src/jalview/bin/Jalview.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.bin;
  22
  23 import java.awt.event.ActionEvent;
  24 import java.awt.event.ActionListener;
  25 import java.io.BufferedReader;
  26 import java.io.File;
  27 import java.io.FileOutputStream;
  28 import java.io.IOException;
  29 import java.io.OutputStreamWriter;
  30 import java.io.PrintWriter;
  31 import java.lang.reflect.Constructor;
  32 import java.net.MalformedURLException;
  33 import java.net.URI;
  34 import java.net.URL;
  35 import java.net.URLDecoder;
  36 import java.security.AllPermission;
  37 import java.security.CodeSource;
  38 import java.security.PermissionCollection;
  39 import java.security.Permissions;
  40 import java.security.Policy;
  41 import java.util.HashMap;
  42 import java.util.Map;
  43 import java.util.Vector;
  44
  45 import javax.swing.UIManager;
  46 import javax.swing.UnsupportedLookAndFeelException;
  47
  48 import jalview.gui.AlignFrame;
  49 import jalview.gui.Desktop;
  50 import jalview.io.HtmlSvgOutput;
  51 import jalview.util.MessageManager;
  52 import jalview.util.Platform;
  53 import jalview.ws.jws2.Jws2Discoverer;
  54
  55 /**
  56  * Main class for Jalview Application <br>
  57  * <br>
  58  * start with java -Djava.ext.dirs=$PATH_TO_LIB$ jalview.bin.Jalview
  59  *
  60  * @author $author$
  61  * @version $Revision$
  62  */
  63 public class Jalview
  64 {
  65   static
  66   {
  67     // grab all the rights we can the JVM
  68     Policy.setPolicy(new Policy()
  69     {
  70       public PermissionCollection getPermissions(CodeSource codesource)
  71       {
  72         Permissions perms = new Permissions();
  73         perms.add(new AllPermission());
  74         return (perms);
  75       }
  76
  77       public void refresh()
  78       {
  79       }
  80     });
  81   }
  82
  83   /**
  84    * main class for Jalview application
  85    *
  86    * @param args
  87    *          open <em>filename</em>
  88    */
  89   public static void main(String[] args)
  90   {
  91     System.out.println("Java version: "
  92             + System.getProperty("java.version"));
  93     System.out.println(System.getProperty("os.arch") + " "
  94             + System.getProperty("os.name") + " "
  95             + System.getProperty("os.version"));
  96     // if (new Platform().isAMac())
  97     // {
  98     // // System.setProperty("com.apple.mrj.application.apple.menu.about.name",
  99     // // "Jalview");
 100     // // System.setProperty("apple.laf.useScreenMenuBar", "true");
 101     // try
 102     // {
 103     // UIManager.setLookAndFeel(ch.randelshofer.quaqua.QuaquaManager
 104     // .getLookAndFeel());
 105     // System.out
 106     // .println("--------------------------------------------> in here");
 107     // } catch (UnsupportedLookAndFeelException e)
 108     // {
 109     // // TODO Auto-generated catch block
 110     // e.printStackTrace();
 111     // }
 112     // }
 113
 114     ArgsParser aparser = new ArgsParser(args);
 115     boolean headless = false;
 116
 117     if (aparser.contains("help") || aparser.contains("h"))
 118     {
 119       showUsage();
 120       System.exit(0);
 121     }
 122     if (aparser.contains("nodisplay") || aparser.contains("nogui")
 123             || aparser.contains("headless"))
 124     {
 125       System.setProperty("java.awt.headless", "true");
 126       headless = true;
 127     }
 128     Cache.loadProperties(aparser.getValue("props")); // must do this before
 129     // anything else!
 130
 131     final String jabawsUrl = aparser.getValue("jabaws");
 132     if (jabawsUrl != null)
 133     {
 134       try
 135       {
 136         Jws2Discoverer.getDiscoverer().setPreferredUrl(jabawsUrl);
 137       } catch (MalformedURLException e)
 138       {
 139         System.err.println("Invalid jabaws parameter: " + jabawsUrl
 140                 + " ignored");
 141       }
 142     }
 143
 144     String defs = aparser.getValue("setprop");
 145     while (defs != null)
 146     {
 147       int p = defs.indexOf('=');
 148       if (p == -1)
 149       {
 150         System.err.println("Ignoring invalid setprop argument : " + defs);
 151       }
 152       else
 153       {
 154         System.out.println("Executing setprop argument: " + defs);
 155         // DISABLED FOR SECURITY REASONS
 156         // TODO: add a property to allow properties to be overriden by cli args
 157         // Cache.setProperty(defs.substring(0,p), defs.substring(p+1));
 158       }
 159       defs = aparser.getValue("setprop");
 160     }
 161     if (System.getProperty("java.awt.headless") != null
 162             && System.getProperty("java.awt.headless").equals("true"))
 163     {
 164       headless = true;
 165     }
 166     System.setProperty("http.agent",
 167             "Jalview Desktop/" + Cache.getDefault("VERSION", "Unknown"));
 168     try
 169     {
 170       Cache.initLogger();
 171     } catch (java.lang.NoClassDefFoundError error)
 172     {
 173       error.printStackTrace();
 174       System.out
 175               .println("\nEssential logging libraries not found."
 176                       + "\nUse: java -Djava.ext.dirs=$PATH_TO_LIB$ jalview.bin.Jalview");
 177       System.exit(0);
 178     }
 179
 180     Desktop desktop = null;
 181
 182     try
 183     {
 184       UIManager.setLookAndFeel(UIManager.getSystemLookAndFeelClassName());
 185     } catch (Exception ex)
 186     {
 187     }
 188     if (new Platform().isAMac())
 189     {
 190       System.setProperty("com.apple.mrj.application.apple.menu.about.name",
 191               "Jalview");
 192       System.setProperty("apple.laf.useScreenMenuBar", "true");
 193       try
 194       {
 195         UIManager.setLookAndFeel(ch.randelshofer.quaqua.QuaquaManager
 196                 .getLookAndFeel());
 197       } catch (UnsupportedLookAndFeelException e)
 198       {
 199         // TODO Auto-generated catch block
 200         e.printStackTrace();
 201       }
 202     }
 203
 204     if (!headless)
 205     {
 206       desktop = new Desktop();
 207       desktop.setInBatchMode(true); // indicate we are starting up
 208       desktop.setVisible(true);
 209       desktop.startServiceDiscovery();
 210       if (!aparser.contains("nousagestats"))
 211       {
 212         startUsageStats(desktop);
 213       }
 214       if (!aparser.contains("noquestionnaire"))
 215       {
 216         String url = aparser.getValue("questionnaire");
 217         if (url != null)
 218         {
 219           // Start the desktop questionnaire prompter with the specified
 220           // questionnaire
 221           Cache.log.debug("Starting questionnaire url at " + url);
 222           desktop.checkForQuestionnaire(url);
 223         }
 224         else
 225         {
 226           if (Cache.getProperty("NOQUESTIONNAIRES") == null)
 227           {
 228             // Start the desktop questionnaire prompter with the specified
 229             // questionnaire
 230             // String defurl =
 231             // "http://anaplog.compbio.dundee.ac.uk/cgi-bin/questionnaire.pl";
 232             // //
 233             String defurl = "http://www.jalview.org/cgi-bin/questionnaire.pl";
 234             Cache.log.debug("Starting questionnaire with default url: "
 235                     + defurl);
 236             desktop.checkForQuestionnaire(defurl);
 237
 238           }
 239         }
 240       }
 241       desktop.checkForNews();
 242     }
 243
 244     String file = null, protocol = null, format = null, data = null;
 245     jalview.io.FileLoader fileLoader = new jalview.io.FileLoader();
 246     Vector getFeatures = null; // vector of das source nicknames to fetch
 247     // features from
 248     // loading is done.
 249     String groovyscript = null; // script to execute after all loading is
 250     // completed one way or another
 251     // extract groovy argument and execute if necessary
 252     groovyscript = aparser.getValue("groovy", true);
 253     file = aparser.getValue("open", true);
 254
 255     if (file == null && desktop == null)
 256     {
 257       System.out.println("No files to open!");
 258       System.exit(1);
 259     }
 260     String vamsasImport = aparser.getValue("vdoc"), vamsasSession = aparser
 261             .getValue("vsess");
 262     if (vamsasImport != null || vamsasSession != null)
 263     {
 264       if (desktop == null || headless)
 265       {
 266         System.out
 267                 .println("Headless vamsas sessions not yet supported. Sorry.");
 268         System.exit(1);
 269       }
 270       // if we have a file, start a new session and import it.
 271       boolean inSession = false;
 272       if (vamsasImport != null)
 273       {
 274         try
 275         {
 276           String viprotocol = jalview.io.AppletFormatAdapter
 277                   .checkProtocol(vamsasImport);
 278           if (viprotocol == jalview.io.FormatAdapter.FILE)
 279           {
 280             inSession = desktop.vamsasImport(new File(vamsasImport));
 281           }
 282           else if (viprotocol == jalview.io.FormatAdapter.URL)
 283           {
 284             inSession = desktop.vamsasImport(new URL(vamsasImport));
 285           }
 286
 287         } catch (Exception e)
 288         {
 289           System.err.println("Exeption when importing " + vamsasImport
 290                   + " as a vamsas document.");
 291           e.printStackTrace();
 292         }
 293         if (!inSession)
 294         {
 295           System.err.println("Failed to import " + vamsasImport
 296                   + " as a vamsas document.");
 297         }
 298         else
 299         {
 300           System.out.println("Imported Successfully into new session "
 301                   + desktop.getVamsasApplication().getCurrentSession());
 302         }
 303       }
 304       if (vamsasSession != null)
 305       {
 306         if (vamsasImport != null)
 307         {
 308           // close the newly imported session and import the Jalview specific
 309           // remnants into the new session later on.
 310           desktop.vamsasStop_actionPerformed(null);
 311         }
 312         // now join the new session
 313         try
 314         {
 315           if (desktop.joinVamsasSession(vamsasSession))
 316           {
 317             System.out.println("Successfully joined vamsas session "
 318                     + vamsasSession);
 319           }
 320           else
 321           {
 322             System.err.println("WARNING: Failed to join vamsas session "
 323                     + vamsasSession);
 324           }
 325         } catch (Exception e)
 326         {
 327           System.err.println("ERROR: Failed to join vamsas session "
 328                   + vamsasSession);
 329           e.printStackTrace();
 330         }
 331         if (vamsasImport != null)
 332         {
 333           // the Jalview specific remnants can now be imported into the new
 334           // session at the user's leisure.
 335           Cache.log
 336                   .info("Skipping Push for import of data into existing vamsas session."); // TODO:
 337           // enable
 338           // this
 339           // when
 340           // debugged
 341           // desktop.getVamsasApplication().push_update();
 342         }
 343       }
 344     }
 345     long progress = -1;
 346     // Finally, deal with the remaining input data.
 347     if (file != null)
 348     {
 349       if (!headless)
 350       {
 351         desktop.setProgressBar(MessageManager.getString("status.processing_commandline_args"),
 352                 progress = System.currentTimeMillis());
 353       }
 354       System.out.println("Opening file: " + file);
 355
 356       if (!file.startsWith("http://"))
 357       {
 358         if (!(new java.io.File(file)).exists())
 359         {
 360           System.out.println("Can't find " + file);
 361           if (headless)
 362           {
 363             System.exit(1);
 364           }
 365         }
 366       }
 367
 368       protocol = jalview.io.AppletFormatAdapter.checkProtocol(file);
 369
 370       format = new jalview.io.IdentifyFile().Identify(file, protocol);
 371
 372       AlignFrame af = fileLoader.LoadFileWaitTillLoaded(file, protocol,
 373               format);
 374       if (af == null)
 375       {
 376         System.out.println("error");
 377       }
 378       else
 379       {
 380
 381         data = aparser.getValue("colour", true);
 382         if (data != null)
 383         {
 384           data.replaceAll("%20", " ");
 385
 386           jalview.schemes.ColourSchemeI cs = jalview.schemes.ColourSchemeProperty
 387                   .getColour(af.getViewport().getAlignment(), data);
 388
 389           if (cs == null)
 390           {
 391             jalview.schemes.UserColourScheme ucs = new jalview.schemes.UserColourScheme(
 392                     "white");
 393             ucs.parseAppletParameter(data);
 394             cs = ucs;
 395           }
 396
 397           System.out.println("colour is " + data);
 398           af.changeColour(cs);
 399         }
 400
 401         // Must maintain ability to use the groups flag
 402         data = aparser.getValue("groups", true);
 403         if (data != null)
 404         {
 405           af.parseFeaturesFile(data,
 406                   jalview.io.AppletFormatAdapter.checkProtocol(data));
 407           System.out.println("Added " + data);
 408         }
 409         data = aparser.getValue("features", true);
 410         if (data != null)
 411         {
 412           af.parseFeaturesFile(data,
 413                   jalview.io.AppletFormatAdapter.checkProtocol(data));
 414           System.out.println("Added " + data);
 415         }
 416
 417         data = aparser.getValue("annotations", true);
 418         if (data != null)
 419         {
 420           af.loadJalviewDataFile(data, null, null, null);
 421           System.out.println("Added " + data);
 422         }
 423         // set or clear the sortbytree flag.
 424         if (aparser.contains("sortbytree"))
 425         {
 426           af.getViewport().setSortByTree(true);
 427         }
 428         if (aparser.contains("no-annotation"))
 429         {
 430           af.getViewport().setShowAnnotation(false);
 431         }
 432         if (aparser.contains("nosortbytree"))
 433         {
 434           af.getViewport().setSortByTree(false);
 435         }
 436         data = aparser.getValue("tree", true);
 437         if (data != null)
 438         {
 439           jalview.io.NewickFile fin = null;
 440           try
 441           {
 442             fin = new jalview.io.NewickFile(data,
 443                     jalview.io.AppletFormatAdapter.checkProtocol(data));
 444             if (fin != null)
 445             {
 446               af.getViewport().setCurrentTree(
 447                       af.ShowNewickTree(fin, data).getTree());
 448               System.out.println("Added tree " + data);
 449             }
 450           } catch (IOException ex)
 451           {
 452             System.err.println("Couldn't add tree " + data);
 453             ex.printStackTrace(System.err);
 454           }
 455         }
 456         // TODO - load PDB structure(s) to alignment JAL-629
 457         // (associate with identical sequence in alignment, or a specified
 458         // sequence)
 459
 460         getFeatures = checkDasArguments(aparser);
 461         if (af != null && getFeatures != null)
 462         {
 463           FeatureFetcher ff = startFeatureFetching(getFeatures);
 464           if (ff != null)
 465           {
 466             while (!ff.allFinished() || af.operationInProgress())
 467             {
 468               // wait around until fetching is finished.
 469               try
 470               {
 471                 Thread.sleep(100);
 472               } catch (Exception e)
 473               {
 474
 475               }
 476             }
 477           }
 478           getFeatures = null; // have retrieved features - forget them now.
 479         }
 480         if (groovyscript != null)
 481         {
 482           // Execute the groovy script after we've done all the rendering stuff
 483           // and before any images or figures are generated.
 484           if (jalview.bin.Cache.groovyJarsPresent())
 485           {
 486             System.out.println("Executing script " + groovyscript);
 487             executeGroovyScript(groovyscript, new Object[]
 488             { desktop, af });
 489           }
 490           else
 491           {
 492             System.err
 493                     .println("Sorry. Groovy Support is not available, so ignoring the provided groovy script "
 494                             + groovyscript);
 495           }
 496           groovyscript = null;
 497         }
 498         String imageName = "unnamed.png";
 499         while (aparser.getSize() > 1)
 500         {
 501           format = aparser.nextValue();
 502           file = aparser.nextValue();
 503
 504           if (format.equalsIgnoreCase("png"))
 505           {
 506             af.createPNG(new java.io.File(file));
 507             imageName = (new java.io.File(file)).getName();
 508             System.out.println("Creating PNG image: " + file);
 509             continue;
 510           }
 511           else if (format.equalsIgnoreCase("svg"))
 512           {
 513             File imageFile = new java.io.File(file);
 514             imageName = imageFile.getName();
 515             af.createSVG(imageFile);
 516             System.out.println("Creating SVG image: " + file);
 517             continue;
 518           }
 519           else if (format.equalsIgnoreCase("html"))
 520           {
 521             File imageFile = new java.io.File(file);
 522             imageName = imageFile.getName();
 523             new HtmlSvgOutput(new java.io.File(file), af.alignPanel);
 524             System.out.println("Creating HTML image: " + file);
 525             continue;
 526           }
 527           else if (format.equalsIgnoreCase("imgMap"))
 528           {
 529             af.createImageMap(new java.io.File(file), imageName);
 530             System.out.println("Creating image map: " + file);
 531             continue;
 532           }
 533           else if (format.equalsIgnoreCase("eps"))
 534           {
 535             System.out.println("Creating EPS file: " + file);
 536             af.createEPS(new java.io.File(file));
 537             continue;
 538           }
 539
 540           if (af.saveAlignment(file, format))
 541           {
 542             System.out.println("Written alignment in " + format
 543                     + " format to " + file);
 544           }
 545           else
 546           {
 547             System.out.println("Error writing file " + file + " in "
 548                     + format + " format!!");
 549           }
 550
 551         }
 552
 553         while (aparser.getSize() > 0)
 554         {
 555           System.out.println("Unknown arg: " + aparser.nextValue());
 556         }
 557       }
 558     }
 559     AlignFrame startUpAlframe = null;
 560     // We'll only open the default file if the desktop is visible.
 561     // And the user
 562     // ////////////////////
 563
 564     if (!headless && file == null && vamsasImport == null
 565             && jalview.bin.Cache.getDefault("SHOW_STARTUP_FILE", true))
 566     {
 567       file = jalview.bin.Cache.getDefault(
 568               "STARTUP_FILE",
 569               jalview.bin.Cache.getDefault("www.jalview.org",
 570                       "http://www.jalview.org")
 571                       + "/examples/exampleFile_2_7.jar");
 572       if (file.equals("http://www.jalview.org/examples/exampleFile_2_3.jar"))
 573       {
 574         // hardwire upgrade of the startup file
 575         file.replace("_2_3.jar", "_2_7.jar");
 576         // and remove the stale setting
 577         jalview.bin.Cache.removeProperty("STARTUP_FILE");
 578       }
 579
 580       protocol = "File";
 581
 582       if (file.indexOf("http:") > -1)
 583       {
 584         protocol = "URL";
 585       }
 586
 587       if (file.endsWith(".jar"))
 588       {
 589         format = "Jalview";
 590       }
 591       else
 592       {
 593         format = new jalview.io.IdentifyFile().Identify(file, protocol);
 594       }
 595
 596       startUpAlframe = fileLoader.LoadFileWaitTillLoaded(file, protocol,
 597               format);
 598       getFeatures = checkDasArguments(aparser);
 599       // extract groovy arguments before anything else.
 600     }
 601     // If the user has specified features to be retrieved,
 602     // or a groovy script to be executed, do them if they
 603     // haven't been done already
 604     // fetch features for the default alignment
 605     if (getFeatures != null)
 606     {
 607       if (startUpAlframe != null)
 608       {
 609         startFeatureFetching(getFeatures);
 610       }
 611     }
 612     // Once all other stuff is done, execute any groovy scripts (in order)
 613     if (groovyscript != null)
 614     {
 615       if (jalview.bin.Cache.groovyJarsPresent())
 616       {
 617         System.out.println("Executing script " + groovyscript);
 618         executeGroovyScript(groovyscript, new Object[]
 619         { desktop, startUpAlframe });
 620       }
 621       else
 622       {
 623         System.err
 624                 .println("Sorry. Groovy Support is not available, so ignoring the provided groovy script "
 625                         + groovyscript);
 626       }
 627     }
 628     // and finally, turn off batch mode indicator - if the desktop still exists
 629     if (desktop != null)
 630     {
 631       if (progress != -1)
 632       {
 633         desktop.setProgressBar(null, progress);
 634       }
 635       desktop.setInBatchMode(false);
 636     }
 637   }
 638
 639   private static void showUsage()
 640   {
 641     System.out
 642             .println("Usage: jalview -open [FILE] [OUTPUT_FORMAT] [OUTPUT_FILE]\n\n"
 643                     + "-nodisplay\tRun Jalview without User Interface.\n"
 644                     + "-props FILE\tUse the given Jalview properties file instead of users default.\n"
 645                     + "-colour COLOURSCHEME\tThe colourscheme to be applied to the alignment\n"
 646                     + "-annotations FILE\tAdd precalculated annotations to the alignment.\n"
 647                     + "-tree FILE\tLoad the given newick format tree file onto the alignment\n"
 648                     + "-features FILE\tUse the given file to mark features on the alignment.\n"
 649                     + "-fasta FILE\tCreate alignment file FILE in Fasta format.\n"
 650                     + "-clustal FILE\tCreate alignment file FILE in Clustal format.\n"
 651                     + "-pfam FILE\tCreate alignment file FILE in PFAM format.\n"
 652                     + "-msf FILE\tCreate alignment file FILE in MSF format.\n"
 653                     + "-pileup FILE\tCreate alignment file FILE in Pileup format\n"
 654                     + "-pir FILE\tCreate alignment file FILE in PIR format.\n"
 655                     + "-blc FILE\tCreate alignment file FILE in BLC format.\n"
 656                     + "-jalview FILE\tCreate alignment file FILE in Jalview format.\n"
 657                     + "-png FILE\tCreate PNG image FILE from alignment.\n"
 658                     + "-svg FILE\tCreate SVG image FILE from alignment.\n"
 659                     + "-html FILE\tCreate HTML file from alignment.\n"
 660                     + "-imgMap FILE\tCreate HTML file FILE with image map of PNG image.\n"
 661                     + "-eps FILE\tCreate EPS file FILE from alignment.\n"
 662                     + "-questionnaire URL\tQueries the given URL for information about any Jalview user questionnaires.\n"
 663                     + "-noquestionnaire\tTurn off questionnaire check.\n"
 664                     + "-nousagestats\tTurn off google analytics tracking for this session.\n"
 665                     + "-sortbytree OR -nosortbytree\tEnable or disable sorting of the given alignment by the given tree\n"
 666                     // +
 667                     // "-setprop PROPERTY=VALUE\tSet the given Jalview property, after all other properties files have been read\n\t (quote the 'PROPERTY=VALUE' pair to ensure spaces are passed in correctly)"
 668                     + "-jabaws URL\tSpecify URL for Jabaws services (e.g. for a local installation).\n"
 669                     + "-dasserver nickname=URL\tAdd and enable a das server with given nickname\n\t\t\t(alphanumeric or underscores only) for retrieval of features for all alignments.\n"
 670                     + "\t\t\tSources that also support the sequence command may be specified by prepending the URL with sequence:\n"
 671                     + "\t\t\t e.g. sequence:http://localdas.somewhere.org/das/source)\n"
 672                     + "-fetchfrom nickname\tQuery nickname for features for the alignments and display them.\n"
 673                     // +
 674                     // "-vdoc vamsas-document\tImport vamsas document into new session or join existing session with same URN\n"
 675                     // + "-vses vamsas-session\tJoin session with given URN\n"
 676                     + "-groovy FILE\tExecute groovy script in FILE, after all other arguments have been processed (if FILE is the text 'STDIN' then the file will be read from STDIN)\n"
 677                     + "\n~Read documentation in Application or visit http://www.jalview.org for description of Features and Annotations file~\n\n");
 678   }
 679
 680   private static void startUsageStats(final Desktop desktop)
 681   {
 682     /**
 683      * start a User Config prompt asking if we can log usage statistics.
 684      */
 685     jalview.gui.PromptUserConfig prompter = new jalview.gui.PromptUserConfig(
 686             desktop.desktop,
 687             "USAGESTATS",
 688             "Jalview Usage Statistics",
 689             "Do you want to help make Jalview better by enabling "
 690                     + "the collection of usage statistics with Google Analytics ?"
 691                     + "\n\n(you can enable or disable usage tracking in the preferences)",
 692             new Runnable()
 693             {
 694               public void run()
 695               {
 696                 Cache.log
 697                         .debug("Initialising googletracker for usage stats.");
 698                 Cache.initGoogleTracker();
 699                 Cache.log.debug("Tracking enabled.");
 700               }
 701             }, new Runnable()
 702             {
 703               public void run()
 704               {
 705                 Cache.log.debug("Not enabling Google Tracking.");
 706               }
 707             }, null, true);
 708     desktop.addDialogThread(prompter);
 709   }
 710
 711   /**
 712    * Locate the given string as a file and pass it to the groovy interpreter.
 713    *
 714    * @param groovyscript
 715    *          the script to execute
 716    * @param jalviewContext
 717    *          the Jalview Desktop object passed in to the groovy binding as the
 718    *          'Jalview' object.
 719    */
 720   private static void executeGroovyScript(String groovyscript,
 721           Object[] jalviewContext)
 722   {
 723     if (jalviewContext == null)
 724     {
 725       System.err
 726               .println("Sorry. Groovy support is currently only available when running with the Jalview GUI enabled.");
 727     }
 728     /**
 729      * for scripts contained in files
 730      */
 731     File tfile = null;
 732     /**
 733      * script's URI
 734      */
 735     URL sfile = null;
 736     if (groovyscript.trim().equals("STDIN"))
 737     {
 738       // read from stdin into a tempfile and execute it
 739       try
 740       {
 741         tfile = File.createTempFile("jalview", "groovy");
 742         PrintWriter outfile = new PrintWriter(new OutputStreamWriter(
 743                 new FileOutputStream(tfile)));
 744         BufferedReader br = new BufferedReader(
 745                 new java.io.InputStreamReader(System.in));
 746         String line = null;
 747         while ((line = br.readLine()) != null)
 748         {
 749           outfile.write(line + "\n");
 750         }
 751         br.close();
 752         outfile.flush();
 753         outfile.close();
 754
 755       } catch (Exception ex)
 756       {
 757         System.err.println("Failed to read from STDIN into tempfile "
 758                 + ((tfile == null) ? "(tempfile wasn't created)" : tfile
 759                         .toString()));
 760         ex.printStackTrace();
 761         return;
 762       }
 763       try
 764       {
 765         sfile = tfile.toURI().toURL();
 766       } catch (Exception x)
 767       {
 768         System.err
 769                 .println("Unexpected Malformed URL Exception for temporary file created from STDIN: "
 770                         + tfile.toURI());
 771         x.printStackTrace();
 772         return;
 773       }
 774     }
 775     else
 776     {
 777       try
 778       {
 779         sfile = new URI(groovyscript).toURL();
 780       } catch (Exception x)
 781       {
 782         tfile = new File(groovyscript);
 783         if (!tfile.exists())
 784         {
 785           System.err.println("File '" + groovyscript + "' does not exist.");
 786           return;
 787         }
 788         if (!tfile.canRead())
 789         {
 790           System.err.println("File '" + groovyscript + "' cannot be read.");
 791           return;
 792         }
 793         if (tfile.length() < 1)
 794         {
 795           System.err.println("File '" + groovyscript + "' is empty.");
 796           return;
 797         }
 798         try
 799         {
 800           sfile = tfile.getAbsoluteFile().toURI().toURL();
 801         } catch (Exception ex)
 802         {
 803           System.err.println("Failed to create a file URL for "
 804                   + tfile.getAbsoluteFile());
 805           return;
 806         }
 807       }
 808     }
 809     boolean success = false;
 810     try
 811     {
 812       /*
 813        * The following code performs the GroovyScriptEngine invocation using
 814        * reflection, and is equivalent to this fragment from the embedding
 815        * groovy documentation on the groovy site: <code> import
 816        * groovy.lang.Binding; import groovy.util.GroovyScriptEngine;
 817        *
 818        * String[] roots = new String[] { "/my/groovy/script/path" };
 819        * GroovyScriptEngine gse = new GroovyScriptEngine(roots); Binding binding
 820        * = new Binding(); binding.setVariable("input", "world");
 821        * gse.run("hello.groovy", binding); </code>
 822        */
 823       Class<?>[] bspec;
 824       Object[] binding;
 825       int blen = ((jalviewContext[0] == null) ? 0 : 1)
 826               + ((jalviewContext[1] == null) ? 0 : 1);
 827       String cnames[] = new String[]
 828       { "Jalview", "currentAlFrame" };
 829       bspec = new Class[blen * 2];
 830       binding = new Object[blen * 2];
 831       blen = 0;
 832       ClassLoader cl = null;
 833       Map<String, Object> vbinding = new HashMap<String, Object>();
 834       for (int jc = 0; jc < jalviewContext.length; jc++)
 835       {
 836         if (jalviewContext[jc] != null)
 837         {
 838           if (cl == null)
 839           {
 840             cl = jalviewContext[jc].getClass().getClassLoader();
 841           }
 842           bspec[blen * 2] = String.class;
 843           bspec[blen * 2 + 1] = Object.class;
 844           binding[blen * 2] = cnames[jc];
 845           binding[blen * 2 + 1] = jalviewContext[jc];
 846           vbinding.put(cnames[jc], jalviewContext[jc]);
 847           blen++;
 848         }
 849       }
 850       Class<?> gbindingc = cl.loadClass("groovy.lang.Binding");
 851       Constructor<?> gbcons;
 852       Object gbinding;
 853       try
 854       {
 855         gbcons = gbindingc.getConstructor(Map.class);
 856         gbinding = gbcons.newInstance(vbinding);
 857       } catch (NoSuchMethodException x)
 858       {
 859         // old style binding config - using series of string/object values to
 860         // setVariable.
 861         gbcons = gbindingc.getConstructor();
 862         gbinding = gbcons.newInstance();
 863         java.lang.reflect.Method setvar = gbindingc.getMethod(
 864                 "setVariable", bspec);
 865         setvar.invoke(gbinding, binding);
 866       }
 867
 868       Class<?> gsec = cl.loadClass("groovy.util.GroovyScriptEngine");
 869       Constructor<?> gseccons = gsec.getConstructor(new Class[]
 870       { URL[].class }); // String[].class });
 871       Object gse = gseccons.newInstance(new Object[]
 872       { new URL[]
 873       { sfile } }); // .toString() } });
 874       java.lang.reflect.Method run = gsec.getMethod("run", new Class[]
 875       { String.class, gbindingc });
 876       run.invoke(gse, new Object[]
 877       { sfile.toString(), gbinding });
 878       success = true;
 879     } catch (Exception e)
 880     {
 881       System.err.println("Exception Whilst trying to execute file " + sfile
 882               + " as a groovy script.");
 883       e.printStackTrace(System.err);
 884
 885     }
 886     if (success && groovyscript.equals("STDIN"))
 887     {
 888       // delete temp file that we made - but only if it was successfully
 889       // executed
 890       tfile.delete();
 891     }
 892   }
 893
 894   /**
 895    * Check commandline for any das server definitions or any fetchfrom switches
 896    *
 897    * @return vector of DAS source nicknames to retrieve from
 898    */
 899   private static Vector checkDasArguments(ArgsParser aparser)
 900   {
 901     Vector source = null;
 902     String data;
 903     String locsources = Cache.getProperty(Cache.DAS_LOCAL_SOURCE);
 904     while ((data = aparser.getValue("dasserver", true)) != null)
 905     {
 906       String nickname = null;
 907       String url = null;
 908       boolean seq = false, feat = true;
 909       int pos = data.indexOf('=');
 910       // determine capabilities
 911       if (pos > 0)
 912       {
 913         nickname = data.substring(0, pos);
 914       }
 915       url = data.substring(pos + 1);
 916       if (url != null
 917               && (url.startsWith("http:") || url
 918                       .startsWith("sequence:http:")))
 919       {
 920         if (nickname == null)
 921         {
 922           nickname = url;
 923         }
 924         if (locsources == null)
 925         {
 926           locsources = "";
 927         }
 928         else
 929         {
 930           locsources += "\t";
 931         }
 932         locsources = locsources + nickname + "|" + url;
 933         System.err
 934                 .println("NOTE! dasserver parameter not yet really supported (got args of "
 935                         + nickname + "|" + url);
 936         if (source == null)
 937         {
 938           source = new Vector();
 939         }
 940         source.addElement(nickname);
 941       }
 942     } // loop until no more server entries are found.
 943     if (locsources != null && locsources.indexOf('|') > -1)
 944     {
 945       Cache.log.debug("Setting local source list in properties file to:\n"
 946               + locsources);
 947       Cache.setProperty(Cache.DAS_LOCAL_SOURCE, locsources);
 948     }
 949     while ((data = aparser.getValue("fetchfrom", true)) != null)
 950     {
 951       System.out.println("adding source '" + data + "'");
 952       if (source == null)
 953       {
 954         source = new Vector();
 955       }
 956       source.addElement(data);
 957     }
 958     return source;
 959   }
 960
 961   /**
 962    * start a feature fetcher for every alignment frame
 963    *
 964    * @param dasSources
 965    */
 966   private static FeatureFetcher startFeatureFetching(final Vector dasSources)
 967   {
 968     FeatureFetcher ff = new FeatureFetcher();
 969     AlignFrame afs[] = Desktop.getAlignFrames();
 970     if (afs == null || afs.length == 0)
 971     {
 972       return null;
 973     }
 974     for (int i = 0; i < afs.length; i++)
 975     {
 976       ff.addFetcher(afs[i], dasSources);
 977     }
 978     return ff;
 979   }
 980 }
 981
 982 /**
 983  * Notes: this argParser does not distinguish between parameter switches,
 984  * parameter values and argument text. If an argument happens to be identical to
 985  * a parameter, it will be taken as such (even though it didn't have a '-'
 986  * prefixing it).
 987  *
 988  * @author Andrew Waterhouse and JBP documented.
 989  *
 990  */
 991
 992 class rnabuttonlistener implements ActionListener
 993 {
 994   public void actionPerformed(ActionEvent arg0)
 995   {
 996     System.out.println("Good idea ! ");
 997
 998   }
 999 }
1000
1001 class pbuttonlistener implements ActionListener
1002 {
1003   public void actionPerformed(ActionEvent arg0)
1004   {
1005
1006   }
1007 }
1008
1009 class ArgsParser
1010 {
1011   Vector vargs = null;
1012
1013   public ArgsParser(String[] args)
1014   {
1015     vargs = new Vector();
1016     for (int i = 0; i < args.length; i++)
1017     {
1018       String arg = args[i].trim();
1019       if (arg.charAt(0) == '-')
1020       {
1021         arg = arg.substring(1);
1022       }
1023       vargs.addElement(arg);
1024     }
1025   }
1026
1027   /**
1028    * check for and remove first occurence of arg+parameter in arglist.
1029    *
1030    * @param arg
1031    * @return return the argument following the given arg if arg was in list.
1032    */
1033   public String getValue(String arg)
1034   {
1035     return getValue(arg, false);
1036   }
1037
1038   public String getValue(String arg, boolean utf8decode)
1039   {
1040     int index = vargs.indexOf(arg);
1041     String dc = null, ret = null;
1042     if (index != -1)
1043     {
1044       ret = vargs.elementAt(index + 1).toString();
1045       vargs.removeElementAt(index);
1046       vargs.removeElementAt(index);
1047       if (utf8decode && ret != null)
1048       {
1049         try
1050         {
1051           dc = URLDecoder.decode(ret, "UTF-8");
1052           ret = dc;
1053         } catch (Exception e)
1054         {
1055           // TODO: log failure to decode
1056         }
1057       }
1058     }
1059     return ret;
1060   }
1061
1062   /**
1063    * check for and remove first occurence of arg in arglist.
1064    *
1065    * @param arg
1066    * @return true if arg was present in argslist.
1067    */
1068   public boolean contains(String arg)
1069   {
1070     if (vargs.contains(arg))
1071     {
1072       vargs.removeElement(arg);
1073       return true;
1074     }
1075     else
1076     {
1077       return false;
1078     }
1079   }
1080
1081   public String nextValue()
1082   {
1083     return vargs.remove(0).toString();
1084   }
1085
1086   public int getSize()
1087   {
1088     return vargs.size();
1089   }
1090
1091 }
1092
1093 /**
1094  * keep track of feature fetching tasks.
1095  *
1096  * @author JimP
1097  *
1098  */
1099 class FeatureFetcher
1100 {
1101   /*
1102    * TODO: generalise to track all jalview events to orchestrate batch
1103    * processing events.
1104    */
1105
1106   private int queued = 0;
1107
1108   private int running = 0;
1109
1110   public FeatureFetcher()
1111   {
1112
1113   }
1114
1115   public void addFetcher(final AlignFrame af, final Vector dasSources)
1116   {
1117     final long id = System.currentTimeMillis();
1118     queued++;
1119     final FeatureFetcher us = this;
1120     new Thread(new Runnable()
1121     {
1122
1123       public void run()
1124       {
1125         synchronized (us)
1126         {
1127           queued--;
1128           running++;
1129         }
1130
1131         af.setProgressBar(MessageManager.getString("status.das_features_being_retrived"), id);
1132         af.featureSettings_actionPerformed(null);
1133         af.featureSettings.fetchDasFeatures(dasSources, true);
1134         af.setProgressBar(null, id);
1135         synchronized (us)
1136         {
1137           running--;
1138         }
1139       }
1140     }).start();
1141   }
1142
1143   public synchronized boolean allFinished()
1144   {
1145     return queued == 0 && running == 0;
1146   }
1147
1148 };