src/jalview/bin/Jalview.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.bin;
  22
  23 import jalview.ext.so.SequenceOntology;
  24 import jalview.gui.AlignFrame;
  25 import jalview.gui.Desktop;
  26 import jalview.gui.PromptUserConfig;
  27 import jalview.io.AppletFormatAdapter;
  28 import jalview.io.BioJsHTMLOutput;
  29 import jalview.io.DataSourceType;
  30 import jalview.io.FileFormat;
  31 import jalview.io.FileFormatException;
  32 import jalview.io.FileFormatI;
  33 import jalview.io.FileLoader;
  34 import jalview.io.HtmlSvgOutput;
  35 import jalview.io.IdentifyFile;
  36 import jalview.io.NewickFile;
  37 import jalview.io.gff.SequenceOntologyFactory;
  38 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  39 import jalview.schemes.ColourSchemeProperty;
  40 import jalview.util.MessageManager;
  41 import jalview.util.Platform;
  42 import jalview.ws.jws2.Jws2Discoverer;
  43
  44 import java.io.BufferedReader;
  45 import java.io.File;
  46 import java.io.FileOutputStream;
  47 import java.io.IOException;
  48 import java.io.InputStreamReader;
  49 import java.io.OutputStreamWriter;
  50 import java.io.PrintWriter;
  51 import java.net.MalformedURLException;
  52 import java.net.URI;
  53 import java.net.URISyntaxException;
  54 import java.net.URL;
  55 import java.security.AllPermission;
  56 import java.security.CodeSource;
  57 import java.security.PermissionCollection;
  58 import java.security.Permissions;
  59 import java.security.Policy;
  60 import java.util.HashMap;
  61 import java.util.Map;
  62 import java.util.Vector;
  63
  64 import javax.swing.LookAndFeel;
  65 import javax.swing.UIManager;
  66
  67 import com.threerings.getdown.util.LaunchUtil;
  68
  69 import groovy.lang.Binding;
  70 import groovy.util.GroovyScriptEngine;
  71
  72 /**
  73  * Main class for Jalview Application <br>
  74  * <br>
  75  * start with: java -classpath "$PATH_TO_LIB$/*:$PATH_TO_CLASSES$" \
  76  * jalview.bin.Jalview
  77  *
  78  * or on Windows: java -classpath "$PATH_TO_LIB$/*;$PATH_TO_CLASSES$" \
  79  * jalview.bin.Jalview jalview.bin.Jalview
  80  *
  81  * (ensure -classpath arg is quoted to avoid shell expansion of '*' and do not
  82  * embellish '*' to e.g. '*.jar')
  83  *
  84  * @author $author$
  85  * @version $Revision$
  86  */
  87 public class Jalview
  88 {
  89   /*
  90    * singleton instance of this class
  91    */
  92   private static Jalview instance;
  93
  94   private Desktop desktop;
  95
  96   public static AlignFrame currentAlignFrame;
  97
  98   static
  99   {
 100     // grab all the rights we can the JVM
 101     Policy.setPolicy(new Policy()
 102     {
 103       @Override
 104       public PermissionCollection getPermissions(CodeSource codesource)
 105       {
 106         Permissions perms = new Permissions();
 107         perms.add(new AllPermission());
 108         return (perms);
 109       }
 110
 111       @Override
 112       public void refresh()
 113       {
 114       }
 115     });
 116   }
 117
 118   /**
 119    * keep track of feature fetching tasks.
 120    *
 121    * @author JimP
 122    *
 123    */
 124   class FeatureFetcher
 125   {
 126     /*
 127      * TODO: generalise to track all jalview events to orchestrate batch processing
 128      * events.
 129      */
 130
 131     private int queued = 0;
 132
 133     private int running = 0;
 134
 135     public FeatureFetcher()
 136     {
 137
 138     }
 139
 140     public void addFetcher(final AlignFrame af,
 141             final Vector<String> dasSources)
 142     {
 143       final long id = System.currentTimeMillis();
 144       queued++;
 145       final FeatureFetcher us = this;
 146       new Thread(new Runnable()
 147       {
 148
 149         @Override
 150         public void run()
 151         {
 152           synchronized (us)
 153           {
 154             queued--;
 155             running++;
 156           }
 157
 158           af.setProgressBar(MessageManager
 159                   .getString("status.das_features_being_retrived"), id);
 160           af.featureSettings_actionPerformed(null);
 161           af.setProgressBar(null, id);
 162           synchronized (us)
 163           {
 164             running--;
 165           }
 166         }
 167       }).start();
 168     }
 169
 170     public synchronized boolean allFinished()
 171     {
 172       return queued == 0 && running == 0;
 173     }
 174
 175   }
 176
 177   public static Jalview getInstance()
 178   {
 179     return instance;
 180   }
 181
 182   /**
 183    * main class for Jalview application
 184    *
 185    * @param args
 186    *               open <em>filename</em>
 187    */
 188   public static void main(String[] args)
 189   {
 190     instance = new Jalview();
 191     instance.doMain(args);
 192   }
 193
 194   /**
 195    * @param args
 196    */
 197   void doMain(String[] args)
 198   {
 199     System.setSecurityManager(null);
 200     System.out
 201             .println("Java version: " + System.getProperty("java.version"));
 202     System.out.println(System.getProperty("os.arch") + " "
 203             + System.getProperty("os.name") + " "
 204             + System.getProperty("os.version"));
 205     // report Jalview version
 206     Cache.loadBuildProperties(true);
 207
 208     ArgsParser aparser = new ArgsParser(args);
 209     boolean headless = false;
 210
 211     if (aparser.contains("help") || aparser.contains("h"))
 212     {
 213       showUsage();
 214       System.exit(0);
 215     }
 216     if (aparser.contains("nodisplay") || aparser.contains("nogui")
 217             || aparser.contains("headless"))
 218     {
 219       System.setProperty("java.awt.headless", "true");
 220       headless = true;
 221     }
 222     String usrPropsFile = aparser.getValue("props");
 223     Cache.loadProperties(usrPropsFile); // must do this before
 224     if (usrPropsFile != null)
 225     {
 226       System.out.println(
 227               "CMD [-props " + usrPropsFile + "] executed successfully!");
 228     }
 229
 230     // anything else!
 231
 232     final String jabawsUrl = aparser.getValue("jabaws");
 233     if (jabawsUrl != null)
 234     {
 235       try
 236       {
 237         Jws2Discoverer.getDiscoverer().setPreferredUrl(jabawsUrl);
 238         System.out.println(
 239                 "CMD [-jabaws " + jabawsUrl + "] executed successfully!");
 240       } catch (MalformedURLException e)
 241       {
 242         System.err.println(
 243                 "Invalid jabaws parameter: " + jabawsUrl + " ignored");
 244       }
 245     }
 246
 247     String defs = aparser.getValue("setprop");
 248     while (defs != null)
 249     {
 250       int p = defs.indexOf('=');
 251       if (p == -1)
 252       {
 253         System.err.println("Ignoring invalid setprop argument : " + defs);
 254       }
 255       else
 256       {
 257         System.out.println("Executing setprop argument: " + defs);
 258         // DISABLED FOR SECURITY REASONS
 259         // TODO: add a property to allow properties to be overriden by cli args
 260         // Cache.setProperty(defs.substring(0,p), defs.substring(p+1));
 261       }
 262       defs = aparser.getValue("setprop");
 263     }
 264     if (System.getProperty("java.awt.headless") != null
 265             && System.getProperty("java.awt.headless").equals("true"))
 266     {
 267       headless = true;
 268     }
 269     System.setProperty("http.agent",
 270             "Jalview Desktop/" + Cache.getDefault("VERSION", "Unknown"));
 271     try
 272     {
 273       Cache.initLogger();
 274     } catch (NoClassDefFoundError error)
 275     {
 276       error.printStackTrace();
 277       System.out.println("\nEssential logging libraries not found."
 278               + "\nUse: java -classpath \"$PATH_TO_LIB$/*:$PATH_TO_CLASSES$\" jalview.bin.Jalview");
 279       System.exit(0);
 280     }
 281
 282     desktop = null;
 283
 284     try
 285     {
 286       UIManager.setLookAndFeel(UIManager.getSystemLookAndFeelClassName());
 287     } catch (Exception ex)
 288     {
 289       System.err.println("Unexpected Look and Feel Exception");
 290       ex.printStackTrace();
 291     }
 292     if (Platform.isAMac())
 293     {
 294
 295       LookAndFeel lookAndFeel = ch.randelshofer.quaqua.QuaquaManager
 296               .getLookAndFeel();
 297       System.setProperty("com.apple.mrj.application.apple.menu.about.name",
 298               "Jalview");
 299       System.setProperty("apple.laf.useScreenMenuBar", "true");
 300       if (lookAndFeel != null)
 301       {
 302         try
 303         {
 304           UIManager.setLookAndFeel(lookAndFeel);
 305         } catch (Throwable e)
 306         {
 307           System.err.println(
 308                   "Failed to set QuaQua look and feel: " + e.toString());
 309         }
 310       }
 311       if (lookAndFeel == null
 312               || !(lookAndFeel.getClass().isAssignableFrom(
 313                       UIManager.getLookAndFeel().getClass()))
 314               || !UIManager.getLookAndFeel().getClass().toString()
 315                       .toLowerCase().contains("quaqua"))
 316       {
 317         try
 318         {
 319           System.err.println(
 320                   "Quaqua LaF not available on this plaform. Using VAqua(4).\nSee https://issues.jalview.org/browse/JAL-2976");
 321           UIManager.setLookAndFeel("org.violetlib.aqua.AquaLookAndFeel");
 322         } catch (Throwable e)
 323         {
 324           System.err.println(
 325                   "Failed to reset look and feel: " + e.toString());
 326         }
 327       }
 328     }
 329
 330     /*
 331      * configure 'full' SO model if preferences say to, else use the default (SO
 332      * Lite)
 333      */
 334     if (Cache.getDefault("USE_FULL_SO", false))
 335     {
 336       SequenceOntologyFactory.setInstance(new SequenceOntology());
 337     }
 338
 339     if (!headless)
 340     {
 341       desktop = new Desktop();
 342       desktop.setInBatchMode(true); // indicate we are starting up
 343
 344       try
 345       {
 346         JalviewTaskbar.setTaskbar(this);
 347       } catch (Exception e)
 348       {
 349         System.out.println("Cannot set Taskbar");
 350         // e.printStackTrace();
 351       } catch (Throwable t)
 352       {
 353         System.out.println("Cannot set Taskbar");
 354         // t.printStackTrace();
 355       }
 356
 357       desktop.setVisible(true);
 358       desktop.startServiceDiscovery();
 359       if (!aparser.contains("nousagestats"))
 360       {
 361         startUsageStats(desktop);
 362       }
 363       else
 364       {
 365         System.err.println("CMD [-nousagestats] executed successfully!");
 366       }
 367
 368       if (!aparser.contains("noquestionnaire"))
 369       {
 370         String url = aparser.getValue("questionnaire");
 371         if (url != null)
 372         {
 373           // Start the desktop questionnaire prompter with the specified
 374           // questionnaire
 375           Cache.log.debug("Starting questionnaire url at " + url);
 376           desktop.checkForQuestionnaire(url);
 377           System.out.println(
 378                   "CMD questionnaire[-" + url + "] executed successfully!");
 379         }
 380         else
 381         {
 382           if (Cache.getProperty("NOQUESTIONNAIRES") == null)
 383           {
 384             // Start the desktop questionnaire prompter with the specified
 385             // questionnaire
 386             // String defurl =
 387             // "http://anaplog.compbio.dundee.ac.uk/cgi-bin/questionnaire.pl";
 388             // //
 389             String defurl = "http://www.jalview.org/cgi-bin/questionnaire.pl";
 390             Cache.log.debug(
 391                     "Starting questionnaire with default url: " + defurl);
 392             desktop.checkForQuestionnaire(defurl);
 393           }
 394         }
 395       }
 396       else
 397       {
 398         System.err.println("CMD [-noquestionnaire] executed successfully!");
 399       }
 400
 401       if (!aparser.contains("nonews"))
 402       {
 403         desktop.checkForNews();
 404       }
 405
 406       BioJsHTMLOutput.updateBioJS();
 407     }
 408
 409     // Move any new getdown-launcher-new.jar into place over old
 410     // getdown-launcher.jar
 411     String appdirString = System.getProperty("getdownappdir");
 412     if (appdirString != null && appdirString.length() > 0)
 413     {
 414       final File appdir = new File(appdirString);
 415       new Thread()
 416       {
 417         @Override
 418         public void run()
 419         {
 420           LaunchUtil.upgradeGetdown(
 421                   new File(appdir, "getdown-launcher-old.jar"),
 422                   new File(appdir, "getdown-launcher.jar"),
 423                   new File(appdir, "getdown-launcher-new.jar"));
 424         }
 425       }.start();
 426     }
 427
 428     String file = null, data = null;
 429     FileFormatI format = null;
 430     DataSourceType protocol = null;
 431     FileLoader fileLoader = new FileLoader(!headless);
 432
 433     String groovyscript = null; // script to execute after all loading is
 434     // completed one way or another
 435     // extract groovy argument and execute if necessary
 436     groovyscript = aparser.getValue("groovy", true);
 437     file = aparser.getValue("open", true);
 438
 439     if (file == null && desktop == null)
 440     {
 441       System.out.println("No files to open!");
 442       System.exit(1);
 443     }
 444     String vamsasImport = aparser.getValue("vdoc");
 445     String vamsasSession = aparser.getValue("vsess");
 446     if (vamsasImport != null || vamsasSession != null)
 447     {
 448       if (desktop == null || headless)
 449       {
 450         System.out.println(
 451                 "Headless vamsas sessions not yet supported. Sorry.");
 452         System.exit(1);
 453       }
 454       // if we have a file, start a new session and import it.
 455       boolean inSession = false;
 456       if (vamsasImport != null)
 457       {
 458         try
 459         {
 460           DataSourceType viprotocol = AppletFormatAdapter
 461                   .checkProtocol(vamsasImport);
 462           if (viprotocol == DataSourceType.FILE)
 463           {
 464             inSession = desktop.vamsasImport(new File(vamsasImport));
 465           }
 466           else if (viprotocol == DataSourceType.URL)
 467           {
 468             inSession = desktop.vamsasImport(new URL(vamsasImport));
 469           }
 470
 471         } catch (Exception e)
 472         {
 473           System.err.println("Exeption when importing " + vamsasImport
 474                   + " as a vamsas document.");
 475           e.printStackTrace();
 476         }
 477         if (!inSession)
 478         {
 479           System.err.println("Failed to import " + vamsasImport
 480                   + " as a vamsas document.");
 481         }
 482         else
 483         {
 484           System.out.println("Imported Successfully into new session "
 485                   + desktop.getVamsasApplication().getCurrentSession());
 486         }
 487       }
 488       if (vamsasSession != null)
 489       {
 490         if (vamsasImport != null)
 491         {
 492           // close the newly imported session and import the Jalview specific
 493           // remnants into the new session later on.
 494           desktop.vamsasStop_actionPerformed(null);
 495         }
 496         // now join the new session
 497         try
 498         {
 499           if (desktop.joinVamsasSession(vamsasSession))
 500           {
 501             System.out.println(
 502                     "Successfully joined vamsas session " + vamsasSession);
 503           }
 504           else
 505           {
 506             System.err.println("WARNING: Failed to join vamsas session "
 507                     + vamsasSession);
 508           }
 509         } catch (Exception e)
 510         {
 511           System.err.println(
 512                   "ERROR: Failed to join vamsas session " + vamsasSession);
 513           e.printStackTrace();
 514         }
 515         if (vamsasImport != null)
 516         {
 517           // the Jalview specific remnants can now be imported into the new
 518           // session at the user's leisure.
 519           Cache.log.info(
 520                   "Skipping Push for import of data into existing vamsas session."); // TODO:
 521           // enable
 522           // this
 523           // when
 524           // debugged
 525           // desktop.getVamsasApplication().push_update();
 526         }
 527       }
 528     }
 529     long progress = -1;
 530     // Finally, deal with the remaining input data.
 531     if (file != null)
 532     {
 533       if (!headless)
 534       {
 535         desktop.setProgressBar(
 536                 MessageManager
 537                         .getString("status.processing_commandline_args"),
 538                 progress = System.currentTimeMillis());
 539       }
 540       System.out.println("CMD [-open " + file + "] executed successfully!");
 541
 542       if (!file.startsWith("http://"))
 543       {
 544         if (!(new File(file)).exists())
 545         {
 546           System.out.println("Can't find " + file);
 547           if (headless)
 548           {
 549             System.exit(1);
 550           }
 551         }
 552       }
 553
 554       protocol = AppletFormatAdapter.checkProtocol(file);
 555
 556       try
 557       {
 558         format = new IdentifyFile().identify(file, protocol);
 559       } catch (FileFormatException e1)
 560       {
 561         // TODO ?
 562       }
 563
 564       AlignFrame af = fileLoader.LoadFileWaitTillLoaded(file, protocol,
 565               format);
 566       if (af == null)
 567       {
 568         System.out.println("error");
 569       }
 570       else
 571       {
 572         setCurrentAlignFrame(af);
 573         data = aparser.getValue("colour", true);
 574         if (data != null)
 575         {
 576           data.replaceAll("%20", " ");
 577
 578           ColourSchemeI cs = ColourSchemeProperty.getColourScheme(
 579                   af.getViewport(), af.getViewport().getAlignment(), data);
 580
 581           if (cs != null)
 582           {
 583             System.out.println(
 584                     "CMD [-color " + data + "] executed successfully!");
 585           }
 586           af.changeColour(cs);
 587         }
 588
 589         // Must maintain ability to use the groups flag
 590         data = aparser.getValue("groups", true);
 591         if (data != null)
 592         {
 593           af.parseFeaturesFile(data,
 594                   AppletFormatAdapter.checkProtocol(data));
 595           // System.out.println("Added " + data);
 596           System.out.println(
 597                   "CMD groups[-" + data + "]  executed successfully!");
 598         }
 599         data = aparser.getValue("features", true);
 600         if (data != null)
 601         {
 602           af.parseFeaturesFile(data,
 603                   AppletFormatAdapter.checkProtocol(data));
 604           // System.out.println("Added " + data);
 605           System.out.println(
 606                   "CMD [-features " + data + "]  executed successfully!");
 607         }
 608
 609         data = aparser.getValue("annotations", true);
 610         if (data != null)
 611         {
 612           af.loadJalviewDataFile(data, null, null, null);
 613           // System.out.println("Added " + data);
 614           System.out.println(
 615                   "CMD [-annotations " + data + "] executed successfully!");
 616         }
 617         // set or clear the sortbytree flag.
 618         if (aparser.contains("sortbytree"))
 619         {
 620           af.getViewport().setSortByTree(true);
 621           if (af.getViewport().getSortByTree())
 622           {
 623             System.out.println("CMD [-sortbytree] executed successfully!");
 624           }
 625         }
 626         if (aparser.contains("no-annotation"))
 627         {
 628           af.getViewport().setShowAnnotation(false);
 629           if (!af.getViewport().isShowAnnotation())
 630           {
 631             System.out.println("CMD no-annotation executed successfully!");
 632           }
 633         }
 634         if (aparser.contains("nosortbytree"))
 635         {
 636           af.getViewport().setSortByTree(false);
 637           if (!af.getViewport().getSortByTree())
 638           {
 639             System.out
 640                     .println("CMD [-nosortbytree] executed successfully!");
 641           }
 642         }
 643         data = aparser.getValue("tree", true);
 644         if (data != null)
 645         {
 646           try
 647           {
 648             System.out.println(
 649                     "CMD [-tree " + data + "] executed successfully!");
 650             NewickFile nf = new NewickFile(data,
 651                     AppletFormatAdapter.checkProtocol(data));
 652             af.getViewport()
 653                     .setCurrentTree(af.showNewickTree(nf, data).getTree());
 654           } catch (IOException ex)
 655           {
 656             System.err.println("Couldn't add tree " + data);
 657             ex.printStackTrace(System.err);
 658           }
 659         }
 660         // TODO - load PDB structure(s) to alignment JAL-629
 661         // (associate with identical sequence in alignment, or a specified
 662         // sequence)
 663         if (groovyscript != null)
 664         {
 665           // Execute the groovy script after we've done all the rendering stuff
 666           // and before any images or figures are generated.
 667           System.out.println("Executing script " + groovyscript);
 668           executeGroovyScript(groovyscript, af);
 669           System.out.println("CMD groovy[" + groovyscript
 670                   + "] executed successfully!");
 671           groovyscript = null;
 672         }
 673         String imageName = "unnamed.png";
 674         while (aparser.getSize() > 1)
 675         {
 676           String outputFormat = aparser.nextValue();
 677           file = aparser.nextValue();
 678
 679           if (outputFormat.equalsIgnoreCase("png"))
 680           {
 681             af.createPNG(new File(file));
 682             imageName = (new File(file)).getName();
 683             System.out.println("Creating PNG image: " + file);
 684             continue;
 685           }
 686           else if (outputFormat.equalsIgnoreCase("svg"))
 687           {
 688             File imageFile = new File(file);
 689             imageName = imageFile.getName();
 690             af.createSVG(imageFile);
 691             System.out.println("Creating SVG image: " + file);
 692             continue;
 693           }
 694           else if (outputFormat.equalsIgnoreCase("html"))
 695           {
 696             File imageFile = new File(file);
 697             imageName = imageFile.getName();
 698             HtmlSvgOutput htmlSVG = new HtmlSvgOutput(af.alignPanel);
 699             htmlSVG.exportHTML(file);
 700
 701             System.out.println("Creating HTML image: " + file);
 702             continue;
 703           }
 704           else if (outputFormat.equalsIgnoreCase("biojsmsa"))
 705           {
 706             if (file == null)
 707             {
 708               System.err.println("The output html file must not be null");
 709               return;
 710             }
 711             try
 712             {
 713               BioJsHTMLOutput.refreshVersionInfo(
 714                       BioJsHTMLOutput.BJS_TEMPLATES_LOCAL_DIRECTORY);
 715             } catch (URISyntaxException e)
 716             {
 717               e.printStackTrace();
 718             }
 719             BioJsHTMLOutput bjs = new BioJsHTMLOutput(af.alignPanel);
 720             bjs.exportHTML(file);
 721             System.out
 722                     .println("Creating BioJS MSA Viwer HTML file: " + file);
 723             continue;
 724           }
 725           else if (outputFormat.equalsIgnoreCase("imgMap"))
 726           {
 727             af.createImageMap(new File(file), imageName);
 728             System.out.println("Creating image map: " + file);
 729             continue;
 730           }
 731           else if (outputFormat.equalsIgnoreCase("eps"))
 732           {
 733             File outputFile = new File(file);
 734             System.out.println(
 735                     "Creating EPS file: " + outputFile.getAbsolutePath());
 736             af.createEPS(outputFile);
 737             continue;
 738           }
 739
 740           if (af.saveAlignment(file, format))
 741           {
 742             System.out.println("Written alignment in " + format
 743                     + " format to " + file);
 744           }
 745           else
 746           {
 747             System.out.println("Error writing file " + file + " in "
 748                     + format + " format!!");
 749           }
 750
 751         }
 752
 753         while (aparser.getSize() > 0)
 754         {
 755           System.out.println("Unknown arg: " + aparser.nextValue());
 756         }
 757       }
 758     }
 759     AlignFrame startUpAlframe = null;
 760     // We'll only open the default file if the desktop is visible.
 761     // And the user
 762     // ////////////////////
 763
 764     if (!headless && file == null && vamsasImport == null
 765             && jalview.bin.Cache.getDefault("SHOW_STARTUP_FILE", true))
 766     {
 767       file = jalview.bin.Cache.getDefault("STARTUP_FILE",
 768               jalview.bin.Cache.getDefault("www.jalview.org",
 769                       "http://www.jalview.org")
 770                       + "/examples/exampleFile_2_7.jar");
 771       if (file.equals(
 772               "http://www.jalview.org/examples/exampleFile_2_3.jar"))
 773       {
 774         // hardwire upgrade of the startup file
 775         file.replace("_2_3.jar", "_2_7.jar");
 776         // and remove the stale setting
 777         jalview.bin.Cache.removeProperty("STARTUP_FILE");
 778       }
 779
 780       protocol = DataSourceType.FILE;
 781
 782       if (file.indexOf("http:") > -1)
 783       {
 784         protocol = DataSourceType.URL;
 785       }
 786
 787       if (file.endsWith(".jar"))
 788       {
 789         format = FileFormat.Jalview;
 790       }
 791       else
 792       {
 793         try
 794         {
 795           format = new IdentifyFile().identify(file, protocol);
 796         } catch (FileFormatException e)
 797         {
 798           // TODO what?
 799         }
 800       }
 801
 802       startUpAlframe = fileLoader.LoadFileWaitTillLoaded(file, protocol,
 803               format);
 804       // extract groovy arguments before anything else.
 805     }
 806
 807     // Once all other stuff is done, execute any groovy scripts (in order)
 808     if (groovyscript != null)
 809     {
 810       if (Cache.groovyJarsPresent())
 811       {
 812         System.out.println("Executing script " + groovyscript);
 813         executeGroovyScript(groovyscript, startUpAlframe);
 814       }
 815       else
 816       {
 817         System.err.println(
 818                 "Sorry. Groovy Support is not available, so ignoring the provided groovy script "
 819                         + groovyscript);
 820       }
 821     }
 822     // and finally, turn off batch mode indicator - if the desktop still exists
 823     if (desktop != null)
 824     {
 825       if (progress != -1)
 826       {
 827         desktop.setProgressBar(null, progress);
 828       }
 829       desktop.setInBatchMode(false);
 830     }
 831   }
 832
 833   private static void showUsage()
 834   {
 835     System.out.println(
 836             "Usage: jalview -open [FILE] [OUTPUT_FORMAT] [OUTPUT_FILE]\n\n"
 837                     + "-nodisplay\tRun Jalview without User Interface.\n"
 838                     + "-props FILE\tUse the given Jalview properties file instead of users default.\n"
 839                     + "-colour COLOURSCHEME\tThe colourscheme to be applied to the alignment\n"
 840                     + "-annotations FILE\tAdd precalculated annotations to the alignment.\n"
 841                     + "-tree FILE\tLoad the given newick format tree file onto the alignment\n"
 842                     + "-features FILE\tUse the given file to mark features on the alignment.\n"
 843                     + "-fasta FILE\tCreate alignment file FILE in Fasta format.\n"
 844                     + "-clustal FILE\tCreate alignment file FILE in Clustal format.\n"
 845                     + "-pfam FILE\tCreate alignment file FILE in PFAM format.\n"
 846                     + "-msf FILE\tCreate alignment file FILE in MSF format.\n"
 847                     + "-pileup FILE\tCreate alignment file FILE in Pileup format\n"
 848                     + "-pir FILE\tCreate alignment file FILE in PIR format.\n"
 849                     + "-blc FILE\tCreate alignment file FILE in BLC format.\n"
 850                     + "-json FILE\tCreate alignment file FILE in JSON format.\n"
 851                     + "-jalview FILE\tCreate alignment file FILE in Jalview format.\n"
 852                     + "-png FILE\tCreate PNG image FILE from alignment.\n"
 853                     + "-svg FILE\tCreate SVG image FILE from alignment.\n"
 854                     + "-html FILE\tCreate HTML file from alignment.\n"
 855                     + "-biojsMSA FILE\tCreate BioJS MSA Viewer HTML file from alignment.\n"
 856                     + "-imgMap FILE\tCreate HTML file FILE with image map of PNG image.\n"
 857                     + "-eps FILE\tCreate EPS file FILE from alignment.\n"
 858                     + "-questionnaire URL\tQueries the given URL for information about any Jalview user questionnaires.\n"
 859                     + "-noquestionnaire\tTurn off questionnaire check.\n"
 860                     + "-nonews\tTurn off check for Jalview news.\n"
 861                     + "-nousagestats\tTurn off google analytics tracking for this session.\n"
 862                     + "-sortbytree OR -nosortbytree\tEnable or disable sorting of the given alignment by the given tree\n"
 863                     // +
 864                     // "-setprop PROPERTY=VALUE\tSet the given Jalview property,
 865                     // after all other properties files have been read\n\t
 866                     // (quote the 'PROPERTY=VALUE' pair to ensure spaces are
 867                     // passed in correctly)"
 868                     + "-jabaws URL\tSpecify URL for Jabaws services (e.g. for a local installation).\n"
 869                     + "-fetchfrom nickname\tQuery nickname for features for the alignments and display them.\n"
 870                     // +
 871                     // "-vdoc vamsas-document\tImport vamsas document into new
 872                     // session or join existing session with same URN\n"
 873                     // + "-vses vamsas-session\tJoin session with given URN\n"
 874                     + "-groovy FILE\tExecute groovy script in FILE, after all other arguments have been processed (if FILE is the text 'STDIN' then the file will be read from STDIN)\n"
 875                     + "\n~Read documentation in Application or visit http://www.jalview.org for description of Features and Annotations file~\n\n");
 876   }
 877
 878   private static void startUsageStats(final Desktop desktop)
 879   {
 880     /**
 881      * start a User Config prompt asking if we can log usage statistics.
 882      */
 883     PromptUserConfig prompter = new PromptUserConfig(Desktop.desktop,
 884             "USAGESTATS", "Jalview Usage Statistics",
 885             "Do you want to help make Jalview better by enabling "
 886                     + "the collection of usage statistics with Google Analytics ?"
 887                     + "\n\n(you can enable or disable usage tracking in the preferences)",
 888             new Runnable()
 889             {
 890               @Override
 891               public void run()
 892               {
 893                 Cache.log.debug(
 894                         "Initialising googletracker for usage stats.");
 895                 Cache.initGoogleTracker();
 896                 Cache.log.debug("Tracking enabled.");
 897               }
 898             }, new Runnable()
 899             {
 900               @Override
 901               public void run()
 902               {
 903                 Cache.log.debug("Not enabling Google Tracking.");
 904               }
 905             }, null, true);
 906     desktop.addDialogThread(prompter);
 907   }
 908
 909   /**
 910    * Locate the given string as a file and pass it to the groovy interpreter.
 911    *
 912    * @param groovyscript
 913    *                         the script to execute
 914    * @param jalviewContext
 915    *                         the Jalview Desktop object passed in to the groovy
 916    *                         binding as the 'Jalview' object.
 917    */
 918   private void executeGroovyScript(String groovyscript, AlignFrame af)
 919   {
 920     /**
 921      * for scripts contained in files
 922      */
 923     File tfile = null;
 924     /**
 925      * script's URI
 926      */
 927     URL sfile = null;
 928     if (groovyscript.trim().equals("STDIN"))
 929     {
 930       // read from stdin into a tempfile and execute it
 931       try
 932       {
 933         tfile = File.createTempFile("jalview", "groovy");
 934         PrintWriter outfile = new PrintWriter(
 935                 new OutputStreamWriter(new FileOutputStream(tfile)));
 936         BufferedReader br = new BufferedReader(
 937                 new InputStreamReader(System.in));
 938         String line = null;
 939         while ((line = br.readLine()) != null)
 940         {
 941           outfile.write(line + "\n");
 942         }
 943         br.close();
 944         outfile.flush();
 945         outfile.close();
 946
 947       } catch (Exception ex)
 948       {
 949         System.err.println("Failed to read from STDIN into tempfile "
 950                 + ((tfile == null) ? "(tempfile wasn't created)"
 951                         : tfile.toString()));
 952         ex.printStackTrace();
 953         return;
 954       }
 955       try
 956       {
 957         sfile = tfile.toURI().toURL();
 958       } catch (Exception x)
 959       {
 960         System.err.println(
 961                 "Unexpected Malformed URL Exception for temporary file created from STDIN: "
 962                         + tfile.toURI());
 963         x.printStackTrace();
 964         return;
 965       }
 966     }
 967     else
 968     {
 969       try
 970       {
 971         sfile = new URI(groovyscript).toURL();
 972       } catch (Exception x)
 973       {
 974         tfile = new File(groovyscript);
 975         if (!tfile.exists())
 976         {
 977           System.err.println("File '" + groovyscript + "' does not exist.");
 978           return;
 979         }
 980         if (!tfile.canRead())
 981         {
 982           System.err.println("File '" + groovyscript + "' cannot be read.");
 983           return;
 984         }
 985         if (tfile.length() < 1)
 986         {
 987           System.err.println("File '" + groovyscript + "' is empty.");
 988           return;
 989         }
 990         try
 991         {
 992           sfile = tfile.getAbsoluteFile().toURI().toURL();
 993         } catch (Exception ex)
 994         {
 995           System.err.println("Failed to create a file URL for "
 996                   + tfile.getAbsoluteFile());
 997           return;
 998         }
 999       }
1000     }
1001     try
1002     {
1003       Map<String, java.lang.Object> vbinding = new HashMap<>();
1004       vbinding.put("Jalview", this);
1005       if (af != null)
1006       {
1007         vbinding.put("currentAlFrame", af);
1008       }
1009       Binding gbinding = new Binding(vbinding);
1010       GroovyScriptEngine gse = new GroovyScriptEngine(new URL[] { sfile });
1011       gse.run(sfile.toString(), gbinding);
1012       if ("STDIN".equals(groovyscript))
1013       {
1014         // delete temp file that we made -
1015         // only if it was successfully executed
1016         tfile.delete();
1017       }
1018     } catch (Exception e)
1019     {
1020       System.err.println("Exception Whilst trying to execute file " + sfile
1021               + " as a groovy script.");
1022       e.printStackTrace(System.err);
1023
1024     }
1025   }
1026
1027   public static boolean isHeadlessMode()
1028   {
1029     String isheadless = System.getProperty("java.awt.headless");
1030     if (isheadless != null && isheadless.equalsIgnoreCase("true"))
1031     {
1032       return true;
1033     }
1034     return false;
1035   }
1036
1037   public AlignFrame[] getAlignFrames()
1038   {
1039     return desktop == null ? new AlignFrame[] { getCurrentAlignFrame() }
1040             : Desktop.getAlignFrames();
1041
1042   }
1043
1044   /**
1045    * Quit method delegates to Desktop.quit - unless running in headless mode when
1046    * it just ends the JVM
1047    */
1048   public void quit()
1049   {
1050     if (desktop != null)
1051     {
1052       desktop.quit();
1053     }
1054     else
1055     {
1056       System.exit(0);
1057     }
1058   }
1059
1060   public static AlignFrame getCurrentAlignFrame()
1061   {
1062     return Jalview.currentAlignFrame;
1063   }
1064
1065   public static void setCurrentAlignFrame(AlignFrame currentAlignFrame)
1066   {
1067     Jalview.currentAlignFrame = currentAlignFrame;
1068   }
1069 }