src/jalview/bin/Jalview.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.bin;\r
  20 \r
  21 import jalview.gui.*;\r
  22 \r
  23 import javax.swing.*;\r
  24 \r
  25 import java.util.Vector;\r
  26 \r
  27 \r
  28 /**\r
  29  * Main class for Jalview Application\r
  30  * <br>\r
  31  * <br>start with java -Djava.ext.dirs=$PATH_TO_LIB$ jalview.bin.Jalview\r
  32  *\r
  33  * @author $author$\r
  34  * @version $Revision$\r
  35  */\r
  36 public class Jalview\r
  37 {\r
  38 \r
  39     /**\r
  40      * main class for Jalview application\r
  41      *\r
  42      * @param args open <em>filename</em>\r
  43      */\r
  44     public static void main(String[] args)\r
  45     {\r
  46       System.out.println("Java version: "+System.getProperty("java.version"));\r
  47       System.out.println(System.getProperty("os.arch")+" "\r
  48                          +System.getProperty("os.name")+" "\r
  49                          +System.getProperty("os.version"));\r
  50 \r
  51 \r
  52       ArgsParser aparser = new ArgsParser(args);\r
  53       boolean headless = false;\r
  54 \r
  55       if( aparser.contains("help") || aparser.contains("h") )\r
  56       {\r
  57         System.out.println("Usage: jalview -open [FILE] [OUTPUT_FORMAT] [OUTPUT_FILE]\n\n"\r
  58                            +"-nodisplay\tRun Jalview without User Interface.\n"\r
  59                            +"-props FILE\tUse the given Jalview properties file instead of users default.\n"\r
  60                            +"-annotations FILE\tAdd precalculated annotations to the alignment.\n"\r
  61                            +"-features FILE\tUse the given file to mark features on the alignment.\n"\r
  62                            +"-fasta FILE\tCreate alignment file FILE in Fasta format.\n"\r
  63                            +"-clustal FILE\tCreate alignment file FILE in Clustal format.\n"\r
  64                            +"-pfam FILE\tCreate alignment file FILE in PFAM format.\n"\r
  65                            +"-msf FILE\tCreate alignment file FILE in MSF format.\n"\r
  66                            +"-pileup FILE\tCreate alignment file FILE in Pileup format\n"\r
  67                            +"-pir FILE\tCreate alignment file FILE in PIR format.\n"\r
  68                            +"-blc FILE\tCreate alignment file FILE in BLC format.\n"\r
  69                            +"-jalview FILE\tCreate alignment file FILE in Jalview format.\n"\r
  70                            +"-png FILE\tCreate PNG image FILE from alignment.\n"\r
  71                            +"-imgMap FILE\tCreate HTML file FILE with image map of PNG image.\n"\r
  72                            +"-eps FILE\tCreate EPS file FILE from alignment."\r
  73             +"\n\n~Read documentation in Application or visit http://www.jalview.org for description of Features and Annotations file~\n\n");\r
  74         System.exit(0);\r
  75           }\r
  76 \r
  77           Cache.loadProperties(aparser.getValue("props")); // must do this before anything else!\r
  78 \r
  79           if (aparser.contains("nodisplay"))\r
  80           {\r
  81             System.setProperty("java.awt.headless", "true");\r
  82           }\r
  83           if (System.getProperty("java.awt.headless") != null\r
  84               && System.getProperty("java.awt.headless").equals("true"))\r
  85           {\r
  86             headless = true;\r
  87           }\r
  88 \r
  89           try\r
  90           {\r
  91             Cache.initLogger();\r
  92           }\r
  93           catch (java.lang.NoClassDefFoundError error)\r
  94           {\r
  95             error.printStackTrace();\r
  96             System.out.println(\r
  97                 "\nEssential logging libraries not found."\r
  98                 +"\nUse: java -Djava.ext.dirs=$PATH_TO_LIB$ jalview.bin.Jalview");\r
  99             System.exit(0);\r
 100           }\r
 101 \r
 102         Desktop desktop = null;\r
 103 \r
 104 \r
 105         try\r
 106         {\r
 107           UIManager.setLookAndFeel(\r
 108               UIManager.getSystemLookAndFeelClassName()\r
 109               //        UIManager.getCrossPlatformLookAndFeelClassName()\r
 110       //"com.sun.java.swing.plaf.gtk.GTKLookAndFeel"\r
 111       //"javax.swing.plaf.metal.MetalLookAndFeel"\r
 112       //"com.sun.java.swing.plaf.windows.WindowsLookAndFeel"\r
 113       //"com.sun.java.swing.plaf.motif.MotifLookAndFeel"\r
 114 \r
 115               );\r
 116         }\r
 117         catch (Exception ex)\r
 118         {}\r
 119 \r
 120           if (!headless)\r
 121           {\r
 122             desktop = new Desktop();\r
 123             desktop.setVisible(true);\r
 124             desktop.discoverer.start();\r
 125           }\r
 126 \r
 127 \r
 128          String file = null, protocol = null, format = null, data=null;\r
 129          jalview.io.FileLoader fileLoader = new jalview.io.FileLoader();\r
 130 \r
 131           file = aparser.getValue("open");\r
 132 \r
 133           if (file == null && desktop==null)\r
 134           {\r
 135             System.out.println("No files to open!");\r
 136             System.exit(1);\r
 137           }\r
 138 \r
 139           if(file!=null)\r
 140           {\r
 141             System.out.println("Opening file: " + file);\r
 142 \r
 143             if (!file.startsWith("http://"))\r
 144             {\r
 145               if (! (new java.io.File(file)).exists())\r
 146               {\r
 147                 System.out.println("Can't find " + file);\r
 148                 if(headless)\r
 149                   System.exit(1);\r
 150               }\r
 151             }\r
 152 \r
 153             protocol = "File";\r
 154 \r
 155             if (file.indexOf("http:") > -1 || file.indexOf("file:") >-1)\r
 156             {\r
 157               protocol = "URL";\r
 158             }\r
 159 \r
 160 \r
 161 \r
 162             if (file.endsWith(".jar"))\r
 163               format = "Jalview";\r
 164             else\r
 165               format = new jalview.io.IdentifyFile().Identify(file, protocol);\r
 166 \r
 167 \r
 168 \r
 169             AlignFrame af = fileLoader.LoadFileWaitTillLoaded(file, protocol, format);\r
 170 \r
 171             if(af==null)\r
 172             {\r
 173               System.out.println("error");\r
 174               return;\r
 175             }\r
 176 \r
 177             data = aparser.getValue("colour");\r
 178             if(data!=null)\r
 179             {\r
 180               data.replaceAll("%20", " ");\r
 181 \r
 182               jalview.schemes.ColourSchemeI cs =\r
 183                   jalview.schemes.ColourSchemeProperty.getColour(af.getViewport().\r
 184                   getAlignment(), data);\r
 185 \r
 186               if(cs == null)\r
 187               {\r
 188                 jalview.schemes.UserColourScheme ucs\r
 189                     = new jalview.schemes.UserColourScheme("white");\r
 190                 ucs.parseAppletParameter(data);\r
 191                 cs = ucs;\r
 192               }\r
 193 \r
 194               System.out.println("colour is " + data);\r
 195               af.changeColour( cs );\r
 196             }\r
 197 \r
 198 \r
 199             // Must maintain ability to use the groups flag\r
 200             data = aparser.getValue("groups");\r
 201             if (data != null)\r
 202             {\r
 203               af.parseFeaturesFile(data, protocol);\r
 204               System.out.println("Added "+data);\r
 205             }\r
 206             data = aparser.getValue("features");\r
 207             if (data != null)\r
 208             {\r
 209               af.parseFeaturesFile(data, protocol);\r
 210               System.out.println("Added "+data);\r
 211             }\r
 212 \r
 213             data = aparser.getValue("annotations");\r
 214             if (data != null)\r
 215             {\r
 216               af.loadJalviewDataFile(data);\r
 217               System.out.println("Added "+data);\r
 218             }\r
 219 \r
 220 \r
 221             String imageName = "unnamed.png";\r
 222             while (aparser.getSize() > 1)\r
 223             {\r
 224               format = aparser.nextValue();\r
 225               file = aparser.nextValue();\r
 226 \r
 227               if (format.equalsIgnoreCase("png"))\r
 228               {\r
 229                 af.createPNG(new java.io.File(file));\r
 230                 imageName = (new java.io.File(file)).getName();\r
 231                 System.out.println("Creating PNG image: " + file);\r
 232                 continue;\r
 233               }\r
 234               else if (format.equalsIgnoreCase("imgMap"))\r
 235               {\r
 236                 af.createImageMap(new java.io.File(file), imageName);\r
 237                 System.out.println("Creating image map: " + file);\r
 238                 continue;\r
 239               }\r
 240               else if (format.equalsIgnoreCase("eps"))\r
 241               {\r
 242                 System.out.println("Creating EPS file: " + file);\r
 243                 af.createEPS(new java.io.File(file));\r
 244                 continue;\r
 245               }\r
 246 \r
 247               if (af.saveAlignment(file, format))\r
 248                 System.out.println("Written alignment in " + format +\r
 249                                    " format to " + file);\r
 250               else\r
 251                 System.out.println("Error writing file " + file + " in " + format +\r
 252                                    " format!!");\r
 253 \r
 254             }\r
 255 \r
 256             while (aparser.getSize() > 0)\r
 257             {\r
 258               System.out.println("Unknown arg: " + aparser.nextValue());\r
 259             }\r
 260           }\r
 261 \r
 262         // We'll only open the default file if the desktop is visible.\r
 263         // And the user\r
 264         //////////////////////\r
 265           if (\r
 266               !headless\r
 267           && file==null\r
 268           && jalview.bin.Cache.getDefault("SHOW_STARTUP_FILE", true)\r
 269                     )\r
 270           {\r
 271 \r
 272             file = jalview.bin.Cache.getDefault("STARTUP_FILE",\r
 273                                                 "http://www.jalview.org/examples/exampleFile.jar");\r
 274 \r
 275             protocol = "File";\r
 276 \r
 277             if (file.indexOf("http:") > -1)\r
 278             {\r
 279               protocol = "URL";\r
 280             }\r
 281 \r
 282             if (file.endsWith(".jar"))\r
 283             {\r
 284               format = "Jalview";\r
 285             }\r
 286             else\r
 287             {\r
 288               format = new jalview.io.IdentifyFile().Identify(file, protocol);\r
 289             }\r
 290 \r
 291             fileLoader.LoadFile(file, protocol, format);\r
 292 \r
 293           }\r
 294     }\r
 295 }\r
 296 \r
 297  class ArgsParser\r
 298  {\r
 299    Vector vargs = null;\r
 300    public ArgsParser(String [] args)\r
 301    {\r
 302      vargs = new Vector();\r
 303      for (int i = 0; i < args.length; i++)\r
 304      {\r
 305        String arg = args[i].trim();\r
 306        if (arg.charAt(0) == '-')\r
 307          arg = arg.substring(1);\r
 308        vargs.addElement(arg);\r
 309      }\r
 310    }\r
 311 \r
 312    public String getValue(String arg)\r
 313    {\r
 314      int index = vargs.indexOf(arg);\r
 315      String ret = null;\r
 316      if (index != -1)\r
 317      {\r
 318        ret = vargs.elementAt(index + 1).toString();\r
 319        vargs.removeElementAt(index);\r
 320        vargs.removeElementAt(index);\r
 321      }\r
 322      return ret;\r
 323    }\r
 324 \r
 325    public boolean contains(String arg)\r
 326    {\r
 327      if(vargs.contains(arg))\r
 328      {\r
 329        vargs.removeElement(arg);\r
 330        return true;\r
 331      }\r
 332      else\r
 333        return false;\r
 334    }\r
 335 \r
 336    public String nextValue()\r
 337    {\r
 338      return  vargs.remove(0).toString();\r
 339    }\r
 340 \r
 341    public int getSize()\r
 342    {\r
 343      return vargs.size();\r
 344    }\r
 345 \r
 346  }\r