src/jalview/bin/Commands.java

   1 package jalview.bin;
   2
   3 import java.io.File;
   4 import java.io.IOException;
   5 import java.net.URISyntaxException;
   6 import java.util.ArrayList;
   7 import java.util.Arrays;
   8 import java.util.Collections;
   9 import java.util.EnumSet;
  10 import java.util.HashMap;
  11 import java.util.Iterator;
  12 import java.util.List;
  13 import java.util.Locale;
  14 import java.util.Map;
  15
  16 import jalview.analysis.AlignmentUtils;
  17 import jalview.api.structures.JalviewStructureDisplayI;
  18 import jalview.bin.argparser.Arg;
  19 import jalview.bin.argparser.ArgParser;
  20 import jalview.bin.argparser.ArgParser.Position;
  21 import jalview.bin.argparser.ArgValue;
  22 import jalview.bin.argparser.ArgValuesMap;
  23 import jalview.bin.argparser.SubVals;
  24 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  25 import jalview.datamodel.SequenceI;
  26 import jalview.datamodel.annotations.AlphaFoldAnnotationRowBuilder;
  27 import jalview.gui.AlignFrame;
  28 import jalview.gui.AlignmentPanel;
  29 import jalview.gui.AppJmol;
  30 import jalview.gui.Desktop;
  31 import jalview.gui.Preferences;
  32 import jalview.gui.StructureChooser;
  33 import jalview.gui.StructureViewer;
  34 import jalview.gui.StructureViewer.ViewerType;
  35 import jalview.io.AppletFormatAdapter;
  36 import jalview.io.BackupFiles;
  37 import jalview.io.BioJsHTMLOutput;
  38 import jalview.io.DataSourceType;
  39 import jalview.io.FileFormat;
  40 import jalview.io.FileFormatException;
  41 import jalview.io.FileFormatI;
  42 import jalview.io.FileFormats;
  43 import jalview.io.FileLoader;
  44 import jalview.io.HtmlSvgOutput;
  45 import jalview.io.IdentifyFile;
  46 import jalview.io.NewickFile;
  47 import jalview.io.exceptions.ImageOutputException;
  48 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  49 import jalview.schemes.ColourSchemeProperty;
  50 import jalview.structure.StructureImportSettings.TFType;
  51 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  52 import jalview.util.FileUtils;
  53 import jalview.util.HttpUtils;
  54 import jalview.util.ImageMaker;
  55 import jalview.util.ImageMaker.TYPE;
  56 import jalview.util.MessageManager;
  57 import jalview.util.Platform;
  58 import jalview.util.imagemaker.BitmapImageSizing;
  59
  60 public class Commands
  61 {
  62   Desktop desktop;
  63
  64   private boolean headless;
  65
  66   private ArgParser argParser;
  67
  68   private Map<String, AlignFrame> afMap;
  69
  70   private boolean commandArgsProvided = false;
  71
  72   private boolean argsWereParsed = false;
  73
  74   public Commands(ArgParser argparser, boolean headless)
  75   {
  76     this(Desktop.instance, argparser, headless);
  77   }
  78
  79   public Commands(Desktop d, ArgParser argparser, boolean h)
  80   {
  81     argParser = argparser;
  82     headless = h;
  83     desktop = d;
  84     afMap = new HashMap<>();
  85     if (argparser != null)
  86     {
  87       processArgs(argparser, headless);
  88     }
  89   }
  90
  91   private boolean processArgs(ArgParser argparser, boolean h)
  92   {
  93     argParser = argparser;
  94     headless = h;
  95     boolean theseArgsWereParsed = false;
  96
  97     if (argParser != null && argParser.getLinkedIds() != null)
  98     {
  99       for (String id : argParser.getLinkedIds())
 100       {
 101         ArgValuesMap avm = argParser.getLinkedArgs(id);
 102         theseArgsWereParsed = true;
 103         theseArgsWereParsed &= processLinked(id);
 104         processGroovyScript(id);
 105         boolean processLinkedOkay = theseArgsWereParsed;
 106
 107         // wait around until alignFrame isn't busy
 108         AlignFrame af=afMap.get(id);
 109         while (af!=null && af.getViewport().isCalcInProgress())
 110         {
 111           try {
 112             Thread.sleep(25);
 113           } catch (Exception q) {};
 114         }
 115
 116         theseArgsWereParsed &= processImages(id);
 117         if (processLinkedOkay)
 118           theseArgsWereParsed &= processOutput(id);
 119
 120         // close ap
 121         if (avm.getBoolean(Arg.CLOSE))
 122         {
 123           af = afMap.get(id);
 124           if (af != null)
 125           {
 126             af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
 127           }
 128         }
 129
 130       }
 131
 132     }
 133     if (argParser.getBoolean(Arg.QUIT))
 134     {
 135       Jalview.getInstance().quit();
 136       return true;
 137     }
 138     // carry on with jalview.bin.Jalview
 139     argsWereParsed = theseArgsWereParsed;
 140     return argsWereParsed;
 141   }
 142
 143   public boolean commandArgsProvided()
 144   {
 145     return commandArgsProvided;
 146   }
 147
 148   public boolean argsWereParsed()
 149   {
 150     return argsWereParsed;
 151   }
 152
 153   protected boolean processUnlinked(String id)
 154   {
 155     return processLinked(id);
 156   }
 157
 158   protected boolean processLinked(String id)
 159   {
 160     boolean theseArgsWereParsed = false;
 161     ArgValuesMap avm = argParser.getLinkedArgs(id);
 162     if (avm == null)
 163       return true;
 164
 165     /*
 166      * // script to execute after all loading is completed one way or another String
 167      * groovyscript = m.get(Arg.GROOVY) == null ? null :
 168      * m.get(Arg.GROOVY).getValue(); String file = m.get(Arg.OPEN) == null ? null :
 169      * m.get(Arg.OPEN).getValue(); String data = null; FileFormatI format = null;
 170      * DataSourceType protocol = null;
 171      */
 172     if (avm.containsArg(Arg.APPEND) || avm.containsArg(Arg.OPEN))
 173     {
 174       commandArgsProvided = true;
 175       long progress = -1;
 176
 177       boolean first = true;
 178       boolean progressBarSet = false;
 179       AlignFrame af;
 180       // Combine the APPEND and OPEN files into one list, along with whether it
 181       // was APPEND or OPEN
 182       List<ArgValue> openAvList = new ArrayList<>();
 183       openAvList.addAll(avm.getArgValueList(Arg.OPEN));
 184       openAvList.addAll(avm.getArgValueList(Arg.APPEND));
 185       // sort avlist based on av.getArgIndex()
 186       Collections.sort(openAvList);
 187       for (ArgValue av : openAvList)
 188       {
 189         Arg a = av.getArg();
 190         SubVals sv = av.getSubVals();
 191         String openFile = av.getValue();
 192         if (openFile == null)
 193           continue;
 194
 195         theseArgsWereParsed = true;
 196         if (first)
 197         {
 198           first = false;
 199           if (!headless && desktop != null)
 200           {
 201             desktop.setProgressBar(
 202                     MessageManager.getString(
 203                             "status.processing_commandline_args"),
 204                     progress = System.currentTimeMillis());
 205             progressBarSet = true;
 206           }
 207         }
 208
 209         if (!Platform.isJS())
 210         /**
 211          * ignore in JavaScript -- can't just file existence - could load it?
 212          *
 213          * @j2sIgnore
 214          */
 215         {
 216           if (!HttpUtils.startsWithHttpOrHttps(openFile))
 217           {
 218             if (!(new File(openFile)).exists())
 219             {
 220               Console.warn("Can't find file '" + openFile + "'");
 221             }
 222           }
 223         }
 224
 225         DataSourceType protocol = AppletFormatAdapter
 226                 .checkProtocol(openFile);
 227
 228         FileFormatI format = null;
 229         try
 230         {
 231           format = new IdentifyFile().identify(openFile, protocol);
 232         } catch (FileFormatException e1)
 233         {
 234           Console.error("Unknown file format for '" + openFile + "'");
 235         }
 236
 237         af = afMap.get(id);
 238         // When to open a new AlignFrame
 239         if (af == null || "true".equals(av.getSubVal("new"))
 240                 || a == Arg.OPEN || format == FileFormat.Jalview)
 241         {
 242           if (a == Arg.OPEN)
 243           {
 244             Jalview.testoutput(argParser, Arg.OPEN, "examples/uniref50.fa",
 245                     openFile);
 246           }
 247
 248           Console.debug(
 249                   "Opening '" + openFile + "' in new alignment frame");
 250           FileLoader fileLoader = new FileLoader(!headless);
 251
 252           af = fileLoader.LoadFileWaitTillLoaded(openFile, protocol,
 253                   format);
 254
 255           // wrap alignment?
 256           boolean wrap = ArgParser.getFromSubValArgOrPref(avm, Arg.WRAP, sv,
 257                   null, "WRAP_ALIGNMENT", false);
 258           af.getCurrentView().setWrapAlignment(wrap);
 259
 260           // colour alignment?
 261           String colour = ArgParser.getFromSubValArgOrPref(avm, av,
 262                   Arg.COLOUR, sv, null, "DEFAULT_COLOUR_PROT", "");
 263           if ("" != colour)
 264           {
 265             ColourSchemeI cs = ColourSchemeProperty.getColourScheme(
 266                     af.getViewport(), af.getViewport().getAlignment(), colour);
 267
 268             if (cs==null && !"None".equals(colour))
 269             {
 270               Console.warn("Couldn't parse '"+colour+"' as a colourscheme.");
 271             } else {
 272               af.changeColour(cs);
 273             }
 274             Jalview.testoutput(argParser, Arg.COLOUR, "zappo", colour);
 275           }
 276
 277           // Change alignment frame title
 278           String title = ArgParser.getFromSubValArgOrPref(avm, av,
 279                   Arg.TITLE, sv, null, null, null);
 280           if (title != null)
 281           {
 282             af.setTitle(title);
 283             Jalview.testoutput(argParser, Arg.TITLE, "test title", title);
 284           }
 285
 286           // Add features
 287           String featuresfile = ArgParser.getValueFromSubValOrArg(avm, av,
 288                   Arg.FEATURES, sv);
 289           if (featuresfile != null)
 290           {
 291             af.parseFeaturesFile(featuresfile,
 292                     AppletFormatAdapter.checkProtocol(featuresfile));
 293             Jalview.testoutput(argParser, Arg.FEATURES,
 294                     "examples/testdata/plantfdx.features", featuresfile);
 295           }
 296
 297           // Add annotations from file
 298           String annotationsfile = ArgParser.getValueFromSubValOrArg(avm,
 299                   av, Arg.ANNOTATIONS, sv);
 300           if (annotationsfile != null)
 301           {
 302             af.loadJalviewDataFile(annotationsfile, null, null, null);
 303             Jalview.testoutput(argParser, Arg.ANNOTATIONS,
 304                     "examples/testdata/plantfdx.annotations",
 305                     annotationsfile);
 306           }
 307
 308           // Set or clear the sortbytree flag
 309           boolean sortbytree = ArgParser.getBoolFromSubValOrArg(avm,
 310                   Arg.SORTBYTREE, sv);
 311           if (sortbytree)
 312           {
 313             af.getViewport().setSortByTree(true);
 314             Jalview.testoutput(argParser, Arg.SORTBYTREE);
 315           }
 316
 317           // Load tree from file
 318           String treefile = ArgParser.getValueFromSubValOrArg(avm, av,
 319                   Arg.TREE, sv);
 320           if (treefile != null)
 321           {
 322             try
 323             {
 324               NewickFile nf = new NewickFile(treefile,
 325                       AppletFormatAdapter.checkProtocol(treefile));
 326               af.getViewport().setCurrentTree(
 327                       af.showNewickTree(nf, treefile).getTree());
 328               Jalview.testoutput(argParser, Arg.TREE,
 329                       "examples/testdata/uniref50_test_tree", treefile);
 330             } catch (IOException e)
 331             {
 332               Console.warn("Couldn't add tree " + treefile, e);
 333             }
 334           }
 335
 336           // Show secondary structure annotations?
 337           boolean showSSAnnotations = ArgParser.getFromSubValArgOrPref(avm,
 338                   Arg.SHOWSSANNOTATIONS, av.getSubVals(), null,
 339                   "STRUCT_FROM_PDB", true);
 340           af.setAnnotationsVisibility(showSSAnnotations, true, false);
 341
 342           // Show sequence annotations?
 343           boolean showAnnotations = ArgParser.getFromSubValArgOrPref(avm,
 344                   Arg.SHOWANNOTATIONS, av.getSubVals(), null,
 345                   "SHOW_ANNOTATIONS", true);
 346           af.setAnnotationsVisibility(showAnnotations, false, true);
 347
 348           // show temperature factor annotations?
 349           if (avm.getBoolean(Arg.NOTEMPFAC))
 350           {
 351             // do this better (annotation types?)
 352             List<String> hideThese = new ArrayList<>();
 353             hideThese.add("Temperature Factor");
 354             hideThese.add(AlphaFoldAnnotationRowBuilder.LABEL);
 355             AlignmentUtils.showOrHideSequenceAnnotations(
 356                     af.getCurrentView().getAlignment(), hideThese, null,
 357                     false, false);
 358           }
 359
 360           // store the AlignFrame for this id
 361           afMap.put(id, af);
 362
 363           // is it its own structure file?
 364           if (format.isStructureFile())
 365           {
 366             StructureSelectionManager ssm = StructureSelectionManager
 367                     .getStructureSelectionManager(Desktop.instance);
 368             SequenceI seq = af.alignPanel.getAlignment().getSequenceAt(0);
 369             ssm.computeMapping(false, new SequenceI[] { seq }, null,
 370                     openFile, DataSourceType.FILE, null, null, null, false);
 371           }
 372         }
 373         else
 374         {
 375           Console.debug(
 376                   "Opening '" + openFile + "' in existing alignment frame");
 377           DataSourceType dst = HttpUtils.startsWithHttpOrHttps(openFile)
 378                   ? DataSourceType.URL
 379                   : DataSourceType.FILE;
 380           FileLoader fileLoader = new FileLoader(!headless);
 381           fileLoader.LoadFile(af.getCurrentView(), openFile, dst, null,
 382                   false);
 383         }
 384
 385         Console.debug("Command " + Arg.APPEND + " executed successfully!");
 386
 387       }
 388       if (first) // first=true means nothing opened
 389       {
 390         if (headless)
 391         {
 392           Jalview.exit("Could not open any files in headless mode", 1);
 393         }
 394         else
 395         {
 396           Console.warn("No more files to open");
 397         }
 398       }
 399       if (progressBarSet && desktop != null)
 400         desktop.setProgressBar(null, progress);
 401
 402     }
 403
 404     // open the structure (from same PDB file or given PDBfile)
 405     if (!avm.getBoolean(Arg.NOSTRUCTURE))
 406     {
 407       AlignFrame af = afMap.get(id);
 408       if (avm.containsArg(Arg.STRUCTURE))
 409       {
 410         commandArgsProvided = true;
 411         for (ArgValue av : avm.getArgValueList(Arg.STRUCTURE))
 412         {
 413           String val = av.getValue();
 414           SubVals subVals = av.getSubVals();
 415           SequenceI seq = getSpecifiedSequence(af, avm, av);
 416           if (seq == null)
 417           {
 418             // Could not find sequence from subId, let's assume the first
 419             // sequence in the alignframe
 420             AlignmentI al = af.getCurrentView().getAlignment();
 421             seq = al.getSequenceAt(0);
 422           }
 423
 424           if (seq == null)
 425           {
 426             Console.warn("Could not find sequence for argument "
 427                     + Arg.STRUCTURE.argString() + "=" + val);
 428             // you probably want to continue here, not break
 429             // break;
 430             continue;
 431           }
 432           File structureFile = null;
 433           if (subVals.getContent() != null
 434                   && subVals.getContent().length() != 0)
 435           {
 436             structureFile = new File(subVals.getContent());
 437             Console.debug("Using structure file (from argument) '"
 438                     + structureFile.getAbsolutePath() + "'");
 439           }
 440           // TRY THIS
 441           /*
 442            * PDBEntry fileEntry = new AssociatePdbFileWithSeq()
 443            * .associatePdbWithSeq(selectedPdbFileName, DataSourceType.FILE,
 444            * selectedSequence, true, Desktop.instance);
 445            *
 446            * sViewer = launchStructureViewer(ssm, new PDBEntry[] { fileEntry }, ap, new
 447            * SequenceI[] { selectedSequence });
 448            *
 449            */
 450           /* THIS DOESN'T WORK */
 451           else if (seq.getAllPDBEntries() != null
 452                   && seq.getAllPDBEntries().size() > 0)
 453           {
 454             structureFile = new File(
 455                     seq.getAllPDBEntries().elementAt(0).getFile());
 456             Console.debug("Using structure file (from sequence) '"
 457                     + structureFile.getAbsolutePath() + "'");
 458           }
 459
 460           if (structureFile == null)
 461           {
 462             Console.warn("Not provided structure file with '" + val + "'");
 463             continue;
 464           }
 465
 466           if (!structureFile.exists())
 467           {
 468             Console.warn("Structure file '"
 469                     + structureFile.getAbsoluteFile() + "' not found.");
 470             continue;
 471           }
 472
 473           Console.debug("Using structure file "
 474                   + structureFile.getAbsolutePath());
 475
 476           // open structure view
 477           AlignmentPanel ap = af.alignPanel;
 478           if (headless)
 479           {
 480             Cache.setProperty(Preferences.STRUCTURE_DISPLAY,
 481                     StructureViewer.ViewerType.JMOL.toString());
 482           }
 483
 484           String structureFilepath = structureFile.getAbsolutePath();
 485
 486           // get PAEMATRIX file and label from subvals or Arg.PAEMATRIX
 487           String paeFilepath = ArgParser
 488                   .getFromSubValArgOrPrefWithSubstitutions(argParser, avm,
 489                           Arg.PAEMATRIX, Position.AFTER, av, subVals, null,
 490                           null, null);
 491           if (paeFilepath != null)
 492           {
 493             File paeFile = new File(paeFilepath);
 494
 495             try
 496             {
 497               paeFilepath = paeFile.getCanonicalPath();
 498             } catch (IOException e)
 499             {
 500               paeFilepath = paeFile.getAbsolutePath();
 501               Console.warn("Problem with the PAE file path: '"
 502                       + paeFile.getPath() + "'");
 503             }
 504           }
 505
 506           // showing annotations from structure file or not
 507           boolean ssFromStructure = ArgParser.getFromSubValArgOrPref(avm,
 508                   Arg.SHOWSSANNOTATIONS, subVals, null, "STRUCT_FROM_PDB",
 509                   true);
 510
 511           // get TEMPFAC type from subvals or Arg.TEMPFAC in case user Adds
 512           // reference annotations
 513           String tftString = ArgParser
 514                   .getFromSubValArgOrPrefWithSubstitutions(argParser, avm,
 515                           Arg.TEMPFAC, Position.AFTER, av, subVals, null,
 516                           null, null);
 517           boolean notempfac = ArgParser.getFromSubValArgOrPref(avm,
 518                   Arg.NOTEMPFAC, subVals, null, "ADD_TEMPFACT_ANN", false,
 519                   true);
 520           TFType tft = notempfac ? null : TFType.DEFAULT;
 521           if (tftString != null && !notempfac)
 522           {
 523             // get kind of temperature factor annotation
 524             try
 525             {
 526               tft = TFType.valueOf(tftString.toUpperCase(Locale.ROOT));
 527               Console.debug("Obtained Temperature Factor type of '" + tft
 528                       + "' for structure '" + structureFilepath + "'");
 529             } catch (IllegalArgumentException e)
 530             {
 531               // Just an error message!
 532               StringBuilder sb = new StringBuilder().append("Cannot set ")
 533                       .append(Arg.TEMPFAC.argString()).append(" to '")
 534                       .append(tft)
 535                       .append("', ignoring.  Valid values are: ");
 536               Iterator<TFType> it = Arrays.stream(TFType.values())
 537                       .iterator();
 538               while (it.hasNext())
 539               {
 540                 sb.append(it.next().toString().toLowerCase(Locale.ROOT));
 541                 if (it.hasNext())
 542                   sb.append(", ");
 543               }
 544               Console.warn(sb.toString());
 545             }
 546           }
 547
 548           String sViewer = ArgParser.getFromSubValArgOrPref(avm,
 549                   Arg.STRUCTUREVIEWER, Position.AFTER, av, subVals, null,
 550                   null, "jmol");
 551           ViewerType viewerType = null;
 552           if (!"none".equals(sViewer))
 553           {
 554             for (ViewerType v : EnumSet.allOf(ViewerType.class))
 555             {
 556               String name = v.name().toLowerCase(Locale.ROOT)
 557                       .replaceAll(" ", "");
 558               if (sViewer.equals(name))
 559               {
 560                 viewerType = v;
 561                 break;
 562               }
 563             }
 564           }
 565
 566           // TODO use ssFromStructure
 567           StructureViewer sv = StructureChooser
 568                   .openStructureFileForSequence(null, null, ap, seq, false,
 569                           structureFilepath, tft, paeFilepath, false,
 570                           ssFromStructure, false, viewerType);
 571
 572           if (sv==null)
 573           {
 574             Console.error("Failed to import and open structure view.");
 575             continue;
 576           }
 577           while (sv.isBusy())
 578           {
 579             try {
 580               Thread.sleep(25);
 581             }
 582             catch (Exception x)
 583             {
 584
 585             }
 586           }
 587
 588           String structureImageFilename = ArgParser.getValueFromSubValOrArg(
 589                   avm, av, Arg.STRUCTUREIMAGE, subVals);
 590           if (sv != null && structureImageFilename != null)
 591           {
 592             ArgValue siAv = avm.getClosestNextArgValueOfArg(av,
 593                     Arg.STRUCTUREIMAGE);
 594             SubVals sisv = null;
 595             if (structureImageFilename.equals(siAv.getValue()))
 596             {
 597               sisv = siAv.getSubVals();
 598             }
 599             File structureImageFile = new File(structureImageFilename);
 600             String width = ArgParser.getValueFromSubValOrArg(avm, av,
 601                     Arg.STRUCTUREIMAGEWIDTH, sisv);
 602             String height = ArgParser.getValueFromSubValOrArg(avm, av,
 603                     Arg.STRUCTUREIMAGEHEIGHT, sisv);
 604             String scale = ArgParser.getValueFromSubValOrArg(avm, av,
 605                     Arg.STRUCTUREIMAGESCALE, sisv);
 606             String renderer = ArgParser.getValueFromSubValOrArg(avm, av,
 607                     Arg.STRUCTUREIMAGETEXTRENDERER, sisv);
 608             String typeS = ArgParser.getValueFromSubValOrArg(avm, av,
 609                     Arg.STRUCTUREIMAGETYPE, sisv);
 610             if (typeS == null || typeS.length() == 0)
 611             {
 612               typeS = FileUtils.getExtension(structureImageFile);
 613             }
 614             TYPE imageType;
 615             try
 616             {
 617               imageType = Enum.valueOf(TYPE.class,
 618                       typeS.toUpperCase(Locale.ROOT));
 619             } catch (IllegalArgumentException e)
 620             {
 621               Console.warn("Do not know image format '" + typeS
 622                       + "', using PNG");
 623               imageType = TYPE.PNG;
 624             }
 625             BitmapImageSizing userBis = ImageMaker
 626                     .parseScaleWidthHeightStrings(scale, width, height);
 627             switch (StructureViewer.getViewerType())
 628             {
 629             case JMOL:
 630               try
 631               {
 632                 Thread.sleep(1000);
 633               } catch (InterruptedException e)
 634               {
 635                 // TODO Auto-generated catch block
 636                 e.printStackTrace();
 637               }
 638               JalviewStructureDisplayI sview = sv
 639                       .getJalviewStructureDisplay();
 640               if (sview instanceof AppJmol)
 641               {
 642                 AppJmol jmol = (AppJmol) sview;
 643                 try {
 644                   jmol.makePDBImage(structureImageFile, imageType, renderer,
 645                         userBis);
 646                 }
 647                 catch (ImageOutputException ioexc)
 648                 {
 649                   Console.warn("Unexpected error whilst exporting image to "+structureImageFile,ioexc);
 650                 }
 651
 652               }
 653               break;
 654             default:
 655               Console.warn("Cannot export image for structure viewer "
 656                       + sv.getViewerType() + " yet");
 657               break;
 658             }
 659           }
 660         }
 661       }
 662     }
 663
 664     /*
 665     boolean doShading = avm.getBoolean(Arg.TEMPFAC_SHADING);
 666     if (doShading)
 667     {
 668       AlignFrame af = afMap.get(id);
 669       for (AlignmentAnnotation aa : af.alignPanel.getAlignment()
 670               .findAnnotation(PDBChain.class.getName().toString()))
 671       {
 672         AnnotationColourGradient acg = new AnnotationColourGradient(aa,
 673                 af.alignPanel.av.getGlobalColourScheme(), 0);
 674         acg.setSeqAssociated(true);
 675         af.changeColour(acg);
 676         Console.info("Changed colour " + acg.toString());
 677       }
 678     }
 679     */
 680
 681     return theseArgsWereParsed;
 682   }
 683
 684   protected void processGroovyScript(String id)
 685   {
 686     ArgValuesMap avm = argParser.getLinkedArgs(id);
 687     AlignFrame af = afMap.get(id);
 688
 689     if (af == null)
 690     {
 691       Console.warn("Did not have an alignment window for id=" + id);
 692       return;
 693     }
 694
 695     if (avm.containsArg(Arg.GROOVY))
 696     {
 697       String groovyscript = avm.getValue(Arg.GROOVY);
 698       if (groovyscript != null)
 699       {
 700         // Execute the groovy script after we've done all the rendering stuff
 701         // and before any images or figures are generated.
 702         Console.info("Executing script " + groovyscript);
 703         Jalview.getInstance().executeGroovyScript(groovyscript, af);
 704       }
 705     }
 706   }
 707
 708   protected boolean processImages(String id)
 709   {
 710     ArgValuesMap avm = argParser.getLinkedArgs(id);
 711     AlignFrame af = afMap.get(id);
 712
 713     if (af == null)
 714     {
 715       Console.warn("Did not have an alignment window for id=" + id);
 716       return false;
 717     }
 718
 719     if (avm.containsArg(Arg.IMAGE))
 720     {
 721       for (ArgValue av : avm.getArgValueList(Arg.IMAGE))
 722       {
 723         String val = av.getValue();
 724         SubVals subVal = av.getSubVals();
 725         String fileName = subVal.getContent();
 726         File file = new File(fileName);
 727         String name = af.getName();
 728         String renderer = ArgParser.getValueFromSubValOrArg(avm, av,
 729                 Arg.TEXTRENDERER, subVal);
 730         if (renderer == null)
 731           renderer = "text";
 732         String type = "png"; // default
 733
 734         String scale = ArgParser.getValueFromSubValOrArg(avm, av, Arg.SCALE,
 735                 subVal);
 736         String width = ArgParser.getValueFromSubValOrArg(avm, av, Arg.WIDTH,
 737                 subVal);
 738         String height = ArgParser.getValueFromSubValOrArg(avm, av,
 739                 Arg.HEIGHT, subVal);
 740         BitmapImageSizing userBis = ImageMaker
 741                 .parseScaleWidthHeightStrings(scale, width, height);
 742
 743         type = ArgParser.getValueFromSubValOrArg(avm, av, Arg.TYPE, subVal);
 744         if (type == null && fileName != null)
 745         {
 746           for (String ext : new String[] { "svg", "png", "html", "eps" })
 747           {
 748             if (fileName.toLowerCase(Locale.ROOT).endsWith("." + ext))
 749             {
 750               type = ext;
 751             }
 752           }
 753         }
 754         // for moment we disable JSON export
 755         Cache.setPropsAreReadOnly(true);
 756         Cache.setProperty("EXPORT_EMBBED_BIOJSON", "false");
 757
 758         Console.info("Writing " + file);
 759         try {
 760         switch (type)
 761         {
 762
 763         case "svg":
 764           Console.debug("Outputting type '" + type + "' to " + fileName);
 765           af.createSVG(file, renderer);
 766           break;
 767
 768         case "png":
 769           Console.debug("Outputting type '" + type + "' to " + fileName);
 770           af.createPNG(file, null, userBis);
 771           break;
 772
 773         case "html":
 774           Console.debug("Outputting type '" + type + "' to " + fileName);
 775           HtmlSvgOutput htmlSVG = new HtmlSvgOutput(af.alignPanel);
 776           htmlSVG.exportHTML(fileName, renderer);
 777           break;
 778
 779         case "biojs":
 780           Console.debug("Creating BioJS MSA Viwer HTML file: " + fileName);
 781           try
 782           {
 783             BioJsHTMLOutput.refreshVersionInfo(
 784                     BioJsHTMLOutput.BJS_TEMPLATES_LOCAL_DIRECTORY);
 785           } catch (URISyntaxException e)
 786           {
 787             e.printStackTrace();
 788           }
 789           BioJsHTMLOutput bjs = new BioJsHTMLOutput(af.alignPanel);
 790           bjs.exportHTML(fileName);
 791           break;
 792
 793         case "eps":
 794           Console.debug("Creating EPS file: " + fileName);
 795           af.createEPS(file, name);
 796           break;
 797
 798         case "imagemap":
 799           Console.debug("Creating ImageMap file: " + fileName);
 800           af.createImageMap(file, name);
 801           break;
 802
 803         default:
 804           Console.warn(Arg.IMAGE.argString() + " type '" + type
 805                   + "' not known. Ignoring");
 806           break;
 807         }
 808         } catch (Exception ioex) {
 809           Console.warn("Unexpected error during export",ioex);
 810         }
 811       }
 812     }
 813     return true;
 814   }
 815
 816   protected boolean processOutput(String id)
 817   {
 818     ArgValuesMap avm = argParser.getLinkedArgs(id);
 819     AlignFrame af = afMap.get(id);
 820
 821     if (af == null)
 822     {
 823       Console.warn("Did not have an alignment window for id=" + id);
 824       return false;
 825     }
 826
 827     if (avm.containsArg(Arg.OUTPUT))
 828     {
 829       for (ArgValue av : avm.getArgValueList(Arg.OUTPUT))
 830       {
 831         String val = av.getValue();
 832         SubVals subVals = av.getSubVals();
 833         String fileName = subVals.getContent();
 834         File file = new File(fileName);
 835         boolean overwrite = ArgParser.getFromSubValArgOrPref(avm,
 836                 Arg.OVERWRITE, subVals, null, "OVERWRITE_OUTPUT", false);
 837         // backups. Use the Arg.BACKUPS or subval "backups" setting first,
 838         // otherwise if headless assume false, if not headless use the user
 839         // preference with default true.
 840         boolean backups = ArgParser.getFromSubValArgOrPref(avm, Arg.BACKUPS,
 841                 subVals, null,
 842                 Platform.isHeadless() ? null : BackupFiles.ENABLED,
 843                 !Platform.isHeadless());
 844
 845         // if backups is not true then --overwrite must be specified
 846         if (file.exists() && !(overwrite || backups))
 847         {
 848           Console.error("Won't overwrite file '" + fileName + "' without "
 849                   + Arg.OVERWRITE.argString() + " or "
 850                   + Arg.BACKUPS.argString() + " set");
 851           return false;
 852         }
 853
 854         String name = af.getName();
 855         String format = ArgParser.getValueFromSubValOrArg(avm, av,
 856                 Arg.FORMAT, subVals);
 857         FileFormats ffs = FileFormats.getInstance();
 858         List<String> validFormats = ffs.getWritableFormats(false);
 859
 860         FileFormatI ff = null;
 861         if (format == null && fileName != null)
 862         {
 863           FORMAT: for (String fname : validFormats)
 864           {
 865             FileFormatI tff = ffs.forName(fname);
 866             String[] extensions = tff.getExtensions().split(",");
 867             for (String ext : extensions)
 868             {
 869               if (fileName.toLowerCase(Locale.ROOT).endsWith("." + ext))
 870               {
 871                 ff = tff;
 872                 format = ff.getName();
 873                 break FORMAT;
 874               }
 875             }
 876           }
 877         }
 878         if (ff == null && format != null)
 879         {
 880           ff = ffs.forName(format);
 881         }
 882         if (ff == null)
 883         {
 884           StringBuilder validSB = new StringBuilder();
 885           for (String f : validFormats)
 886           {
 887             if (validSB.length() > 0)
 888               validSB.append(", ");
 889             validSB.append(f);
 890             FileFormatI tff = ffs.forName(f);
 891             validSB.append(" (");
 892             validSB.append(tff.getExtensions());
 893             validSB.append(")");
 894           }
 895
 896           Jalview.exit("No valid format specified for "
 897                   + Arg.OUTPUT.argString() + ". Valid formats are "
 898                   + validSB.toString() + ".", 1);
 899           // this return really shouldn't happen
 900           return false;
 901         }
 902
 903         String savedBackupsPreference = Cache
 904                 .getDefault(BackupFiles.ENABLED, null);
 905         Console.debug("Setting backups to " + backups);
 906         Cache.applicationProperties.put(BackupFiles.ENABLED,
 907                 Boolean.toString(backups));
 908
 909         Console.info("Writing " + fileName);
 910
 911         af.saveAlignment(fileName, ff);
 912         Console.debug("Returning backups to " + savedBackupsPreference);
 913         if (savedBackupsPreference != null)
 914           Cache.applicationProperties.put(BackupFiles.ENABLED,
 915                   savedBackupsPreference);
 916         if (af.isSaveAlignmentSuccessful())
 917         {
 918           Console.debug("Written alignment '" + name + "' in "
 919                   + ff.getName() + " format to " + file);
 920         }
 921         else
 922         {
 923           Console.warn("Error writing file " + file + " in " + ff.getName()
 924                   + " format!");
 925         }
 926
 927       }
 928     }
 929     return true;
 930   }
 931
 932   private SequenceI getSpecifiedSequence(AlignFrame af, ArgValuesMap avm,
 933           ArgValue av)
 934   {
 935     SubVals subVals = av.getSubVals();
 936     ArgValue idAv = avm.getClosestNextArgValueOfArg(av, Arg.SEQID);
 937     SequenceI seq = null;
 938     if (subVals == null && idAv == null)
 939       return null;
 940     if (af == null || af.getCurrentView() == null)
 941     {
 942       return null;
 943     }
 944     AlignmentI al = af.getCurrentView().getAlignment();
 945     if (al == null)
 946     {
 947       return null;
 948     }
 949     if (subVals != null)
 950     {
 951       if (subVals.has(Arg.SEQID.getName()))
 952       {
 953         seq = al.findName(subVals.get(Arg.SEQID.getName()));
 954       }
 955       else if (-1 < subVals.getIndex()
 956               && subVals.getIndex() < al.getSequences().size())
 957       {
 958         seq = al.getSequenceAt(subVals.getIndex());
 959       }
 960     }
 961     else if (idAv != null)
 962     {
 963       seq = al.findName(idAv.getValue());
 964     }
 965     return seq;
 966   }
 967 }