src/jalview/bin/Commands.java

   1 package jalview.bin;
   2
   3 import java.io.File;
   4 import java.util.Collections;
   5 import java.util.HashMap;
   6 import java.util.Map;
   7
   8 import jalview.analysis.AlignmentUtils;
   9 import jalview.bin.ArgParser.Arg;
  10 import jalview.bin.ArgParser.ArgValues;
  11 import jalview.gui.AlignFrame;
  12 import jalview.gui.Desktop;
  13 import jalview.io.AppletFormatAdapter;
  14 import jalview.io.DataSourceType;
  15 import jalview.io.FileFormatException;
  16 import jalview.io.FileFormatI;
  17 import jalview.io.FileLoader;
  18 import jalview.io.IdentifyFile;
  19 import jalview.util.HttpUtils;
  20 import jalview.util.MessageManager;
  21 import jalview.util.Platform;
  22
  23 public class Commands
  24 {
  25   Desktop desktop;
  26
  27   private static boolean headless;
  28
  29   private static ArgParser argParser;
  30
  31   private Map<String, AlignFrame> afMap;
  32
  33   public static void processArgs(ArgParser ap, boolean h)
  34   {
  35     argParser = ap;
  36     headless = h;
  37     for (String id : argParser.linkedIds())
  38     {
  39       Commands cmds = new Commands();
  40       if (id == null)
  41       {
  42         cmds.processUnlinked(id);
  43       }
  44       else
  45       {
  46         cmds.processLinked(id);
  47       }
  48     }
  49   }
  50
  51   public Commands()
  52   {
  53     this(Desktop.instance);
  54   }
  55
  56   public Commands(Desktop d)
  57   {
  58     this.desktop = d;
  59     afMap = new HashMap<String, AlignFrame>();
  60   }
  61
  62   protected void processUnlinked(String id)
  63   {
  64     processLinked(id);
  65   }
  66
  67   protected void processLinked(String id)
  68   {
  69     Map<Arg, ArgValues> m = argParser.linkedArgs(id);
  70     FileLoader fileLoader = new FileLoader(!headless);
  71
  72     /*
  73     // script to execute after all loading is completed one way or another
  74     String groovyscript = m.get(Arg.GROOVY) == null ? null
  75             : m.get(Arg.GROOVY).getValue();
  76     String file = m.get(Arg.OPEN) == null ? null
  77             : m.get(Arg.OPEN).getValue();
  78     String data = null;
  79     FileFormatI format = null;
  80     DataSourceType protocol = null;
  81     */
  82
  83     if (m.get(Arg.OPEN) != null)
  84     {
  85       long progress = -1;
  86
  87       boolean first = true;
  88       AlignFrame af;
  89       OPEN: for (String openFile : m.get(Arg.OPEN).getValues())
  90       {
  91         if (openFile == null)
  92           continue OPEN;
  93         Console.debug("********** id = " + id + ", openFile = " + openFile);
  94
  95         if (first)
  96         {
  97           first = false;
  98           if (!headless)
  99           {
 100             desktop.setProgressBar(
 101                     MessageManager.getString(
 102                             "status.processing_commandline_args"),
 103                     progress = System.currentTimeMillis());
 104           }
 105         }
 106
 107         if (!Platform.isJS())
 108         /**
 109          * ignore in JavaScript -- can't just file existence - could load it?
 110          *
 111          * @j2sIgnore
 112          */
 113         {
 114           if (!HttpUtils.startsWithHttpOrHttps(openFile))
 115           {
 116             if (!(new File(openFile)).exists())
 117             {
 118               Console.warn("Can't find file '" + openFile + "'");
 119               continue OPEN;
 120             }
 121           }
 122         }
 123
 124         DataSourceType protocol = AppletFormatAdapter
 125                 .checkProtocol(openFile);
 126
 127         FileFormatI format = null;
 128         try
 129         {
 130           format = new IdentifyFile().identify(openFile, protocol);
 131         } catch (FileFormatException e1)
 132         {
 133           Console.error("Unknown file format for '" + openFile + "'");
 134         }
 135
 136         af = afMap.get(id);
 137         if (af == null)
 138         {
 139           Console.debug(
 140                   "Opening '" + openFile + "' in new alignment frame");
 141           af = fileLoader.LoadFileWaitTillLoaded(openFile, protocol,
 142                   format);
 143           if (m.get(Arg.TITLE) != null)
 144             af.setTitle(m.get(Arg.TITLE).getValue());
 145           if (m.get(Arg.SSANNOTATION) != null
 146                   && !m.get(Arg.SSANNOTATION).getBoolean())
 147           {
 148             // do this better (annotation types?)
 149             AlignmentUtils.showOrHideSequenceAnnotations(
 150                     af.getCurrentView().getAlignment(),
 151                     Collections.singleton("Secondary Structure"), null,
 152                     false, false);
 153           }
 154           if (m.get(Arg.NOTEMPFAC) != null
 155                   && m.get(Arg.NOTEMPFAC).getBoolean())
 156           {
 157             // do this better (annotation types?)
 158             AlignmentUtils.showOrHideSequenceAnnotations(
 159                     af.getCurrentView().getAlignment(),
 160                     Collections.singleton("Temperature Factor"), null,
 161                     false, false);
 162             AlignmentUtils.showOrHideSequenceAnnotations(
 163                     af.getCurrentView().getAlignment(),
 164                     Collections.singleton("Alphafold Reliability"), null,
 165                     false, false);
 166           }
 167
 168           // store the AlignFrame for this id
 169           afMap.put(id, af);
 170         }
 171         else
 172         {
 173           Console.debug(
 174                   "Opening '" + openFile + "' in existing alignment frame");
 175           af.getCurrentView().addFile(new File(openFile), format);
 176         }
 177
 178         System.out
 179                 .println("Command " + Arg.OPEN + " executed successfully!");
 180
 181       }
 182       if (first) // first=true means nothing opened
 183       {
 184         if (headless)
 185         {
 186           Console.error("Could not open any files in headless mode");
 187           System.exit(1);
 188         }
 189       }
 190       else
 191       {
 192         Console.warn("No more files to open");
 193         if (desktop != null)
 194           desktop.setProgressBar(null, progress);
 195       }
 196
 197     }
 198   }
 199
 200 }