @return true if vamsas client is present on classpath
 598    */
 599   public static boolean vamsasJarsPresent()
 600   {
 601     if (vamsasJarsArePresent == -1)
 602     {
 603       try
 604       {
 605         if (jalview.jbgui.GDesktop.class.getClassLoader().loadClass(
 606                 "uk.ac.vamsas.client.VorbaId") != null)
 607         {
 608           jalview.bin.Cache.log
 609                   .debug("Found Vamsas Classes (uk.ac..vamsas.client.VorbaId can be loaded)");
 610           vamsasJarsArePresent = 1;
 611           Logger lvclient = Logger.getLogger("uk.ac.vamsas");
 612           lvclient.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault(
 613                   "logs.Vamsas.Level", Level.INFO.toString())));
 614
 615           lvclient.addAppender(log.getAppender("JalviewLogger"));
 616           // Tell the user that debug is enabled
 617           lvclient.debug("Jalview Vamsas Client Debugging Output Follows.");
 618         }
 619       } catch (Exception e)
 620       {
 621         vamsasJarsArePresent = 0;
 622         jalview.bin.Cache.log.debug("Vamsas Classes are not present");
 623       }
 624     }
 625     return (vamsasJarsArePresent > 0);
 626   }
 627
 628   /**
 629    * internal vamsas class discovery state
 630    */
 631   private static int groovyJarsArePresent = -1;
 632
 633   /**
 634    * Searches for vamsas client classes on class path.
 635    *
 636    * @return true if vamsas client is present on classpath
 637    */
 638   public static boolean groovyJarsPresent()
 639   {
 640     if (groovyJarsArePresent == -1)
 641     {
 642       try
 643       {
 644         if (Cache.class.getClassLoader().loadClass(
 645                 "groovy.lang.GroovyObject") != null)
 646         {
 647           jalview.bin.Cache.log
 648                   .debug("Found Groovy (groovy.lang.GroovyObject can be loaded)");
 649           groovyJarsArePresent = 1;
 650           Logger lgclient = Logger.getLogger("groovy");
 651           lgclient.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault(
 652                   "logs.Groovy.Level", Level.INFO.toString())));
 653
 654           lgclient.addAppender(log.getAppender("JalviewLogger"));
 655           // Tell the user that debug is enabled
 656           lgclient.debug("Jalview Groovy Client Debugging Output Follows.");
 657         }
 658       } catch (Error e)
 659       {
 660         groovyJarsArePresent = 0;
 661         jalview.bin.Cache.log.debug("Groovy Classes are not present", e);
 662       } catch (Exception e)
 663       {
 664         groovyJarsArePresent = 0;
 665         jalview.bin.Cache.log.debug("Groovy Classes are not present");
 666       }
 667     }
 668     return (groovyJarsArePresent > 0);
 669   }
 670
 671   /**
 672    * GA tracker object - actually JGoogleAnalyticsTracker null if tracking not
 673    * enabled.
 674    */
 675   protected static Object tracker = null;
 676
 677   protected static Class trackerfocus = null;
 678
 679   protected static Class jgoogleanalyticstracker = null;
 680
 681   /**
 682    * Initialise the google tracker if it is not done already.
 683    */
 684   public static void initGoogleTracker()
 685   {
 686     if (tracker == null)
 687     {
 688       if (jgoogleanalyticstracker == null)
 689       {
 690         // try to get the tracker class
 691         try
 692         {
 693           jgoogleanalyticstracker = Cache.class
 694                   .getClassLoader()
 695                   .loadClass(
 696                           "com.boxysystems.jgoogleanalytics.JGoogleAnalyticsTracker");
 697           trackerfocus = Cache.class.getClassLoader().loadClass(
 698                   "com.boxysystems.jgoogleanalytics.FocusPoint");
 699         } catch (Exception e)
 700         {
 701           log.debug("com.boxysystems.jgoogleanalytics package is not present - tracking not enabled.");
 702           tracker = null;
 703           jgoogleanalyticstracker = null;
 704           trackerfocus = null;
 705           return;
 706         }
 707       }
 708       // now initialise tracker
 709       Exception re = null, ex = null;
 710       Error err = null;
 711       String vrs = "No Version Accessible";
 712       try
 713       {
 714         // Google analytics tracking code for Library Finder
 715         tracker = jgoogleanalyticstracker.getConstructor(new Class[]
 716         { String.class, String.class, String.class }).newInstance(
 717                 new Object[]
 718                 {
 719                     "Jalview Desktop",
 720                     (vrs = jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION")
 721                             + "_"
 722                             + jalview.bin.Cache.getDefault("BUILD_DATE",
 723                                     "unknown")), "UA-9060947-1" });
 724         jgoogleanalyticstracker.getMethod("trackAsynchronously",
 725                 new Class[]
 726                 { trackerfocus }).invoke(tracker, new Object[]
 727         { trackerfocus.getConstructor(new Class[]
 728         { String.class }).newInstance(new Object[]
 729         { "Application Started." }) });
 730       } catch (RuntimeException e)
 731       {
 732         re = e;
 733       } catch (Exception e)
 734       {
 735         ex = e;
 736       } catch (Error e)
 737       {
 738         err = e;
 739       }
 740       if (re != null || ex != null || err != null)
 741       {
 742         if (log != null)
 743         {
 744           if (re != null)
 745           {
 746             log.debug("Caught runtime exception in googletracker init:", re);
 747           }
 748           if (ex != null)
 749           {
 750             log.warn(
 751                     "Failed to initialise GoogleTracker for Jalview Desktop with version "
 752                             + vrs, ex);
 753           }
 754           if (err != null)
 755           {
 756             log.error(
 757                     "Whilst initing GoogleTracker for Jalview Desktop version "
 758                             + vrs, err);
 759           }
 760         }
 761         else
 762         {
 763           if (re != null)
 764           {
 765             System.err
 766                     .println("Debug: Caught runtime exception in googletracker init:"
 767                             + vrs);
 768             re.printStackTrace();
 769           }
 770           if (ex != null)
 771           {
 772             System.err
 773                     .println("Warning:  Failed to initialise GoogleTracker for Jalview Desktop with version "
 774                             + vrs);
 775             ex.printStackTrace();
 776           }
 777
 778           if (err != null)
 779           {
 780             System.err
 781                     .println("ERROR: Whilst initing GoogleTracker for Jalview Desktop version "
 782                             + vrs);
 783             err.printStackTrace();
 784           }
 785         }
 786       }
 787       else
 788       {
 789         log.debug("Successfully initialised tracker.");
 790       }
 791     }
 792   }
 793
 794   /**
 795    * get the user's default colour if available
 796    *
 797    * @param property
 798    * @param defcolour
 799    * @return
 800    */
 801   public static Color getDefaultColour(String property, Color defcolour)
 802   {
 803     String colprop = getProperty(property);
 804     if (colprop == null)
 805     {
 806       return defcolour;
 807     }
 808     Color col = jalview.schemes.ColourSchemeProperty
 809             .getAWTColorFromName(colprop);
 810     if (col == null)
 811     {
 812       try
 813       {
 814         col = new jalview.schemes.UserColourScheme(colprop).findColour('A');
 815       } catch (Exception ex)
 816       {
 817         log.warn("Couldn't parse '" + colprop + "' as a colour for "
 818                 + property);
 819         col = null;
 820       }
 821     }
 822     return (col == null) ? defcolour : col;
 823   }
 824
 825   /**
 826    * store a colour as a Jalview user default property
 827    *
 828    * @param property
 829    * @param colour
 830    */
 831   public static void setColourProperty(String property, Color colour)
 832   {
 833     setProperty(property, jalview.util.Format.getHexString(colour));
 834   }
 835
 836   public static final DateFormat date_format = SimpleDateFormat
 837           .getDateTimeInstance();
 838
 839   /**
 840    * store a date in a jalview property
 841    *
 842    * @param string
 843    * @param time
 844    */
 845   public static void setDateProperty(String property, Date time)
 846   {
 847     setProperty(property, date_format.format(time));
 848   }
 849
 850   /**
 851    * read a date stored in a jalview property
 852    *
 853    * @param property
 854    * @return valid date as stored by setDateProperty, or null
 855    *
 856    */
 857   public static Date getDateProperty(String property)
 858   {
 859     String val = getProperty(property);
 860     if (val != null)
 861     {
 862       try
 863       {
 864         return date_format.parse(val);
 865       } catch (Exception ex)
 866       {
 867         System.err.println("Invalid or corrupt date in property '"
 868                 + property + "' : value was '" + val + "'");
 869       }
 870     }
 871     return null;
 872   }
 873
 874   /**
 875    * get and parse a property as an integer. send any parsing problems to
 876    * System.err
 877    *
 878    * @param property
 879    * @return null or Integer
 880    */
 881   public static Integer getIntegerProperty(String property)
 882   {
 883     String val = getProperty(property);
 884     if (val != null && (val = val.trim()).length() > 0)
 885     {
 886       try
 887       {
 888         return Integer.valueOf(val);
 889       } catch (NumberFormatException x)
 890       {
 891         System.err.println("Invalid integer in property '" + property
 892                 + "' (value was '" + val + "')");
 893       }
 894     }
 895     return null;
 896   }
 897
 898   private static DasSourceRegistryI sourceRegistry = null;
 899
 900   /**
 901    * initialise and ..
 902    *
 903    * @return instance of the das source registry
 904    */
 905   public static DasSourceRegistryI getDasSourceRegistry()
 906   {
 907     if (sourceRegistry == null)
 908     {
 909       sourceRegistry = new DasSourceRegistry();
 910     }
 911     return sourceRegistry;
 912   }
 913
 914   /**
 915    * Set the specified value, or remove it if null or empty. Does not save the
 916    * properties file.
 917    *
 918    * @param propName
 919    * @param value
 920    */
 921   public static void setOrRemove(String propName, String value)
 922   {
 923     if (propName == null)
 924     {
 925       return;
 926     }
 927     if (value == null || value.trim().length() < 1)
 928     {
 929       Cache.applicationProperties.remove(propName);
 930     }
 931     else
 932     {
 933       Cache.applicationProperties.setProperty(propName, value);
 934     }
 935   }
 936 }