src/jalview/bin/Jalview.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.bin;
  22
  23 import jalview.gui.AlignFrame;
  24 import jalview.gui.Desktop;
  25 import jalview.util.MessageManager;
  26 import jalview.util.Platform;
  27
  28 import java.awt.event.ActionEvent;
  29 import java.awt.event.ActionListener;
  30 import java.io.BufferedReader;
  31 import java.io.File;
  32 import java.io.FileOutputStream;
  33 import java.io.IOException;
  34 import java.io.OutputStreamWriter;
  35 import java.io.PrintWriter;
  36 import java.lang.reflect.Constructor;
  37 import java.net.URI;
  38 import java.net.URL;
  39 import java.net.URLDecoder;
  40 import java.security.AllPermission;
  41 import java.security.CodeSource;
  42 import java.security.PermissionCollection;
  43 import java.security.Permissions;
  44 import java.security.Policy;
  45 import java.util.Hashtable;
  46 import java.util.Map;
  47 import java.util.Vector;
  48
  49 import javax.swing.UIManager;
  50
  51 /**
  52  * Main class for Jalview Application <br>
  53  * <br>
  54  * start with java -Djava.ext.dirs=$PATH_TO_LIB$ jalview.bin.Jalview
  55  *
  56  * @author $author$
  57  * @version $Revision$
  58  */
  59 public class Jalview
  60 {
  61   static
  62   {
  63     // grab all the rights we can the JVM
  64     Policy.setPolicy(new Policy()
  65     {
  66       public PermissionCollection getPermissions(CodeSource codesource)
  67       {
  68         Permissions perms = new Permissions();
  69         perms.add(new AllPermission());
  70         return (perms);
  71       }
  72
  73       public void refresh()
  74       {
  75       }
  76     });
  77   }
  78
  79   /**
  80    * Put protein=true for get a protein example
  81    */
  82   private static boolean protein = false;
  83
  84   /**
  85    * main class for Jalview application
  86    *
  87    * @param args
  88    *          open <em>filename</em>
  89    */
  90   public static void main(String[] args)
  91   {
  92     System.out.println("Java version: "
  93             + System.getProperty("java.version"));
  94     System.out.println(System.getProperty("os.arch") + " "
  95             + System.getProperty("os.name") + " "
  96             + System.getProperty("os.version"));
  97     if (new Platform().isAMac())
  98     {
  99       System.setProperty("com.apple.mrj.application.apple.menu.about.name",
 100               "Jalview");
 101       System.setProperty("apple.laf.useScreenMenuBar", "true");
 102     }
 103
 104     ArgsParser aparser = new ArgsParser(args);
 105     boolean headless = false;
 106
 107     if (aparser.contains("help") || aparser.contains("h"))
 108     {
 109       System.out
 110               .println("Usage: jalview -open [FILE] [OUTPUT_FORMAT] [OUTPUT_FILE]\n\n"
 111                       + "-nodisplay\tRun Jalview without User Interface.\n"
 112                       + "-props FILE\tUse the given Jalview properties file instead of users default.\n"
 113                       + "-colour COLOURSCHEME\tThe colourscheme to be applied to the alignment\n"
 114                       + "-annotations FILE\tAdd precalculated annotations to the alignment.\n"
 115                       + "-tree FILE\tLoad the given newick format tree file onto the alignment\n"
 116                       + "-features FILE\tUse the given file to mark features on the alignment.\n"
 117                       + "-fasta FILE\tCreate alignment file FILE in Fasta format.\n"
 118                       + "-clustal FILE\tCreate alignment file FILE in Clustal format.\n"
 119                       + "-pfam FILE\tCreate alignment file FILE in PFAM format.\n"
 120                       + "-msf FILE\tCreate alignment file FILE in MSF format.\n"
 121                       + "-pileup FILE\tCreate alignment file FILE in Pileup format\n"
 122                       + "-pir FILE\tCreate alignment file FILE in PIR format.\n"
 123                       + "-blc FILE\tCreate alignment file FILE in BLC format.\n"
 124                       + "-jalview FILE\tCreate alignment file FILE in Jalview format.\n"
 125                       + "-png FILE\tCreate PNG image FILE from alignment.\n"
 126                       + "-imgMap FILE\tCreate HTML file FILE with image map of PNG image.\n"
 127                       + "-eps FILE\tCreate EPS file FILE from alignment.\n"
 128                       + "-questionnaire URL\tQueries the given URL for information about any Jalview user questionnaires.\n"
 129                       + "-noquestionnaire\tTurn off questionnaire check.\n"
 130                       + "-nousagestats\tTurn off google analytics tracking for this session.\n"
 131                       + "-sortbytree OR -nosortbytree\tEnable or disable sorting of the given alignment by the given tree\n"
 132                       // +
 133                       // "-setprop PROPERTY=VALUE\tSet the given Jalview property, after all other properties files have been read\n\t (quote the 'PROPERTY=VALUE' pair to ensure spaces are passed in correctly)"
 134                       + "-dasserver nickname=URL\tAdd and enable a das server with given nickname\n\t\t\t(alphanumeric or underscores only) for retrieval of features for all alignments.\n"
 135                       + "\t\t\tSources that also support the sequence command may be specified by prepending the URL with sequence:\n"
 136                       + "\t\t\t e.g. sequence:http://localdas.somewhere.org/das/source)\n"
 137                       + "-fetchfrom nickname\tQuery nickname for features for the alignments and display them.\n"
 138                       // +
 139                       // "-vdoc vamsas-document\tImport vamsas document into new session or join existing session with same URN\n"
 140                       // + "-vses vamsas-session\tJoin session with given URN\n"
 141                       + "-groovy FILE\tExecute groovy script in FILE, after all other arguments have been processed (if FILE is the text 'STDIN' then the file will be read from STDIN)\n"
 142                       + "\n~Read documentation in Application or visit http://www.jalview.org for description of Features and Annotations file~\n\n");
 143       System.exit(0);
 144     }
 145     if (aparser.contains("nodisplay") || aparser.contains("nogui")
 146             || aparser.contains("headless"))
 147     {
 148       System.setProperty("java.awt.headless", "true");
 149       headless = true;
 150     }
 151     Cache.loadProperties(aparser.getValue("props")); // must do this before
 152     // anything else!
 153     String defs = aparser.getValue("setprop");
 154     while (defs != null)
 155     {
 156       int p = defs.indexOf('=');
 157       if (p == -1)
 158       {
 159         System.err.println("Ignoring invalid setprop argument : " + defs);
 160       }
 161       else
 162       {
 163         System.out.println("Executing setprop argument: " + defs);
 164         // DISABLED FOR SECURITY REASONS
 165         // TODO: add a property to allow properties to be overriden by cli args
 166         // Cache.setProperty(defs.substring(0,p), defs.substring(p+1));
 167       }
 168       defs = aparser.getValue("setprop");
 169     }
 170     if (System.getProperty("java.awt.headless") != null
 171             && System.getProperty("java.awt.headless").equals("true"))
 172     {
 173       headless = true;
 174     }
 175     System.setProperty("http.agent",
 176             "Jalview Desktop/" + Cache.getDefault("VERSION", "Unknown"));
 177     try
 178     {
 179       Cache.initLogger();
 180     } catch (java.lang.NoClassDefFoundError error)
 181     {
 182       error.printStackTrace();
 183       System.out
 184               .println("\nEssential logging libraries not found."
 185                       + "\nUse: java -Djava.ext.dirs=$PATH_TO_LIB$ jalview.bin.Jalview");
 186       System.exit(0);
 187     }
 188
 189     Desktop desktop = null;
 190
 191     try
 192     {
 193       UIManager.setLookAndFeel(UIManager.getSystemLookAndFeelClassName());
 194     } catch (Exception ex)
 195     {
 196     }
 197
 198     if (!headless)
 199     {
 200       desktop = new Desktop();
 201       desktop.setInBatchMode(true); // indicate we are starting up
 202       desktop.setVisible(true);
 203       desktop.startServiceDiscovery();
 204       if (!aparser.contains("nousagestats"))
 205       {
 206         startUsageStats(desktop);
 207       }
 208       if (!aparser.contains("noquestionnaire"))
 209       {
 210         String url = aparser.getValue("questionnaire");
 211         if (url != null)
 212         {
 213           // Start the desktop questionnaire prompter with the specified
 214           // questionnaire
 215           Cache.log.debug("Starting questionnaire url at " + url);
 216           desktop.checkForQuestionnaire(url);
 217         }
 218         else
 219         {
 220           if (Cache.getProperty("NOQUESTIONNAIRES") == null)
 221           {
 222             // Start the desktop questionnaire prompter with the specified
 223             // questionnaire
 224             // String defurl =
 225             // "http://anaplog.compbio.dundee.ac.uk/cgi-bin/questionnaire.pl";
 226             // //
 227             String defurl = "http://www.jalview.org/cgi-bin/questionnaire.pl";
 228             Cache.log.debug("Starting questionnaire with default url: "
 229                     + defurl);
 230             desktop.checkForQuestionnaire(defurl);
 231
 232           }
 233         }
 234       }
 235       desktop.checkForNews();
 236     }
 237
 238     String file = null, protocol = null, format = null, data = null;
 239     jalview.io.FileLoader fileLoader = new jalview.io.FileLoader();
 240     Vector getFeatures = null; // vector of das source nicknames to fetch
 241     // features from
 242     // loading is done.
 243     String groovyscript = null; // script to execute after all loading is
 244     // completed one way or another
 245     // extract groovy argument and execute if necessary
 246     groovyscript = aparser.getValue("groovy", true);
 247     file = aparser.getValue("open", true);
 248
 249     if (file == null && desktop == null)
 250     {
 251       System.out.println("No files to open!");
 252       System.exit(1);
 253     }
 254     String vamsasImport = aparser.getValue("vdoc"), vamsasSession = aparser
 255             .getValue("vsess");
 256     if (vamsasImport != null || vamsasSession != null)
 257     {
 258       if (desktop == null || headless)
 259       {
 260         System.out
 261                 .println("Headless vamsas sessions not yet supported. Sorry.");
 262         System.exit(1);
 263       }
 264       // if we have a file, start a new session and import it.
 265       boolean inSession = false;
 266       if (vamsasImport != null)
 267       {
 268         try
 269         {
 270           String viprotocol = jalview.io.AppletFormatAdapter
 271                   .checkProtocol(vamsasImport);
 272           if (viprotocol == jalview.io.FormatAdapter.FILE)
 273           {
 274             inSession = desktop.vamsasImport(new File(vamsasImport));
 275           }
 276           else if (viprotocol == jalview.io.FormatAdapter.URL)
 277           {
 278             inSession = desktop.vamsasImport(new URL(vamsasImport));
 279           }
 280
 281         } catch (Exception e)
 282         {
 283           System.err.println("Exeption when importing " + vamsasImport
 284                   + " as a vamsas document.");
 285           e.printStackTrace();
 286         }
 287         if (!inSession)
 288         {
 289           System.err.println("Failed to import " + vamsasImport
 290                   + " as a vamsas document.");
 291         }
 292         else
 293         {
 294           System.out.println("Imported Successfully into new session "
 295                   + desktop.getVamsasApplication().getCurrentSession());
 296         }
 297       }
 298       if (vamsasSession != null)
 299       {
 300         if (vamsasImport != null)
 301         {
 302           // close the newly imported session and import the Jalview specific
 303           // remnants into the new session later on.
 304           desktop.vamsasStop_actionPerformed(null);
 305         }
 306         // now join the new session
 307         try
 308         {
 309           if (desktop.joinVamsasSession(vamsasSession))
 310           {
 311             System.out.println("Successfully joined vamsas session "
 312                     + vamsasSession);
 313           }
 314           else
 315           {
 316             System.err.println("WARNING: Failed to join vamsas session "
 317                     + vamsasSession);
 318           }
 319         } catch (Exception e)
 320         {
 321           System.err.println("ERROR: Failed to join vamsas session "
 322                   + vamsasSession);
 323           e.printStackTrace();
 324         }
 325         if (vamsasImport != null)
 326         {
 327           // the Jalview specific remnants can now be imported into the new
 328           // session at the user's leisure.
 329           Cache.log
 330                   .info("Skipping Push for import of data into existing vamsas session."); // TODO:
 331           // enable
 332           // this
 333           // when
 334           // debugged
 335           // desktop.getVamsasApplication().push_update();
 336         }
 337       }
 338     }
 339     long progress = -1;
 340     // Finally, deal with the remaining input data.
 341     if (file != null)
 342     {
 343       if (!headless)
 344       {
 345         desktop.setProgressBar(MessageManager.getString("status.processing_commandline_args"),
 346                 progress = System.currentTimeMillis());
 347       }
 348       System.out.println("Opening file: " + file);
 349
 350       if (!file.startsWith("http://"))
 351       {
 352         if (!(new java.io.File(file)).exists())
 353         {
 354           System.out.println("Can't find " + file);
 355           if (headless)
 356           {
 357             System.exit(1);
 358           }
 359         }
 360       }
 361
 362       protocol = jalview.io.AppletFormatAdapter.checkProtocol(file);
 363
 364       format = new jalview.io.IdentifyFile().Identify(file, protocol);
 365
 366       AlignFrame af = fileLoader.LoadFileWaitTillLoaded(file, protocol,
 367               format);
 368       if (af == null)
 369       {
 370         System.out.println("error");
 371       }
 372       else
 373       {
 374
 375         data = aparser.getValue("colour", true);
 376         if (data != null)
 377         {
 378           data.replaceAll("%20", " ");
 379
 380           jalview.schemes.ColourSchemeI cs = jalview.schemes.ColourSchemeProperty
 381                   .getColour(af.getViewport().getAlignment(), data);
 382
 383           if (cs == null)
 384           {
 385             jalview.schemes.UserColourScheme ucs = new jalview.schemes.UserColourScheme(
 386                     "white");
 387             ucs.parseAppletParameter(data);
 388             cs = ucs;
 389           }
 390
 391           System.out.println("colour is " + data);
 392           af.changeColour(cs);
 393         }
 394
 395         // Must maintain ability to use the groups flag
 396         data = aparser.getValue("groups", true);
 397         if (data != null)
 398         {
 399           af.parseFeaturesFile(data,
 400                   jalview.io.AppletFormatAdapter.checkProtocol(data));
 401           System.out.println("Added " + data);
 402         }
 403         data = aparser.getValue("features", true);
 404         if (data != null)
 405         {
 406           af.parseFeaturesFile(data,
 407                   jalview.io.AppletFormatAdapter.checkProtocol(data));
 408           System.out.println("Added " + data);
 409         }
 410
 411         data = aparser.getValue("annotations", true);
 412         if (data != null)
 413         {
 414           af.loadJalviewDataFile(data, null, null, null);
 415           System.out.println("Added " + data);
 416         }
 417         // set or clear the sortbytree flag.
 418         if (aparser.contains("sortbytree"))
 419         {
 420           af.getViewport().setSortByTree(true);
 421         }
 422         if (aparser.contains("nosortbytree"))
 423         {
 424           af.getViewport().setSortByTree(false);
 425         }
 426         data = aparser.getValue("tree", true);
 427         if (data != null)
 428         {
 429           jalview.io.NewickFile fin = null;
 430           try
 431           {
 432             fin = new jalview.io.NewickFile(data,
 433                     jalview.io.AppletFormatAdapter.checkProtocol(data));
 434             if (fin != null)
 435             {
 436               af.getViewport().setCurrentTree(
 437                       af.ShowNewickTree(fin, data).getTree());
 438               System.out.println("Added tree " + data);
 439             }
 440           } catch (IOException ex)
 441           {
 442             System.err.println("Couldn't add tree " + data);
 443             ex.printStackTrace(System.err);
 444           }
 445         }
 446         // TODO - load PDB structure(s) to alignment JAL-629
 447         // (associate with identical sequence in alignment, or a specified
 448         // sequence)
 449
 450         getFeatures = checkDasArguments(aparser);
 451         if (af != null && getFeatures != null)
 452         {
 453           FeatureFetcher ff = startFeatureFetching(getFeatures);
 454           if (ff != null)
 455           {
 456             while (!ff.allFinished() || af.operationInProgress())
 457             {
 458               // wait around until fetching is finished.
 459               try
 460               {
 461                 Thread.sleep(100);
 462               } catch (Exception e)
 463               {
 464
 465               }
 466             }
 467           }
 468           getFeatures = null; // have retrieved features - forget them now.
 469         }
 470         if (groovyscript != null)
 471         {
 472           // Execute the groovy script after we've done all the rendering stuff
 473           // and before any images or figures are generated.
 474           if (jalview.bin.Cache.groovyJarsPresent())
 475           {
 476             System.out.println("Executing script " + groovyscript);
 477             executeGroovyScript(groovyscript, new Object[]
 478             { desktop, af });
 479           }
 480           else
 481           {
 482             System.err
 483                     .println("Sorry. Groovy Support is not available, so ignoring the provided groovy script "
 484                             + groovyscript);
 485           }
 486           groovyscript = null;
 487         }
 488         String imageName = "unnamed.png";
 489         while (aparser.getSize() > 1)
 490         {
 491           format = aparser.nextValue();
 492           file = aparser.nextValue();
 493
 494           if (format.equalsIgnoreCase("png"))
 495           {
 496             af.createPNG(new java.io.File(file));
 497             imageName = (new java.io.File(file)).getName();
 498             System.out.println("Creating PNG image: " + file);
 499             continue;
 500           }
 501           else if (format.equalsIgnoreCase("svg"))
 502           {
 503             File imageFile = new java.io.File(file);
 504             imageName = imageFile.getName();
 505             af.createSVG(imageFile);
 506             System.out.println("Creating SVG image: " + file);
 507             continue;
 508           }
 509           else if (format.equalsIgnoreCase("imgMap"))
 510           {
 511             af.createImageMap(new java.io.File(file), imageName);
 512             System.out.println("Creating image map: " + file);
 513             continue;
 514           }
 515           else if (format.equalsIgnoreCase("eps"))
 516           {
 517             System.out.println("Creating EPS file: " + file);
 518             af.createEPS(new java.io.File(file));
 519             continue;
 520           }
 521
 522           if (af.saveAlignment(file, format))
 523           {
 524             System.out.println("Written alignment in " + format
 525                     + " format to " + file);
 526           }
 527           else
 528           {
 529             System.out.println("Error writing file " + file + " in "
 530                     + format + " format!!");
 531           }
 532
 533         }
 534
 535         while (aparser.getSize() > 0)
 536         {
 537           System.out.println("Unknown arg: " + aparser.nextValue());
 538         }
 539       }
 540     }
 541     AlignFrame startUpAlframe = null;
 542     // We'll only open the default file if the desktop is visible.
 543     // And the user
 544     // ////////////////////
 545
 546     if (!headless && file == null && vamsasImport == null
 547             && jalview.bin.Cache.getDefault("SHOW_STARTUP_FILE", true)
 548             && protein == true)
 549     {
 550       file = jalview.bin.Cache.getDefault(
 551               "STARTUP_FILE",
 552               jalview.bin.Cache.getDefault("www.jalview.org",
 553                       "http://www.jalview.org")
 554                       + "/examples/exampleFile_2_7.jar");
 555       if (file.equals("http://www.jalview.org/examples/exampleFile_2_3.jar"))
 556       {
 557         // hardwire upgrade of the startup file
 558         file.replace("_2_3.jar", "_2_7.jar");
 559         // and remove the stale setting
 560         jalview.bin.Cache.removeProperty("STARTUP_FILE");
 561       }
 562
 563       protocol = "File";
 564
 565       if (file.indexOf("http:") > -1)
 566       {
 567         protocol = "URL";
 568       }
 569
 570       if (file.endsWith(".jar"))
 571       {
 572         format = "Jalview";
 573       }
 574       else
 575       {
 576         format = new jalview.io.IdentifyFile().Identify(file, protocol);
 577       }
 578
 579       startUpAlframe = fileLoader.LoadFileWaitTillLoaded(file, protocol,
 580               format);
 581       getFeatures = checkDasArguments(aparser);
 582       // extract groovy arguments before anything else.
 583     }
 584     // If the user has specified features to be retrieved,
 585     // or a groovy script to be executed, do them if they
 586     // haven't been done already
 587     // fetch features for the default alignment
 588     if (getFeatures != null)
 589     {
 590       if (startUpAlframe != null)
 591       {
 592         startFeatureFetching(getFeatures);
 593       }
 594     }
 595     // Once all other stuff is done, execute any groovy scripts (in order)
 596     if (groovyscript != null)
 597     {
 598       if (jalview.bin.Cache.groovyJarsPresent())
 599       {
 600         System.out.println("Executing script " + groovyscript);
 601         executeGroovyScript(groovyscript, new Object[]
 602         { desktop, startUpAlframe });
 603       }
 604       else
 605       {
 606         System.err
 607                 .println("Sorry. Groovy Support is not available, so ignoring the provided groovy script "
 608                         + groovyscript);
 609       }
 610     }
 611     // and finally, turn off batch mode indicator - if the desktop still exists
 612     if (desktop != null)
 613     {
 614       if (progress != -1)
 615       {
 616         desktop.setProgressBar(null, progress);
 617       }
 618       desktop.setInBatchMode(false);
 619     }
 620   }
 621
 622   private static void startUsageStats(final Desktop desktop)
 623   {
 624     /**
 625      * start a User Config prompt asking if we can log usage statistics.
 626      */
 627     jalview.gui.PromptUserConfig prompter = new jalview.gui.PromptUserConfig(
 628             desktop.desktop,
 629             "USAGESTATS",
 630             "Jalview Usage Statistics",
 631             "Do you want to help make Jalview better by enabling "
 632                     + "the collection of usage statistics with Google Analytics ?"
 633                     + "\n\n(you can enable or disable usage tracking in the preferences)",
 634             new Runnable()
 635             {
 636               public void run()
 637               {
 638                 Cache.log
 639                         .info("Initialising googletracker for usage stats.");
 640                 Cache.initGoogleTracker();
 641                 Cache.log.debug("Tracking enabled.");
 642               }
 643             }, new Runnable()
 644             {
 645               public void run()
 646               {
 647                 Cache.log.info("Not enabling Google Tracking.");
 648               }
 649             }, null, true);
 650     desktop.addDialogThread(prompter);
 651   }
 652
 653   /**
 654    * Locate the given string as a file and pass it to the groovy interpreter.
 655    *
 656    * @param groovyscript
 657    *          the script to execute
 658    * @param jalviewContext
 659    *          the Jalview Desktop object passed in to the groovy binding as the
 660    *          'Jalview' object.
 661    */
 662   private static void executeGroovyScript(String groovyscript,
 663           Object[] jalviewContext)
 664   {
 665     if (jalviewContext == null)
 666     {
 667       System.err
 668               .println("Sorry. Groovy support is currently only available when running with the Jalview GUI enabled.");
 669     }
 670     /**
 671      * for scripts contained in files
 672      */
 673     File tfile = null;
 674     /**
 675      * script's URI
 676      */
 677     URL sfile = null;
 678     if (groovyscript.trim().equals("STDIN"))
 679     {
 680       // read from stdin into a tempfile and execute it
 681       try
 682       {
 683         tfile = File.createTempFile("jalview", "groovy");
 684         PrintWriter outfile = new PrintWriter(new OutputStreamWriter(
 685                 new FileOutputStream(tfile)));
 686         BufferedReader br = new BufferedReader(
 687                 new java.io.InputStreamReader(System.in));
 688         String line = null;
 689         while ((line = br.readLine()) != null)
 690         {
 691           outfile.write(line + "\n");
 692         }
 693         br.close();
 694         outfile.flush();
 695         outfile.close();
 696
 697       } catch (Exception ex)
 698       {
 699         System.err.println("Failed to read from STDIN into tempfile "
 700                 + ((tfile == null) ? "(tempfile wasn't created)" : tfile
 701                         .toString()));
 702         ex.printStackTrace();
 703         return;
 704       }
 705       try
 706       {
 707         sfile = tfile.toURI().toURL();
 708       } catch (Exception x)
 709       {
 710         System.err
 711                 .println("Unexpected Malformed URL Exception for temporary file created from STDIN: "
 712                         + tfile.toURI());
 713         x.printStackTrace();
 714         return;
 715       }
 716     }
 717     else
 718     {
 719       try
 720       {
 721         sfile = new URI(groovyscript).toURL();
 722       } catch (Exception x)
 723       {
 724         tfile = new File(groovyscript);
 725         if (!tfile.exists())
 726         {
 727           System.err.println("File '" + groovyscript + "' does not exist.");
 728           return;
 729         }
 730         if (!tfile.canRead())
 731         {
 732           System.err.println("File '" + groovyscript + "' cannot be read.");
 733           return;
 734         }
 735         if (tfile.length() < 1)
 736         {
 737           System.err.println("File '" + groovyscript + "' is empty.");
 738           return;
 739         }
 740         try
 741         {
 742           sfile = tfile.getAbsoluteFile().toURI().toURL();
 743         } catch (Exception ex)
 744         {
 745           System.err.println("Failed to create a file URL for "
 746                   + tfile.getAbsoluteFile());
 747           return;
 748         }
 749       }
 750     }
 751     boolean success = false;
 752     try
 753     {
 754       /*
 755        * The following code performs the GroovyScriptEngine invocation using
 756        * reflection, and is equivalent to this fragment from the embedding
 757        * groovy documentation on the groovy site: <code> import
 758        * groovy.lang.Binding; import groovy.util.GroovyScriptEngine;
 759        *
 760        * String[] roots = new String[] { "/my/groovy/script/path" };
 761        * GroovyScriptEngine gse = new GroovyScriptEngine(roots); Binding binding
 762        * = new Binding(); binding.setVariable("input", "world");
 763        * gse.run("hello.groovy", binding); </code>
 764        */
 765       Class[] bspec;
 766       Object[] binding;
 767       int blen = ((jalviewContext[0] == null) ? 0 : 1)
 768               + ((jalviewContext[1] == null) ? 0 : 1);
 769       String cnames[] = new String[]
 770       { "Jalview", "currentAlFrame" };
 771       bspec = new Class[blen * 2];
 772       binding = new Object[blen * 2];
 773       blen = 0;
 774       ClassLoader cl = null;
 775       Map vbinding = new Hashtable();
 776       for (int jc = 0; jc < jalviewContext.length; jc++)
 777       {
 778         if (jalviewContext[jc] != null)
 779         {
 780           if (cl == null)
 781           {
 782             cl = jalviewContext[jc].getClass().getClassLoader();
 783           }
 784           bspec[blen * 2] = String.class;
 785           bspec[blen * 2 + 1] = Object.class;
 786           binding[blen * 2] = cnames[jc];
 787           binding[blen * 2 + 1] = jalviewContext[jc];
 788           vbinding.put(cnames[jc], jalviewContext[jc]);
 789           blen++;
 790         }
 791       }
 792       Class gbindingc = cl.loadClass("groovy.lang.Binding");
 793       Constructor gbcons;
 794       Object gbinding;
 795       try
 796       {
 797         gbcons = gbindingc.getConstructor(Map.class);
 798         gbinding = gbcons.newInstance(vbinding);
 799       } catch (NoSuchMethodException x)
 800       {
 801         // old style binding config - using series of string/object values to
 802         // setVariable.
 803         gbcons = gbindingc.getConstructor(null);
 804         gbinding = gbcons.newInstance(null);
 805         java.lang.reflect.Method setvar = gbindingc.getMethod(
 806                 "setVariable", bspec);
 807         setvar.invoke(gbinding, binding);
 808       }
 809       ;
 810       Class gsec = cl.loadClass("groovy.util.GroovyScriptEngine");
 811       Constructor gseccons = gsec.getConstructor(new Class[]
 812       { URL[].class }); // String[].class });
 813       Object gse = gseccons.newInstance(new Object[]
 814       { new URL[]
 815       { sfile } }); // .toString() } });
 816       java.lang.reflect.Method run = gsec.getMethod("run", new Class[]
 817       { String.class, gbindingc });
 818       run.invoke(gse, new Object[]
 819       { sfile.toString(), gbinding });
 820       success = true;
 821     } catch (Exception e)
 822     {
 823       System.err.println("Exception Whilst trying to execute file " + sfile
 824               + " as a groovy script.");
 825       e.printStackTrace(System.err);
 826
 827     }
 828     if (success && groovyscript.equals("STDIN"))
 829     {
 830       // delete temp file that we made - but only if it was successfully
 831       // executed
 832       tfile.delete();
 833     }
 834   }
 835
 836   /**
 837    * Check commandline for any das server definitions or any fetchfrom switches
 838    *
 839    * @return vector of DAS source nicknames to retrieve from
 840    */
 841   private static Vector checkDasArguments(ArgsParser aparser)
 842   {
 843     Vector source = null;
 844     String data;
 845     String locsources = Cache.getProperty(Cache.DAS_LOCAL_SOURCE);
 846     while ((data = aparser.getValue("dasserver", true)) != null)
 847     {
 848       String nickname = null;
 849       String url = null;
 850       boolean seq = false, feat = true;
 851       int pos = data.indexOf('=');
 852       // determine capabilities
 853       if (pos > 0)
 854       {
 855         nickname = data.substring(0, pos);
 856       }
 857       url = data.substring(pos + 1);
 858       if (url != null
 859               && (url.startsWith("http:") || url
 860                       .startsWith("sequence:http:")))
 861       {
 862         if (nickname == null)
 863         {
 864           nickname = url;
 865         }
 866         if (locsources == null)
 867         {
 868           locsources = "";
 869         }
 870         else
 871         {
 872           locsources += "\t";
 873         }
 874         locsources = locsources + nickname + "|" + url;
 875         System.err
 876                 .println("NOTE! dasserver parameter not yet really supported (got args of "
 877                         + nickname + "|" + url);
 878         if (source == null)
 879         {
 880           source = new Vector();
 881         }
 882         source.addElement(nickname);
 883       }
 884     } // loop until no more server entries are found.
 885     if (locsources != null && locsources.indexOf('|') > -1)
 886     {
 887       Cache.log.debug("Setting local source list in properties file to:\n"
 888               + locsources);
 889       Cache.setProperty(Cache.DAS_LOCAL_SOURCE, locsources);
 890     }
 891     while ((data = aparser.getValue("fetchfrom", true)) != null)
 892     {
 893       System.out.println("adding source '" + data + "'");
 894       if (source == null)
 895       {
 896         source = new Vector();
 897       }
 898       source.addElement(data);
 899     }
 900     return source;
 901   }
 902
 903   /**
 904    * start a feature fetcher for every alignment frame
 905    *
 906    * @param dasSources
 907    */
 908   private static FeatureFetcher startFeatureFetching(final Vector dasSources)
 909   {
 910     FeatureFetcher ff = new FeatureFetcher();
 911     AlignFrame afs[] = Desktop.getAlignframes();
 912     if (afs == null || afs.length == 0)
 913     {
 914       return null;
 915     }
 916     for (int i = 0; i < afs.length; i++)
 917     {
 918       ff.addFetcher(afs[i], dasSources);
 919     }
 920     return ff;
 921   }
 922 }
 923
 924 /**
 925  * Notes: this argParser does not distinguish between parameter switches,
 926  * parameter values and argument text. If an argument happens to be identical to
 927  * a parameter, it will be taken as such (even though it didn't have a '-'
 928  * prefixing it).
 929  *
 930  * @author Andrew Waterhouse and JBP documented.
 931  *
 932  */
 933
 934 class rnabuttonlistener implements ActionListener
 935 {
 936   public void actionPerformed(ActionEvent arg0)
 937   {
 938     System.out.println("Good idea ! ");
 939
 940   }
 941 }
 942
 943 class pbuttonlistener implements ActionListener
 944 {
 945   public void actionPerformed(ActionEvent arg0)
 946   {
 947
 948   }
 949 }
 950
 951 class ArgsParser
 952 {
 953   Vector vargs = null;
 954
 955   public ArgsParser(String[] args)
 956   {
 957     vargs = new Vector();
 958     for (int i = 0; i < args.length; i++)
 959     {
 960       String arg = args[i].trim();
 961       if (arg.charAt(0) == '-')
 962       {
 963         arg = arg.substring(1);
 964       }
 965       vargs.addElement(arg);
 966     }
 967   }
 968
 969   /**
 970    * check for and remove first occurence of arg+parameter in arglist.
 971    *
 972    * @param arg
 973    * @return return the argument following the given arg if arg was in list.
 974    */
 975   public String getValue(String arg)
 976   {
 977     return getValue(arg, false);
 978   }
 979
 980   public String getValue(String arg, boolean utf8decode)
 981   {
 982     int index = vargs.indexOf(arg);
 983     String dc = null, ret = null;
 984     if (index != -1)
 985     {
 986       ret = vargs.elementAt(index + 1).toString();
 987       vargs.removeElementAt(index);
 988       vargs.removeElementAt(index);
 989       if (utf8decode && ret != null)
 990       {
 991         try
 992         {
 993           dc = URLDecoder.decode(ret, "UTF-8");
 994           ret = dc;
 995         } catch (Exception e)
 996         {
 997           // TODO: log failure to decode
 998         }
 999       }
1000     }
1001     return ret;
1002   }
1003
1004   /**
1005    * check for and remove first occurence of arg in arglist.
1006    *
1007    * @param arg
1008    * @return true if arg was present in argslist.
1009    */
1010   public boolean contains(String arg)
1011   {
1012     if (vargs.contains(arg))
1013     {
1014       vargs.removeElement(arg);
1015       return true;
1016     }
1017     else
1018     {
1019       return false;
1020     }
1021   }
1022
1023   public String nextValue()
1024   {
1025     return vargs.remove(0).toString();
1026   }
1027
1028   public int getSize()
1029   {
1030     return vargs.size();
1031   }
1032
1033 }
1034
1035 /**
1036  * keep track of feature fetching tasks.
1037  *
1038  * @author JimP
1039  *
1040  */
1041 class FeatureFetcher
1042 {
1043   /*
1044    * TODO: generalise to track all jalview events to orchestrate batch
1045    * processing events.
1046    */
1047
1048   private int queued = 0;
1049
1050   private int running = 0;
1051
1052   public FeatureFetcher()
1053   {
1054
1055   }
1056
1057   public void addFetcher(final AlignFrame af, final Vector dasSources)
1058   {
1059     final long id = System.currentTimeMillis();
1060     queued++;
1061     final FeatureFetcher us = this;
1062     new Thread(new Runnable()
1063     {
1064
1065       public void run()
1066       {
1067         synchronized (us)
1068         {
1069           queued--;
1070           running++;
1071         }
1072
1073         af.setProgressBar(MessageManager.getString("status.das_features_being_retrived"), id);
1074         af.featureSettings_actionPerformed(null);
1075         af.featureSettings.fetchDasFeatures(dasSources, true);
1076         af.setProgressBar(null, id);
1077         synchronized (us)
1078         {
1079           running--;
1080         }
1081       }
1082     }).start();
1083   }
1084
1085   public synchronized boolean allFinished()
1086   {
1087     return queued == 0 && running == 0;
1088   }
1089
1090 };