src/jalview/bin/Jalview.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 \r
  20 package jalview.bin;\r
  21 \r
  22 import jalview.gui.*;\r
  23 import javax.swing.*;\r
  24 import java.awt.event.*;\r
  25 import jalview.io.*;\r
  26 \r
  27 import org.apache.log4j.*;\r
  28 \r
  29 public class Jalview extends JApplet\r
  30 {\r
  31   public static JApplet applet;\r
  32   Desktop frame;\r
  33   public void init()\r
  34   {\r
  35     applet = this;\r
  36     Cache.loadProperties();\r
  37     jalview.gui.Preferences.initPreferences();\r
  38 \r
  39     frame = new Desktop();\r
  40     frame.setResizable(true);\r
  41     frame.setVisible(true);\r
  42     frame.setDefaultCloseOperation(JFrame.DO_NOTHING_ON_CLOSE);\r
  43     frame.addWindowListener(new WindowAdapter()\r
  44     {\r
  45       public void windowClosing(WindowEvent e)\r
  46       {\r
  47           applet.stop();\r
  48           applet.destroy();\r
  49       }\r
  50     });\r
  51 \r
  52     String file = getParameter("alignment");\r
  53 \r
  54     if(file!=null)\r
  55     {\r
  56       jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", file);\r
  57       String protocol = "File";\r
  58       if (file.indexOf("http:") > -1)\r
  59         protocol = "URL";\r
  60 \r
  61       String format = jalview.io.IdentifyFile.Identify(file, protocol);\r
  62 \r
  63       frame.LoadFile(file, protocol, format);\r
  64     }\r
  65   }\r
  66 \r
  67   public void destroy()\r
  68   {\r
  69     if(applet!=null)\r
  70       applet.stop();\r
  71     else\r
  72       System.exit(0);\r
  73     frame.setVisible(false);\r
  74   }\r
  75 \r
  76   private static void initLogger() {\r
  77     Logger l = Logger.getLogger("org.apache.axis");\r
  78     if (Cache.getProperty("logs.Axis.Level")==null) {\r
  79       Cache.setProperty("logs.Axis.Level", Level.INFO.toString());\r
  80     }\r
  81 \r
  82     l.setLevel(Level.toLevel(Cache.getProperty("logs.Axis.Level")));\r
  83     ConsoleAppender ap = new ConsoleAppender(new SimpleLayout(),"System.err");\r
  84     ap.setName("Axis");\r
  85     l.addAppender(ap);\r
  86   }\r
  87    public static void main(String[] args) {\r
  88 \r
  89     Cache.loadProperties();\r
  90     jalview.gui.Preferences.initPreferences();\r
  91     try {\r
  92       initLogger();\r
  93     } catch (Exception e) {\r
  94       System.err.println("Problems initializing the log4j system\n");\r
  95       e.printStackTrace();\r
  96     }\r
  97     try{\r
  98        UIManager.setLookAndFeel(\r
  99    //   "javax.swing.plaf.metal.MetalLookAndFeel"\r
 100     //  "javax.swing.plaf.multi.MultiLookAndFeel"\r
 101          UIManager.getSystemLookAndFeelClassName()\r
 102      //    UIManager.getCrossPlatformLookAndFeelClassName()\r
 103        // "com.sun.java.swing.plaf.gtk.GTKLookAndFeel"\r
 104        //   "com.sun.java.swing.plaf.windows.WindowsLookAndFeel"\r
 105        //  "com.sun.java.swing.plaf.motif.MotifLookAndFeel"\r
 106      );\r
 107      }\r
 108      catch (Exception ex)\r
 109      {}\r
 110 \r
 111      Desktop frame = new Desktop();\r
 112      frame.setResizable(true);\r
 113      frame.setVisible(true);\r
 114 \r
 115 \r
 116 \r
 117      if(args!=null && args.length>0)\r
 118      {\r
 119          String file=null;\r
 120          if(args[0].equals("-open"))\r
 121            file = args[1];\r
 122          else\r
 123            file = args[0];\r
 124 \r
 125          String protocol = "File";\r
 126          if(file.indexOf("http:")>-1)\r
 127            protocol = "URL";\r
 128 \r
 129          String format = jalview.io.IdentifyFile.Identify(file, protocol);\r
 130 \r
 131          frame.LoadFile(file, protocol, format);\r
 132      }\r
 133 \r
 134      if(jalview.gui.Preferences.showStartupFile &&\r
 135          jalview.gui.Preferences.startupFile!=null)\r
 136      {\r
 137        String file = jalview.gui.Preferences.startupFile;\r
 138        String protocol = "File";\r
 139        if (file.indexOf("http:") > -1)\r
 140          protocol = "URL";\r
 141 \r
 142        if(file.endsWith(".jar"))\r
 143          Jalview2XML.LoadJalviewAlign(file);\r
 144        else\r
 145        {\r
 146          String format = jalview.io.IdentifyFile.Identify(file, protocol);\r
 147          frame.LoadFile(file, protocol, format);\r
 148        }\r
 149      }\r
 150 \r
 151 \r
 152 \r
 153    }\r
 154 \r
 155 }\r
 156 \r