src/jalview/bin/Cache.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
   3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.bin;
  19
  20 import jalview.ws.dbsources.das.api.DasSourceRegistryI;
  21 import jalview.ws.dbsources.das.datamodel.DasSourceRegistry;
  22
  23 import java.awt.Color;
  24 import java.io.*;
  25 import java.text.DateFormat;
  26 import java.text.SimpleDateFormat;
  27 import java.util.*;
  28
  29 import org.apache.log4j.*;
  30
  31 /**
  32  * Stores and retrieves Jalview Application Properties Lists and fields within
  33  * list entries are separated by '|' symbols unless otherwise stated (|) clauses
  34  * are alternative values for a tag. <br>
  35  * <br>
  36  * Current properties include:
  37  * <ul>
  38  * <br>
  39  * logs.Axis.Level - one of the stringified Levels for log4j controlling the
  40  * logging level for axis (used for web services) <br>
  41  * </li>
  42  * <li>logs.Castor.Level - one of the stringified Levels for log4j controlling
  43  * the logging level for castor (used for serialization) <br>
  44  * </li>
  45  * <li>logs.Jalview.Level - Cache.log stringified level. <br>
  46  * </li>
  47  * <li>SCREEN_WIDTH</li>
  48  * <li>SCREEN_HEIGHT</li>
  49  * <li>SCREEN_Y=285</li>
  50  * <li>SCREEN_X=371</li>
  51  * <li>SHOW_FULLSCREEN boolean</li>
  52  * <li>FONT_NAME java font name for alignment text display</li>
  53  * <li>FONT_SIZE size of displayed alignment text</li>
  54  * <li>FONT_STYLE style of font displayed (sequence labels are always italic)</li>
  55  * <li>GAP_SYMBOL character to treat as gap symbol (usually -,.,' ')</li>
  56  * <li>LAST_DIRECTORY last directory for browsing alignment</li>
  57  * <li>USER_DEFINED_COLOURS list of user defined colour scheme files</li>
  58  * <li>SHOW_FULL_ID show id with '/start-end' numbers appended</li>
  59  * <li>SHOW_IDENTITY show percentage identity annotation</li>
  60  * <li>SHOW_QUALITY show alignment quality annotation</li>
  61  * <li>SHOW_ANNOTATIONS show alignment annotation rows</li>
  62  * <li>SHOW_CONSERVATION show alignment conservation annotation</li>
  63  * <li>CENTRE_COLUMN_LABELS centre the labels at each column in a displayed
  64  * annotation row</li>
  65  * <li>DEFAULT_COLOUR default colour scheme to apply for a new alignment</li>
  66  * <li>DEFAULT_FILE_FORMAT file format used to save</li>
  67  * <li>STARTUP_FILE file loaded on startup (may be a fully qualified url)</li>
  68  * <li>SHOW_STARTUP_FILE flag to control loading of startup file</li>
  69  * <li>VERSION the version of the jalview build</li>
  70  * <li>BUILD_DATE date of this build</li>
  71  * <li>LATEST_VERSION the latest jalview version advertised on the
  72  * www.jalview.org</li>
  73  * <li>PIR_MODELLER boolean indicating if PIR files are written with MODELLER
  74  * descriptions</li>
  75  * <li>(FASTA,MSF,PILEUP,CLUSTAL,BLC,PIR,PFAM)_JVSUFFIX boolean for adding jv
  76  * suffix to file</li>
  77  * <li>RECENT_URL list of recently retrieved URLs</li>
  78  * <li>RECENT_FILE list of recently opened files</li>
  79  * <li>USE_PROXY flag for whether a http proxy is to be used</li>
  80  * <li>PROXY_SERVER the proxy</li>
  81  * <li>PROXY_PORT</li>
  82  * <li>NOQUESTIONNAIRES true to prevent jalview from checking the questionnaire
  83  * service</li>
  84  * <li>QUESTIONNAIRE last questionnaire:responder id string from questionnaire
  85  * service</li>
  86  * <li>USAGESTATS (false - user prompted) Enable google analytics tracker for
  87  * collecting usage statistics</li>
  88  * <li>DAS_LOCAL_SOURCE list of local das sources</li>
  89  * <li>SHOW_OVERVIEW boolean for overview window display</li>
  90  * <li>ANTI_ALIAS boolean for smooth fonts</li>
  91  * <li>RIGHT_ALIGN_IDS boolean</li>
  92  * <li>AUTO_CALC_CONSENSUS boolean for automatic recalculation of consensus</li>
  93  * <li>PAD_GAPS boolean</li>
  94  * <li>ID_ITALICS boolean</li>
  95  * <li>SHOW_JV_SUFFIX</li>
  96  * <li>WRAP_ALIGNMENT</li>
  97  * <li>EPS_RENDERING (Prompt each time|Lineart|Text) default for EPS rendering
  98  * style check</li>
  99  * <li>SORT_ALIGNMENT (No sort|Id|Pairwise Identity)</li>
 100  * <li>SEQUENCE_LINKS list of name|URL pairs for opening a url with
 101  * $SEQUENCE_ID$</li>
 102  * <li>GROUP_LINKS list of name|URL[|&lt;separator&gt;] tuples - see
 103  * jalview.utils.GroupURLLink for more info</li>
 104  * <li>DAS_REGISTRY_URL the registry to query</li>
 105  * <li>DEFAULT_BROWSER for unix</li>
 106  * <li>DAS_ACTIVE_SOURCE list of active sources</li>
 107  * <li>SHOW_MEMUSAGE boolean show memory usage and warning indicator on desktop
 108  * (false)</li>
 109  * <li>VERSION_CHECK (true) check for the latest release version from
 110  * www.jalview.org (or the alias given by the www.jalview.org property)</li>
 111  * <li>SHOW_NPFEATS_TOOLTIP (true) show non-positional features in the Sequence
 112  * ID tooltip</li>
 113  * <li>SHOW_DBREFS_TOOLTIP (true) show Database Cross References in the Sequence
 114  * ID tooltip</li>
 115  * <li>SHOW_UNCONSERVED (false) only render unconserved residues - conserved
 116  * displayed as '.'</li>
 117  * <li>SORT_BY_TREE (false) sort the current alignment view according to the
 118  * order of a newly displayed tree</li>
 119  * <li>DBFETCH_USEPICR (false) use PICR to recover valid DB references from
 120  * sequence ID strings before attempting retrieval from any datasource</li>
 121  * <li>SHOW_GROUP_CONSENSUS (false) Show consensus annotation for groups in the
 122  * alignment.</li>
 123  * <li>SHOW_GROUP_CONSERVATION (false) Show conservation annotation for groups
 124  * in the alignment.</li>
 125  * <li>SHOW_CONSENSUS_HISTOGRAM (false) Show consensus annotation row's
 126  * histogram.</li>
 127  * <li>SHOW_CONSENSUS_LOGO (false) Show consensus annotation row's sequence
 128  * logo.</li>
 129  * <li>FOLLOW_SELECTIONS (true) Controls whether a new alignment view should
 130  * respond to selections made in other alignments containing the same sequences.
 131  * </li>
 132  * <li>SHOW_WSDISCOVERY_ERRORS (true) Controls if the web service URL discovery
 133  * warning dialog box is displayed.</li>
 134  * <li>ANNOTATIONCOLOUR_MIN (orange) Shade used for minimum value of annotation when shading by annotation</li>
 135  * <li>ANNOTATIONCOLOUR_MAX (red) Shade used for maximum value of annotation when shading by annotation</li>
 136  * <li>www.jalview.org (http://www.jalview.org) a property enabling all HTTP requests to be redirected to a mirror of http://www.jalview.org</li>
 137  *
 138  * <li>FIGURE_AUTOIDWIDTH (false) Expand the left hand column of an exported alignment figure to accommodate even the longest sequence ID or annotation label.</li>
 139  * <li>FIGURE_FIXEDIDWIDTH Specifies the width to use for the left-hand column when exporting an alignment as a figure (setting FIGURE_AUTOIDWIDTH to true will override this).</li>
 140  * <li></li>
 141  *
 142  * </ul>
 143  * Deprecated settings:
 144  * <ul>
 145  *  * <li>DISCOVERY_START - Boolean - controls if discovery services are queried on
 146  * startup (JWS1 services only)</li>
 147  * <li>DISCOVERY_URLS - comma separated list of Discovery Service endpoints. (JWS1 services only)</li>
 148  * <li>SHOW_JWS1_SERVICES (true) enable or disable the original Jalview 2 services in the desktop GUI</li>
 149  * <li>ENABLE_RSBS_EDITOR (false for 2.7 release) enable or disable RSBS editing panel in web service preferences</li>
 150  * </ul>
 151  * @author $author$
 152  * @version $Revision$
 153  */
 154 public class Cache
 155 {
 156   /**
 157    * property giving log4j level for CASTOR loggers
 158    */
 159   public static final String CASTORLOGLEVEL = "logs.Castor.level";
 160
 161   /**
 162    * property giving log4j level for AXIS loggers
 163    */
 164   public static final String AXISLOGLEVEL = "logs.Axis.level";
 165
 166   /**
 167    * property giving log4j level for Jalview Log
 168    */
 169   public static final String JALVIEWLOGLEVEL = "logs.Jalview.level";
 170
 171   public static final String DAS_LOCAL_SOURCE = "DAS_LOCAL_SOURCE";
 172
 173   public static final String DAS_REGISTRY_URL = "DAS_REGISTRY_URL";
 174
 175   public static final String DAS_ACTIVE_SOURCE = "DAS_ACTIVE_SOURCE";
 176
 177   /**
 178    * Initialises the Jalview Application Log
 179    */
 180   public static Logger log;
 181
 182   /** Jalview Properties */
 183   public static Properties applicationProperties = new Properties();
 184
 185   /** Default file is ~/.jalview_properties */
 186   static String propertiesFile;
 187
 188   private static boolean propsAreReadOnly=false;
 189
 190   public static void initLogger()
 191   {
 192     if (log != null)
 193     {
 194       return;
 195     }
 196     try
 197     {
 198       // TODO: redirect stdout and stderr here in order to grab the output of
 199       // the log
 200
 201       ConsoleAppender ap = new ConsoleAppender(new SimpleLayout(),
 202               "System.err");
 203       ap.setName("JalviewLogger");
 204       org.apache.log4j.Logger.getRootLogger().addAppender(ap); // catch all for
 205       // log output
 206       Logger laxis = Logger.getLogger("org.apache.axis");
 207       Logger lcastor = Logger.getLogger("org.exolab.castor");
 208       jalview.bin.Cache.log = Logger.getLogger("jalview.bin.Jalview");
 209
 210       laxis.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault("logs.Axis.Level",
 211               Level.INFO.toString())));
 212       lcastor.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault("logs.Castor.Level",
 213               Level.INFO.toString())));
 214       lcastor = Logger.getLogger("org.exolab.castor.xml");
 215       lcastor.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault("logs.Castor.Level",
 216               Level.INFO.toString())));
 217       // lcastor = Logger.getLogger("org.exolab.castor.xml.Marshaller");
 218       // lcastor.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault("logs.Castor.Level",
 219       // Level.INFO.toString())));
 220       jalview.bin.Cache.log.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault(
 221               "logs.Jalview.level", Level.INFO.toString())));
 222       // laxis.addAppender(ap);
 223       // lcastor.addAppender(ap);
 224       // jalview.bin.Cache.log.addAppender(ap);
 225       // Tell the user that debug is enabled
 226       jalview.bin.Cache.log.debug("Jalview Debugging Output Follows.");
 227     } catch (Exception ex)
 228     {
 229       System.err.println("Problems initializing the log4j system\n");
 230       ex.printStackTrace(System.err);
 231     }
 232   }
 233
 234   /** Called when Jalview is started */
 235   public static void loadProperties(String propsFile)
 236   {
 237     propertiesFile = propsFile;
 238     if (propsFile == null)
 239     {
 240       propertiesFile = System.getProperty("user.home") + File.separatorChar
 241               + ".jalview_properties";
 242     } else {
 243       // don't corrupt the file we've been given.
 244       propsAreReadOnly = true;
 245     }
 246
 247     try
 248     {
 249       InputStream fis;
 250       try
 251       {
 252         fis = new java.net.URL(propertiesFile).openStream();
 253         System.out.println("Loading jalview properties from : "
 254                 + propertiesFile);
 255         System.out
 256                 .println("Disabling Jalview writing to user's local properties file.");
 257         propsAreReadOnly = true;
 258
 259       } catch (Exception ex)
 260       {
 261         fis = null;
 262       }
 263       if (fis == null)
 264       {
 265         fis = new FileInputStream(propertiesFile);
 266       }
 267       applicationProperties.load(fis);
 268       applicationProperties.remove("LATEST_VERSION");
 269       applicationProperties.remove("VERSION");
 270       fis.close();
 271     } catch (Exception ex)
 272     {
 273       System.out.println("Error reading properties file: " + ex);
 274     }
 275
 276     if (getDefault("USE_PROXY", false))
 277     {
 278       System.out.println("Using proxyServer: "
 279               + getDefault("PROXY_SERVER", null) + " proxyPort: "
 280               + getDefault("PROXY_PORT", null));
 281       System.setProperty("http.proxyHost", getDefault("PROXY_SERVER", null));
 282       System.setProperty("http.proxyPort", getDefault("PROXY_PORT", null));
 283     }
 284
 285     // FIND THE VERSION NUMBER AND BUILD DATE FROM jalview.jar
 286     // MUST FOLLOW READING OF LOCAL PROPERTIES FILE AS THE
 287     // VERSION MAY HAVE CHANGED SINCE LAST USING JALVIEW
 288     try
 289     {
 290       String buildDetails = "jar:".concat(Cache.class.getProtectionDomain()
 291               .getCodeSource().getLocation().toString()
 292               .concat("!/.build_properties"));
 293
 294       java.net.URL localJarFileURL = new java.net.URL(buildDetails);
 295
 296       InputStream in = localJarFileURL.openStream();
 297       applicationProperties.load(in);
 298       in.close();
 299     } catch (Exception ex)
 300     {
 301       System.out.println("Error reading build details: " + ex);
 302       applicationProperties.remove("VERSION");
 303     }
 304
 305     String jnlpVersion = System.getProperty("jalview.version");
 306     String codeVersion = getProperty("VERSION");
 307
 308     if (codeVersion == null)
 309     {
 310       // THIS SHOULD ONLY BE THE CASE WHEN TESTING!!
 311       codeVersion = "Test";
 312       jnlpVersion = "Test";
 313     }
 314
 315     System.out.println("Jalview Version: " + codeVersion);
 316
 317     // jnlpVersion will be null if we're using InstallAnywhere
 318     // Dont do this check if running in headless mode
 319     if (jnlpVersion == null
 320             && getDefault("VERSION_CHECK", true)
 321             && (System.getProperty("java.awt.headless") == null || System
 322                     .getProperty("java.awt.headless").equals("false")))
 323     {
 324
 325       class VersionChecker extends Thread
 326       {
 327         public void run()
 328         {
 329           String orgtimeout = System
 330                   .getProperty("sun.net.client.defaultConnectTimeout");
 331           if (orgtimeout == null)
 332           {
 333             orgtimeout = "30";
 334             System.out.println("# INFO: Setting default net timeout to "
 335                     + orgtimeout + " seconds.");
 336           }
 337           String jnlpVersion = null;
 338           try
 339           {
 340             System.setProperty("sun.net.client.defaultConnectTimeout",
 341                     "5000");
 342             java.net.URL url = new java.net.URL(
 343                     Cache.getDefault("www.jalview.org", "http://www.jalview.org")+"/webstart/jalview.jnlp");
 344             BufferedReader in = new BufferedReader(new InputStreamReader(
 345                     url.openStream()));
 346             String line = null;
 347             while ((line = in.readLine()) != null)
 348             {
 349               if (line.indexOf("jalview.version") == -1)
 350               {
 351                 continue;
 352               }
 353
 354               line = line.substring(line.indexOf("value=") + 7);
 355               line = line.substring(0, line.lastIndexOf("\""));
 356               jnlpVersion = line;
 357               break;
 358             }
 359           } catch (Exception ex)
 360           {
 361             System.out
 362                     .println("Non-fatal exceptions when checking version at www.jalview.org :");
 363             System.out.println(ex);
 364             jnlpVersion = getProperty("VERSION");
 365           }
 366           System.setProperty("sun.net.client.defaultConnectTimeout",
 367                   orgtimeout);
 368
 369           setProperty("LATEST_VERSION", jnlpVersion);
 370         }
 371       }
 372
 373       VersionChecker vc = new VersionChecker();
 374       vc.start();
 375     }
 376     else
 377     {
 378       if (jnlpVersion != null)
 379       {
 380         setProperty("LATEST_VERSION", jnlpVersion);
 381       }
 382       else
 383       {
 384         applicationProperties.remove("LATEST_VERSION");
 385       }
 386     }
 387
 388     setProperty("VERSION", codeVersion);
 389
 390     // LOAD USERDEFINED COLOURS
 391     jalview.gui.UserDefinedColours
 392             .initUserColourSchemes(getProperty("USER_DEFINED_COLOURS"));
 393     jalview.io.PIRFile.useModellerOutput = Cache.getDefault("PIR_MODELLER",
 394             false);
 395   }
 396
 397   /**
 398    * Gets Jalview application property of given key. Returns null if key not
 399    * found
 400    *
 401    * @param key
 402    *          Name of property
 403    *
 404    * @return Property value
 405    */
 406   public static String getProperty(String key)
 407   {
 408     return applicationProperties.getProperty(key);
 409   }
 410
 411   /**
 412    * These methods are used when checking if the saved preference is different
 413    * to the default setting
 414    */
 415
 416   public static boolean getDefault(String property, boolean def)
 417   {
 418     String string = getProperty(property);
 419     if (string != null)
 420     {
 421       def = Boolean.valueOf(string).booleanValue();
 422     }
 423
 424     return def;
 425   }
 426
 427   /**
 428    * These methods are used when checking if the saved preference is different
 429    * to the default setting
 430    */
 431   public static String getDefault(String property, String def)
 432   {
 433     String string = getProperty(property);
 434     if (string != null)
 435     {
 436       return string;
 437     }
 438
 439     return def;
 440   }
 441
 442   /**
 443    * Stores property in the file "HOME_DIR/.jalview_properties"
 444    *
 445    * @param key
 446    *          Name of object
 447    * @param obj
 448    *          String value of property
 449    *
 450    * @return String value of property
 451    */
 452   public static String setProperty(String key, String obj)
 453   {
 454
 455     try
 456     {
 457       applicationProperties.setProperty(key, obj);
 458       if (!propsAreReadOnly)
 459       {
 460         FileOutputStream out = new FileOutputStream(propertiesFile);
 461         applicationProperties.store(out, "---JalviewX Properties File---");
 462         out.close();
 463       }
 464     } catch (Exception ex)
 465     {
 466       System.out.println("Error setting property: " + key + " " + obj
 467               + "\n" + ex);
 468     }
 469     return obj;
 470   }
 471
 472   /**
 473    * remove the specified property from the jalview properties file
 474    *
 475    * @param string
 476    */
 477   public static void removeProperty(String string)
 478   {
 479     applicationProperties.remove(string);
 480     saveProperties();
 481   }
 482
 483   /**
 484    * save the properties to the jalview properties path
 485    */
 486   public static void saveProperties()
 487   {
 488     if (!propsAreReadOnly)
 489     {
 490       try
 491       {
 492         FileOutputStream out = new FileOutputStream(propertiesFile);
 493         applicationProperties.store(out, "---JalviewX Properties File---");
 494         out.close();
 495       } catch (Exception ex)
 496       {
 497         System.out.println("Error saving properties: " + ex);
 498       }
 499     }
 500   }
 501
 502   /**
 503    * internal vamsas class discovery state
 504    */
 505   private static int vamsasJarsArePresent = -1;
 506
 507   /**
 508    * Searches for vamsas client classes on class path.
 509    *
 510    * @return true if vamsas client is present on classpath
 511    */
 512   public static boolean vamsasJarsPresent()
 513   {
 514     if (vamsasJarsArePresent == -1)
 515     {
 516       try
 517       {
 518         if (jalview.jbgui.GDesktop.class.getClassLoader().loadClass(
 519                 "uk.ac.vamsas.client.VorbaId") != null)
 520         {
 521           jalview.bin.Cache.log
 522                   .debug("Found Vamsas Classes (uk.ac..vamsas.client.VorbaId can be loaded)");
 523           vamsasJarsArePresent = 1;
 524           Logger lvclient = Logger.getLogger("uk.ac.vamsas");
 525           lvclient.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault(
 526                   "logs.Vamsas.Level", Level.INFO.toString())));
 527
 528           lvclient.addAppender(log.getAppender("JalviewLogger"));
 529           // Tell the user that debug is enabled
 530           lvclient.debug("Jalview Vamsas Client Debugging Output Follows.");
 531         }
 532       } catch (Exception e)
 533       {
 534         vamsasJarsArePresent = 0;
 535         jalview.bin.Cache.log.debug("Vamsas Classes are not present");
 536       }
 537     }
 538     return (vamsasJarsArePresent > 0);
 539   }
 540
 541   /**
 542    * internal vamsas class discovery state
 543    */
 544   private static int groovyJarsArePresent = -1;
 545
 546   /**
 547    * Searches for vamsas client classes on class path.
 548    *
 549    * @return true if vamsas client is present on classpath
 550    */
 551   public static boolean groovyJarsPresent()
 552   {
 553     if (groovyJarsArePresent == -1)
 554     {
 555       try
 556       {
 557         if (Cache.class.getClassLoader().loadClass(
 558                 "groovy.lang.GroovyObject") != null)
 559         {
 560           jalview.bin.Cache.log
 561                   .debug("Found Groovy (groovy.lang.GroovyObject can be loaded)");
 562           groovyJarsArePresent = 1;
 563           Logger lgclient = Logger.getLogger("groovy");
 564           lgclient.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault(
 565                   "logs.Groovy.Level", Level.INFO.toString())));
 566
 567           lgclient.addAppender(log.getAppender("JalviewLogger"));
 568           // Tell the user that debug is enabled
 569           lgclient.debug("Jalview Groovy Client Debugging Output Follows.");
 570         }
 571       } catch (Error e)
 572       {
 573         groovyJarsArePresent = 0;
 574         jalview.bin.Cache.log.debug("Groovy Classes are not present", e);
 575       } catch (Exception e)
 576       {
 577         groovyJarsArePresent = 0;
 578         jalview.bin.Cache.log.debug("Groovy Classes are not present");
 579       }
 580     }
 581     return (groovyJarsArePresent > 0);
 582   }
 583
 584   /**
 585    * GA tracker object - actually JGoogleAnalyticsTracker null if tracking not
 586    * enabled.
 587    */
 588   protected static Object tracker = null;
 589
 590   protected static Class trackerfocus = null;
 591
 592   protected static Class jgoogleanalyticstracker = null;
 593
 594   /**
 595    * Initialise the google tracker if it is not done already.
 596    */
 597   public static void initGoogleTracker()
 598   {
 599     if (tracker == null)
 600     {
 601       if (jgoogleanalyticstracker == null)
 602       {
 603         // try to get the tracker class
 604         try
 605         {
 606           jgoogleanalyticstracker = Cache.class
 607                   .getClassLoader()
 608                   .loadClass(
 609                           "com.boxysystems.jgoogleanalytics.JGoogleAnalyticsTracker");
 610           trackerfocus = Cache.class.getClassLoader().loadClass(
 611                   "com.boxysystems.jgoogleanalytics.FocusPoint");
 612         } catch (Exception e)
 613         {
 614           log.debug("com.boxysystems.jgoogleanalytics package is not present - tracking not enabled.");
 615           tracker = null;
 616           jgoogleanalyticstracker = null;
 617           trackerfocus = null;
 618           return;
 619         }
 620       }
 621       // now initialise tracker
 622       Exception re = null, ex = null;
 623       Error err = null;
 624       String vrs = "No Version Accessible";
 625       try
 626       {
 627         // Google analytics tracking code for Library Finder
 628         tracker = jgoogleanalyticstracker.getConstructor(new Class[]
 629         { String.class, String.class, String.class }).newInstance(
 630                 new Object[]
 631                 {
 632                     "Jalview Desktop",
 633                     (vrs = jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION")
 634                             + "_"
 635                             + jalview.bin.Cache.getDefault("BUILD_DATE",
 636                                     "unknown")), "UA-9060947-1" });
 637         jgoogleanalyticstracker.getMethod("trackAsynchronously",
 638                 new Class[]
 639                 { trackerfocus }).invoke(tracker, new Object[]
 640         { trackerfocus.getConstructor(new Class[]
 641         { String.class }).newInstance(new Object[]
 642         { "Application Started." }) });
 643       } catch (RuntimeException e)
 644       {
 645         re = e;
 646       } catch (Exception e)
 647       {
 648         ex = e;
 649       } catch (Error e)
 650       {
 651         err = e;
 652       }
 653       if (re != null || ex != null || err != null)
 654       {
 655         if (log != null)
 656         {
 657           if (re != null)
 658             log.debug("Caught runtime exception in googletracker init:", re);
 659           if (ex != null)
 660             log.warn(
 661                     "Failed to initialise GoogleTracker for Jalview Desktop with version "
 662                             + vrs, ex);
 663           if (err != null)
 664             log.error(
 665                     "Whilst initing GoogleTracker for Jalview Desktop version "
 666                             + vrs, err);
 667         }
 668         else
 669         {
 670           if (re != null)
 671           {
 672             System.err
 673                     .println("Debug: Caught runtime exception in googletracker init:"
 674                             + vrs);
 675             re.printStackTrace();
 676           }
 677           if (ex != null)
 678           {
 679             System.err
 680                     .println("Warning:  Failed to initialise GoogleTracker for Jalview Desktop with version "
 681                             + vrs);
 682             ex.printStackTrace();
 683           }
 684
 685           if (err != null)
 686           {
 687             System.err
 688                     .println("ERROR: Whilst initing GoogleTracker for Jalview Desktop version "
 689                             + vrs);
 690             err.printStackTrace();
 691           }
 692         }
 693       }
 694       else
 695       {
 696         log.debug("Successfully initialised tracker.");
 697       }
 698     }
 699   }
 700
 701   /**
 702    * get the user's default colour if available
 703    * @param property
 704    * @param defcolour
 705    * @return
 706    */
 707   public static Color getDefaultColour(String property, Color defcolour)
 708   {
 709     String colprop = getProperty(property);
 710     if (colprop==null) {
 711       return defcolour;
 712     }
 713     Color col = jalview.schemes.ColourSchemeProperty.getAWTColorFromName(colprop);
 714     if (col==null)
 715     {
 716       try {
 717         col = new jalview.schemes.UserColourScheme(colprop).findColour('A');
 718       } catch (Exception ex)
 719       {
 720         log.warn("Couldn't parse '"+colprop+"' as a colour for "+property);
 721         col=null;
 722       }
 723     }
 724     return (col==null) ? defcolour: col;
 725   }
 726
 727   /**
 728    * store a colour as a Jalview user default property
 729    * @param property
 730    * @param colour
 731    */
 732   public static void setColourProperty(String property, Color colour)
 733   {
 734     setProperty(property, jalview.util.Format
 735           .getHexString(colour));
 736   }
 737
 738   public static final DateFormat  date_format = SimpleDateFormat.getDateTimeInstance();
 739
 740   /**
 741    * store a date in a jalview property
 742    * @param string
 743    * @param time
 744    */
 745   public static void setDateProperty(String property, Date time)
 746   {
 747     setProperty(property, date_format.format(time));
 748   }
 749   /**
 750    * read a date stored in a jalview property
 751    * @param property
 752    * @return valid date as stored by setDateProperty, or null
 753    *
 754    */
 755   public static Date getDateProperty(String property)
 756   {
 757     String val = getProperty(property);
 758     if (val!=null)
 759     {
 760       try {
 761         return date_format.parse(val);
 762       } catch (Exception ex)
 763       {
 764         System.err.println("Invalid or corrupt date in property '"+property+"' : value was '"+val+"'");
 765       }
 766     }
 767     return null;
 768   }
 769
 770   /**
 771    * get and parse a property as an integer. send any parsing problems to System.err
 772    * @param property
 773    * @return null or Integer
 774    */
 775   public static Integer getIntegerProperty(String property)
 776   {
 777     String val=getProperty(property);
 778     if (val!=null && (val=val.trim()).length()>0)
 779     {
 780       try {
 781         return Integer.valueOf(val);
 782       } catch (NumberFormatException x)
 783       {
 784         System.err.println("Invalid integer in property '"+property+"' (value was '"+val+"')");
 785       }
 786     }
 787     return null;
 788   }
 789
 790   private static DasSourceRegistryI sourceRegistry=null;
 791   /**
 792    * initialise and ..
 793    * @return instance of the das source registry
 794    */
 795   public static DasSourceRegistryI getDasSourceRegistry()
 796   {
 797     if (sourceRegistry==null)
 798     {
 799       sourceRegistry = new DasSourceRegistry();
 800     }
 801     return sourceRegistry;
 802   }
 803 }