src/jalview/bin/Commands.java

   1 package jalview.bin;
   2
   3 import java.io.File;
   4 import java.io.IOException;
   5 import java.net.URISyntaxException;
   6 import java.util.ArrayList;
   7 import java.util.Arrays;
   8 import java.util.Collections;
   9 import java.util.EnumSet;
  10 import java.util.HashMap;
  11 import java.util.Iterator;
  12 import java.util.List;
  13 import java.util.Locale;
  14 import java.util.Map;
  15
  16 import jalview.analysis.AlignmentUtils;
  17 import jalview.bin.argparser.Arg;
  18 import jalview.bin.argparser.ArgParser;
  19 import jalview.bin.argparser.ArgParser.Position;
  20 import jalview.bin.argparser.ArgValue;
  21 import jalview.bin.argparser.ArgValues;
  22 import jalview.bin.argparser.ArgValuesMap;
  23 import jalview.bin.argparser.SubVals;
  24 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  25 import jalview.datamodel.SequenceI;
  26 import jalview.datamodel.annotations.AlphaFoldAnnotationRowBuilder;
  27 import jalview.gui.AlignFrame;
  28 import jalview.gui.AlignmentPanel;
  29 import jalview.gui.Desktop;
  30 import jalview.gui.Preferences;
  31 import jalview.gui.StructureChooser;
  32 import jalview.gui.StructureViewer;
  33 import jalview.gui.StructureViewer.ViewerType;
  34 import jalview.io.AppletFormatAdapter;
  35 import jalview.io.BioJsHTMLOutput;
  36 import jalview.io.DataSourceType;
  37 import jalview.io.FileFormat;
  38 import jalview.io.FileFormatException;
  39 import jalview.io.FileFormatI;
  40 import jalview.io.FileLoader;
  41 import jalview.io.HtmlSvgOutput;
  42 import jalview.io.IdentifyFile;
  43 import jalview.structure.StructureImportSettings.TFType;
  44 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  45 import jalview.util.HttpUtils;
  46 import jalview.util.MessageManager;
  47 import jalview.util.Platform;
  48
  49 public class Commands
  50 {
  51   Desktop desktop;
  52
  53   private boolean headless;
  54
  55   private ArgParser argParser;
  56
  57   private Map<String, AlignFrame> afMap;
  58
  59   private boolean commandArgsProvided = false;
  60
  61   private boolean argsWereParsed = false;
  62
  63   public Commands(ArgParser argparser, boolean headless)
  64   {
  65     this(Desktop.instance, argparser, headless);
  66   }
  67
  68   public Commands(Desktop d, ArgParser argparser, boolean h)
  69   {
  70     argParser = argparser;
  71     headless = h;
  72     desktop = d;
  73     afMap = new HashMap<String, AlignFrame>();
  74     if (argparser != null)
  75     {
  76       processArgs(argparser, headless);
  77     }
  78   }
  79
  80   private boolean processArgs(ArgParser argparser, boolean h)
  81   {
  82     argParser = argparser;
  83     headless = h;
  84     boolean theseArgsWereParsed = false;
  85
  86     if (argParser != null && argParser.getLinkedIds() != null)
  87     {
  88       for (String id : argParser.getLinkedIds())
  89       {
  90         ArgValuesMap avm = argParser.getLinkedArgs(id);
  91         theseArgsWereParsed = true;
  92         theseArgsWereParsed &= processLinked(id);
  93         theseArgsWereParsed &= processImages(id);
  94
  95         // close ap
  96         if (avm.getBoolean(Arg.CLOSE))
  97         {
  98           AlignFrame af = afMap.get(id);
  99           if (af != null)
 100           {
 101             af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
 102           }
 103         }
 104
 105       }
 106
 107     }
 108     if (argParser.getBool(Arg.QUIT))
 109     {
 110       Jalview.getInstance().quit();
 111       return true;
 112     }
 113     // carry on with jalview.bin.Jalview
 114     argsWereParsed = theseArgsWereParsed;
 115     return argsWereParsed;
 116   }
 117
 118   public boolean commandArgsProvided()
 119   {
 120     return commandArgsProvided;
 121   }
 122
 123   public boolean argsWereParsed()
 124   {
 125     return argsWereParsed;
 126   }
 127
 128   protected boolean processUnlinked(String id)
 129   {
 130     return processLinked(id);
 131   }
 132
 133   protected boolean processLinked(String id)
 134   {
 135     boolean theseArgsWereParsed = false;
 136     ArgValuesMap avm = argParser.getLinkedArgs(id);
 137     if (avm == null)
 138       return true;
 139
 140     /*
 141      * // script to execute after all loading is completed one way or another String
 142      * groovyscript = m.get(Arg.GROOVY) == null ? null :
 143      * m.get(Arg.GROOVY).getValue(); String file = m.get(Arg.OPEN) == null ? null :
 144      * m.get(Arg.OPEN).getValue(); String data = null; FileFormatI format = null;
 145      * DataSourceType protocol = null;
 146      */
 147     if (avm.containsArg(Arg.APPEND) || avm.containsArg(Arg.OPEN))
 148     {
 149       commandArgsProvided = true;
 150       long progress = -1;
 151
 152       boolean first = true;
 153       boolean progressBarSet = false;
 154       AlignFrame af;
 155       // Combine the APPEND and OPEN files into one list, along with whether it
 156       // was APPEND or OPEN
 157       List<ArgValue> openAvList = new ArrayList<>();
 158       openAvList.addAll(avm.getArgValueList(Arg.OPEN));
 159       openAvList.addAll(avm.getArgValueList(Arg.APPEND));
 160       // sort avlist based on av.getArgIndex()
 161       Collections.sort(openAvList);
 162       for (ArgValue av : openAvList)
 163       {
 164         Arg a = av.getArg();
 165         SubVals sv = av.getSubVals();
 166         String openFile = av.getValue();
 167         if (openFile == null)
 168           continue;
 169
 170         theseArgsWereParsed = true;
 171         if (first)
 172         {
 173           first = false;
 174           if (!headless && desktop != null)
 175           {
 176             desktop.setProgressBar(
 177                     MessageManager.getString(
 178                             "status.processing_commandline_args"),
 179                     progress = System.currentTimeMillis());
 180             progressBarSet = true;
 181           }
 182         }
 183
 184         if (!Platform.isJS())
 185         /**
 186          * ignore in JavaScript -- can't just file existence - could load it?
 187          *
 188          * @j2sIgnore
 189          */
 190         {
 191           if (!HttpUtils.startsWithHttpOrHttps(openFile))
 192           {
 193             if (!(new File(openFile)).exists())
 194             {
 195               Console.warn("Can't find file '" + openFile + "'");
 196             }
 197           }
 198         }
 199
 200         DataSourceType protocol = AppletFormatAdapter
 201                 .checkProtocol(openFile);
 202
 203         FileFormatI format = null;
 204         try
 205         {
 206           format = new IdentifyFile().identify(openFile, protocol);
 207         } catch (FileFormatException e1)
 208         {
 209           Console.error("Unknown file format for '" + openFile + "'");
 210         }
 211
 212         af = afMap.get(id);
 213         // When to open a new AlignFrame
 214         if (af == null || "true".equals(av.getSubVal("new"))
 215                 || a == Arg.OPEN || format == FileFormat.Jalview)
 216         {
 217           /*
 218            * this approach isn't working yet // get default annotations before opening
 219            * AlignFrame if (m.get(Arg.SSANNOTATIONS) != null) {
 220            * Console.debug("##### SSANNOTATIONS=" + m.get(Arg.SSANNOTATIONS).getBoolean());
 221            * } if (m.get(Arg.NOTEMPFAC) != null) { Console.debug( "##### NOTEMPFAC=" +
 222            * m.get(Arg.NOTEMPFAC).getBoolean()); } boolean showSecondaryStructure =
 223            * (m.get(Arg.SSANNOTATIONS) != null) ? m.get(Arg.SSANNOTATIONS).getBoolean() :
 224            * false; boolean showTemperatureFactor = (m.get(Arg.NOTEMPFAC) != null) ?
 225            * !m.get(Arg.NOTEMPFAC).getBoolean() : false; Console.debug("##### tempfac=" +
 226            * showTemperatureFactor + ", showSS=" + showSecondaryStructure);
 227            * StructureSelectionManager ssm = StructureSelectionManager
 228            * .getStructureSelectionManager(Desktop.instance); if (ssm != null) {
 229            * ssm.setAddTempFacAnnot(showTemperatureFactor);
 230            * ssm.setProcessSecondaryStructure(showSecondaryStructure); }
 231            */
 232
 233           Console.debug(
 234                   "Opening '" + openFile + "' in new alignment frame");
 235           FileLoader fileLoader = new FileLoader(!headless);
 236
 237           af = fileLoader.LoadFileWaitTillLoaded(openFile, protocol,
 238                   format);
 239           boolean showAnnotations = ArgParser.getFromSubValArgOrPref(avm,
 240                   Arg.ANNOTATIONS, av.getSubVals(), null,
 241                   "SHOW_ANNOTATIONS", true);
 242           af.setAnnotationsVisibility(showAnnotations, false, true);
 243
 244           // wrap alignment?
 245           boolean wrap = ArgParser.getFromSubValArgOrPref(avm, Arg.WRAP, sv,
 246                   null, "WRAP_ALIGNMENT", false);
 247           af.getCurrentView().setWrapAlignment(wrap);
 248
 249           // colour aligment?
 250           String colour = ArgParser.getFromSubValArgOrPref(avm, av,
 251                   Arg.COLOUR, sv, null, "DEFAULT_COLOUR_PROT", "");
 252
 253           if ("" != colour)
 254           {
 255             af.changeColour_actionPerformed(colour);
 256           }
 257
 258           // change alignment frame title
 259           String title = ArgParser.getFromSubValArgOrPref(avm, av,
 260                   Arg.TITLE, sv, null, null, null);
 261           if (title != null)
 262             af.setTitle(title);
 263
 264           // show secondary structure annotations?
 265           boolean showSSAnnotations = ArgParser.getFromSubValArgOrPref(avm,
 266                   Arg.SSANNOTATIONS, av.getSubVals(), null,
 267                   "STRUCT_FROM_PDB", true);
 268           if (avm.getBoolean(Arg.SSANNOTATIONS))
 269           {
 270             af.setAnnotationsVisibility(showSSAnnotations, true, false);
 271             /*
 272             AlignmentUtils.showOrHideSequenceAnnotations(
 273                     af.getCurrentView().getAlignment(),
 274                     Collections.singleton("Secondary Structure"), null,
 275                     false, false);
 276              */
 277           }
 278
 279           // show temperature factor annotations?
 280           if (avm.getBoolean(Arg.NOTEMPFAC))
 281           {
 282             // do this better (annotation types?)
 283             List<String> hideThese = new ArrayList<>();
 284             hideThese.add("Temperature Factor");
 285             hideThese.add(AlphaFoldAnnotationRowBuilder.LABEL);
 286             AlignmentUtils.showOrHideSequenceAnnotations(
 287                     af.getCurrentView().getAlignment(), hideThese, null,
 288                     false, false);
 289           }
 290           else
 291           /*
 292            * comment out hacky approach up to here and add this line: if
 293            * (showTemperatureFactor)
 294            */
 295           {
 296             /*
 297             if (avm.containsArg(Arg.TEMPFAC_LABEL))
 298             {
 299               AlignmentAnnotation aa = AlignmentUtils
 300                       .getFirstSequenceAnnotationOfType(
 301                               af.getCurrentView().getAlignment(),
 302                               AlignmentAnnotation.LINE_GRAPH);
 303               String label = avm.getValue(Arg.TEMPFAC_LABEL);
 304               if (aa != null)
 305               {
 306                 aa.label = label;
 307               }
 308               else
 309               {
 310                 Console.info(
 311                         "Could not find annotation to apply tempfac_label '"
 312                                 + label);
 313               }
 314             }
 315             */
 316           }
 317
 318           // store the AlignFrame for this id
 319           afMap.put(id, af);
 320
 321           // is it its own structure file?
 322           if (format.isStructureFile())
 323           {
 324             StructureSelectionManager ssm = StructureSelectionManager
 325                     .getStructureSelectionManager(Desktop.instance);
 326             SequenceI seq = af.alignPanel.getAlignment().getSequenceAt(0);
 327             ssm.computeMapping(false, new SequenceI[] { seq }, null,
 328                     openFile, DataSourceType.FILE, null, null, null, false);
 329           }
 330         }
 331         else
 332         {
 333           Console.debug(
 334                   "Opening '" + openFile + "' in existing alignment frame");
 335           DataSourceType dst = HttpUtils.startsWithHttpOrHttps(openFile)
 336                   ? DataSourceType.URL
 337                   : DataSourceType.FILE;
 338           FileLoader fileLoader = new FileLoader(!headless);
 339           fileLoader.LoadFile(af.getCurrentView(), openFile, dst, null,
 340                   false);
 341         }
 342
 343         Console.debug("Command " + Arg.APPEND + " executed successfully!");
 344
 345       }
 346       if (first) // first=true means nothing opened
 347       {
 348         if (headless)
 349         {
 350           Jalview.exit("Could not open any files in headless mode", 1);
 351         }
 352         else
 353         {
 354           Console.warn("No more files to open");
 355         }
 356       }
 357       if (progressBarSet && desktop != null)
 358         desktop.setProgressBar(null, progress);
 359
 360     }
 361
 362     // open the structure (from same PDB file or given PDBfile)
 363     if (!avm.getBoolean(Arg.NOSTRUCTURE))
 364     {
 365       AlignFrame af = afMap.get(id);
 366       if (avm.containsArg(Arg.STRUCTURE))
 367       {
 368         commandArgsProvided = true;
 369         for (ArgValue av : avm.getArgValueList(Arg.STRUCTURE))
 370         {
 371           String val = av.getValue();
 372           SubVals subVals = av.getSubVals();
 373           SequenceI seq = getSpecifiedSequence(af, subVals);
 374           if (seq == null)
 375           {
 376             // Could not find sequence from subId, let's assume the first
 377             // sequence in the alignframe
 378             AlignmentI al = af.getCurrentView().getAlignment();
 379             seq = al.getSequenceAt(0);
 380           }
 381
 382           if (seq == null)
 383           {
 384             Console.warn("Could not find sequence for argument "
 385                     + Arg.STRUCTURE.argString() + "=" + val);
 386             // you probably want to continue here, not break
 387             // break;
 388             continue;
 389           }
 390           File structureFile = null;
 391           if (subVals.getContent() != null
 392                   && subVals.getContent().length() != 0)
 393           {
 394             structureFile = new File(subVals.getContent());
 395             Console.debug("Using structure file (from argument) '"
 396                     + structureFile.getAbsolutePath() + "'");
 397           }
 398           // TRY THIS
 399           /*
 400            * PDBEntry fileEntry = new AssociatePdbFileWithSeq()
 401            * .associatePdbWithSeq(selectedPdbFileName, DataSourceType.FILE,
 402            * selectedSequence, true, Desktop.instance);
 403            *
 404            * sViewer = launchStructureViewer(ssm, new PDBEntry[] { fileEntry }, ap, new
 405            * SequenceI[] { selectedSequence });
 406            *
 407            */
 408           /* THIS DOESN'T WORK */
 409           else if (seq.getAllPDBEntries() != null
 410                   && seq.getAllPDBEntries().size() > 0)
 411           {
 412             structureFile = new File(
 413                     seq.getAllPDBEntries().elementAt(0).getFile());
 414             Console.debug("Using structure file (from sequence) '"
 415                     + structureFile.getAbsolutePath() + "'");
 416           }
 417
 418           if (structureFile == null)
 419           {
 420             Console.warn("Not provided structure file with '" + val + "'");
 421             continue;
 422           }
 423
 424           if (!structureFile.exists())
 425           {
 426             Console.warn("Structure file '"
 427                     + structureFile.getAbsoluteFile() + "' not found.");
 428             continue;
 429           }
 430
 431           Console.debug("Using structure file "
 432                   + structureFile.getAbsolutePath());
 433
 434           // ##### Does this need to happen? Follow
 435           // openStructureFileForSequence() below
 436           /*
 437           PDBEntry fileEntry = new AssociatePdbFileWithSeq()
 438                   .associatePdbWithSeq(structureFile.getAbsolutePath(),
 439                           DataSourceType.FILE, seq, true, Desktop.instance);
 440                           */
 441
 442           // open structure view
 443           AlignmentPanel ap = af.alignPanel;
 444           if (headless)
 445           {
 446             Cache.setProperty(Preferences.STRUCTURE_DISPLAY,
 447                     StructureViewer.ViewerType.JMOL.toString());
 448           }
 449
 450           String structureFilepath = structureFile.getAbsolutePath();
 451
 452           // get PAEMATRIX file and label from subvals or Arg.PAEMATRIX
 453           String paeFilepath = subVals.getWithSubstitutions(argParser, id,
 454                   "paematrix");
 455           String paeLabel = subVals.get("paelabel");
 456           ArgValue paeAv = getArgAssociatedWithStructure(Arg.PAEMATRIX, avm,
 457                   af, structureFilepath);
 458           if (paeFilepath == null && paeAv != null)
 459           {
 460             SubVals sv = paeAv.getSubVals();
 461             File paeFile = new File(sv.getContent());
 462
 463             paeLabel = sv.get("label");
 464             try
 465             {
 466               paeFilepath = paeFile.getCanonicalPath();
 467             } catch (IOException e)
 468             {
 469               paeFilepath = paeFile.getAbsolutePath();
 470               Console.warn("Problem with the PAE file path: '"
 471                       + paeFile.getPath() + "'");
 472             }
 473           }
 474
 475           // showing annotations from structure file or not
 476           boolean ssFromStructure = ArgParser.getFromSubValArgOrPref(avm,
 477                   Arg.SSANNOTATIONS, subVals, null, "STRUCT_FROM_PDB",
 478                   true);
 479
 480           // get TEMPFAC type from subvals or Arg.TEMPFAC in case user Adds
 481           // reference annotations
 482           String tftString = subVals.get("tempfac");
 483           TFType tft = avm.getBoolean(Arg.NOTEMPFAC) ? null
 484                   : TFType.DEFAULT;
 485           ArgValue tftAv = getArgAssociatedWithStructure(Arg.TEMPFAC, avm,
 486                   af, structureFilepath);
 487           if (tftString == null && tftAv != null)
 488           {
 489             tftString = tftAv.getSubVals().getContent();
 490           }
 491           if (tftString != null)
 492           {
 493             // get kind of temperature factor annotation
 494             try
 495             {
 496               tft = TFType.valueOf(tftString.toUpperCase(Locale.ROOT));
 497               Console.debug("Obtained Temperature Factor type of '" + tft
 498                       + "' for structure '" + structureFilepath + "'");
 499             } catch (IllegalArgumentException e)
 500             {
 501               // Just an error message!
 502               StringBuilder sb = new StringBuilder().append("Cannot set ")
 503                       .append(Arg.TEMPFAC.argString()).append(" to '")
 504                       .append(tft)
 505                       .append("', ignoring.  Valid values are: ");
 506               Iterator<TFType> it = Arrays.stream(TFType.values())
 507                       .iterator();
 508               while (it.hasNext())
 509               {
 510                 sb.append(it.next().toString().toLowerCase(Locale.ROOT));
 511                 if (it.hasNext())
 512                   sb.append(", ");
 513               }
 514               Console.warn(sb.toString());
 515             }
 516           }
 517
 518           String sViewer = ArgParser.getFromSubValArgOrPref(avm,
 519                   Arg.STRUCTUREVIEWER, Position.AFTER, av, subVals,
 520                   "viewer", null, "jmol");
 521           ViewerType viewerType = null;
 522           if (!"none".equals(sViewer))
 523           {
 524             for (ViewerType v : EnumSet.allOf(ViewerType.class))
 525             {
 526               String name = v.name().toLowerCase(Locale.ROOT)
 527                       .replaceAll(" ", "");
 528               if (sViewer.equals(name))
 529               {
 530                 viewerType = v;
 531                 break;
 532               }
 533             }
 534           }
 535
 536           boolean addTempFac = tft != null
 537                   || Cache.getDefault("ADD_TEMPFACT_ANN", false);
 538
 539           // TODO use ssFromStructure
 540           StructureChooser.openStructureFileForSequence(null, null, ap, seq,
 541                   false, structureFilepath, tft, paeFilepath, false,
 542                   ssFromStructure, false, viewerType);
 543         }
 544       }
 545     }
 546
 547     /*
 548     boolean doShading = avm.getBoolean(Arg.TEMPFAC_SHADING);
 549     if (doShading)
 550     {
 551       AlignFrame af = afMap.get(id);
 552       for (AlignmentAnnotation aa : af.alignPanel.getAlignment()
 553               .findAnnotation(PDBChain.class.getName().toString()))
 554       {
 555         AnnotationColourGradient acg = new AnnotationColourGradient(aa,
 556                 af.alignPanel.av.getGlobalColourScheme(), 0);
 557         acg.setSeqAssociated(true);
 558         af.changeColour(acg);
 559         Console.info("Changed colour " + acg.toString());
 560       }
 561     }
 562     */
 563
 564     return theseArgsWereParsed;
 565   }
 566
 567   protected boolean processImages(String id)
 568   {
 569     ArgValuesMap avm = argParser.getLinkedArgs(id);
 570     AlignFrame af = afMap.get(id);
 571
 572     if (af == null)
 573     {
 574       Console.warn("Did not have an alignment window for id=" + id);
 575       return false;
 576     }
 577
 578     if (avm.containsArg(Arg.IMAGE))
 579     {
 580       for (ArgValue av : avm.getArgValueList(Arg.IMAGE))
 581       {
 582         String val = av.getValue();
 583         SubVals subVal = av.getSubVals();
 584         String type = "png"; // default
 585         String fileName = subVal.getContent();
 586         File file = new File(fileName);
 587         String renderer = ArgParser.getValueFromSubValOrArg(avm, av,
 588                 Arg.RENDERER, subVal);
 589         if (renderer == null)
 590           renderer = "text";
 591         type = ArgParser.getValueFromSubValOrArg(avm, av, Arg.TYPE, subVal);
 592         if (type == null && fileName != null)
 593         {
 594           for (String ext : new String[] { "svg", "png", "html", "eps" })
 595           {
 596             if (fileName.toLowerCase(Locale.ROOT).endsWith("." + ext))
 597             {
 598               type = ext;
 599             }
 600           }
 601         }
 602         // for moment we disable JSON export
 603         Cache.setPropsAreReadOnly(true);
 604         Cache.setProperty("EXPORT_EMBBED_BIOJSON", "false");
 605
 606         switch (type)
 607         {
 608
 609         case "svg":
 610           Console.debug("Outputting type '" + type + "' to " + fileName);
 611           af.createSVG(file, renderer);
 612           break;
 613
 614         case "png":
 615           Console.debug("Outputting type '" + type + "' to " + fileName);
 616           af.createPNG(file);
 617           break;
 618
 619         case "html":
 620           Console.debug("Outputting type '" + type + "' to " + fileName);
 621           HtmlSvgOutput htmlSVG = new HtmlSvgOutput(af.alignPanel);
 622           htmlSVG.exportHTML(fileName, renderer);
 623           break;
 624
 625         case "biojs":
 626           try
 627           {
 628             BioJsHTMLOutput.refreshVersionInfo(
 629                     BioJsHTMLOutput.BJS_TEMPLATES_LOCAL_DIRECTORY);
 630           } catch (URISyntaxException e)
 631           {
 632             e.printStackTrace();
 633           }
 634           BioJsHTMLOutput bjs = new BioJsHTMLOutput(af.alignPanel);
 635           bjs.exportHTML(fileName);
 636           Console.debug("Creating BioJS MSA Viwer HTML file: " + fileName);
 637           break;
 638
 639         default:
 640           Console.warn(Arg.IMAGE.argString() + " type '" + type
 641                   + "' not known. Ignoring");
 642           break;
 643         }
 644       }
 645     }
 646     return true;
 647   }
 648
 649   private SequenceI getSpecifiedSequence(AlignFrame af, SubVals subId)
 650   {
 651     if (subId == null)
 652       return null;
 653     AlignmentI al = af.getCurrentView().getAlignment();
 654     if (subId.has("seqid"))
 655     {
 656       return al.findName(subId.get("seqid"));
 657     }
 658     else if (-1 < subId.getIndex()
 659             && subId.getIndex() < al.getSequences().size())
 660     {
 661       return al.getSequenceAt(subId.getIndex());
 662     }
 663     return null;
 664   }
 665
 666   // returns the first Arg value intended for the structure structFilename
 667   // (in the given AlignFrame from the ArgValuesMap)
 668   private ArgValue getArgAssociatedWithStructure(Arg arg, ArgValuesMap avm,
 669           AlignFrame af, String structFilename)
 670   {
 671     if (af != null)
 672     {
 673       for (ArgValue av : avm.getArgValueList(arg))
 674       {
 675         SubVals subVals = av.getSubVals();
 676         String structid = subVals.get("structid");
 677         String structfile = subVals.get("structfile");
 678
 679         // let's find a structure
 680         if (structfile == null && structid == null)
 681         {
 682           ArgValue likelyStructure = avm.getClosestPreviousArgValueOfArg(av,
 683                   Arg.STRUCTURE);
 684           if (likelyStructure != null)
 685           {
 686             SubVals sv = likelyStructure.getSubVals();
 687             if (sv != null && sv.has(ArgValues.ID))
 688             {
 689               structid = sv.get(ArgValues.ID);
 690             }
 691             else
 692             {
 693               structfile = likelyStructure.getValue();
 694             }
 695           }
 696         }
 697
 698         if (structfile == null && structid != null)
 699         {
 700           StructureSelectionManager ssm = StructureSelectionManager
 701                   .getStructureSelectionManager(Desktop.instance);
 702           if (ssm != null)
 703           {
 704             structfile = ssm.findFileForPDBId(structid);
 705           }
 706         }
 707         if (structfile != null && structfile.equals(structFilename))
 708         {
 709           return av;
 710         }
 711       }
 712     }
 713     return null;
 714   }
 715 }