src/jalview/bin/Jalview.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.bin;
  22
  23 import groovy.lang.Binding;
  24 import groovy.util.GroovyScriptEngine;
  25
  26 import jalview.ext.so.SequenceOntology;
  27 import jalview.gui.AlignFrame;
  28 import jalview.gui.Desktop;
  29 import jalview.gui.PromptUserConfig;
  30 import jalview.io.AppletFormatAdapter;
  31 import jalview.io.BioJsHTMLOutput;
  32 import jalview.io.FileLoader;
  33 import jalview.io.FormatAdapter;
  34 import jalview.io.HtmlSvgOutput;
  35 import jalview.io.IdentifyFile;
  36 import jalview.io.NewickFile;
  37 import jalview.io.gff.SequenceOntologyFactory;
  38 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  39 import jalview.schemes.ColourSchemeProperty;
  40 import jalview.schemes.UserColourScheme;
  41 import jalview.util.MessageManager;
  42 import jalview.util.Platform;
  43 import jalview.ws.jws2.Jws2Discoverer;
  44
  45 import java.io.BufferedReader;
  46 import java.io.File;
  47 import java.io.FileOutputStream;
  48 import java.io.IOException;
  49 import java.io.InputStreamReader;
  50 import java.io.OutputStreamWriter;
  51 import java.io.PrintWriter;
  52 import java.net.MalformedURLException;
  53 import java.net.URI;
  54 import java.net.URL;
  55 import java.security.AllPermission;
  56 import java.security.CodeSource;
  57 import java.security.PermissionCollection;
  58 import java.security.Permissions;
  59 import java.security.Policy;
  60 import java.util.HashMap;
  61 import java.util.Map;
  62 import java.util.Vector;
  63
  64 import javax.swing.UIManager;
  65
  66 /**
  67  * Main class for Jalview Application <br>
  68  * <br>
  69  * start with java -Djava.ext.dirs=$PATH_TO_LIB$ jalview.bin.Jalview
  70  *
  71  * @author $author$
  72  * @version $Revision$
  73  */
  74 public class Jalview
  75 {
  76   /*
  77    * singleton instance of this class
  78    */
  79   private static Jalview instance;
  80
  81   private Desktop desktop;
  82
  83   public static AlignFrame currentAlignFrame;
  84
  85   static
  86   {
  87     // grab all the rights we can the JVM
  88     Policy.setPolicy(new Policy()
  89     {
  90       @Override
  91       public PermissionCollection getPermissions(CodeSource codesource)
  92       {
  93         Permissions perms = new Permissions();
  94         perms.add(new AllPermission());
  95         return (perms);
  96       }
  97
  98       @Override
  99       public void refresh()
 100       {
 101       }
 102     });
 103   }
 104
 105   /**
 106    * keep track of feature fetching tasks.
 107    *
 108    * @author JimP
 109    *
 110    */
 111   class FeatureFetcher
 112   {
 113     /*
 114      * TODO: generalise to track all jalview events to orchestrate batch
 115      * processing events.
 116      */
 117
 118     private int queued = 0;
 119
 120     private int running = 0;
 121
 122     public FeatureFetcher()
 123     {
 124
 125     }
 126
 127     public void addFetcher(final AlignFrame af,
 128             final Vector<String> dasSources)
 129     {
 130       final long id = System.currentTimeMillis();
 131       queued++;
 132       final FeatureFetcher us = this;
 133       new Thread(new Runnable()
 134       {
 135
 136         @Override
 137         public void run()
 138         {
 139           synchronized (us)
 140           {
 141             queued--;
 142             running++;
 143           }
 144
 145           af.setProgressBar(MessageManager
 146                   .getString("status.das_features_being_retrived"), id);
 147           af.featureSettings_actionPerformed(null);
 148           af.featureSettings.fetchDasFeatures(dasSources, true);
 149           af.setProgressBar(null, id);
 150           synchronized (us)
 151           {
 152             running--;
 153           }
 154         }
 155       }).start();
 156     }
 157
 158     public synchronized boolean allFinished()
 159     {
 160       return queued == 0 && running == 0;
 161     }
 162
 163   }
 164
 165   public static Jalview getInstance()
 166   {
 167     return instance;
 168   }
 169
 170   /**
 171    * main class for Jalview application
 172    *
 173    * @param args
 174    *          open <em>filename</em>
 175    */
 176   public static void main(String[] args)
 177   {
 178     instance = new Jalview();
 179     instance.doMain(args);
 180   }
 181
 182   /**
 183    * @param args
 184    */
 185   void doMain(String[] args)
 186   {
 187     System.setSecurityManager(null);
 188     System.out.println("Java version: "
 189             + System.getProperty("java.version"));
 190     System.out.println(System.getProperty("os.arch") + " "
 191             + System.getProperty("os.name") + " "
 192             + System.getProperty("os.version"));
 193
 194     ArgsParser aparser = new ArgsParser(args);
 195     boolean headless = false;
 196
 197     if (aparser.contains("help") || aparser.contains("h"))
 198     {
 199       showUsage();
 200       System.exit(0);
 201     }
 202     if (aparser.contains("nodisplay") || aparser.contains("nogui")
 203             || aparser.contains("headless"))
 204     {
 205       System.setProperty("java.awt.headless", "true");
 206       headless = true;
 207     }
 208     String usrPropsFile = aparser.getValue("props");
 209     Cache.loadProperties(usrPropsFile); // must do this before
 210     if (usrPropsFile != null)
 211     {
 212       System.out.println("CMD [-props " + usrPropsFile
 213               + "] executed successfully!");
 214     }
 215
 216     // anything else!
 217
 218     final String jabawsUrl = aparser.getValue("jabaws");
 219     if (jabawsUrl != null)
 220     {
 221       try
 222       {
 223         Jws2Discoverer.getDiscoverer().setPreferredUrl(jabawsUrl);
 224         System.out.println("CMD [-jabaws " + jabawsUrl
 225                 + "] executed successfully!");
 226       } catch (MalformedURLException e)
 227       {
 228         System.err.println("Invalid jabaws parameter: " + jabawsUrl
 229                 + " ignored");
 230       }
 231     }
 232
 233     String defs = aparser.getValue("setprop");
 234     while (defs != null)
 235     {
 236       int p = defs.indexOf('=');
 237       if (p == -1)
 238       {
 239         System.err.println("Ignoring invalid setprop argument : " + defs);
 240       }
 241       else
 242       {
 243         System.out.println("Executing setprop argument: " + defs);
 244         // DISABLED FOR SECURITY REASONS
 245         // TODO: add a property to allow properties to be overriden by cli args
 246         // Cache.setProperty(defs.substring(0,p), defs.substring(p+1));
 247       }
 248       defs = aparser.getValue("setprop");
 249     }
 250     if (System.getProperty("java.awt.headless") != null
 251             && System.getProperty("java.awt.headless").equals("true"))
 252     {
 253       headless = true;
 254     }
 255     System.setProperty("http.agent",
 256             "Jalview Desktop/" + Cache.getDefault("VERSION", "Unknown"));
 257     try
 258     {
 259       Cache.initLogger();
 260     } catch (NoClassDefFoundError error)
 261     {
 262       error.printStackTrace();
 263       System.out
 264               .println("\nEssential logging libraries not found."
 265                       + "\nUse: java -Djava.ext.dirs=$PATH_TO_LIB$ jalview.bin.Jalview");
 266       System.exit(0);
 267     }
 268
 269     desktop = null;
 270
 271     try
 272     {
 273       UIManager.setLookAndFeel(UIManager.getSystemLookAndFeelClassName());
 274     } catch (Exception ex)
 275     {
 276     }
 277     if (Platform.isAMac())
 278     {
 279       System.setProperty("com.apple.mrj.application.apple.menu.about.name",
 280               "Jalview");
 281       System.setProperty("apple.laf.useScreenMenuBar", "true");
 282       try
 283       {
 284         UIManager.setLookAndFeel(ch.randelshofer.quaqua.QuaquaManager
 285                 .getLookAndFeel());
 286       } catch (Throwable e)
 287       {
 288         System.err.println("Failed to set QuaQua look and feel: "
 289                 + e.toString());
 290       }
 291     }
 292
 293     /*
 294      * configure 'full' SO model if preferences say to,
 295      * else use the default (SO Lite)
 296      */
 297     if (Cache.getDefault("USE_FULL_SO", false))
 298     {
 299       SequenceOntologyFactory.setInstance(new SequenceOntology());
 300     }
 301
 302     if (!headless)
 303     {
 304       desktop = new Desktop();
 305       desktop.setInBatchMode(true); // indicate we are starting up
 306       desktop.setVisible(true);
 307       desktop.startServiceDiscovery();
 308       if (!aparser.contains("nousagestats"))
 309       {
 310         startUsageStats(desktop);
 311       }
 312       else
 313       {
 314         System.err.println("CMD [-nousagestats] executed successfully!");
 315       }
 316
 317       if (!aparser.contains("noquestionnaire"))
 318       {
 319         String url = aparser.getValue("questionnaire");
 320         if (url != null)
 321         {
 322           // Start the desktop questionnaire prompter with the specified
 323           // questionnaire
 324           Cache.log.debug("Starting questionnaire url at " + url);
 325           desktop.checkForQuestionnaire(url);
 326           System.out.println("CMD questionnaire[-" + url
 327                   + "] executed successfully!");
 328         }
 329         else
 330         {
 331           if (Cache.getProperty("NOQUESTIONNAIRES") == null)
 332           {
 333             // Start the desktop questionnaire prompter with the specified
 334             // questionnaire
 335             // String defurl =
 336             // "http://anaplog.compbio.dundee.ac.uk/cgi-bin/questionnaire.pl";
 337             // //
 338             String defurl = "http://www.jalview.org/cgi-bin/questionnaire.pl";
 339             Cache.log.debug("Starting questionnaire with default url: "
 340                     + defurl);
 341             desktop.checkForQuestionnaire(defurl);
 342           }
 343         }
 344       }
 345       else
 346       {
 347         System.err.println("CMD [-noquestionnaire] executed successfully!");
 348       }
 349
 350       if (!aparser.contains("nonews"))
 351       {
 352         desktop.checkForNews();
 353       }
 354
 355       BioJsHTMLOutput.updateBioJS();
 356     }
 357
 358     String file = null, protocol = null, format = null, data = null;
 359     FileLoader fileLoader = new FileLoader(!headless);
 360     Vector<String> getFeatures = null; // vector of das source nicknames to
 361                                        // fetch
 362     // features from
 363     // loading is done.
 364     String groovyscript = null; // script to execute after all loading is
 365     // completed one way or another
 366     // extract groovy argument and execute if necessary
 367     groovyscript = aparser.getValue("groovy", true);
 368     file = aparser.getValue("open", true);
 369
 370     if (file == null && desktop == null)
 371     {
 372       System.out.println("No files to open!");
 373       System.exit(1);
 374     }
 375     String vamsasImport = aparser.getValue("vdoc");
 376     String vamsasSession = aparser.getValue("vsess");
 377     if (vamsasImport != null || vamsasSession != null)
 378     {
 379       if (desktop == null || headless)
 380       {
 381         System.out
 382                 .println("Headless vamsas sessions not yet supported. Sorry.");
 383         System.exit(1);
 384       }
 385       // if we have a file, start a new session and import it.
 386       boolean inSession = false;
 387       if (vamsasImport != null)
 388       {
 389         try
 390         {
 391           String viprotocol = AppletFormatAdapter
 392                   .checkProtocol(vamsasImport);
 393           if (viprotocol == jalview.io.FormatAdapter.FILE)
 394           {
 395             inSession = desktop.vamsasImport(new File(vamsasImport));
 396           }
 397           else if (viprotocol == FormatAdapter.URL)
 398           {
 399             inSession = desktop.vamsasImport(new URL(vamsasImport));
 400           }
 401
 402         } catch (Exception e)
 403         {
 404           System.err.println("Exeption when importing " + vamsasImport
 405                   + " as a vamsas document.");
 406           e.printStackTrace();
 407         }
 408         if (!inSession)
 409         {
 410           System.err.println("Failed to import " + vamsasImport
 411                   + " as a vamsas document.");
 412         }
 413         else
 414         {
 415           System.out.println("Imported Successfully into new session "
 416                   + desktop.getVamsasApplication().getCurrentSession());
 417         }
 418       }
 419       if (vamsasSession != null)
 420       {
 421         if (vamsasImport != null)
 422         {
 423           // close the newly imported session and import the Jalview specific
 424           // remnants into the new session later on.
 425           desktop.vamsasStop_actionPerformed(null);
 426         }
 427         // now join the new session
 428         try
 429         {
 430           if (desktop.joinVamsasSession(vamsasSession))
 431           {
 432             System.out.println("Successfully joined vamsas session "
 433                     + vamsasSession);
 434           }
 435           else
 436           {
 437             System.err.println("WARNING: Failed to join vamsas session "
 438                     + vamsasSession);
 439           }
 440         } catch (Exception e)
 441         {
 442           System.err.println("ERROR: Failed to join vamsas session "
 443                   + vamsasSession);
 444           e.printStackTrace();
 445         }
 446         if (vamsasImport != null)
 447         {
 448           // the Jalview specific remnants can now be imported into the new
 449           // session at the user's leisure.
 450           Cache.log
 451                   .info("Skipping Push for import of data into existing vamsas session."); // TODO:
 452           // enable
 453           // this
 454           // when
 455           // debugged
 456           // desktop.getVamsasApplication().push_update();
 457         }
 458       }
 459     }
 460     long progress = -1;
 461     // Finally, deal with the remaining input data.
 462     if (file != null)
 463     {
 464       if (!headless)
 465       {
 466         desktop.setProgressBar(MessageManager
 467                 .getString("status.processing_commandline_args"),
 468                 progress = System.currentTimeMillis());
 469       }
 470       System.out.println("CMD [-open " + file + "] executed successfully!");
 471
 472       if (!file.startsWith("http://"))
 473       {
 474         if (!(new File(file)).exists())
 475         {
 476           System.out.println("Can't find " + file);
 477           if (headless)
 478           {
 479             System.exit(1);
 480           }
 481         }
 482       }
 483
 484       protocol = AppletFormatAdapter.checkProtocol(file);
 485
 486       format = new IdentifyFile().identify(file, protocol);
 487
 488       AlignFrame af = fileLoader.LoadFileWaitTillLoaded(file, protocol,
 489               format);
 490       if (af == null)
 491       {
 492         System.out.println("error");
 493       }
 494       else
 495       {
 496         setCurrentAlignFrame(af);
 497         data = aparser.getValue("colour", true);
 498         if (data != null)
 499         {
 500           data.replaceAll("%20", " ");
 501
 502           ColourSchemeI cs = ColourSchemeProperty.getColour(af
 503                   .getViewport().getAlignment(), data);
 504
 505           if (cs == null)
 506           {
 507             UserColourScheme ucs = new UserColourScheme("white");
 508             ucs.parseAppletParameter(data);
 509             cs = ucs;
 510           }
 511           else
 512           {
 513             System.out.println("CMD [-color " + data
 514                     + "] executed successfully!");
 515           }
 516           af.changeColour(cs);
 517         }
 518
 519         // Must maintain ability to use the groups flag
 520         data = aparser.getValue("groups", true);
 521         if (data != null)
 522         {
 523           af.parseFeaturesFile(data,
 524                   AppletFormatAdapter.checkProtocol(data));
 525           // System.out.println("Added " + data);
 526           System.out.println("CMD groups[-" + data
 527                   + "]  executed successfully!");
 528         }
 529         data = aparser.getValue("features", true);
 530         if (data != null)
 531         {
 532           af.parseFeaturesFile(data,
 533                   AppletFormatAdapter.checkProtocol(data));
 534           // System.out.println("Added " + data);
 535           System.out.println("CMD [-features " + data
 536                   + "]  executed successfully!");
 537         }
 538
 539         data = aparser.getValue("annotations", true);
 540         if (data != null)
 541         {
 542           af.loadJalviewDataFile(data, null, null, null);
 543           // System.out.println("Added " + data);
 544           System.out.println("CMD [-annotations " + data
 545                   + "] executed successfully!");
 546         }
 547         // set or clear the sortbytree flag.
 548         if (aparser.contains("sortbytree"))
 549         {
 550           af.getViewport().setSortByTree(true);
 551           if (af.getViewport().getSortByTree())
 552           {
 553             System.out.println("CMD [-sortbytree] executed successfully!");
 554           }
 555         }
 556         if (aparser.contains("no-annotation"))
 557         {
 558           af.getViewport().setShowAnnotation(false);
 559           if (!af.getViewport().isShowAnnotation())
 560           {
 561             System.out.println("CMD no-annotation executed successfully!");
 562           }
 563         }
 564         if (aparser.contains("nosortbytree"))
 565         {
 566           af.getViewport().setSortByTree(false);
 567           if (!af.getViewport().getSortByTree())
 568           {
 569             System.out
 570                     .println("CMD [-nosortbytree] executed successfully!");
 571           }
 572         }
 573         data = aparser.getValue("tree", true);
 574         if (data != null)
 575         {
 576           jalview.io.NewickFile fin = null;
 577           try
 578           {
 579             System.out.println("CMD [-tree " + data
 580                     + "] executed successfully!");
 581             fin = new NewickFile(data,
 582                     AppletFormatAdapter.checkProtocol(data));
 583             if (fin != null)
 584             {
 585               af.getViewport().setCurrentTree(
 586                       af.ShowNewickTree(fin, data).getTree());
 587             }
 588           } catch (IOException ex)
 589           {
 590             System.err.println("Couldn't add tree " + data);
 591             ex.printStackTrace(System.err);
 592           }
 593         }
 594         // TODO - load PDB structure(s) to alignment JAL-629
 595         // (associate with identical sequence in alignment, or a specified
 596         // sequence)
 597
 598         getFeatures = checkDasArguments(aparser);
 599         if (af != null && getFeatures != null)
 600         {
 601           FeatureFetcher ff = startFeatureFetching(getFeatures);
 602           if (ff != null)
 603           {
 604             while (!ff.allFinished() || af.operationInProgress())
 605             {
 606               // wait around until fetching is finished.
 607               try
 608               {
 609                 Thread.sleep(100);
 610               } catch (Exception e)
 611               {
 612
 613               }
 614             }
 615           }
 616           getFeatures = null; // have retrieved features - forget them now.
 617         }
 618         if (groovyscript != null)
 619         {
 620           // Execute the groovy script after we've done all the rendering stuff
 621           // and before any images or figures are generated.
 622           System.out.println("Executing script " + groovyscript);
 623           executeGroovyScript(groovyscript, af);
 624           System.out.println("CMD groovy[" + groovyscript
 625                   + "] executed successfully!");
 626           groovyscript = null;
 627         }
 628         String imageName = "unnamed.png";
 629         while (aparser.getSize() > 1)
 630         {
 631           format = aparser.nextValue();
 632           file = aparser.nextValue();
 633
 634           if (format.equalsIgnoreCase("png"))
 635           {
 636             af.createPNG(new File(file));
 637             imageName = (new File(file)).getName();
 638             System.out.println("Creating PNG image: " + file);
 639             continue;
 640           }
 641           else if (format.equalsIgnoreCase("svg"))
 642           {
 643             File imageFile = new File(file);
 644             imageName = imageFile.getName();
 645             af.createSVG(imageFile);
 646             System.out.println("Creating SVG image: " + file);
 647             continue;
 648           }
 649           else if (format.equalsIgnoreCase("html"))
 650           {
 651             File imageFile = new File(file);
 652             imageName = imageFile.getName();
 653             new HtmlSvgOutput(new File(file), af.alignPanel);
 654             System.out.println("Creating HTML image: " + file);
 655             continue;
 656           }
 657           else if (format.equalsIgnoreCase("imgMap"))
 658           {
 659             af.createImageMap(new File(file), imageName);
 660             System.out.println("Creating image map: " + file);
 661             continue;
 662           }
 663           else if (format.equalsIgnoreCase("eps"))
 664           {
 665             File outputFile = new File(file);
 666             System.out.println("Creating EPS file: "
 667                     + outputFile.getAbsolutePath());
 668             af.createEPS(outputFile);
 669             continue;
 670           }
 671
 672           if (af.saveAlignment(file, format))
 673           {
 674             System.out.println("Written alignment in " + format
 675                     + " format to " + file);
 676           }
 677           else
 678           {
 679             System.out.println("Error writing file " + file + " in "
 680                     + format + " format!!");
 681           }
 682
 683         }
 684
 685         while (aparser.getSize() > 0)
 686         {
 687           System.out.println("Unknown arg: " + aparser.nextValue());
 688         }
 689       }
 690     }
 691     AlignFrame startUpAlframe = null;
 692     // We'll only open the default file if the desktop is visible.
 693     // And the user
 694     // ////////////////////
 695
 696     if (!headless && file == null && vamsasImport == null
 697             && jalview.bin.Cache.getDefault("SHOW_STARTUP_FILE", true))
 698     {
 699       file = jalview.bin.Cache.getDefault(
 700               "STARTUP_FILE",
 701               jalview.bin.Cache.getDefault("www.jalview.org",
 702                       "http://www.jalview.org")
 703                       + "/examples/exampleFile_2_7.jar");
 704       if (file.equals("http://www.jalview.org/examples/exampleFile_2_3.jar"))
 705       {
 706         // hardwire upgrade of the startup file
 707         file.replace("_2_3.jar", "_2_7.jar");
 708         // and remove the stale setting
 709         jalview.bin.Cache.removeProperty("STARTUP_FILE");
 710       }
 711
 712       protocol = "File";
 713
 714       if (file.indexOf("http:") > -1)
 715       {
 716         protocol = "URL";
 717       }
 718
 719       if (file.endsWith(".jar"))
 720       {
 721         format = "Jalview";
 722       }
 723       else
 724       {
 725         format = new IdentifyFile().identify(file, protocol);
 726       }
 727
 728       startUpAlframe = fileLoader.LoadFileWaitTillLoaded(file, protocol,
 729               format);
 730       getFeatures = checkDasArguments(aparser);
 731       // extract groovy arguments before anything else.
 732     }
 733     // If the user has specified features to be retrieved,
 734     // or a groovy script to be executed, do them if they
 735     // haven't been done already
 736     // fetch features for the default alignment
 737     if (getFeatures != null)
 738     {
 739       if (startUpAlframe != null)
 740       {
 741         startFeatureFetching(getFeatures);
 742       }
 743     }
 744     // Once all other stuff is done, execute any groovy scripts (in order)
 745     if (groovyscript != null)
 746     {
 747       if (Cache.groovyJarsPresent())
 748       {
 749         System.out.println("Executing script " + groovyscript);
 750         executeGroovyScript(groovyscript, startUpAlframe);
 751       }
 752       else
 753       {
 754         System.err
 755                 .println("Sorry. Groovy Support is not available, so ignoring the provided groovy script "
 756                         + groovyscript);
 757       }
 758     }
 759     // and finally, turn off batch mode indicator - if the desktop still exists
 760     if (desktop != null)
 761     {
 762       if (progress != -1)
 763       {
 764         desktop.setProgressBar(null, progress);
 765       }
 766       desktop.setInBatchMode(false);
 767     }
 768   }
 769
 770   private static void showUsage()
 771   {
 772     System.out
 773             .println("Usage: jalview -open [FILE] [OUTPUT_FORMAT] [OUTPUT_FILE]\n\n"
 774                     + "-nodisplay\tRun Jalview without User Interface.\n"
 775                     + "-props FILE\tUse the given Jalview properties file instead of users default.\n"
 776                     + "-colour COLOURSCHEME\tThe colourscheme to be applied to the alignment\n"
 777                     + "-annotations FILE\tAdd precalculated annotations to the alignment.\n"
 778                     + "-tree FILE\tLoad the given newick format tree file onto the alignment\n"
 779                     + "-features FILE\tUse the given file to mark features on the alignment.\n"
 780                     + "-fasta FILE\tCreate alignment file FILE in Fasta format.\n"
 781                     + "-clustal FILE\tCreate alignment file FILE in Clustal format.\n"
 782                     + "-pfam FILE\tCreate alignment file FILE in PFAM format.\n"
 783                     + "-msf FILE\tCreate alignment file FILE in MSF format.\n"
 784                     + "-pileup FILE\tCreate alignment file FILE in Pileup format\n"
 785                     + "-pir FILE\tCreate alignment file FILE in PIR format.\n"
 786                     + "-blc FILE\tCreate alignment file FILE in BLC format.\n"
 787                     + "-json FILE\tCreate alignment file FILE in JSON format.\n"
 788                     + "-jalview FILE\tCreate alignment file FILE in Jalview format.\n"
 789                     + "-png FILE\tCreate PNG image FILE from alignment.\n"
 790                     + "-svg FILE\tCreate SVG image FILE from alignment.\n"
 791                     + "-html FILE\tCreate HTML file from alignment.\n"
 792                     + "-imgMap FILE\tCreate HTML file FILE with image map of PNG image.\n"
 793                     + "-eps FILE\tCreate EPS file FILE from alignment.\n"
 794                     + "-questionnaire URL\tQueries the given URL for information about any Jalview user questionnaires.\n"
 795                     + "-noquestionnaire\tTurn off questionnaire check.\n"
 796                     + "-nonews\tTurn off check for Jalview news.\n"
 797                     + "-nousagestats\tTurn off google analytics tracking for this session.\n"
 798                     + "-sortbytree OR -nosortbytree\tEnable or disable sorting of the given alignment by the given tree\n"
 799                     // +
 800                     // "-setprop PROPERTY=VALUE\tSet the given Jalview property, after all other properties files have been read\n\t (quote the 'PROPERTY=VALUE' pair to ensure spaces are passed in correctly)"
 801                     + "-jabaws URL\tSpecify URL for Jabaws services (e.g. for a local installation).\n"
 802                     + "-dasserver nickname=URL\tAdd and enable a das server with given nickname\n\t\t\t(alphanumeric or underscores only) for retrieval of features for all alignments.\n"
 803                     + "\t\t\tSources that also support the sequence command may be specified by prepending the URL with sequence:\n"
 804                     + "\t\t\t e.g. sequence:http://localdas.somewhere.org/das/source)\n"
 805                     + "-fetchfrom nickname\tQuery nickname for features for the alignments and display them.\n"
 806                     // +
 807                     // "-vdoc vamsas-document\tImport vamsas document into new session or join existing session with same URN\n"
 808                     // + "-vses vamsas-session\tJoin session with given URN\n"
 809                     + "-groovy FILE\tExecute groovy script in FILE, after all other arguments have been processed (if FILE is the text 'STDIN' then the file will be read from STDIN)\n"
 810                     + "\n~Read documentation in Application or visit http://www.jalview.org for description of Features and Annotations file~\n\n");
 811   }
 812
 813   private static void startUsageStats(final Desktop desktop)
 814   {
 815     /**
 816      * start a User Config prompt asking if we can log usage statistics.
 817      */
 818     PromptUserConfig prompter = new PromptUserConfig(
 819             Desktop.desktop,
 820             "USAGESTATS",
 821             "Jalview Usage Statistics",
 822             "Do you want to help make Jalview better by enabling "
 823                     + "the collection of usage statistics with Google Analytics ?"
 824                     + "\n\n(you can enable or disable usage tracking in the preferences)",
 825             new Runnable()
 826             {
 827               @Override
 828               public void run()
 829               {
 830                 Cache.log
 831                         .debug("Initialising googletracker for usage stats.");
 832                 Cache.initGoogleTracker();
 833                 Cache.log.debug("Tracking enabled.");
 834               }
 835             }, new Runnable()
 836             {
 837               @Override
 838               public void run()
 839               {
 840                 Cache.log.debug("Not enabling Google Tracking.");
 841               }
 842             }, null, true);
 843     desktop.addDialogThread(prompter);
 844   }
 845
 846   /**
 847    * Locate the given string as a file and pass it to the groovy interpreter.
 848    *
 849    * @param groovyscript
 850    *          the script to execute
 851    * @param jalviewContext
 852    *          the Jalview Desktop object passed in to the groovy binding as the
 853    *          'Jalview' object.
 854    */
 855   private void executeGroovyScript(String groovyscript, AlignFrame af)
 856   {
 857     /**
 858      * for scripts contained in files
 859      */
 860     File tfile = null;
 861     /**
 862      * script's URI
 863      */
 864     URL sfile = null;
 865     if (groovyscript.trim().equals("STDIN"))
 866     {
 867       // read from stdin into a tempfile and execute it
 868       try
 869       {
 870         tfile = File.createTempFile("jalview", "groovy");
 871         PrintWriter outfile = new PrintWriter(new OutputStreamWriter(
 872                 new FileOutputStream(tfile)));
 873         BufferedReader br = new BufferedReader(new InputStreamReader(
 874                 System.in));
 875         String line = null;
 876         while ((line = br.readLine()) != null)
 877         {
 878           outfile.write(line + "\n");
 879         }
 880         br.close();
 881         outfile.flush();
 882         outfile.close();
 883
 884       } catch (Exception ex)
 885       {
 886         System.err.println("Failed to read from STDIN into tempfile "
 887                 + ((tfile == null) ? "(tempfile wasn't created)" : tfile
 888                         .toString()));
 889         ex.printStackTrace();
 890         return;
 891       }
 892       try
 893       {
 894         sfile = tfile.toURI().toURL();
 895       } catch (Exception x)
 896       {
 897         System.err
 898                 .println("Unexpected Malformed URL Exception for temporary file created from STDIN: "
 899                         + tfile.toURI());
 900         x.printStackTrace();
 901         return;
 902       }
 903     }
 904     else
 905     {
 906       try
 907       {
 908         sfile = new URI(groovyscript).toURL();
 909       } catch (Exception x)
 910       {
 911         tfile = new File(groovyscript);
 912         if (!tfile.exists())
 913         {
 914           System.err.println("File '" + groovyscript + "' does not exist.");
 915           return;
 916         }
 917         if (!tfile.canRead())
 918         {
 919           System.err.println("File '" + groovyscript + "' cannot be read.");
 920           return;
 921         }
 922         if (tfile.length() < 1)
 923         {
 924           System.err.println("File '" + groovyscript + "' is empty.");
 925           return;
 926         }
 927         try
 928         {
 929           sfile = tfile.getAbsoluteFile().toURI().toURL();
 930         } catch (Exception ex)
 931         {
 932           System.err.println("Failed to create a file URL for "
 933                   + tfile.getAbsoluteFile());
 934           return;
 935         }
 936       }
 937     }
 938     try
 939     {
 940       Map<String, Object> vbinding = new HashMap<String, Object>();
 941       vbinding.put("Jalview", this);
 942       if (af != null)
 943       {
 944         vbinding.put("currentAlFrame", af);
 945       }
 946       Binding gbinding = new Binding(vbinding);
 947       GroovyScriptEngine gse = new GroovyScriptEngine(new URL[] { sfile });
 948       gse.run(sfile.toString(), gbinding);
 949       if ("STDIN".equals(groovyscript))
 950       {
 951         // delete temp file that we made -
 952         // only if it was successfully executed
 953         tfile.delete();
 954       }
 955     } catch (Exception e)
 956     {
 957       System.err.println("Exception Whilst trying to execute file " + sfile
 958               + " as a groovy script.");
 959       e.printStackTrace(System.err);
 960
 961     }
 962   }
 963
 964   /**
 965    * Check commandline for any das server definitions or any fetchfrom switches
 966    *
 967    * @return vector of DAS source nicknames to retrieve from
 968    */
 969   private static Vector<String> checkDasArguments(ArgsParser aparser)
 970   {
 971     Vector<String> source = null;
 972     String data;
 973     String locsources = Cache.getProperty(Cache.DAS_LOCAL_SOURCE);
 974     while ((data = aparser.getValue("dasserver", true)) != null)
 975     {
 976       String nickname = null;
 977       String url = null;
 978       int pos = data.indexOf('=');
 979       // determine capabilities
 980       if (pos > 0)
 981       {
 982         nickname = data.substring(0, pos);
 983       }
 984       url = data.substring(pos + 1);
 985       if (url != null
 986               && (url.startsWith("http:") || url
 987                       .startsWith("sequence:http:")))
 988       {
 989         if (nickname == null)
 990         {
 991           nickname = url;
 992         }
 993         if (locsources == null)
 994         {
 995           locsources = "";
 996         }
 997         else
 998         {
 999           locsources += "\t";
1000         }
1001         locsources = locsources + nickname + "|" + url;
1002         System.err
1003                 .println("NOTE! dasserver parameter not yet really supported (got args of "
1004                         + nickname + "|" + url);
1005         if (source == null)
1006         {
1007           source = new Vector<String>();
1008         }
1009         source.addElement(nickname);
1010       }
1011       System.out.println("CMD [-dasserver " + data
1012               + "] executed successfully!");
1013     } // loop until no more server entries are found.
1014     if (locsources != null && locsources.indexOf('|') > -1)
1015     {
1016       Cache.log.debug("Setting local source list in properties file to:\n"
1017               + locsources);
1018       Cache.setProperty(Cache.DAS_LOCAL_SOURCE, locsources);
1019     }
1020     while ((data = aparser.getValue("fetchfrom", true)) != null)
1021     {
1022       System.out.println("adding source '" + data + "'");
1023       if (source == null)
1024       {
1025         source = new Vector<String>();
1026       }
1027       source.addElement(data);
1028     }
1029     return source;
1030   }
1031
1032   /**
1033    * start a feature fetcher for every alignment frame
1034    *
1035    * @param dasSources
1036    */
1037   private FeatureFetcher startFeatureFetching(
1038           final Vector<String> dasSources)
1039   {
1040     FeatureFetcher ff = new FeatureFetcher();
1041     AlignFrame afs[] = Desktop.getAlignFrames();
1042     if (afs == null || afs.length == 0)
1043     {
1044       return null;
1045     }
1046     for (int i = 0; i < afs.length; i++)
1047     {
1048       ff.addFetcher(afs[i], dasSources);
1049     }
1050     return ff;
1051   }
1052
1053   public static boolean isHeadlessMode()
1054   {
1055     String isheadless = System.getProperty("java.awt.headless");
1056     if (isheadless != null && isheadless.equalsIgnoreCase("true"))
1057     {
1058       return true;
1059     }
1060     return false;
1061   }
1062
1063   public AlignFrame[] getAlignFrames()
1064   {
1065     return desktop == null ? new AlignFrame[] { getCurrentAlignFrame() }
1066             : Desktop.getAlignFrames();
1067
1068   }
1069
1070   /**
1071    * Quit method delegates to Desktop.quit - unless running in headless mode
1072    * when it just ends the JVM
1073    */
1074   public void quit()
1075   {
1076     if (desktop != null)
1077     {
1078       desktop.quit();
1079     }
1080     else
1081     {
1082       System.exit(0);
1083     }
1084   }
1085
1086   public static AlignFrame getCurrentAlignFrame()
1087   {
1088     return Jalview.currentAlignFrame;
1089   }
1090
1091   public static void setCurrentAlignFrame(AlignFrame currentAlignFrame)
1092   {
1093     Jalview.currentAlignFrame = currentAlignFrame;
1094   }
1095 }